mod_amino19.embedded.json

{
    "ambiguous": {
        "ALY": ["ALY"],
        "AZF": ["AZF"],
        "CNX": ["CNX"],
        "CYF": ["CYF"]
    },
    "residue_templates": {
        "ALY": {
            "smiles": "[H]C(=O)C([H])(N([H])[H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])N([H])C(=O)C([H])([H])[H]",
            "atom_name": ["H_t", "C", "O", "CA", "HCA", "N", "H_h", "H", "CB", "HB2", "HB3", "CG", "HG2", "HG3", "CD", "HD2", "HD3", "CE", "HE2", "HE3", "NZ", "HZ", "CH", "OH", "CH3", "HH31", "HH32", "HH33"],
            "link_labels": {}
        },
        "AZF": {
            "smiles": "[H]C(=O)C([H])(N([H])[H])C([H])([H])C1=C([H])C([H])=C(N=[N+]=[N-])C([H])=C1[H]",
            "atom_name": ["H_t", "C", "O", "CA", "HA", "N", "H_h", "H", "CB", "HB2", "HB3", "CG", "CD1", "HD1", "CE1", "HE1", "CZ", "N1", "N2", "N3", "CE2", "HE2", "CD2", "HD2"],
            "link_labels": {}
        },
        "CNX": {
            "smiles": "[H]C(=O)C([H])(N([H])[H])C([H])([H])SSC([H])([H])C1=C([H])C(C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])[N+](=O)C1(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H]",
            "atom_name": ["H_t", "C", "O", "CA", "HA", "N", "H_h", "H", "CB", "HB2", "HB3", "SG", "S1", "C4", "H41", "H42", "C3", "C2", "H2", "C1", "C8", "H81", "H82", "H83", "C9", "H91", "H92", "H93", "N1", "O1", "C5", "C6", "H61", "H62", "H63", "C7", "H71", "H72", "H73"],
            "link_labels": {}
        },
        "CYF": {
            "smiles": "[H]C(=O)C([H])(N([H])[H])C([H])([H])C1=C([H])C([H])=C([C+]=[N-])C([H])=C1[H]",
            "atom_name": ["H_t", "C", "O", "CA", "HA", "N", "H_h", "H", "CB", "HB", "HBA", "CG", "CD2", "HD2", "CE2", "HE2", "CZ", "C1", "N1", "CE1", "HE1", "CD1", "HD1"],
            "link_labels": {}
        }
    }
}