对于开源分子动力学模拟软件Lammps导出的大数据量文件（单个数据文件上10G都是有可能的），是不太适合利用Excel或者Origin等常规软件来进行数据处理和绘图的。笔者从2020年正式学习Lammps时，就做了利用Python进行全流程（后处理+科研绘图）的尝试，也都取得了相关的论文成果，论文中除结构示意图外，数据图都是采用Python来进行的。
我的博客地址：快乐学术猿_YuanbaoQiang_CSDN博客-LeetCode,剑指offer刷题记录,科研记录领域博主，内容包含我的研究生科研记录、Java学习记录、计算机基础等内容，会长期更新自己的学习内容。
论文1
- 原文链接：Progressive Molecular Rearrangement and Heat Generation of Amorphous Polyethene Under Sliding Friction: Insight from the United-Atom Molecular Dynamics Simulations | Langmuir (acs.org)
- 审稿意见及回复：10.1021-acs.langmuir.0c01949
本仓库分为两个文件夹：examples和python-scritps，examples主要是一些建模或者数据文件，python-scritps是一些个人常用的处理数据的脚本，专门针对examples中的数据文件做相关处理和数据图绘制。
笔者列出一些常见的可导出数据的Lammps命令，针对命令导出的数据文件，给出相应的脚本使用说明。
针对ave/chunk导出的1d切分和2d切分的数据文件，可利用sharding_for_ave_chunk.py 和 plot_for_ave_chunk.py来进行数据的切分和数据图的简单绘制。使用方法见我的博客记录：数据处理-500行Python代码处理ave/chunk命令下1d和2d分块数据_快乐学术猿-CSDN博客，代码注释较为详尽。