Merge pull request #116 from nextstrain/subclades

Subclades

config/h1n1pdm/auspice_config.json

@@ -27,6 +27,11 @@
       "title": "Clade",
       "type": "categorical"
     },
+    {
+      "key": "subclade",
+      "title": "Subclade",
+      "type": "categorical"
+    },
     {
       "key": "haplotype",
       "title": "Derived haplotype",
@@ -119,6 +124,7 @@
   },
   "filters": [
     "clade_membership",
+    "subclade",
     "region",
     "country",
     "division",

config/h1n1pdm/auspice_config_who.json

@@ -31,6 +31,12 @@
       "menuItem": "clade",
       "type": "discrete"
     },
+    "subclade": {
+      "key": "subclade",
+      "legendTitle": "Subclade",
+      "menuItem": "subclade",
+      "type": "discrete"
+    },
     "full_clade_membership": {
       "key": "full_clade_membership",
       "legendTitle": "Clade (long)",
@@ -108,6 +114,7 @@
   ],
   "filters": [
     "clade_membership",
+    "subclade",
     "region",
     "country",
     "authors",

config/h1n1pdm/ha/subclades.tsv

@@ -0,0 +1,45 @@
+clade	gene	site	alt
+A	HA1	129	D
+A	HA1	185	I
+
+B	HA1	187	A
+B	HA1	189	E
+C	HA1	156	K
+C	HA1	161	I
+
+C.1	clade	C
+C.1	HA1	54	Q
+C.1	HA1	186	T
+C.1	HA1	189	E
+C.1	HA1	308	R
+
+C.1.1	clade	C.1
+C.1.1	HA1	142	R
+C.1.1	HA1	137	S
+
+C.1.1.1	clade	C.1.1
+C.1.1.1	HA1	216	A
+
+C.1.2	clade	C.1
+C.1.2	HA1	48	P
+
+C.1.3	clade	C.1
+C.1.3	HA1	73	T
+C.1.3	HA1	141	E
+
+C.1.4	clade	C.1
+C.1.4	HA1	94	N
+C.1.4	HA1	85	P
+C.1.4	HA1	321	I
+
+C.1.5	clade	C.1
+C.1.5	HA1	185	V
+C.1.5	nuc	863	G
+
+C.1.6	clade	C.1
+C.1.6	HA1	70	I
+C.1.6	HA1	169	R
+C.1.6	HA1	211	Q
+
+
+

config/h1n1pdm/na/subclades.tsv

@@ -0,0 +1,89 @@
+clade	gene	site	alt
+A	NA	40	L
+A	NA	386	N
+
+A.1	clade	A
+A.1	NA	40	I
+A.1	NA	386	K
+A.1	NA	264	I
+A.1	NA	270	K
+
+A.1.1	clade	A.1
+A.1.1	NA	449	D
+A.1.1	NA	77	R
+
+B	clade	A
+B	NA	40	I
+B	NA	386	K
+B	NA	51	K
+B	NA	452	I
+B	NA	74	S
+
+B.1	clade	B
+B.1	NA	389	K
+
+B.2	clade	B
+B.2	nuc	944	C
+B.2	NA	52	N
+
+B.2.1	clade	B.2
+B.2.1	NA	40	T
+B.2.1	NA	72	N
+
+B.3	clade	B
+B.3	NA	19	T
+B.3	NA	66	F
+B.3	NA	222	K
+
+B.3.1	clade	B.3
+B.3.1	NA	16	A
+B.3.1	nuc	830	C
+
+B.3.1.1	clade	B.3.1
+B.3.1.1	NA	469	N
+
+B.3.1.2	clade	B.3.1
+B.3.1.2	NA	366	N
+
+C	clade	B.3
+C	NA	453	M
+C	nuc	452	A
+C	nuc	785	G
+
+C.1	clade	C
+C.1	NA	264	T
+C.1	nuc	881	A
+
+C.2	clade	C
+C.2	NA	189	S
+
+C.3	clade	C
+C.3	NA	216	V
+C.3	NA	257	K
+C.3	nuc	1172	G
+
+C.4	clade	C
+C.4	NA	29	M
+C.4	NA	80	M
+C.4	NA	264	T
+C.4	nuc	95	G
+
+
+C.5	clade	C
+C.5	NA	469	N
+
+C.5.1	clade	C.5
+C.5.1	NA	50	D
+C.5.1	nuc	1313	G
+
+C.5.1.1	clade	C.5.1
+C.5.1.1	NA	382	E
+
+C.5.2	clade	C.5
+C.5.2	NA	13	V
+C.5.2	nuc	1313	G
+
+C.5.3	clade	C.5
+C.5.3	NA	200	N
+C.5.3	nuc	1091	G
+

config/h3n2/auspice_config.json

@@ -27,6 +27,11 @@
       "title": "Clade",
       "type": "categorical"
     },
+    {
+      "key": "subclade",
+      "title": "Subclade",
+      "type": "categorical"
+    },
     {
       "key": "haplotype",
       "title": "Derived haplotype",
@@ -129,6 +134,7 @@
   },
   "filters": [
     "clade_membership",
+    "subclade",
     "region",
     "country",
     "division",

config/h3n2/auspice_config_who.json

@@ -49,6 +49,12 @@
       "menuItem": "clade (long)",
       "type": "discrete"
     },
+    "subclade": {
+      "key": "subclade",
+      "legendTitle": "Subclade",
+      "menuItem": "subclade",
+      "type": "discrete"
+    },
     "cTiter": {
       "key": "cTiter",
       "legendTitle": "Antigenic advance (tree model)",
@@ -120,6 +126,7 @@
   ],
   "filters": [
     "clade_membership",
+    "subclade",
     "region",
     "country",
     "authors",

config/h3n2/ha/subclades.tsv

@@ -0,0 +1,153 @@
+clade	gene	site	alt
+A	HA1	48	I
+A	HA1	45	N
+A	nuc	473	T
+A.2	HA2	160	N
+A.2	nuc	710	A
+A.2	nuc	1535	G
+A.3	HA1	128	A
+A.3	HA1	142	G
+A.3	nuc	1313	A
+B	HA1	3	I
+B	HA1	144	S
+B	HA1	159	Y
+B	HA1	160	T
+B	nuc	1277	A
+C	HA1	138	S
+C	HA1	159	S
+C	HA1	225	D
+C	HA1	326	R
+C.1	HA1	3	I
+C.1	HA1	91	N
+C.1	HA1	144	K
+C.1	HA1	193	S
+C.1	HA2	149	M
+A.3.2	HA1	62	K
+A.3.2	HA1	83	R
+A.3.2	HA1	261	Q
+A.3.2	HA2	18	K
+B.1	HA1	121	K
+B.1	HA1	171	K
+B.1	HA2	77	V
+B.1	HA2	155	E
+B.1.1	HA1	135	K
+B.1.1	HA2	150	E
+B.1.1	nuc	489	A
+B.1.2	HA1	62	G
+B.1.2	HA1	142	G
+B.1.2	HA1	311	Q
+B.1.2.1	HA1	62	G
+B.1.2.1	HA1	135	K
+B.1.2.1	HA1	142	G
+B.1.2.1.1	HA1	128	A
+B.1.2.1.1	HA1	138	S
+B.1.2.1.1	HA1	186	D
+B.1.2.1.1	HA1	190	N
+D	HA1	128	A
+D	HA1	137	F
+D	HA1	138	S
+D	HA1	193	S
+E	HA1	62	G
+E	HA1	131	K
+E	HA1	142	G
+E	HA2	200	I
+E.1	HA1	83	E
+E.1	HA1	94	N
+E.1	HA2	193	M
+F	HA1	186	S
+F	HA1	193	S
+F	HA1	195	F
+F	HA1	198	P
+
+F.1	clade	F
+F.1	HA1	171	N
+
+F.1.1	clade	F.1
+F.1.1	HA1	48	T
+
+G	HA1	159	N
+G	HA1	160	I
+G	HA1	164	Q
+G	HA1	186	D
+G	HA1	190	N
+G	HA1	193	S
+G	HA1	195	F
+
+G.1	clade	G
+G.1	HA1	156	S
+
+G.1.1	clade	G.1
+G.1.1	HA1	53	G
+G.1.1	HA1	104	G
+G.1.1	HA1	276	R
+
+G.1.1.1	clade	G.1.1
+G.1.1.1	HA1	157	I
+G.1.1.1	HA1	262	N
+
+G.1.1.2	clade	G.1.1
+G.1.1.2	HA1	299	K
+G.1.1.2	HA1	140	K
+
+G.1.2	clade	G.1
+G.1.2	HA1	53	G
+G.1.2	HA1	201	K
+G.1.2	HA1	219	Y
+
+G.1.3	clade	G.1
+G.1.3	HA1	53	N
+G.1.3	HA1	96	S
+G.1.3	HA1	192	F
+
+G.1.3.1	clade	G.1.3
+G.1.3.1	HA1	50	K
+G.1.3.1	HA1	96	S
+
+G.1.3.1.1	clade	G.1.3.1
+G.1.3.1.1	HA1	140	K
+
+G.1.3.2	clade	G.1.3
+G.1.3.2	HA1	140	M
+G.1.3.2	nuc	143	A
+
+
+G.2	clade	G
+G.2	HA1	50	K
+G.2	HA1	79	V
+G.2	HA1	140	K
+
+G.2.1	clade	G.2
+G.2.1	HA1	135	A
+G.2.1	HA1	262	N
+
+G.2.2	clade	G.2
+G.2.2	HA1	33	Q
+G.2.2	HA1	262	N
+
+G.3	clade	G
+G.3	HA1	205	F
+G.3	HA1	212	T
+
+G.4	clade	G
+G.4	HA1	62	R
+G.4	HA1	156	Q
+G.4	HA1	199	P
+
+
+
+E.2	HA1	197	R
+E.2	HA1	219	F
+E.2	HA2	18	M
+E.2	HA2	155	G
+B.2	HA1	131	K
+B.2	HA1	142	K
+B.2	HA1	261	Q
+B.3	HA1	121	K
+B.3	HA1	144	K
+B.4	HA1	31	S
+B.4	HA1	53	N
+B.4	HA1	144	R
+B.4	HA1	171	K
+B.4	HA1	192	T
+B.4	HA1	197	H
+