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/* autogenerated by ./vienna_parse_param.py
from: param/vienna17.par
on: 2008-07-08 18:04:17.666839 */
/* nn_G_stack: basepairs x basepairs
vienna name: stack_energies */
const int nn_G_stack[6][6] = {
/* CG */ { -240, -330, -210, -140, -210, -210, },
/* GC */ { -330, -340, -250, -150, -220, -240, },
/* GU */ { -210, -250, 130, -50, -140, -130, },
/* UG */ { -140, -150, -50, 30, -60, -100, },
/* AU */ { -210, -220, -140, -60, -110, -90, },
/* UA */ { -210, -240, -130, -100, -90, -130, },
};
/* nn_G_mismatch_hairpin: basepairs x bases x bases
vienna name: mismatch_hairpin */
const int nn_G_mismatch_hairpin[6][4][4] = {
{ /* CG */
/* A */ { -150, -150, -140, -180, },
/* C */ { -100, -90, -290, -80, },
/* G */ { -220, -200, -160, -110, },
/* U */ { -170, -140, -180, -200, },
},
{ /* GC */
/* A */ { -110, -150, -130, -210, },
/* C */ { -110, -70, -240, -50, },
/* G */ { -240, -290, -140, -120, },
/* U */ { -190, -100, -220, -150, },
},
{ /* GU */
/* A */ { 20, -50, -30, -30, },
/* C */ { -10, -20, -150, -20, },
/* G */ { -90, -110, -30, 0, },
/* U */ { -30, -30, -40, -110, },
},
{ /* UG */
/* A */ { -50, -30, -60, -50, },
/* C */ { -20, -10, -170, 0, },
/* G */ { -80, -120, -30, -70, },
/* U */ { -60, -10, -60, -80, },
},
{ /* AU */
/* A */ { -30, -50, -30, -30, },
/* C */ { -10, -20, -150, -20, },
/* G */ { -110, -120, -20, 20, },
/* U */ { -30, -30, -60, -110, },
},
{ /* UA */
/* A */ { -50, -30, -60, -50, },
/* C */ { -20, -10, -120, 0, },
/* G */ { -140, -120, -70, -20, },
/* U */ { -30, -10, -50, -80, },
},
};
/* nn_G_mismatch_interior: basepairs x bases x bases
vienna name: mismatch_interior */
const int nn_G_mismatch_interior[6][4][4] = {
{ /* CG */
/* A */ { 0, 0, -110, 0, },
/* C */ { 0, 0, 0, 0, },
/* G */ { -110, 0, 0, 0, },
/* U */ { 0, 0, 0, -70, },
},
{ /* GC */
/* A */ { 0, 0, -110, 0, },
/* C */ { 0, 0, 0, 0, },
/* G */ { -110, 0, 0, 0, },
/* U */ { 0, 0, 0, -70, },
},
{ /* GU */
/* A */ { 70, 70, -40, 70, },
/* C */ { 70, 70, 70, 70, },
/* G */ { -40, 70, 70, 70, },
/* U */ { 70, 70, 70, 0, },
},
{ /* UG */
/* A */ { 70, 70, -40, 70, },
/* C */ { 70, 70, 70, 70, },
/* G */ { -40, 70, 70, 70, },
/* U */ { 70, 70, 70, 0, },
},
{ /* AU */
/* A */ { 70, 70, -40, 70, },
/* C */ { 70, 70, 70, 70, },
/* G */ { -40, 70, 70, 70, },
/* U */ { 70, 70, 70, 0, },
},
{ /* UA */
/* A */ { 70, 70, -40, 70, },
/* C */ { 70, 70, 70, 70, },
/* G */ { -40, 70, 70, 70, },
/* U */ { 70, 70, 70, 0, },
},
};
/* nn_G_dangle5: basepairs x bases
vienna name: dangle5 */
const int nn_G_dangle5[6][4] = {
/* CG */ { -50, -30, -20, -10, },
/* GC */ { -20, -30, 0, 0, },
/* GU */ { -30, -30, -40, -20, },
/* UG */ { -30, -10, -20, -20, },
/* AU */ { -30, -30, -40, -20, },
/* UA */ { -30, -10, -20, -20, },
};
/* nn_G_dangle3: basepairs x bases
vienna name: dangle3 */
const int nn_G_dangle3[6][4] = {
/* CG */ { -110, -40, -130, -60, },
/* GC */ { -170, -80, -170, -120, },
/* GU */ { -70, -10, -70, -10, },
/* UG */ { -80, -50, -80, -60, },
/* AU */ { -70, -10, -70, -10, },
/* UA */ { -80, -50, -80, -60, },
};
/* nn_G_int11: basepairs x basepairs x bases x bases
vienna name: int11_energies */
const int nn_G_int11[6][6][4][4] = {
{ /* CG */
{ /* CG */
/* A */ { 110, 40, 40, 40, },
/* C */ { 40, 40, 40, 40, },
/* G */ { 40, 40, -140, 40, },
/* U */ { 40, 40, 40, 40, },
},
{ /* GC */
/* A */ { 40, -40, 40, 40, },
/* C */ { 30, 50, 40, 50, },
/* G */ { -10, 40, -170, 40, },
/* U */ { 40, 0, 40, -30, },
},
{ /* GU */
/* A */ { 110, 110, 110, 110, },
/* C */ { 110, 110, 110, 110, },
/* G */ { 110, 110, -100, 110, },
/* U */ { 110, 110, 110, 110, },
},
{ /* UG */
/* A */ { 110, 110, 110, 110, },
/* C */ { 110, 110, 110, 110, },
/* G */ { 110, 110, -100, 110, },
/* U */ { 110, 110, 110, 110, },
},
{ /* AU */
/* A */ { 110, 110, 110, 110, },
/* C */ { 110, 110, 110, 110, },
/* G */ { 110, 110, -100, 110, },
/* U */ { 110, 110, 110, 110, },
},
{ /* UA */
/* A */ { 110, 110, 110, 110, },
/* C */ { 110, 110, 110, 110, },
/* G */ { 110, 110, -100, 110, },
/* U */ { 110, 110, 110, 110, },
},
},
{ /* GC */
{ /* CG */
/* A */ { 40, 30, -10, 40, },
/* C */ { -40, 50, 40, 0, },
/* G */ { 40, 40, -170, 40, },
/* U */ { 40, 50, 40, -30, },
},
{ /* GC */
/* A */ { 80, 40, 40, 40, },
/* C */ { 40, 40, 40, 40, },
/* G */ { 40, 40, -210, 40, },
/* U */ { 40, 40, 40, -70, },
},
{ /* GU */
/* A */ { 110, 110, 110, 110, },
/* C */ { 110, 110, 110, 110, },
/* G */ { 110, 110, -100, 110, },
/* U */ { 110, 110, 110, 110, },
},
{ /* UG */
/* A */ { 110, 110, 110, 110, },
/* C */ { 110, 110, 110, 110, },
/* G */ { 110, 110, -100, 110, },
/* U */ { 110, 110, 110, 110, },
},
{ /* AU */
/* A */ { 110, 110, 110, 110, },
/* C */ { 110, 110, 110, 110, },
/* G */ { 110, 110, -100, 110, },
/* U */ { 110, 110, 110, 100, },
},
{ /* UA */
/* A */ { 110, 110, 110, 110, },
/* C */ { 110, 110, 110, 110, },
/* G */ { 110, 110, -100, 110, },
/* U */ { 110, 110, 110, 110, },
},
},
{ /* GU */
{ /* CG */
/* A */ { 110, 110, 110, 110, },
/* C */ { 110, 110, 110, 110, },
/* G */ { 110, 110, -100, 110, },
/* U */ { 110, 110, 110, 110, },
},
{ /* GC */
/* A */ { 110, 110, 110, 110, },
/* C */ { 110, 110, 110, 110, },
/* G */ { 110, 110, -100, 110, },
/* U */ { 110, 110, 110, 110, },
},
{ /* GU */
/* A */ { 170, 170, 170, 170, },
/* C */ { 170, 170, 170, 170, },
/* G */ { 170, 170, -40, 170, },
/* U */ { 170, 170, 170, 170, },
},
{ /* UG */
/* A */ { 170, 170, 170, 170, },
/* C */ { 170, 170, 170, 170, },
/* G */ { 170, 170, -40, 170, },
/* U */ { 170, 170, 170, 170, },
},
{ /* AU */
/* A */ { 170, 170, 170, 170, },
/* C */ { 170, 170, 170, 170, },
/* G */ { 170, 170, -40, 170, },
/* U */ { 170, 170, 170, 170, },
},
{ /* UA */
/* A */ { 170, 170, 170, 170, },
/* C */ { 170, 170, 170, 170, },
/* G */ { 170, 170, -40, 170, },
/* U */ { 170, 170, 170, 170, },
},
},
{ /* UG */
{ /* CG */
/* A */ { 110, 110, 110, 110, },
/* C */ { 110, 110, 110, 110, },
/* G */ { 110, 110, -100, 110, },
/* U */ { 110, 110, 110, 110, },
},
{ /* GC */
/* A */ { 110, 110, 110, 110, },
/* C */ { 110, 110, 110, 110, },
/* G */ { 110, 110, -100, 110, },
/* U */ { 110, 110, 110, 110, },
},
{ /* GU */
/* A */ { 170, 170, 170, 170, },
/* C */ { 170, 170, 170, 170, },
/* G */ { 170, 170, -40, 170, },
/* U */ { 170, 170, 170, 170, },
},
{ /* UG */
/* A */ { 170, 170, 170, 170, },
/* C */ { 170, 170, 170, 170, },
/* G */ { 170, 170, -40, 170, },
/* U */ { 170, 170, 170, 170, },
},
{ /* AU */
/* A */ { 170, 170, 170, 170, },
/* C */ { 170, 170, 170, 170, },
/* G */ { 170, 170, -40, 170, },
/* U */ { 170, 170, 170, 170, },
},
{ /* UA */
/* A */ { 170, 170, 170, 170, },
/* C */ { 170, 170, 170, 170, },
/* G */ { 170, 170, -40, 170, },
/* U */ { 170, 170, 170, 170, },
},
},
{ /* AU */
{ /* CG */
/* A */ { 110, 110, 110, 110, },
/* C */ { 110, 110, 110, 110, },
/* G */ { 110, 110, -100, 110, },
/* U */ { 110, 110, 110, 110, },
},
{ /* GC */
/* A */ { 110, 110, 110, 110, },
/* C */ { 110, 110, 110, 110, },
/* G */ { 110, 110, -100, 110, },
/* U */ { 110, 110, 110, 100, },
},
{ /* GU */
/* A */ { 170, 170, 170, 170, },
/* C */ { 170, 170, 170, 170, },
/* G */ { 170, 170, -40, 170, },
/* U */ { 170, 170, 170, 170, },
},
{ /* UG */
/* A */ { 170, 170, 170, 170, },
/* C */ { 170, 170, 170, 170, },
/* G */ { 170, 170, -40, 170, },
/* U */ { 170, 170, 170, 170, },
},
{ /* AU */
/* A */ { 170, 170, 170, 170, },
/* C */ { 170, 170, 170, 170, },
/* G */ { 170, 170, -40, 170, },
/* U */ { 170, 170, 170, 120, },
},
{ /* UA */
/* A */ { 170, 170, 170, 170, },
/* C */ { 170, 170, 170, 170, },
/* G */ { 170, 170, -40, 170, },
/* U */ { 170, 170, 170, 150, },
},
},
{ /* UA */
{ /* CG */
/* A */ { 110, 110, 110, 110, },
/* C */ { 110, 110, 110, 110, },
/* G */ { 110, 110, -100, 110, },
/* U */ { 110, 110, 110, 110, },
},
{ /* GC */
/* A */ { 110, 110, 110, 110, },
/* C */ { 110, 110, 110, 110, },
/* G */ { 110, 110, -100, 110, },
/* U */ { 110, 110, 110, 110, },
},
{ /* GU */
/* A */ { 170, 170, 170, 170, },
/* C */ { 170, 170, 170, 170, },
/* G */ { 170, 170, -40, 170, },
/* U */ { 170, 170, 170, 170, },
},
{ /* UG */
/* A */ { 170, 170, 170, 170, },
/* C */ { 170, 170, 170, 170, },
/* G */ { 170, 170, -40, 170, },
/* U */ { 170, 170, 170, 170, },
},
{ /* AU */
/* A */ { 170, 170, 170, 170, },
/* C */ { 170, 170, 170, 170, },
/* G */ { 170, 170, -40, 170, },
/* U */ { 170, 170, 170, 150, },
},
{ /* UA */
/* A */ { 170, 170, 170, 170, },
/* C */ { 170, 170, 170, 170, },
/* G */ { 170, 170, -40, 170, },
/* U */ { 170, 170, 170, 180, },
},
},
};
/* nn_G_int21: basepairs x basepairs x bases x bases x bases
vienna name: int21_energies */
const int nn_G_int21[6][6][4][4][4] = {
{ /* CG */
{ /* CG */
{ /* A */
/* A */ { 240, 220, 160, 400, },
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/* G */ { 100, 60, 40, 400, },
/* U */ { 400, 400, 400, 400, },
},
{ /* C */
/* A */ { 230, 220, 400, 220, },
/* C */ { 220, 250, 400, 220, },
/* G */ { 400, 400, 400, 400, },
/* U */ { 250, 190, 400, 220, },
},
{ /* G */
/* A */ { 170, 400, 80, 400, },
/* C */ { 400, 400, 400, 400, },
/* G */ { 80, 400, 220, 400, },
/* U */ { 400, 400, 400, 400, },
},
{ /* U */
/* A */ { 400, 400, 400, 400, },
/* C */ { 400, 220, 400, 130, },
/* G */ { 400, 400, 400, 400, },
/* U */ { 400, 170, 400, 120, },
},
},
{ /* GC */
{ /* A */
/* A */ { 230, 220, 110, 400, },
/* C */ { 210, 170, 160, 400, },
/* G */ { 80, 60, 40, 400, },
/* U */ { 400, 400, 400, 400, },
},
{ /* C */
/* A */ { 230, 220, 400, 220, },
/* C */ { 220, 250, 400, 220, },
/* G */ { 400, 400, 400, 400, },
/* U */ { 250, 190, 400, 220, },
},
{ /* G */
/* A */ { 170, 400, 80, 400, },
/* C */ { 400, 400, 400, 400, },
/* G */ { 80, 400, 220, 400, },
/* U */ { 400, 400, 400, 400, },
},
{ /* U */
/* A */ { 400, 400, 400, 400, },
/* C */ { 400, 220, 400, 150, },
/* G */ { 400, 400, 400, 400, },
/* U */ { 400, 170, 400, 120, },
},
},
{ /* GU */
{ /* A */
/* A */ { 320, 300, 240, 480, },
/* C */ { 290, 250, 240, 480, },
/* G */ { 180, 140, 120, 480, },
/* U */ { 480, 480, 480, 480, },
},
{ /* C */
/* A */ { 310, 300, 480, 300, },
/* C */ { 300, 330, 480, 300, },
/* G */ { 480, 480, 480, 480, },
/* U */ { 330, 270, 480, 300, },
},
{ /* G */
/* A */ { 250, 480, 160, 480, },
/* C */ { 480, 480, 480, 480, },
/* G */ { 160, 480, 300, 480, },
/* U */ { 480, 480, 480, 480, },
},
{ /* U */
/* A */ { 480, 480, 480, 480, },
/* C */ { 480, 300, 480, 210, },
/* G */ { 480, 480, 480, 480, },
/* U */ { 480, 250, 480, 200, },
},
},
{ /* UG */
{ /* A */
/* A */ { 320, 300, 240, 480, },
/* C */ { 290, 250, 240, 480, },
/* G */ { 180, 140, 120, 480, },
/* U */ { 480, 480, 480, 480, },
},
{ /* C */
/* A */ { 310, 300, 480, 300, },
/* C */ { 300, 330, 480, 300, },
/* G */ { 480, 480, 480, 480, },
/* U */ { 330, 270, 480, 300, },
},
{ /* G */
/* A */ { 250, 480, 160, 480, },
/* C */ { 480, 480, 480, 480, },
/* G */ { 160, 480, 300, 480, },
/* U */ { 480, 480, 480, 480, },
},
{ /* U */
/* A */ { 480, 480, 480, 480, },
/* C */ { 480, 300, 480, 210, },
/* G */ { 480, 480, 480, 480, },
/* U */ { 480, 250, 480, 200, },
},
},
{ /* AU */
{ /* A */
/* A */ { 320, 300, 240, 480, },
/* C */ { 290, 250, 240, 480, },
/* G */ { 180, 140, 120, 480, },
/* U */ { 480, 480, 480, 480, },
},
{ /* C */
/* A */ { 310, 300, 480, 300, },
/* C */ { 300, 330, 480, 300, },
/* G */ { 480, 480, 480, 480, },
/* U */ { 330, 270, 480, 300, },
},
{ /* G */
/* A */ { 250, 480, 160, 480, },
/* C */ { 480, 480, 480, 480, },
/* G */ { 160, 480, 300, 480, },
/* U */ { 480, 480, 480, 480, },
},
{ /* U */
/* A */ { 480, 480, 480, 480, },
/* C */ { 480, 300, 480, 210, },
/* G */ { 480, 480, 480, 480, },
/* U */ { 480, 250, 480, 200, },
},
},
{ /* UA */
{ /* A */
/* A */ { 320, 300, 240, 480, },
/* C */ { 290, 250, 240, 480, },
/* G */ { 180, 140, 120, 480, },
/* U */ { 480, 480, 480, 480, },
},
{ /* C */
/* A */ { 310, 300, 480, 300, },
/* C */ { 300, 330, 480, 300, },
/* G */ { 480, 480, 480, 480, },
/* U */ { 330, 270, 480, 300, },
},
{ /* G */
/* A */ { 250, 480, 160, 480, },
/* C */ { 480, 480, 480, 480, },
/* G */ { 160, 480, 300, 480, },
/* U */ { 480, 480, 480, 480, },
},
{ /* U */
/* A */ { 480, 480, 480, 480, },
/* C */ { 480, 300, 480, 210, },
/* G */ { 480, 480, 480, 480, },
/* U */ { 480, 250, 480, 200, },
},
},
},
{ /* GC */
{ /* CG */
{ /* A */
/* A */ { 250, 220, 210, 400, },
/* C */ { 210, 170, 160, 400, },
/* G */ { 120, 60, 40, 400, },
/* U */ { 400, 400, 400, 400, },
},
{ /* C */
/* A */ { 230, 220, 400, 220, },
/* C */ { 220, 250, 400, 220, },
/* G */ { 400, 400, 400, 400, },
/* U */ { 250, 190, 400, 220, },
},
{ /* G */
/* A */ { 170, 400, 80, 400, },
/* C */ { 400, 400, 400, 400, },
/* G */ { 80, 400, 220, 400, },
/* U */ { 400, 400, 400, 400, },
},
{ /* U */
/* A */ { 400, 400, 400, 400, },
/* C */ { 400, 220, 400, 120, },
/* G */ { 400, 400, 400, 400, },
/* U */ { 400, 170, 400, 120, },
},
},
{ /* GC */
{ /* A */
/* A */ { 240, 220, 160, 400, },
/* C */ { 210, 170, 160, 400, },
/* G */ { 100, 60, 40, 400, },
/* U */ { 400, 400, 400, 400, },
},
{ /* C */
/* A */ { 230, 220, 400, 220, },
/* C */ { 220, 250, 400, 220, },
/* G */ { 400, 400, 400, 400, },
/* U */ { 250, 190, 400, 220, },
},
{ /* G */
/* A */ { 170, 400, 80, 400, },
/* C */ { 400, 400, 400, 400, },
/* G */ { 80, 400, 220, 400, },
/* U */ { 400, 400, 400, 400, },
},
{ /* U */
/* A */ { 400, 400, 400, 400, },
/* C */ { 400, 220, 400, 130, },
/* G */ { 400, 400, 400, 400, },
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},
},
{ /* GU */
{ /* A */
/* A */ { 320, 300, 240, 480, },
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/* G */ { 180, 140, 120, 480, },
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},
{ /* C */
/* A */ { 310, 300, 480, 300, },
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/* G */ { 480, 480, 480, 480, },
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{ /* U */
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{ /* C */
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{ /* AU */
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