#改写R 包 copynumber 里面的plotHeatmap函数，实现以下效果

#Step1. 下载 Bioconductor-copynumber 源码文件，

$wget http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/copynumber_1.26.0.tar.gz
$tar -zxvf copynumber_1.26.0.tar.gz
$cd copynumber/R/

#Step2.修改源码文件

##修改addChromlines.r文件在底部添加染色体信息

(1) 源码只支持去掉Y染色体展示，不支持X,Y同时去掉.更改 Row 41-46为如下，使之支持X,Y都不展示,并重新定义chrom.names。

if(any(chromosomes==24)){
                        chromosomes <- 1:24
                        chrom.names <- c(1:22,"X","Y")
                       }else{
                               if(any(chromosomes==23)){
                               chromosomes <- 1:23
                               chrom.names <- c(1:22,"X")
                               chrom.mark <- chrom.mark[-length(chrom.mark)]
                               }else{
                               chromosomes <- 1:22
                               chrom.names <- 1:22
                               chrom.mark <- chrom.mark[-length(chrom.mark)]
                               chrom.mark <- chrom.mark[-length(chrom.mark)]
                               }   
                       }  

(2)注释掉Row 65，使用上述定义的chrom.name

#chrom.names <- unique(chromosomes)

(3)注释掉 row 67-69，将所有染色体标签移到热图下方。

        #Plot half at bottom, half at top:
        #bot <- seq(1,length(chrom.mark),2)
        #top <- seq(2,length(chrom.mark),2)
        #mtext(chrom.names[bot],side=1,line=arg$chrom.line[1],at=at[bot],cex=arg$chrom.cex)
        text(x = at[seq(length(chrom.mark))-0.5],y=rep(-3,length(chrom.mark)),labels=chrom.names,pos=1,cex=arg$chrom.cex)

(4)row 70 后面紧接着添加如下代码，在热图绘制染色体条带。

       # plot chromosome strip at the bottom of the figure
       xleft <- chrom.mark[1:(length(chrom.mark)-1)]
       xright <- chrom.mark[2:(length(chrom.mark))]
       par(col = "black",bty="n")
       rect(xleft,c(rep(-3,length(chrom.mark)-1)),xright,c(rep(0,length(chrom.mark)-1)),col = rep(c("black","white"),length(chrom.mark)-1))

##修改 plotHeatmap.r 文件添加Legend

在Row 181 后面添加如下代码

    # Legend
    colfunc <- colorRampPalette(c("dodgerblue", "white","red"))
    rect(c(300:800),rep(-13,500),c(301:801),rep(-10,500),col=colfunc(500),cex=1,border=NA)
    text(x=c(300,550,800),y=rep(-14,3),pos=1,labels=c(lower.lim,0,upper.lim),cex=1)

#Step3. 使用修改后脚本绘图

（1）load 参考文件等

load("yourdir_path/R/sysdata.rda")

（2）source 修改后R脚本

for (f in list.files(path="youdir_path/R/",pattern="*.r$")){
        source_f = paste("yourdir_path/",f,sep = "") 
        source(source_f)
}

(3) plot

png(paste($your_outdir,"CNV_heatmap.png",sep = "/"),width=4000,height=3000,res=400)
plotHeatmap(segments=seg,lower.lim=-0.5
                ,upper.lim=0.5
                ,sample.labels=F
                ,xaxis="pos"
                ,colors=c("dodgerblue","white","red"))
dev.off()