1.9.0

🚀 Nouveautés

• Packaging de l’application TaxHub
• Passage de supervisor à systemd
  • Les logs de l’application se trouvent désormais dans le répertoire système /var/log/taxhub.log
• Ajout d’un template de configuration Apache et révision de la documentation sur le sujet
• Gestion de la base de données et de ses évolutions avec Alembic
• Possibilité d’installer le schéma taxonomie avec Alembic sans passer par une application Flask telle que TaxHub
• Ajout de fonctions permettant la recherche du cd_nom ou cd_ref à partir d'un nom latin (match_binomial_taxref), et permettant de vérifier si une valeur est bien un cd_ref existant (check_is_cd_ref) (par @DonovanMaillard)
• Ajout d'une fonction find_all_taxons_parents(cd_nom) retournant les cd_nom de tous les taxons parents d'un cd_nom (par @DonovanMaillard)
• Ajout de la vue v_bdc_status (par @jpm-cbna)
• Suppression de ID_APP du fichier de configuration (auto-détection depuis la base de données)
• Mise à jour de UsersHub-authentification-module en version 1.5.3
• Mise à jour de Utils-Flask-SQLAlchemy en version 0.2.4

🐛 Corrections

• Corrections pour servir TaxHub sur un préfixe (typiquement /taxhub)
• Correction des scripts pour mettre à jour TAXREF (#274 et #283)
• Correction de la valeur par défaut du champs taxonomie.bib_listes.id_liste (#275)

⚠️ Notes de version

• Avec le passage à Alembic pour la gestion de la BDD, les fichiers SQL de création du schéma taxonomie ont été déplacés dans apptax/migrations/data/ et ils ne sont plus mis à jour à chaque nouvelle version, car ils sont désormais gérés par des migrations Alembic.

Pour mettre à jour TaxHub :

• Suppression de supervisor :

  • Vérifier que TaxHub n’est pas lancé par supervisor : sudo supervisorctl stop taxhub
  • Supprimer le fichier de configuration de supervisor sudo rm /etc/supervisor/conf.d/taxhub-service.conf
  • Si supervisor n’est plus utilisé par aucun service (répertoire /etc/supervisor/conf.d/ vide), il peut être désinstallé : sudo apt remove supervisor

• Installer le paquet python3-venv nouvellement nécessaire : sudo apt install python3-venv

• Déplacer le fichier de configuration config.py situé à la racine de TaxHub dans le sous-dossier apptax

• Suivre la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application

• Si vous servez TaxHub sur un préfixe (e.g. /taxhub), rajouter dans config.py le paramètre suivant : APPLICATION_ROOT = '/taxhub'

• Passage à systemd :

  • Le fichier /etc/systemd/system/taxhub.service doit avoir été installé par le script install_app.sh
  • Pour démarrer TaxHub : sudo systemctl start taxhub
  • Pour activer le lancement automatiquement de TaxHub au démarrage : sudo systemctl enable taxhub

• Révision de la configuration Apache :

  • Le script d’installation install_app.sh aura installé le fichier /etc/apache2/conf-available/taxhub.conf permettant de servir TaxHub sur le préfixe /taxhub.
  • Vous pouvez utiliser ce fichier de configuration soit en l’activant (sudo a2enconf taxhub), soit en l’incluant dans la configuration de votre vhost (Include /etc/apache2/conf-available/taxhub.conf).
  • Si vous gardez votre propre fichier de configuration et que vous servez TaxHub sur un préfixe (typiquement /taxhub), assurez vous que ce préfixe figure bien également à la fin des directives ProxyPass et ProxyPassReverse comme c’est le cas dans le fichier /etc/apache2/conf-available/taxhub.conf.
  • Si vous décidez d’utiliser le fichier fourni, pensez à supprimer votre ancienne configuration apache (sudo a2dissite taxhub && sudo rm /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf).

• Si vous n’utilisez pas GeoNature, vous devez appliquer les évolutions du schéma taxonomie depuis TaxHub :

  • Se placer dans le dossier de TaxHub : cd ~/taxhub
  • Sourcer le virtualenv de TaxHub : source venv/bin/activate
  • Indiquer à Alembic que vous possédez déjà la version 1.8.1 du schéma taxonomie et les données d’exemples : flask db stamp 3fe8c07741be
  • Indiquer à Alembic que vous possédez les données INPN en base : flask db stamp f61f95136ec3
  • Appliquer les révisions du schéma taxonomie : flask db upgrade taxonomie@head

1.8.1

🐛 Corrections

• Correction de la migration Taxref v11 vers v13 pour les versions de PostgreSQL < 12

⚠️ Notes de version

• Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les notes des versions intermédiaires

1.8.0

🚀 Nouveautés

• Passage à la version 14 de Taxref, utilisée par défaut pour les nouvelles installations
• Intégration du référentiel BDC statuts (https://inpn.mnhn.fr/telechargement/referentielEspece/bdc-statuts-especes), peuplé lors du passage à Taxref v14. Pour des raisons de compatibilité avec GeoNature les anciens statuts de protection et les listes rouges sont toujours présents (#157)
• Support du stockage des medias sur les services de stockages S3 (#248 par @jbdesbas)
• Ajout d'un champs code_liste dans la table taxonomie.bib_listes pour utiliser des codes plutôt que des identifiants et faciliter l'interopérabilité des données entre outils
• Ajout d'un paramètre fields à la route /taxref/search/ afin de pouvoir récupérer dans la réponse des champs supplémentaires selon les besoins (#243)
• Recherche non sensible aux accents pour la route allnamebylist
• Mise à jour de AngularJS en version 1.8.0
• Mise à jour de différentes dépendances Python

🐛 Corrections

• Correction de la génération des vignettes des images

⚠️ Notes de version

• Exécuter la commande suivante pour ajouter l'extension PostgreSQL unaccent, en remplaçant la variable $db_name par le nom de votre BDD : sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c 'CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS "unaccent";'
• Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.7.3to1.8.0.sql)
• Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
• Vous pouvez exécuter la mise à jour vers Taxref v14, en suivant la procédure et les scripts dédiés (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/tree/master/data/scripts/update_taxref). Cela peuplera aussi la BDC statuts.
• Pour des raisons de compatibilité avec GeoNature, laissez les code_liste au format numérique pour le moment

1.7.3

🚀 Nouveautés

• Ajout de tests unitaires
• Mise à jour des dépendances (psycopg2 et SQLAlchemy)

🐛 Corrections

• Correction d'un bug sur la récupération des attributs des taxons (#235 par @jbdesbas)
• Script de récupération des médias sur INPN. Le script continue lorsqu'un appel à l'API renvoie un autre code que 200

1.7.2

🚀 Nouveautés

• Ajout du nom vernaculaire (nom_vern) dans la vue matérialisée taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete et dans la route associée (api/taxref/allnamebylist/)

🐛 Corrections

• Correction de la pagination des routes quand le paramètre offset est égal à zéro (nécessaire pour Sync-mobile)

⚠️ Notes de version

• Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.7.1to1.7.2.sql)
• Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application

1.7.1

🐛 Corrections

• Correction et homogénéisation des paramètres offset et page sur toutes les routes (#229)
• Correction de la route de récupération de la configuration sans le "/" (#228)
• Suppression des doublons de la route allnamebylist, entrainant un nombre de résultats différent du paramètre limit fourni

1.7.0

🚀 Nouveautés

• Mise à jour de Taxref en version 13
• Intégration brute de la Base de connaissance des statuts des espèces correspondant à la version 13 de Taxref, en vue de la révision des statuts de protection (#157)
• Migration de la librairie OpenCV vers PIL (plus légère) pour le redimensionnement des images et suppression de la librairie dépendante NumPy (#209)
• Mise à jour des librairies Python (Flask 1.1.1, Jinja 2.11.1, Werkzeug 1.0.0, gunicorn20.0.4) et Javascript (AngularJS 1.7.9, Bootstrap 3.4.1)
• Suppression du paramètre id_application du fichier static/app/constants.js de façon à ce qu'il soit récupéré de façon dynamique
• Ajout de fonctions génériques de détection, suppression et création des vues dépendantes dans le schéma public (data/generic_drop_and_restore_deps_views.sql)
• Route allnamebylist enrichie avec un paramètre offset pour que l'application Occtax-mobile puisse récupérer les taxons par lots (#208)
• Utilisation du cd_sup au lieu du cd_taxsup dans la fonction taxonomie.find_all_taxons_children() pour prendre en compte les rangs intermediaires
• Ajout de la colonne famille au modèle VMTaxrefHierarchie (#211)
• Ajout d'un manuel administrateur listant les fonctions SQL de la BDD (par @jbdesbas)
• Révision et compléments de la documentation (par @ksamuel)
• Ajout d'un lien vers le manuel utilisateur depuis la barre de navigation de l'application
• Changement de modélisation de la table vm_taxref_list_forautocomplete qui redevient une vue matérialisée (#219). A rafraichir quand on met à jour Taxref

🐛 Corrections

• Correction d'un bug de suppression des attributs suite à une erreur d'enregistrement (#80)
• Correction d'un bug lors de la modification d'un média
• Correction des doublons (#216) et des noms manquants (#194) dans la vue matérialisée vm_taxref_list_forautocomplete (#219)
• Impossibilité d'associer une valeur nulle à un attribut
• Nettoyage et suppression des scripts SQL et de leurs mentions à GeoNature v1 et UsersHub v1

⚠️ Notes de version

• Vous pouvez supprimer le paramètre id_application du fichier static/app/constants.js car il n'est plus utilisé
• Vous pouvez supprimer les anciennes listes de taxons qui correspondaient à des groupes utilisés par GeoNature v1 (Flore, Fonge, Vertébrés, Invertébrés, Amphibiens, Oiseaux, Poissons...)
• Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.5to1.7.0.sql)
• Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
• Vous pouvez mettre à jour Taxref en version 13 avec la documentation et les scripts du dossier data/scripts/update_taxref/ (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/tree/master/data/scripts/update_taxref)

1.6.5

Corrections

• Compatibilité Python > 3.5 : utilisation de <ImmutableDict>.to_dict() pour convertir le résultat d'un formulaire en dictionnaire (Corrige le bug d'ajout de média)

1.6.4

Corrections

• Logging des erreurs lorsque des exceptions sont attrapées (évite les erreurs silencieuses)
• Gestion des taxons synonymes dans la vue gérant la recherche des taxons (vm_taxref_list_forautocomplete)
• Modification de la méthode d'installation du virtualenv
• Utilisation de nvm pour installer node et npm (uniformisation avec GeoNature)

Notes de version

• Exécuter le script de migration SQL https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.3to1.6.4.sql
• Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application

1.6.3

Nouveautés

• Intégration du trigramme dans le champs de recherche de taxon de TaxHub
• Route de recherche de taxon : Possibilité de limiter à un rang
• Ajout de la fonction taxonomie.find_all_taxons_children qui renvoie tous les taxons enfants d'un taxon à partir d'un cd_nom
• Mise à jour de OpenCV en 3.4.2

Corrections

• Suppression de l'index taxref.i_taxref_cd_nom inutile (#192)

Notes de version

• Exécuter le script de migration SQL : https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.2to1.6.3.sql
• Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application