Pymol can't read OpenDX file produced by GridDataFormats

[rxu2]

I made a DX file with the following python program:

import numpy as np
import gridData

nx= ny= nz = 5
density = np.empty((nx,ny,nz), dtype=float)
for i in range(nx):
    for j in range(ny):
        for k in range(nz):
            density[i,j,k] = i**2 + j**2 + k**2
density /= density.max()

g =gridData.Grid(density, origin=(0, 0, 0), delta=(1,1,1))
g.export('test.dx', 'dx')

When I load test.dx into pymol (PyMOL 1.8.4.0 Open-Source on Linux) with the bash command ($ pymol test.dx), I get the following error messages from pymol:

 ObjectMapLoadDXFile: Loading from 'test.dx'.
 DXStrToMap: Dimensions: 30 30 30
 DXStrToMap: Origin    0.000    0.000    0.000
 DXStrToMap: Grid    1.000    1.000    1.000
 DXStrToMap: 27000 data points.
ObjectMap-Error: Error reading map
 CmdLoad: "test.dx" loaded as "test".

Here is the test.dx file:

# OpenDX density file written by gridDataFormats.Grid.export()
# File format: http://opendx.sdsc.edu/docs/html/pages/usrgu068.htm#HDREDF
# Data are embedded in the header and tied to the grid positions.
# Data is written in C array order: In grid[x,y,z] the axis z is fastest
# varying, then y, then finally x, i.e. z is the innermost loop.
# (Note: the VMD dx-reader chokes on comments below this line)
object 1 class gridpositions counts  5 5 5
origin 0.000000 0.000000 0.000000
delta  1.000000 0.000000 0.000000
delta  0.000000 1.000000 0.000000
delta  0.000000 0.000000 1.000000
object 2 class gridconnections counts  5 5 5
object 3 class array type float rank 0 items 125 data follows
0.0	0.0208333333333	0.0833333333333	
0.1875	0.333333333333	0.0208333333333	
0.0416666666667	0.104166666667	0.208333333333	
0.354166666667	0.0833333333333	0.104166666667	
0.166666666667	0.270833333333	0.416666666667	
0.1875	0.208333333333	0.270833333333	
0.375	0.520833333333	0.333333333333	
0.354166666667	0.416666666667	0.520833333333	
0.666666666667	0.0208333333333	0.0416666666667	
0.104166666667	0.208333333333	0.354166666667	
0.0416666666667	0.0625	0.125	
0.229166666667	0.375	0.104166666667	
0.125	0.1875	0.291666666667	
0.4375	0.208333333333	0.229166666667	
0.291666666667	0.395833333333	0.541666666667	
0.354166666667	0.375	0.4375	
0.541666666667	0.6875	0.0833333333333	
0.104166666667	0.166666666667	0.270833333333	
0.416666666667	0.104166666667	0.125	
0.1875	0.291666666667	0.4375	
0.166666666667	0.1875	0.25	
0.354166666667	0.5	0.270833333333	
0.291666666667	0.354166666667	0.458333333333	
0.604166666667	0.416666666667	0.4375	
0.5	0.604166666667	0.75	
0.1875	0.208333333333	0.270833333333	
0.375	0.520833333333	0.208333333333	
0.229166666667	0.291666666667	0.395833333333	
0.541666666667	0.270833333333	0.291666666667	
0.354166666667	0.458333333333	0.604166666667	
0.375	0.395833333333	0.458333333333	
0.5625	0.708333333333	0.520833333333	
0.541666666667	0.604166666667	0.708333333333	
0.854166666667	0.333333333333	0.354166666667	
0.416666666667	0.520833333333	0.666666666667	
0.354166666667	0.375	0.4375	
0.541666666667	0.6875	0.416666666667	
0.4375	0.5	0.604166666667	
0.75	0.520833333333	0.541666666667	
0.604166666667	0.708333333333	0.854166666667	
0.666666666667	0.6875	0.75	
0.854166666667	1.0	
attribute "dep" string "positions"
object "density" class field 
component "positions" value 1
component "connections" value 2
component "data" value 3

[rxu2]

Found a simple solution. Both vmd and pymol can read the file if 'float' is changed to 'double'

Source:
https://translate.google.com/translate?hl=en&sl=ja&u=http://lambdalisue.hatenablog.com/entry/2014/12/06/014255&prev=search

[orbeckst]

Thanks, I'll have a look.

[orbeckst]

@rxu2 sorry, I completely forgot about this issue.

Through your link above (and the patch) it is clear that this is really a bug in pymol (it hard-codes double when looking for the line with grid data).

As discussed in MDAnalysis/mdanalysis#1725 , float is the default for DX files so in principle pymol should be able to deal with it. However, I propose to add a keyword for GridDataFormats that allows people to write out data with double instead of float and a note to the documention.

[orbeckst]

closed by #36