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Par estimation #80

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Par estimation #80

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Conversation

giulianonetto
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Contributor

No description provided.

* add ReproductionNumber class:
        - estimate posterior pars for Rt, sample, summarize posterior sample, plot
* WIP: automate data dowload, parsing, and processing
* add vertical line on last date of current incidence data set if there is forecasting
* sample from posterior now uses obj attributes as post pars
* add post pars to posterior_summary data frame
@dsevero dsevero changed the base branch from v2 to master March 28, 2020 05:52
@giulianonetto
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Contributor Author

giulianonetto commented Mar 29, 2020

@dsevero para registrar o feed back que tivemos e fazer a discussão aberta:

  • talvez fosse menos gambiarra usar o modelo brasileiro para todo mundo que não tiver N suficiente, e fitar um modelo novo para estados que tem N > 10 por exemplo, usando só os dados do estado específico e com a mesma prior do modelo brasileiro (baseada em literatura), em vez da posterior do modelo brasileiro. Na prática, usaríamos modelo brasileiro para todo mundo menos SP, RJ e DF se não estou enganado.

  • no jupyter, só muda a prior no loop que ajusta os modelos estaduais, além do numero da condição no if, dentro do mesmo loop.

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