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Memory Usage Benchmark
Yasuhiro Yamada edited this page May 1, 2022
·
13 revisions
As of teip v2.0
- Combination of
teipand general UNIX commands was the fastest of the commonly used text processing methods.
| Method | Processing Time |
|---|---|
| grep + sed + awk: The easy way to come up with | 28448 seconds (approx 7.9 hours) |
| grep + sed + awk: Smarter way than above | 469 seconds |
| Python3 script | 48 seconds |
| Python3 script: Use memory aggressively | 41 seconds |
| teip + grep + sed | 32 seconds |
- However,
-erequires approx 3 times as much memory as the standard input.- To process 100 MiB file, it requires approx 300 MiB memory
- To process 500 MiB file, it requires approx 1.5 GiB memory
- Host: On GitHub Actions as of 28 April 2022
- Version teip v2.0
- Measured by Valgrind + massif
$ valgrind --tool=massif --time-unit=ms --massif-out-file={{RESULT}} {{COMMAND}} > /dev/null
- 100 MiB file: test_secure
$ wget https://github.com/greymd/test_files/raw/v1.0.0/logs/test_secure.gz
$ gzip -d ./test_secure.gz
- 500 MiB file: test_secure Concatinate 100 MiB file 5 times.
$ mv test_secure test_secure_tmp
$ cat test_secure_tmp test_secure_tmp test_secure_tmp test_secure_tmp test_secure_tmp > test_secure
- Environment
$ cat /proc/meminfo
MemTotal: 7113128 kB
︙
$ cat /proc/cpuinfo
processor : 0
vendor_id : GenuineIntel
cpu family : 6
model : 85
model name : Intel(R) Xeon(R) Platinum 8259CL CPU @ 2.50GHz
stepping : 7
microcode : 0x5003103
cpu MHz : 2499.998
cache size : 36608 KB
︙
processor : 1
vendor_id : GenuineIntel
cpu family : 6
model : 85
model name : Intel(R) Xeon(R) Platinum 8259CL CPU @ 2.50GHz
stepping : 7
microcode : 0x5003103
cpu MHz : 2499.998
cache size : 36608 KB
$ uname -a
Linux fv-az190-149 5.13.0-1022-azure #26~20.04.1-Ubuntu SMP Thu Apr 7 19:42:45 UTC 2022 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
$ awk --version
GNU Awk 5.0.1, API: 2.0 (GNU MPFR 4.0.2, GNU MP 6.2.0)
︙
$ grep --version
grep (GNU grep) 3.4
︙
$ sed --version
sed (GNU sed) 4.7
︙
$ cat --version
cat (GNU coreutils) 8.30
︙
$ python3 --version
Python 3.6.9
Case name: mem_usage_real
teip -e 'grep -n -C 3 admin' -- sed 's/./@/g' < test_secure
Case name: mem_usage_worst
teip -e 'awk "NR==1{print NR}"' -- sed 's/./@/g' < test_secure
Case name: mem_usage_best
teip -e 'cat -n' -- sed 's/./@/g' < test_secure
Case name: mem_usage_half
teip -e 'awk "NR % 2 == 0 {print NR}"' -- sed 's/./@/g' < test_secure
Case name: mem_usage_one_third
teip -e 'awk "NR % 3 == 0 {print NR}"' -- sed 's/./@/g' < test_secure
The result is same as test case mem_usage_real
$ grep -n -C 3 admin < test_secure | awk -F '[-:]' '{print $1}' | awk NF | awk '{print NR"s/./@/g"}' | sed -f- test_secure > /dev/null
--------------------------------------------------------------------------------
Command: /home/ubuntu/repos/greymd/teip/tests/test_without_teip.sh
Massif arguments: --time-unit=ms --peak-inaccuracy=0.5 --pages-as-heap=yes --massif-out-file=test_without_teip.txt
ms_print arguments: test_without_teip.txt
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0 +----------------------------------------------------------------------->h
0 7.902
=> 28448 seconds
$ cat test_without_teip.sh
grep -n -C 3 admin < test_secure | awk -F '[-:]' '{print $1}' | awk NF | awk '{ do{ for(s=e=$1; (r=getline)>0 && $1<=e+1; e=$1); print s==e ? s : s","e }while(r>0) }'| awk '{print $0"s/./@/g"}' | sed -f- test_secure > tmp
result
--------------------------------------------------------------------------------
Command: /home/ubuntu/repos/greymd/teip/tests/test_without_teip.sh
Massif arguments: --time-unit=ms --peak-inaccuracy=0.5 --pages-as-heap=yes --massif-out-file=test_without_teip.txt
ms_print arguments: smart_awk.txt
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0 +----------------------------------------------------------------------->s
0 469.2
Number of snapshots: 34
Detailed snapshots: [9, 11, 21, 26, 31 (peak)]
=> 469 seconds
script:
import re
import sys
N = 3
before = sys.argv[1]
after = sys.argv[2]
q = list()
ac = 0
for line in sys.stdin:
line = line.rstrip()
if ac > 0:
q.append(re.sub('.', after, line))
ac -= 1
else:
q.append(line)
if len(q) > (N + 1):
print(q.pop(0))
if re.search(before, line):
for i in range(min((N+1), len(q))):
q[-1 - i] = re.sub('.', after, q[-1 - i])
ac = N
for i in range(len(q)):
print(q[i])executed command:
$ valgrind --tool=massif --time-unit=ms --trace-children=yes --peak-inaccuracy=0.5 --pages-as-heap=yes --massif-out-file=test_python.txt python3 ~/work/c3.py 'admin' '@' < test_secure > /dev/null
Result:
--------------------------------------------------------------------------------
Command: python3 /home/ubuntu/work/c3.py admin @
Massif arguments: --time-unit=ms --peak-inaccuracy=0.5 --pages-as-heap=yes --massif-out-file=test_python.txt
ms_print arguments: test_python.txt
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|@# :
|@# :
|@# :
0 +----------------------------------------------------------------------->s
0 47.81
=> 47.81 seconds
import re
import sys
N = 3
before = sys.argv[1]
after = sys.argv[2]
q = list()
ac = 0
for line in sys.stdin:
line = line.rstrip()
if ac > 0:
q.append(re.sub('.', after, line))
ac -= 1
else:
q.append(line)
if re.search(before, line):
for i in range(min((N+1), len(q))):
q[-1 - i] = re.sub('.', after, q[-1 - i])
ac = N
for i in range(len(q)):
print(q[i])--------------------------------------------------------------------------------
Command: python3 /home/ubuntu/work/c32.py admin @
Massif arguments: --time-unit=ms --peak-inaccuracy=0.5 --pages-as-heap=yes --massif-out-file=test_python.txt
ms_print arguments: test_python.txt
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0 +----------------------------------------------------------------------->s
0 40.91
=> 40.91 seconds
$ du -s test_secure
102404 test_secure
--------------------------------------------------------------------------------
Command: ./target/release/teip -e grep -n -C 3 admin -- sed s/./@/g
Massif arguments: --time-unit=ms --massif-out-file=mem_usage_real.txt
ms_print arguments: ./mem_usage_real.txt
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0 +----------------------------------------------------------------------->s
0 31.68
Number of snapshots: 59
Detailed snapshots: [3, 5, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 14, 17, 18 (peak), 58]
--------------------------------------------------------------------------------
Command: ./target/release/teip -e awk "NR==1{print NR}" -- sed s/./@/g
Massif arguments: --time-unit=ms --massif-out-file=mem_usage_worst.txt
ms_print arguments: ./mem_usage_worst.txt
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0 +----------------------------------------------------------------------->s
0 41.99
Number of snapshots: 50
Detailed snapshots: [1, 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10, 11, 12, 15, 34 (peak), 40, 45]
--------------------------------------------------------------------------------
Command: ./target/release/teip -e cat -n -- sed s/./@/g
Massif arguments: --time-unit=ms --massif-out-file=mem_usage_best.txt
ms_print arguments: ./mem_usage_best.txt
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0 +----------------------------------------------------------------------->s
0 57.37
Number of snapshots: 86
Detailed snapshots: [1, 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 (peak), 17, 29, 57, 67, 77]
--------------------------------------------------------------------------------
Command: ./target/release/teip -e awk "NR % 2 == 0 {print NR}" -- sed s/./@/g
Massif arguments: --time-unit=ms --massif-out-file=mem_usage_half.txt
ms_print arguments: ./mem_usage_half.txt
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0 +----------------------------------------------------------------------->s
0 34.54
--------------------------------------------------------------------------------
Command: ./target/release/teip -e awk "NR % 3 == 0 {print NR}" -- sed s/./@/g
Massif arguments: --time-unit=ms --massif-out-file=mem_usage_one_third.txt
ms_print arguments: ./mem_usage_one_third.txt
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0 31.74
Number of snapshots: 77
Detailed snapshots: [3, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21 (peak), 26, 31, 58, 68]
$ du -hs
501M test_secure
--------------------------------------------------------------------------------
Command: ./target/release/teip -e grep -n -C 3 admin -- sed s/./@/g
Massif arguments: --time-unit=ms --massif-out-file=mem_usage_real.txt
ms_print arguments: ./mem_usage_real.txt
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0 +----------------------------------------------------------------------->s
0 177.8
Number of snapshots: 75
Detailed snapshots: [1, 2, 3, 4, 5, 7, 9, 10, 13, 14, 15, 16, 17, 19, 21 (peak), 33, 49, 59, 69]
--------------------------------------------------------------------------------
Command: ./target/release/teip -e awk "NR==1{print NR}" -- sed s/./@/g
Massif arguments: --time-unit=ms --massif-out-file=mem_usage_worst.txt
ms_print arguments: ./mem_usage_worst.txt
--------------------------------------------------------------------------------
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0 179.1
Number of snapshots: 88
Detailed snapshots: [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 22, 26, 31, 36, 41, 46, 47, 48 (peak), 55, 65, 75, 85]
--------------------------------------------------------------------------------
Command: ./target/release/teip -e cat -n -- sed s/./@/g
Massif arguments: --time-unit=ms --massif-out-file=mem_usage_best.txt
ms_print arguments: ./mem_usage_best.txt
--------------------------------------------------------------------------------
GB
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0 +----------------------------------------------------------------------->s
0 242.0
Number of snapshots: 87
Detailed snapshots: [1, 2, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 12, 13, 14 (peak), 56, 66, 76, 86]
--------------------------------------------------------------------------------
Command: ./target/release/teip -e awk "NR % 2 == 0 {print NR}" -- sed s/./@/g
Massif arguments: --time-unit=ms --massif-out-file=mem_usage_half.txt
ms_print arguments: ./mem_usage_half.txt
--------------------------------------------------------------------------------
GB
1.432^ #
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| @:@@@@: @@:@@@@@@:@:#:::@: :: :@:::@::@:::@::::@::::::@:::::@::::::@::
0 +----------------------------------------------------------------------->s
0 185.4
Number of snapshots: 90
Detailed snapshots: [1, 2, 4, 5, 6, 7, 9, 10, 11, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 20, 22 (peak), 27, 32, 37, 42, 47, 55, 65, 75, 85]
--------------------------------------------------------------------------------
Command: ./target/release/teip -e awk "NR % 3 == 0 {print NR}" -- sed s/./@/g
Massif arguments: --time-unit=ms --massif-out-file=mem_usage_one_third.txt
ms_print arguments: ./mem_usage_one_third.txt
--------------------------------------------------------------------------------
GB
1.561^ ##
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0 +----------------------------------------------------------------------->s
0 215.1
Number of snapshots: 55
Detailed snapshots: [1, 2, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 11, 12, 13, 14, 15 (peak), 18, 20, 25, 32, 37, 41, 46, 53]