From f88814a40a715ae7f5710479bf1b137ee0bad4c7 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Mark A. Miller" Date: Thu, 15 Feb 2024 13:35:57 -0500 Subject: [PATCH 1/4] Stop tracking __pycache__ directory --- .../__pycache__/__init__.cpython-310.pyc | Bin 152 -> 0 bytes .../report_instantiated_traids.cpython-310.pyc | Bin 1727 -> 0 bytes 2 files changed, 0 insertions(+), 0 deletions(-) delete mode 100644 nmdc_ontology/__pycache__/__init__.cpython-310.pyc delete mode 100644 nmdc_ontology/__pycache__/report_instantiated_traids.cpython-310.pyc diff --git a/nmdc_ontology/__pycache__/__init__.cpython-310.pyc b/nmdc_ontology/__pycache__/__init__.cpython-310.pyc deleted file mode 100644 index 86ad03048a36f834857dbdcfaad05147a9917cbd..0000000000000000000000000000000000000000 GIT binary patch literal 0 HcmV?d00001 literal 152 zcmd1j<>g`kf+VwZsUZ3>h(HF6K#l_t7qb9~6oz01O-8?!3`HPe1o6vSKO;XkRX;be zC|f^0v!p1sAir2YFE=GwH$Sf=KPNxE63mN-^Wx((^D;}~+9W(w1_`8n*j=fB5TOCuRFRONTnaoyfaQ2*H{RGDcV-;Y zmG>!q%@080VfT@L!V^DWUU|x2h`61x(COkR z-p)Cj(MZND+o9QUaKKqe0uhA?ee2$?<|GV=mpBk9F4FnNw_ktevxzScssG^1Pkow^ zoW+?O7^*?&BrFoCtV5dQ^UiR{3YiyjIEfQFfBiZs$zuq|Y0kJDNpU>ye^Dv=TG7wK zl+M?O!$_AvyyW9{Z3%@*gIZjfzwxTMKVjTI4wHiVwOVBA%3iK6-1^CP;S&!rLJ}=; ziB@=FmgdYL7@p?m(p;J=w6IERiHR{qD`R0#(ZVV1N9c!pi$>W1zPZBHZN(r5+P=JB z@SXqRH~z~f?l0EDEuE!Rx+{#)(@kkFozj7TDoJJs3ULQ}{DeElfB(mTbAwzOwX*Bd?Kla{J5#-W{?rHSVLb1JRA^=mb4MvP(8~txgSqFVKUn$LGI6IaQNW!3rKx zp^TWQ-Ye)*mVUdMeFI|3(|R?+1{QCCr;CkOOh?*s6q8zT!}vhL|%{%(gC{Xry8YIfD+D-Re#F8S-#0B0y2VkIYz#M1Fp(lBmk$L+e1!Pfw zmnAHlw;oI&r%U3^y%4}le98O?mC>QE`_i9qmcD3}?LkkuoIWk6kV2VLDpgC!P!+!#V~_LI;#Nl@fQ^*?}}f>R;6vPGW6 zQrS7zZP`@~m=^&I5Y?*NG0C3Yq+h_&XrK_s=s{W&^apie#%IZ(2q30g!b+t7rVHP9n--EZ0ql?*~NYA KzVBh{pML@A@(m*Z From 06072ebe867ed99708a9c409cddcb68ee8cab8da Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Mark A. Miller" Date: Thu, 15 Feb 2024 13:51:26 -0500 Subject: [PATCH 2/4] FMA usage report --- ...d_report.tsv => biosample_triad_counts.tsv | 0 ...s.tsv => biosample_triad_report_counts.tsv | 0 envo_id_ranges_report.tsv | 27 --------------- fma_usage_report.tsv | 33 +++++++++++++++++++ maintenance.Makefile | 11 ++++++- nmdc_ontology/report_instantiated_traids.py | 10 +++--- 6 files changed, 48 insertions(+), 33 deletions(-) rename biosample_triad_report.tsv => biosample_triad_counts.tsv (100%) rename triad_term_counts.tsv => biosample_triad_report_counts.tsv (100%) delete mode 100644 envo_id_ranges_report.tsv create mode 100644 fma_usage_report.tsv diff --git a/biosample_triad_report.tsv b/biosample_triad_counts.tsv similarity index 100% rename from biosample_triad_report.tsv rename to biosample_triad_counts.tsv diff --git a/triad_term_counts.tsv b/biosample_triad_report_counts.tsv similarity index 100% rename from triad_term_counts.tsv rename to biosample_triad_report_counts.tsv diff --git a/envo_id_ranges_report.tsv b/envo_id_ranges_report.tsv deleted file mode 100644 index 62d585f..0000000 --- a/envo_id_ranges_report.tsv +++ /dev/null @@ -1,27 +0,0 @@ -range owner min max -1 Norman Morrison 1 999999 -10 ENVO-P, E-NumberOf-E 9400000 9499999 -11 Kai Blumberg pattern generated terms 3100001 3200000 -13 chemical_concentration.yaml yaml design pattern 3200001 3300000 -14 ebi_biomes.csv robot design pattern 3300001 3400000 -15 Ruth Duerr 3400001 3500000 -16 Anne Thessen 3500001 3501000 -17 Anton Van de Putte 3501001 3501100 -2 Pier Luigi Buttigieg 1000000 1999999 -20 Raissa Meyer 3520000 3529999 -21 Brandon Whitehead 6000000 6100000 -22 Jimena Linares 6100001 6105000 -23 Mei-Chen Liu 6105001 6105100 -24 Isabella Maria Wilkie 6105101 6105200 -25 National Microbiome Data Collaborative 3600000 3600099 -26 Agronomy Ontology 6105201 6105499 -27 ANZ Soil and Land survey 5000000 5100000 -28 Alicia Clum 3600100 3604999 -29 Mark Andrew Miller 3605000 3609999 -3 Chris Mungall 2000000 2999999 -4 TermGenie 8000000 8999999 -5 ENVO-P, E-A-L 9000000 9099999 -6 ENVO-P, E-Q-L 9100000 9199999 -7 ENVO-P, E-A 9200000 9299999 -8 Kai Blumberg 3000000 3100000 -9 ENVO-P, E-Content-E 9300000 9399999 diff --git a/fma_usage_report.tsv b/fma_usage_report.tsv new file mode 100644 index 0000000..44ae53d --- /dev/null +++ b/fma_usage_report.tsv @@ -0,0 +1,33 @@ +nmdc:bsm-11-x80t5771 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-1zsths21 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-pqgnra85 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-aa7wmf63 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-vxy31194 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-adv25093 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-xhpt1920 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-afygsz12 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-f0y72191 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-96cg5y52 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-4fnr9v33 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-y16b7q98 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-8vae2844 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-2xw6s444 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-y4310d70 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-e5n81610 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-dcw37a90 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-spjbg416 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-4ppwq475 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-zxjp0468 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-05fh0s26 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-jxa03j76 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-nvz3sq09 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-sbrsd510 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-5aysb633 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-yvnp5859 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-7yq6an11 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-qhewdm80 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-p9t9wv58 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-dzmzp451 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-datvdm83 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-vh4jjb52 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 +nmdc:bsm-11-0q1w4832 ENVO:01001002 FMA:14541 FMA:14541 diff --git a/maintenance.Makefile b/maintenance.Makefile index 5f507d3..9d92bcf 100644 --- a/maintenance.Makefile +++ b/maintenance.Makefile @@ -18,4 +18,13 @@ envo_id_ranges_report.tsv: local/envo-idranges.owl.ttl @echo "Generating report..." $(RUN) report-id-ranges \ --id-ranges-ttl $< \ - --output $@ \ No newline at end of file + --output $@ + +biosample_triad_counts.tsv: + @echo "Generating report..." + $(RUN) report-instantiated-traids \ + --output $@ \ + --counts-output $(subst counts.tsv,report_counts.tsv,$@) + +fma_usage_report.tsv: biosample_triad_counts.tsv + grep 'FMA:' $< > $@ \ No newline at end of file diff --git a/nmdc_ontology/report_instantiated_traids.py b/nmdc_ontology/report_instantiated_traids.py index 1e1ea2f..3ab0d61 100644 --- a/nmdc_ontology/report_instantiated_traids.py +++ b/nmdc_ontology/report_instantiated_traids.py @@ -8,9 +8,9 @@ @click.option('--api-url', default="https://api.microbiomedata.org/nmdcschema/biosample_set?max_page_size=9999&projection=env_broad_scale%2Cenv_local_scale%2Cenv_medium", help='URL of the API endpoint') -@click.option('--output-file', default="biosample_triad_report.tsv", help='Output file name') -@click.option('--counts-output-file', default="triad_term_counts.tsv", help='Output file name for value counts') -def main(api_url, output_file, counts_output_file): +@click.option('--output', default="biosample_triad_report.tsv", help='Output file name') +@click.option('--counts-output', default="triad_term_counts.tsv", help='Output file name for value counts') +def main(api_url, output, counts_output): # Send the GET request response = requests.get(api_url) @@ -39,7 +39,7 @@ def main(api_url, output_file, counts_output_file): df = pd.DataFrame(rows) # Save the DataFrame to a TSV file - df.to_csv(output_file, sep="\t", index=False) + df.to_csv(output, sep="\t", index=False) # Combine all values into a single list combined_values = [] @@ -60,7 +60,7 @@ def main(api_url, output_file, counts_output_file): counts_df[['ontology', 'local_id']] = counts_df['Value'].str.split(':', n=1, expand=True) # Save counts DataFrame to a TSV file - counts_df.to_csv(counts_output_file, sep="\t", index=False) + counts_df.to_csv(counts_output, sep="\t", index=False) else: print("Failed to fetch data from the API:", response.status_code) From c1dc14749178349051be5da54e4c6a7957d3305f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Mark A. Miller" Date: Thu, 15 Feb 2024 14:01:45 -0500 Subject: [PATCH 3/4] data-vs-ontology-reports theme --- .gitignore | 2 +- biosample_triad_counts.tsv | 7979 ----------------- biosample_triad_report_counts.tsv | 123 - ...efile => data-vs-ontology-reports.Makefile | 20 +- {local => data-vs-ontology-reports}/.gitkeep | 0 downloads/.gitkeep | 0 fma_usage_report.tsv | 33 - nmdc_ontology/report_id_ranges.py | 2 +- 8 files changed, 16 insertions(+), 8143 deletions(-) delete mode 100644 biosample_triad_counts.tsv delete mode 100644 biosample_triad_report_counts.tsv rename maintenance.Makefile => data-vs-ontology-reports.Makefile (52%) rename {local => data-vs-ontology-reports}/.gitkeep (100%) create mode 100644 downloads/.gitkeep delete mode 100644 fma_usage_report.tsv diff --git a/.gitignore b/.gitignore index 2f6ffcd..fd5cb2e 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -1,5 +1,5 @@ src/ontology/nmdco-redundant.ttl -local/ +downloads/ **/__pycache__/ .DS_Store diff --git a/biosample_triad_counts.tsv b/biosample_triad_counts.tsv deleted file mode 100644 index 8bab8a1..0000000 --- a/biosample_triad_counts.tsv +++ /dev/null @@ -1,7979 +0,0 @@ -id env_broad_scale.term.id env_local_scale.term.id env_medium.rm.id -gold:Gb0115231 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 -gold:Gb0115220 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 -gold:Gb0115221 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 -gold:Gb0115228 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 -gold:Gb0115225 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 -gold:Gb0115227 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 -gold:Gb0115224 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 -gold:Gb0115218 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 -gold:Gb0115229 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 -gold:Gb0115232 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 -gold:Gb0115217 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 -gold:Gb0115222 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 -gold:Gb0115230 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 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report-id-ranges \ --id-ranges-ttl $< \ --output $@ -biosample_triad_counts.tsv: +data-vs-ontology-reports/biosample-triad-counts.tsv: @echo "Generating report..." $(RUN) report-instantiated-traids \ --output $@ \ - --counts-output $(subst counts.tsv,report_counts.tsv,$@) + --counts-output $(subst counts.tsv,report-counts.tsv,$@) -fma_usage_report.tsv: biosample_triad_counts.tsv +data-vs-ontology-reports/fma-usage-report.tsv: data-vs-ontology-reports/biosample-triad-counts.tsv grep 'FMA:' $< > $@ \ No newline at end of file diff --git a/local/.gitkeep b/data-vs-ontology-reports/.gitkeep similarity index 100% rename from local/.gitkeep rename to data-vs-ontology-reports/.gitkeep diff --git a/downloads/.gitkeep b/downloads/.gitkeep new file mode 100644 index 0000000..e69de29 diff --git a/fma_usage_report.tsv b/fma_usage_report.tsv deleted file mode 100644 index 44ae53d..0000000 --- a/fma_usage_report.tsv +++ /dev/null @@ -1,33 +0,0 @@ -nmdc:bsm-11-x80t5771 ENVO:01001002 FMA:14541 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-4,7 +4,7 @@ @click.command() -@click.option("--id-ranges-ttl", "-i", default="local/envo-idranges.owl.ttl", help="Input file path") +@click.option("--id-ranges-ttl", "-i", default="downloads/envo-idranges.owl.ttl", help="Input file path") @click.option("--output", "-o", default="envo_id_ranges_report.tsv", help="Output file path") def generate_id_ranges(id_ranges_ttl, output): # Load the Turtle content into an RDF graph From d4654a90a7595564d8b6e373952386ee6aae218e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Mark A. Miller" Date: Thu, 15 Feb 2024 14:03:45 -0500 Subject: [PATCH 4/4] regen reports --- data-vs-ontology-reports.Makefile | 7 + .../biosample-triad-counts.tsv | 7979 +++++++++++++++++ .../biosample-triad-report-counts.tsv | 123 + .../envo-id-ranges-report.tsv | 27 + data-vs-ontology-reports/fma-usage-report.tsv | 33 + 5 files changed, 8169 insertions(+) create mode 100644 data-vs-ontology-reports/biosample-triad-counts.tsv create mode 100644 data-vs-ontology-reports/biosample-triad-report-counts.tsv create mode 100644 data-vs-ontology-reports/envo-id-ranges-report.tsv create mode 100644 data-vs-ontology-reports/fma-usage-report.tsv diff --git a/data-vs-ontology-reports.Makefile b/data-vs-ontology-reports.Makefile index c5ee7dd..6240072 100644 --- a/data-vs-ontology-reports.Makefile +++ b/data-vs-ontology-reports.Makefile @@ -1,5 +1,12 @@ RUN=poetry run +.PHONY: data-vs-ontology-all data-vs-ontology-clean + + +data-vs-ontology-all: data-vs-ontology-clean \ + data-vs-ontology-reports/envo-id-ranges-report.tsv \ + data-vs-ontology-reports/fma-usage-report.tsv + data-vs-ontology-clean: rm -rf data-vs-ontology-reports/* mkdir -p data-vs-ontology-reports diff --git a/data-vs-ontology-reports/biosample-triad-counts.tsv b/data-vs-ontology-reports/biosample-triad-counts.tsv new file mode 100644 index 0000000..8bab8a1 --- /dev/null +++ b/data-vs-ontology-reports/biosample-triad-counts.tsv @@ -0,0 +1,7979 @@ +id env_broad_scale.term.id env_local_scale.term.id env_medium.rm.id +gold:Gb0115231 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 +gold:Gb0115220 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 +gold:Gb0115221 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 +gold:Gb0115228 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 +gold:Gb0115225 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 +gold:Gb0115227 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 +gold:Gb0115224 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 +gold:Gb0115218 ENVO:01000253 ENVO:01000621 ENVO:01000017 +gold:Gb0115229 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