Merge pull request #1112 from ScilifelabDataCentre/hugo_build

use official docker images to build

Dockerfiles/Dockerfile

@@ -1,8 +1,21 @@
-FROM klakegg/hugo:0.104.3-ubuntu-onbuild AS build
+# Use alpine Linux, download desired version of HUGO and build html files
+FROM alpine:3.19.1 AS build
+RUN apk add --no-cache wget=1.21.4-r0
+ARG HUGO_VERSION="0.123.7"
+RUN wget --quiet "https://github.com/gohugoio/hugo/releases/download/v${HUGO_VERSION}/hugo_${HUGO_VERSION}_Linux-64bit.tar.gz" && \
+    tar xzf hugo_${HUGO_VERSION}_Linux-64bit.tar.gz && \
+    rm -r hugo_${HUGO_VERSION}_Linux-64bit.tar.gz && \
+    mv hugo /usr/bin && \
+    chmod 755 /usr/bin/hugo
+WORKDIR /src
+COPY ./ /src
+RUN mkdir /target && \
+    hugo -d /target
 
+# Serve the generated html using nginx
 FROM nginxinc/nginx-unprivileged:alpine
-RUN sed -i '3 a\    absolute_redirect off;' /etc/nginx/conf.d/default.conf
-RUN sed -i 's/#error_page  404/error_page  404/' /etc/nginx/conf.d/default.conf
+RUN sed -i '3 a\    absolute_redirect off;' /etc/nginx/conf.d/default.conf && \
+    sed -i 's/#error_page  404/error_page  404/' /etc/nginx/conf.d/default.conf
 COPY --from=build /target /usr/share/nginx/html
 
 EXPOSE 8080

content/svenska/dashboards/wastewater/influenza_quantification/_index.md

@@ -80,6 +80,6 @@ För de flesta städer som representeras på den här sidan används flödeskomp
 
 Det virala genomiska materialet från de insamlade proverna extraheras med en metod som använder Maxwell RSC Enviro TNA-kitet (Promega).
 
-Absolut kvantifiering av antalet kopior av influensa A- och B-virusgenom görs med metoden One-Step RT-qPCR och Flu SC2 Multiplex-testet från Centers for Disease Control and Prevention (CDC). För att korrigera för variation i population och avloppsvattenflöde kvantifieras förekomsten av viruset pepper mild mottle virus (PMMoV), ett växtvirus från peppar som människor får i sig via maten. PMMoV kvantifieras med hjälp av en modifierad version av testet i [Zhang et al. (2006)](<(https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040003)>). PMMoV är det vanligaste RNA-viruset i avföring från människa och används för att uppskatta mängden avföring från människa i avloppsvattenprover ([Symonds et al., 2019](<(https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007639)>)).
+Absolut kvantifiering av antalet kopior av influensa A- och B-virusgenom görs med metoden One-Step RT-qPCR och Flu SC2 Multiplex-testet från Centers for Disease Control and Prevention (CDC). För att korrigera för variation i population och avloppsvattenflöde kvantifieras förekomsten av viruset pepper mild mottle virus (PMMoV), ett växtvirus från peppar som människor får i sig via maten. PMMoV kvantifieras med hjälp av en modifierad version av testet i [Zhang et al. (2006)](https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040003). PMMoV är det vanligaste RNA-viruset i avföring från människa och används för att uppskatta mängden avföring från människa i avloppsvattenprover [Symonds et al., (2019)](https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007639).
 
 Data som presenteras i grafen visar förhållandet mellan det kopieantal som uppmätts med Flu SC2 Multiplex-testet och PMMoV-testet, multiplicerat med 1000. Resultat från Flu SC2 Multiplex-testet är en proxy för mängden influensa A- och B-virus i avloppsvattnet och PMMoV är en proxy för mängden avföring från människa i avloppsvattnet. Detta förhållande kan i sin tur anses vara en proxy för andelen influensa A- och B-infektioner i populationen i avloppsvattnets upptagningsområde.