1.9.0

🚀 Nouveautés

• Packaging de l’application TaxHub
• Passage de supervisor à systemd
  • Les logs de l’application se trouvent désormais dans le répertoire système /var/log/taxhub.log
• Ajout d’un template de configuration Apache et révision de la documentation sur le sujet
• Gestion de la base de données et de ses évolutions avec Alembic
• Possibilité d’installer le schéma taxonomie avec Alembic sans passer par une application Flask telle que TaxHub
• Ajout de fonctions permettant la recherche du cd_nom ou cd_ref à partir d'un nom latin (match_binomial_taxref), et permettant de vérifier si une valeur est bien un cd_ref existant (check_is_cd_ref) (par @DonovanMaillard)
• Ajout d'une fonction find_all_taxons_parents(cd_nom) retournant les cd_nom de tous les taxons parents d'un cd_nom (par @DonovanMaillard)
• Ajout de la vue v_bdc_status (par @jpm-cbna)
• Suppression de ID_APP du fichier de configuration (auto-détection depuis la base de données)
• Mise à jour de UsersHub-authentification-module en version 1.5.3
• Mise à jour de Utils-Flask-SQLAlchemy en version 0.2.4

🐛 Corrections

• Corrections pour servir TaxHub sur un préfixe (typiquement /taxhub)
• Correction des scripts pour mettre à jour TAXREF (#274 et #283)
• Correction de la valeur par défaut du champs taxonomie.bib_listes.id_liste (#275)

⚠️ Notes de version

• Avec le passage à Alembic pour la gestion de la BDD, les fichiers SQL de création du schéma taxonomie ont été déplacés dans apptax/migrations/data/ et ils ne sont plus mis à jour à chaque nouvelle version, car ils sont désormais gérés par des migrations Alembic.

Pour mettre à jour TaxHub :

• Suppression de supervisor :

  • Vérifier que TaxHub n’est pas lancé par supervisor : sudo supervisorctl stop taxhub
  • Supprimer le fichier de configuration de supervisor sudo rm /etc/supervisor/conf.d/taxhub-service.conf
  • Si supervisor n’est plus utilisé par aucun service (répertoire /etc/supervisor/conf.d/ vide), il peut être désinstallé : sudo apt remove supervisor

• Installer le paquet python3-venv nouvellement nécessaire : sudo apt install python3-venv

• Déplacer le fichier de configuration config.py situé à la racine de TaxHub dans le sous-dossier apptax

• Suivre la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application

• Si vous servez TaxHub sur un préfixe (e.g. /taxhub), rajouter dans config.py le paramètre suivant : APPLICATION_ROOT = '/taxhub'

• Passage à systemd :

  • Le fichier /etc/systemd/system/taxhub.service doit avoir été installé par le script install_app.sh
  • Pour démarrer TaxHub : sudo systemctl start taxhub
  • Pour activer le lancement automatiquement de TaxHub au démarrage : sudo systemctl enable taxhub

• Révision de la configuration Apache :

  • Le script d’installation install_app.sh aura installé le fichier /etc/apache2/conf-available/taxhub.conf permettant de servir TaxHub sur le préfixe /taxhub.
  • Vous pouvez utiliser ce fichier de configuration soit en l’activant (sudo a2enconf taxhub), soit en l’incluant dans la configuration de votre vhost (Include /etc/apache2/conf-available/taxhub.conf).
  • Si vous gardez votre propre fichier de configuration et que vous servez TaxHub sur un préfixe (typiquement /taxhub), assurez vous que ce préfixe figure bien également à la fin des directives ProxyPass et ProxyPassReverse comme c’est le cas dans le fichier /etc/apache2/conf-available/taxhub.conf.
  • Si vous décidez d’utiliser le fichier fourni, pensez à supprimer votre ancienne configuration apache (sudo a2dissite taxhub && sudo rm /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf).

• Si vous n’utilisez pas GeoNature, vous devez appliquer les évolutions du schéma taxonomie depuis TaxHub :

  • Se placer dans le dossier de TaxHub : cd ~/taxhub
  • Sourcer le virtualenv de TaxHub : source venv/bin/activate
  • Indiquer à Alembic que vous possédez déjà la version 1.8.1 du schéma taxonomie et les données d’exemples : flask db stamp 3fe8c07741be
  • Indiquer à Alembic que vous possédez les données INPN en base : flask db stamp f61f95136ec3
  • Appliquer les révisions du schéma taxonomie : flask db upgrade taxonomie@head