GISAID China Report[202305-06]

[Memorablea]

5月26日，四川省上报118条序列。其中XBB系111例（占比94%），BN.1系6例（占比6%）

https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_21596_206ce0.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_3361625

[Memorablea]

5月29日-30日，我国上海、湖北、云南和河南省上报596例序列。其中，21条BN.1及其子系，11条BA.5.2.48及其子系，1例XAY.1.1.3、BF.7.14.1和XBL.2，其余均为XBB及其子系。
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_10613_6d16f0.json?f_userOrOld=uploaded%20sample

[Memorablea]

5月31日，安徽、湖北、福建、青海和四川上报540条序列，涵盖BA.5 BF.7 XBB.1 XBB.2 FE.1 DY BN.1系。
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/singleSubtreeAuspice_genome_323a0_986560.json?f_userOrOld=uploaded%20sample

[Over-There-Is]

6月1~2日黑龙江、安徽、甘肃、河南、云南等省上传385条序列
包括XBB.1* XBB.2.3* BA.5.2* FR.1*等支系
31日浙大上传序列均为12~1月期间采样，不放树上了
Usher

XBB*

BA.5.2*

FR.1*

XBB.1.9*/22*/42*

XBB.1.5*

XBB.1.16*

EG*/XBB.1.42*

FL.2*

FL.4*

FY.3*

XBB.2.3*

[Over-There-Is]

这是个FL.4，树歪了

[Over-There-Is]

6月5日 香港上传92条序列 除1条FR.1.1 3条XBL.3以外全为XBB*
usher

FR.1.1

XBB* XBL*

XBB.2.3*

XBB.1* XBL*

XBB.1.9*

XBB.1.5* XBL*

XBB.1.16*

FP*(FP=XBB.1.11.1)

FL.2*（含一FL.4*支系误判及一假回复变异支系）

EG*

[Over-There-Is]

6月5~6日 安徽（合肥、六安、马鞍山）、河南漯河、青海、上海等地上传692条序列
其中：【XBB*】系占640条，占比约92%；【BA.5*】系占39条；【BA.2.75*】系占13条。
【主要流行毒株为（XBB.1.9*）和（XBB.1.16*）】
其中上海430，安徽206，青海47，河南9
包括BA.2.75*(FR*, FK*)、BA.5.2*(BF.7.14*, DY*, DZ*)、XBB*(XBB.1.5*/9*/16*/17*/18*/19*/22*/24*/41*/42*, XBB.2.3*)、XBL.3等支系
usher
总览

BA.2.75*

BA.5.2* 含一疑似BF.7.14*与BA.5.2*主分支重组

BF.7.14*

DY*

DZ*

XBB*(含XBL*)

XBB.2.3*

XBB.1*

XBB.1.9*(含XBB.1.42)

FL.2*(含少量FL.4*混入)

FL.4*

EG* XBB.1.42*

FL.13*

FL.1*

XBB.1.22*

XBB.1.16*

XBB.1.5*(含XBL*)

GF* XBL*

XBB.1.5*+T17124C+T10204C分支

FE.1.1*

[Over-There-Is]

6月6~7日，台湾地区上传序列共34条，其中台当局疾控部门28条，台湾大学6条，由于数量过少，之前没有单独发贴
台湾大学上传序列均为去年末至今年初期间采集，以BA.5.2*和BQ.1.1*为主，参考意义不大
6月7日，辽宁、新疆上传序列共627条，其中新疆557条、辽宁70条
包括XBB.1.5*/9*/11*/16*/17*/19*/22*/28*/42*/44*、XBB.2.3*、CH.1.1*(DV*)、BN.1*(FR*)、XBL.3*、BF*、DY*、DZ*、BA.5.2.50*，以及仅台湾地区出现的XBF、BQ.1.2*等支系
新疆地区有一标注为XBB.1的XBB.1.15支系
另有多个疑似重组个例
#1919所提及的BA.5.2.1跃迁分支仍然在辽宁盘锦检出
usher
总览

BA.2*(含被标注为BA.2的疑似FR.1*的低质样本，含XBF)

BA.5*(含疑似重组个例)

XBB*(含XBL，含疑似重组FR.1*个例，Orf1ab:A540V分支并非XBB.1.15，而是当时未命名的XBB.1.44.1)

[Memorablea]

6月8日，云南、甘肃来了225条序列。7例BN.1系，1例BA.2，6例BA.5.2，其余均为XBB
usher

另外，关于序列的一切问题，可转至讨论区

[Over-There-Is]

6月9日，甘肃天水(15)，河南新乡(49)，安徽宣城(16) 共80条序列
涉及BF.7.14*, DY*, XBB.1.5*/9*/16*/18*/19*/22*/42*等多个支系
usher
总览

BA.5.2*

XBB*

[Over-There-Is]

5月11日 北京上传328条序列，涉CH.1.1.1 BN.1.3.5 FR* BF.7.14* BA.5.2.48*/49*/50* XBB.1.5*/9*/16*/18*/19* XBB.2.3*等支系
并有一疑似BF.7.14重组XBB.1*序列
usher
总览

BA.2.75*

BA.5.2*

XBB* 一FL.4序列误判为FL.2

6月10日 安徽（安庆32 合肥31 马鞍山13 铜陵8） 新疆生产建设兵团47 青海27 山西（省疾控13 朔州8）上传共179条序列，涉FR.1* BF.7.14* DY* XBB.1.5*/9*/11*/16*/18*/22*/37*/42* XBB.2.3* XBL.3*等支系
usher
鉴于采样时间相差甚远，分别进行分析
总览

FR.1*

BA.5.2*

XBB* 含XBL*

[Over-There-Is]

11~12日，内蒙古自治区共上传序列171条，其中4条为境外输入的XBB.1*，主要为3月及之前采样，本土病例除呼伦贝尔5条XBB.1.5.24以外均为BA.5.2*
usher

[Over-There-Is]

6月13日，江西(756) 上海(465) 江苏(313) 湖北(202) 安徽(淮北33) 四川(绵阳15 泸州10) 河南(周口16 漯河6)等地共上传1816条序列
算力限制，江西、上海序列单独生成演化树
江西
涉BN.1.2*/3* BA.5.1.32 BF.7.14* DY* DZ* BQ.1.1.13 XBB.1.5*/9*/16*/17*/18*/19*/22*/31*/42*/46* XBB.2.3* XBL*等支系
总览

BA.2.75* 含一识别为BY.1*的带有XBB.1*关键位点的序列，疑似重组

BA.5*

XBB* XBL*
含一未命名XBB.1.9.1*支系，其中一序列同时还带有T4579A A17615G(FL.2.3)，不确定趋同或重组
仍然存在某FL.4*支系识别为FL.2的问题

上海
涉FK.1.1 BN.1.2* XBB.1.5*/9*/11*/16*/17*/18*/22*/41*/42*, XBB.2.3*, XBL*等支系
总览

BA.2.75*

XBB* XBL*

其他省份
涉BN.1.2*/3* BF.7.14* DY* DZ* XBB.1.5*/9*/16*/17*/18*/19*/22*/24*/42* XBB.2.3* XBF* XBL*等支系
总览

BA.2.75* XBF*

BA.5.2*

XBB* XBL*
含两识别为XBB的疑似XBB.1.9*序列

[Over-There-Is]

6月14日，福建省上传176条序列，湖北省上传68条序列，安徽省淮南市上传23条序列
涉及FR.1* BF.7.14* XBB.1.5*/9*/11*/16*/18*/19*/22*/31*/42*/43* XBB.2.3* XBL*等支系
usher

usher的FL.4*支系识别为FL.2*问题仍然存在
FL.2.3假回复问题仍然存在

[Memorablea]

Due to the length of this article, I believe you can go to #22 to discuss the designated issue. Thank you for your understanding. @FedeGueli @Over-There-Is

[Over-There-Is]

6月15日，海南三亚上传序列90条，采样时间介于12月2日至1月1日，以BA.5.2*为主
6月15日，云南(157)、四川(151)、安徽(马鞍山、六安、淮南、宿州共计40)、江西(海关15)、河南(周口12)上传序列 04-11~06-06
6月16日，台湾成功大学（位于台南）上传序列3条 03-24~04-09
合计468条，涉DV.6.2 BN.1* BF.7.14* DY* DZ* XBB.1.5*/9*/16*/18*/19*/22*/24*/42* XBB.2.3* XBL.1等支系
usher
总览

BA.2.75* 含两条疑似XBB.1*重组FR.1.3的被标记为BY.1的序列

BA.5.2*

XBB* XBL*

[Memorablea]

6月16日，上海上传383条有效序列，涉及FV.1(BA.2.3.20子系), CH.1.1, BN.1*, DY.2, EN.1(BQ.1.1子系), XBB.1/5*/9*/16*/18*/22*/24*/42*，XBB.2.3*。usher

总览

XBB.1.16*

XBB.1.9*/42*

XBB.1.22*

XBB.1.5*

XBB.1.18*

XBB.1.24.3(越南、伊朗输入)

XBB.2.3*

BA.2.75* 其中CH.1.1样品台湾省输入

FV.1(=CM.8.1.1.1=BA.2.3.20.8.1.1.1, 泰国输入)

BA.5* 其中DY.2样品疑似长期感染 EN.1样品法国输入

[Over-There-Is]

6月19日，台湾（Taiwan is an inalienable part of the Chinese territory）上传37条序列，涉及EP.1(CH.1.1.4.1) BN.1* XBB.1.5*/9*/11*/16* GJ.1 XBF等支系
usher
XBB*

BA.2.75* XBF

[Over-There-Is]

6月20日，香港上传74条序列，涉及BN.1* XBB.1.5*/9*/16*/22*/24*/42* XBB.2.3* XBL.1等支系
usher



内地（包括深圳）流通的EG.5.1+Orf1b:D54N暂未检出

[Over-There-Is]

6月19日，河南（信阳、漯河、鹤壁、驻马店）、湖北（黄石、荆州、武汉、咸宁）共上传91条序列
涉及FR.1.1 BF.7.14* DY* XBB.1.5*/9*/16*/17*/22*等支系
usher
总览

FR.1.1（仅1条）

BA.5.2* 均为驻马店市早期病例

XBB.1* 本批次无XBB.2.3*支系检出

[Memorablea]

感谢@Over-There-Is 的提交，由于篇幅原因，2023年6月21日-7月20日的中国GISAID测序报告转移至#38 ，并加入#37 中，感谢各位的工作，谢谢！