Делая первые шаги в изучении биоинформатики, вы можете по-началу собирать из баз данных таблицы с результатами биологических исследований и обрабатывать их популярными табличными процессорами типа Microsoft Excel и LibreOffice Calc. Но по мере усложнения задач, вам конечно же понадобятся специализированные решения. Довольно богатые наборы простых и сложных алгоритмов обработки биоинформатических текстов включены в облачные инструментарии Galaxy и UCSC, а также в управляемую командной строкой программу BedTools. Но со временем их функциональность перестанет вас устраивать. Вам потребуется максимально кастомизировать и автоматизировать формирование наборов данных для различных биоинформатических программ, а из выведенных биоинформатическими программами текстов, в свою очередь, быстро и грамотно извлекать нужную для вашего исследования информацию. Тут уже сложно будет обойтись без самописных скриптов. Но вполне может быть, что у вас нет желания изучать программирование, или, несмотря на имеющееся знание языка, реализация необходимого алгоритма кажется вам слишком долгим и муторным процессом.
Проект посвящён созданию готовых скриптов под различные задачи обработки биоинформатических текстов.
- Упростить рутинные биоинформатические операции.
- Популяризовать биоинформатику.
- Биологи
- Генетики
- Врачи
- Биоинформатики
- Студенты/специалисты без знания программирования
- если необходимо и достаточно только эксплуатировать скрипты
- Студенты/специалисты со знанием программирования
- если есть желание ещё и принимать участие в разработке.
- Достаточный для ясного понимания выполняемых научных задач
- Уверенное пользование компьютером.
- Универсальны
- каждый скрипт создаётся для охвата максимума задач
- Элементарно запускаются на многих операционных системах
- Работают без командной строки
- вместо неё - дружественный интерактивный диалог
- По возможности, минимальньно потребляют RAM
- (Сведения для программистов)
- Невелики по объёму кода
- Содержат довольно простые алгоритмы
- Не импортируют ни друг друга, ни сторонние модули
- С подробно прокомментированным кодом
- С человеко-понятными именами переменных.
Для написания кода я выбрал язык Python 3, т.к. он довольно простой и включает в себя большое количество готовых функций для работы с текстовой информацией.
Считаю, что проще всего для запуска скриптов использовать официальную питоновскую среду разработки IDLE (не ниже версии 3.6!).
Windows/ReactOS.
IDLE входит в пакет Python. Скачать Python для Windows или ReactOS:
https://www.python.org/ftp/python/3.8.1/python-3.8.1-amd64.exe
(ссылка будет периодически вручную обновляться)
Обзор → Показать приложения → Утилиты → Терминал. Введите команду:
sudo dnf install python3-idle
Ubuntu Linux/elementary OS/KDE neon/Linux Mint.
В программе Терминал введите такую команду:
sudo apt install idle-python3.6 (3.7, ...)
Clone or download(зелёная кнопка наверху страницы репозитория)Download ZIP- Распакуйте архив со всеми скриптами.
- Создайте файл с расширением .py
- Откройте его с помощью IDLE
Ctrl+V- вставьте скрипт из этого репозиторияCtrl+S- сохраните.
- Откройте IDLE (появится интерактивная оболочка)
Ctrl+N- создайте новый файлCtrl+V- вставьте скрипт из этого репозиторияCtrl+S- сохраните.
Внимание! При ручном копировании скрипта из Github может съехать последняя строка. После вставки в IDLE отступите то количество табуляций, которое вы видите в выложенной на Github версии.
F5- запустите скрипт- Следуйте указаниям в появившейся интерактивной оболочке Python Shell.
Аварийно: Ctrl+F6 - остановка выполнения скрипта.
Примечание: в IDLE 3 на Windows (включая актуальную на 2017 г. версию 3.6), есть такой неприятный баг, что хоткеи работают только при английской раскладке.
[опция1|опция2] - введите одну из перечисленных опций.
[опция1(|<enter>)|опция2] - опция1 - опция по умолчанию. Т.е. вместо ввода этой опции можно просто нажать enter.
[опция1(|опция2|опция3)|опция4] - опции 1, 2 и 3 равнозначны. Т.е., какую бы из этих опций вы не ввели, результаты работы программы будут одинаковыми.
[пример1|пример2|...] - если в конце перечисления в квадратных скобках стоит многоточие, то это - не опции, а примеры того, что вы должны ввести.
- Произвожу тестирование на элементарных выборках
- это позволяет легко визуально оценить правильность результатов
- Произвожу тестирование на реальных данных
- опубликованные на данный момент скрипты прошли многократную проверку в рамках моих научных и научно-коммерческих работ.
Если скрипт всё же выводит ошибку, кидайте в Issues полный текст (Traceback) этой ошибки и отрывки исходных файлов — попробуем разобраться вместе.
С любыми вопросами и предложениями смело обращайтесь в разделе Issues.
- Частичное переписывание кода опубликованного скрипта:
от 500 до 1000 руб.
- Полное или почти полное переписывание кода опубликованного скрипта, либо создание скрипта с нуля:
от 1000 до 5000 руб.
- Крупные, долгосрочные работы. Развитие скриптового конвейера, полностью автоматизирующего обработку текстов в рамках вашего научного исследования:
от 70000 руб./месяц.
*Для своих коллег любые доработки произвожу бесплатно.
Вы можете написать на [email protected]. Пожалуйста, помните, что "без внятного ТЗ результат - ХЗ":).
Если вам пригодились опубликованные в этом репозитории скрипты, или просто понравилась идея проекта, вы можете выразить благодарность пожертвованием, пройдя по ссылке https://money.yandex.ru/to/41001832285976. Плюс расскажите о проекте однокурсникам или коллегам:)! Также буду очень благодарен, если вы поделитесь своим опытом использования скриптов.
- Формирование и визуализация матриц значений LD для пар SNP.
- Поиск SNPs в LD с запрашиваемыми.