Desenvolvido por: Amanda Sammer, Daniel Santana, Pedro Augusto e Tayrine Rocha.

CACAO DB

Aplicação web Flask

Os comandos abaixo devem ser executados para instalação dos programas necessários:

Se S.O. for Windows - Install.bat - Só clicar em cima e executar; Senão Se S.O. for Linux - Install.sh - Executar ./install.sh e posteiormente, caso necessário, o ./start.sh.

Execute a aplicação

python3 website.py

Acesse no navegador

localhost:5000

#Sequenceserver

Para iniciar o sequence server, utilize o ./start.sh As 2 pŕoximas entradas referem-se ao makeblastdb, a qual ira necessitar do nome do futuro diretório para o banco de dados e o nome do arquivo a ser utilizado como banco de dados.

Em seguida, irá iniciar a aplicação do sequenceserver, o qual irá solicitar o nome do banco de dados.

Para correta instalação, utilize o seguinte comando:

sequenceserver -s -d <NOME_DO_DIRETÓRIO>

Caso tudo esteja correto, o website será iniciado no endereço diponibilizado acima.

Instalação Individual

-> Ferramentas utilizadas:

Python version 3.9.4 (https://www.python.org/downloads/) Biopython version 1.78 (https://biopython.org/wiki/Download) NCBI-Blast version 2.11.0+ (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download)

-> Instalações necessárias (Windows/Linux):

ATENÇÃO: USE INSTALAÇÕES PADRÕES (Windows: Disco C e Linux: usr/bin/)

pip install ncbi-Blast+ pip install biopython

-> Formatos recomendados: .fna/.fasta

-> Manual:

• arquivo query: arquivo principal a ser analisado (colocar com extensão. Ex: TN.fasta ou TN.fna)
• arquivo referência: arquivo a ser comparado e utilizado como referência (colocar com extensão. Ex: TN.fasta ou TN.fna)

-> Arquivo de saída: A critério do usuário. Recomenda-se extensão '.xml' para organismos maiores que 10 mb. Para arquivos menores, '.txt' torna-se interessante

-> Arquivo Blastdb_*.py Esse formato de uso do blast é utilizado para multifasta, a qual obtem-se diversos fasta dentro de um único arquivo para a criação do "database". Para realizar a operação com essa variação, utilize:

makeblastdb -in organismo.fasta -dbtype nucl/prot -out organismo_db -title nome_do_db

Caso ocorra erro devido a instalação do Blast+, utilize o arquivo makeblast.exe.

ATENÇÃO: Caso esteja trabalhando com NUCLEOTÍDIO, utilizar a variação "nucl" após o -dbtype. No caso de PRTEÍNA, utilizar "prot"

Após a obtenção do arquivo gerado pelo "makeblastdb", utilize-o como input de database no arquivo Blastdb_*.py