-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
DNA.OL15.embedded.json
102 lines (102 loc) · 7.07 KB
/
DNA.OL15.embedded.json
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
{
"ambiguous": {
"DA": ["DA_"],
"DA3": ["DA3_"],
"DA5": ["DA5_"],
"DAN": ["DAN_"],
"DC": ["DC_"],
"DC3": ["DC3_"],
"DC5": ["DC5_"],
"DCN": ["DCN_"],
"DG": ["DG_"],
"DG3": ["DG3_"],
"DG5": ["DG5_"],
"DGN": ["DGN_"],
"DT": ["DT_"],
"DT3": ["DT3_"],
"DT5": ["DT5_"],
"DTN": ["DTN_"]
},
"residue_templates": {
"DA_": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C([H])N=C3N([H])[H])OC1([H])C([H])([H])OP([H])(=O)[O-]",
"atom_name": ["H_t", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "H2", "N1", "C6", "N6", "H61", "H62", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {}
},
"DA3_": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C(N([H])[H])N=C([H])N=C32)OC1([H])C([H])([H])OP([H])(=O)[O-]",
"atom_name": ["HO3'", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C6", "N6", "H61", "H62", "N1", "C2", "H2", "N3", "C4", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {}
},
"DA5_": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C(N([H])[H])N=C([H])N=C32)C([H])([H])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C6", "N6", "H61", "H62", "N1", "C2", "H2", "N3", "C4", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"DAN_": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C(N([H])[H])N=C([H])N=C32)C([H])([H])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C6", "N6", "H61", "H62", "N1", "C2", "H2", "N3", "C4", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {}
},
"DC_": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])([H])C([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])OC1([H])C([H])([H])OP([H])(=O)[O-]",
"atom_name": ["H_t", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {}
},
"DC3_": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])([H])C([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])OC1([H])C([H])([H])OP([H])(=O)[O-]",
"atom_name": ["HO3'", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {}
},
"DC5_": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])C([H])([H])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"DCN_": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])C([H])([H])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {}
},
"DG_": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)OC1([H])C([H])([H])OP([H])(=O)[O-]",
"atom_name": ["H_t", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {}
},
"DG3_": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)OC1([H])C([H])([H])OP([H])(=O)[O-]",
"atom_name": ["HO3'", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {}
},
"DG5_": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)C([H])([H])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"DGN_": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)C([H])([H])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {}
},
"DT_": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])([H])C([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C(C([H])([H])[H])=C2[H])OC1([H])C([H])([H])OP([H])(=O)[O-]",
"atom_name": ["H_t", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "C7", "H71", "H72", "H73", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {}
},
"DT3_": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])([H])C([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C(C([H])([H])[H])=C2[H])OC1([H])C([H])([H])OP([H])(=O)[O-]",
"atom_name": ["HO3'", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "C7", "H71", "H72", "H73", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {}
},
"DT5_": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C(C([H])([H])[H])=C2[H])C([H])([H])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "C7", "H71", "H72", "H73", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"DTN_": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C(C([H])([H])[H])=C2[H])C([H])([H])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "C7", "H71", "H72", "H73", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {}
}
}
}