Skip to content
New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

Sign up for GitHub

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Jump to bottom

test and document ami-clean #28

Open
petermr opened this issue Feb 15, 2019 · 3 comments
Open

test and document ami-clean #28

petermr opened this issue Feb 15, 2019 · 3 comments
Assignees
@petermr @ay-amityadav
Labels
bug Something isn't working documentation document possible bugs mustfix bug must be fixed

Comments

@petermr
Copy link
Owner

petermr commented Feb 15, 2019

ami-clean will remove files from a cproject using exact filenames or wildcards.
test and document it by running on ocimum
@ay-amityadav
Copy link
Collaborator

ami version: ami20190218c

  1. Trying to delete a file in osanctum200 project fails. The exact command issued is: ami-clean -p osanctum200 --file commonest.dataTables.html. Here is the console output:
Generic values (AMICleanTool)
================================
basename            null
cproject            /home/amit/Desktop/Workshop/Github/testing/osanctum200/ami-clean/osanctum200
ctree               
cTreeList           [osanctum200/PMC1397864, osanctum200/PMC2249741, osanctum200/PMC2803133, osanctum200/PMC2832770, osanctum200/PMC2861815, osanctum200/PMC2959210, osanctum200/PMC2997456, osanctum200/PMC3052594, osanctum200/PMC3059441, osanctum200/PMC3119265, osanctum200/PMC3157116, osanctum200/PMC3157117, osanctum200/PMC3178181, osanctum200/PMC3183620, osanctum200/PMC3249909, osanctum200/PMC3269354, osanctum200/PMC3330847, osanctum200/PMC3331186, osanctum200/PMC3336497, osanctum200/PMC3385242, osanctum200/PMC3643536, osanctum200/PMC3644756, osanctum200/PMC3687502, osanctum200/PMC3713276, osanctum200/PMC3778630, osanctum200/PMC3831728, osanctum200/PMC3910118, osanctum200/PMC3927567, osanctum200/PMC3960749, osanctum200/PMC3968692, osanctum200/PMC3968694, osanctum200/PMC3979218, osanctum200/PMC4003702, osanctum200/PMC4047570, osanctum200/PMC4054046, osanctum200/PMC4061585, osanctum200/PMC4090833, osanctum200/PMC4097936, osanctum200/PMC4125705, osanctum200/PMC4166821, osanctum200/PMC4178353, osanctum200/PMC4219006, osanctum200/PMC4238170, osanctum200/PMC4286833, osanctum200/PMC4296432, osanctum200/PMC4296439, osanctum200/PMC4297304, osanctum200/PMC4344766, osanctum200/PMC4353034, osanctum200/PMC4357966, osanctum200/PMC4367033, osanctum200/PMC4389114, osanctum200/PMC4395929, osanctum200/PMC4445982, osanctum200/PMC4458901, osanctum200/PMC4461963, osanctum200/PMC4464543, osanctum200/PMC4479056, osanctum200/PMC4540216, osanctum200/PMC4552454, osanctum200/PMC4557240, osanctum200/PMC4558530, osanctum200/PMC4562040, osanctum200/PMC4569613, osanctum200/PMC4575751, osanctum200/PMC4578181, osanctum200/PMC4621411, osanctum200/PMC4631451, osanctum200/PMC4704049, osanctum200/PMC4708241, osanctum200/PMC4719483, osanctum200/PMC4722878, osanctum200/PMC4727760, osanctum200/PMC4740760, osanctum200/PMC4752996, osanctum200/PMC4756573, osanctum200/PMC4774317, osanctum200/PMC4784345, osanctum200/PMC4787083, osanctum200/PMC4811902, osanctum200/PMC4847459, osanctum200/PMC4850779, osanctum200/PMC4868837, osanctum200/PMC4871963, osanctum200/PMC4888607, osanctum200/PMC4889806, osanctum200/PMC4897258, osanctum200/PMC4910298, osanctum200/PMC4911752, osanctum200/PMC4930629, osanctum200/PMC4943962, osanctum200/PMC4945999, osanctum200/PMC4971952, osanctum200/PMC5041392, osanctum200/PMC5056903, osanctum200/PMC5061480, osanctum200/PMC5061863, osanctum200/PMC5093107, osanctum200/PMC5136442, osanctum200/PMC5188440, osanctum200/PMC5234046, osanctum200/PMC5238431, osanctum200/PMC5288532, osanctum200/PMC5289091, osanctum200/PMC5301171, osanctum200/PMC5307909, osanctum200/PMC5339955, osanctum200/PMC5339983, osanctum200/PMC5376420, osanctum200/PMC5388082, osanctum200/PMC5422909, osanctum200/PMC5442075, osanctum200/PMC5450247, osanctum200/PMC5471463, osanctum200/PMC5486092, osanctum200/PMC5514443, osanctum200/PMC5573556, osanctum200/PMC5603166, osanctum200/PMC5603897, osanctum200/PMC5607385, osanctum200/PMC5619764, osanctum200/PMC5620597, osanctum200/PMC5664710, osanctum200/PMC5672119, osanctum200/PMC5674267, osanctum200/PMC5696514, osanctum200/PMC5700130, osanctum200/PMC5712421, osanctum200/PMC5713083, osanctum200/PMC5717796, osanctum200/PMC5742593, osanctum200/PMC5745208, osanctum200/PMC5747505, osanctum200/PMC5748643, osanctum200/PMC5750606, osanctum200/PMC5758638, osanctum200/PMC5771181, osanctum200/PMC5780373, osanctum200/PMC5787290, osanctum200/PMC5806308, osanctum200/PMC5817846, osanctum200/PMC5822768, osanctum200/PMC5822975, osanctum200/PMC5824918, osanctum200/PMC5830579, osanctum200/PMC5855364, osanctum200/PMC5857580, osanctum200/PMC5860693, osanctum200/PMC5884149, osanctum200/PMC5885087, osanctum200/PMC5891864, osanctum200/PMC5914031, osanctum200/PMC5946529, osanctum200/PMC5952679, osanctum200/PMC5960749, osanctum200/PMC5964621, osanctum200/PMC5965372, osanctum200/PMC5971330, osanctum200/PMC5979581, osanctum200/PMC5981179, osanctum200/PMC5983777, osanctum200/PMC5987334, osanctum200/PMC5987647, osanctum200/PMC5991880, osanctum200/PMC6006897, osanctum200/PMC6023537, osanctum200/PMC6024997, osanctum200/PMC6039906, osanctum200/PMC6051271, osanctum200/PMC6052011, osanctum200/PMC6060388, osanctum200/PMC6079351, osanctum200/PMC6083739, osanctum200/PMC6093152, osanctum200/PMC6105116, osanctum200/PMC6117687, osanctum200/PMC6121495, osanctum200/PMC6122250, osanctum200/PMC6130623, osanctum200/PMC6130747, osanctum200/PMC6136479, osanctum200/PMC6137568, osanctum200/PMC6145203, osanctum200/PMC6150305, osanctum200/PMC6152233, osanctum200/PMC6200556, osanctum200/PMC6206834, osanctum200/PMC6215600, osanctum200/PMC6225489, osanctum200/PMC6239295, osanctum200/PMC6255897, osanctum200/PMC6261265, osanctum200/PMC6262289, osanctum200/PMC6273821, osanctum200/PMC6273829, osanctum200/PMC6281068, osanctum200/PMC6289780, osanctum200/PMC6296643, osanctum200/PMC6313609, osanctum200/PMC6338118, osanctum200/cooccurrence]
dryrun              false
excludeBase         null
excludeTrees        null
file types          []
forceMake           false
includeBase         null
includeTrees        null
log4j               
logfile             null
verbose             0

Specific values (AMICleanTool)
================================
files         [commonest.dataTables.html]
fileGlobs     []
dirs          []
dirGlobs      []
  1. Trying to delete a directory also fails. The command issued is ami-clean -p osanctum200 --dir cooccurrence . The output at the terminal is:
Generic values (AMICleanTool)
================================
basename            null
cproject            /home/amit/Desktop/Workshop/Github/testing/osanctum200/ami-clean/osanctum200
ctree               
cTreeList           [osanctum200/PMC1397864, osanctum200/PMC2249741, osanctum200/PMC2803133, osanctum200/PMC2832770, osanctum200/PMC2861815, osanctum200/PMC2959210, osanctum200/PMC2997456, osanctum200/PMC3052594, osanctum200/PMC3059441, osanctum200/PMC3119265, osanctum200/PMC3157116, osanctum200/PMC3157117, osanctum200/PMC3178181, osanctum200/PMC3183620, osanctum200/PMC3249909, osanctum200/PMC3269354, osanctum200/PMC3330847, osanctum200/PMC3331186, osanctum200/PMC3336497, osanctum200/PMC3385242, osanctum200/PMC3643536, osanctum200/PMC3644756, osanctum200/PMC3687502, osanctum200/PMC3713276, osanctum200/PMC3778630, osanctum200/PMC3831728, osanctum200/PMC3910118, osanctum200/PMC3927567, osanctum200/PMC3960749, osanctum200/PMC3968692, osanctum200/PMC3968694, osanctum200/PMC3979218, osanctum200/PMC4003702, osanctum200/PMC4047570, osanctum200/PMC4054046, osanctum200/PMC4061585, osanctum200/PMC4090833, osanctum200/PMC4097936, osanctum200/PMC4125705, osanctum200/PMC4166821, osanctum200/PMC4178353, osanctum200/PMC4219006, osanctum200/PMC4238170, osanctum200/PMC4286833, osanctum200/PMC4296432, osanctum200/PMC4296439, osanctum200/PMC4297304, osanctum200/PMC4344766, osanctum200/PMC4353034, osanctum200/PMC4357966, osanctum200/PMC4367033, osanctum200/PMC4389114, osanctum200/PMC4395929, osanctum200/PMC4445982, osanctum200/PMC4458901, osanctum200/PMC4461963, osanctum200/PMC4464543, osanctum200/PMC4479056, osanctum200/PMC4540216, osanctum200/PMC4552454, osanctum200/PMC4557240, osanctum200/PMC4558530, osanctum200/PMC4562040, osanctum200/PMC4569613, osanctum200/PMC4575751, osanctum200/PMC4578181, osanctum200/PMC4621411, osanctum200/PMC4631451, osanctum200/PMC4704049, osanctum200/PMC4708241, osanctum200/PMC4719483, osanctum200/PMC4722878, osanctum200/PMC4727760, osanctum200/PMC4740760, osanctum200/PMC4752996, osanctum200/PMC4756573, osanctum200/PMC4774317, osanctum200/PMC4784345, osanctum200/PMC4787083, osanctum200/PMC4811902, osanctum200/PMC4847459, osanctum200/PMC4850779, osanctum200/PMC4868837, osanctum200/PMC4871963, osanctum200/PMC4888607, osanctum200/PMC4889806, osanctum200/PMC4897258, osanctum200/PMC4910298, osanctum200/PMC4911752, osanctum200/PMC4930629, osanctum200/PMC4943962, osanctum200/PMC4945999, osanctum200/PMC4971952, osanctum200/PMC5041392, osanctum200/PMC5056903, osanctum200/PMC5061480, osanctum200/PMC5061863, osanctum200/PMC5093107, osanctum200/PMC5136442, osanctum200/PMC5188440, osanctum200/PMC5234046, osanctum200/PMC5238431, osanctum200/PMC5288532, osanctum200/PMC5289091, osanctum200/PMC5301171, osanctum200/PMC5307909, osanctum200/PMC5339955, osanctum200/PMC5339983, osanctum200/PMC5376420, osanctum200/PMC5388082, osanctum200/PMC5422909, osanctum200/PMC5442075, osanctum200/PMC5450247, osanctum200/PMC5471463, osanctum200/PMC5486092, osanctum200/PMC5514443, osanctum200/PMC5573556, osanctum200/PMC5603166, osanctum200/PMC5603897, osanctum200/PMC5607385, osanctum200/PMC5619764, osanctum200/PMC5620597, osanctum200/PMC5664710, osanctum200/PMC5672119, osanctum200/PMC5674267, osanctum200/PMC5696514, osanctum200/PMC5700130, osanctum200/PMC5712421, osanctum200/PMC5713083, osanctum200/PMC5717796, osanctum200/PMC5742593, osanctum200/PMC5745208, osanctum200/PMC5747505, osanctum200/PMC5748643, osanctum200/PMC5750606, osanctum200/PMC5758638, osanctum200/PMC5771181, osanctum200/PMC5780373, osanctum200/PMC5787290, osanctum200/PMC5806308, osanctum200/PMC5817846, osanctum200/PMC5822768, osanctum200/PMC5822975, osanctum200/PMC5824918, osanctum200/PMC5830579, osanctum200/PMC5855364, osanctum200/PMC5857580, osanctum200/PMC5860693, osanctum200/PMC5884149, osanctum200/PMC5885087, osanctum200/PMC5891864, osanctum200/PMC5914031, osanctum200/PMC5946529, osanctum200/PMC5952679, osanctum200/PMC5960749, osanctum200/PMC5964621, osanctum200/PMC5965372, osanctum200/PMC5971330, osanctum200/PMC5979581, osanctum200/PMC5981179, osanctum200/PMC5983777, osanctum200/PMC5987334, osanctum200/PMC5987647, osanctum200/PMC5991880, osanctum200/PMC6006897, osanctum200/PMC6023537, osanctum200/PMC6024997, osanctum200/PMC6039906, osanctum200/PMC6051271, osanctum200/PMC6052011, osanctum200/PMC6060388, osanctum200/PMC6079351, osanctum200/PMC6083739, osanctum200/PMC6093152, osanctum200/PMC6105116, osanctum200/PMC6117687, osanctum200/PMC6121495, osanctum200/PMC6122250, osanctum200/PMC6130623, osanctum200/PMC6130747, osanctum200/PMC6136479, osanctum200/PMC6137568, osanctum200/PMC6145203, osanctum200/PMC6150305, osanctum200/PMC6152233, osanctum200/PMC6200556, osanctum200/PMC6206834, osanctum200/PMC6215600, osanctum200/PMC6225489, osanctum200/PMC6239295, osanctum200/PMC6255897, osanctum200/PMC6261265, osanctum200/PMC6262289, osanctum200/PMC6273821, osanctum200/PMC6273829, osanctum200/PMC6281068, osanctum200/PMC6289780, osanctum200/PMC6296643, osanctum200/PMC6313609, osanctum200/PMC6338118, osanctum200/cooccurrence]
dryrun              false
excludeBase         null
excludeTrees        null
file types          []
forceMake           false
includeBase         null
includeTrees        null
log4j               
logfile             null
verbose             0

Specific values (AMICleanTool)
================================
files         []
fileGlobs     []
dirs          [cooccurrence]
dirGlobs      []

@petermr petermr added bug Something isn't working documentation document possible bugs mustfix bug must be fixed labels Feb 21, 2019
@petermr
Copy link
Owner Author

petermr commented Feb 22, 2019

Have committed instructions in installation/WORKING.md. It's not perfect.

		ami-clean -p  osanctume200 --dir results __cooccurrence

which cleans the toplevel files and

ami-clean -p osanctum200 \
			 --file \
			 gene.human.count.xml\
		     gene.human.snippets.xml\
		     search.country.count.xml\
		     search.country.snippets.xml\
		     search.disease.count.xml\
		     search.disease.snippets.xml\
		     search.diterpene.count.xml\
		     search.diterpene.snippets.xml\
		     search.drugs.count.xml\
		     search.drugs.snippets.xml\
		     search.monoterpene.count.xml\
		     search.monoterpene.snippets.xml\
		     search.monoterpenes.count.xml\
		     search.monoterpenes.snippets.xml\
		     search.plantparts.count.xml\
		     search.plantparts.snippets.xml\
		     search.spices.count.xml\
		     search.spices.snippets.xml\
		     species.binomial.count.xml\
		     species.binomial.snippets.xml\
		     word.frequencies.count.xml\
		     word.frequencies.snippets.xml

@petermr
Copy link
Owner Author

petermr commented Feb 22, 2019

What are the errors you get?

Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment
Assignees

@petermr petermr

@ay-amityadav ay-amityadav

Labels
bug Something isn't working documentation document possible bugs mustfix bug must be fixed
Projects
None yet
Milestone
No milestone
Development

No branches or pull requests
2 participants
@petermr @ay-amityadav