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Acelerar run_SEIR_BAYES_model #48

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Mar 21, 2020
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Acelerar run_SEIR_BAYES_model #48

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Mar 21, 2020

Conversation

giulianonetto
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Em vez de fazer um for loop ao longo de runs iterações, geramos runs observações a partir dos random number generators e fazemos a extrapolação temporal com as matrizes/vetores diretamente.

3-4x speed up: https://github.com/giulianonetto/COVID-19/blob/master/models/speed%20up%20run_SEIR.ipynb

@dsevero
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dsevero commented Mar 21, 2020

@giulianonetto Consegues fazer uns plots só pra ver se os dois tão batendo? Parece que ta certo, mas sempre bom conferir.

@giulianonetto
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Contributor Author

Parece que as matrizes geram medias iguais para cada tempo t:

image

Adicionei no notebook distribuicao dos quantis por tempo t em cada matriz gerada tbm, e.g.:

image

Se quiser dar uma olhada no notebook, tem o codigo todo (o mesmo que botei o link antes).

@dsevero dsevero merged commit f5faa82 into 3778:master Mar 21, 2020
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