GISAID CHINA REPORT[202306-07]

[Memorablea]

No description provided.

[Over-There-Is]

是否需要加入国外的中国输出病例序列

[Over-There-Is]

6月20日，新加坡上传19条陆港澳台四地输出病例测序，南朝鲜上传16条陆港台三地输出病例测序，全部均为XBB.1*系列
内地输出新加坡2条FR.1.1序列、1条FL.2.3序列、2条EG.5.1序列、1条XBB.1.16序列、1条XBB.1.16.1、2条FU.1序列、2条FY.3序列、1条XBB.1.42序列，输出南朝鲜2条GF.1序列、1条XBB.1.9.1序列、1条FL.2.3序列、1条FL.4序列、1条XBB.1.9.2序列、1条EG.5.1序列、1条XBB.1.16序列、1条XBB.1.16.1序列序列、1条FY.3.1序列
香港输出新加坡2条FL.2.3序列和1条FL.4序列（usher识别为FL.2），输出南朝鲜1条XBB.1.5.59序列和1条XBB.1.16序列
澳门输出新加坡1条XBB.1.17.1序列
台湾输出新加坡1条FL.1序列、1条FL.2序列、1条XBB.1.16.1序列，输出南朝鲜1条XBB.1.5序列、2条XBB.1.9.1序列和1条XBB.1.16序列
usher

[Memorablea]

6月20日，福建省上传51条序列，除2条FR.1*和1条XBL外均为XBB分支，涉及XBB.1.5/9/16/22/42以及XBB.2.3*支系。usher
总览

FR

XBL*及XBB.1.5*

XBB.1.16*

XBB.1.22.1*

XBB.1.9*与XBB.1.42

[Over-There-Is]

6月21日，安徽（马鞍山7、宣城8）、甘肃39、湖北（神农架16、随州6、武汉1、宜昌7）、云南140上传序列，共224条
涉及CH.1.1 FR.1* BF.7.14.5 DY* BA.5.2.50 XBB.1.5*/9*/16*/18*/22*/42*/44* XBB.2.3*等支系
usher
总览

BA.2* 含识别为BA.2的疑似EG.5.1.1 / BQ.1.1.18*重组

BA.5.2* 甘肃早期序列为主，有一条云南DY.1跃迁突变序列

XBB* 含识别为BA.2.10.1 的疑似GB.2 / BA.5.2*及BA.5.2* / XBB.2.3.2各一

[Memorablea]

是否需要加入国外的中国输出病例序列

可以，但不建议

[Memorablea]

6月25日，我国安徽、湖北、甘肃、新疆和上海上报序列861例。分省制作演化树。
BN.1*

新疆

XBB.1*
安徽

上海

湖北

新疆

XBB.2
上海

BA.5*

[Over-There-Is]

不分省版本
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_10ed3_977190.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_6175194
BN.1* BA.5.2* XBB.1.5*/9*/16*/17*/18*/19*/21*/22*/24*/42*/44* XBB.2.3* XBC.1.6 XBL.3
"BA.2" 实为FL.5 / BF.7.14
"XCC" 实为XBB.1.9.1* / FR.1.3

[Over-There-Is]

6月26日，安徽亳州、福建、黑龙江、河南（焦作、三门峡）、辽宁、四川、云南共上传758条序列
涉及BN.1* BA.5.2* FB.1 XBB.1.5*/9*/11*/16*/17*/18*/19*/22*/42*/43*/44* XBB.2.3*
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_30c52_acf620.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_6181648
BA.2实为XBB.1.16*

[Over-There-Is]

6月27日，重庆市渝北CDC上传序列4条
6月28日，四川眉山上传序列24条，安徽芜湖上传序列22条
6月29日，台湾上传序列17条
涉及BN.1* BA.5.2* XBB.1.5*/9*/16*/22*/24* XBB.2.3* XBL.3*等支系
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_3dd6a_d054c0.json?f_userOrOld=uploaded%20sample

BN.1*

BA.5.2* 含内部重组

XBB* XBL*

[Memorablea]

6月27日-28日，安徽省芜湖市CDC、四川省眉山市CDC与重庆市CDC共计上传50条序列。usher
总览

BA.5进化分支

BN.1进化分支

XBB.1.5进化分支

XBB.1.9.1进化分支

XBB.1.22.1进化分支

XBB.1.16进化分支

[Memorablea]

抱歉，操作失误

[Memorablea]

2023年6月30日，我国山西省太原市、青海省、甘肃省白银市、湖北省、安徽省马鞍山市上报序列。usher
总览

BA.5进化分支

XBB.1.9进化分支

FY.3支系

XBB.1.5进化分支

XBB.1.16进化分支

GW.1(XBB.1.19.1.1) XBB.1.44.1 GA.2(XBB.1.17.1.2) FE.1.1(XBB.1.18.1.1.1)

BN.1进化分支

[Over-There-Is]

7月2日 台湾成功大学上传序列8条 含一条22年2月AY.57序列
7月3日 香港上传序列82条
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_2b672_259360.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_30507
涉及AY.57 DV.6.1 XBB.1.5*/9*/11*/16*/19*/42*/43* XBB.2.3* XBC.1.6.3 XBF等支系

XBC.1.6.3

DV.6.1 XBF

XBB*

[Over-There-Is]

7月3-4日，天津、福建、河南（鹤壁、许昌、商丘）、上海上传序列共495条
涉及FR.1* XBB.1.5*/9*/16*/18*/19*/22*/33*/42* XBB.2.3*等支系
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_10022_36f4e0.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_6195533
总览 GW.1(XBB.1.19.1.1) XBB.1.33均只有一条，未单独截图

FR.1* 最大分支实为FR.1.1，usher未能正常识别

XBB.1.5*

XBB.1.9* XBB.1.42*

XBB.1.16* 含usher未收录的GY.1/2 GY=XBB.1.16.2
天津、河南、上海等地出现较多非A460G的FU.1
Fujian/FCDC-PTN164/2023|EPI_ISL_17956769|2023-06-19也有C29386T，但usher未能识别，属#276 XBB.1.16+ORF7a:T39I支系

FE.1.1

XBB.1.22.1(FY)*

XBB.2.3*

[Over-There-Is]

广西医科大学、复旦大学儿童医院上传序列，时间过为久远，不予分析

[Over-There-Is]

7月5日，甘肃平凉、四川（巴中、成都）上传序列共21条
7月6日，云南上传序列共113条
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_2a6e4_81a720.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_6199098
FR.1.1 XBB.1.5*/9*/16*/18*/22*/24*/42* XBB.2.3*
总览

FR.1.1

XBB.1* 含FE.1.1和XBB.1.24.3各一

XBB.1.5*

XBB.1.9* XBB.1.42*
FL.2.3未标注

XBB.1.16* S:S255F, T883I分支为GY.2.1

XBB.1.22*

XBB.2.3*

[Memorablea]

7月7日，河南省濮阳市、山西省晋城市、辽宁省疾控传175条。无BA.5进化分支。
FR.1.1 XBB.1.5*/9*/16*/17*/18*/19*/42* XBB.2.3
usher
总览

FR.1.1
含标注为BY.1的FR.1.1 / XBB.1* (XBB.1.9*/16*/22*/42*)

XBB.1.5进化分支

XBB.1.9 XBB.1.22.1 XBB.1.42进化分支

XBB.1.16进化分支
含标注为XBB.1的FU.1/EG.5.1.1

[Over-There-Is]

7月10日四川（绵阳、成都、眉山）、江苏、湖北（神农架、荆门、襄阳、武汉）、山西晋中、新疆、河南三门峡上传序列332条
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_1b42e_d44100.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_6194666
FR.1* XAY.1.1.3 XBB.1.5*/9*/16*/17*/18*/22*/24*/34*/42*
总览

FR.1

XBB.1.5*

XBB.1.9* XBB.1.42*

XBB.1.16*

XBB.1.17.1

FE.1.1

XBB.1.22.1/FY*

XBB.1.44.1

[Over-There-Is]

7月11日，山西朔州、甘肃天水上传序列共46条
7月14日，上海、江苏、福建、湖北、云南、青海、台湾、河南（许昌、信阳、驻马店、濮阳）、安徽黄山、甘肃白银等地上传序列共899条
CJ.1.3.1 CH.1.1* BN.1* BA.5.2* BQ.1.1.39 XBB.1.5*/9*/11*/16*/17*/18*/22*/24*/42* XBB.2.3* XBF XCE
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_436d1_271430.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_6202482
总览

BA.2.75* XBF 含一条上海标注为BY.1的疑似FR.1.4/XBB.2.3*重组

BA.5* 含一条甘肃天水标注为BA.5.2的疑似低质BA.5.2.48

XBB.1.5*

XBB.1.9*

XBB.1.16*

XBB.1.17.1

FE.1.1*

XBB.1.22.1/FY* XCE

XBB.2.3*

FP.4 XBB.1.24.3 上海标注为XBB.1的疑似低质GF.1各一，未单独截图

[Over-There-Is]

7月15日，四川省上传序列210条
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_31750_39dc60.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_6202582
FR.1* DY* XBB.1.5*/9*/11*/16*/17*/18*/22*/24*/42*
总览

FR.1*

DY*

XBB.1.9* XBB.1.42

XBB.1.22*

XBB.1.16*

XBB.1.5*

FE.1.1

FP.4

标注为XBB的低质FL.2 XBB.1.17.1 XBB.1.24.3各一，未单独截图

[Over-There-Is]

7月18日， 上海上传序列243条，其中1条为无变异的B，视为无效序列
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_2ce30_677760.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_6202638
DV* FR.1* XBB.1.5*/9*/11*/16*/18*/22*/42* XBB.2.3* XBF.7
总览

BA.2.75* XBF.7

XBB.1.5*

XBB.1.9* XBB.1.42

XBB.1.16*

FE.1.1

XBB.1.22.1/FY*

XBB.2.3*

另有一条FP.4未单独截图

[Over-There-Is]

7月18日，甘肃、新疆维吾尔自治区、新疆生产建设兵团、福建、云南、河南（信阳、驻马店）、安徽亳州、浙江（杭州？）等地上传序列540条
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_117cb_776870.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_6205243
BN.1.2.3/FR* BA.5.2.48*/49/50 XBB.1.5*/9*/16*/18*/19*/22*/42/44* XBB.2.3* XBL.3
总览

BN.1.2.3/FR*

BA.5.2*

XBB.1.5*

XBB.1.9* XBB.1.42

XBB.1.16*

XBB.1.22*

FE.1.1

GW.1

XBB.1.44.1

XBB.2.3*

[Over-There-Is]

7月18日 香港上传55条序列
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_36733_786720.json?f_userOrOld=uploaded%20sample
7月18日全国汇总版
FK.1.3.2 XBB.1.5*/9*/16*/42 XBB.2.3* XBC.1.6.3


XBC.1.6.3疑似本土传播
FK.1.3.2与此前日本输出美国的序列同源

[Over-There-Is]

07-19 兵团 湖北 河南漯河 四川资阳 58
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_1ca52_9585c0.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_6208748
FR.1 DY.2 XBB.1.5*/9*/16*/22*/42/44*
总览

FR.1

DY.2

XBB.1*

[Over-There-Is]

6月21日，北京上传序列242条
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_3c4d_a226a0.json?continueFlag=5ea271b95dedb3112d47b551e02cb8f9&f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_2725871
FK.1.2.2 BN.1.2* BA.5.1.32 BA.5.2* XBB.1.5*/9*/11*/16*/17*/18*/19*/22*/34*/42 XBB.2.3*
总览

BA.2.75*

BA.5*

XBB.1.5* XBB.1.34*

XBB.1.9* XBB.1.42

FP*

XBB.1.16*

XBB.1.17.1/GA*

GW.1

FY.3

XBB.1*/FR.1*

XBB.2.3*

另有一条单独的FE.1.1未单独截图

[Over-There-Is]

6月17日，甘肃天水上传序列
7月21日，台湾、贵州、四川、河南鹤壁上传序列
合计117条
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_20b4d_b702c0.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_6222426
DV.6.2 BN.1* XBB.1.5*/9*/11*/16*/17*/18*/22* XBB.2.3*
总览

BA.2.75*

XBB.1.5*

XBB.1.9* XBB.1.22*

FP.4

XBB.1.16*

FE.1*

XBB.2.3*

另有一条的XBB.1.17.1未单独截图

[Over-There-Is]

7月23日 福建 安徽芜湖 河南周口
7月24日 台湾
合计124条
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_2793f_eb97b0.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_6226228
BN.1.2* XBB.1.5*/9*/11*/16*/18*/22*/41*/42* XBB.2.3.7
总览

BN.1.2*

XBB.1.5*

XBB.1.9*

XBB.1.16*

FY*

XBB.2.3.7

另有FP.4 FE.1.1 XBB.1.41.1各一未单独截图

[Over-There-Is]

7月24日，江苏、安徽合肥上传序列157条
FR.1.1 BF.7.14 XBB.1.5*/9*/16*/18*/22* GM.2 XBL.1
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_1c0bc_fe7dc0.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_6230357
总览

FR.1.1

BF.7.14

XBB.1.5* XBL.1

XBB.1.9*

XBB.1.16*

FE.1.1*

FY.3*

GM.2

[Over-There-Is]

7月24日，广东上传序列3457条
本土(1301)
广州海关(593)
珠海海关(149)
深圳海关(1414)

[Over-There-Is]

7月25日 甘肃天水 河南信阳 青海海西 四川绵阳、雅安、宜宾、资阳 68
7月25~26日 台湾 69
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_8666_188870.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_6239575

[Over-There-Is]

7月27日 福建(12-22) 四川 青海（四川代测） 山西（杭州代测） 甘肃平凉 辽宁 湖北
6月28日 北京
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_134a7_3eaaf0.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_6249936

[Over-There-Is]

07-28 河南濮阳、焦作
07-31 香港 湖北 福建 黑龙江 云南 甘肃白银
422
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_2e3f6_971b10.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_6262799

[Memorablea]

@Over-There-Is 感谢提交，8月GISAID CHINA REPORT转自 #47 ！