使用clustergvis聚类时遇到问题

[Always-Stude]

我无法使用mufzz聚类，虽然K聚类能够使用但无法画折线图，请问我应该怎么解决这个问题？ @junjunlab

[junjunlab]

哪个版本的clusterGvis？

[Taoli0113]

我同样遇到了如下问题，使用的是github最新版clusterGVis @junjunlab：

sessionInfo()
R version 4.3.3 (2024-02-29)
Platform: x86_64-conda-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 22.04.4 LTS

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /home/tli/anaconda3/envs/R4.3/lib/libopenblasp-r0.3.21.so; LAPACK version 3.9.0

locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_US.UTF-8
[4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8 LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
[10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

time zone: Etc/UTC
tzcode source: system (glibc)

attached base packages:
[1] tcltk grid splines stats4 stats graphics grDevices utils datasets methods
[11] base

other attached packages:
[1] Cairo_1.6-2 graph_1.80.0 DynDoc_1.72.0
[4] widgetTools_1.72.0 cols4all_0.7-1 org.Hs.eg.db_3.14.0
[7] AnnotationDbi_1.56.2 IRanges_2.36.0 S4Vectors_0.40.2
[10] ComplexHeatmap_2.15.4 clusterProfiler_4.13.0.003 GOSemSim_2.28.0
[13] SeuratDisk_0.0.0.9021 ClusterGVis_0.1.1 monocle_2.30.0
[16] DDRTree_0.1.5 irlba_2.3.5.1 VGAM_1.1-11
[19] Biobase_2.62.0 BiocGenerics_0.48.1 Matrix_1.6-5
[22] lubridate_1.9.3 forcats_1.0.0 stringr_1.5.1
[25] purrr_1.0.2 readr_2.1.5 tidyr_1.3.1
[28] tibble_3.2.1 ggplot2_3.5.0 tidyverse_2.0.0
[31] MatrixGenerics_1.6.0 matrixStats_1.2.0 Seurat_5.0.1
[34] SeuratObject_5.0.1 sp_2.1-3 BiocFileCache_2.2.1
[37] dbplyr_2.5.0 future_1.33.1

[junjunlab]

应该是你们的mufzz版本有问题，尝试安装老一点的版本试试

[Taoli0113]

应该是你们的mufzz版本有问题，尝试安装老一点的版本试试

谢谢junjun，我的mufzz是正常的，但是kmeans聚类无法绘制折线图，不知是哪个包出现了问题

[junjunlab]

已修复，请重新下载安装试试。

[Taoli0113]

好的好的，谢谢junjun🙏

…

---- 回复的原邮件 ---- | 发件人 | ***@***.***> | | 发送日期 | 2024年08月12日 20:46 | | 收件人 | junjunlab/ClusterGVis ***@***.***> | | 抄送人 | Trizol ***@***.***>, Comment ***@***.***> | | 主题 | Re: [junjunlab/ClusterGVis] 使用clustergvis聚类时遇到问题 (Issue #83) | 已修复，请重新下载安装试试。 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: ***@***.***>

[Lizaijun400]

devtools::install_github("junjunlab/ClusterGVis")
library(ClusterGVis)
cm <- clusterData(exp = aaa,
cluster.method = "mfuzz",
cluster.num =4)
ck <- clusterData(exp = aaa,
cluster.method = "kmeans",
cluster.num =4)
visCluster(cm,plot.type = "line")
Error in dplyr::arrange():
ℹ In argument: ..1 = var.
Caused by error:
! ..1 must be size 492 or 1, not 2.
Run rlang::last_trace() to see where the error occurred. 为啥我还遇到这个问题