From 2e0174c892dd7a2469f1872465b79cbad4c2ff46 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: TomKellyGenetics <tomkellygenetics@gmail.com>
Date: Mon, 16 Mar 2020 15:09:44 +0900
Subject: [PATCH] add support for Quartz-Seq-2 barcode whitelists

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 Quartz-Seq2-384_barcode.txt  | 1536 ++++++++++++++++++++++++++++++++++
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+GACCTAACTAGCGC
+CTTCTAGAGGTTCC
+AGCATGGACTCTCC
+TTCCAGATACCTTC
+ATAAGACACTCTGC
+GAATTCTCGATTCC
+GTCAATTCACCTAC
+GGTATTAAGACGTC
+TCTCACTTCACTCC
+TGTTCACCTGCGTC
+TGTAACTAGTTGCC
+GGTCTACTGTTCGC
+TTCCTCTAATCGAC
+GAGTCCGATCTCTC
+GGTGGATAAGTTCC
+CCTCCTGAATAGAC
+TAATTGCAATCCGC
+AATACTGACGCTCC
+AAGTATTCCACTCC
+AGGCAGCTAAGTCC
+GTATACTCTCAGTC
+TATCGGTTGCCTCC
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+TCCATGCAATTGTC
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+TGACTCTTCTCGCC
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+ACCTCGTAGCTCTC
+AACCAGACTTCTCC
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+CGATCGGATCATCC
+CGTCAAGCATCTCC
+GGATTATTGGCGCC
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+CTGGCGGAACATAC
+CATGGCCAATAGCC
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+CTCGCTAACAAGAA
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+AATATCTTCGGCCA
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+CAACCGGAGAAGAA
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+GCTTAGACTAGCTA
+GCAGATTAGTGTCA
+GGTTGGTGGCTTAA
+CTAAGAACACCGAA
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+GGACCTCGTGAGAA
+GGAAGTTGAGGTAA
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+AACAAGCTCCGCAA
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+CTGAGCTTGTTCAA
+TATCGGACGTACAA
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+GAAGCCTAATCCAA
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+GAGAGGCGACACAA
+CGAATCGCAAGGAA
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+TCCTAGGAGAAGAA
+TCGTGATGTGTGTA
+TCTGTGCACCAGAA
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+ATAGTGGTCGTAGA
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+CTGTCGTAATGACA
+TATCTCGGTACACA
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+ATTACCTCTCCACA
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+AGACGAGACTCACA
+ACCTTCTTCTCACA
+GCATCAAGAGTACA
+TAGTCCTTCCTACA
+CTTGGCCTATTACA
+CGCGACAAGTTACA
+GTGCTTGAGTTACA
+AACAGACCGTTACA
+GTGCCTCACCGATA
+TTGCGCCTCACATA
+ACCGCGAAGATATA
+CAGGACCGTATATA
+TTATCTAGACGAGG
+TAACCGTAATGAGG
+ACTAAGCTGACAGG
+GTTATGCTACCAGG
+CCATGAGTAATAGG
+ACGGTTCAGATAGG
+TGACGGAGGATAGG
+ACTATCGCGCTAGG
+ATTGGAGCATTAGG
+ATGCAGAGCTGACG
+ATTGTATCACCACG
+GTAAGTCCTATACG
+TTCATGACCAGATG
+ACCGACTGATTATG
+AATAACCTAGCAGC
+TAAGACAAGACACC
+GTATTCTTACCACC
+AGACTTCAGATACC
+CGAACGCTCACATC
+GACAGGAGAGAGAT
+CCAGTCCAACAGAT
+CAGAATGGACAGAT
+GTTCGCAGGCAGAT
+CATGCGAGTCGGAT
+GGAACGAGGACGAT
+GTCAGTTCGATGAT
+GGTCGGTCCATCAT
+TCGCTGAACCATAT
+CGCCGGCACTATAT
+GGCACCGCGATTAT
+CTGCATCAGGTTAT
+CGGAAGCCACTTAT
+AGTCCACTAGGCGT
+TTGGTCTGGTGCGT
+CTCACCGTGATCGT
+TAACAAGTGCTCGT
+GGATTCCAGTTCGT
+AGTTGATGAGGTGT
+GCTTGAAGGCGTGT
+GCCATAGAACCTGT
+CGAATCTTACCTGT
+CTGCCAGAAGTTGT
+GGTCCAACCGTTGT
+CATTCCTCTGTTGT
+GCTCCTCGACTTGT
+CACCAACACCTTGT
+ACACCGGTTCTTGT
+ACAGCAGGCAGACT
+ATGGCGTGATCGCT
+GTCGTCGTAGTGCT
+GTGTCGTCACACCT
+CTTGACGAACGCCT
+TCTTGAAGCCTCCT
+CACATAACCAGTCT
+GAATTGCGGCGTCT
+GACGTTCAGCCTCT
+TTACCGTGGCCTCT
+GGCATACACGTTCT
+CGTATCGTTGTTCT
+CCATGGCCACTTCT
+CTTCGGTCTCTTCT
+AGTTGTGCCACATT
+CCGGCGCCAATATT
+GGCGAGAGGTTATT
+CCACCGAAGGAGTT
+GCCTTCCAATAGTT
+TTGCCGTACCGGTT
+GGTAGCCTGTGGTT
+GCTCGTCATGCGTT
+GTATTGTAGCCGTT
+TGGTTCATGTCGTT
+AGGAGGTGCATGTT
+AAGGAGCAGGTGTT
+GAGAACCGTGTGTT
+CCGGATGCACTGTT
+GGACGGAGACACTT
+CCTCACCTACGCTT
+ATTGTGGCGCGCTT
+AAGTCTGTCTGCTT
+GGAGTTAACACCTT
+GCGAGATGTGCCTT
+TCGAGCACATCCTT
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+GTTACACCGATCTT
+AGTTGACGCATCTT
+CTTGTCACAGTCTT
+GCTGTCGAGGTCTT
+CTCCACTGACTCTT
+GAACATTGGCTCTT
+GGCGAGTACCTCTT
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+
diff --git a/launch_universc.sh b/launch_universc.sh
index 2026f0b..06c4c0b 100755
--- a/launch_universc.sh
+++ b/launch_universc.sh
@@ -697,6 +697,10 @@ else
         fi
     elif [[ "$technology" == "icell8" ]]; then
         barcodefile=${SDIR}/iCell8_barcode.txt
+    elif [[ "$technology" == "quartz-seq2-384" ]]; then
+        barcodefile=${SDIR}/Quartz-Seq2-384_barcode.txt
+    elif [[ "$technology" == "quartz-seq2-1536" ]]; then
+        barcodefile=${SDIR}/Quartz-Seq2-1536_barcode.txt
     elif [[ "$technology" == "custom"* ]]; then
         custom=`echo $technology | grep -o "_" | wc -l`
         custom=$(($custom+1))