assembly-config_hiv1.json

{
  "HIV1": [
    {
      "name": "pre-gag",
      "type": "UNTRANS_REGION",
      "refStart": 1,
      "refEnd": 789
    },
    {
      "name": "gagPreCA",
      "geneName": "HIV1gag",
      "type": "GENE",
      "trim": [
        [
          397,
          1500
        ]
      ]
    },
    {
      "name": "CA",
      "geneName": "HIV1CA",
      "type": "GENE"
    },
    {
      "name": "gagPostCA",
      "geneName": "HIV1gag",
      "type": "GENE",
      "trim": [
        [
          1,
          1089
        ],
        [
          1464,
          1500
        ]
      ]
    },
    {
      "name": "PR",
      "geneName": "HIV1PR",
      "type": "GENE"
    },
    {
      "name": "RT",
      "geneName": "HIV1RT",
      "type": "GENE"
    },
    {
      "name": "IN",
      "geneName": "HIV1IN",
      "type": "GENE"
    },
    {
      "name": "vif",
      "geneName": "HIV1vif",
      "type": "GENE",
      "trim": [
        [
          1,
          53
        ]
      ]
    },
    {
      "name": "vprBeforeHXB2fs",
      "geneName": "HIV1vpr",
      "type": "GENE",
      "trim": [
        [
          1,
          58
        ],
        [
          214,
          288
        ]
      ]
    },
    {
      "name": "vprHXB2fs",
      "type": "UNTRANS_REGION",
      "refStart": 5772,
      "refEnd": 5772
    },
    {
      "name": "vprAfterHXB2fs",
      "geneName": "HIV1vpr",
      "type": "GENE",
      "trim": [
        [
          1,
          213
        ]
      ]
    },
    {
      "name": "tatBeforeIntron",
      "geneName": "HIV1tat",
      "type": "GENE",
      "trim": [
        [
          1,
          17
        ],
        [
          217,
          303
        ]
      ]
    },
    {
      "name": "tat-vpu",
      "type": "UNTRANS_REGION",
      "refStart": 6047,
      "refEnd": 6061
    },
    {
      "name": "vpu",
      "geneName": "HIV1vpu",
      "type": "GENE"
    },
    {
      "name": "env",
      "geneName": "HIV1env",
      "type": "GENE",
      "trim": [
        [
          1,
          83
        ]
      ]
    },
    {
      "name": "env-nef",
      "type": "UNTRANS_REGION",
      "refStart": 8793,
      "refEnd": 8796
    },
    {
      "name": "nef",
      "geneName": "HIV1nef",
      "type": "GENE"
    },
    {
      "name": "post-nef",
      "type": "UNTRANS_REGION",
      "refStart": 9415,
      "refEnd": 9719
    }
  ]
}