プレインストール版のテスト

[takeohoshi]

プリインストール版
/home/issp/materiapps/tool/Komega/Komega-2.0.0-0/
でのテストをしてみましたので、報告します。

結論から言うと、エラーなく動いたようです。
が、自分で「git clone→configure」したものとは、
ディレクトリ構成が違いました（プリインストール版は古い？）
特にsample fileが見当たりません。
以下では、sample fileは
/home/issp/materiapps/tool/Komega/Komega-1.0.0-0/sample/ShiftK/from_file
を流用しました。

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scriptファイルの確認

Kω用の設定script
$ cat /home/issp/materiapps/tool/Komega/Komegavars.sh
. /home/issp/materiapps/tool/env.sh
export KOMEGA_ROOT=/home/issp/materiapps/tool/Komega/Komega-2.0.0-0
export PATH=$KOMEGA_ROOT/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$KOMEGA_ROOT/lib:$LD_LIBRARY_PATH

Interactive job用のscript(自前)
$ cat ~/job_int.sh
#!/bin/sh
#QSUB -queue i18cpu
#QSUB -node 1
#QSUB -mpi 1
#QSUB -omp 1
#PBS -l walltime=00:30:00
#PBS -I
$ cd $PBS_O_WORKDIR

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実行作業

作業ディレクトリ
/home/k0099/k009900/work/20170705_Komega_wrk01

サンプルファイルのコピー
$ cp -r /home/issp/materiapps/tool/Komega/Komega-1.0.0-0/sample/ShiftK/from_file .
$ cp -rp from_file from_file_wrk01
$ cd from_file_wrk01/
$ ll
合計 6
-rw-r--r-- 1 k009900 k0099 283 7月 6 00:48 namelist.def
drwxr-xr-x 2 k009900 k0099 4096 7月 6 00:48 output
-rw-r--r-- 1 k009900 k0099 835 7月 6 00:48 zvo_Excited.dat
-rw-r--r-- 1 k009900 k0099 521 7月 6 00:48 zvo_Ham.dat
$ mv output output_ref

実行：
$ qsub ~/job_int.sh
qsub: waiting for job 765550.sekirei-pbs to start
qsub: job 765550.sekirei-pbs ready
$ script log.txt
Script started, file is log.txt
$ source /home/issp/materiapps/tool/Komega/Komegavars.sh
$ which ShiftK.out
/home/issp/materiapps/tool/Komega/Komega-2.0.0-0/bin/ShiftK.out
$ /home/issp/materiapps/tool/bin/issp-ucount Komega
$ mpijob ShiftK.out namelist.def
mpijob CMD : mpirun -f /tmp/mpiexec.params.k009900.19373
mpijob PARAMS : -d /home/k0099/k009900/work/20170705_Komega_wrk01/from_file_wrk01
r1i0n20 1 omplace -nt 1 "ShiftK.out" "namelist.def"

SGI MPT Placement option

omplace -nt 1

Node MPI

r1i0n20 1

Open input file namelist.def

Number of processes : 1
Number of threads : 1

########## Input FileName ##########

Hamiltonian file : zvo_Ham.dat
Excited state file : zvo_Excited.dat

########## Input Hamiltonian ##########

       Dim. of Hamiltonian :           16          16

Num. of Non-Zero Components : 20
COCG mathod is used.

########## Input Parameter for CG Iteration ##########

Maximum number of loop : 100
Convergence Threshold : 1.000000000000000E-006

########## Input Right Hand Side Vector ##########

Dim. of RHS vector : 16

########## Input Parameter for Spectrum ##########

        Max. of Omega :  (1.00000000000000,1.000000000000000E-002)
        Min. of Omega :  (0.000000000000000E+000,1.000000000000000E-002)
        Num. of Omega :          100
     Calculation type : normal                                                                                                                                                                                                                                                          

########## CG Initialization ##########

BiCG Iteration

iter status1 status2 status3      Residual       Proj. Res.
   1       1       0       1    0.39527E+00    0.50000E+00
   2       2       0       1    0.52678E+00    0.31762E-16
   3      -3       0       1    0.20711E-13    0.92658E-16

Converged in iteration 3

########## Output Restart Parameter ##########

Num. of Iteration (Current Run) : 3
Current Omega_Seed : 0.00000E+00 0.10000E-01

########## Output Restart Vector ##########

Dim. of Residual vector : 16

Done

$ exit
exit
Script done, file is log.txt
$ exit
logout
qsub: job 765550.sekirei-pbs completed

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出力ファイルのまとめ

出力ファイル
log.txt
residual.txt
output/ResVec.dat0
output/TriDiagComp.dat
output/dynamicalG.dat
および、もとからあったoutput file
output_ref/ResVec.dat0
output_ref/TriDiagComp.dat
output_ref/dynamicalG.dat
をパッケージ化：
→data_komega_test_20170706.tgz.zip
→添付

data_komega_hoshi_sample_test_20170706.tgz.zip

[mitsuaki1987]

星先生
ご報告どうもありがとうございます。

/home/issp/materiapps/tool/Komega/Komega-2.0.0-0/

のディレクトリには

$ make install

によってインストールされたファイルのみが入るようになっています。スパコン部門のプリインストール担当の方がインストール作業を行ったディレクトリは、他のユーザーから見られないところにあるか、もしくは消されています。
確かにプリインストール版でsampleが見られないのは不便なので、今後のリリースではmake installでshared/ディレクトリにサンプルが挿入されるようにします。