diff --git a/res/cocksfoot-Concordance.svg b/res/cocksfoot-Concordance.svg index 13ba492..f1a1399 100644 --- a/res/cocksfoot-Concordance.svg +++ b/res/cocksfoot-Concordance.svg @@ -370,236 +370,224 @@ - - - - - - - - - - - - - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -702,54 +690,42 @@ - + - - - - - - - + + + + + - - - - - - - - + + + - - - + + + - - - + + + - - - + + + - - - - - - - - + + + @@ -820,98 +796,90 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1257,39 +1225,39 @@ - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1392,145 +1360,133 @@ - + - - - - - - - + + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1877,7 +1833,7 @@ - + @@ -2051,40 +2007,40 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -2309,40 +2265,40 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -2519,40 +2475,40 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -2720,28 +2676,28 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -2960,28 +2916,28 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -3152,28 +3108,28 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + diff --git a/res/cocksfoot-Concordance_high_confidence_data.svg b/res/cocksfoot-Concordance_high_confidence_data.svg index 5bd3592..98f60f6 100644 --- a/res/cocksfoot-Concordance_high_confidence_data.svg +++ b/res/cocksfoot-Concordance_high_confidence_data.svg @@ -379,236 +379,224 @@ - - - - - - - - - - - - - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -732,54 +720,42 @@ - + - - - - - - - + + + + + - - - - - - - - + + + - - - + + + - - - + + + - - - + + + - - - - - - - - + + + @@ -850,100 +826,92 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1291,39 +1259,39 @@ - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1447,143 +1415,129 @@ - + - - - - - - - + + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1930,7 +1884,7 @@ - + @@ -2104,40 +2058,40 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -2362,40 +2316,40 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -2572,40 +2526,40 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -2773,28 +2727,28 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -3013,28 +2967,28 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -3205,28 +3159,28 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + diff --git a/res/grape-Concordance.svg b/res/grape-Concordance.svg index 90535c4..9d432b6 100644 --- a/res/grape-Concordance.svg +++ b/res/grape-Concordance.svg @@ -394,353 +394,347 @@ - - - - - - - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -843,36 +837,42 @@ - + - - - - + + + + + - - - + + + + + + + + - - - + + + - - - + + + - - - + + + @@ -956,127 +956,123 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1495,47 +1491,47 @@ - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1638,151 +1634,157 @@ - + - - - - + + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -2196,7 +2198,7 @@ - + @@ -2358,37 +2360,37 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -2601,37 +2603,37 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -2796,37 +2798,37 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -2995,37 +2997,37 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -3232,43 +3234,43 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -3533,46 +3535,46 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -3789,46 +3791,46 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -4042,43 +4044,43 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + diff --git a/res/perf_plot.R b/res/perf_plot.R index 3400382..27110f1 100644 --- a/res/perf_plot.R +++ b/res/perf_plot.R @@ -61,11 +61,6 @@ plot_metrics = function(df, dataset, vec_2_metrics=c("mae_frequencies", "concord # i = 1 metric = vec_2_metrics[i] metric_label = vec_2_metrics_labels[i] - # if (grepl("mae", metric) | grepl("rmse", metric)) { - # eval(parse(text=paste0("ylim = c(0, max(df$", metric, ", na.rm=TRUE)+(2*sd(df$", metric, ", na.rm=TRUE)))"))) - # } else { - # ylim = c(0, 1.17) - # } fname_svg = paste0(dataset, "-", gsub(" ", "_", metric_label), ".svg") vec_fnames_svg = c(vec_fnames_svg, fname_svg) svg(fname_svg, width=15, height=9) @@ -107,7 +102,12 @@ plot_metrics = function(df, dataset, vec_2_metrics=c("mae_frequencies", "concord mat_sd = mat_sd[idx_sort, ] ### Barplot par(xpd=TRUE) ### xpd=TRUE allows us to place the legend outside the plot area - bplot = barplot(mat_mu, beside=TRUE, col=vec_colours, ylim=c(0, max(mat_mu, na.rm=TRUE)+max(c(0.01, max(agg_sd[,3], na.rm=TRUE)))), border=NA, main=paste0("maf = ", maf), xlab="Sparsity (missing/total)", ylab=metric_label, las=1) + if (grepl("concordance", metric) == TRUE) { + y_lim = c(0, 1.00+max(c(0.01, max(agg_sd[,3], na.rm=TRUE)))) + } else { + y_lim = c(0, max(mat_mu, na.rm=TRUE)+max(c(0.01, max(agg_sd[,3], na.rm=TRUE)))) + } + bplot = barplot(mat_mu, beside=TRUE, col=vec_colours, ylim=y_lim, border=NA, main=paste0("maf = ", maf), xlab="Sparsity (missing/total)", ylab=metric_label, las=1) if (maf==min(vec_maf)) { legend("topleft", inset=c(-0.001, -0.5), legend=vec_algorithm, fill=vec_colours, bty="n", horiz=TRUE) legend("topright", inset=c(-0.001, -0.5), legend="Error bars refer to ± 3 standard deviations", bty="n", horiz=TRUE) diff --git a/res/soybean-Concordance.svg b/res/soybean-Concordance.svg index 99f59f2..913da1a 100644 --- a/res/soybean-Concordance.svg +++ b/res/soybean-Concordance.svg @@ -370,236 +370,245 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + + + + + + + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -702,48 +711,42 @@ - + - - - - - - - - - + + + + + + + + - - - - + + + - - - - + + + - - - - + + + - - - - + + + - - - - + + + @@ -814,100 +817,94 @@ - - - - - - - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1249,39 +1246,39 @@ - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1384,132 +1381,109 @@ - + - - - - - - - - + + + + + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1849,7 +1823,7 @@ - + @@ -2023,40 +1997,40 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -2281,40 +2255,40 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -2491,40 +2465,40 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -2710,34 +2684,34 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -2960,28 +2934,28 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -3156,28 +3130,28 @@ - + - + - + - + - + - + - + - +