sparqlet-run

https://github.com/dbcls/sparqlist の lib/*.mjs を利用して、bin/sparqlet-run.mjs を作成しました.

(.mjs という拡張子は ES Modules という Node.js の新しい機能を利用していることを表しています)

Example

$ sparqlet-run homologene_category.md
[
  {
    "categoryId": "1",
    "label": "human",
    "count": 172
  },
  ...
]
490 ms

パラメータ指定:

$ sparqlet-run homologene_category.md categoryIds=1
[
  {
    "categoryId": "1",
    "label": "human",
    "count": 172
  }
]
385 ms

エンドポイントを変えてみる:

$ sparqlet-run homologene_category.md -e https://integbio.jp/togosite/sparql

繰り返し実行(時間測定のみ):

$ sparqlet-run homologene_category.md -n 3
386 ms
304 ms
305 ms

テーブル形式で出力、カラムを揃える:

$ sparqlet-run homologene_category.md -c

ディレクトリ内のSPARQLetをすべて実行:

$ for file in *.md; echo $file; do sparqlet-run $file; done

ターゲットエンドポイントを調べる

$ sparqlet-run homologene_category.md -s
https://integbio.jp/togosite/sparql   homologene_category

JavaScriptの中で、別のSPARQListを呼び出している場合

$ sparqlet-run refex_specific_high_expression.md -s
[
  'https://integbio.jp/togosite/sparqlist/api/refex_specific_expression'
]

Togoサイト関連

Togoサイトのproperties.jsonで利用しているSPARQLetをリストアップ

$ sparqlet-ls
Ensembl_gene_type
Ensembl-exon-count
...

$ sparqlet-ls -v
[[Gene]]
Gene biotype    Ensembl_gene_type
# of exons      Ensembl-exon-count
...

さらに、各々のターゲットエンドポイントを調べる

$ for i in $(sparqlet-ls); do sparqlet-run $i.md -s; done
https://integbio.jp/togosite/sparql     Ensembl_gene_type
https://integbio.jp/togosite/sparql     Ensembl-exon-count
...

SPARQLetのタイトルも付けて表示する

$ sparqlet-ls -vt

Aggregate用SPARQLetのリストを取得

$ sparqlet-ls -A

メタスタンザ用の呼び出し部分を抽出

$ sparqlet-ls -M

TogoサイトSPARQListからSPARQLetを取得して、ローカルで実行してみる

$ sparqlet-api homologene_category

$ sparqlet-api --run homologene_category

GitHubからTogoSite用のSPARQLetを取得して、ローカルで実行してみる

$ sparqlet-run --github homologene_category

パラメータexampleを利用したテスト

パターン2 (mode=idList categoryIds=...) のexampleを自動で埋め込んでテストする

$ sparqlet-run --p2 homologene_category.md

結果の検証

$ sparqlet-test homologene_category.md

実行結果と、homologene_category.txt を比較する

Install

Node.jsのv14.13.0以上が必要.

$ cd sparqlet-run
$ npm install

コマンドをパスに入れるため、続けて $ npm link (root権限が必要な場合は $ sudo npm link)

Usage

$ ./bin/sparqlet-run.mjs

あるいは、$ npm link してあれば、

$ sparqlet-run

Misc

Emacsに poly-markdown と https://github.com/hchiba1/sparql-mode を入れると、SPARQLetが編集しやすくなる.