diff --git a/Makefile b/Makefile index 59e953c..dc8b0d0 100644 --- a/Makefile +++ b/Makefile @@ -21,13 +21,13 @@ data/aapcnt/rx-all_subtype-%.json: data/aapcnt/rx-all_subtype-%.csv data/patterns_hiv1.csv: scripts/export_patterns.py @pipenv run python scripts/export_patterns.py $@ -# data/patterns_%.json: data/patterns_%.csv -# @pipenv run python scripts/csv2json.py $< +data/patterns_%.json: data/patterns_%.csv + @pipenv run python scripts/csv2json.py $< data/%.json: data/%.yml @pipenv run python scripts/yaml2json.py $< -data: data/patterns_hiv1.csv data/*.json data/apobecs/*.json data/apobecs-hiv2/*.json data/aapcnt/*.json +data: data/*csv data/*.json data/apobecs/*.json data/apobecs-hiv2/*.json data/aapcnt/*.json refresh-yamls: @pipenv run python scripts/yaml2json.py diff --git a/data/patterns_hiv1.json b/data/patterns_hiv1.json new file mode 100644 index 0000000..bdad173 --- /dev/null +++ b/data/patterns_hiv1.json @@ -0,0 +1,141242 @@ +[ + { + "gene": "PR", + "drug_class": "PI", + 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