-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 3.3k
New issue
Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.
By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.
Already on GitHub? Sign in to your account
Update atlas to version 2.0.0-rc.5 #51996
Changes from 1 commit
7047da1
5adb356
e64c113
821fe84
2f1689f
3d20d7f
c3309f9
c722a8e
edf86da
f5f9c3c
69a4dbe
9987b3a
593309d
File filter
Filter by extension
Conversations
Jump to
Diff view
Diff view
There are no files selected for viewing
Original file line number | Diff line number | Diff line change | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
@@ -1,14 +1,9 @@ | ||||||||||||
#!/bin/bash | ||||||||||||
|
||||||||||||
export CFLAGS="$CFLAGS -I$PREFIX/include" | ||||||||||||
export LDFLAGS="$LDFLAGS -L$PREFIX/lib" | ||||||||||||
export LD_LIBRARY_PATH="${PREFIX}/lib" | ||||||||||||
export LIBRARY_PATH="${PREFIX}/lib" | ||||||||||||
export CPATH="${PREFIX}/include" | ||||||||||||
mkdir -p build | ||||||||||||
cd build | ||||||||||||
cmake .. -GNinja -DCONDA=ON -DCMAKE_CXX_COMPILER=${CXX} -DCMAKE_LIBRARY_PATH=${CONDA_PREFIX}/lib -DCMAKE_INCLUDE_PATH=${CONDA_PREFIX}/include | ||||||||||||
ninja | ||||||||||||
There was a problem hiding this comment. Choose a reason for hiding this commentThe reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more. 🛠️ Refactor suggestion Add error handling for build command. The build command should exit on failure to prevent incomplete installations. -ninja
+ninja || exit 1 📝 Committable suggestion
Suggested change
|
||||||||||||
|
||||||||||||
sed -i.bak 's/^GIT_HEADER/#GIT_HEADER/' makefile | ||||||||||||
|
||||||||||||
make CXX=$CXX ARM=false | ||||||||||||
|
||||||||||||
mkdir -p $PREFIX/bin | ||||||||||||
cp atlas $PREFIX/bin | ||||||||||||
mkdir -p ${PREFIX}/bin | ||||||||||||
cp atlas ${PREFIX}/bin | ||||||||||||
There was a problem hiding this comment. Choose a reason for hiding this commentThe reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more. 🛠️ Refactor suggestion Improve binary installation robustness. The installation steps should handle errors and ensure proper executable permissions. mkdir -p ${PREFIX}/bin
-cp atlas ${PREFIX}/bin
+cp atlas ${PREFIX}/bin/atlas || exit 1
+chmod +x ${PREFIX}/bin/atlas 📝 Committable suggestion
Suggested change
|
Original file line number | Diff line number | Diff line change | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
@@ -1,39 +1,58 @@ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
{% set version = "0.9.9" %} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
{% set version = "2.0.0-rc.5" %} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
package: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
name: atlas | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
version: {{ version }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
version: 2.0.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
source: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
url: https://bitbucket.org/wegmannlab/atlas/get/{{ version }}.tar.gz | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sha256: 7b65eae5ab7ff439accd53febf8caa15ad9d8230278eee31fd5c2e95bf021990 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sha256: fabbde9a4af8053f748568c666fbf0210e318f7794bd8d8aed827d5da37314d5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
There was a problem hiding this comment. Choose a reason for hiding this commentThe reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more. Version inconsistency detected between template variable and package version The template sets version to "2.0.0-rc.5" but the package version is set to "2.0.0". This inconsistency could cause issues with dependency resolution and version tracking. Apply this diff to maintain consistency: {% set version = "2.0.0-rc.5" %}
package:
name: atlas
- version: 2.0.0
+ version: {{ version }} 📝 Committable suggestion
Suggested change
🧰 Tools🪛 yamllint[error] 1-1: syntax error: found character '%' that cannot start any token (syntax) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
build: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
number: 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
number: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
run_exports: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- {{ pin_subpackage("atlas", max_pin="x") }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
requirements: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
build: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- make | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- {{ compiler('cxx') }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- zlib | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- armadillo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- libblas | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- openblas | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
host: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- zlib | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- armadillo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- libblas | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- openblas | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
run: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- libblas | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- zlib | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- armadillo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
build: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- git | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- cmake | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- ninja | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- {{ compiler('cxx') }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
host: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- armadillo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- fmt | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- htslib | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- lapack | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- nlohmann_json | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- openblas | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- openmp | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- zlib | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
run: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- armadillo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- fmt | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- htslib | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- lapack | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- nlohmann_json | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- openblas | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- openmp | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- zlib | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
test: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
commands: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- atlas task=recal | grep Wegmann | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
commands: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- atlas | grep "successfully" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- atlas simulate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- atlas HKY85 --bam ATLAS_simulations.bam --fasta ATLAS_simulations.fasta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- atlas GLF --bam ATLAS_simulations.bam | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- atlas saf --glf ATLAS_simulations.glf.gz --fasta ATLAS_simulations.fasta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- atlas majorMinor --glf ATLAS_simulations.glf.gz | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
about: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
home: https://bitbucket.org/wegmannlab/atlas/wiki/Home | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
home: https://atlaswiki.netlify.app | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
license: GPLv3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
summary: "ATLAS, a suite of methods to accurately genotype and estimate genetic diversity" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
summary: "ATLAS: Analysis Tools for Ancient and Low-depth Samples" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
extra: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
additional-platforms: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- linux-aarch64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- osx-arm64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
There was a problem hiding this comment. Choose a reason for hiding this commentThe reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more. 💡 Codebase verification Dependencies not fully available for ARM platforms Based on the verification results, there are compatibility concerns for ARM platforms:
The package cannot be built for ARM platforms without all required dependencies being available. Please either:
🔗 Analysis chainVerify build infrastructure for new platforms The addition of arm64 platforms is significant. Please verify:
🏁 Scripts executedThe following scripts were executed for the analysis: Script: #!/bin/bash
# Check if all dependencies are available for arm64 platforms
echo "Checking host dependencies..."
for dep in armadillo fmt htslib lapack nlohmann_json openblas openmp zlib; do
echo "Checking $dep..."
rg "name:\s*$dep" | xargs grep -l "osx-arm64\|linux-aarch64"
done
Length of output: 2017 Script: #!/bin/bash
# Let's try a different approach to check dependencies
# First, let's find the requirements section in the meta.yaml
echo "Checking requirements in meta.yaml..."
rg -A 10 "requirements:" recipes/atlas/meta.yaml
# Then let's check if these dependencies are available in conda-forge
echo -e "\nChecking conda-forge packages..."
gh api -H "Accept: application/vnd.github+json" \
/repos/conda-forge/feedstock-outputs/contents \
| jq -r '.[] | select(.name | test("(armadillo|fmt|htslib|lapack|nlohmann_json|openblas|openmp|zlib).*json$")) | .name'
Length of output: 575 Script: #!/bin/bash
# Let's check the conda-forge repository directly for arm64 support in these packages
echo "Checking armadillo..."
curl -s "https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-aarch64/repodata.json" | jq -r '.packages | keys[] | select(startswith("armadillo-"))'
echo -e "\nChecking fmt..."
curl -s "https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-aarch64/repodata.json" | jq -r '.packages | keys[] | select(startswith("fmt-"))'
echo -e "\nChecking htslib..."
curl -s "https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-aarch64/repodata.json" | jq -r '.packages | keys[] | select(startswith("htslib-"))'
echo -e "\nChecking lapack..."
curl -s "https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-aarch64/repodata.json" | jq -r '.packages | keys[] | select(startswith("lapack-"))'
# Also check for osx-arm64
echo -e "\nChecking osx-arm64 packages..."
curl -s "https://conda.anaconda.org/conda-forge/osx-arm64/repodata.json" | jq -r '.packages | keys[] | select(startswith("armadillo-") or startswith("fmt-") or startswith("htslib-") or startswith("lapack-"))'
Length of output: 1795 |
There was a problem hiding this comment.
Choose a reason for hiding this comment
The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.
🛠️ Refactor suggestion
Add error handling for directory operations.
The
cd
command should handle potential failures to prevent silent errors in the build process.📝 Committable suggestion
🧰 Tools
🪛 Shellcheck
[warning] 4-4: Use 'cd ... || exit' or 'cd ... || return' in case cd fails.
(SC2164)