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旨在减低初学者入门LAMMPS时难度，让各位将学习软件的时间节省下来，用在实际的科研工作中. 一个良性发展的社区离不开每个人的贡献, 如果人人都可以把自己学习到的或者解决的困难整理下来供别人参考, 将会极大地促进软件用户群的发展和解决所有人的时间.
硕士三年我恶补了基本理论知识，对lammps的理解更加深入，现在回过头来再看感觉这个教程有点过于玩笑。我决定停止对这个版本的更新，重新打磨相关的内容。新仓库的连接是. 新网站决定采用material for mkdocs。具体的计划请见
. 这将囊括我在phd期间学到的所有东西的整理。诚恳希望各位加入，一起完善相关内容
我们的新书Extending and Modifying LAMMPS Writing Your Own Source Code: A pragmatic guide to extending LAMMPS as per custom simulation requirements 正式出版了. 这本书由Valdosta State University的Shafat Mubin和本人共同完成, 由PACKT出版社出版, 核心开发者Dr. Steven Phlimption 倾情力荐, 并在LAMMPS官网展示:
本书提供了对LAMMPS源码主要部分的逐行讲解, 手把手的修改源码的范例. 阅读这本书, 你可以从MD的最重要的方法论和数值计算方法出发, 逐步过渡到对源码结构和执行阶段的理解. 随着认识的深入, 你将可以了解LAMMPS代码的组织框架和哲学理念, 并且能够理解源码. 放心, 只要你有一丢丢的C++技巧, 就可以完全看得懂我们的讲解. 我们这种掰开了揉烂了的手把手的范例讲解足以使没有编程经验实验人员照葫芦画瓢地编写自己的源代码扩展. 其中本书提供的范例都经过了充分的测试并且上传到了GitHub上. 当你读完这本书, 你就能学会如何添加自己的LAMMPS拓展, 根据自己的需求增加特性.
本书现已在美区亚马逊发售, 希望各位多多支持~ 一共394页呢, 35刀, 买不了吃亏, 买不了上当! 有了它, 你就可以省下大量抓耳挠腮去研究莫名其妙的源码的时间, 把精力放在发表CNS上! 冲, 买它!
贡献教程的原则是:
- 尽可能地不要照抄手册, 但是要给出参考资料和手册相关内容的链接;
- 尽可能地将与科研方向有关的知识抽离, 专注于软件本身的使用;
- 尽可能地详细一些, 手把手地教学, 因为很多人并不熟悉系统和软件;
- 尽可能地生动活泼, 增加图示, 苦中作乐;
将你写好的文稿发送给[email protected], 无所谓是写在word, txt, A4纸, 只要能辨认即可 (￣^￣)ゞ
首先, 先学会使用markdown语言书写文稿. markdown是一种标记语言, 非常直观与简介. 教程可以参考.
当你完成文档的书写后, 下一步是将文档集成到网页中. 登陆GitHub, 找到lammpscn, fork一份源码到, 之后可以在自己的repositories中找到lammpscn的repo
使用git clone命令将代码克隆到本地, 使用git checkout draft切换到草稿分支
进入docs/zh中, 选择合适的主题, 将写好的markdown文稿复制进去
进入docs/.vuepress/sidebar, 找到主题_zh.js, 按照格式添加项目
例如, 我想向贡献名为 “震惊! 新手这么用LAMMPS就错了” 到网站中专栏/, 你需要将自己写的shock.md放到docs/zh/column/中. 然后打开column_zh.js, 在入门篇的children中加一行['/zh/column/shock', '震惊']. 注意, 每个条目之间需要用逗号隔开.
如果你的机器上装有nodejs, 在使用npm install去安装依赖, 你可以在lammpscn的根目录下输入yarn docs:dev或npm run docs:dev查看实际的效果(如果没有的话也不影响, 直接pull request就行, 我会给你收尾的).
接下来, 使用git push将代码推到你的GitHub账户上. 这时候你再去看你的lammpscn的repo的draft分支, 就可以看到更改后的内容了.
下一步是提交一个pull request, 通知我将你的修改合并到我的repo中. 点击你的repo的上方的pull request按钮, 就在issue旁边, 点击绿色的new pull request, 在转到的界面中选择你需要提交的分支和要提交到的分支, 点击create pull request, 填写一些说明, 就完成了提交. 同时, 我这边会收到通知. 在我检查通过之后, 会接受你的pull request, 再将网站更新并部署. 恭喜你, 成为了一位contributor!
网站使用了vuepress框架, 主题采用的是teadoc, 并托管在GitHub page上. 如果你对前端感兴趣, 可以研究下怎样二次开发. 我太菜了我学不会, 靠你了!
Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator(aka. LAMMPS)是由美国能源部下属的Sandia国家实验室联合Temple大学开发的经典分子动力学软件包。程序基于C++开发，支持主流的并行框架，并在GPL协议下开源。官方网站
- 单核或多核高性能计算
- GPU加速
- 插入新力场和命令非常简单
- 和其他计算软件耦合
- 涵盖几乎所有的粒子模型和力场
- 没有可视化界面
- 不能构建模型
- 自动分配力场参数
减低初学者入门LAMMPS时难度，让各位将学习软件的时间节省下来，用在干正事上。接下来本站会尽最大可能更新和翻译相关资料，如果您有更好的意见和改进建议，抑或是想参与进来，为国内社区贡献自己的力量，请转到GitHub上提交issue，我会在第一时间和您联系。谢谢您的参与和使用本网站。