NAMESPACE

export(
    'bedr',
    'tabix',
    'in.region',
    '%in.region%',
    'is.merged.region',
    'is.sorted.region',
    'is.valid.region',
    'bedr.join.multiple.region',
    'bedr.join.region',
    'bedr.merge.region',
    'order.region',
    'bedr.sort.region',
    'flank.region',
    'grow.region',
    'bedr.snm.region',
    'strsplit2matrix',
    'bedr.subtract.region',
    'convert2bed',
    'get.random.regions',
    'get.example.regions',
    'get.chr.length',
    'get.fasta',
    'catv',
    'bedr.plot.region',
    'index2bed',
    'read.vcf',
    'write.vcf',
    'reldist',
    'jaccard',
    'cluster.region',
    '.onAttach',
    'check.binary',
    'jaccard',
    'is.valid.seq',
    'is.valid.ref',
    'vcf2bed',
    'bed2vcf',
    'read.vcf',
    'query.ucsc',
    'download.datasets',
    'bedr.setup',
    'permute.region',
    'test.region.similarity',
    'process.input',
    'bed2index',
    'vcf2bedpe',
    'adjust.coordinates',
    'get.strand',
    'get.bedpe.id'
    );

import(
    'data.table',
    'VennDiagram',
    'testthat',
    'R.utils',
    'yaml',
    'parallel',
    'grid'
    );

importFrom("stats", "rlnorm", "runif", "setNames");
importFrom("utils", "download.file", "head", "modifyList",
    "read.table", "tail", "write.table");