Rebuild site

sbalci · Sep 20, 2023 · acc6d45 · acc6d45
1 parent 933c2df
commit acc6d45
Show file tree

Hide file tree

Showing 29 changed files with 254 additions and 137 deletions.
diff --git a/_custom_2.html b/_custom_2.html
@@ -4,10 +4,10 @@
 <br>
 <br>
 <br>
-<br><iframe src='https://images.patolojiatlasi.com/pancreaticadenocarcinoma/case1-histopathology/viewer_z0.html' style='width:200px;' data-external='1'></iframe><br>
+<br><iframe src='https://images.patolojiatlasi.com/neuroendocrine-cytology/giemsa.html' style='width:200px;' data-external='1'></iframe><br>
 <br>
 <br><br>
 <br>
-<br>2023-09-16<br>
+<br>2023-09-20<br>
 <br>
 <br>
diff --git a/_posts/patolojide-bilisim/patolojide-bilisim.Rmd b/_posts/patolojide-bilisim/patolojide-bilisim.Rmd
@@ -27,7 +27,7 @@ knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
 
 # Patoloji ve Bilişim
 Serdar Balcı
-2023-09-16
+2023-09-18
 
 - [Patoloji ve Bilişim](#sec-patoloji-ve-bilisim)
   - [Patolojide Bilişimin yeri
@@ -218,10 +218,25 @@ immünohistokimya cihazındaki entegrasyon da tamamlanmak üzeredir.
 QuPath’ın WSinfer adlı eklentisi ile literatürdeki yapay zeka
 modellerini kendi vakalarımızda kolayca uygulamak mümkün. [^5]
 
+> I am really enthusiastic about the \#wsinfer plugin of \#qupath Now it
+> will be possible to try published models of digital pathology on my
+> cases without having to find data or code “upon reasonable request”,
+> or try correct the corrupt code on github. And now the “published
+> models” will face the real world scenario. This will change the
+> \#digitalpathology and distinguish those models that really work from
+> those that work only on the paper. There is one great barrier
+> remaining now, an open source program to make \#WSI with a camera
+> attached to a microscope. I wish I had the coding skills to do that :)
+
 #### HistoQC
 
 #### Octopi
 
+#### µManager {sec-micromanager}
+
+Open Source Software for Control and Automation of Microscope Hardware
+[^6]
+
 Diğer açık kaynak kodlu ve ücretsiz programların listesi okuma
 önerilerinde verilmiştir.
 
@@ -330,3 +345,5 @@ Diğer açık kaynak kodlu ve ücretsiz programların listesi okuma
     [documentation-2](https://qupath.readthedocs.io/en/latest/docs/deep/wsinfer.html)
     [image.sc](https://forum.image.sc/t/for-wsinfer-extension-how-can-i-find-model-documentations/85493)
     [linkedIN](https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:7108787522310184960/)
+
+[^6]: https://micro-manager.org/
diff --git a/_posts/patolojide-bilisim/patolojide-bilisim.html b/_posts/patolojide-bilisim/patolojide-bilisim.html
@@ -115,8 +115,8 @@
 
 
   <!--  https://schema.org/Article -->
-  <meta property="article:published" itemprop="datePublished" content="2023-09-16"/>
-  <meta property="article:created" itemprop="dateCreated" content="2023-09-16"/>
+  <meta property="article:published" itemprop="datePublished" content="2023-09-20"/>
+  <meta property="article:created" itemprop="dateCreated" content="2023-09-20"/>
   <meta name="article:author" content="Serdar Balci"/>
 
   <!--  https://developers.facebook.com/docs/sharing/webmasters#markup -->
@@ -134,7 +134,7 @@
   <!--radix_placeholder_rmarkdown_metadata-->
 
   <script type="text/json" id="radix-rmarkdown-metadata">
-  {"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["title","description","author","date","doi","slug","output","categories"]}},"value":[{"type":"character","attributes":{},"value":["Patolojide Bilişim"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["Bu yazı *Prof. Dr. Alp Usubütün* editörlüğünde hazırlanan *\"Sağlık Bilimleri İçin Patoloji ve Patoloji Laboratuvarını Anlama Kılavuzu 2. Baskı - Ekim 2022 Ankara Nobel Tıp Kitabevleri ISBN: 978-625-7564-70-0\"* adlı kitaptaki *\"8. Bölüm: Patolojide Yeni Yöntemler ve Gelecek\"* için hazırlanmıştır. Ancak bu alanın çok hızlı ilerlemesi nedeniyle bu metni güncel tutmak (ve bir sonraki baskı için gerekirse hazır bulunmak için) metin içeriği burada güncellenecektir.\n"]},{"type":"list","attributes":{},"value":[{"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["first_name","last_name","url","affiliation","affiliation_url","orcid_id"]}},"value":[{"type":"character","attributes":{},"value":["Serdar"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["Balci"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["https://github.com/sbalci"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["serdarbalci.com"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["https://www.serdarbalci.com"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["0000-0002-7852-3851"]}]}]},{"type":"character","attributes":{},"value":["2023-09-16"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["10.17605/OSF.IO/BRZUF"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["patolojide-bilisim"]},{"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["distill::distill_article"]}},"value":[{"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["self_contained"]}},"value":[{"type":"logical","attributes":{},"value":[false]}]}]},{"type":"character","attributes":{},"value":["patoloji","bilişim","patolojinin geleceği","yapay zeka","otomasyon","bilgi yönetim sistemi","dijital patoloji"]}]}
+  {"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["title","description","author","date","doi","slug","output","categories"]}},"value":[{"type":"character","attributes":{},"value":["Patolojide Bilişim"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["Bu yazı *Prof. Dr. Alp Usubütün* editörlüğünde hazırlanan *\"Sağlık Bilimleri İçin Patoloji ve Patoloji Laboratuvarını Anlama Kılavuzu 2. Baskı - Ekim 2022 Ankara Nobel Tıp Kitabevleri ISBN: 978-625-7564-70-0\"* adlı kitaptaki *\"8. Bölüm: Patolojide Yeni Yöntemler ve Gelecek\"* için hazırlanmıştır. Ancak bu alanın çok hızlı ilerlemesi nedeniyle bu metni güncel tutmak (ve bir sonraki baskı için gerekirse hazır bulunmak için) metin içeriği burada güncellenecektir.\n"]},{"type":"list","attributes":{},"value":[{"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["first_name","last_name","url","affiliation","affiliation_url","orcid_id"]}},"value":[{"type":"character","attributes":{},"value":["Serdar"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["Balci"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["https://github.com/sbalci"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["serdarbalci.com"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["https://www.serdarbalci.com"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["0000-0002-7852-3851"]}]}]},{"type":"character","attributes":{},"value":["2023-09-20"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["10.17605/OSF.IO/BRZUF"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["patolojide-bilisim"]},{"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["distill::distill_article"]}},"value":[{"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["self_contained"]}},"value":[{"type":"logical","attributes":{},"value":[false]}]}]},{"type":"character","attributes":{},"value":["patoloji","bilişim","patolojinin geleceği","yapay zeka","otomasyon","bilgi yönetim sistemi","dijital patoloji"]}]}
   </script>
   <!--/radix_placeholder_rmarkdown_metadata-->
 
@@ -1496,7 +1496,7 @@
   </script>
 
   <!--/radix_placeholder_distill-->
-  <script src="patolojide-bilisim_files/header-attrs-2.24/header-attrs.js"></script>
+  <script src="patolojide-bilisim_files/header-attrs-2.25/header-attrs.js"></script>
   <script src="patolojide-bilisim_files/jquery-3.6.0/jquery-3.6.0.min.js"></script>
   <script src="patolojide-bilisim_files/popper-2.6.0/popper.min.js"></script>
   <link href="patolojide-bilisim_files/tippy-6.2.7/tippy.css" rel="stylesheet" />
@@ -1517,7 +1517,7 @@
 <!--radix_placeholder_front_matter-->
 
 <script id="distill-front-matter" type="text/json">
-{"title":"Patolojide Bilişim","description":"Bu yazı *Prof. Dr. Alp Usubütün* editörlüğünde hazırlanan *\"Sağlık Bilimleri İçin Patoloji ve Patoloji Laboratuvarını Anlama Kılavuzu 2. Baskı - Ekim 2022 Ankara Nobel Tıp Kitabevleri ISBN: 978-625-7564-70-0\"* adlı kitaptaki *\"8. Bölüm: Patolojide Yeni Yöntemler ve Gelecek\"* için hazırlanmıştır. Ancak bu alanın çok hızlı ilerlemesi nedeniyle bu metni güncel tutmak (ve bir sonraki baskı için gerekirse hazır bulunmak için) metin içeriği burada güncellenecektir.","doi":"10.17605/OSF.IO/BRZUF","authors":[{"author":"Serdar Balci","authorURL":"https://github.com/sbalci","affiliation":"serdarbalci.com","affiliationURL":"https://www.serdarbalci.com","orcidID":"0000-0002-7852-3851"}],"publishedDate":"2023-09-16T00:00:00.000+03:00","citationText":"Balci, 2023"}
+{"title":"Patolojide Bilişim","description":"Bu yazı *Prof. Dr. Alp Usubütün* editörlüğünde hazırlanan *\"Sağlık Bilimleri İçin Patoloji ve Patoloji Laboratuvarını Anlama Kılavuzu 2. Baskı - Ekim 2022 Ankara Nobel Tıp Kitabevleri ISBN: 978-625-7564-70-0\"* adlı kitaptaki *\"8. Bölüm: Patolojide Yeni Yöntemler ve Gelecek\"* için hazırlanmıştır. Ancak bu alanın çok hızlı ilerlemesi nedeniyle bu metni güncel tutmak (ve bir sonraki baskı için gerekirse hazır bulunmak için) metin içeriği burada güncellenecektir.","doi":"10.17605/OSF.IO/BRZUF","authors":[{"author":"Serdar Balci","authorURL":"https://github.com/sbalci","affiliation":"serdarbalci.com","affiliationURL":"https://www.serdarbalci.com","orcidID":"0000-0002-7852-3851"}],"publishedDate":"2023-09-20T00:00:00.000+03:00","citationText":"Balci, 2023"}
 </script>
 
 <!--/radix_placeholder_front_matter-->
@@ -1546,13 +1546,13 @@ <h1>Patolojide Bilişim</h1>
 
   true
 
-<br/>2023-09-16
+<br/>2023-09-20
 </div>
 
 <div class="d-article">
 <h1 id="patoloji-ve-bilişim">Patoloji ve Bilişim</h1>
 <p>Serdar Balcı
-2023-09-16</p>
+2023-09-18</p>
 <ul>
 <li><a href="#sec-patoloji-ve-bilisim">Patoloji ve Bilişim</a>
 <ul>
@@ -1709,8 +1709,22 @@ <h3 id="ilginç-ve-örnek-çalışmalar">İlginç ve örnek çalışmalar</h3>
 <h4 id="qupath">QuPath</h4>
 <p>QuPath’ın WSinfer adlı eklentisi ile literatürdeki yapay zeka
 modellerini kendi vakalarımızda kolayca uygulamak mümkün. <a href="#fn5" class="footnote-ref" id="fnref5" role="doc-noteref"><sup>5</sup></a></p>
+<blockquote>
+<p>I am really enthusiastic about the #wsinfer plugin of #qupath Now it
+will be possible to try published models of digital pathology on my
+cases without having to find data or code “upon reasonable request”,
+or try correct the corrupt code on github. And now the “published
+models” will face the real world scenario. This will change the
+#digitalpathology and distinguish those models that really work from
+those that work only on the paper. There is one great barrier
+remaining now, an open source program to make #WSI with a camera
+attached to a microscope. I wish I had the coding skills to do that :)</p>
+</blockquote>
 <h4 id="histoqc">HistoQC</h4>
 <h4 id="octopi">Octopi</h4>
+<h4 id="µmanager-sec-micromanager">µManager {sec-micromanager}</h4>
+<p>Open Source Software for Control and Automation of Microscope Hardware
+<a href="#fn6" class="footnote-ref" id="fnref6" role="doc-noteref"><sup>6</sup></a></p>
 <p>Diğer açık kaynak kodlu ve ücretsiz programların listesi okuma
 önerilerinde verilmiştir.</p>
 <h2 id="referanslar-ve-okuma-önerileri">Referanslar ve okuma Önerileri</h2>
@@ -1813,9 +1827,10 @@ <h3 id="açık-kaynak-kodlu-veya-ücretsiz-dijital-patoloji-programları">Açık
 <a href="https://wsinfer.readthedocs.io/en/latest/">documentation-1</a>
 <a href="https://qupath.readthedocs.io/en/latest/docs/deep/wsinfer.html">documentation-2</a>
 <a href="https://forum.image.sc/t/for-wsinfer-extension-how-can-i-find-model-documentations/85493">image.sc</a>
-<a href="https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:7108787522310184960/">linkedIN</a></p>
+<a href="https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:7108787522310184960/">linkedIN</a><a href="#fnref5" class="footnote-back" role="doc-backlink">↩︎</a></p></li>
+<li id="fn6"><p><a href="https://micro-manager.org/" class="uri">https://micro-manager.org/</a></p>
 <div class="sourceCode" id="cb1"><pre class="sourceCode r distill-force-highlighting-css"><code class="sourceCode r"></code></pre></div>
-<a href="#fnref5" class="footnote-back" role="doc-backlink">↩︎</a></li>
+<a href="#fnref6" class="footnote-back" role="doc-backlink">↩︎</a></li>
 </ol>
 </section>
 <!--radix_placeholder_article_footer-->

diff --git a/...te_libs/header-attrs-2.24/header-attrs.js → ...m_files/header-attrs-2.25/header-attrs.js b/...te_libs/header-attrs-2.24/header-attrs.js → ...m_files/header-attrs-2.25/header-attrs.js
diff --git a/_posts/patolojide-bilisim/updated_text.md b/_posts/patolojide-bilisim/updated_text.md
@@ -1,6 +1,6 @@
 # Patoloji ve Bilişim
 Serdar Balcı
-2023-09-16
+2023-09-18
 
 - [Patoloji ve Bilişim](#sec-patoloji-ve-bilisim)
   - [Patolojide Bilişimin yeri
@@ -191,10 +191,25 @@ immünohistokimya cihazındaki entegrasyon da tamamlanmak üzeredir.
 QuPath’ın WSinfer adlı eklentisi ile literatürdeki yapay zeka
 modellerini kendi vakalarımızda kolayca uygulamak mümkün. [^5]
 
+> I am really enthusiastic about the \#wsinfer plugin of \#qupath Now it
+> will be possible to try published models of digital pathology on my
+> cases without having to find data or code “upon reasonable request”,
+> or try correct the corrupt code on github. And now the “published
+> models” will face the real world scenario. This will change the
+> \#digitalpathology and distinguish those models that really work from
+> those that work only on the paper. There is one great barrier
+> remaining now, an open source program to make \#WSI with a camera
+> attached to a microscope. I wish I had the coding skills to do that :)
+
 #### HistoQC
 
 #### Octopi
 
+#### µManager {sec-micromanager}
+
+Open Source Software for Control and Automation of Microscope Hardware
+[^6]
+
 Diğer açık kaynak kodlu ve ücretsiz programların listesi okuma
 önerilerinde verilmiştir.
 
@@ -303,3 +318,5 @@ Diğer açık kaynak kodlu ve ücretsiz programların listesi okuma
     [documentation-2](https://qupath.readthedocs.io/en/latest/docs/deep/wsinfer.html)
     [image.sc](https://forum.image.sc/t/for-wsinfer-extension-how-can-i-find-model-documentations/85493)
     [linkedIN](https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:7108787522310184960/)
+
+[^6]: https://micro-manager.org/
diff --git a/docs/BlogPosts.html b/docs/BlogPosts.html
@@ -2353,7 +2353,7 @@ <h3>${suggestion.title}</h3>
     color: var(--hover-color, white);
   }</style>
   <!--/radix_placeholder_distill-->
-  <script src="site_libs/header-attrs-2.24/header-attrs.js"></script>
+  <script src="site_libs/header-attrs-2.25/header-attrs.js"></script>
   <script src="site_libs/popper-2.6.0/popper.min.js"></script>
   <link href="site_libs/tippy-6.2.7/tippy.css" rel="stylesheet" />
   <link href="site_libs/tippy-6.2.7/tippy-light-border.css" rel="stylesheet" />
@@ -2676,7 +2676,7 @@ <h1 class="posts-list-caption" data-caption="Blog Posts">Blog Posts</h1>
 <a href="posts/patolojide-bilisim/" class="post-preview">
 <script class="post-metadata" type="text/json">{"categories":["patoloji","bilişim","patolojinin geleceği","yapay zeka","otomasyon","bilgi yönetim sistemi","dijital patoloji"]}</script>
 <div class="metadata">
-<div class="publishedDate">Sept. 16, 2023</div>
+<div class="publishedDate">Sept. 20, 2023</div>
 <div class="dt-authors">
 <div class="dt-author">Serdar Balci</div>
 </div>

diff --git a/docs/BlogPosts.xml b/docs/BlogPosts.xml
@@ -7,7 +7,7 @@
     <description>Serdar Balci, MD Pathologist
 </description>
     <generator>Distill</generator>
-    <lastBuildDate>2023-09-16</lastBuildDate>
+    <lastBuildDate>2023-09-20</lastBuildDate>
     <item>
       <title>Patolojide Bilişim</title>
       <dc:creator>Serdar Balci</dc:creator>
@@ -21,7 +21,7 @@
       <category>bilgi yönetim sistemi</category>
       <category>dijital patoloji</category>
       <guid>https://www.serdarbalci.com/posts/patolojide-bilisim</guid>
-      <pubDate>2023-09-16</pubDate>
+      <pubDate>2023-09-20</pubDate>
     </item>
     <item>
       <title>Klinikopatolojik Çalışmalarda Kulanılabilecek Jamovi Modülleri</title>

diff --git a/docs/Serdar-Balci-MD-Pathologist-CV.html b/docs/Serdar-Balci-MD-Pathologist-CV.html
@@ -2285,7 +2285,7 @@ <h3>${suggestion.title}</h3>
     color: var(--hover-color, white);
   }</style>
   <!--/radix_placeholder_distill-->
-  <script src="site_libs/header-attrs-2.24/header-attrs.js"></script>
+  <script src="site_libs/header-attrs-2.25/header-attrs.js"></script>
   <script src="site_libs/popper-2.6.0/popper.min.js"></script>
   <link href="site_libs/tippy-6.2.7/tippy.css" rel="stylesheet" />
   <link href="site_libs/tippy-6.2.7/tippy-light-border.css" rel="stylesheet" />
@@ -4759,7 +4759,8 @@ <h1 id="society">Dernek ve Çalışma Grupları</h1>
 <li>United States and Canadian Academy of Pathology (USCAP)</li>
 <li>Pancreatobiliary Pathology Society</li>
 <li>Pancreatobiliary Pathology Society Membership/Website Committee (2018 - 2020)</li>
-<li>Ankara Tabip Odası</li>
+<li>Ankara Tabip Odası (Ankara Medical Chamber)</li>
+<li>İstanbul Tabip Odası (İstanbul Medical Chamber)</li>
 <li>Patoloji Dernekleri Federasyonu Standardizasyon Komisyonu</li>
 <li>Patoloji Dernekleri Federasyonu Hepato-Pankreato-Biliyer Patoloji Çalışma Grubu</li>
 <li>Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Bilimsel Araştırma Topluluğu (HÜTBAT), 2000-2005</li>

diff --git a/docs/index.html b/docs/index.html
@@ -2353,7 +2353,7 @@ <h3>${suggestion.title}</h3>
     color: var(--hover-color, white);
   }</style>
   <!--/radix_placeholder_distill-->
-  <script src="site_libs/header-attrs-2.24/header-attrs.js"></script>
+  <script src="site_libs/header-attrs-2.25/header-attrs.js"></script>
   <script src="site_libs/popper-2.6.0/popper.min.js"></script>
   <link href="site_libs/tippy-6.2.7/tippy.css" rel="stylesheet" />
   <link href="site_libs/tippy-6.2.7/tippy-light-border.css" rel="stylesheet" />
@@ -2676,7 +2676,7 @@ <h1 class="posts-list-caption" data-caption="Serdar Balci, MD, Pathologist">Serd
 <a href="posts/patolojide-bilisim/" class="post-preview">
 <script class="post-metadata" type="text/json">{"categories":["patoloji","bilişim","patolojinin geleceği","yapay zeka","otomasyon","bilgi yönetim sistemi","dijital patoloji"]}</script>
 <div class="metadata">
-<div class="publishedDate">Sept. 16, 2023</div>
+<div class="publishedDate">Sept. 20, 2023</div>
 <div class="dt-authors">
 <div class="dt-author">Serdar Balci</div>
 </div>

diff --git a/docs/index.xml b/docs/index.xml
@@ -7,7 +7,7 @@
     <description>Serdar Balci, MD Pathologist
 </description>
     <generator>Distill</generator>
-    <lastBuildDate>2023-09-16</lastBuildDate>
+    <lastBuildDate>2023-09-20</lastBuildDate>
     <item>
       <title>Patolojide Bilişim</title>
       <dc:creator>Serdar Balci</dc:creator>
@@ -21,7 +21,7 @@
       <category>bilgi yönetim sistemi</category>
       <category>dijital patoloji</category>
       <guid>https://www.serdarbalci.com/posts/patolojide-bilisim</guid>
-      <pubDate>2023-09-16</pubDate>
+      <pubDate>2023-09-20</pubDate>
     </item>
     <item>
       <title>Klinikopatolojik Çalışmalarda Kulanılabilecek Jamovi Modülleri</title>