Installation

Démarrez Rstudio, puis installez les paquets bnlearn et Rgraphviz.

install.packages("bnlearn")
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("graph", "Rgraphviz"))

Prise en main de R

Créez un nouveau projet: File -> New Project -> New Directory

Créez un nouveau script R dans lequel vous allez travailler: File -> New File -> R Script

Commencer par charger la base alarm:

library("bnlearn")

# charge la base de données alarm
data("alarm")

# infos sur les colonnes (nos variables)
ncol(alarm)
colnames(alarm)

# infos sur les lignes (nos observations)
nrow(alarm)
rownames(alarm)

# dix premières lignes, 5 premières colonnes
alarm[1:10, 1:5]

# lignes 3, 5, 1, colonnes "ANES", "HIST" et "MINV"
alarm[c(3, 5, 1), c("ANES", "HIST", "MINV")]

Quelques commandes utiles:

• Auto-complétion: ctrl+espace;
• Page d'aide d'une fonction: ?nom_fonction (à exécuter dans l'interpréteur);
• Exécuter la sélection ou la ligne courante: ctrl+entrée;
• Exécuter le fichier courant: ctrl+shift+S.

Prise en main de bnlearn

Le package bnlearn permet, entre autres, de faire des tests d'indépendance conditionnelle.

ci.test(x = "PAP", y = "SHNT", z = as.character(NULL), data = alarm, test = "mi")

res = ci.test(x = "PAP", y = "SHNT", z = "PMB", data = alarm, test = "mi")
res$statistic
res$p.value

Inspectez la relation entre les variables PAP et SHNT:

table(alarm[, "PAP"])
plot(alarm[, "PAP"])
prop.table(table(alarm[, "PAP"]))

table(alarm[, "SHNT"])
plot(alarm[, "SHNT"])
prop.table(table(alarm[, "SHNT"]))

ct = table(alarm[, c("PAP", "SHNT")])
prop.table(ct)
prop.table(ct, margin = 1)
prop.table(ct, margin = 2)

Parmis les relations d'indépendance ci-dessous, lesquelles sont vraies?

• STKV ⟂ HR | ∅;
• STKV ⟂ HR | CO;
• HR ⟂ CO | ∅;
• HR ⟂ CO | STKV;
• CO ⟂ STKV | ∅;
• CO ⟂ STKV | HR.

Quelle structure de réseau Bayésien permet d'encoder le modèle d'indépendance entre les trois variables STKV, HR et CO ?

Inspectez la relation entre STKV et HR:

mask = rep(TRUE, nrow(alarm))
p = prop.table(table(alarm[mask, c("STKV", "HR")]), margin = 1)
plot(p, main="p(y|x)")

Inspectez la relation entre STKV et HR sachant CO (vous pouvez remplacer "HIGH" par "LOW" ou "NORMAL"):

mask = alarm[, "CO"] == "HIGH"
p = prop.table(table(alarm[mask, c("STKV", "HR")]), margin = 1)
plot(p, main="p(y|x,z=HIGH)")

Inférence dans un réseau Bayésien

Tout d'abord, construisez un réseau Bayésien complet (structure et paramètres) avec les instructions suivantes:

# structure
bn = hc(alarm)
graphviz.plot(bn)

# parametres
bn = bn.fit(bn, data = alarm, method = "bayes")
bn[["CO"]]

Inférence approchée

On peut calculer (inférer) n'importe quelle probabilité à partir du réseau bayésien avec la commande cpquery(). Exécutez plusieurs fois les instructions suivantes. Qu'observez-vous?

cpquery(bn, event = (STKV == "HIGH"), evidence = (HR == "LOW"))
cpquery(bn, event = (STKV == "HIGH"), evidence = (HR == "LOW" & CO == "LOW"))

Inférence exacte

Récupérez le fichier includes.R qui contient la fonction exact.dist(), et ajoutez-le à votre projet. Vous pouvez désormais faire de l'inférence exacte comme suit:

source("includes.R")

p = exact.dist(bn, event = c("STKV", "HR", "CO"), evidence = TRUE)
sum(p["HIGH", "LOW", ]) / sum(p[, "LOW", ])
sum(p["HIGH", "LOW", "LOW"]) / sum(p[, "LOW", "LOW"])

Attention, l'inférence exacte dans un réseau bayésien peut être très coûteuse:

p = exact.dist(bn, event = c("INT", "APL"), evidence = TRUE)

Do-calculus

A l'aide de la fonction exact.dist(), calculez la distribution conditionnelle de HYP sachant STKV, autrement dit p(y|x). Puis, en supposant que le réseau bayésien est causal, calculez la distribution de probabilité de HYP sachant que la valeur de STKV a été forcée, autrement dit p(y|do(x)). On rappelle la formule d'ajustement pour "supprimer" une variable confondante: p(y|do(x)) = ∑_z p(y|x,z)p(z)

L'algorithme PC

Nous allons maintenant coder une algorithme d'apprentissage de structure simple: l'algorithme PC.

Construire le squelette

Commencez par initialiser un squelette (graphe non-dirigé) complet. A partir d'un graphe vide, ajoutez un arc non-dirigé entre chaque paire de noeuds:

vars = colnames(alarm)
g = empty.graph(vars)
for (x in vars) {
  for (y in setdiff(vars, x)) {
    g = set.edge(g, from = x, to = y)
  }
}
graphviz.plot(g)

Ensuite, épurez le squelette en suivant l'algorithme suivant:

1. pour chaque paire de variables X et Y, tester X ⟂ Y | ∅. Si la relation est vraie, alors retirer l'arc correspondant;
2. pour chaque paire (ordonnée) de variables X et Y, et pour chaque variable Z adjacente à X, tester X ⟂ Y | Z. Si la relation est vraie, alors retirer l'arc correspondant;
3. pour chaque paire (ordonnée) de variables X et Y, et pour chaque ensemble Z de 2 variables adjacentes à X, tester X ⟂ Y | Z. Si la relation est vraie, alors retirer l'arc correspondant;
4. procéder ainsi de suite avec des ensemble de taille 3, 4, etc.

Astuce: utilisez la fonction combn(s, m) pour obtenir toutes les combinaisons de taille m d'un ensemble s (attention le retour est sous forme de matrice). Pour obtenir le voisinage d'un noeud x dans un graphe g, utilisez g$nodes[[x]]$nbr. Pour supprimer un arc, utilisez g = drop.edge(g, from = x, to = x). Pour une exécution rapide, préférez un seuil de tolérance faible (alpha=0.01).

Orienter les arcs

Afin d'orienter les arcs, modifiez tout d'abord votre code de l'étape précédente afin de conserver chaque ensemble Z_X,Y qui a permis de retirer un arc X-Y. Enfin, orientez le graphe en respectant la règle suivante:

1. orienter X -> W <- Y s'il n'y a pas d'arc entre X et Y et si W n'est pas inclus dans Z_X,Y;
2. pour chaque arc non-orienté restant, décider une orientation arbitraire sans ajouter de nouvelle v-structure au graphe.

Astuce: utilisez w %in% z pour déterminer si un élément w est contenu dans un ensemble z. Pour placer un arc orienté, utilisez g = set.arc(g, from = x, to = w).