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Este repositório armazena todos os códigos e pipelines produzidos para analisar os dados da dissertação intitulada: Genômica comparativa de cepas de Aspergillus terreus visando a produção de lovastatina. A intenção do repositório é permitir a reproducibilidade dos resultados e sanar dúvidas adicionais quanto à metodologia e resultados presentes no documento.
A estrutura do repositório segue a dos tópicos da dissertação. Isto é, cada seção da dissertação na qual houve necessidade de produzir um script será um diretório neste repositório. Cabe ressaltar que tarefas rotineiras para exploração dos dados como, por exemplo, contagem de reads num BAM, visualização de mapeamentos e códigos para gerar diversas figuras não tiveram seus scripts armazenados. O intiuito principal do repositório é armazenar códigos chave como a pipeline reprodutível usada com snakemake para identificar SNVs ou os códigos relativos às metodologias propostas.
Estrutura do repo:
Repositório/
├── Mapeamento_SNP_Call/
│ ├── README.md
│ ├── Samples/
│ ├── trimming.snakefile.py
│ ├── pipeline.snakefile.py
│ ├── buscar_cov_anomalas.py
│ └── config.json
├── Montagem_de_novo/
│ ├── pipeline.snakefile.py
│ ├── fgmp.rules
│ ├── Visu_Circos/
│ | ├── README.md
│ | ├── scripts/
│ | | ├── index.html
│ | | ├── js/
│ | | | ├── circularplot2.js
│ | | | ├── d3-tip.js
│ | | | ├── d3.min.js
│ | | | ├── jquery-1.12.0.min.js
│ | | | ├── labeler.js
│ | | | └── tracks.css
│ | | ├── db/
│ | | | ├── Sample.json
│ | | | └── Sample_genomes.json
├── POA_primers/
│ ├── README.md
│ ├── src/
│ | ├── poaV2.tar.gz
│ ├── POA.py
│ ├── GraphPOA.py
│ ├── primers.snakefile.py
| └── graphPrimer.py
├── BCGs_de_Bruijn_Colorido/
│ ├── README.md
│ ├── raw_data/
│ | ├── sample.1.fastq
│ | ├── sample.2.fastq
| └── bcg_de_bruijn.snakefile.py