Tutorial para estudos de associação entre polimorfismos genéticos (SNPs) e doença
-Criar um banco de dados (Excel) com indivíduos, status doença (caso / controle), idade, sexo e 3 SNPs, dois que aprsentam associação significativa e um que não apresenta. Escolher SNPs próximos para fazer cálculo do Desequilíbriop de Ligação e anaĺsie de associaçaõ por haplótipos
Prática 1 -Montar tutorial com passo a passo: -Importar arquivo do Excel no SPSS -Mostrar como pegar informação dos genótipos para álculo do EHW -Fazer testes de associação (Qui-quadrado) entre cad SNP e doença -Fazer modelo de regressão liogística com os SNPs associados e doença, usando também sexo e idade como variáveis independentes. -Deixar criado um banco para o Haploview -Rodar Haploview para verificar Desequilíbrio de Ligação e associação de haplótipos com doença -Deixar banco pronto para rodar SNPStats -Rodar SNPStats para verificar Desequilíbrio de Ligação e associação de haplótipos com doença
Prática 2
- Montar tutorial passo a passo para análise de SNPs em larga escala -Preparar um banco (Schizo) para ser lido pelo plink -Demostração de comandos básicos (frequência, EHW, assoc, assoc adjust, SNP e individual call rate - Controle de Qualidade) -Cálculo da ancestralidade -Cirar um arquivo de fenótipo com sexo, idade e o resultado da ancestralidade -Regressão logística com ancestralidade, sexo e idade como covariáveis