Обзор изначально задумывали как самостоятельный, но затем его свернули в пользу более прикладного обзора под дисс. по типу A (см. на эту тему детально в СТМЗ).
Однако на тот момент проделали уже большую работу, и с намерением использовать ее с пользой и происходит движение, документацию которого см. ниже.
Работаем по протоколу, поиски проведены, см. историю коммитов этого репозитория, а также историю коммитов xt-ao-type-a до e5e2bf3 включительно. Общая выборка обзора составила 1135 записей.
Согласно протоколу на всех этапах обзора работают перекрестно с маскированием три участника (ЭБД, САС, ПВЖ). ЭБД и ПВЖ завершили первичный скрининг. Для перехода на этап скрининга по полным текстам для предупреждения повторных срывов маскирования необходимо всем участникам завершить независимо скрининг-1, после чего всем выгрузить сюда результаты (экспорт из Rayyan записей с решениями), рассчитать показатели согласия (методы см. в протоколе) и провести консенсус-совещание с определением итоговой подборки работ для скрининга-2. Планируем завершение скрининга САС.
С учетом сроков (dbbe4baf1a43420feab32f8b147c431452d397d2) в данный момент рассчитаем согласие и проведем консенсус по скринингу-1 между двумя участниками, которые уже завершили его (ЭБД, ПВЖ). Опубликуем только показатели согласия, сами решения же по-прежнему не будем публиковать до полного завершения скрининга-1 всеми участниками (САС). Для сохранения маскирования при проведении консенсуса создадим в Рэйан отдельный обзор, куда ЭБД и ПВЖ скопируют записи со своими решениями, и там и сформируем консенсусную подборку (опять же пока не будем публиковать ни саму подборку, ни количества записей там). Затем перейдем к следующим этапам работы. По завершении скрининга САС пересчитаем согласие на троих, а также ЭБД или ПВЖ проведут с САС консенсус с использованием уже согласованной подборки, после чего получим окончательную консенсусную подборку, внесем коррективы по остальным этапам, которые уже будут выполнены на тот момент (например изучим либо исключим из рассмотрения дополнительные полные тексты).
Рэйан не дает скопировать в обзор, созданный другим участникам, а во вновь создаваемых обзорах вообще отсутствует кнопка копирования (для обзоров от 2019-02-20 все еще можно было скопировать в них и из них); возможно, связано с недавними обновлениями в Рэйане. Экспорт/импорт решений Рэйан также не поддерживает. Поэтому за неимением лучшего выбора (в качестве альтернативы я видел только экспортировать из Рэйана и проводить консенсус где-то в другом софте, а это уже слишком обременительно) 2019-03-15 18:40 я снял маскирование в Рэйане, и дальше уже до самого конца скрининга-1 будем работать и выполнять консенсус в открытую.
На момент коммита у САС — 763 неотскриненных из 1135 (767 из 1148), у ЭБД — 0 из 1135 (9 из 1148), у ПВЖ — 0 из 1135 (0 из 1148).
Полную выдачу 1135 на момент коммита с текущими решениями всех участников прикрепляю (articles_1135_EBD_PVZ_SAS_preconsensus_unmasked.bib). Текущий экспорт 1148 также прикрепляю для совместимости (articles_1148_EBD_PVZ_SAS_preconsensus_unmasked.bib).
Согласно разговору от 01.02.2019: идея скрининга вначале легких для принятия решения записей, а затем сложных — интересна, ранее уже возникала неоднократно, планирует начать применять такой подход.
Проводим мониторинг в динамике времени скрининга по данным Rayyan.
ПВЖ:
На момент коммита остаются 772 неотскриненные записи из 1148 (1135).
Исходя из консервативного расчета: 1 минута на запись (см. наш предыдущий опыт) — это не менее, чем на 13 часов чистого скрининга.
Постараемся сегодня оценить реальный ожидаемый срок завершения и отразить здесь.
10 дней
На момент коммита — 736 неотскриненных записей.
На момент коммита (24.03.2019 22:25) — 694 неотскриненных записи.
На момент коммита — 659 неотскриненных.
ПВЖ:
Кстати, если кто из читателей не в курсе, узнать, «на момент коммита» — когда это было,— можно с легкостью в режиме просмотра «Blame».
ЭБД: см. 95200dc732d38952bd53ed9064c45e2deced10bd.
Перенос даты завершения скрининга на 22.02.19.
ЭБД: 17.02.19. отскринил 177 записей за 3 часа. Осталось 521 запись.
18.02.19. отскринил 170 записей за 3 часа. Осталось 351 запись.
19.02.19. отскринил 180 записей за 2 часа. Осталось 171 запись.
22.02.19. завершение скрининга за 2,5 часа.
Проявил инициативу подключиться 30.01.2019 (a80a11d35a533b870861d5bce7693233bdb40af1). Был инструктирован изучить METHOD.md для репозитория и приступать.
Моменты по метолам, которые потребовали уточнения.
По сокращениям.
Сокращение,Расшифровка
НРИ,нерандомизированное исследование
НСО,несистематический обзор
ВП,вертебропластика
NRS,nonrandomized study
NSR,nonsystematic review
SCI,spinal cord injury
TL,thoracic and lumbar
VA,vertebral augmentation
Фаза 0-1,имеются в виду фазы клинических испытаний
По применению критериев исключения.
По поводу структуры шагов: «номер шага - краткое описание на русском [более подробное описание на английском]».
Указывать в Rayyan критерии исключения в свободной форме — нежелательно, поскольку у нас априори определенный, упорядоченный список шагов, и при принятии решении об исключении статьи необходимо четко представлять, в связи с каким куском текста в названии или библиографическом описании и по какому именно шагу мы ее исключаем. Если достаточных оснований (конкретного фрагмента записи, который нас склоняет к представлению о том, что запись не подходит) — нет, не исключаем. Саму формулировку шага рекомендую просто копировать и вставлять из приведенного в README.md списка. Например: шаг 1 - фаза 0-1 [Records Excluded Step 1 Animal or Cadaver or Biomech or In Vitro or In Silico or Healthy] шаг 8a - не та хирургия [Records Excluded Step 8a Surgery Not Directly Relevant] И так далее. Обратите также внимание, что в соответствии с методологией запись с необходимостью не может быть исключена по нескольким шагам одновременно. шаг 0 - не исключено [Records Not Excluded Step 0] — по сути не применяется; имеет историческое значение, символизирует, что мы начинаем топать от «не исключено» и исключаем при наличии оснований раньше или позже (или в противном случае, дойдя до последнего шага, так и оставив статью неисключенной; в Rayyan это действие тем не менее соответствует нажатию кнопки Include).
Конкретно по шагу 5c - не травма [Records Excluded Step 5c TL Spine Other Than Trauma]: исключать ли по нему случаи травматических переломов на фоне имеющегося ранее заболевания (остеопороз, анкилозирующий спондилит).
Не, это не расцениваю как основание для исключения по шагу 5c, т. к., несмотря на предсуществующую патологию, перелом именуется травматическим. (Кстати, в классификации AO переломов грудных и поясничных позвонков на этот случай даже есть такой модификатор M2.)
По маскированию скрининга.
Исключенные записи не смотрел и посмотреть даже пока не смогу. Дело в том, что скрининг в Рэйан по этому обзору у нас настроен в слепом режиме: каждый скринер не видит решений других. Это сделано для того, чтобы скрининг был независимым. По завершении скрининга (1-го его этапа в настоящий момент) всеми участниками отключим слепой режим, экспортируем результаты каждого, соберемся вместе и обсудим несовпадающие решения, постараемся прийти к консенсусу.
Исключать или не исключать переломы позвонков различного типа (компрессионным и отростков).
Ну, этот обзор по переломам позвонков вообще — не только по взрывным,— поэтому там нет такого критерия исключения. Оставляйте.
По критериям включения.
Тут совершенно конкретное определение принято для РКИ и СО в контексте скрининга для этого обзора. Для этого см. или первоисточники, или stmz3_-a_record_t1-_ws_c25_90.csv (поискать вхождения «shojania» в тексте).
При этом столкнулись с неспособностью iOS из коробки открыть в виде текста CSV-файл, причем так, чтобы можно было выполнить поиск по тексту. В итоге удалось сделать в Working Copy.
Как видите, этм два определения исходят совершенно исключительно из того, что написано в тексте (что крайне пользительно в плане скрининга). Однако также обратите внимание, что СО в соответствии с данным определением полностью определяется уже на основании библиографической записи (уже на 1-м этапе скрининга), а вот для окончательной квалификации работы как РКИ необходимо опираться на всю доступную информацию (в том числе из полного текста). Практический вывод таков, что, если Вы дошли до 9-го шага и по библиографической записи не понятно, проводилось ли распределение случайно или нет, то такую работу нельзя исключить, и необходимо протаскивать ее на 2-й этап, где уже по полным текстам будет решаться окончательно вопрос о квалификации работы как РКИ, ККИ или НРИ.
Откуда взялись эти критерии вообще? А дело в том, что запрос SFMHSUSH SSB HSSS v2 состоит из 4 частей:
- "spinal fractures"[mh] (термин-заголовок контролируемого словаря MEDLINE по переломам позвонков);
- surgery[sh] (термин-подзаголовок контролируемого словаря MEDLINE по хирургическому лечению);
- systematic[sb] (поисковое ограждение по СО);
- Cochrane RCT Highly Sensitive Search Strategy (поисковое ограждение по РКИ).
Так вот оригинальные работы, в которых были разработаны и валидизированы эти ограждения (Shojania 2001 для SSB и кокрейновский справочник для HSSS), использовали в качестве определения именно эти. Именно из этих работ я и взял тогда эти цитаты.
Возник вопрос о словах, которые Rayyan выделяет красным; ответ на данный момент не ясен.
Также начали мониторинг в динамике времени скрининга по данным Rayyan.
Sat, 23 Feb 2019 23:20:00 GMT +03:00. Провожу проверку, полный и пошаговый экспорт отскриненных записей.
Проверка на предмет того, не получилось ли, чтобы какая-то исключенная была без проставленного шага либо было более 1 шага.
Порядок экспорта:
23.02.19, 22:49 - Павел: Заходите. Все фильтры — сняты.
23.02.19, 22:49 - Павел: Выбираете 1,135.
23.02.19, 22:50 - Павел: Нажимаете Export.
23.02.19, 22:50 - Павел: Filtered (1135).
23.02.19, 22:50 - Павел: BibTeX.
23.02.19, 22:50 - Павел: Все 4 галки стоят.
23.02.19, 22:50 - Павел: Last, First.
23.02.19, 22:50 - Павел: Export.
23.02.19, 22:50 - Павел: Потом 1135 _оставляете_
23.02.19, 22:51 - Павел: Добавляете Included.
23.02.19, 22:51 - Павел: Экспорт повторяете так же.
23.02.19, 22:51 - Павел: Затем _снимаете_ Included, выбираете шаг 1.
23.02.19, 22:51 - Павел: Повторяете экспорт.
23.02.19, 22:51 - Павел: Снимаете шаг 1, выбираете шаг 2 и т. д.
ПВЖ: см. 33f18411ca14dd7c1ca11583917b12197483069d.
Утро 25.02.2019.
ПВЖ: вряд ли удастся работать быстрее, чем 1,0 мин./запись (именно вокруг этих значений как-то все вращается), и поэтому менее, чем на 1111×1,0/60=19 часов чистого скрининга, не стоит рассчитывать. Но тянуть некуда. см. ниже про копирование записей; это быстро — за сегодня сделаю. Перенос из СТМЗ все же займет какое-то время: там их все-таки 296, то есть на 5 часов чистой работы. Это доделаю завтра (21.02). Также придется доскринить 77 записей, которые выплыли при выявлении обратной несовместимости HSSS с RCTS (см. ниже) — плюс еще 1,5 часа. Тоже на завтра. Все же к 22.02 должен успеть доделать (заодно и ЭБД планирует к тому же сроку закончить).
Итак, в итоге остается доработать (досравнивать с СТМЗ и доскринить) 421 запись. Если будет выходить по 1 мин./запись, то понадобится 7 часов. Все же попробую к 22.02 осилить. В крайнем случае доделаю уже 22.02.
В связи с 55e34fc3ebbe1655479ff4e57b90ab5d4626c122 к 22.02 явно не успею. Постараюсь теперь к 23.02.
Нет пути, что я успею это в ночь. Теперь ко дню 23.02.
Итак, вечер 23.02, перенос завершен, остается доскринить 125 записей — часа на два. К утру 24.02 завершу. Отстаю от графика; к утру 25.02 — будет. Остается 111 записей — 111 минут. Успеваю.
ПВЖ: остается 125 записей. Остается 104 103 из 1135 (не туда посмотрел) записи. Часть из тех, что отскринил, оказались уже с шагами исключения, но не значились как исключенные: проверил несколько в Пабмеде — действительно исключены по этому шагу. Все такие нашел, исключил. Также еще с десяток подряд просмотрел: нет по PMID ни в СТМЗ, ни в Пабмеде в подборках — включить, nostmz, добавить в спецколлекцию на Пабмеде. Сейчас все оставшиеся экспортирую, сформирую список PMID и регуляркой проверю, всех ли их нет действительно в СТМЗ — сделал, 21 совпадение (не 21 запись, а именно 21 совпадение! записей — меньше) получил с СТМЗ (сейчас пройду по всем — прошел по всем: все были записи, исключенные из 296 по шагам менее 9,— их было пять,— плюс одна запись, добавившаяся по v2, итого 6 записей, их все исключил по соответствующим шагам и в Рэйане; остается 97 из 103). В Пабмеде проверять уже смысла не вижу, коль скоро из всех Пабмедовских коллекций я и так в обзор все записи перенес. Если в СТМЗ ни одной не окажется, все автоматически включаю по nostmz и заношу в спецколлекцию Пабмеда — автоматически занес оставшиеся 97 туда и автоматически проставил nostmz для этих 97 в Рэйане. Потом останется все из nostmz отскринить с нуля — и все.
Итак, Undecided — ноль записей. nostmz — 111 записей. Доскриниваю 111 — и конец.
Так, в спецколлекции в Пабмеде — 110 записей, а не 111. Сейчас буду экспортировать список PMID и оттуда, и из Рэйана и сравню. Сделал, нашел виновника: 21637959. Это те самые Han 2011, который добавился благодаря v2 (и которым мы обязаны появлением v2-модификации; см. на эту тему в СТМЗ: 2018-07-21 14:59). При переносе я не добавил его в спецколллекцию (ведь он же входил в те 6, и поэтому не вошел в 97), хотя ведь надо было же — добавил. Теперь и там, и там по 111. В остальном списки из спецколлекции и nostmz совпадают.
(Список файлов для справки — ниже.)
ПВЖ: остается отскринить 111 из 1135 (1148) записей; по данным Рэйана, потрачено 119 минут, 19 сессий.
ПВЖ: остается отскринить 0 из 1135 (1148) записей; по данным Рэйана, потрачено 117 минут, 20 сессий. Скрининг завершен. Время Рэйан посчитал черт знает как.
ПВЖ: список экспортов (14 штук, не сортированы):
- 7866ceb5feef10b0_24266_40538_2019-02-25_15-30-27.zip
- 614bdfaba21e2567_24266_40538_2019-02-25_15-30-14.zip
- e4a1a13247222e54_24266_40538_2019-02-25_15-29-50.zip
- 2f01ed42cf02036f_24266_40538_2019-02-25_15-30-03.zip
- 86a1c25cce0ed816_24266_40538_2019-02-25_15-27-50.zip
- 398d0ba1fa6e7e1e_24266_40538_2019-02-25_15-28-57.zip
- b51d4a00865a02b8_24266_40538_2019-02-25_15-28-44.zip
- 77e2117181ebe933_24266_40538_2019-02-25_15-28-32.zip
- b059703cd78c1034_24266_40538_2019-02-25_15-28-15.zip
- 7f8c3c34f886cefb_24266_40538_2019-02-25_15-27-26.zip
- f1f59a859149fdd3_24266_40538_2019-02-25_15-27-36.zip
- 617e21ddebd3fe2f_24266_40538_2019-02-25_15-26-21.zip
- 2e71f3eef5b351ce_24266_40538_2019-02-25_15-27-05.zip
- b6f1b100afaff6a9_24266_40538_2019-02-25_15-26-43.zip
ЭБД почти кончил скрининг — нужно мне завершить перенос.
Должно быть 1117 из 1135 записей с зафиксированными в PubMed или СТМЗ 3 фактом неисключения или исключения и указанием шага, а 18 записей доскринивали до v2 глазами. Эти 18 записей должны получиться и здесь: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/myncbi/1bGT_5WlUb855/collections/57434404/public/
Для этого вручную пройдем по всем 1135 записям в Rayyan, для каждой проверив по записям, какое решение для нее было вынесено (не исключать или исключить по первичному скринингу) и по какому шагу. О, нет: добавим все подборки из Пабмеда новыми обзорами, там всем проставим быстро нужный шаг, а потом скопируем оттуда в целевой.
За счет последних замечаний о несовместимости шагов все ранее перенесенные мной в Рэйан решения по моему скринингу об исключении по шагу 4 и выше подлежат отмене. Затем начисто перенесу по новому протоколу. Включенные и исключенные по шагу 3 и выше не подлежат отмене (потому что а с чего бы).
В настоящий момент уже перенес 24 решения:
Undecided 1111
Included 5
Excluded 19
Из них исключенные:
шаг 7 - ВП [Records Excluded Step 7 VA or RFA] 9
шаг 9 - НСО или НРИ [Records Excluded Step 9a NSR or NRS] 4
шаг 4a - шея [Records Excluded Step 4a Adult C-Spine] 3
шаг 2 - дети [Records Excluded Step 2 Pediatric] 2
шаг 3 - не спина [Records Excluded Step 3 Adult Not Spine] 1
Таким образом, всего 16 записей подлежат откату на Undecide.
Провел откат. После процедуры:
Inclusion decisions
Undecided 1123
Included 5
Excluded 6
Exclusion reasons
шаг 2 - дети [Records Excluded Step 2 Pediatric] 2
шаг 4a - шея [Records Excluded Step 4a Adult C-Spine] 2
шаг 3 - не спина [Records Excluded Step 3 Adult Not Spine] 1
Ссылка на мою коллекцию в PubMed со всеми 1135 результатами выдачи: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/myncbi/1bGT_5WlUb855/collections/57434379/public/
Поскольку старый порядок переноса — необоснованно изнурителен, необходимо его оптимизировать.
Похоже, Рэйан пока не умеет импортировать решения, поэтому проставлять их все равно придется вручную. Но хотя бы упрощу этот процесс. Исправления см. по тексту. Не придется! Я забыл, что в Рэйане можно копировать из обзора в обзор вместе с решениями.
Порядок переноса следующий:
-
экспортирую из каждой нижеприведенной подборки с исключенными в формате
MEDLINEPubMed XML, затемсоздаю новую базу в PortoDB и оформляю экспорт подборки под CSV для импорта в PortoDB, при этом в отдельное поле проставляю ссылку на подборку (список подборок добавляю отдельной таблицей в ту же БД)загружаю ихотдельными обзорами, группируя по шагам (HSSS + RCTS) в соответствии с таблицей сопоставления (ниже), отдельными обзорами в Рэйан, -
с учетом обратной несовместимости HSSS с RCTS, начиная с шага 4, записи, исключенные по шагу 4 и далее SFMHSUSH RCTS (см. список несовместимых подборок ниже), не подлежат выгрузке в Рэйан, а соответствующие записи подлежат перескринингу по HSSS,
-
исключаю в пределах каждого из этих обзоров все записи по соответствующему подборке шагу,
-
копирую из этих обзоров вместе с решениями в основной обзор,
-
нахожу данную запись вPubMedБД по PMID или как иначе, -
проверяю, состоит ли она в подборке с результатами выдачи (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/myncbi/1bGT_5WlUb855/collections/57434379/public/), и если нет, то это критическая ошибка, и я это документирую, -
смотрю, состоит ли она в какой-то из подборок с исключенными по шагам записям (а у меня в PubMed целый ряд таких подборок: по SFMHSUSH RCTS и по SFMHSUSH HSSS; сейчас сделаю их все публичными и приведу ссылки ниже — были приведены с 28.12.2018, когда добавил соответствующую ишью, по 13.01.2019, когда перенес оттуда в этот файл (8831c67bc0e98d641416d7994f86720d64907c82) и ишью удалил; теперь вновь добавлю только по завершении скрининга всеми участниками, чтобы минимизировать минимизировать срыв маскирования), -
если состоит и вдля всех неисключенных(шаг 0)в Рэйан,тоиду в СТМЗ 3 и смотрю там записи (всю выдачу из СТМЗ 3 по этому проектусейчас загружууже давно выгрузил в репу) и, если там запись исключена при скрининге и указан шаг (либо прописано, что это НРИ или НСО), исключаю по этому шагу, иначе не исключаю, -
если состоит в исключенных по остальным шагам, то исключаю в Rayyan по соответствующему шагу,
-
если не состоит, то считаю эту запись одной из 18 добавленных в результате перехода на v. 2 и в целях потом проверить эту гипотезу добавляю эту запись в соответствующую спецколлекцию (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/myncbi/1bGT_5WlUb855/collections/57434404/public/).
Тут я забыл учесть, что часть записей у нас пришла из SFMHSUSH SSB (по которому записывали только неисключенные, а исключенные вовсе не фиксировали). Это сейчас заметил случайно, увидев такую запись; сам уже забыл и думать про SFMHSUSH SSB. Так что в этой подборке будут не только пришедшие за счет v2, но и эти, и будет поэтому больше 18 записей.
А, ну и для полной ясности отмечу: полным эквивалентом этой коллекции в Пабмеде является введенный ниже лейбл
nostmzв Рэйане.
SFMHSUSH RCTS
шаг 0 - не исключено (N = …) Records Not Excluded Step 0 шаг 1 - фаза 0-1 (N = …) Records Excluded Step 1 Cadaver or Biomech or In Vitro or In Silico or Healthy шаг 2 - дети (N = …) Records Excluded Step 2 Pediatric шаг 3 - не спина (N = …) Records Excluded Step 3 Adult Not Spine шаг 4 - не травма (N = …) Records Excluded Step 4 Spine Other Than Trauma шаг 5 - шея (N = …) Records Excluded Step 5 C-Spine Trauma шаг 6 - осложненная травма (N = …) Records Excluded Step 6 TL Trauma SCI Present шаг 7 - ВП (N = …) Records Excluded Step 7 VA or RFA шаг 8 - не хирургия (N = …) Records Excluded Step 8 No Surgery in the Spine
SFMHSUSH HSSS
шаг 0 - не исключено (N = …) Records Not Excluded Step 0 шаг 1 - фаза 0-1 (N = …) Records Excluded Step 1 Animal or Cadaver or Biomech or In Vitro or In Silico or Healthy шаг 2 - дети (N = …) Records Excluded Step 2 Pediatric шаг 3 - не спина (N = …) Records Excluded Step 3 Adult Not Spine шаг 4a - шея (N = …) Records Excluded Step 4a Adult C-Spine шаг 4b - таз (N = …) Records Excluded Step 4b Adult Pelvis шаг 5c - не травма (N = …) Records Excluded Step 5c TL Spine Other Than Trauma шаг 6 - осложненная травма (N = …) Records Excluded Step 6 TL Trauma SCI Present шаг 6b - последствия травм (N = …) Records Excluded Step 6b Late TL Trauma шаг 7 - ВП (N = …) Records Excluded Step 7 VA or RFA шаг 8 - не хирургия (N = …) Records Excluded Step 8 Operation on Vertebrae Not Main Topic шаг 8a - не та хирургия (N = …) Records Excluded Step 8a Surgery Not Directly Relevant
Таблица сопоставления критериев SFMHSUSH RCTS и SFMHSUSH HSSS
За помощь в генерации таблицы огромное спасибо TablesGenerator.com! Что бы я без них делал!
| SFMHSUSH RCTS | SFMHSUSH HSSS |
|---|---|
| шаг 0 - не исключено (N = …) Records Not Excluded Step 0 | шаг 0 - не исключено (N = …) Records Not Excluded Step 0 |
| шаг 1 - фаза 0-1 (N = …) Records Excluded Step 1 Cadaver or Biomech or In Vitro or In Silico or Healthy | шаг 1 - фаза 0-1 (N = …) Records Excluded Step 1 Animal or Cadaver or Biomech or In Vitro or In Silico or Healthy |
| шаг 2 - дети (N = …) Records Excluded Step 2 Pediatric | шаг 2 - дети (N = …) Records Excluded Step 2 Pediatric |
| шаг 3 - не спина (N = …) Records Excluded Step 3 Adult Not Spine | шаг 3 - не спина (N = …) Records Excluded Step 3 Adult Not Spine |
| шаг 5 - шея (N = …) Records Excluded Step 5 C-Spine Trauma | шаг 4a - шея (N = …) Records Excluded Step 4a Adult C-Spine |
| — | шаг 4b - таз (N = …) Records Excluded Step 4b Adult Pelvis |
| шаг 4 - не травма (N = …) Records Excluded Step 4 Spine Other Than Trauma | шаг 5c - не травма (N = …) Records Excluded Step 5c TL Spine Other Than Trauma |
| шаг 6 - осложненная травма (N = …) Records Excluded Step 6 TL Trauma SCI Present | шаг 6 - осложненная травма (N = …) Records Excluded Step 6 TL Trauma SCI Present |
| — | шаг 6b - последствия травм (N = …) Records Excluded Step 6b Late TL Trauma |
| шаг 7 - ВП (N = …) Records Excluded Step 7 VA or RFA | шаг 7 - ВП (N = …) Records Excluded Step 7 VA or RFA |
| шаг 8 - не хирургия (N = …) Records Excluded Step 8 No Surgery in the Spine | шаг 8 - не хирургия (N = …) Records Excluded Step 8 Operation on Vertebrae Not Main Topic |
| — | шаг 8a - не та хирургия (N = …) Records Excluded Step 8a Surgery Not Directly Relevant |
| – | шаг 9 - НСО или НРИ (N = …) Records Excluded Step 9a NSR or NRS |
Не совместимые с SFMHSUSH HSSS подборки (не подлежат загрузке в Рэйан и использованию в этом скрининге):
- [Records Excluded Step 4 Spine Other Than Trauma] RCTs - High QoE Studies in Early Posterior MIS Fixation for Non-SCI TL Spine Trauma of Living Adults;
- [Records Excluded Step 5 C-Spine Trauma] RCTs - High QoE Studies in Early Posterior MIS Fixation for Non-SCI TL Spine Trauma of Living Adults;
- [Records Excluded Step 6 TL Trauma SCI Present] RCTs - High QoE Studies in Early Posterior MIS Fixation for Non-SCI TL Spine Trauma of Living Adults;
- [Records Excluded Step 7 VA or RFA] RCTs - High QoE Studies in Early Posterior MIS Fixation for Non-SCI TL Spine Trauma of Living Adults;
- [Records Excluded Step 8 No Surgery in the Spine] RCTs - High QoE Studies in Early Posterior MIS Fixation for Non-SCI TL Spine Trauma of Living Adults.
Всего 77 записей (по подборкам отдельно не привожу из-за опасений о возможном срыве маскирования).
Закончил создание в Рэйане обзоров под подборки (начало см. в f38f44840757926ec97667855c84faebd477d4e6):
2019-02-20: SFMHSUSH HSSS v2: шаг 8a - не та хирургия [Records Excluded Step 8a Surgery Not Directly Relevant] (0 articles)
2019-02-20: SFMHSUSH HSSS v2: шаг 8 - не хирургия [Records Excluded Step 8 No Surgery in the Spine] (0 articles)
2019-02-20: SFMHSUSH HSSS v2: шаг 7 - ВП [Records Excluded Step 7 VA or RFA] (0 articles)
2019-02-20: SFMHSUSH HSSS v2: шаг 6b - последствия травм [Records Excluded Step 6b Late TL Trauma] (0 articles)
2019-02-20: SFMHSUSH HSSS v2: шаг 6 - осложненная травма [Records Excluded Step 6 TL Trauma SCI Present] (0 articles)
2019-02-20: SFMHSUSH HSSS v2: шаг 5c - не травма [Records Excluded Step 5c TL Spine Other Than Trauma] (0 articles)
2019-02-20: SFMHSUSH HSSS v2: шаг 4b - таз [Records Excluded Step 4b Adult Pelvis] (0 articles)
2019-02-20: SFMHSUSH HSSS v2: шаг 4a - шея [Records Excluded Step 4a Adult C-Spine] (0 articles)
2019-02-20: SFMHSUSH RCTS or HSSS v2: шаг 1 - фаза 0-1 [Records Excluded Step 1 {Animal} or Cadaver or Biomech or In Vitro or In Silico or Healthy] (0 articles)
2019-02-20: SFMHSUSH RCTS or HSSS v2: шаг 3 - не спина [Records Excluded Step 3 Adult Not Spine] (0 articles)
2019-02-20: SFMHSUSH RCTS or HSSS v2: шаг 2 - дети [Records Excluded Step 2 Pediatric] (0 articles)
Сейчас примусь за загрузку туда соответственных XML.
О! Что-то у нас косяк:
Шаг 8 должен быть по HSSS (взято из коллекции PubMed):
[Records Excluded Step 8 Operation on Vertebrae Not Main Topic]
А у нас в критериях по обзору
[Records Excluded Step 8 No Surgery in the Spine]
Сейчас не будем уже ничего менять, потому что все скринили по этому критерию. Но вообще безобразие.
Завершил выгрузку. Все количества на всякий случай сверил с соответствующими коллекциями в Пабмеде — все совпало.
Теперь время исключать все записи внутри каждого обзора по соответствующему критерию и копировать их в основной обзор. На этом миссия на сегодня должна будет завершиться. Приступаю.
Так, сразу все выделить и исключить одним разом — нельзя, поэтому приходится поодиночке, но в веб-версии Рэйана это относительно быстро все должно получиться. Все можно! Причем как обычно: с контролом (коммандом) и шифтом. Странно, как можно было пропустить. Ну, так теперь все совсем просто! 😊
В Conflicting decisions ставлю: Target wins. Это чтобы ненароком не поперезаписывать исключения.
В итоге буду контролировать что: чтобы по завершении копирований числа записей по категориям исключения в целевом обзоре совпадали с таковыми по подборкам в Пабмеде. Кстати говоря, количества эти не будут совпадать по первым трем шагам, но это нормально: по этим трем или посмотрю вручную, или воспользуюсь инструментом Merge для коллекций в Пабмеде.
Не, Merge, похоже, сливает коллекции, не сохраняя исходные. Достаточно воспользоваться буфером обмена Пабмеда. (Всё, первые три шага откопировал, проверил — все совпадает, за исключением той одной записи, о которой — ниже.)
Первое копирование прошло — успешно: критерии распознались, дубликаты распознались, число исключенных по критерию совпадает.
Еду дальше.
Второй — почти успех. Одна запись при копировании почему-то потеряла критерий (хотя получила статус исключенной). Возможно, что это «ж-ж-ж» — неспроста, и разберемся с такими записями потом отдельно (золотым стандартом: буду вскрывать их в Пабмеде и проверять, к каким коллекциям они относятся).
А даже не буду откладывать в долгий ящик: проверю эту запись. Все с ней в порядке: по запросу выдается, исключена только по этой категории. Ну, все равно пока ничего с ней делать не буду, посмотрим, как пойдет дальше.
Все подборки скопировал, все количества по подборкам совпадают с Пабмедом, но образовалось откуда-то 4 новых записи (теперь всего 1139 отображает вместо 1135), и в неисключенных — почему-то 421 вместо ожидаемых 296 + 77 = 373 (48 лишних записей). Легко будет проверить их происхождение и идентифицировать записи с привлечением буфера обмена Пабмеда: загрузить в него 1135, выгрузить списком PMID в Гит, а затем последовательно добавлять в буфер обмена из каждой из задействованных подборок, и, как только число увеличивается, выгружать снова список PMID, соблюдая тот же порядок сортировки, затем загружать снова в Гит и ставить на diff — таким образом выявить их PMID, и затем уже «золотой стандарт»: открывать их в Пабмеде и смотреть, в каких подборках они состоят. Если же после добавления изо всех подборок в буфер число с 1135 не изменится, что это внутренняя проблема Рэйана, и уже надо будет думать, как быть дальше.
Ну что ж, раз количества по подборкам — совпадают, похоже, что перенос проведен верно. Оставшиеся 421 запись придется досмотреть вручную (в первую очередь, сверка с СТМЗ, а во вторую, разборки со всеми оставшимися записями и их доскрининг).
Приступил к работе с 421. Вначале проставлю все те, о которых есть в СТМЗ, а потом все остальные (пока, если не находится в СТМЗ хотя бы по одному из авторов или по фрагменту заголовка, то мечу их провизорным лейблом nostmz ни включая, ни исключая при этом и, чтобы они ушли из нерешенных, провизорно включаю). Отчасти это и потому, что в мобильном приложении Рэйана невозможно нормально работать со включенным интернетом (постоянно выкидывает из обзора, вынуждая загрузить его обновления с сервера). Сейчас неотскриненных 416 из 1139, при этом просмотрел уже 11 из 421. Текущее время скрининга по Рэйану: 59 минут, 8 сессий.
Обращает внимание, что Рэйан в ходе работы врет на плюс-минус несколько записей. Там, после синхронизации с сервером вдруг уже вместо 416 стало 414 неотскриненных, тогда как изначально вообще показывал 415. Теперь, когда он полностью отсинхронизировал обзор и я продолжил скрининг (отключив интернет), он почему-то пишет, что ему нужно отсинхать 3 записи, в то время как я пока успел отскринить только одну. Кроме того, в Undecided почему-то уже не отображаются несколько записей, которые я изначально пропустил из-за отсутствия их в СТМЗ.
Продолжить скрининг. Показывает 414 неотскриненных.
Решил проверить все-таки неисключенные: в сумме по шагам 739, тогда как всего 720 записей. Значит какие-то с несколькими шагами (их буду помечать специальным лейблом multistep). Плюс хотел убедиться, нет ли исключенных без шага (и для них проставлять то, что необходимо). Да, есть такие. Сейчас придется пройти вручную все по всем исключенным и посмотреть. Но не сейчас, а позже с десктопа: так будет быстрее.
Сейчас, если верить Рэйану, 380 не исключено, 28 включено, из них 7 по nostmz, а остальные как РКИ или СО, и 731 исключено. Но я заметил у себя в Рэйане обзор на 302, заглянул и в него, и оказалось, что там результаты скрининга на 297 + 5, а именно столько оставалось в подборке по SFMHSUSH SSB HSSS v2, когда я выгрузил ее из Пабмеда в СТМЗ (точнее, выгрузил-то я 296, но еще 1 и потом еще 5 я догрузиз обновлений по запросу еще 5 я обнаружил, разбирая включенные СО — см. выдачу из СТМЗ stmz3_-_a_record_t1_-_ws_c25_c90.csv для свидетельств на эту тему). Я и забыл про него — залез в СТМЗ, и оказалось, что в самом деле уже переносил эти записи в Рэйан, когда работал еще в Парсифале (см. запись от 08.11.2018 - 00:17 в СТМЗ). Так что остается просто скопировать из этого обзора в основной, и плов готов. Ну, а затем разобраться со всеми оставшимися записями (ведь их было 421, а не 296).
Единственное, что меня смущает: в этом обзоре на 302 в Рэйане почему-то нет ни одной записи, исключенной по другим шагам, кроме шага 9, а таковые были. Ну, точечно найду такие в СТМЗ, а потом найду их в обзоре в Рэйане и посмотрю, что с ними. Нашел я такие, и теперь понял, что с ними: когда я исключал их в СТМЗ, я сразу убирал их из неисключенных и в Пабмеде, поэтому в итоге в числе 296 остались только исключенные по шагу 9 и включенные в подборку. Так что спокойно можно копировать из этих 296 в основной обзор. И в Парсифаль я зашел и проверил: действительно там значится одной из подборок Скрининг выполнен - SFMHSUSH SSB HSSS v2, в которой содержатся все включенные, и не вызывает сомнений, что получена эта подборка (в BibTeX, который только и поддерживает Parsif.al) именно из этого обзора в Рэйане, благо и называется этот обзор в Рэйане ровно так же, как и проект в Парсифале: «Задние доступы против передних при AO 52–53.A3–A4(n0,m0)».
Приступаю к копированию из обзора на 302. Что учесть: в этом обзоре шаг 9 разделен на шаг 9b - НРИ [Records Excluded Step 9b NRS] и шаг 9a - НСО [Records Excluded Step 9a NSR] — их сложим в один после переноса. Кроме того, там всего четыре критерия исключения, два оставшихся: foreign language и duplicate — эти после копирования сниму и перескриню заново. Плюс Рэйан выдает одно подозрение на дубликат, которое там не оправдывается, но это вроде не должно ни на что влиять. А также там вместо 296 — 297 (за счет одной записи, включенной в СТМЗ затем по обновлению запроса), и эту одну запись я удалю после копирования.
Итак, копирую 297 как Target wins. Завершил копирование. Сейчас уберу 1 лишнюю запись и буду разбираться со всеми конфликтами и остатками. А также объединяю 9a и 9b в один.
Золотой стандарт — как всегда здесь, один: подборки в Пабмеде, а если значится в неисключенных в Пабмеде, то СТМЗ. Так и продолжу работать. Если выясняется, что несколько шагов проставлено для одной записи (а такое попалось), то автоматически выбираю верхний. В Пабмеде в подборках уже ничего не исправляю.
В конечном итоге чисто исключенных по шагам шагам 1, 2 и 3 включительно должно совпасть с объединенными (RCTS + HSSS) подборками в Пабмеде. По шагам 3–8 — не должно совпасть (но может). В целом это не страшно, что не все шаги удастся проверить по числу записей, так как нет оснований сомневаться, что решения все равно перенеслись корректно. Число исключенных по шагу 9 и число включенных должно совпасть с этим обзором на 302 в Рэйане (с поправкой на то, что здесь записей — 296, естественно; можно было бы сверяться с СТМЗ, но этот обзор в Рэйане уже, очевидно, достаточно я проверил, когда на основании него работал в Парсифале).
Пока хорошо идет: все нестыковки в Рэйане носят понятное происхождение при ручном изучении и сверкой с золотым стандартом.
Уточнил явление со статьями, для которых или недоступен, или непонятен (на другом языке) полный текст: что с ними делать, если дошли до шага 9? В плане обзоров ясно: если из заголовка и аннотации, или, если аннотации нет, только из заголовка, четко не ясно, что это СО, то это НСО; это четко прописано у Shojania 2001 именно в такой формулировке (причем особенно приятно, что прописаны и случаи без аннотации тоже). То есть исключать по шагу 9.
В плане же РКИ — менее понятно, поскольку Cochrane Handbook 5.1, box 6.3a четко предписывает, что «on the basis of the best available information», в связи с чем библиографической записью ограничиться позволить себе не можем. Но сейчас я вычитал там такую фразу: «If the author(s) do not state explicitly that the trial was randomized, but randomization cannot be ruled out (курсив — мой), the report is classified as a CCT (controlled clinical trial)». То есть смело можем классифицировать такие как ККИ, а значит как НРИ (рассуждение на тему того, расценивать ли ККИ как НРИ, уже было ранее: см. 2018-09-06 08:56 в СТМЗ 3, то есть в stmz3_-_a_record_t1_-_ws_c25_90.csv). То есть также исключать по шагу 9.
Итак, все конфликты я разобрал, дубликаты все разрешил (не было). Осталось просто доскринить записи. С учетом того, что всего теперь записей стало почему-то 1148 (но разбираться даже не буду, потому что незачем), выбираю оригинальные 1135 (Рэйан позволяет формировать ступенчато подподборки), и в пределах них уже Undecided — таких теперь 125. Остается их доскринить.
Остается 111 из 1135 и 111 же из 1148 (всего записей сейчас). То есть 1024 из 1135 удалось перенести из старой отчетности, при этом еще 13 записей добавились откуда-то, и вместо 1135 всего стало 1148.
До того, как я не начал скринить эти последние оставшиеся 111, все 1148 на всякий случай также выгрузил вместе со всеми решениями: в BibTeX (832f3a60283e75ed_24266_40538_2019-02-24_21-01-59.zip) и в CSV (fcdab986c480a9bb_24266_40538_2019-02-24_21-02-13.zip). Не публикую для предупреждения срыва маскирования (с ЭБД согласие еще не рассчитали, консенсус не провели, САС еще не закончила скрининг). 111 там значатся как неотскриненные, потому что я только что убрал их из включенных и снял с них лейбл nostmz (чтобы удобнее было скринить).
Список файлов, созданных при работе с 103, для справки, в порядке убывания:
f0245f3d6d3698a5_24266_40538_2019-02-24_20-28-51.zip
pubmed_result_110.txt
articles_111.csv
articles_6.csv
articles_103.csv
articles_97.csv
6c8ae4ebb8c50fec_24266_40538_2019-02-24_19-21-53.zip
Все записи по проекту из СТМЗ 3 см. здесь: b4a5a48f7b70235ab93e11808f9d222074d9b229 — для сверки и уточнения шага, если запись в PubMed значится в неисключенных, см. выше.
Вниманию скринеров: записи из СТМЗ 3 не следует смотреть до завершения скрининга, так как это сопровождается срывом маскирования.
См. историю коммитов репозитория.
См. на тему актуальности в экспорте из СТМЗ.
Оригинальная цель обзора (согласно оригинальному протоколу):
Сравнить на предмет отсутствия преимуществ (а) раннюю (б) малоинвазивную (в) фиксацию (г) из заднего доступа перед другими лечебными методами (консервативное лечение в корсете и без, аугментация, другие пункционные методики и устойства) при неосложненных переломах грудных и поясничных позвонков у живых взрослых.
О ходе планирования см. историю коммитов репозитория.
Дополнительную регистрацию где-либо помимо настоящего репозитория на GitHub не предпринимали, в том числе и на OSF.io, причины этого см. в 8fc623c2ef509f17cfeb3a90c809befdc76895a1, 1547917aef9853f869e5647b19c01998b6ac84b5.
См. README.md.
Скрининг проводим в Rayyan.
Скринеров — трое (слепой перекрестный скрининг): ПВЖ, САС, ЭБД.
Рассчитаем показатели согласия (Online Kappa Calculator, Randolph J. J., 2008). Рассчитаем их в отдельности (а) на две категории (включить или исключить) и (б) пошагово (на 13 категорий). Показатели согласия будем рассчитывать, как только хотя бы двое закончат скрининг. Затем пересчитаем их на троих. При этом ни публиковать списки или количества записей, ни снимать режим Blind mode в Rayyan в соблюдение маскирования не будем до тех пор, пока все трое скринеров не завершат и не отметятся здесь о завершении.
По завершении 1-го этапа скрининга и до проведения консенсуса все трое выгрузят сюда экспорты из Rayyan собственных индивидуальных результатов (14 BibTeX-файлов: один со всеми 1135 записями, один со включенными и 12 на каждый шаг исключения). Затем втроем проведем консенсус. После проведения консенсуса выгрузим сюда 14 консенсусных файлов.
Планируем провести перекрестно с маскированием теми тремя участниками (ЭБД, САС, ПВЖ) после завершения 1-го этапа скрининга и получения консенсусной подборки записей.
Планируем провести перекрестно с маскированием теми же тремя участниками (ЭБД, САС, ПВЖ) по завершении 2-го этапа скрининга и получения консенсусной подборки статей.
Планируем, в разработке.
Не планируем.
Планируем, в разработке.