From 290ca535e645d6f397fa55b4c030cab5f127bd3f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Nathan Braswell Date: Thu, 23 Mar 2023 10:43:37 -0400 Subject: [PATCH 01/40] roger cli preped for Merge Deploy --- .gitignore | 1 + Makefile | 2 + Merge-helm/deploy-ready-steps.md | 42 + Merge-helm/dev-deployment/api-service.yaml | 16 + Merge-helm/dev-deployment/configmap.yaml | 46 + .../dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml | 71 + .../elastic-dev-deployment.yaml | 105 + Merge-helm/dev-deployment/pvc.yaml | 14 + .../dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml | 68 + .../redis-stateful/redis-stack-helm.sh | 115 + .../redis-stateful/redis-statefulset.yaml | 73 + Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml | 16 + .../dev-deployment/tranql-configmap.yaml | 25 + .../dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml | 98 + Merge-helm/prod-deployment/Chart.yaml | 22 + .../prod-deployment/helx-prod-search.yaml | 125 + .../prod-deployment/templates/_helpers.tpl | 283 + .../templates/api-deployment.yaml | 38 + .../templates/api-service.yaml | 20 + .../prod-deployment/templates/configmap.yaml | 50 + Merge-helm/prod-deployment/templates/pvc.yaml | 36 + .../prod-deployment/templates/secrets.yaml | 39 + Merge-helm/prod-deployment/values.yaml | 194 + README.md | 2 +- bin/docker_backend/docker-compose.yaml | 4 +- bin/dug_annotate/anno_fails.txt | 7008 + bin/dug_annotate/norm_fails.txt | 101827 +++++++++++++++ bin/roger | 2 +- cli.py | 9 +- dags/roger/config/__init__.py | 2 +- dags/roger/config/config.yaml | 2 +- dags/roger/config/dev-config.yaml | 118 + dags/roger/dev-config.yaml | 2 +- dags/roger/roger_db.py | 8 +- dags/utils/s3_utils.py | 1 + docker-compose.yaml | 90 +- helm/.gitignore | 1 - helm/.helmignore | 23 - helm/Chart.lock | 9 - helm/Chart.yaml | 35 - helm/Readme.md | 161 - helm/templates/NOTES.txt | 21 - helm/templates/_helpers.tpl | 51 - helm/templates/redis-secrets.yaml | 10 - .../roger-k8-executor-generic-configmap.yaml | 11 - helm/templates/tranql-config-map.yaml | 23 - helm/templates/tranql_deployment.yaml | 62 - helm/templates/tranql_service.yaml | 16 - helm/values.yaml | 192 - requirements.txt | 9 +- roger-cli-steps.md | 27 + 51 files changed, 110522 insertions(+), 703 deletions(-) create mode 100644 Merge-helm/deploy-ready-steps.md create mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/api-service.yaml create mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/configmap.yaml create mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml create mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/elastic-dev-deployment.yaml create mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/pvc.yaml create mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml create mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/redis-stateful/redis-stack-helm.sh create mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/redis-stateful/redis-statefulset.yaml create mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml create mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/tranql-configmap.yaml create mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml create mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/Chart.yaml create mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/helx-prod-search.yaml create mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/templates/_helpers.tpl create mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/templates/api-deployment.yaml create mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/templates/api-service.yaml create mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/templates/configmap.yaml create mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/templates/pvc.yaml create mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/templates/secrets.yaml create mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/values.yaml create mode 100644 bin/dug_annotate/anno_fails.txt create mode 100644 bin/dug_annotate/norm_fails.txt create mode 100644 dags/roger/config/dev-config.yaml delete mode 100644 helm/.gitignore delete mode 100644 helm/.helmignore delete mode 100644 helm/Chart.lock delete mode 100644 helm/Chart.yaml delete mode 100644 helm/Readme.md delete mode 100644 helm/templates/NOTES.txt delete mode 100644 helm/templates/_helpers.tpl delete mode 100644 helm/templates/redis-secrets.yaml delete mode 100644 helm/templates/roger-k8-executor-generic-configmap.yaml delete mode 100644 helm/templates/tranql-config-map.yaml delete mode 100644 helm/templates/tranql_deployment.yaml delete mode 100644 helm/templates/tranql_service.yaml delete mode 100644 helm/values.yaml create mode 100644 roger-cli-steps.md diff --git a/.gitignore b/.gitignore index 065d4e8b..5825dd52 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -108,6 +108,7 @@ celerybeat.pid *.sage.py # Environments +.secrets-env .venv env/ venv/ diff --git a/Makefile b/Makefile index 644a6d01..dc88f378 100644 --- a/Makefile +++ b/Makefile @@ -17,10 +17,12 @@ help: mk_dirs: mkdir -p {logs,plugins} mkdir -p local_storage/elastic + mkdir -p local_storage/redis rm_dirs: rm -rf logs/* rm -rf local_storage/elastic/* + rm -rf local_storage/redis/* rm -rf ./dags/roger/data/* #install: Install application along with required packages to local environment diff --git a/Merge-helm/deploy-ready-steps.md b/Merge-helm/deploy-ready-steps.md new file mode 100644 index 00000000..49764a50 --- /dev/null +++ b/Merge-helm/deploy-ready-steps.md @@ -0,0 +1,42 @@ +# Dug Backend Deployment Guide + +## Dependencies + +### ElasticSearch + +### Redis Stack -- Redis Graph + +### Redis Stack -- Redis + +### Tranql + +#### Values + +existingRedis: Allows Tranql to use the a redis outside its own container. +``` yaml +existingRedis: + host: "" + port: 6379 + secret: search-redis-secret + secretPasswordKey: password +``` + +### Dug - API + +## Orchestration Requirements + +### Environment Variables + +#### Roger + +Roger needs several env variables that are created by Helm Templates reading config.yaml. The ENVs that are required are: + +- ROGER_S3_ACCESS__KEY: string -- RENCI S3 bucket access key +- ROGER_S3_BUCKET: string -- RENCI S3 bucket bucket name +- ROGER_S3_HOST: string -- RENCI S3 bucket host name +- ROGER_S3_SECRET__KEY: string -- RENCI S3 bucket secret key +- ROGER_DUG__INPUTS_DATA__SETS: string list: set to "bdc,nida,sparc,topmed,sprint,bacpac" +- ROGER_KGX_DATA__SETS: string list -- set to "baseline-graph,cde-graph" +- ROGER_INDEXING_NODE__TO__ELEMENT__QUERIES_ENABLED: boolean value -- set to true + +There are other environment variables that can override the values given in `dags/roger/config/config.yaml` diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/api-service.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/api-service.yaml new file mode 100644 index 00000000..7ce22d9a --- /dev/null +++ b/Merge-helm/dev-deployment/api-service.yaml @@ -0,0 +1,16 @@ +apiVersion: v1 +kind: Service +metadata: + name: dug-api + labels: + app: webserver + +spec: + ports: + - name: api-port + protocol: TCP + port: 5551 + targetPort: 5551 + selector: + app: webserver + type: ClusterIP \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/configmap.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/configmap.yaml new file mode 100644 index 00000000..4a3cdcb5 --- /dev/null +++ b/Merge-helm/dev-deployment/configmap.yaml @@ -0,0 +1,46 @@ +apiVersion: v1 +kind: ConfigMap +metadata: + name: search-elastic-config + labels: + release: "0" + chart: dug + app: dug +data: + host: "elasticsearch-master" +--- +apiVersion: v1 +kind: ConfigMap +metadata: + name: search-redis-config + labels: + release: v0 + chart: dug + app: dug +data: + host: redis + port: "6379" + graph: "test" +--- +apiVersion: v1 +kind: ConfigMap +metadata: + name: search-data-config + labels: + release: v0 + chart: dug + app: dug +data: + data_directory: "/opt/airflow/share/data" + data_source: s3 + input_sets: bdc,nida,sparc,topmed,sprint,bacpac + kgx_data_sets: baseline-graph,cde-graph + normalizer_url: normalizer_url + synonymizer_url: synonymizer_url + annotator_url: annotator_url + s3_access_key: XXX_ACCESS_KEY_XXX + s3_bucket: helx-data-sources + s3_host: https://na-s3.renci.org + s3_secret_key: XXX_SECRET_KEY_XXX + tranql_endpoint: "http://tranql:8001/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" + node_to_queries_enabled: "true" diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml new file mode 100644 index 00000000..d0274383 --- /dev/null +++ b/Merge-helm/dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml @@ -0,0 +1,71 @@ +apiVersion: apps/v1 +kind: Deployment +metadata: + name: dug-api-deployment + labels: + app: dug-api +spec: + selector: + matchLabels: + app: dug-api + template: + metadata: + labels: + app: dug-api + spec: + containers: + - name: main + # image: rticatapult.azurecr.io/jupyterhub/jupyter-singleusermlimage:20221219.3 + image: rticatapult.azurecr.io/dug-api:v1 + command: + - gunicorn + args: + - '--workers=4' + - '--name=dug' + - '--bind=0.0.0.0:5551' + - '--timeout=10' + - '--log-level=DEBUG' + - '--enable-stdio-inheritance' + - '--reload' + - 'dug.api:app' + ports: + - containerPort: 5551 + resources: + limits: + cpu: '2' + memory: 16Gi + requests: + cpu: 500m + memory: 2Gi + securityContext: + runAsNonRoot: true + runAsUser: 1000 + allowPrivilegeEscalation: false + capabilities: + drop: + - all + volumeMounts: + - name: resrv + mountPath: /home/merge-shared-folder + subPath: merge-shared-folder + tolerations: + - key: "type" + operator: "Equal" + value: "resrv" + effect: "NoSchedule" + affinity: + nodeAffinity: + requiredDuringSchedulingIgnoredDuringExecution: + nodeSelectorTerms: + - matchExpressions: + - key: kubernetes.azure.com/mode + operator: NotIn + values: + - system + restartPolicy: Always + volumes: + - name: resrv + persistentVolumeClaim: + claimName: merge-shared-folder + imagePullSecrets: + - name: regcred \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/elastic-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/elastic-dev-deployment.yaml new file mode 100644 index 00000000..be241db2 --- /dev/null +++ b/Merge-helm/dev-deployment/elastic-dev-deployment.yaml @@ -0,0 +1,105 @@ +apiVersion: apps/v1 +kind: Deployment +metadata: + name: elasticsearch + labels: + namespace: default + subdomain: default-subdomain.catapultmerge.com + subscription: default-subscription + containerRegistry: rticatapult.azurecr.io +spec: + revisionHistoryLimit: 0 + replicas: 1 + # replicas: 3 PROD VAL + # minimumMasterNodes: 2 PROD VAL + selector: + matchLabels: + namespace: default + subdomain: default-subdomain.catapultmerge.com + subscription: default-subscription + containerRegistry: rticatapult.azurecr.io + strategy: + type: Recreate + template: + metadata: + labels: + namespace: default + subdomain: default-subdomain.catapultmerge.com + subscription: default-subscription + containerRegistry: rticatapult.azurecr.io + spec: + initContainers: + - name: busybox + image: "rticatapult.azurecr.io/merge/busybox:latest" + command: ['sh', '-c', "chown -R 1000:1000 /usr/share/elasticsearch/data"] + volumeMounts: + - name: elsvolume + subPath: esdata + mountPath: /usr/share/elasticsearch/data + containers: + - name: elasticsearch + image: rticatapult.azurecr.io/coder-assist/coder-assist-elasticsearch:20221130.3 + env: + - name: ES_JAVA_OPTS + value: -Xms512m -Xmx512m + - name: cluster.name + value: docker-cluster + - name: http.host + value: 0.0.0.0 + - name: network.host + value: 0.0.0.0 + - name: transport.host + value: 127.0.0.1 + - name: xpack.security.enabled + value: "false" + - name: ingest.geoip.downloader.enabled + value: "false" + - name: ELASTIC_PASSWORD + valueFrom: + secretKeyRef: + name: elasticsearch + key: password + - name: ELASTIC_USERNAME + valueFrom: + secretKeyRef: + name: elasticsearch + key: username + - name: LOG4J_FORMAT_MSG_NO_LOOKUPS + value: "true" + ports: + - containerPort: 9200 + - containerPort: 9300 + # lifecycle: + # postStart: + # exec: + # command: ["/bin/sh", "-c", "chown -R 1000:1000 /usr/share/elasticsearch/data && chmod -R 777 /docker/volumes/elasticsearch/data"] + resources: + requests: + cpu: 128m + memory: 800Mi + limits: + cpu: 500m + memory: 2Gi + volumeMounts: + - mountPath: /usr/share/elasticsearch/data + subPath: esdata + name: elsvolume + securityContext: + runAsNonRoot: true + runAsUser: 1000 + allowPrivilegeEscalation: false + capabilities: + drop: + - all + tolerations: + - key: type + operator: Equal + value: resrv + effect: NoSchedule + restartPolicy: Always + volumes: + - name: elsvolume + persistentVolumeClaim: + claimName: elasticsearch-master-elasticsearch-master-0 + imagePullSecrets: + - name: regcred diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/pvc.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/pvc.yaml new file mode 100644 index 00000000..254e2e7a --- /dev/null +++ b/Merge-helm/dev-deployment/pvc.yaml @@ -0,0 +1,14 @@ +apiVersion: v1 +kind: PersistentVolumeClaim +metadata: + name: search-data + # Prevents deletion on helm uninstall. + annotations: + "helm.sh/resource-policy": keep +spec: + storageClassName: "default" + accessModes: + - ReadWriteMany + resources: + requests: + storage: 8Gi \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml new file mode 100644 index 00000000..37779342 --- /dev/null +++ b/Merge-helm/dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml @@ -0,0 +1,68 @@ +apiVersion: apps/v1 +kind: Deployment +metadata: + name: redis + namespace: helm-dev-rs-2 + labels: + name: redis + app: redisgraph + subscription: default-subscription +spec: + revisionHistoryLimit: 0 + replicas: 1 + selector: + matchLabels: + name: redis + app: redisgraph + subscription: default-subscription + strategy: + type: Recreate + template: + metadata: + labels: + name: redis + app: redisgraph + subscription: default-subscription + spec: + containers: + - name: redis + image: "rticatapult.azurecr.io/redis:latest" + command: + - redis-server + args: + - '--loadmodule' + - '/opt/redis-stack/lib/redisgraph.so' + # image: "redis:latest" + imagePullPolicy: IfNotPresent + env: + - name: REDIS_ARGS + value: --requirepass 12345 + ports: + - containerPort: 6379 + # data volume where redis writes data + volumeMounts: + - name: redata + mountPath: /data + readOnly: false + resources: + requests: + cpu: 128m + memory: 800Mi + limits: + cpu: 500m + memory: 2Gi + tolerations: + - key: type + operator: Equal + value: resrv + effect: NoSchedule + restartPolicy: Always + volumes: + - name: redata + persistentVolumeClaim: + claimName: data-superset-postgresql-0 + - name: resrv + persistentVolumeClaim: + claimName: merge-shared-folder + imagePullSecrets: + - name: regcred \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/redis-stateful/redis-stack-helm.sh b/Merge-helm/dev-deployment/redis-stateful/redis-stack-helm.sh new file mode 100644 index 00000000..11cb1eed --- /dev/null +++ b/Merge-helm/dev-deployment/redis-stateful/redis-stack-helm.sh @@ -0,0 +1,115 @@ +helm upgrade -i \ + redis-stack-server redis \ + --atomic \ + --repo https://charts.bitnami.com/bitnami \ + --version 17.1.4 \ + --values - <> /opt/bitnami/redis/etc/replica.conf + echo "replica-announce-port \$REDISPORT" >> /opt/bitnami/redis/etc/replica.conf + echo "replica-announce-ip \$(get_full_hostname "\$HOSTNAME")" >> /opt/bitnami/redis/etc/replica.conf + \${CMD} \ + --port "\${REDIS_PORT}" \ + --requirepass "\${REDIS_PASSWORD}" \ + --masterauth "\${REDIS_PASSWORD}" \ + --include "/opt/bitnami/redis/etc/redis.conf" \ + --include "/opt/bitnami/redis/etc/replica.conf" \ + --loadmodule /opt/redis-stack/lib/redisgraph.so \${REDISGRAPH_ARGS} \ +EOF \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/redis-stateful/redis-statefulset.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/redis-stateful/redis-statefulset.yaml new file mode 100644 index 00000000..5cdec8cf --- /dev/null +++ b/Merge-helm/dev-deployment/redis-stateful/redis-statefulset.yaml @@ -0,0 +1,73 @@ +apiVersion: apps/v1 +kind: StatefulSet +metadata: + name: redis +spec: + serviceName: redis + replicas: 3 + selector: + matchLabels: + app: redis + template: + metadata: + labels: + app: redis + spec: + initContainers: + - name: config + image: rticatapult.azurecr.io/redis:20230301.1 + command: [ "sh", "-c" ] + args: + - | + cp /tmp/redis/redis.conf /etc/redis/redis.conf + + echo "finding master..." + MASTER_FDQN=`hostname -f | sed -e 's/redis-[0-9]\./redis-0./'` + if [ "$(redis-cli -h sentinel -p 5000 ping)" != "PONG" ]; then + echo "master not found, defaulting to redis-0" + + if [ "$(hostname)" == "redis-0" ]; then + echo "this is redis-0, not updating config..." + else + echo "updating redis.conf..." + echo "slaveof $MASTER_FDQN 6379" >> /etc/redis/redis.conf + fi + else + echo "sentinel found, finding master" + MASTER="$(redis-cli -h sentinel -p 5000 sentinel get-master-addr-by-name mymaster | grep -E '(^redis-\d{1,})|([0-9]{1,3}\.[0-9]{1,3}\.[0-9]{1,3}\.[0-9]{1,3})')" + echo "master found : $MASTER, updating redis.conf" + echo "slaveof $MASTER 6379" >> /etc/redis/redis.conf + fi + volumeMounts: + - name: redis-config + mountPath: /etc/redis/ + - name: config + mountPath: /tmp/redis/ + containers: + - name: redis + image: rticatapult.azurecr.io/redis:20230301.1 + command: ["redis-server"] + args: ["/etc/redis/redis.conf"] + ports: + - containerPort: 6379 + name: redis + volumeMounts: + - name: data + mountPath: /data + - name: redis-config + mountPath: /etc/redis/ + volumes: + - name: redis-config + emptyDir: {} + - name: config + configMap: + name: redis-config + volumeClaimTemplates: + - metadata: + name: data + spec: + accessModes: [ "ReadWriteOnce" ] + storageClassName: "local-storage" + resources: + requests: + storage: 500Mi \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml new file mode 100644 index 00000000..77da9778 --- /dev/null +++ b/Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml @@ -0,0 +1,16 @@ +apiVersion: v1 +kind: Secret +metadata: + name: elasticsearch +stringData: + username: elastic +data: + username: ZWxhc3RpYw== + password: MTIzNDU= +--- +apiVersion: v1 +kind: Secret +metadata: + name: search-redis-secret +data: + password: MTIzNDU= \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-configmap.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-configmap.yaml new file mode 100644 index 00000000..68dc9980 --- /dev/null +++ b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-configmap.yaml @@ -0,0 +1,25 @@ +apiVersion: v1 +kind: ConfigMap +metadata: + name: tranql-configmap + labels: + release: v1 + chart: tranql + app: tranql +data: + conf.yml: | + m: z + schema.yml: | + doc: | + Schema configuration for tranql + schema: + redis: + doc: | + tranql is a knowledge graph built by aggregeting several kgx formatted knowledge graphs from several sources. + url: "redis:" + redis: true + redis_connection_params + host: redis + port: 6379 + # SET USERNAME and PASSWORD + # via REDIS_USERNAME , REDIS_PASSWORD Env vars (i.e capitialize service name) diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml new file mode 100644 index 00000000..bd5e4c0a --- /dev/null +++ b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml @@ -0,0 +1,98 @@ +apiVersion: apps/v1 +kind: Deployment +metadata: + name: tranql-deployment + labels: + app: tranql +spec: + selector: + matchLabels: + app: tranql + template: + metadata: + labels: + app: tranql + spec: + containers: + - name: main + image: rticatapult.azurecr.io/tranql/v2 + command: + - gunicorn + args: + - '--workers=4' + - '--name=tranql' + - '--bind=0.0.0.0:8001' + - '--timeout=300' + # - '--access-logfile=/var/nfs/tranql-frontend_access_log' + # - '--error-logfile=/var/nfs/tranql-frontend_error_log' + - '--log-level=debug' + - 'tranql.api:app' + ports: + - containerPort: 8001 + env: + - name: APP_PORT + value: "8001" + - name: ACCESS_LOG + value: "/var/nfs/tranql-frontend_access_log" + - name: ERROR_LOG + value: "/var/nfs/tranql-frontend_error_log" + - name: REDIS_QUERY_TIMEOUT + value: "10000" + - name: REDIS_PASSWORD + valueFrom: + secretKeyRef: + name: search-redis-secret + key: password + volumeMounts: + - name: logs + mountPath: /var/nfs + - name: config-yaml + subPath: conf.yml + mountPath: /home/tranql/tranql/src/tranql/conf.yml + - name: config-yaml + subPath: schema.yml + mountPath: /home/tranql/tranql/src/tranql/conf/schema.yaml + - name: resrv + mountPath: /home/merge-shared-folder + subPath: merge-shared-folder + resources: + limits: + cpu: '2' + memory: 16Gi + requests: + cpu: 500m + memory: 2Gi + # securityContext: + # runAsNonRoot: true + # runAsUser: 1000 + # allowPrivilegeEscalation: false + # capabilities: + # drop: + # - all + tolerations: + - key: "type" + operator: "Equal" + value: "resrv" + effect: "NoSchedule" + affinity: + nodeAffinity: + requiredDuringSchedulingIgnoredDuringExecution: + nodeSelectorTerms: + - matchExpressions: + - key: kubernetes.azure.com/mode + operator: NotIn + values: + - system + restartPolicy: Always + volumes: + - name: resrv + persistentVolumeClaim: + claimName: merge-shared-folder + - name: config-yaml + configMap: + name: tranql-configmap + defaultMode: 0777 + - name: logs + emptyDir: {} + imagePullSecrets: + - name: regcred \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/Chart.yaml b/Merge-helm/prod-deployment/Chart.yaml new file mode 100644 index 00000000..975fd3c8 --- /dev/null +++ b/Merge-helm/prod-deployment/Chart.yaml @@ -0,0 +1,22 @@ +apiVersion: v2 +appVersion: 2.9.0 +dependencies: +- condition: elasticsearch.enabled + name: elasticsearch + version: 8.5.1 +- condition: redis.enabled + name: redis + version: 17.1.2 +- condition: tranql.enabled + name: tranql + repository: '@helx-charts' + version: 0.4.2 +- condition: redis-insight.enabled + name: redis-insight + repository: '@helx-charts' + version: 0.1.0 +description: A Helm chart for Helx Search components. This chart installs Dug, TranQL + , Airflow and Redis. +name: search +type: application +version: 2.0.0 diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/helx-prod-search.yaml b/Merge-helm/prod-deployment/helx-prod-search.yaml new file mode 100644 index 00000000..a5ac68c7 --- /dev/null +++ b/Merge-helm/prod-deployment/helx-prod-search.yaml @@ -0,0 +1,125 @@ +USER-SUPPLIED VALUES: +airflow: + airflow: + config: + AIRFLOW__CLI__ENDPOINT_URL: https://yk-heal.renci.org/airflow + AIRFLOW__WEBSERVER__BASE_URL: https://yk-heal.renci.org/airflow + kubernetesPodTemplate: + resources: + limits: + cpu: 2 + memory: 4G + requests: + cpu: 2 + memory: 4G + users: + - email: kebedey@renci.org + firstName: yaphet + lastName: kebede + password: password123 + role: Admin + username: admin + dags: + gitSync: + branch: develop + externalRedis: + host: search-redis-master + ingress: + web: + path: /airflow + web: + service: + annotations: + getambassador.io/config: | + --- + apiVersion: ambassador/v1 + kind: Mapping + name: airflow-ui-amb + prefix: /airflow + service: search-web:8080 + rewrite: /airflow/ + +api: + service: + annotations: + getambassador.io/config: | + --- + apiVersion: ambassador/v1 + kind: Mapping + name: search-api + prefix: /search-api + # prefix: /search/search-api + service: search-api:5551 + rewrite: / + # rewrite: /search-api + cors: + origins: "*" + methods: POST, OPTIONS + headers: + - Content-Type +config: + annotation: + annotator_url: https://api.monarchinitiative.org/api/nlp/annotate/entities?min_length=4&longest_only=false&include_abbreviation=false&include_acronym=false&include_numbers=false&content= + normalizer_url: http://nn-web-prod-node-normalization-web-service-root.translator.svc.cluster.local:8080/get_normalized_nodes?conflate=false&curie= + synonymizer_url: http://onto-lookup-ontology-tools.translator.svc.cluster.local/synonyms/ + data_source: s3 + input_sets: bdc,nida,sparc,topmed,anvil + kgx_data_sets: baseline-graph,cde-graph + node_to_queries_enabled: true + s3: + access_key: PNhTXW_3c996CapMG_2E14_4Jh8Q8SVi539lPPAA6S4yXALHN9MCjp45PXt_j2X8Bz_8K5vTTE8T51NZS1_37__N3NZ88_3Mbh4WnMyyR_Dp863I3cmptpLRt_z3CT_8 + bucket: helx-data-sources + host: https://na-s3.renci.org + secret_key: bCBDRtCcraPA1_6a5w5tN9_6Pu3S3gu_CB8CaAjOFAoXKp3t9ZO5c8Bq0qpCzZD_atsnzNMvA9hAdbJbVDz_7HgcmhXYOuyE__kW9kRcCnlR0HcdCcA_2xssCkZYlNLd +elasticsearch: + resources: + limits: + cpu: 1 + memory: 2G + requests: + cpu: 1 + memory: 2G + sysctlInitContainer: + enabled: false +persistence: + pvcSize: 32G +redis: + master: + persistence: + size: 16G + resources: + limits: + cpu: 2 + memory: 15Gi + requests: + cpu: 2 + memory: 12Gi + replica: + persistence: + size: 16G + resources: + limits: + cpu: 2 + memory: 15Gi + requests: + cpu: 2 + memory: 12Gi +tranql: + annotations: + getambassador.io/config: |- + apiVersion: ambassador/v1 + kind: Mapping + name: tranql-amb + prefix: /tranql + # prefix: /search/tranql + rewrite: /tranql + # rewrite: /search/tranql + service: search-tranql:8081 + cors: + origins: "*" + methods: POST, OPTIONS + headers: + - Content-Type + timeout_ms: 10000 + existingRedis: + host: search-redis-replicas \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/templates/_helpers.tpl b/Merge-helm/prod-deployment/templates/_helpers.tpl new file mode 100644 index 00000000..16366ee8 --- /dev/null +++ b/Merge-helm/prod-deployment/templates/_helpers.tpl @@ -0,0 +1,283 @@ +{{/* +Expand the name of the chart. +*/}} +{{- define "search.name" -}} +{{- default .Chart.Name .Values.nameOverride | trunc 63 | trimSuffix "-" }} +{{- end }} + +{{/* +Create a default fully qualified app name. +We truncate at 63 chars because some Kubernetes name fields are limited to this (by the DNS naming spec). +If release name contains chart name it will be used as a full name. +*/}} +{{- define "search.fullname" -}} +{{- if .Values.fullnameOverride }} +{{- .Values.fullnameOverride | trunc 63 | trimSuffix "-" }} +{{- else }} +{{- $name := default .Chart.Name .Values.nameOverride }} +{{- if contains $name .Release.Name }} +{{- .Release.Name | trunc 63 | trimSuffix "-" }} +{{- else }} +{{- printf "%s-%s" .Release.Name $name | trunc 63 | trimSuffix "-" }} +{{- end }} +{{- end }} +{{- end }} + +{{/* +Create chart name and version as used by the chart label. +*/}} +{{- define "search.chart" -}} +{{- printf "%s-%s" .Chart.Name .Chart.Version | replace "+" "_" | trunc 63 | trimSuffix "-" }} +{{- end }} + +{{/* +Common labels +*/}} +{{- define "search.labels" -}} +helm.sh/chart: {{ include "search.chart" . }} +{{ include "search.selectorLabels" . }} +{{- if .Chart.AppVersion }} +app.kubernetes.io/version: {{ .Chart.AppVersion | quote }} +{{- end }} +app.kubernetes.io/managed-by: {{ .Release.Service }} +{{- end }} + +{{/* +Selector labels +*/}} +{{- define "search.selectorLabels" -}} +app.kubernetes.io/name: {{ include "search.name" . }} +app.kubernetes.io/instance: {{ .Release.Name }} +{{- end }} + +{{/* +Create a default fully qualified app name. +We truncate at 63 chars because some Kubernetes name fields are limited to this (by the DNS naming spec). +*/}} +{{- define "search.elasticsearch.fullname" -}} +{{- $name := default "elasticsearch" .Values.elasticsearch.nameOverride -}} +{{- printf "%s-%s" .Release.Name $name | trunc 63 | trimSuffix "-" -}} +{{- end -}} + +{{- define "search.elasticsearch.uname" -}} +{{- if empty .Values.elasticsearch.fullnameOverride -}} +{{- if empty .Values.elasticsearch.nameOverride -}} +{{ .Values.elasticsearch.clusterName }}-{{ .Values.elasticsearch.nodeGroup }} +{{- else -}} +{{ .Values.elasticsearch.nameOverride }}-{{ .Values.elasticsearch.nodeGroup }} +{{- end -}} +{{- else -}} +{{ .Values.elasticsearch.fullnameOverride }} +{{- end -}} +{{- end -}} + +{{- define "search.elasticsearch.masterService" -}} +{{- if empty .Values.elasticsearch.masterService -}} +{{- if empty .Values.elasticsearch.fullnameOverride -}} +{{- if empty .Values.elasticsearch.nameOverride -}} +{{ .Values.elasticsearch.clusterName }}-master +{{- else -}} +{{ .Values.elasticsearch.nameOverride }}-master +{{- end -}} +{{- else -}} +{{ .Values.elasticsearch.fullnameOverride }} +{{- end -}} +{{- else -}} +{{ .Values.elasticsearch.masterService }} +{{- end -}} +{{- end -}} + +{{/* +Get the elasticsearch password secret. +*/}} +{{- define "search.elasticsearch.secretName" -}} +{{- if .Values.elasticsearch.existingSecret -}} +{{- printf "%s" .Values.elasticsearch.existingSecret -}} +{{- else -}} +{{- printf "%s" (include "search.elasticsearch.fullname" .) -}} +{{- end -}} +{{- end -}} + + +{{/* +Get the username key to be retrieved from elasticsearch secret. +*/}} +{{- define "search.elasticsearch.secretUsernameKey" -}} +{{- if and .Values.elasticsearch.existingSecret .Values.elasticsearch.existingSecretUsernameKey -}} +{{- printf "%s" .Values.elasticsearch.existingSecretUsernameKey -}} +{{- else -}} +{{- printf "elasticsearch-username" -}} +{{- end -}} +{{- end -}} + +{{/* +Get the password key to be retrieved from elasticsearch secret. +*/}} +{{- define "search.elasticsearch.secretPasswordKey" -}} +{{- if and .Values.elasticsearch.existingSecret .Values.elasticsearch.existingSecretPasswordKey -}} +{{- printf "%s" .Values.elasticsearch.existingSecretPasswordKey -}} +{{- else -}} +{{- printf "elasticsearch-password" -}} +{{- end -}} +{{- end -}} + +{{/* +Expand the name of the chart. +*/}} +{{- define "search.api.name" -}} +{{- default "api" .Values.api.nameOverride | trunc 63 | trimSuffix "-" }} +{{- end }} + +{{/* +Create a default fully qualified app name for web. +We truncate at 63 chars because some Kubernetes name fields are limited to this (by the DNS naming spec). +If release name contains chart name it will be used as a full name. +*/}} +{{- define "search.api.web.fullname" -}} +{{- if .Values.api.fullnameOverride }} +{{- .Values.api.fullnameOverride | trunc 63 | trimSuffix "-" }} +{{- else }} +{{- $name := default "api" .Values.api.nameOverride }} +{{- printf "%s-%s" .Release.Name $name | trunc 63 | trimSuffix "-" }} +{{- end }} +{{- end }} + +{{/* +Create chart name and version as used by the chart label. +*/}} +{{- define "search.api.chart" -}} +{{- printf "%s-%s" .Chart.Name .Chart.Version | replace "+" "_" | trunc 63 | trimSuffix "-" }} +{{- end }} + +{{/* +Environment vars for API pods +*/}} +{{- define "search.api.web.deploymentEnv" -}} +{{- if .Values.elasticsearch.enabled -}} +- name: ELASTIC_API_HOST + value: {{ include "search.api.elasticsearch.uname" . }} +{{- end }} +{{- if .Values.redis.enabled }} +- name: REDIS_HOST + value: {{ include "search.redis.fullname" . }}-master +- name: REDIS_PORT + value: {{ .Values.redis.redisPort | quote }} +{{- if .Values.redis.usePassword }} +- name: REDIS_PASSWORD + {{- if .Values.redis.password }} + value: {{ .Values.redis.password }} + {{- else }} + valueFrom: + secretKeyRef: + name: {{ include "search.redis.secretName" . }} + key: {{ include "search.redis.secretPasswordKey" . }} + {{- end }} + {{- end }} + {{- end }} + {{- if .Values.api.deployment.extraEnv }} + {{- toYaml .Values.api.deployment.extraEnv | nindent 10 }} + {{- end }} +{{- end -}} + +{{/* +Common labels +*/}} +{{- define "search.api.labels" -}} +helm.sh/chart: {{ include "search.api.chart" . }} +{{ include "search.api.selectorLabels" . }} +{{- if .Chart.AppVersion }} +app.kubernetes.io/version: {{ .Chart.AppVersion | quote }} +{{- end }} +app.kubernetes.io/managed-by: {{ .Release.Service }} +{{- end }} + +{{/* +Selector labels +*/}} +{{- define "search.api.selectorLabels" -}} +app.kubernetes.io/name: {{ include "search.api.name" . }} +app.kubernetes.io/instance: {{ .Release.Name }} +{{- end }} + + +{{/* +Create a default fully qualified app name. +We truncate at 63 chars because some Kubernetes name fields are limited to this (by the DNS naming spec). +*/}} +{{- define "search.api.elasticsearch.fullname" -}} +{{- $name := default "elasticsearch" .Values.elasticsearch.nameOverride -}} +{{- printf "%s-%s" .Release.Name $name | trunc 63 | trimSuffix "-" -}} +{{- end -}} + +{{/* +This is the name of the services that get created, e.g. elasticsearch-master +*/}} +{{- define "search.api.elasticsearch.uname" -}} +{{- if empty .Values.elasticsearch.fullnameOverride -}} +{{- if empty .Values.elasticsearch.nameOverride -}} +{{ .Values.elasticsearch.clusterName }}-{{ .Values.elasticsearch.nodeGroup }} +{{- else -}} +{{ .Values.elasticsearch.nameOverride }}-{{ .Values.elasticsearch.nodeGroup }} +{{- end -}} +{{- else -}} +{{ .Values.elasticsearch.fullnameOverride }} +{{- end -}} +{{- end -}} + +{{/* +Create a default fully qualified app name. +We truncate at 63 chars because some Kubernetes name fields are limited to this (by the DNS naming spec). +If release name contains chart name it will be used as a full name. +*/}} +{{- define "search.redis.fullname" -}} +{{- if .Values.redis.fullnameOverride -}} +{{- .Values.redis.fullnameOverride | trunc 63 | trimSuffix "-" -}} +{{- else -}} +{{- $name := default "redis" .Values.redis.nameOverride -}} +{{- if contains $name .Release.Name -}} +{{- .Release.Name | trunc 63 | trimSuffix "-" -}} +{{- else -}} +{{- printf "%s-%s" .Release.Name $name | trunc 63 | trimSuffix "-" -}} +{{- end -}} +{{- end -}} +{{- end -}} + +{{/* +Get the redis password secret. +*/}} +{{- define "search.redis.secretName" -}} +{{- if .Values.redis.existingSecret -}} +{{- printf "%s" .Values.redis.existingSecret -}} +{{- else -}} +{{- printf "%s" .Values.secrets.redis.name -}} +{{- end -}} +{{- end -}} + +{{/* +Get the password key to be retrieved from Redis(TM) secret. +*/}} +{{- define "search.redis.secretPasswordKey" -}} +{{- if and .Values.redis.existingSecret .Values.redis.existingSecretPasswordKey -}} +{{- printf "%s" .Values.redis.existingSecretPasswordKey -}} +{{- else -}} +{{- printf "%s" .Values.secrets.redis.passwordKey -}} +{{- end -}} +{{- end -}} + +{{/* +Create a default fully qualified app name for web. +We truncate at 63 chars because some Kubernetes name fields are limited to this (by the DNS naming spec). +If release name contains chart name it will be used as a full name. +*/}} +{{- define "search.tranql.fullname" -}} +{{- if .Values.tranql.fullnameOverride }} +{{- .Values.tranql.fullnameOverride | trunc 63 | trimSuffix "-" }} +{{- else }} +{{- $name := default "tranql" .Values.tranql.nameOverride }} +{{- if contains $name .Release.Name }} +{{- printf "%s" .Release.Name | trunc 63 | trimSuffix "-" }} +{{- else }} +{{- printf "%s-%s" .Release.Name $name | trunc 63 | trimSuffix "-" }} +{{- end }} +{{- end }} +{{- end }} diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/templates/api-deployment.yaml b/Merge-helm/prod-deployment/templates/api-deployment.yaml new file mode 100644 index 00000000..04967ec2 --- /dev/null +++ b/Merge-helm/prod-deployment/templates/api-deployment.yaml @@ -0,0 +1,38 @@ +apiVersion: apps/v1 +kind: Deployment +metadata: + name: {{ include "search.api.web.fullname" . }} + labels: + app: {{ .Values.api.appName}} +spec: + replicas: 1 + selector: + matchLabels: + app: {{ .Values.api.appName}} + template: + metadata: + labels: + app: {{ .Values.api.appName}} + spec: + imagePullSecrets: + {{- toYaml .Values.api.deployment.imagePullSecrets | nindent 8 }} + containers: + - image: {{ .Values.api.image.repository }}:{{ .Values.api.image.tag | default .Chart.AppVersion }} + imagePullPolicy: {{ .Values.api.image.pullPolicy }} + name: {{ include "search.api.web.fullname" . }}-container + env: {{ include "search.api.web.deploymentEnv" . | nindent 10 }} + ports: + - containerPort: {{ .Values.api.deployment.apiPort }} + command: [ + "gunicorn", + "--workers={{ .Values.api.deployment.apiWorkers | default 4 }}", + "--name=helx-search", + "--bind=0.0.0.0:{{ .Values.api.deployment.apiPort }}", + "--timeout={{ .Values.api.deployment.apiTimeout }}", + "--log-level={{ .Values.api.deployment.logLevel | default "INFO"}}", + "--enable-stdio-inheritance", + "--reload", + "dug.api:app" + ] + resources: + {{- toYaml .Values.api.deployment.resources | nindent 10 }} \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/templates/api-service.yaml b/Merge-helm/prod-deployment/templates/api-service.yaml new file mode 100644 index 00000000..ba46152d --- /dev/null +++ b/Merge-helm/prod-deployment/templates/api-service.yaml @@ -0,0 +1,20 @@ +apiVersion: v1 +kind: Service +metadata: + name: {{ include "search.api.web.fullname" . }} + {{- if .Values.api.service.annotations }} + annotations: + {{- toYaml .Values.api.service.annotations | nindent 4}} + {{- end }} + labels: + app: {{ .Values.api.appName }} + {{- include "search.api.labels" . | nindent 4 }} +spec: + ports: + - name: api-port + protocol: TCP + port: {{ .Values.api.service.apiPort }} + targetPort: {{ .Values.api.deployment.apiPort }} + selector: + app: {{ .Values.api.appName }} + type: {{ .Values.api.service.type }} \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/templates/configmap.yaml b/Merge-helm/prod-deployment/templates/configmap.yaml new file mode 100644 index 00000000..cfdc06cf --- /dev/null +++ b/Merge-helm/prod-deployment/templates/configmap.yaml @@ -0,0 +1,50 @@ +apiVersion: v1 +kind: ConfigMap +metadata: + name: search-elastic-config + labels: + release: {{ .Release.Name | quote }} + chart: "{{ .Chart.Name }}" + app: "{{ template "search.fullname" . }}" +data: + host: "{{ template "search.elasticsearch.masterService" . }}" +--- +apiVersion: v1 +kind: ConfigMap +metadata: + name: search-redis-config + labels: + release: {{ .Release.Name | quote }} + chart: "{{ .Chart.Name }}" + app: "{{ template "search.fullname" . }}" +data: + host: "{{ template "search.redis.fullname" . }}-master" + port: "6379" + graph: "test" +--- +apiVersion: v1 +kind: ConfigMap +metadata: + name: search-data-config + labels: + release: {{ .Release.Name | quote }} + chart: "{{ .Chart.Name }}" + app: "{{ template "search.fullname" . }}" +data: + data_directory: "/opt/airflow/share/data" + data_source: {{ .Values.config.data_source }} + input_sets: {{ .Values.config.input_sets }} + kgx_data_sets: {{ .Values.config.kgx_data_sets }} + normalizer_url: {{ .Values.config.annotation.normalizer_url | quote }} + synonymizer_url: {{ .Values.config.annotation.synonymizer_url | quote }} + annotator_url: {{ .Values.config.annotation.annotator_url | quote }} + s3_access_key: {{ .Values.config.s3.access_key }} + s3_bucket: {{ .Values.config.s3.bucket }} + s3_host: {{ .Values.config.s3.host }} + s3_secret_key: {{ .Values.config.s3.secret_key }} + {{- if .Values.tranql.enabled }} + tranql_endpoint: "http://{{ template "search.tranql.fullname" . }}:{{ .Values.tranql.port }}{{ .Values.tranql.webPrefix }}/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" + {{- else }} + tranql_endpoint: "{{.Values.tranql.externalTranql }}" + {{- end }} + node_to_queries_enabled: "{{ .Values.config.node_to_queries_enabled }}" diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/templates/pvc.yaml b/Merge-helm/prod-deployment/templates/pvc.yaml new file mode 100644 index 00000000..8b61c839 --- /dev/null +++ b/Merge-helm/prod-deployment/templates/pvc.yaml @@ -0,0 +1,36 @@ +{{- if not (lookup "v1" "PersistentVolumeClaim" .Release.Namespace ( "search-data" )) }} +apiVersion: v1 +kind: PersistentVolumeClaim +metadata: + name: search-data + # Prevents deletion on helm uninstall. + annotations: + "helm.sh/resource-policy": keep +spec: + storageClassName: {{ .Values.persistence.storageClass }} + accessModes: + - ReadWriteMany + resources: + requests: + storage: {{ .Values.persistence.pvcSize }} +{{ end }} +--- +{{- if not (lookup "v1" "PersistentVolumeClaim" .Release.Namespace ( .Values.redis.persistence.existingClaim )) }} +apiVersion: v1 +kind: PersistentVolumeClaim +metadata: + name: {{ .Values.redis.persistence.existingClaim }} + annotations: + # makes sure that pvc is created before job. + "helm.sh/hook": pre-install,pre-upgrade + # makes sure that pvc is created before job. + "helm.sh/hook-weight": "-6" + "helm.sh/resource-policy": keep +spec: + storageClassName: {{ .Values.persistence.storageClass }} + resources: + requests: + storage: 10Gi + accessModes: + - ReadWriteMany +{{ end }} \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/templates/secrets.yaml b/Merge-helm/prod-deployment/templates/secrets.yaml new file mode 100644 index 00000000..767c44b8 --- /dev/null +++ b/Merge-helm/prod-deployment/templates/secrets.yaml @@ -0,0 +1,39 @@ +{{- if .Values.elasticsearch.enabled }} +apiVersion: v1 +kind: Secret +metadata: + name: {{ .Values.secrets.elastic.name }} +{{- if or .Release.IsInstall ( not (lookup "v1" "Secret" .Release.Namespace ( .Values.secrets.elastic.name ))) }} +stringData: + username: {{ .Values.secrets.elastic.user }} +data: + {{ .Values.secrets.elastic.userKey }}: {{ "elastic" | b64enc | quote }} + {{ .Values.secrets.elastic.passwordKey }}: {{ randAlphaNum 10 | b64enc | quote }} +{{- else }} +data: + {{ .Values.secrets.elastic.userKey }}: {{ index (lookup "v1" "Secret" .Release.Namespace ( .Values.secrets.elastic.name )).data .Values.secrets.elastic.userKey }} + {{ .Values.secrets.elastic.passwordKey }}: {{ index (lookup "v1" "Secret" .Release.Namespace ( .Values.secrets.elastic.name )).data .Values.secrets.elastic.passwordKey }} +{{- end }} +{{- end }} +--- +apiVersion: v1 +kind: Secret +metadata: + name: {{ .Values.secrets.redis.name }} +data: + {{- if or .Release.IsInstall ( not (lookup "v1" "Secret" .Release.Namespace ( .Values.secrets.redis.name ))) }} + {{ .Values.secrets.redis.passwordKey }}: {{ randAlphaNum 10 | b64enc | quote }} + {{ else }} + {{ .Values.secrets.redis.passwordKey }}: {{ index (lookup "v1" "Secret" .Release.Namespace ( .Values.secrets.redis.name )).data .Values.secrets.redis.passwordKey }} + {{ end }} +--- +apiVersion: v1 +kind: Secret +metadata: + name: {{ .Values.airflow.airflow.configSecretsName }} +data: + {{- if or .Release.IsInstall (not ( lookup "v1" "Secret" .Release.Namespace ( .Values.airflow.airflow.configSecretsName ) )) }} + fernet-key: {{ randAlphaNum 32 | b64enc | b64enc | quote }} + {{ else }} + fernet-key: {{ index (lookup "v1" "Secret" .Release.Namespace ( .Values.airflow.airflow.configSecretsName )).data "fernet-key" }} + {{ end }} diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/values.yaml b/Merge-helm/prod-deployment/values.yaml new file mode 100644 index 00000000..10b5d500 --- /dev/null +++ b/Merge-helm/prod-deployment/values.yaml @@ -0,0 +1,194 @@ +api: + image: + repository: RTIInternational/dug + tag: "" + pullPolicy: IfNotPresent + appName: webserver + debug: false + deployment: + apiPort: 5551 + apiWorkers: 4 + apiTimeout: 10 + extraEnv: [] + logLevel: INFO + imagePullSecrets: [] + resources: + limits: + cpu: 2 + memory: 2G + requests: + cpu: 2 + memory: 2G + service: + name: search-api + type: ClusterIP + annotations: {} + apiPort: "5551" +config: + annotation: + normalizer_url: http://nn-web-prod-node-normalization-web-service-root.translator.svc.cluster.local:8080/get_normalized_nodes?conflate=false&curie= + annotator_url: https://api.monarchinitiative.org/api/nlp/annotate/entities?min_length=4&longest_only=false&include_abbreviation=false&include_acronym=false&include_numbers=false&content= + synonymizer_url: https://onto.renci.org/synonyms/ + input_sets: "bdc-dbGaP,topmed" + data_source: "stars" + kgx_data_sets: "baseline-graph,cde-graph" + node_to_queries_enabled: "false" + s3: + host: "" + bucket: "" + access_key: "" + secret_key: "" +elasticsearch: + # default, maybe we ought to increase this as size increases + # esJavaOpts: "-Xmx1g -Xms1g" + enabled: true + esJavaOpts: "-Xmx1g -Xms1g -Dlog4j2.disable.jmx=true -Dlog4j2.formatMsgNoLookups=true" + extraEnvs: + - name: ELASTIC_PASSWORD + valueFrom: + secretKeyRef: + name: search-elastic-secret + key: password + - name: ELASTIC_USERNAME + valueFrom: + secretKeyRef: + name: search-elastic-secret + key: username + - name: LOG4J_FORMAT_MSG_NO_LOOKUPS + value: "true" + imageTag: "7.16.3" + replicas: 1 + resources: + limits: + cpu: 1 + memory: 2G + requests: + cpu: 1 + memory: 2G + sysctlInitContainer: + enabled: false +nboost: + enabled: false +persistence: + storageClass: "" + pvcSize: 32Gi +redis: + auth: + existingSecret: search-redis-secret + existingSecretPasswordKey: password + clusterDomain: cluster.local + enabled: true + image: + repository: redis/redis-stack + tag: '6.2.4-v2' + persistence: + existingClaim: "redis-data" + usePassword: true + master: + persistence: + size: 24G + resources: + limits: + cpu: 2 + memory: 32Gi + requests: + cpu: 1 + memory: 12Gi + command: "" + readinessProbe: + enabled: true + # to make it available ASAP + periodSeconds: 1 + # spans 25 mins (150 * 10 secs) + failureThreshold: 1 + livenessProbe: + # Liveliness probes can be off, since + # With big cache data to load or sync , redis is alive but + # responds with LOADING message. to avoid cyclic restarts + # keeping this off + enabled: false + extraFlags: + - "--loadmodule" + - "/opt/redis-stack/lib/redisgraph.so" + - "THREAD_COUNT" + - "8" + - "OMP_THREAD_COUNT" + - "16" + - "--appendonly" + - "no" + replica: + autoscaling: + enabled: true + minReplicas: 1 + maxReplicas: 2 + targetCPU: 100 + persistence: + size: 24G + resources: + limits: + cpu: 2 + memory: 32Gi + requests: + cpu: 1 + memory: 12Gi + extraFlags: + - "--loadmodule" + - "/opt/redis-stack/lib/redisgraph.so" + - "THREAD_COUNT" + - "8" + - "OMP_THREAD_COUNT" + - "16" + readinessProbe: + enabled: true + # to make it available ASAP + periodSeconds: 1 + # Having a lower count will make sure that routing to a replica that + # is not ready yet to not be routed to. + failureThreshold: 1 + # make sure its really ready + successThreshold: 5 + livenessProbe: + enabled: false +secrets: + elastic: + name: search-elastic-secret + user: elastic + userKey: username + passwordKey: password + redis: + name: search-redis-secret + 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Then run: ``` -python tranql_translator.py +python tranql_translate.py ``` The Airflow interface shows the workflow: ![image](https://user-images.githubusercontent.com/306971/97787955-b968f680-1b8b-11eb-86cc-4d93842eafd3.png) diff --git a/bin/docker_backend/docker-compose.yaml b/bin/docker_backend/docker-compose.yaml index 695363b0..d87c6ae6 100644 --- a/bin/docker_backend/docker-compose.yaml +++ b/bin/docker_backend/docker-compose.yaml @@ -22,9 +22,9 @@ services: - roger-network environment: - REDIS_PASSWORD=$ROGERENV_REDISGRAPH_PASSWORD - entrypoint: /usr/local/bin/gunicorn --workers=2 --bind=0.0.0.0:8081 --name=tranql --timeout=600 tranql.api:app + entrypoint: /usr/local/bin/gunicorn --workers=2 --bind=0.0.0.0:8001 --name=tranql --timeout=600 tranql.api:app ports: - - 8081:8081 + - 8001:8001 volumes: - ./tranql-schema.yaml:/tranql/tranql/conf/schema.yaml ################################################################################# diff --git a/bin/dug_annotate/anno_fails.txt b/bin/dug_annotate/anno_fails.txt new file mode 100644 index 00000000..70ea5eb1 --- /dev/null +++ b/bin/dug_annotate/anno_fails.txt @@ -0,0 +1,7008 @@ +race of participant +age at baseline +baseline bmi +baseline bmiz +home exposure to smoke prior to trial enrollment +in utero smoke: mother smoked when pregnant with participant +baseline fev1 +baseline fvc +baseline total ige +baseline log10 ige +one or more skintest positive at baseline +race of participant +race of participant +home exposure to smoke prior to trial enrollment +in utero smoke. mother smoked when pregnant with participant. +one or more skintest positive at baseline +baseline bmiz +baseline fev1 +baseline fvc +baseline log10 ige +baseline bmi +baseline total ige +race of participant +bmi at follow-up +bmiz at follow-up +change in pre-fev1 between baseline and follow-up. calculation is 100*(follow-up prefev - baseline prefev)/baseline prefev +fev1 at follow-up +fvc at follow-up +post-fev1 at follow-up +post-fvc at 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exhausted easily +i panic or get afraid when i cannot catch my breath +i feel that i am not in control of my lung/respiratory problem +i do not expect my lung/respiratory problem to get any better +exercise is not safe for me +everything seems too much of an effort +lung/respiratory medication +my lung/respiratory medication does not help me very much +i get embarrassed using my lung/respiratory medication in public +i cannot go out for entertainment or recreation +i cannot go out of house to do grocery shopping +measurement days since baseline exam at enrollment +days elapsed relative to measure_date on subject_demographics +most days or nights? +how old were you when you had your first attack? +sample id +racial category of participant +avascular necrosis/osteonecrosis_hip +avascular necrosis/osteonecrosis_shoulder +painful erections +splenectomy surgery +sample id +sample id +sample id +sample id +race of participant +bmi +sample id +sample id +race of participant +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +sample id +sample id +race of participant +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +sample id +sample id +race of participant +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +sample id +sample id +race of participant +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +sample id +sample id +race of participant +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +sample id +sample id +sample id +Participant age at enrollment or age at which data or biosamples were collected +Adjusted LDL (mg/dl) +Ldl (mg/dL) +LDL +LDL-cholesterol (mg/dL) (LABA69) +BL1LDL +LDL +UNADJUSTED CALCULATED LDL (mg/dl) +Adjusted LDL (mg/dl) +UNADJUSTED CALCULATED LDL (mg/dl) +Adjusted LDL (mg/dl) +CALCULATED LDL (mg/dl) +Adjusted LDL (mg/dl) +Ldl - original value +HDL (mg/dl) +Hdl (mg/dL) +HDL CHOLESTROL +HDL-cholesterol (mg/dL) (LABA68) +BL1HDL +HDL CHOLESTROL (mg/dl) +HDL CHOLESTROL (mg/dl) +HDL (mg/dl) +HDL (mg/dl) +HDL (mg/dl) +Hdl - original value +BL1NTRIG +BL1CHOL +CHOL44 ADJUSTED FOR DRIFT (mg/dl) +1st systolic bp +2nd systolic bp +Mean systolic - two readings +AVE ZERO MUD SYSTOL (mm Hg) +13: Systolic (first BP) +16: Systolic (second BP) +9a: Sphygmomanometer (SBP) +10a: Sphygmomanometer (SBP) +11a: Sphygmomanometer (SBP) +12a: Sphygmomanometer (SBP) +13a: Sphygmomanometer (SBP) +14a: Sphygmomanometer (mean accepted SBP) +RZ1 SBP +FIRST CORRECTED SBP (A02R1S - A02RZ1S) +RZ2 SBP +SECOND CORRECTED SBP (A02R2S - A02RZ2S) +RZ3 SBP +THIRD CORRECTED SBP (A02R3S - A02RZ3S) +RZ1 SBP. Q 12 +FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 +RZ2 SBP. Q 15 +SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 +RZ3 SBP. Q 18 +THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 +SECOND & THIRD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_D). Q 20 +RZ1 SBP. Q 12 +FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 +RZ2 SBP. Q 15 +SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 +RZ3 SBP. Q 18 +THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 +2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_D). Q 20 +RZ1 SBP. Q 12 +FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 +RZ2 SBP. Q 15 +SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 +RZ3 SBP. Q 18 +THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 +2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_D). Q 20 +RZ1 SBP. Q 12 +FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 +RZ2 SBP. Q 15 +SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 +RZ3 SBP. Q 18 +THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 +2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_S). Q 20 +RZ1 SBP. Q 12 +FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 +RZ2 SBP. Q 15 +SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 +RZ3 SBP. Q 18 +THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 +2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_S). Q 20 +Systolic BP +SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +AVE SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +AVE ZERO MUDDLER SYSTOLIC BP (mm Hg) +AVE ZERO MUDDLER SYSTOLIC BP (mm Hg) +SUPINE SBP +BP-SYSTOLIC - NURSE +SYSTOLIC-RESTING, SIT +Palpated Systolic BP +5: Doppler systolic BP (mm Hg) +7: First brachial Doppler BP (mm Hg) +12: Second brachial BP (mm Hg) +Mean Systolic BP +BP: 10 PM - Systolic 1 +BP: 10 PM - Systolic 2 +BP: 10 PM - Systolic 3 +BP: 7 AM - Systolic 1 +BP: 7 AM - Systolic 2 +BP: 7 AM - Systolic 3 +BP: 10 AM - Systolic 1 +BP: 10 AM - Systolic 2 +BP: 10 AM - Systolic 3 +BP: 10 PM Systolic +BP: 7 AM Systolic +BP: 10 AM Systolic +PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #4 +PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #3 +PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #2 +PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #1 +1st diastolic bp +2nd diastolic bp +Mean diastolic - two readings +AVE ZERO MUD DIASTOL-adj (mm Hg) +14: Diastolic (first BP) +17: Diastolic (second BP) +9b: Sphygmomanometer (DBP) +10b: Sphygmomanometer (DBP) +11b: Sphygmomanometer (DBP) +12b: Sphygmomanometer (DBP) +13b: Sphygmomanometer (DBP) +14b: Sphygmomanometer (mean accepted DBP) +DIASTOLIC-RESTING, SIT +BP-DIASTOLIC- NURSE +race of participant +age at baseline +baseline bmi +baseline bmiz +home exposure to smoke prior to trial enrollment +in utero smoke: mother smoked when pregnant with participant +baseline fev1 +baseline fvc +baseline total ige +baseline log10 ige +one or more skintest positive at baseline +race of participant +race of participant +home exposure to smoke prior to trial enrollment +in utero smoke. mother smoked when pregnant with participant. +one or more skintest positive at baseline +baseline bmiz +baseline fev1 +baseline fvc +baseline log10 ige +baseline bmi +baseline total ige +race of participant +bmi at follow-up +bmiz at follow-up +change in pre-fev1 between baseline and follow-up. calculation is 100*(follow-up prefev - baseline prefev)/baseline prefev +fev1 at follow-up +fvc at follow-up +post-fev1 at follow-up +post-fvc at follow-up +maximum fev1 (following 4, 6, or 8 puffs of albuterol) at follow-up +total ige at follow-up +log10 ige at follow-up +one or more skintest positive at follow-up +race of participant +baseline bmi (kg/m^2) +baseline bmiz +home exposure to smoke prior to trial enrollment +in utero smoke. mother smoked when pregnant with participant. +baseline fev1 +baseline fvc +baseline total ige (ng/ml) +baseline log10 ige +one or more skintest positive at baseline +race of participant +bmi at follow-up (kg/m^2) +bmiz at follow-up +change in pre-fev1 between baseline and follow-up. calculation is 100*(follow-up prefev - baseline prefev)/baseline prefev +fev1 at follow-up +fvc at follow-up +maximum fev1 (following 4, 6, or 8 puffs of albuterol) at follow-up +total ige (ng/ml) at follow-up +log10 ige at follow-up +one or more skintest positive at follow-up +deidentified sample id +deidentified mother id +deidentified father id +sample id +sample use +go sub-study (lunggo) +study cohort (sarp) +race of participant +age of participant at baseline +current smoker at baseline +de-identified sample id +subjid +sample id +sample use +race of participant +lone af or not +sample id +age at enrollment (censored at 85 yrs of age) +sex of participant +de-identified sample id +age at enrollment (censored at 85 yrs of age) +sex of participant +de-identified sample id +'coriell' for hapmap samples, blank otherwise +sample id +study id +sample use +id for dbgap +age +7-level re-classification of hispanic/latino background +bmi (kg/m2) +cigarette pack years +cigarette use (1-never,2=former,3=current) +qtc calculated (ecga12) +major7b; complete (third degree) a-v block (ecga273) +major9; pacemaker (ecga277) +adjusted years smoked +fev1_fvc (%) +% blasts (laba19) +% hematocrit (laba4) +differential parameter (dtyp) comments (laba98) +antianginals +antiarrhythmics +antihypertensives +antiplatelets +chemotherapy +contraceptives +lhrh/gnrh only +metformins +oral/inhalantable glucocorticorsteroids +pulmonary medication +currently pregnant (mhea33) +where mother born (piea11) +where maternal grandmother born (piea12) +where maternal grandfather born (piea13) +where father born (piea14) +where paternal grandmother born (piea15) +where paternal grandfather born (piea16) +bachelor's (piea21d) +master's (piea21e) +professional (piea21f) +doctorate (piea21g) +country/territory born (piea4) +fvc (ml) (prba25) +fev1 (ml) (prba29) +primary sampling unit id +apnea/hypopnea index (3% desat) (slpa54) +mean spo2 (slpa92) +valid spirometry studies (pre) +years lived in us +hip girth (cm) (anta10b) +born in mainland us (50 states + dc) +hdl-cholesterol (mg/dl) (laba68) +ldl-cholesterol (mg/dl) (laba69) +2-level immigrant generation +airflow limitation (pre fev1/fvc<70 only) +low hdl or fibares nicoacid med use +ferritin (ug/l) (laba103) +wheezing/whistling in past 12 months (rsea13) +wake up from cough/short breath (rsea18) +fat (%) (anta5) +day last ate/drank anything (bioa7) +de-identified sample id +de-identified sample id +sample id +de-identified sample id +sample id +sex of participant +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +de-identified sample id +sample id +sample use +de-identified sample id +race of participant +pregnant +sample id +sample use +de-identified sample id +sample id +de-identified sample id +sample id +sex of participant +age at baseline study +de-identified sample id +sex +twin id +individual has unidentified second degree relationship with at least one other pedigree that is not represented in pedigree information given. +sample id +de-identified sample id +father id +mother id +sex +unannotated_deg2 +sample id +de-identified sample id +sample id +de-identified sample id +topmed_phase +sex +sample id +race of participant +bmi +sample id +sample id +de-identified sample id +sample id +sample id +age at enrollment +age at af diagnosis +race of participant +lvef by echo (closet to enrollment) +data sharing consent +sex +sample_id +sample use +age at recruitment +de-identified sample id +sample id +de-identified sample id +age at af diagnosis +race of participant +ecg - pr interval +ecg - qrs interval +ecg - qt interval +sample id +de-identified sample id +age at enrollment +age at af diagnosis +race of participant +lvef by echo (closest to enrollment) +sex +sample id +de-identified sample id +age at enrollment +age at af diagnosis +race of participant +apo a1 +apo b +crp(denka) +hba1c +lp(a) +exercise +principal component 1 +principal component 2 +principal component 3 +principal component 4 +principal component 5 +principal component 6 +principal component 7 +principal component 8 +principal component 9 +principal component 10 +sample id +sample id +sex +sample id +sex of participant +phadiatop measurements in pau/l +steroid/prednisone pills (current use according to health questionnaire) +relief from steroid/prednisone pills +cromolyn inhalers (current use according to health questionnaire) +relief from cromolyn inhalers +fev1/fvc (pre-bronchodilator) +answer to "are you smoking now?" +answer to "at what age did you stop smoking?" +answer to "did your mother smoke when you were a baby?" +answer to "did your father smoke when you were a baby?" +de-identified sample id +sample id +age at enrollment +age at af diagnosis +race of participant +de-identified sample id +sex +de-identified sample id +md5sum of file +de-identified sample id +sample id +final interpretation +age at form completion +pacemaker +pacemaker indication +pacemaker other +pacemaker age +implantable cardioverter defibrillator indication +abnormality +cnv identified +catheterization +age reported +specify +age reported +race +race wht +race blk +race asn +race haw +race oth +country +age +education +education uk +education other +race +race wht +race blk +race asn +race haw +race oth +country +consanguinity +age at form completion +latest exam age +other ear abnormality +tracheal web +other pulmonary abnormality +other hepatic abnormality +hirschsprung's +ureteral abnormalities +other vertebral abnormality +dandy walker +other dermatological abnormality +endocrinologic abnormalities +other hematologic abnormality +alagille +cardiofacial cutaneous +charge +ehlers danlos +ellis van creveld +goldenhar +holt oram +jacobsen +kabuki +marfan +noonan +turner +vater +vacterl +williams +immunologic abnormalities +diagnosis +race +race wht +race blk +race asn +race haw +race oth +country +age +education +education uk +education other +num chrom +sex chrom +sex +sample id +race of participant +age +annual fev1 change between pfts +annual fvc change between pfts +certainty of diagnosis +non-thoracic_involvement +eye involvement +neuro involvement +sample id +de-identified sample id +de-identified sample id +sex +sample id +study identified sex +de-identified sample id +sex +sample id +age at baseline exam +race of participant +de-identified sample id +sex +twin id for monozygotic twins +sample id +de-identified sample id +age +race of participant +current smoking +cigarettes per day +days per week smoke +years since stopped smoking cigarettes +hematocrit +platecrit +prp: reversible aggregation for adp 2 um +prp: reversible aggregation for adp 10 um +interleukin 6 +sample id +de-identified sample id +sample id +sample use +age in years +sex +race +episodes cough/phlegm 3 plus weeks per year +years with more or equal to 1 cough/phlegm episode per year +how many years wheezing/whistling +degree of gas/chem. fumes exposure +now smoke cigarettes (as of 1 month ago) +age stopped smoking cigarettes +smoked any cigarettes in past 24 hours +was mother a cigarette smoker +was father a cigarette smoker +age stopped smoking pipe regularly +do/did you inhale pipe smoke +age stopped smoking cigars +age stopped smoking cigarillos +cigarillos smoked per week overall +cigarillos smoked per week now +do/did you inhale cigarillos smoke +anyone else smoke regularly in home +anyone else smoke regularly in childhood home +last year of school completed +assessor +age in years +sex +race +baseline impedance in ohms +change in impedance in ohms +age in years +sex +race +numeric result +original result unit +baseline value (within binam) +change from baseline (within binam) +log result +log baseline (within binam) +change from baseline log values (w/i binam) +result (bql included) +baseline value (bql included)(w/i binam) +change from baseline (bql included)(w/i binam) +log result (bql included) +log baseline (bql included)(w/i binam) +change from baseline log (bql incl)(w/i binam) +baseline value (across binam) +change from baseline (across binam) +log baseline (across binam) +change from baseline log values (across binam) +baseline value (bql incl)(across binam) +change from baseline (bql incl)(across binam) +log baseline (bql incl)(across binam) +change baseline log (bql incl)(across binam) +age in years +sex +race +original result +original numeric result +original result unit +baseline value +change from baseline +log result +log baseline +change from baseline log values +result (bql included) +baseline value (bql included) +change from baseline (bql included) +log result (bql included) +log baseline (bql included) +log change (bql included) +lower limit of detection +age in years +sex +race +bode index +current cv tx: beta-blocker +current cv tx: glitazone +post-dose fev1 +fev1 reversibility +post-dose fev6 +pre-dose fev1/fvc +post-dose fvc +inspiratory capacity +post-dose ic +impedance (ohms) +mean of r25 and r35 +prognostic index +specific conductance +borg sob assessment - pre +age in years +sex +race +sex +revised who category +nutritionally depleted-steiner +schols category +nutritionally depleted-wouters +who category +age in years +sex +race +age in years +sex +race +assessor +age in years +sex +race +hoff, percentile +age in years +sex +race +age in years +sex +race +felt i was as good as other people +i felt depressed +everything i did was an effort +i felt fearful +i was happy +i talked less than usual +i felt lonely +people were unfriendly +i had crying spells +i felt sad +i felt that people dislike me +evaluation interval +assessor +depressive symptoms category +age in years +sex +race +bode index +current cv tx: beta-blocker +current cv tx: glitazone +post-dose fev1 +fev1 reversibility +post-dose fev6 +pre-dose fev1/fvc +post-dose fvc +inspiratory capacity +post-dose ic +impedance (ohms) +mean of r25 and r35 +prognostic index +specific conductance +borg sob assessment - pre +borg sob assessment code - pre +impedance at freq. of 5hz (kpa/l/sec) +age in years +sex +race +age in years +sex +race +age in years +sex +race +year category +days of observation +age in years +sex +race +i feel listless +evaluation interval +assessor +age in years +sex +race +biological relative +age in years +sex +race +intercept +age in years +sex +race +bode index +fev1 post-bronchodilator (l) +prognostic index +baseline bode index +change in bode index +baseline prognostic index +change in prognostic index +age in years +sex +race +original numeric result +original unit +flag +original numeric result - baseline +original numeric result - change from baseline +age in years +sex +race +age in years +sex +race +modified ats questions +evaluation interval +assessor +age in years +sex +race +ph result +age in years +sex +race +btr grade +mean of r25 and r35 +baseline mean of r25 and r35 +change in mean of r25 and r35 +age in years +race +sex +otsptm4 (cytospin) saved? +age in years +sex +race +post-dose fev1 (l) +percent reversibility fev1 (%) +post-dose fev6 (l) +inspiratory capacity (l) +post-dose ic (l) +post-dose fvc (l) +pre-dose fev/fvc (%) +post-dose fev/fvc (%) +pre-dose fef 25-75% (l) +post-dose fef 25-75% (l) +btr grade +btr post-dose grade +baseline post-dose fef 25-75% (l) +change in post-dose fef 25-75% (l) +baseline pre-dose fef 25-75% (l) +change in pre-dose fef 25-75% (l) +baseline fev1 (l) +change in fev1 (l) +baseline post-dose fev1 (l) +change in post-dose fev1 (l) +baseline fev6 (l) +change in fev6 (l) +baseline post-dose fev6 (l) +change in post-dose fev6 (l) +baseline pre-dose fev/fvc (%) +change in pre-dose fev/fvc (%) +baseline post-dose fvc (l) +change in post-dose fvc (l) +baseline post-dose fev/fvc (%) +change in post-dose fev/fvc (%) +baseline inspiratory capacity (l) +change in inspiratory capacity (l) +baseline post-dose ic (l) +change in post-dose ic (l) +baseline post-dose svc (l) +change in post-dose svc (l) +age in years +sex +race +specific conductance (1/raw) +inspiratory capacity (l) +baseline inspiratory capacity (l) +change in inspiratory capacity (l) +baseline specific conductance (1/raw) +change in specific conductance (1/raw) +age in years +sex +race +actual study day +evaluation interval +age in years +sex +race +age in years +sex +race +pre-test saturation by pulse oximetry +post-test saturation by pulse oximetry +age in years +sex +race +likelihood of success +age in years +age in years +sex +race +age in years +sex +race +any concomitant medications taken? +any asthma/copd exacerbations 12 months? +any asthma/copd exacerbations? +respiratory medications in past 6 hours? +age in years +sex +race +result (bql included) +result (bql included) unit +5th percentile +95th percentile +exceed 95th percentile? +age in years +sex +race +pi 10 +baseline pi 10 +change in pi 10 +age in years +sex +race +fracvol (-950hu) +baseline fracvol (-950hu) +change in fracvol (-950hu) +lowest 15 percentile +baseline lowest 15 percentile +change in lowest 15 percentile +age in years +sex +race +age in years +sex +race +bmi < 21? +de-identified sample id +sex +sample id +lab id +sex +hypergen racial category +hip girth +1st sitting systolic +1st sitting diastolic +1st sitting pulse +2nd sitting systolic +2nd sitting diastolic +2nd 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participant id +nwdid collaborator sample id +collaborator sample id +sample id +age at enrollment +age at af diagnosis +race of participant +lvef by echo (closest to enrollment) +sample id +sample id +age at enrollment +age at af diagnosis +race of participant +lvef by echo (closest to enrollment) +sample id +sample id +age at enrollment into sarp +your racial/ethnic background: demographic +nih ethnic category: demographic +any ics use +other cs use: oral or injected +take high-dose ics: screening questionnaire +baseline predrug fev1/fvc +maximum fev1 reversal: spirometry + maxbd +sample id +sample id +medical institution +race of participant +sample id +sample id +self-reported race=white or european american +self-reported race=black or african american +self-reported race=native american +self-reported race=asian or asian american +self-reported race=native alaskan +self-reported race=pacific islander/native hawaiian +self-reported race=indian subcontinent or pakistani +sample id 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any cigerettes in last month? +sample id +sample id +race of participant +does participant smoke any cigerettes in last month? +sample id +sample id +sex of participant +case or control +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +sample id +sample id +race of participant +sample id +sample id +sample id +sample id +sex +age +sample id +sample id +sample id +sample id +sample id +sample id +race category of participant +sample id +sample id +sample id +analyte from sample +scanner manufacturer +ct reconstruction kernel +ct not acceptable reason +ct not acceptable specify +other/comments +radiologist diagnosis a primary +specify: icd-9 +specify: icd-9 +specify: icd-9 +specify: icd-9 +age at baseline +race +asian +american indian or alaskan native +native hawaiian or other pacific islander +primary ltrc clinical diagnosis #1 +primary ltrc clinical diagnosis #1 - icd9 code +primary ltrc clinical diagnosis #2 +primary ltrc clinical diagnosis #2 - icd9 code +ltrc clinical diagnosis days since baseline exam at enrollment +cbc not done +wbc result +wbc not done +hgb result +hgb not done +hct result +hct not done +plateles result +chemistry not done +alpha-1 antitrypsin result +alpha-1 antitrypsin not done +lab measurement days since baseline exam at enrollment +cbc collected days since baseline exam at enrollment +differential days since baseline exam at enrollment +chemistry collected days since baseline exam at enrollment +measurement days since baseline exam at enrollment +interferon in past 30 days +amiodarone years since stopped +amiodarone months since stopped +nitrofurantoin years since stopped +nitrofurantoin months since stopped +chemotherapy years since stopped +chemo stop months since stopped +other medications in past 30 days +other, past 30 days specify +ketaconazole in past 30 days +measurement days since baseline exam at enrollment +scanner manufacturer +ct reconstruction kernel +exposure +kv +ma +former cigarette smoker +current cigarette smoker +years smoked cigarettes +cigarette pack/years +measurement days since baseline exam at enrollment +measurement days since baseline exam at enrollment +best fev1 +5 min completed +3 min completed +maximum completed +5 min f1o2 +5 min equip deadspace +5 min spo2 +3 min spo2 +maximum spo2 +5 min ve +3 min ve +maximum ve +5 min vt +3 min vt +maximum vt +5 min vo2 +3 min vo2 +maximum vo2 +5 min vco2 +3 min vco2 +maximum vco2 +5 min respiratory +3 min respiratory +maximum respiratory +5 min sys bp +3 min sys bp +maximum sys bp +5 min di bp +3 min di bp +maximum di bp +5 min borg +3 min borg +maximum borg +maximum load +5 min pao2 +3 min pao2 +maximum pao2 +5 min paco2 +3 min paco2 +maximum paco2 +5 min ph +3 min ph +maximum ph +5 min feco2 +3 min feco2 +maximum feco2 +cadence dropped below 40 +other +specify +other +specify +measurement days since baseline exam at enrollment +measurement days since baseline exam at enrollment +measurement days since baseline exam at enrollment +measurement days since baseline exam at enrollment +measurement days since baseline exam at enrollment +aircraft/aero job +aircraft/aero years +aircraft/aero months +aircraft/aero u/k +auto/truck repair job +auto/truck repair years +auto/truck repair months +auto/truck repare u/k +auto manufacturing job +auto manufacturing years +auto manufacturing months +auto manufacturing u/k +carpentry/woodwork job +carpentry/woodwork years +carpentry/woodwork months +carpentry/woodwork u/k +electrical/electronic job +electrical/electronic yrs +electrical/electronic mon +electrical/electronic u/k +wage laborer job +wage laborer years +wage laborer months +wage laborer u/k +sawmill job +sawmill years +sawmill months +sawmill u/k +pulpmill job +pulpmill years +pulpmill months +pulpmill u/k +hairdress/cosmetic job +hairdress/cosmetic years +hairdress/cosmetic months +hairdress/cosmetic u/k +mining job +mining years +mining months +mining u/k +dental job +dental years +dental months +dental u/k +plastic manufacture job +plastic manufacture years +plastic manufacture month +plastic manufacture u/k +resins polyurethane job +resins polyurethane years +resin polyurethane month +resins polyurethane u/k +pottery/ceramic job +pottery/ceramic years +potter/ceramic months +pottery/ceramic u/k +quarry job +quarry years +quarry months +quarry u/k +sandblasting job +sandblasting years +sandblasting months +sandblasting u/k +stone cut/polish job +stone cut/polish years +stone cut/polish job month +stone cut/polish u/k +veterinarian job +veterinarian years +veterinarian months +veterinarian u/k +welding job +welding years +welding months +welding u/k +rubber factory job +rubber factory years +rubber factory months +rubber factory u/k +pet store job +pet store years +pet store months +pet store u/k +measurement days since baseline exam at enrollment +in general, would you say your health is +measurement days since baseline exam at enrollment +not done +not done +units +o2 saturation at termination +not done +not done +specify +measurement days since baseline exam at enrollment +i become exhausted easily +i panic or get afraid when i cannot catch my breath +i feel that i am not in control of my lung/respiratory problem +i do not expect my lung/respiratory problem to get any better +exercise is not safe for me +everything seems too much of an effort +lung/respiratory medication +my lung/respiratory medication does not help me very much +i get embarrassed using my lung/respiratory medication in public +i cannot go out for entertainment or recreation +i cannot go out of house to do grocery shopping +measurement days since baseline exam at enrollment +days elapsed relative to measure_date on subject_demographics +most days or nights? +how old were you when you had your first attack? +sample id +racial category of participant +avascular necrosis/osteonecrosis_hip +avascular necrosis/osteonecrosis_shoulder +painful erections +splenectomy surgery +sample id +sample id +sample id +sample id +race of participant +bmi +sample id +sample id +race of participant +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +sample id +sample id +race of participant +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +sample id +sample id +race of participant +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +sample id +sample id +race of participant +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +sample id +sample id +race of participant +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +sample id +sample id +sample id +Participant age at enrollment or age at which data or biosamples were collected +Adjusted LDL (mg/dl) +Ldl (mg/dL) +LDL +LDL-cholesterol (mg/dL) (LABA69) +BL1LDL +LDL +UNADJUSTED CALCULATED LDL (mg/dl) +Adjusted LDL (mg/dl) +UNADJUSTED CALCULATED LDL (mg/dl) +Adjusted LDL (mg/dl) +CALCULATED LDL (mg/dl) +Adjusted LDL (mg/dl) +Ldl - original value +HDL (mg/dl) +Hdl (mg/dL) +HDL CHOLESTROL +HDL-cholesterol (mg/dL) (LABA68) +BL1HDL +HDL CHOLESTROL (mg/dl) +HDL CHOLESTROL (mg/dl) +HDL (mg/dl) +HDL (mg/dl) +HDL (mg/dl) +Hdl - original value +BL1NTRIG +BL1CHOL +CHOL44 ADJUSTED FOR DRIFT (mg/dl) +1st systolic bp +2nd systolic bp +Mean systolic - two readings +AVE ZERO MUD SYSTOL (mm Hg) +13: Systolic (first BP) +16: Systolic (second BP) +9a: Sphygmomanometer (SBP) +10a: Sphygmomanometer (SBP) +11a: Sphygmomanometer (SBP) +12a: Sphygmomanometer (SBP) +13a: Sphygmomanometer (SBP) +14a: Sphygmomanometer (mean accepted SBP) +RZ1 SBP +FIRST CORRECTED SBP (A02R1S - A02RZ1S) +RZ2 SBP +SECOND CORRECTED SBP (A02R2S - A02RZ2S) +RZ3 SBP +THIRD CORRECTED SBP (A02R3S - A02RZ3S) +RZ1 SBP. Q 12 +FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 +RZ2 SBP. Q 15 +SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 +RZ3 SBP. Q 18 +THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 +SECOND & THIRD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_D). Q 20 +RZ1 SBP. Q 12 +FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 +RZ2 SBP. Q 15 +SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 +RZ3 SBP. Q 18 +THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 +2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_D). Q 20 +RZ1 SBP. Q 12 +FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 +RZ2 SBP. Q 15 +SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 +RZ3 SBP. Q 18 +THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 +2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_D). Q 20 +RZ1 SBP. Q 12 +FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 +RZ2 SBP. Q 15 +SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 +RZ3 SBP. Q 18 +THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 +2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_S). Q 20 +RZ1 SBP. Q 12 +FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 +RZ2 SBP. Q 15 +SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 +RZ3 SBP. Q 18 +THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 +2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_S). Q 20 +Systolic BP +SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +AVE SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +AVE ZERO MUDDLER SYSTOLIC BP (mm Hg) +AVE ZERO MUDDLER SYSTOLIC BP (mm Hg) +SUPINE SBP +BP-SYSTOLIC - NURSE +SYSTOLIC-RESTING, SIT +Palpated Systolic BP +5: Doppler systolic BP (mm Hg) +7: First brachial Doppler BP (mm Hg) +12: Second brachial BP (mm Hg) +Mean Systolic BP +BP: 10 PM - Systolic 1 +BP: 10 PM - Systolic 2 +BP: 10 PM - Systolic 3 +BP: 7 AM - Systolic 1 +BP: 7 AM - Systolic 2 +BP: 7 AM - Systolic 3 +BP: 10 AM - Systolic 1 +BP: 10 AM - Systolic 2 +BP: 10 AM - Systolic 3 +BP: 10 PM Systolic +BP: 7 AM Systolic +BP: 10 AM Systolic +PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #4 +PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #3 +PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #2 +PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #1 +1st diastolic bp +2nd diastolic bp +Mean diastolic - two readings +AVE ZERO MUD DIASTOL-adj (mm Hg) +14: Diastolic (first BP) +17: Diastolic (second BP) +9b: Sphygmomanometer (DBP) +10b: Sphygmomanometer (DBP) +11b: Sphygmomanometer (DBP) +12b: Sphygmomanometer (DBP) +13b: Sphygmomanometer (DBP) +14b: Sphygmomanometer (mean accepted DBP) +DIASTOLIC-RESTING, SIT +BP-DIASTOLIC- NURSE +SUPINE DBP +RZ1 DBP +FIRST CORRECTED DBP (A02R1D - A02RZ1D) +RZ2 DBP +SECOND CORRECTED DBP (A02R2D - A02RZ2D) +RZ3 DBP +THIRD CORRECTED DBP (A02R3D - A02RZ3D) +MEAN OF 2ND AND 3RD DBPS +RZ1 DBP. Q 12 +FIRST CORRECTED DBP (R1_D - RZ1_D). Q 13 +RZ2 DBP. Q 15 +SECOND CORRECTED DBP (R2_D - RZ2_D). Q 16 +RZ3 DBP. Q 18 +THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 +SECOND & THIRD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 +RZ1 DBP. Q 12 +FIRST CORRECTED DBP (R1_D - RZ1_D). Q 13 +RZ2 DBP. Q 15 +SECOND CORRECTED DBP (R2_D - RZ2_D). Q 16 +RZ3 DBP. Q 18 +THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 +2ND AND 3RD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 +RZ1 DBP. Q 12 +RZ2 DBP. Q 15 +RZ3 DBP. Q 18 +2ND AND 3RD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 +RZ1 DBP. Q 12 +FIRST CORRECTED DBP (R1_D - RZ1_D). Q 13 +RZ2 DBP. Q 15 +SECOND CORRECTED DBP (R2_D - RZ2_D). Q 16 +RZ3 DBP. Q 18 +THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 +2ND AND 3RD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 +RZ1 DBP. Q 12 +FIRST CORRECTED DBP (R1_D - RZ1_D). Q 13 +RZ2 DBP. Q15 +SECOND CORRECTED DBP (R2_D - RZ2_D). Q 16 +RZ3 DBP. Q 18 +THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 +2ND AND 3RD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 +DIASTOLIC BP (mm Hg) +DIASTOLIC BP (mm Hg) +DIASTOLIC BP (mm Hg) +AVE DIASTOLIC BP (mm Hg) +DIASTOLIC BP (mm Hg) +DIASTOLIC BP (mm Hg) +DIASTOLIC BP (mm Hg) +DIASTOLIC BP (mm Hg) +AVE ZERO MEDDLER DIASTOLIC BP (mm Hg) +AVE ZERO MUDDLER DIASTOLIC BP (mm Hg) +Diastolic BP +DIASTOLIC-RESTING, SIT +Mean Diastolic BP +BP: 10 PM - Diastolic 1 +BP: 10 PM - Diastolic 2 +BP: 10 PM - Diastolic 3 +BP: 7 AM - Diastolic 1 +BP: 7 AM - Diastolic 2 +BP: 7 AM - Diastolic 3 +BP: 10 AM - Diastolic 1 +BP: 10 AM - Diastolic 2 +BP: 10 AM - Diastolic 3 +BP: 10 PM Diastolic +BP: 7 AM Diastolic +BP: 10 AM Diastolic +PRE-INSTRUCTION BASELINE DBP #4 +PRE-INSTRUCTION BASELINE DBP #3 +PRE-INSTRUCTION BASELINE DBP #2 +PRE-INSTRUCTION BASELINE DBP #1 +THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 +PT'S HGT, CM. Q 1 +HT, IN INCHES +PT'S WGT, LBS. Q 2 +MEAN( B20WST1, B20WST2 ) +MEAN (D20WST1, D20WST2) (CM) +MEAN (E20WST1, E20WST2) (CM) +HIP GIRTH +HIP GIRTH (INCHES WITH 2 DECIMALS) +HIP GIRTH (INCHES WITH 2 DECIMALS) +HIP GIRTH (INCHES, TO NEXT LOWER 1/4 INCH) +HIP GIRTH (INCHES, TO NEXT LOWER 1/4 INCH) +HIP GIRTH (INCHES WITH 2 DECIMALS) +HIP GIRTH (INCHES, TO NEXT LOWER 1/4 INCH) +HIP GIRTH (INCHES, TO NEXT LOWER 1/4 INCH) +REGIONAL ANTHROPOMETRY - HIP GIRTH (INCHES) (TO NEXT LOWER 1/4 INCH) +Hip measurement in centimeters +Anthropometry: Hip girth +Hip girth, Exam 2 +Hip girth, Exam 4 +Hip girth, Exam 5 +Hip girth, Exam 6 +Hip girth, Exam 7 +Hip girth, Exam 9 +[Body size]. Hip girth (nearest cm). Q4b [Anthropometry Form, ANTAB, exam 2] +MEAS. 1: HIP GIRTH, CM. Q 4 +MEAS. 2: HIP GIRTH, CM. Q 4 +MEAN HIP GIRTH, CM +MEAN( B20HIPS1, B20HIPS2 ) +HIP GIRTH (CM), Q 4c +HIP GIRTH 1 (CM). Q 4b +HIP GIRTH 2 (CM). Q 4b +MEAN (D20HIPS1, D20HIPS2) (CM) +HIP GIRTH 1 (CM). Q 4b +HIP GIRTH 2 (CM). Q 4b +MEAN (E20HIPS1, E20HIPS2) (CM) +HIP (cm) +Hip measurement in centimeters +Hip girth (cm) (ANTA10B) +Age for INISC07 +Age for INHEM07 +Age for INCHM07 +Year of SDX completion [Stroke Final Diagnosis Form, SDX] +Stroke(self-reported) +AGE FIRST DIAGNOSED WITH STROKE/TIA. Q 19 +AGE DIAGNOSED-STROKE/TIA. Q 21 +AGE DIAGNOSED-STROKE/TIA. Q 22 +STK MODIFIED BL STAT +CDI - Stroke/TIA +Age for INDPP07 +Age for INDP07 +Age +Days since exam 1 [Cohort, Exam 2] +Days since exam 1 [Cohort, Exam 3] +Days since exam 1 [Cohort, Exam 4] +EXAM 1 AGE, TELEPHONE INTERVIEW +AGE VERIFY +AGE +AGE +AGE AT EXAM 2 +AGE AT EXAM3 +AGE AT EXAM 4 +AGE +AGE AT EXAM 5 +AGE AT SPIROMETRY +AGE +AGE +AGE AT EXAM 5 +AGE AT EXAM 5 MRI +AGE AT STRESS EXAM +AGE AT SPIROMETRY +AGE AT SPIROMETRY +Q3) HOW OLD ARE YOU? +Age = StdyDtqa - DOB +Age(yrs) at home induction interview +Participant's age of eligibility at H +CALCULATED AGE AT EXAM 1 +Age at DNA draw +AGE AT EXAM 1 (VERIFIED AT EXAM 2) +C12AGE +CALCULATED AGE AT EXAM 1 +CALCULATED AGE AT EXAM 3 +HIP: AGE AT EXAM +Age at baseline study +CALCULATED AGE AT EXAM 4 +CALCULATED AGE AT EXAM 1 +AGE +AGE +AGE - SPIROMETER +AGE - FORM 53 +CALCULATED AGE AT EXAM 5 +CALCULATED AGE AT EXAM 1 +CALCULATED AGE AT EXAM 6 +CALCULATED AGE AT EXAM 1 +Age of participant +Age at enrollment +Age at screening +Age when completed Form 43 +Days from rand to last mammogram +Days from rand to last pap smear +Days from randomization to pelvic exam +Days from randomization to ultrasound +Days from randomization to CBE +CBC Days since randomization/enrollment +Baseline ECG days since randomization +Follow-up ECG days since randomization +F143 Days since enrollment +F144 Days since enrollment +F145 Days since enrollment +F146 Days since enrollment +F147 Days since enrollment +F148 Days since enrollment +F149 Days since enrollment +F20 Days since randomization/enrollment +F2 Days since randomization +F30 Days since randomization/enrollment +F31 Days since randomization/enrollment +F32 Days since randomization/enrollment +F34 Days since randomization/enrollment +F35 Days since randomization +F37 Days since randomization/enrollment +F38 Days since randomization/enrollment +F39 Days since randomization/enrollment +F40 Days since randomization/enrollment +F41 Days since randomization/enrollment +F42 Days since enrollment +F43 Days since randomization/enrollment +F48 Days since enrollment +F80 Days since randomization/enrollment +F81 Days since randomization +F82 Days since randomization +F83 Days since randomization +F84 Days since randomization +F90 Days since randomization +F92 Days since randomization +Days since CT randomization to CaD randomization +F134 Days since randomization or enrollment +F60 Days since randomization/enrollment +ECG Days since randomization +F85 Days from randomization +Days from randomization to mammogram +F60 Days since randomization/enrollment +F150 Days since randomization +F153 Days since randomization or enrollment +F153 Days since randomization or enrollment +Days since randomization or enrollment +F44 Days since randomization/enrollment +Days enrollment to last WHI Form 33/33D +Days enrollment to last WHI form 33/33D +F151 Days since randomization or enrollment +F33 Days since randomization/enrollment +F45 Days since randomization/enrollment +Days enrollment to end of followup +Days enrollment to last form 33/33D +Days enrollment to last form 33/33D +Draw Days since randomization/enrollment +F155 Days since randomization or enrollment +F156 Days since randomization or enrollment +F157 Days since randomization or enrollment +F301 Days since randomization or enrollment +Exam days since randomization +F60 Days since randomization/enrollment +Days enrollment to end of followup +F135 Days from enrollment to Form 135 completion +Age = StdyDtqa - DOB +Age (age = formdate - DOB) +Age at Exam 1 +Age at Exam 10 +Age at Exam 11 +Age at Exam 12 +Age at Exam 13 +Age at Exam 14 +Age at Exam 15 +Age at Exam 16 +Age at Exam 17 +Age at Exam 18 +Age at Exam 19 +Age at NP battery (years) +Age at Exam 1 +Age at Exam 1 +Age at Exam 2 +Age at Exam 21 +Age at Exam 22 +Age at Exam 23 +Age at Exam 24 +Age at Exam 25 +Age at Exam 26 +Age at Exam 27 +Age at Exam 28 +Age at Exam 29 +Age at Exam 20 +Age at Exam 2 +Age at Exam 2 +Age at Exam 3 +Age at Exam 4 +Age at Exam 5 +Age at Exam 6 +Age at Exam 7 +Age at Exam 8 +Age at Exam 9 +Age at Exam 30 +Age at Exam 31 +Age at Exam 32 +Age at Exam 3 +Age at Exam 4 +Age at Exam 5 +Age at Exam 6 +Age at Exam 7 +Age at Exam 8 +Age at Exam 9 +AGE AT X-RAY +SELF-REPORTED AGE AT BASELINE +CALCULATED AGE AT BASELINE +CALCULATED AGE AT BASELINE +AGE AT YEAR 11 +SELF-REPORTED AGE AT BASELINE +Sex (from FTRA22) [Cohort, Exam 2] +Sex (uncorrected from FTRA22) [Cohort, Exam 1] +Sex (From FTRA22) [Cohort, Exam 4] +EXAM 1 SEX, TELEPHONE INTERVIEW +SEX (VERIFIED AT EXAM 2) +SEX (VERIFIED AT EXAM 2) +SEX (VERIFIED AT EXAM 2) +SEX (VERIFIED AT EXAM 2) +PATIENT DATA: SEX +SEX (VERIFIED AT EXAM 2) +SEX - FORM 53 +SEX (VERIFIED AT PPTS LAST EXAM) +SEX (VERIFIED AT PPTS LAST EXAM) +SEX OF PARTICIPANT +Participant sex +Sex of participant +Sex of participant +C12SEX +Sex of participant +SEX - SPIROMETER +Sex +Race (from FTRA23) [Cohort, Exam 2] +Race (from FTRA23) [Cohort, Exam 1] +Race (from FTRA23) [Cohort, Exam 4] +Race +EXAM 1 RACE, TELEPHONE INTERVIEW +RACE VERIFY +RACE (VERIFIED AY EXAM 2) +RACE (VERIFIED AT EXAM 2) +RACE CODE +RACE (VERIFIED AY EXAM 2) +RACE (VERIFIED AY EXAM 2) +RACE (VERIFIED AT PPTS LAST EXAM) +RACE (VERIFIED AT PPTS LAST EXAM) +RACE +RACE +RACE +RACE +SPANISH/HISPANIC/LATINO +OTHER HISPANIC +OTHER HISPANIC +OTHER HISPANIC +MEXICAN, CHICANO, MEXICAN-AMERICAN +MEXICAN, CHICANO, MEXICAN-AMERICAN +MEXICAN, CHICANO, MEXICAN-AMERICAN +DOMINICAN +DOMINICAN +DOMINICAN +PUERTO RICAN +PUERTO RICAN +PUERTO RICAN +CUBAN +CUBAN +CUBAN +RACE +RACE +RACE +RACE +HISPANIC ORIGIN +HISPANIC ORIGIN +SPECIFY OTHER RACE +SPECIFY OTHER RACE +Race +Sociodemographic questions-Self administered: Which of following best describes your race (check ALL that apply): Asian +Sociodemographic questions-Self administered: Which of following best describes your race (check ALL that apply): Native Hawaiian or other Pacific Islander +Sociodemographic questions-Self administered: Which of following best describes your race (check ALL that apply): American Indian or Alaska native +WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU - RACE ASIAN +WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU - RACE NATIVE HAWAIIAN OR OTHER PACIFIC ISLANDER +WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU - RACE AMERICAN INDIAN OR ALASKA NATIVE +WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): SPANISH/HISPANIC/LATINO +WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): ASIAN +WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): NATIVE HAWAIIAN OR OTHER PACIFIC ISLANDER +WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): AMERICAN INDIAN OR ALASKA NATIVE +WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): OTHER +Which of following best describe you? (check all that apply): Spanish/Hispanic/Latino +Which of following best describe you? (check all that apply): Asian +Which of following best describe you? (check all that apply): Native Hawaiian or other Pacific Islander +Which of following best describe you? (check all that apply): American Indian or Alaska native +Which of following best describe you? (check all that apply): Other +Are you Spanish/Hispanic/Latino +American Indian or Alaskan Native +Asian Indian +Chinese +Filipino +Japanese +Korean +Vietnamese +Other Asian +Native Hawaiian +Guamanian or Chamorro +Samoan +Other Pacific Islander +Some other race +Race - Native American (0=no,1=yes) +Race - Asian (0=no,1=yes) +Race - Hawaiian or Pacific Islander (0=no,1=yes) +Race - Caucasian (0=no,1=yes) +7-level re-classification of Hispanic/Latino background +PATIENT DATA: ETHNIC +Race of participant +Race +Hispanic or Latino +Race - american indian/alaska native +Race - asian +Race - other +Race - native hawaiian or other pacific islander +MAXINT FROM BASELINE REREADS (mm) +ORIGINAL BASELINE MAXCOM +ORIGINAL BASELINE MAXINT +BL REREAD MAXCOM +BL REREAD MAXINT +YEAR 5 MAXCOM +YEAR 5 MAXINT +LT ICA MEAN CIMT (mm) AVG +LT ICA MEAN CIMT (mm) V1 +LT ICA MEAN CIMT (mm) V2 +LT ICA MEAN CIMT (mm) V3 +LT ICA MAX CIMT (mm) AVG +LT ICA MAX CIMT (mm) V1 +LT ICA MAX CIMT (mm) V2 +LT ICA MAX CIMT (mm) V3 +RT ICA MEAN CIMT (mm) AVG +RT ICA MEAN CIMT (mm) V1 +RT ICA MEAN CIMT (mm) V2 +RT ICA MEAN CIMT (mm) V3 +RT ICA MAX CIMT (mm) AVG +RT ICA MAX CIMT (mm) V1 +RT ICA MAX CIMT (mm) V2 +RT ICA MAX CIMT (mm) V3 +LT ICA MEAN CIMT (mm) AVG +LT ICA MEAN CIMT (mm) V1 +LT ICA MEAN CIMT (mm) V2 +LT ICA MEAN CIMT (mm) V3 +LT ICA MAX CIMT (mm) AVG +LT ICA MAX CIMT (mm) V1 +LT ICA MAX CIMT (mm) V2 +LT ICA MAX CIMT (mm) V3 +RT ICA MEAN CIMT (mm) AVG +RT ICA MEAN CIMT (mm) V1 +RT ICA MEAN CIMT (mm) V2 +RT ICA MEAN CIMT (mm) V3 +RT ICA MAX CIMT (mm) AVG +RT ICA MAX CIMT (mm) V1 +RT ICA MAX CIMT (mm) V2 +RT ICA MAX CIMT (mm) V3 +AGE OF FIRST MI DX +ECG MI by 2007 +Age for SMI07 +ECG - MI - INFERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCTION--ANTERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCTION--INFERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCT-ANTERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCT-INFERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCT-ANTERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCT-INFERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCT-ANTERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCT-INFERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCT-ANTERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCT-INFERIOR +31: What did doctor say it was? +17: What did doctor say it was? +INCIDENT MI +FATAL OR NONFATAL MI +MI MODIFIED BL STAT +MI MODIFIED BL STAT +MI AT BL (SELF-REPORT) +AGE DIAGNOSED-HEART ATTACK. Q 8 +AGE DIAGNOSED-HEART ATTACK. Q 3 +Prior MI +MD said pt had coronary angioplasty? +MD said pt had coronary angioplasty? +Cardiovascular procedure codes +INCIDENT ANGIOPLASTY +Has had coronary angioplasty +[Second transfer]. Holter monitoring. Pacemaker (temporary, wires). Coronary stent. Q29p1 [Hospital Abstraction Form] +race of participant +age at baseline +baseline bmi +baseline bmiz +home exposure to smoke prior to trial enrollment +in utero smoke: mother smoked when pregnant with participant +baseline fev1 +baseline fvc +baseline total ige +baseline log10 ige +one or more skintest positive at baseline +race of participant +race of participant +home exposure to smoke prior to trial enrollment +in utero smoke. mother smoked when pregnant with participant. +one or more skintest positive at baseline +baseline bmiz +baseline fev1 +baseline fvc +baseline log10 ige +baseline bmi +baseline total ige +race of participant +bmi at follow-up +bmiz at follow-up +change in pre-fev1 between baseline and follow-up. calculation is 100*(follow-up prefev - baseline prefev)/baseline prefev +fev1 at follow-up +fvc at follow-up +post-fev1 at follow-up +post-fvc at follow-up +maximum fev1 (following 4, 6, or 8 puffs of albuterol) at follow-up +total ige at follow-up +log10 ige at follow-up +one or more skintest positive at follow-up +race of participant +baseline bmi (kg/m^2) +baseline bmiz +home exposure to smoke prior to trial enrollment +in utero smoke. mother smoked when pregnant with participant. +baseline fev1 +baseline fvc +baseline total ige (ng/ml) +baseline log10 ige +one or more skintest positive at baseline +race of participant +bmi at follow-up (kg/m^2) +bmiz at follow-up +change in pre-fev1 between baseline and follow-up. calculation is 100*(follow-up prefev - baseline prefev)/baseline prefev +fev1 at follow-up +fvc at follow-up +maximum fev1 (following 4, 6, or 8 puffs of albuterol) at follow-up +total ige (ng/ml) at follow-up +log10 ige at follow-up +one or more skintest positive at follow-up +deidentified sample id +deidentified mother id +deidentified father id +sample id +sample use +go sub-study (lunggo) +study cohort (sarp) +race of participant +age of participant at baseline +current smoker at baseline +de-identified sample id +subjid +sample id +sample use +race of participant +lone af or not +sample id +age at enrollment (censored at 85 yrs of age) +sex of participant +de-identified sample id +age at enrollment (censored at 85 yrs of age) +sex of participant +de-identified sample id +'coriell' for hapmap samples, blank otherwise +sample id +study id +sample use +id for dbgap +age +7-level re-classification of hispanic/latino background +bmi (kg/m2) +cigarette pack years +cigarette use (1-never,2=former,3=current) +qtc calculated (ecga12) +major7b; complete (third degree) a-v block (ecga273) +major9; pacemaker (ecga277) +adjusted years smoked +fev1_fvc (%) +% blasts (laba19) +% hematocrit (laba4) +differential parameter (dtyp) comments (laba98) +antianginals +antiarrhythmics +antihypertensives +antiplatelets +chemotherapy +contraceptives +lhrh/gnrh only +metformins +oral/inhalantable glucocorticorsteroids +pulmonary medication +currently pregnant (mhea33) +where mother born (piea11) +where maternal grandmother born (piea12) +where maternal grandfather born (piea13) +where father born (piea14) +where paternal grandmother born (piea15) +where paternal grandfather born (piea16) +bachelor's (piea21d) +master's (piea21e) +professional (piea21f) +doctorate (piea21g) +country/territory born (piea4) +fvc (ml) (prba25) +fev1 (ml) (prba29) +primary sampling unit id +apnea/hypopnea index (3% desat) (slpa54) +mean spo2 (slpa92) +valid spirometry studies (pre) +years lived in us +hip girth (cm) (anta10b) +born in mainland us (50 states + dc) +hdl-cholesterol (mg/dl) (laba68) +ldl-cholesterol (mg/dl) (laba69) +2-level immigrant generation +airflow limitation (pre fev1/fvc<70 only) +low hdl or fibares nicoacid med use +ferritin (ug/l) (laba103) +wheezing/whistling in past 12 months (rsea13) +wake up from cough/short breath (rsea18) +fat (%) (anta5) +day last ate/drank anything (bioa7) +de-identified sample id +de-identified sample id +sample id +de-identified sample id +sample id +sex of participant +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +de-identified sample id +sample id +sample use +de-identified sample id +race of participant +pregnant +sample id +sample use +de-identified sample id +sample id +de-identified sample id +sample id +sex of participant +age at baseline study +de-identified sample id +sex +twin id +individual has unidentified second degree relationship with at least one other pedigree that is not represented in pedigree information given. +sample id +de-identified sample id +father id +mother id +sex +unannotated_deg2 +sample id +de-identified sample id +sample id +de-identified sample id +topmed_phase +sex +sample id +race of participant +bmi +sample id +sample id +de-identified sample id +sample id +sample id +age at enrollment +age at af diagnosis +race of participant +lvef by echo (closet to enrollment) +data sharing consent +sex +sample_id +sample use +age at recruitment +de-identified sample id +sample id +de-identified sample id +age at af diagnosis +race of participant +ecg - pr interval +ecg - qrs interval +ecg - qt interval +sample id +de-identified sample id +age at enrollment +age at af diagnosis +race of participant +lvef by echo (closest to enrollment) +sex +sample id +de-identified sample id +age at enrollment +age at af diagnosis +race of participant +apo a1 +apo b +crp(denka) +hba1c +lp(a) +exercise +principal component 1 +principal component 2 +principal component 3 +principal component 4 +principal component 5 +principal component 6 +principal component 7 +principal component 8 +principal component 9 +principal component 10 +sample id +sample id +sex +sample id +sex of participant +phadiatop measurements in pau/l +steroid/prednisone pills (current use according to health questionnaire) +relief from steroid/prednisone pills +cromolyn inhalers (current use according to health questionnaire) +relief from cromolyn inhalers +fev1/fvc (pre-bronchodilator) +answer to "are you smoking now?" +answer to "at what age did you stop smoking?" +answer to "did your mother smoke when you were a baby?" +answer to "did your father smoke when you were a baby?" +de-identified sample id +sample id +age at enrollment +age at af diagnosis +race of participant +de-identified sample id +sex +de-identified sample id +md5sum of file +de-identified sample id +sample id +final interpretation +age at form completion +pacemaker +pacemaker indication +pacemaker other +pacemaker age +implantable cardioverter defibrillator indication +abnormality +cnv identified +catheterization +age reported +specify +age reported +race +race wht +race blk +race asn +race haw +race oth +country +age +education +education uk +education other +race +race wht +race blk +race asn +race haw +race oth +country +consanguinity +age at form completion +latest exam age +other ear abnormality +tracheal web +other pulmonary abnormality +other hepatic abnormality +hirschsprung's +ureteral abnormalities +other vertebral abnormality +dandy walker 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since stopped smoking cigarettes +hematocrit +platecrit +prp: reversible aggregation for adp 2 um +prp: reversible aggregation for adp 10 um +interleukin 6 +sample id +de-identified sample id +sample id +sample use +age in years +sex +race +episodes cough/phlegm 3 plus weeks per year +years with more or equal to 1 cough/phlegm episode per year +how many years wheezing/whistling +degree of gas/chem. fumes exposure +now smoke cigarettes (as of 1 month ago) +age stopped smoking cigarettes +smoked any cigarettes in past 24 hours +was mother a cigarette smoker +was father a cigarette smoker +age stopped smoking pipe regularly +do/did you inhale pipe smoke +age stopped smoking cigars +age stopped smoking cigarillos +cigarillos smoked per week overall +cigarillos smoked per week now +do/did you inhale cigarillos smoke +anyone else smoke regularly in home +anyone else smoke regularly in childhood home +last year of school completed +assessor +age in years +sex +race +baseline impedance in ohms 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felt sad +i felt that people dislike me +evaluation interval +assessor +depressive symptoms category +age in years +sex +race +bode index +current cv tx: beta-blocker +current cv tx: glitazone +post-dose fev1 +fev1 reversibility +post-dose fev6 +pre-dose fev1/fvc +post-dose fvc +inspiratory capacity +post-dose ic +impedance (ohms) +mean of r25 and r35 +prognostic index +specific conductance +borg sob assessment - pre +borg sob assessment code - pre +impedance at freq. of 5hz (kpa/l/sec) +age in years +sex +race +age in years +sex +race +age in years +sex +race +year category +days of observation +age in years +sex +race +i feel listless +evaluation interval +assessor +age in years +sex +race +biological relative +age in years +sex +race +intercept +age in years +sex +race +bode index +fev1 post-bronchodilator (l) +prognostic index +baseline bode index +change in bode index +baseline prognostic index +change in prognostic index +age in years +sex +race +original numeric result +original 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echo (closest to enrollment) +sample id +sample id +age at enrollment into sarp +your racial/ethnic background: demographic +nih ethnic category: demographic +any ics use +other cs use: oral or injected +take high-dose ics: screening questionnaire +baseline predrug fev1/fvc +maximum fev1 reversal: spirometry + maxbd +sample id +sample id +medical institution +race of participant +sample id +sample id +self-reported race=white or european american +self-reported race=black or african american +self-reported race=native american +self-reported race=asian or asian american +self-reported race=native alaskan +self-reported race=pacific islander/native hawaiian +self-reported race=indian subcontinent or pakistani +sample id +sample id +de-identified sample id +sample id +sample id +sample id +age at registration +african american +african (both parents born in africa) +caribbean +not otherwise specified +asian +native hawaiian or pacific islander +american indian or alaska native +other 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problem to get any better +exercise is not safe for me +everything seems too much of an effort +lung/respiratory medication +my lung/respiratory medication does not help me very much +i get embarrassed using my lung/respiratory medication in public +i cannot go out for entertainment or recreation +i cannot go out of house to do grocery shopping +measurement days since baseline exam at enrollment +days elapsed relative to measure_date on subject_demographics +most days or nights? +how old were you when you had your first attack? +sample id +racial category of participant +avascular necrosis/osteonecrosis_hip +avascular necrosis/osteonecrosis_shoulder +painful erections +splenectomy surgery +sample id +sample id +sample id +sample id +race of participant +bmi +sample id +sample id +race of participant +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +sample id +sample id +race of participant +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +sample id +sample id +race of participant +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +sample id +sample id +race of participant +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +sample id +sample id +race of participant +does participant currently smoke at least 1 cig per day? +sample id +sample id +sample id +Participant age at enrollment or age at which data or biosamples were collected +Adjusted LDL (mg/dl) +Ldl (mg/dL) +LDL +LDL-cholesterol (mg/dL) (LABA69) +BL1LDL +LDL +UNADJUSTED CALCULATED LDL (mg/dl) +Adjusted LDL (mg/dl) +UNADJUSTED CALCULATED LDL (mg/dl) +Adjusted LDL (mg/dl) +CALCULATED LDL (mg/dl) +Adjusted LDL (mg/dl) +Ldl - original value +HDL (mg/dl) +Hdl (mg/dL) +HDL CHOLESTROL +HDL-cholesterol (mg/dL) (LABA68) +BL1HDL +HDL CHOLESTROL (mg/dl) +HDL CHOLESTROL (mg/dl) +HDL (mg/dl) +HDL (mg/dl) +HDL (mg/dl) +Hdl - original value +BL1NTRIG +BL1CHOL +CHOL44 ADJUSTED FOR DRIFT (mg/dl) +1st systolic bp +2nd systolic bp +Mean systolic - two readings +AVE ZERO MUD SYSTOL (mm Hg) +13: Systolic (first BP) +16: Systolic (second BP) +9a: Sphygmomanometer (SBP) +10a: Sphygmomanometer (SBP) +11a: Sphygmomanometer (SBP) +12a: Sphygmomanometer (SBP) +13a: Sphygmomanometer (SBP) +14a: Sphygmomanometer (mean accepted SBP) +RZ1 SBP +FIRST CORRECTED SBP (A02R1S - A02RZ1S) +RZ2 SBP +SECOND CORRECTED SBP (A02R2S - A02RZ2S) +RZ3 SBP +THIRD CORRECTED SBP (A02R3S - A02RZ3S) +RZ1 SBP. 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Q 20 +Systolic BP +SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +AVE SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +SYSTOLIC BP (mm Hg) +AVE ZERO MUDDLER SYSTOLIC BP (mm Hg) +AVE ZERO MUDDLER SYSTOLIC BP (mm Hg) +SUPINE SBP +BP-SYSTOLIC - NURSE +SYSTOLIC-RESTING, SIT +Palpated Systolic BP +5: Doppler systolic BP (mm Hg) +7: First brachial Doppler BP (mm Hg) +12: Second brachial BP (mm Hg) +Mean Systolic BP +BP: 10 PM - Systolic 1 +BP: 10 PM - Systolic 2 +BP: 10 PM - Systolic 3 +BP: 7 AM - Systolic 1 +BP: 7 AM - Systolic 2 +BP: 7 AM - Systolic 3 +BP: 10 AM - Systolic 1 +BP: 10 AM - Systolic 2 +BP: 10 AM - Systolic 3 +BP: 10 PM Systolic +BP: 7 AM Systolic +BP: 10 AM Systolic +PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #4 +PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #3 +PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #2 +PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #1 +1st diastolic bp +2nd diastolic bp +Mean diastolic - two readings +AVE ZERO MUD DIASTOL-adj (mm Hg) +14: Diastolic (first BP) +17: Diastolic (second BP) +9b: Sphygmomanometer (DBP) +10b: Sphygmomanometer (DBP) +11b: Sphygmomanometer (DBP) +12b: Sphygmomanometer (DBP) +13b: Sphygmomanometer (DBP) +14b: Sphygmomanometer (mean accepted DBP) +DIASTOLIC-RESTING, SIT +BP-DIASTOLIC- NURSE +SUPINE DBP +RZ1 DBP +FIRST CORRECTED DBP (A02R1D - A02RZ1D) +RZ2 DBP +SECOND CORRECTED DBP (A02R2D - A02RZ2D) +RZ3 DBP +THIRD CORRECTED DBP (A02R3D - A02RZ3D) +MEAN OF 2ND AND 3RD DBPS +RZ1 DBP. Q 12 +FIRST CORRECTED DBP (R1_D - RZ1_D). Q 13 +RZ2 DBP. Q 15 +SECOND CORRECTED DBP (R2_D - RZ2_D). Q 16 +RZ3 DBP. Q 18 +THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 +SECOND & THIRD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 +RZ1 DBP. Q 12 +FIRST CORRECTED DBP (R1_D - RZ1_D). Q 13 +RZ2 DBP. Q 15 +SECOND CORRECTED DBP (R2_D - RZ2_D). Q 16 +RZ3 DBP. Q 18 +THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 +2ND AND 3RD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 +RZ1 DBP. Q 12 +RZ2 DBP. Q 15 +RZ3 DBP. Q 18 +2ND AND 3RD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 +RZ1 DBP. Q 12 +FIRST CORRECTED DBP (R1_D - RZ1_D). Q 13 +RZ2 DBP. Q 15 +SECOND CORRECTED DBP (R2_D - RZ2_D). Q 16 +RZ3 DBP. Q 18 +THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 +2ND AND 3RD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 +RZ1 DBP. Q 12 +FIRST CORRECTED DBP (R1_D - RZ1_D). Q 13 +RZ2 DBP. Q15 +SECOND CORRECTED DBP (R2_D - RZ2_D). Q 16 +RZ3 DBP. Q 18 +THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 +2ND AND 3RD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 +DIASTOLIC BP (mm Hg) +DIASTOLIC BP (mm Hg) +DIASTOLIC BP (mm Hg) +AVE DIASTOLIC BP (mm Hg) +DIASTOLIC BP (mm Hg) +DIASTOLIC BP (mm Hg) +DIASTOLIC BP (mm Hg) +DIASTOLIC BP (mm Hg) +AVE ZERO MEDDLER DIASTOLIC BP (mm Hg) +AVE ZERO MUDDLER DIASTOLIC BP (mm Hg) +Diastolic BP +DIASTOLIC-RESTING, SIT +Mean Diastolic BP +BP: 10 PM - Diastolic 1 +BP: 10 PM - Diastolic 2 +BP: 10 PM - Diastolic 3 +BP: 7 AM - Diastolic 1 +BP: 7 AM - Diastolic 2 +BP: 7 AM - Diastolic 3 +BP: 10 AM - Diastolic 1 +BP: 10 AM - Diastolic 2 +BP: 10 AM - Diastolic 3 +BP: 10 PM Diastolic +BP: 7 AM Diastolic +BP: 10 AM Diastolic +PRE-INSTRUCTION BASELINE DBP #4 +PRE-INSTRUCTION BASELINE DBP #3 +PRE-INSTRUCTION BASELINE DBP #2 +PRE-INSTRUCTION BASELINE DBP #1 +THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 +PT'S HGT, CM. Q 1 +HT, IN INCHES +PT'S WGT, LBS. Q 2 +MEAN( B20WST1, B20WST2 ) +MEAN (D20WST1, D20WST2) (CM) +MEAN (E20WST1, E20WST2) (CM) +HIP GIRTH +HIP GIRTH (INCHES WITH 2 DECIMALS) +HIP GIRTH (INCHES WITH 2 DECIMALS) +HIP GIRTH (INCHES, TO NEXT LOWER 1/4 INCH) +HIP GIRTH (INCHES, TO NEXT LOWER 1/4 INCH) +HIP GIRTH (INCHES WITH 2 DECIMALS) +HIP GIRTH (INCHES, TO NEXT LOWER 1/4 INCH) +HIP GIRTH (INCHES, TO NEXT LOWER 1/4 INCH) +REGIONAL ANTHROPOMETRY - HIP GIRTH (INCHES) (TO NEXT LOWER 1/4 INCH) +Hip measurement in centimeters +Anthropometry: Hip girth +Hip girth, Exam 2 +Hip girth, Exam 4 +Hip girth, Exam 5 +Hip girth, Exam 6 +Hip girth, Exam 7 +Hip girth, Exam 9 +[Body size]. Hip girth (nearest cm). Q4b [Anthropometry Form, ANTAB, exam 2] +MEAS. 1: HIP GIRTH, CM. Q 4 +MEAS. 2: HIP GIRTH, CM. Q 4 +MEAN HIP GIRTH, CM +MEAN( B20HIPS1, B20HIPS2 ) +HIP GIRTH (CM), Q 4c +HIP GIRTH 1 (CM). Q 4b +HIP GIRTH 2 (CM). Q 4b +MEAN (D20HIPS1, D20HIPS2) (CM) +HIP GIRTH 1 (CM). Q 4b +HIP GIRTH 2 (CM). Q 4b +MEAN (E20HIPS1, E20HIPS2) (CM) +HIP (cm) +Hip measurement in centimeters +Hip girth (cm) (ANTA10B) +Age for INISC07 +Age for INHEM07 +Age for INCHM07 +Year of SDX completion [Stroke Final Diagnosis Form, SDX] +Stroke(self-reported) +AGE FIRST DIAGNOSED WITH STROKE/TIA. Q 19 +AGE DIAGNOSED-STROKE/TIA. Q 21 +AGE DIAGNOSED-STROKE/TIA. Q 22 +STK MODIFIED BL STAT +CDI - Stroke/TIA +Age for INDPP07 +Age for INDP07 +Age +Days since exam 1 [Cohort, Exam 2] +Days since exam 1 [Cohort, Exam 3] +Days since exam 1 [Cohort, Exam 4] +EXAM 1 AGE, TELEPHONE INTERVIEW +AGE VERIFY +AGE +AGE +AGE AT EXAM 2 +AGE AT EXAM3 +AGE AT EXAM 4 +AGE +AGE AT EXAM 5 +AGE AT SPIROMETRY +AGE +AGE +AGE AT EXAM 5 +AGE AT EXAM 5 MRI +AGE AT STRESS EXAM +AGE AT SPIROMETRY +AGE AT SPIROMETRY +Q3) HOW OLD ARE YOU? +Age = StdyDtqa - DOB +Age(yrs) at home induction interview +Participant's age of eligibility at H +CALCULATED AGE AT EXAM 1 +Age at DNA draw +AGE AT EXAM 1 (VERIFIED AT EXAM 2) +C12AGE +CALCULATED AGE AT EXAM 1 +CALCULATED AGE AT EXAM 3 +HIP: AGE AT EXAM +Age at baseline study +CALCULATED AGE AT EXAM 4 +CALCULATED AGE AT EXAM 1 +AGE +AGE +AGE - SPIROMETER +AGE - FORM 53 +CALCULATED AGE AT EXAM 5 +CALCULATED AGE AT EXAM 1 +CALCULATED AGE AT EXAM 6 +CALCULATED AGE AT EXAM 1 +Age of participant +Age at enrollment +Age at screening +Age when completed Form 43 +Days from rand to last mammogram +Days from rand to last pap smear +Days from randomization to pelvic exam +Days from randomization to ultrasound +Days from randomization to CBE +CBC Days since randomization/enrollment +Baseline ECG days since randomization +Follow-up ECG days since randomization +F143 Days since enrollment +F144 Days since enrollment +F145 Days since enrollment +F146 Days since enrollment +F147 Days since enrollment +F148 Days since enrollment +F149 Days since enrollment +F20 Days since randomization/enrollment +F2 Days since randomization +F30 Days since randomization/enrollment +F31 Days since randomization/enrollment +F32 Days since randomization/enrollment +F34 Days since randomization/enrollment +F35 Days since randomization +F37 Days since randomization/enrollment +F38 Days since randomization/enrollment +F39 Days since randomization/enrollment +F40 Days since randomization/enrollment +F41 Days since randomization/enrollment +F42 Days since enrollment +F43 Days since randomization/enrollment +F48 Days since enrollment +F80 Days since randomization/enrollment +F81 Days since randomization +F82 Days since randomization +F83 Days since randomization +F84 Days since randomization +F90 Days since randomization +F92 Days since randomization +Days since CT randomization to CaD randomization +F134 Days since randomization or enrollment +F60 Days since randomization/enrollment +ECG Days since randomization +F85 Days from randomization +Days from randomization to mammogram +F60 Days since randomization/enrollment +F150 Days since randomization +F153 Days since randomization or enrollment +F153 Days since randomization or enrollment +Days since randomization or enrollment +F44 Days since randomization/enrollment +Days enrollment to last WHI Form 33/33D +Days enrollment to last WHI form 33/33D +F151 Days since randomization or enrollment +F33 Days since randomization/enrollment +F45 Days since randomization/enrollment +Days enrollment to end of followup +Days enrollment to last form 33/33D +Days enrollment to last form 33/33D +Draw Days since randomization/enrollment +F155 Days since randomization or enrollment +F156 Days since randomization or enrollment +F157 Days since randomization or enrollment +F301 Days since randomization or enrollment +Exam days since randomization +F60 Days since randomization/enrollment +Days enrollment to end of followup +F135 Days from enrollment to Form 135 completion +Age = StdyDtqa - DOB +Age (age = formdate - DOB) +Age at Exam 1 +Age at Exam 10 +Age at Exam 11 +Age at Exam 12 +Age at Exam 13 +Age at Exam 14 +Age at Exam 15 +Age at Exam 16 +Age at Exam 17 +Age at Exam 18 +Age at Exam 19 +Age at NP battery (years) +Age at Exam 1 +Age at Exam 1 +Age at Exam 2 +Age at Exam 21 +Age at Exam 22 +Age at Exam 23 +Age at Exam 24 +Age at Exam 25 +Age at Exam 26 +Age at Exam 27 +Age at Exam 28 +Age at Exam 29 +Age at Exam 20 +Age at Exam 2 +Age at Exam 2 +Age at Exam 3 +Age at Exam 4 +Age at Exam 5 +Age at Exam 6 +Age at Exam 7 +Age at Exam 8 +Age at Exam 9 +Age at Exam 30 +Age at Exam 31 +Age at Exam 32 +Age at Exam 3 +Age at Exam 4 +Age at Exam 5 +Age at Exam 6 +Age at Exam 7 +Age at Exam 8 +Age at Exam 9 +AGE AT X-RAY +SELF-REPORTED AGE AT BASELINE +CALCULATED AGE AT BASELINE +CALCULATED AGE AT BASELINE +AGE AT YEAR 11 +SELF-REPORTED AGE AT BASELINE +Sex (from FTRA22) [Cohort, Exam 2] +Sex (uncorrected from FTRA22) [Cohort, Exam 1] +Sex (From FTRA22) [Cohort, Exam 4] +EXAM 1 SEX, TELEPHONE INTERVIEW +SEX (VERIFIED AT EXAM 2) +SEX (VERIFIED AT EXAM 2) +SEX (VERIFIED AT EXAM 2) +SEX (VERIFIED AT EXAM 2) +PATIENT DATA: SEX +SEX (VERIFIED AT EXAM 2) +SEX - FORM 53 +SEX (VERIFIED AT PPTS LAST EXAM) +SEX (VERIFIED AT PPTS LAST EXAM) +SEX OF PARTICIPANT +Participant sex +Sex of participant +Sex of participant +C12SEX +Sex of participant +SEX - SPIROMETER +Sex +Race (from FTRA23) [Cohort, Exam 2] +Race (from FTRA23) [Cohort, Exam 1] +Race (from FTRA23) [Cohort, Exam 4] +Race +EXAM 1 RACE, TELEPHONE INTERVIEW +RACE VERIFY +RACE (VERIFIED AY EXAM 2) +RACE (VERIFIED AT EXAM 2) +RACE CODE +RACE (VERIFIED AY EXAM 2) +RACE (VERIFIED AY EXAM 2) +RACE (VERIFIED AT PPTS LAST EXAM) +RACE (VERIFIED AT PPTS LAST EXAM) +RACE +RACE +RACE +RACE +SPANISH/HISPANIC/LATINO +OTHER HISPANIC +OTHER HISPANIC +OTHER HISPANIC +MEXICAN, CHICANO, MEXICAN-AMERICAN +MEXICAN, CHICANO, MEXICAN-AMERICAN +MEXICAN, CHICANO, MEXICAN-AMERICAN +DOMINICAN +DOMINICAN +DOMINICAN +PUERTO RICAN +PUERTO RICAN +PUERTO RICAN +CUBAN +CUBAN +CUBAN +RACE +RACE +RACE +RACE +HISPANIC ORIGIN +HISPANIC ORIGIN +SPECIFY OTHER RACE +SPECIFY OTHER RACE +Race +Sociodemographic questions-Self administered: Which of following best describes your race (check ALL that apply): Asian +Sociodemographic questions-Self administered: Which of following best describes your race (check ALL that apply): Native Hawaiian or other Pacific Islander +Sociodemographic questions-Self administered: Which of following best describes your race (check ALL that apply): American Indian or Alaska native +WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU - RACE ASIAN +WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU - RACE NATIVE HAWAIIAN OR OTHER PACIFIC ISLANDER +WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU - RACE AMERICAN INDIAN OR ALASKA NATIVE +WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): SPANISH/HISPANIC/LATINO +WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): ASIAN +WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): NATIVE HAWAIIAN OR OTHER PACIFIC ISLANDER +WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): AMERICAN INDIAN OR ALASKA NATIVE +WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): OTHER +Which of following best describe you? (check all that apply): Spanish/Hispanic/Latino +Which of following best describe you? (check all that apply): Asian +Which of following best describe you? (check all that apply): Native Hawaiian or other Pacific Islander +Which of following best describe you? (check all that apply): American Indian or Alaska native +Which of following best describe you? (check all that apply): Other +Are you Spanish/Hispanic/Latino +American Indian or Alaskan Native +Asian Indian +Chinese +Filipino +Japanese +Korean +Vietnamese +Other Asian +Native Hawaiian +Guamanian or Chamorro +Samoan +Other Pacific Islander +Some other race +Race - Native American (0=no,1=yes) +Race - Asian (0=no,1=yes) +Race - Hawaiian or Pacific Islander (0=no,1=yes) +Race - Caucasian (0=no,1=yes) +7-level re-classification of Hispanic/Latino background +PATIENT DATA: ETHNIC +Race of participant +Race +Hispanic or Latino +Race - american indian/alaska native +Race - asian +Race - other +Race - native hawaiian or other pacific islander +MAXINT FROM BASELINE REREADS (mm) +ORIGINAL BASELINE MAXCOM +ORIGINAL BASELINE MAXINT +BL REREAD MAXCOM +BL REREAD MAXINT +YEAR 5 MAXCOM +YEAR 5 MAXINT +LT ICA MEAN CIMT (mm) AVG +LT ICA MEAN CIMT (mm) V1 +LT ICA MEAN CIMT (mm) V2 +LT ICA MEAN CIMT (mm) V3 +LT ICA MAX CIMT (mm) AVG +LT ICA MAX CIMT (mm) V1 +LT ICA MAX CIMT (mm) V2 +LT ICA MAX CIMT (mm) V3 +RT ICA MEAN CIMT (mm) AVG +RT ICA MEAN CIMT (mm) V1 +RT ICA MEAN CIMT (mm) V2 +RT ICA MEAN CIMT (mm) V3 +RT ICA MAX CIMT (mm) AVG +RT ICA MAX CIMT (mm) V1 +RT ICA MAX CIMT (mm) V2 +RT ICA MAX CIMT (mm) V3 +LT ICA MEAN CIMT (mm) AVG +LT ICA MEAN CIMT (mm) V1 +LT ICA MEAN CIMT (mm) V2 +LT ICA MEAN CIMT (mm) V3 +LT ICA MAX CIMT (mm) AVG +LT ICA MAX CIMT (mm) V1 +LT ICA MAX CIMT (mm) V2 +LT ICA MAX CIMT (mm) V3 +RT ICA MEAN CIMT (mm) AVG +RT ICA MEAN CIMT (mm) V1 +RT ICA MEAN CIMT (mm) V2 +RT ICA MEAN CIMT (mm) V3 +RT ICA MAX CIMT (mm) AVG +RT ICA MAX CIMT (mm) V1 +RT ICA MAX CIMT (mm) V2 +RT ICA MAX CIMT (mm) V3 +AGE OF FIRST MI DX +ECG MI by 2007 +Age for SMI07 +ECG - MI - INFERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCTION--ANTERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCTION--INFERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCT-ANTERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCT-INFERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCT-ANTERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCT-INFERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCT-ANTERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCT-INFERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCT-ANTERIOR +ECG: MYOCARDIAL INFARCT-INFERIOR +31: What did doctor say it was? +17: What did doctor say it was? +INCIDENT MI +FATAL OR NONFATAL MI +MI MODIFIED BL STAT +MI MODIFIED BL STAT +MI AT BL (SELF-REPORT) +AGE DIAGNOSED-HEART ATTACK. Q 8 +AGE DIAGNOSED-HEART ATTACK. Q 3 +Prior MI +MD said pt had coronary angioplasty? +MD said pt had coronary angioplasty? +Cardiovascular procedure codes +INCIDENT ANGIOPLASTY +Has had coronary angioplasty +[Second transfer]. Holter monitoring. Pacemaker (temporary, wires). Coronary stent. Q29p1 [Hospital Abstraction Form] +CORONARY BYPASS GRAFT (CBG) +13a. Coronary bypass +13a. Coronary bypass +13a. Coronary bypass +13a. Coronary bypass +CORONARY BYPASS Q13A +CORONARY BYPASS Q13A +CORONARY BYPASS Q13A +CORONARY BYPASS Q13A +CORONARY BYPASS SURGERY +CORONARY BYPASS SURGERY - INTERIM +CARDIOVASCULAR PROCEDURES (IN THE INTERIM ONLY, NOT LIFETIME) CORONARY BYPASS SURGERY (IF YES, FILL IN FR346) +CORONARY BYPASS SURGERY +CORONARY BYPASS SURGERY +CORONARY BYPASS SURGERY +CORONARY BYPASS SURGERY +CORONARY BYPASS SURGERY SEE NOTE BELOW +Cardiovascular procedure codes +CORONARY BYPASS SURGERY +INCIDENT BYPASS SURGERY +CORONARY BYPASS SURGERY AT BL +CABG +CABG +CABG +CABG +F136 CABG +X RAY: CHF +1ST EXAMINER BELIEVES CHF +INCIDENT CHF +CHF MODIFIED BL STAT +CHF MODIFIED BL STAT +CHF AT BL (SELF-REPORT) +CHF +CHF +CHF +CHF +CHF fatal +CHF fatal +F136 Diastolic HF +F136 Systolic HF +F136 CHFPVD +HTN +DOCTOR - HIGH BP Q7C +DOCTOR - HIGH BP Q7C +DOCTOR - HIGH BP Q7C +DOCTOR - HIGH BP Q7C +JNC 6 BP classification +JNC 7 BP classification +AGE WHEN TOLD HAD HBP. Q 1.01B +AGE WHEN TOLD HAD HBP. Q 1.01B +AGE HIGH BP DIAGNOSED. Q 1 +AGE WHEN TOLD HAD HBP. Q 1 +AGE FIRST TOLD HIGH BP - MON 96 +AGE DIAGNOSED-HBP. Q 1 +AGE DIAGNOSED-HBP. Q 1 +Glu44 adjusted for drift +Glu44 adjusted for drift +GLU44 ADJUSTED FOR DRIFT (mg/dl) +Glucose_fast - original value +Glucose_ogtt - original value +Insulin_fast - original value +Insulin_ogtt - original value +HBA1C % +Age of diagnosis +6a: Had doctor said you had Sugar/diabetes? +AGE DIAGNOSED-DIABETES. Q 4 +AGE DIAGNOSED-DIABETES. Q 4 +Atrial fibrillation/flutter; by visual flag [ECG data, exam 1] +Atrial fibrillation/flutter; by visual flag [ECG data, exam 2] +Atrial fibrillation/flutter; by visual flag [ECG data, exam 3] +Atrial fibrillation/flutter; by visual flag [ECG data, exam 4] +ATRIAL FIB BY ECG +ATRIAL FIB BY ECG +ATRIAL FIB BY ECG +ATRIAL FIB BY ECG +ATRIAL FIB BY ECG +ATRIAL FIB BY ECG +ATRIAL FIB BY ECG +ATRIAL FIB BY ECG +ATRIAL FIB BY ECG +ATRIAL FIB BY ECG +ATRIAL FIB BY ECG +ATRIAL FIB BY ECG +A-fib/flutter +A-fib/flutter +ECG: RHYTHM--PREDOMINANT +ECG: Rhythm--predominant +Electrocardiograph-Part I: Rhythm--predominant +Electrocardiograph: Rhythm--predominant +Prior AF +QRS interval [ECG Machine Coding (ECGC), exam 2] +QRS interval [ECG Machine Coding (ECGD04), exam 3] +QRS interval [ECG Machine Coding (ECGE04), exam 4] +QRS interval [Cohort, Exam 2] +QRS interval [ECG Machine Coding, exam 1] +QRS INTERVAL (msec) +QRS INTERVAL (MSEC) +QRS INTERVAL (MSEC) +QRS INTERVAL (MSEC) +QRS INTERVAL +QRS INTERVAL +QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) +ECG: QRS INTERVAL +ECG: QRS INTERVAL +ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: QRS INTERVAL +ECG: QRS INTERVAL +ECG: QRS INTERVAL +ECG: QRS INTERVAL +ECG: QRS INTERVAL +ECG: QRS INTERVAL +ECG: QRS INTERVAL +ECG: QRS INTERVAL +ECG: QRS INTERVAL +ECG: QRS INTERVAL +ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG - QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG - QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG - QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) +ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) +ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) +ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) +ECG: QRS interval +ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: ORS INTERVAL +QRSduration +QRS INTERVAL, MSEC +QRS INTERVAL, MSEC +QRS INTERVAL, MSEC +QRS INTERVAL, MSEC +QRS INTERVAL, MSEC +QRS INTERVAL, MSEC +QRS INTERVAL, MSEC +QRS INTERVAL, MSEC +QRS INTERVAL, MSEC +QRS INTERVAL, MSEC +QRS INTERVAL, MSEC +QRS INTERVAL, MSEC +QT INTERVAL (MSEC) +QT INTERVAL (msec) +QT INTERVAL (MSEC) +QT INTERVAL (MSEC) +QT INTERVAL +QT INTERVAL +Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) +ECG: QT INTERVAL +ECG: QT INTERVAL +ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: QT INTERVAL +ECG: QT INTERVAL +ECG: QT INTERVAL +ECG: QT INTERVAL +ECG: Q-T INTERVAL +ECG: QT INTERVAL +ECG: QT INTERVAL +ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG - Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG - Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) +ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) +ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) +ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) +ECG: Q-T interval +ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +Q-T INTERVAL, MSEC +Q-T INTERVAL, MSEC +Q-T INTERVAL, MSEC +Q-T INTERVAL, MSEC +Q-T INTERVAL, MSEC +Q-T INTERVAL, MSEC +Q-T INTERVAL, MSEC +Q-T INTERVAL, MSEC +Q-T INTERVAL, MSEC +Q-T INTERVAL, MSEC +Q-T INTERVAL, MSEC +Q-T INTERVAL, MSEC +ECG: QT (ms) +ECG: QTc (ms) +QTc calculated (ECGA12) +PR INTERVAL (msec) +PR INTERVAL (MSEC) +PR Interval +PR INTERVAL (MSEC) +PR INTERVAL (MSEC) +P-R INTERVAL +P-R INTERVAL +P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) +ECG: P-R INTERVAL +ECG: P-R INTERVAL +ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: P-R INTERVAL +ECG: P-R INTERVAL +ECG: P-R INTERVAL +ECG: P-R INTERVAL +ECG: P-R INTERVAL +ECG: P-R INTERVAL +ECG: P-R INTERVAL +ECG: P-R INTERVAL +ECG: P-R INTERVAL +ECG: P-R INTERVAL +ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG - P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) +ECG - P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) +ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) +ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) +ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) +ECG: P-R interval +ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) +P-R INTERVAL, MSEC +P-R INTERVAL, MSEC +P-R INTERVAL, MSEC +P-R INTERVAL, MSEC +P-R INTERVAL, MSEC +P-R INTERVAL, MSEC +P-R INTERVAL, MSEC +P-R INTERVAL, MSEC +P-R INTERVAL, MSEC +P-R INTERVAL, MSEC +P-R INTERVAL, MSEC +PR Interval (msec) +ECG: PR Interval (ms) +Cornell voltage in UV (S In V3+r In AVL) [Cohort, Exam 2] +Cornell voltage in mm [Cohort, Exam 2] +Absolute value of ECGRA198 plus ECGRA170 Cornell voltage in Uv (S In V3+r In Avl) [Cohort, Exam 1] +Cornell voltage in nm [Cohort, Exam 1] +Cornell voltage in UV (S in V3+r in AVL) [Cohort, Exam 3] +Cornell voltage in mm [Cohort, Exam 3] +Cornell voltage in mm [Cohort, Exam 4] +LVH +ECG - LVH +ECG: LVH +HRVCVOLT - cornell voltage criteria +LVH by Minnesota Code +Pacemaker [ECG data, exam 4] +Artificial pacemaker; by Visual flag [ECG data, exam 4] +Electronic pacemaker, by visual flag [ECG data, exam 4] +Ventricular or dual-chamber pacemaker, by visual flag [ECG data, exam 4] +Pacemaker [ECG data, exam 3] +Artificial pacemaker; by Visual flag [ECG data, exam 3] +Electronic pacemaker, by visual flag [ECG data, exam 3] +Ventricular or dual-chamber pacemaker, by visual flag [ECG data, exam 3] +Pacemaker [ECG data, exam 2] +Artificial pacemaker; by Visual flag [ECG data, exam 2] +Electronic pacemaker, by visual flag [ECG data, exam 2] +Ventricular or dual-chamber pacemaker, by visual flag [ECG data, exam 2] +Pacemaker [ECG data, exam 1] +Artificial pacemaker; by Visual flag [ECG data, exam 1] +Electronic pacemaker, by visual flag [ECG data, exam 1] +Ventricular or dual-chamber pacemaker, by visual flag [ECG data, exam 1] +[Second transfer]. Holter monitoring. Pacemaker (temporary, wires). Coronary stent. Q29p1 [Hospital Abstraction Form] +PACEMAKER +MAJOR ABNORMALITY 9 PER MINNESOTA CODE: PACEMAKER +PACEMAKER IMPLANT +VENTRICULAR OR DUAL-CHAMBER PACEMAKER, BY VISUAL FLAG +ELECTRONIC PACEMAKER, BY VISUAL FLAG +PACEMAKER +CONFIRMED: PACEMAKER +ELECTRONIC PACEMAKER, BY VISUAL FLAG +VENTRICULAR OR DUAL-CHAMBER PACEMAKER, BY VISUAL FLAG +PACEMAKER +A PACEMAKER IMPLANT +A PACEMAKER IMPLANT +A PACEMAKER IMPLANT +Cardiovascular procedure codes +ECG: RHYTHM--PREDOMINANT +ECG: Rhythm--predominant +ECG: PACEMAKER +PACEMAKER +ECG: PACEMAKER +PACEMAKER +ECG: PACEMAKER +PACEMAKER +Electrocardiograph: Rhythm--predominant +Electrocardiograph-Part I: Rhythm--predominant +Hematocrit % +Hematocrit % (MAV). Q1 [Hematology Form, exam 1] +Hematocrit % (MAV). Q1 [Hematology Form, exam 2] +Hematocrit. Q5 [Hematology Lab, exam 3] +Hematocrit. Q5 [Hematology Lab, exam 4] +HEMATOCRIT FROM CBC DIFFERENTIAL, % +HEMATOCRIT (%) +H.C.T. +HEMATOCRIT +HCT +HEMATOCRIT +Hematologic - Hct +HEMATOCRIT (PERCENT) +HEMATOCRIT (%) +HEMATOCRIT (%) +HEMATOCRIT (%) +HEMATOCRIT (%) +HEMATOCRIT (%) +Hematocrit (%) +F136 Hematocrit, % +% Hematocrit (LABA4) +H.G.B. +HGB +Hematologic - Hgb +RBC +WBC +Hematologic - WBC +Factor VII value [Hemostasis Lab, exam 1] +Factor VII value [Hemostasis Lab, exam 3] +FACTOR VII (%) +FACTOR VII (%) +FACTOR VII (%) +FACTOR VII (%) +FACTOR VII (%) +FACTOR VII (%) +FACTOR VII (%) +FACTOR VII (%) +Factor VIII C value [Hemostasis Lab, exam 1] +CALIBRATED FACTOR VIII (%) +FACTOR VIII (%) +FACTOR VIII % +FACTOR VIII (%) +FACTOR VIII (%) +FACTOR VIII (%) +Days from baseline to VT or censoring (through dec01) +F33 Outpatient DVT or PE +Days enrollment to F33 Outpatient DVT or PE +PULMONARY EMOBOLUS +Prior VT +Y7 CRP (BNII Method) in uG per ML +RERUN CRP (uG/ml - BNII METHOD) +CRP (mg/L) +Crp am (ug/mL) +Crp am - original value +Log (Crp am) +Crp pm (ug/mL) +Crp pm - original value +Log (crp pm) +Log CRP am +Log CRP pm +IL6 PG/ML +IL6 (PG/ML) +IL6 (pg/mL) +IL6 RESULTS (PG/ML) +New cohort cre44 adjusted for drift (mg/--incomplete) +Cre44 adjusted for drift +CRE44 ADJUSTED FOR DRIFT (mg/dl) +CYSTATIN-C (mg/L) AT EXAM 5 +FVC, TRIAL 1 +MAXIMUM FVC +MAXIMUM FVC (5 TRIALS) +MAXIMUM FVC (8 TRIALS) +FVC, TRIAL 4 +FVC, TRIAL 3 +FVC, TRIAL 2 +FVC, TRIAL 5 +FVC, TRIAL 6 +MAXIMUM FVC +MAXIMUM FVC +FVC (mL) (PRBA25) +FVC (L) +FVC (L) +FVC +FEV1, TRIAL 1 +FEV1, TRIAL 2 +FEV1, TRIAL 3 +FEV1, TRIAL 4 +FEV1, TRIAL 5 +FEV1, TRIAL 6 +MAXIMUM FEV1 +MAXIMUM FEV1 +MAXIMUM FEV1 +MAXIMUM FEV1 (5 TRIALS) +FEV1 (mL) (PRBA29) +MAXIMUM FEV1 (8 TRIALS) +FEV1 (L) +FEV1 (L) +FEV1 (L) +14: Was it confirmed by a doctor? +10b: Age when told this +AGE DIAGNOSED-ASTHMA. Q 14 +AGE DIAGNOSED-ASTHMA. Q 14 +WAS IT CONFIRMED BY A DOCTOR +AT WHAT AGE DID IT STOP +WAS IT CONFIRMED BY A DOCTOR +CDI-ASTHMA +CDI-ASTHMA +RESPIRATORY SYMPTOMS & CHF COMPLAINTS: ASTHMA-SEASONAL +RESPIRATORY SYMPTOMS & CHF COMPLAINTS: TROUBLE WITH WHEEZING-ASTHMA +AGE DIAGNOSED-EMPHYSEMA. Q 20 +AGE DIAGNOSED-EMPHYSEMA. Q 19 +CDI-EMPHYSEMA +CDI-EMPHYSEMA +Apnea/hypopnea index (3% desat) (SLPA54) +Cigarette Pack Years +Cigarette use (1-Never,2=Former,3=Current) +Cigarette years of smoking [Cohort, Exam 1] +Current cigarette smoker [Cohort, Exam 1] +Former cigarette smoker [Cohort, Exam 1] +Current cigarette smoker [Cohort, Exam 4] +Former cigarette smoker [Cohort, Exam 4] +Do you now smoke cigarettes? Q30 [Home Interview, exam 1] +Age stopped smoking cigarettes Q31 [Home Interview, exam 1] +How many years did you not smoke cigarettes? Q34 [Home Interview, exam 1] +Do you now smoke cigarettes? +If yes to [SMKNOW15]: How many cigarettes do you smoke per day now? +[Other items]. Do you now smoke cigarettes? [Annual Follow-up Questionnaire Form, AFUG] +If no to [SMKNOW15]: month stopped smoking? +If no to [SMKNOW15]: year stopped smoking? +Data on smoking collected when? +SMOKED AT LEAST 100 CIGARETTES IN LIFETIME +CIGARETTES: AGE QUIT SMOKING +SMOKE IN PAST 2 HRS +SMOKE CIGARETTES +SMOKE IN PAST 2 HRS +SMOKED AT LEAST 100 CIGARETTES IN LIFETIME +CIGARETTES: AGE QUIT SMOKING +SMOKED CIGARETTES: LAST 30 DAYS +SMOKED 100+ CIGARETTES IN LIFETIME +SMOKED CIGARETTES IN THE LAST 30 DAYS +AGE QUIT SMOKING CIGARETTES +SMOKE IN PAST 2 HRS +SMOKE CIGARETTES +SMOKED CIGARETTES: LAST 30 DAYS +SMOKE_STAT +SMOKED CIGARETTES: LAST 30 DAYS +Current smoker [Cohort, Exam 3] +Former smoker [Cohort, Exam 3] +30. Do you now smoke cigarettes? +30. Do you now smoke cigarettes? +30. Do you now smoke cigarettes? +30. Do you now smoke cigarettes? +50. Do you now smoke cigarettes? +SMOKE CIGARRETES Q30 +SMOKE CIGARRETES Q30 +SMOKE CIGARRETES Q30 +SMOKE CIGARRETES Q30 +1: Smoked at least 400 cigarettes +2: Age when first smoke cigarettes +3: Do you now smoke cigarettes +4a: Since you last smoked (months) +4b: Since you last smoked (years) +5: Cigarettes you smoke per day +7: How soon do you smoke? +9: Difficult to refrain from smoking +10: Smoke when ill? +12: Years off cigarettes? +13: How deeply do you inhale? +IF EX-SMOKER, WHEN QUIT +PT TRIED TO STOP SMOKING W/I PAST 2 YRS +CURRENT SMOKER? +LIFETIME CIGARETTE COMSUMPTION > 99 +Smoke >= 1 cigarette/day (C) +Smoke >= 1 cigarette/week (C) +Smoke >= 1 cigarette/week for a month (C) +CIGARETTES, # SMOKED/DAY. Q 2.05 +NEW SMOKER: STILL SMOKES? Q 2.04A +STILL SMOKES CIGARETTES REGULARLY? Q 2.01 +CURR BRAND: MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.06 +CURR BRAND: REGULAR/KING SIZE/LONG. Q 2.06 +CURR BRAND: SOFT/HARD PACK. Q 2.06 +CURR BRAND: FILTERED/UNFILTERED. Q 2.06 +OLD BRAND 2: MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.07 +OLD BRAND 2: REGULAR/KING SIZE/LONG. Q 2.07 +OLD BRAND 2: SOFT/HARD PACK. Q 2.07 +OLD BRAND 2: FILTERED/UNFILTERED. Q 2.07 +OLD BRAND 1: MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.07 +OLD BRAND 1: REGULAR/KING SIZE/LONG. Q 2.07 +OLD BRAND 1: SOFT/HARD PACK. Q 2.07 +OLD BRAND 1: FILTERED/UNFILTERED. Q 2.07 +OLD BRAND 4: MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.07 +OLD BRAND 4: REGULAR/KING SIZE/LONG. Q 2.07 +OLD BRAND 4: SOFT/HARD PACK. Q 2.07 +OLD BRAND 4: FILTERED/UNFILTERED. Q 2.07 +OLD BRAND 3: MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.07 +OLD BRAND 3: REGULAR/KING SIZE/LONG. Q 2.07 +OLD BRAND 3: SOFT/HARD PACK. Q 2.07 +OLD BRAND 3: FILTERED/UNFILTERED. Q 2.07 +EXPECTS TO SMOKE IN 5 YRS? Q 2.10 +TRIED TO STOP SMOKING, PAST 2 YRS? Q 2.09 +1985 FTC TAR OF CURRENT BRAND +HOW OFTEN SMOKE INHALED? Q 2.08 +Smoking: Years smoked +# CIGS/DAY - MON 12 +SMOKES, DOESN'T REMEMBER, DOESN'T SMOKE. Q 1 +MENTHOLATED/NONMENTHOLATED +REGULAR/KING-SIZE/LONG +SOFT/HARD PACK +FILTERED/UNFILTERED +Adjusted years smoked +BEGINNER, STILL SMOKES? Q 2.04a +HOW MANY YRS SMOKED REGULARLY? Q 2.03 +STILL SMOKE? Q 2.01 +DO YOU EXPECT TO SMOKE IN 5 YRS? Q 2.10 +HOW OFTEN SMOKE INHALED? Q 2.08 +CIGARETTES, # SMOKED/DAY. Q 2.05 +HRS/WK EXP TO SMK IN HOME. Q 9 +HAS SMOKED CIGARETTES. Q 2 +SMOKE >= 10 CIG. A DAY FOR >= 1 MONTH. Q 12 +# OF CIGS/DAY - MON 48 +# OF CIGS/DAY - MON 36 +SMOKES, DOESN'T REMEMBER, DOESN'T SMOKE. Q 1 +BEGINNER, STILL SMOKES? Q Q 2.04a +HOW MANY YRS SMOKED REGULARLY? Q 2.03 +STILL SMOKE? Q 2.01 +PORTION OF CIGARETTE THAT IS UNSMOKED. Q 2.08 +MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.06e +REGULAR/KING-SIZE/LONG. Q 2.06d +SOFT/HARD PACK. Q 2.06c +FILTERED/UNFILTERED. Q 2.06b +CIGARETTES, # SMOKED/DAY. Q 2.05 +QUIT ATTEMPT: OTHER. Q 2.12 +QUIT ATTEMPT: SOUGHT PROFESSIONAL HELP. Q 2.12 +LONGEST ATTEMPT TO QUIT. Q 2.11 +HOW MANY ATTEMPTS TO QUIT >= 48 HRS. Q 2.10 +TRIED TO QUIT IN LAST 3 YEARS. Q 2.10 +REASON QUIT -EXPENSE OF HABIT. Q 2.13f +REASON QUIT -TIRED OF HABIT. Q 2.13e +REASON QUIT -FAMILY/FRIENDS SUGGESTED. Q 2.13d +REASON QUIT -HEALTH CONCERN. Q 2.13b +REASON QUIT -MD RECOMMENDED. Q 2.13a +HAS SMOKED CIGARETTES. Q 2 +SMOKED SINCE LAST CUFF INFLATION? +# OF CIGS/DAY - MON 72 +SMOKES, DOESN'T REMEMBER, DOESN'T SMOKE. Q 1 +HAS SMOKED CIGARETTES. Q 2 +SOFT/HARD PACK. Q 2.04c +FILTERED/UNFILTERED. Q 2.04b +CIGARETTES, # SMOKED/DAY. Q 2.03 +BEGINNER, STILL SMOKES? Q 2.02a +STILL SMOKE? Q 1.01 +HOW MANY ATTEMPTS TO QUIT >= 48 HRS. Q 2.05 +TRIED TO QUIT IN LAST 2 YEARS. Q 2.05 +MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.04e +REGULAR/KING-SIZE/LONG. Q 2.04d +# OF CIGS/DAY - MON 96 +SMOKED IN PAST 24 HOURS? Q 1 +STILL SMOKE? Q 2.01 +HOW MANY ATTEMPTS TO QUIT >= 48 HRS. Q 206 +TRIED TO QUIT IN PAST 3 YRS. Q 2.06 +MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.05e +REGULAR/KING-SIZE/LONG. Q 2.05d +SOFT/HARD PACK. Q 2.05c +FILTERED/UNFILTERED. Q 2.05b +SMOKE EVERY DAY. Q 2.04 +CIGARETTES, # SMOKED/DAY. Q 2.03 +BEGINNER, STILL SMOKES? Q 2.02a +HAS SMOKED CIGARETTES. Q 2 +AWARE OF CESSATION PGMS IN COMMUNITY. Q 2.08 +SMOKED IN PAST 24 HRS? +SMOKED IN PAST 24 HOURS? Q 1 +FILTERED/UNFILTERED. Q 2.05 +SMOKE EVERY DAY. Q 2.04 +BEGINNER, STILL SMOKES? Q 2.02a +CIGARETTES, # SMOKED/DAY. Q 2.03 +STILL SMOKE? Q 2.01 +ON SMOKE DAYS, HOW MANY CIGARETTES. Q 2.04b +SMOKED ON HOW MANY DAYS IN PAST 30. Q 2.04a +HOW MANY ATTEMPTS TO QUIT >= 48 HRS +TRIED TO QUIT IN PAST 5 YRS. Q 2.06 +MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.05c +REGULAR/KING-SIZE/LONG. Q 2.05b +HAS SMOKED CIGARETTES. Q 2 +DID YOU SMOKE CIGARETTES +Pack-years @year 15 +Pack-years @year 10 +Pack-years @year 7 +Pack-years @year 5 +Pack-years @year 2 +Pack-years @year 0 +Current Smoker +Past Smoker +Age Quit Smoking +Age quit smoking regularly +Quit smoking because of health problems +Pack years of smoking +Pack years of smoking (categorical) +Smoke cigarettes now +Smoke cigarettes now +Smoke cigarettes now +Smoke cigarettes now +Smoke cigarettes now +Smoke cigarettes now +Smoke cigarettes now +How many cigarettes/day +Cigarettes per day +Cigarettes per day +How many cigarette per day +How many cigarette per day +Cigarettes per day +Smoke or smoked, cigarettes/day +How many cigarettes per day +Smoke, cigs/day +Cigarettes per day +Years a regular smoker +Smoke cigarettes now +SMOKED IN LIFETIME +SMOKED CIGARETTES LAST 30 DAYS +SMOKED IN LIFETIME +SMOKED CIGARETTES LAST 30 DAYS +PACK YEARS SMOKED +PACK YEARS SMOKED +PACK YEARS SMOKED +HOW MANY DID YOU SMOKE PER DAY ON AVER (99=UNKNOWN) +HOW MANY DID YOU SMOKE PER DAY ON AVER. +SMOKED MORE THAN 100 CIGARETTES +QUIT SMOKING IN LAST YEAR +Do you now smoke cigarettes? +HOW OLD WERE WHEN YOU STOPPED SMOKING (99=UNKNOWN) +HOW OLD WERE WHEN YOU STOPPED SMOKING +SMOKES CIGARETTES +IF STOPPED, AGE STOPPED +SMOKING NOW +SMOKING LAST YEAR(NOT SMOKING NOW) +NO. OF CIGARETTES PER DAY +INHALES CIGARETTES +MAX NO. CIGARETTES PER DAY +STOP SMOKING CIGARETTE LAST YEAR OR LONGER +NO. YEARS STOPPED SMOKING CIGARETTE +SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR +INHALED CIGARETTES +FILTER CIGARETTE +HOURS SINCE LAST CIGARETTE +If yes to [SMKNOW15]: How many cigarettes do you smoke per day now? +BRAND OF CIGARETTE XXXXXXXX (FIRST EIGHT LETTERS OF CIGARETTE BRAND) +SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN PAST YEAR +HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE PER DAY +SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR +CIGARETTES - DO YOU INHALE? +CIGARETTE BRAND XXXXXXXX (FIRST EIGHT LETTERS OF CIGARETTE BRAND) +CIGARETTE-STRENGTH +CIGARETTE-TYPE +CIGARETTE-FILTER +CIGARETTE-LENGTH +HOURS SINCE LAST CIGARETTE +SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR +HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE A DAY +CIGARETTE BRAND XXXXXXXX (FIRST 8 LETTERS OF BRAND) +HOW MANY HOURS SINCE LAST CIGARETTE +IF YES (TO EF08), HOW MANY HOURS SINCE YOUR LAST CIGARETTE? +SMOKE CIGARETTES REGULARLY IN PAST YEAR +HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE PER DAY +BRAND OF CIGARETTE +SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR +HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE PER DAY? +CIGARETTE BRAND XXXXXXXX FIRST EIGHT LETTERS OF CIGARETTE BRAND +SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR +CIGARETTES - DO YOU INHALE? +CIGARETTE-STRENGTH +CIGARETTE-TYPE +CIGARETTE-FILTER +CIGARETTE-LENGTH +HOURS SINCE LAST CIGARETTE +SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR? +CIGARETTES - HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE PER DAY? +CIGARETTES - DO YOU INHALE? +CIGARETTE-STRENGTH +CIGARETTE-TYPE +CIGARETTE-FILTER +CIGARETTE-LENGTH +HOURS SINCE LAST CIGARETTE +CIGARETTE BRAND XXXXXXXX FIRST EIGHT LETTERS OF CIGARETTE BRAND +SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR +CIGARETTES - DO YOU INHALE? +CIGARETTE BRAND XXXXXXXX FIRST EIGHT LETTERS OF CIGARETTE BRAND +CIGARETTE-STRENGTH +CIGARETTE-TYPE +CIGARETTE-FILTER +CIGARETTE-LENGTH +HOURS SINCE LAST CIGARETTE +SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR? +IF YES (TO FQ194), HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE A DAY? +SMOKING: SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN THE LAST YEAR? +SMOKING: HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE A DAY? +SMOKING: SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN THE LAST YEAR? +SMOKING: HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE A DAY? +SMOKING: SMOKED CIGARETTES REGULARLY SINCE YOUR LAST EXAM? +SMOKING: HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE A DAY? +SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR +HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE A DAY +CIGARETTE BRAND XXXXXXXX (FIRST 8 LETTERS OF BRAND) +HOW MANY HOURS SINCE LAST CIGARETTE? +Medical History-Smoking: Do you now smoke cigarettes (as of 1 month ago)? +Medical History-Smoking: How many cigarettes do you smoke per day now? +RESPIRATORY: DO YOU NOW SMOKE CIGARETTES (I.E. WITHIN THE LAST WEEK)? +RESPIRATORY: HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE A DAY? +DO YOU NOW SMOKE CIGARETTES (AS OF 1 MONTH AGO)? +HOW MANY CIGARETTES DO YOU SMOKE PER DAY NOW? +NOW SMOKE CIGARETTES (WITHIN THE LAST WEEK) +If no to [SMKNOW15]: month stopped smoking? +IF YES (TO TM05), HOW MANY HOURS SINCE YOUR LAST CIGARETTE? +Do you now smoke cigarettes? +If no to [SMKNOW15]: year stopped smoking? +Are you currently still smoking? +If sh323=0, how many years ago did you STOP smoking? +CURRENT SMOKING-REG LAST 2 YRS +DOES PATIENT INHALE +DOES PATIENT INHALE +INHALES +DOES PATIENT INHALE +DO YOU INHALE +DO YOU INHALE? +RESPIRATORY: IF YOU NO LONGER SMOKE, WHEN DID YOU QUIT? +IF NO LONGER SMOKE, WHEN QUIT +REASON FOR STOPPING +SMOKED AT LEAST 1 YEAR +CASE-COHORT DESIGNATION +RANDOM COHORT AND CASES NOT IN COHORT +Framingham participant IDTYPE +Idtype +COHORT +Cohort +COHORT +Cohort +COHORT +COHORT +COHORT +COHORT +COHORT +COHORT +COHORT +COHORT +COHORT +COHORT +COHORT +CT Participant +OS Participant +HRT Participant +DM Participant +CAD Participant +HRT Arm +DM Arm +CaD Arm +Rand to BMD +EXAM MEASURED (9-11, 21-23) +EXAM 3-4 (PREDOMINANTLY EXAM 3, N=10 FOR EXAM 4) +Year sample taken +Year CAC was measured +Index Year +FST01TM +FST01HR +CHS CLINIC +CLINIC +CLINIC +COUNTY +A01LCEN +Self-reported anti-diabetic medication +Use supplements (y/n) +LFFQ: use of supplements indicated +0/1 supplement user +SFFQ: use of supplements indicated +LFFQ: use of supplements indicated +0/1 supplement user +SFFQ: use of supplements indicated +Msrahfscode +Medconc +Msragpicode +Msratccode +Msratcname +TAKING ASPRIN REGULARLY Q17 +TAKING ASPRIN REGULARLY Q17 +TAKING ASPRIN REGULARLY Q17 +TAKING ASPRIN REGULARLY Q17 +Ahfscode +Medconc +Gpicode +Tcname +Tccode +Antihypertensive medication +Medication accountability +20. Code 1 +22. Code 2 +22. Code 2 +20. Code 1 +20. Code 1 +20. Code 1 +[Medication records]. Medication code No. Q4ab [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Medication Code No. Q4bb [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Medication code No. Q4cb [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Medication code No. Q4db [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Medication code No. Q4eb [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Medication code No. Q4fb [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Medication code No. Q4gb [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Medication code No. Q4hb [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Medication code No. Q4ib [Medication Survey Form, exam 1] +Medication code No. Q4jb [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Medication code No. Q4kb [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Medication code No. Q4lb [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Medication code No. Q4mb [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Medication code No. Q4nb [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Medication code No. Q4ob [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Medication code No. Q4pb [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Medication code No. Q4qb [Medication Survey Form, exam 1] +18d: Code1 +24e: Code 2 +30e: Code 3 +36e: Code 4 +MSRA4D +MSRA4A +MSRA4B +MSRA4C +MSRA5A +MSRA5B +MSRA5C +MSRA5D +MSRA6D +MSRA6A +MSRA6B +MSRA6C +MSRA7C +MSRA7D +MSRA8C +MSRA8D +MSRA9D +MSRA10A +MSRA10C +MSRA10D +MSRA11C +MSRA11D +MSRA12A +MSRA12C +MSRA12D +MSRA13A +MSRA13C +MSRA13D +MSRA7A +MSRA7B +MSRA8A +MSRA8B +MSRA9A +MSRA9B +MSRA9C +MSRA10B +MSRA11A +MSRA11B +MSRA12B +MSRA13B +MSRA14A +MSRA14C +MSRA14D +MSRA15A +MSRA15C +MSRA15D +MSRA16A +MSRA16C +MSRA16D +MSRA17A +MSRA17C +MSRA17D +MSRA18A +MSRA18B +MSRA18C +MSRA18D +MSRA19A +MSRA19B +MSRA19C +MSRA19D +MSRA14B +MSRA15B +MSRA16B +MSRA17B +MSRA20A +MSRA20B +MSRA20C +MSRA20D +MSRA21A +MSRA21B +MSRA21C +MSRA21D +MSRA22A +MSRA22B +MSRA22C +MSRA22D +MSRA23A +MSRA23C +MSRA23D +MSRA23B +MSRA24A +MSRA24B +MSRA24C +MSRA24D +MSRA25A +MSRA25B +MSRA25C +MSRA25D +MSRA26A +MSRA26B +MSRA26C +MSRA26D +31b: Medication was inconvenient to take +31c: Medication wouldn't do any good-did not take +31h: Trying to do without taking medications +31i: No money to purchase medication +31k: Other reasons for not taking a medication +31l: Specify why not taking medication +34b: How may days a week, taking medication? +34d: Purpose for taking this medication? +35c: If 'Other', specify +42b: How many days for past 2 wks took remedies? +42c: What purpose took home remedies? +43a: Any other home remedies? +43c: What other symptoms? +Still take tranquilizers (A) +Still take progesterone/hormones etc (A) +Took medications on day of study (AC) +Took stimulants on day of study (AC) +TAKING MED NOW? +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 +73 Tranquilizers in last yr (L) +73 Tranquilizers in last 3 days (L) +73 Stimulants in last yr (L) +73 Stimulants in last 3 days (L) +74 Days per week ibuprofen taken +74 How many multi-vitamins do you take per week? +PreSleep: Stimulants today? +PreSleep: Decongestant today? +PreSleep: Other medication(s) today? +PreSleep: Specify other medication(s) today +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 3 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 3 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 3 +TAKING BCP MED NOW? +B09BCTUS +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 +TAKING HBP MED NOW? +Antianginals +Antiarrhythmics +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4. Q 4.03A +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4. Q 4.03A +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4. Q 4.03A +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4. Q 4.03A +Antihypertensives +REASON MEDICATION TAKEN +Antiplatelets +TAKING MED NOW? Q 4.03A +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4. Q 4.01A +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4. Q 4.01A +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4. Q 4.01A +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4. Q 4.01A +TAKING OTHER MED NOW? +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 +B09RESO +APPLIED MED? Q 4 +[Medication records]. Take medication A in past 24 hrs? Q4ad [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Take medication B in past 24 hrs? Q4bd [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Take medication C in past 24 hrs? Q4cd [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Take medication D in past 24 hrs? Q4dd [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Take medication E in past 24 hrs? Q4ed [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Take medication F in past 24 hrs? Q4fd [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Take medication G in past 24 hrs? Q4gd [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Take medication H in past 24 hrs? Q4hd [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Take medication I in past 24 hrs? Q4id [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Take medication J in past 24 hrs? Q4jd [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Take medication K in past 24 hrs? Q4kd [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Take medication L in past 24 hrs? Q4ld [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Take medication M in past 24 hrs? Q4md [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Take medication N in past 24 hrs? Q4nd [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Take medication O in past 24 hrs? Q4od [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Take medication P in past 24 hrs? Q4pd [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Take medication Q in past 24 hrs? Q4qd [Medication Survey Form, exam 1] +[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q4C [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q4D [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q5C [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q5D [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q6C [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q6D [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q7C [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q7D [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q8C [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q8D [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q9C [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q9D [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q10C [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q10D [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q11C [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q11D [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q12C [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q12D [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q13C [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q13D [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q14C [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q14D [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q15C [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q15D [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q16C [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q16D [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q17C [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q17D [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q18C [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q18D [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q19C [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q19D [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q20C [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q20D [Medication Survey Form, exam 2] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q4d [Medication Survey Form, exam 3] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q5d [Medication Survey Form, exam 3] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q6d [Medication Survey Form, exam 3] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q7d [Medication Survey Form, exam 3] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q8d [Medication Survey Form, exam 3] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q9d [Medication Survey Form, exam 3] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q10d [Medication Survey Form, exam 3] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q11d [Medication Survey Form, exam 3] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q12d [Medication Survey Form, exam 3] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q13d [Medication Survey Form, exam 3] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q14d [Medication Survey Form, exam 3] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q15d [Medication Survey Form, exam 3] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q16d [Medication Survey Form, exam 3] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q17d [Medication Survey Form, exam 3] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q18d [Medication Survey Form, exam 3] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q19d [Medication Survey Form, exam 3] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q20d [Medication Survey Form, exam 3] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q4d [Medication Survey Form, exam 4] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q5d [Medication Survey Form, exam 4] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q6d [Medication Survey Form, exam 4] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q7d [Medication Survey Form, exam 4] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q8d [Medication Survey Form, exam 4] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q9d [Medication Survey Form, exam 4] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q10d [Medication Survey Form, exam 4] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q11d [Medication Survey Form, exam 4] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q12d [Medication Survey Form, exam 4] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q13d [Medication Survey Form, exam 4] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q14d [Medication Survey Form, exam 4] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q15d [Medication Survey Form, exam 4] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q16d [Medication Survey Form, exam 4] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q17d [Medication Survey Form, exam 4] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q18d [Medication Survey Form, exam 4] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q19d [Medication Survey Form, exam 4] +[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q20d [Medication Survey Form, exam 4] +[Interview]. For what purpose are you taking this medication? Q29d [Medication Survey Form, exam 4] +CURRENTLY USING BCP. Q 16 +CURRENTLY TAKING OTHER PRSCR MEDICATION. Q 13 +CURRENTLY TAKING HBP MEDICATION. Q 10 +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 3 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 3 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 3 +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 +Q10A: MEDICATION 1 +Q10F: MEDICATION 6 +Q10E: MEDICATION 5 +Q10D: MEDICATION 4 +Q10C: MEDICATION 3 +Q10B: MEDICATION 2 +CURRENTLY TAKING BC PILLS? Q 42 +Chemotherapy +Contraceptives +LHRH/GnRH only +Metformins +Oral/inhalantable glucocorticorsteroids +Pulmonary medication +Low HDL or fibares nicoacid med use +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4. Q 24a +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4. Q 24a +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4. Q 24a +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4. Q 24a +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 3 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 3 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 3 +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4. Q 23a +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4. Q 23a +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4. Q 23a +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4. Q 23a +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4. Q 22a +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4. Q 22a +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4. Q 22a +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4. Q 22a +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4. Q 43a +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4. Q 43a +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4. Q 43a +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4. Q 43a +REASON FOR TAKING MEDICATION +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4. Q 25 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4. Q 25 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4. Q 25 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4. Q 25 +MISS TAKING PILLS FOR ANY REASON? +MISS TAKING PILLS WHEN FEELING BETTER? +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 +PAST USER: MOS SINCE LAST EPISODE OF USE +LONGEST CONT INTERVAL OF OC USE (MONTHS) +TOTAL # OF MONTHS OF OC USE +REASON FOR TAKING OTHER PRESCRIPTION MED. Q 27b +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 +FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (STRESS-TAB). Q 4 +FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (ONE-A-DAY). Q 4 +FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (THERAP). Q4 +FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (BETA-CAROT). Q 4 +FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (NIACIN). Q 4 +TAKEN NIACIN? Q 4 +FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (ANTIOX). Q 4 +FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (COD LV OIL). Q 4 +FREQ (DAY/WK/MO) TAKEN (BREWER"S YEAST). Q 4 +TAKEN BREWER"S YEAST? Q 4 +FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (OTHER VIT). Q 4 +HOW OFTEN DIETARY PRODUCTS. Q 17 +TAKE MEDS-COMMENT +MED FOR INFERTILITY,POLYCYSTIC OVARIAN. Q 39b +MED FOR IRREGUL PERIODS,POLYCYSTIC OVAR. Q 39b +MONTHS OF BCP ALTOGETHER. Q 41c +YEARS OF BCP ALTOGETHER. Q 41c +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 +MONTH STOPPED TAKING BCP +YEAR STOPPED TAKING BCP +FOLLOW-UP FOR WHICH ITEM ON FORM 8. Q 1 +REASON FOR THIS MEDICATION. Q 3 +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 +TAKEN NIACIN? Q 2 +FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (THERAP). Q 2 +FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (STRESS-TAB). Q 2 +FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (ONE-A-DAY). Q 2 +TAKEN BREWER"S YEAST? Q 2 +FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (BETA-CAROT). Q 2 +FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (NIACIN). Q 2 +FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (ANTIOX). Q 2 +FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (OTHER VIT). Q 2 +FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (COD LV OIL). Q 2 +FREQ (DAY/WK/MO) TAKEN (BREWER"S YEAST). Q 2 +TEXT-OTH NON-PRESCRIP Rx, LAST 12 MOS. Q 25 +TEXT-OTH REAS FOR BC, PAST 12 MOS. Q 16 +TOOK NO NONPRESCRIP Rx, LAST 12 MOS. Q 25 +MEDICINALLY TOOK OTH TREAT, LST 12 MOS. Q 25 +MEDICINALLY TOOK VIT B, LAST 12 MOS. Q 25 +MEDICINALLY TOOK STJOHNS WRT, LST 12MOS. Q 25 +MEDICINALLY TOOK BLK COHSH, LAST 12 MOS. Q 25 +MEDICINALLY TOOK PHYTOEST, LAST 12 MOS. Q 25 +MEDICINALLY TOOK PROGESTER, LAST 12 MOS. Q 25 +MEDICINALLY TOOK WILD YAMS, LAST 12 MOS. Q 25 +DID NOT USE BC, PAST 12 MONTHS. Q16 +MISS TAKING PILLS WHEN FEELING BETTER? +MISS TAKING PILLS FOR ANY REASON? +TAKING MED NOW? Q 4.04A +MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4. Q 4.04A +MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4. Q 4.04A +MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4. Q 4.04A +MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4. Q 4.04A +F44 Oral daily use of a glucocorticosteroid +F153 Taking this medication +F153 How often taking this medication +Supplemental Chromium, mcg +Supplemental Niacin, mg +Any Combination Pill +Olestra/past year +Estratest use +Age stopped DES +SERMs - Raloxifene (Evista) +SERMs - Tamoxifen (Nolvadex ) +SERMS - Other +Natural/wild yam or prog cream +Natural/wild yam pills +Natural/Progest suppositories +Natural/DHEA pills +Natural/Phytoestrogen pills +Natural/Phytoestrogen creams +Natural/Other +Combined estr/progest pills +Combined estr/testost pills +Progest pills days per month +Progest pill dose per day +Natural/wild yam or prog cream +Natural/wild yam pills +Natural/Progest suppositories +Natural/DHEA pills +Natural/Phytoestrogen pills +Natural/Phytoestrogen creams +Natural/Other +Combined estr/progest pills +Combined estr/testost pills +Progest pill dose per day +Progest pills days per month +Natural/wild yam cream +Natural/Wild yam pills +Natural/Progesterone cream +Natural/Progest suppositories +Natural/DHEA pills +Natural/Phytoest pills/powder +Natural/Phytoestrogen creams +Natural/Other +Use non-estrogen prescription +Non-estrogen rx/Evista (Raloxifene) +Non-estrogen rx/Nolvadex (Tamoxifen) +Non-estrogen rx/Other +Which estr/progest combination +Combined estr/testost pills +Progest pills days per month +Progesterone/Progestin cream +Natural/wild yam cream +Natural/Wild yam pills +Natural/Progesterone cream +Natural/Progest suppositories +Natural/DHEA pills +Natural/Phytoest pills/powder +Natural/Phytoestrogen creams +Natural/Other +Use non-estrogen prescription? +Evista (Raloxifene) +Nolvadex (Tamoxifen) +Other/ non-estrogen +Don't know/non-estrogen +Which estr/progest combination +Combined estr/testost pills +Progest pills days per month +Progesterone/Progestin cream +Natural/wild yam cream +Natural/wild yam pills +Natural/Progesterone cream +Natural/Progest suppositories +Natural/DHEA pills +Natural/Phytoest pills/powder +Natural/Other +Risedronate (Actonel) +Pamidronate (Aredia) +Use non-estrogen prescription +Non-estrogen rx/Evista (Raloxifene) +Non-estrogen rx/Nolvadex (Tamoxifen) +Non-estrogen rx/Other +Which estr/progest combination +Combined estr/testost pills +Progest pills days per month +Progesterone/Progestin cream +Provera/Cycrin/Amen past year +Provera/Cycrin/Amen dose past year +HRT Arm +DM Arm +CaD Arm +Flu shot in past 12 months +F136 IV Inotropes +If OCP use, form +If use SERMs: Current use? +If yes to G3A068: Specify OTC menopausal symptom preparation +ECG: TAKING DIGITALIS +ECG: TAKING DIGITALIS +NITROGLYCERINE +ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC.) +METHYLDOPA (ALDOMET) +WYTENSIN +GANGLIONIC BLOCKERS +OTHER ANTI-HYPERTENSIVES +ORAL HYPOGLYCEMICS +ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS, ETC. (LIBRIUM, VALIUM, ETC.) +ANTI-DEPRESSANTS +# OF MULTIVITAMINS PER WEEK +DAYS/MONTH TAKING PREMARIN +ANY CARDIOVASCULAR MEDICATIONS? +DAYS PER MONTH TAKING PREMARIN +METHYLDOPA (ALDOMET) +ALPHA-2 BLOCKERS (PRAZOSIN, TERAZOSIN) +OTHER ANTI-HYPERTENSIVES +ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC.) +ANITCOAGULANTS (COUMADIN, WARFARIN, ETC.) +INSULIN/TOTAL UNITS PER DAY +ORAL HYPOGLYCEMICS +ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS ETC. (LIBRIUM, VALIUM, ETC.) +ANTI-DEPRESSANTS +EYEDROPS +MEDICATIONS - OTHERS +NITROGLYCERINE +(TAKING) ANY CARDIOVASCULAR MEDICATIONS BELOW? +MEDICATION USE: NITROGLYCERINE +MEDICATION USE: METHYLDOPA (ALDOMET) +MEDICATION USE: ALPHA-2 BLOCKERS (PRAZOSIN, TERAZOSIN) +MEDICATION USE: OTHER ANTI-HYPERTENSIVES +MEDICATION USE: ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC.) +(TAKING) ANY OF THE "NON-CARDIOVASCULAR MEDICATIONS" BELOW? +MEDICATION USE: ORAL HYPOGLYCEMICS +MEDICATION USE: ANTI-ANXIETY,SEDATIVE/HYPNOTICS ETC. (LIBRIUM, VALIUM, ETC.) +MEDICATION USE: ANTI-DEPRESSANTS +MEDICATION USE: EYEDROPS +MEDICATION USE: NON-CARDIOVASCULAR MEDICATION - OTHER +ANY CARDIOVASCULAR MEDICATIONS BELOW TAKEN IN INTERIM? +MEDICATION USE: NITROGLYCERINE +MEDICATION USE: METHYLDOPA (ALDOMET) +MEDICATION USE: OTHER ANTI-HYPERTENSIVES +MEDICATION USE: ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC.) +MEDICATION USE: ANITCOAGULANTS (COUMADIN, WARFARIN, ETC.) +ANY OF THE NON-CARDIOVASCULAR MEDICATIONS BELOW TAKEN IN INTERIM? +MEDICATION USE: ANTIGOUT--(COLCHICINE) +MEDICATION USE: INSULIN/TOTAL UNITS PER DAY +MEDICATION USE: ORAL HYPOGLYCEMICS +MEDICATION USE: ANTI-ANXIETY,SEDATIVE/HYPNOTICS ETC. (LIBRIUM, VALIUM ETC.) +MEDICATION USE: ANTI-DEPRESSANTS +MEDICATION USE: EYEDROPS +MEDICATION USE - NITROGLYCERINE +MEDICATION USE - METHYLDOPA (ALDOMET) +MEDICATION USE - OTHER ANTI-HYPERTENSIVES +MEDICATION USE - ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE) +MEDICATION USE - ANTICOAGUALANTS (COUMADIN, WARFARIN) +MEDICATION USE - ORAL HYPOGLYCEMICS +MEDICATION USE - ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS (LIBRIUM, VALIUM, ETC) +MEDICATION USE - ANTI-DEPRESSANTS +MEDICATION USE - EYEDROPS +MEDICATIONS USE - OTHER +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS - NITROGLYCERINE +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS - K-SPARING DIURECTICS (ALDACTONE, TRIAMTERENE) +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS - ALPHA-2 BLOCKERS (PRAZOSIN, TERAZOSIN, DOXAZOSIN) +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS - OTHER ANTI-HYPERTENSIVES (SPECIFY) +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS - ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC.) +OTHER MEDICATIONS - ORAL HYPOGLYCEMICS (SPECIFY BRAND) +OTHER MEDICATIONS - ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS ETC. (LIBRIUM, VALIUM ETC) +OTHER MEDICATIONS - ANTI-DEPRESSANTS +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: NITROGLYCERINE +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: METHYLDOPA (ALDOMET) +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ALPHA-2 BLOCKERS (PRAZOSIN, TERAZOSIN, DOXAZOSIN) +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: OTHER ANTI-HYPERTENSIVES +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC.) +NONCARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ORAL HYPOGLYCEMICS +ORAL HYPOGLYCEMICS: GLIPIZIDE +ORAL HYPOGLYCEMICS: CHLORPROPAMIDE +ORAL HYPOGLYCEMICS: REPAGLINIDE +ORAL HYPOGLYCEMICS: GLIMEPRIRIDE +ORAL HYPOGLYCEMICS: OTHER +NONCARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS (LIBRIUM, VALIUM, ETC.) +NONCARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ANTI-DEPRESSANTS +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: NITROGLYCERINE +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: METHYLDOPA (ALDOMET) +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ALPHA-2 BLOCKERS (PRAZOSIN, TERAZOSIN, DOXAZOSIN) +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: OTHER ANTI-HYPERTENSIVES +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC.) +NONCARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ORAL HYPOGLYCEMICS +ORAL HYPOGLYCEMICS: GLIPIZIDE +ORAL HYPOGLYCEMICS: REPAGLINIDE +ORAL HYPOGLYCEMICS: GLIMEPRIRIDE +HYPOGLYCEMICS: CHLORPROPAMIDE +ORAL HYPOGLYCEMICS: OTHER +NONCARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS (LIBRIUM, VALIUM, ETC.) +NONCARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ANTI-DEPRESSANTS +ANTI-THYROID +ANTI-COAGULANTS +TRANQUILIZERS +ORAL CONTRACEPTIVE +PREMARIN +OTHER (SPECIFY) +PROPRANOLOL +ALDOMET +DIURETICS-HYPERTENSION +DIURETICS-OTHER +ANTI-COAGULANTS +TRANQUILIZERS +NO. OF PILLS TAKEN PER MONTH +METHYLDOPA (ALDOMET) +WYTENSIN +GANGLIONIC BLOCKERS +ANTIGOUT +ORAL HYPOGLYCEMICS +NON-STEROIDAL ANTI-INFLAMMATORY (MOTRIN, IBUPROFEN ETC.) +ANTI-ACID MEDICATIONS +ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS ETC. (LIBRIUM, VALIUM ETC.) +ANTI-DEPRESSANTS +EYEDROPS +OTHERS (SPECIFY BELOW) +ANY CARDIOVASCULAR MEDICATIONS? +NITROGLYCERINE +ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC.) +METHYLDOPA (ALDOMET) +WYTENSIN +GANGLIONIC BLOCKERS +OTHER ANTI-HYPERTENSIVES +ORAL HYPOGLYCEMICS +ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS, ETC (LIBRIUM, VALIUM, ETC.) +ANTI-DEPRESSANTS +ORAL CONTRACEPTIVES IN INTERIM +DAYS PER MONTH TAKING PREMARIN +NITROGLYCERINE +METHYLDOPA +ALPHA-2 BLOCKERS +OTHER ANTI-HYPERTENSIVES +ANTIARRHYTHMICS +ANTIPLATELET +ANITCOAGULANTS +INSULIN/TOTAL UNITS PER DAY +ORAL HYPOGLYCEMICS +ANALGESIC-NARCOTICS +ANALGESIC-NON-NARCOTICS +ANTIULCER +ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS, ETC +ANTI-DEPRESSANTS +EYEDROPS +MEDICATIONS - OTHERS +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS : NITROGLYCERINE +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: THIAZIDE/K-SPARING DIURECTICS (DYAZIDE, MAXIDE, ETC) +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: METHYLDOPA (ALDOMET) +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ALPHA-2 BLOCKERS (PRAZOSIN, TERAZOSIN, DOXAZOSIN) +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: OTHER ANTI-HYPERTENSIVES +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC) +HOW MANY UNITS OF INSULIN/DAY +MEDICATIONS: ORAL HYPOGLYCEMICS +MEDICATIONS: ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS (LIBRIUM, VALIUM) +MEDICATIONS: ANTI-DEPRESSANTS +MEDICATIONS: EYEDROPS +MEDICATIONS: OTHER +ORAL CONTRACEPTIVES IN INTERIM +RELIEF BY NITROGLYCERINE IN LESS THAN 15 MIN +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: NITROGLYCERINE +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: METHYLDOPA (ALDOMET) +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ALPHA-2 BLOCKERS (PRAZOSIN, TERAZOSIN, DOXAZOSIN) +CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: OTHER ANTI-HYPERTENSIVES +NON-CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ORAL HYPOGLYCEMICS +ORAL HYPOGLYCEMICS: TRIGLITAZONE +ORAL HYPOGLYCEMICS: GLIPIZIDE +ORAL HYPOGLYCEMICS: CHLORPROPAMIDE +ORAL HYPOGLYCEMICS: OTHER (SPECIFY) +NON-CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ANTI-DEPRESSANTS +NON-CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: EYEDROPS +NON-CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: OTHERS +ORAL CONTRACEPTIVES IN INTERIM +RESPIRATORY: IF YES TO G679, BY WHAT ROUTE - ORAL (CHECK ALL THAT APPLY) +CURRENT SERMS USE? +DO YOU USE ANY OF THESE MEDICATIONS - ALBUTEROL, PROVENTIL, VENTOLIN, COMBIVENT, MAXAIR, VOLMAX, XOPENEX, BRONKOOMETER, PIRBUTEROL, LEVALBUTEROL, OR METAPROTERENOL? +HOW MANY HOURS AGO DID YOU LAST USE THE MEDICATION, EITHER BY INHALER OR NEBULIZER? +DO YOU TAKE ANY OF THE FOLLOWING INHALERS? SEREVENT, ADVAIR, FORADIL, SALMETEROL, OR FORMOTEROL +HOW MANY HOURS AGO DID YOU LAST USE THE MEDICATION? +IF OCP USE, FORM +IF USE SERMS: CURRENT USE? +IF YES TO G3A068: SPECIFY PREPARATION +FFQ: TAKE BREWER'S YEAST SUPPLEMENT +FFQ: TAKE BREWER'S YEAST SUPPLEMENT +FFQ: TAKE BREWER'S YEAST SUPPLEMENT +FFQ: TAKE BREWER'S YEAST SUPPLEMENT +FFQ: TAKE BREWER'S YEAST SUPPLEMENT +FFQ: TAKE BREWER'S YEAST SUPPLEMENT +FFQ: TAKE BREWER'S YEAST SUPPLEMENT +FFQ: TAKE BREWER'S YEAST SUPPLEMENT +FFQ: VIT B6 SUPPLEMENT DOSE PER DAY +FFQ: VIT B6 SUPPLEMENT DOSE PER DAY +FFQ: TAKE OMEGA-3 FATTY-ACIDS SUPPLEMENT +FFQ: TAKE OMEGA-3 FATTY-ACIDS SUPPLEMENT +FFQ: TAKE OMEGA-3 FATTY-ACIDS SUPPLEMENT +FFQ: TAKE OMEGA-3 FATTY-ACIDS SUPPLEMENT +FFQ: TAKE OMEGA-3 FATTY-ACIDS SUPPLEMENT +FFQ: TAKE OMEGA-3 FATTY-ACIDS SUPPLEMENT +FFQ: TAKE OMEGA-3 FATTY-ACIDS SUPPLEMENT +FFQ: TAKE OMEGA-3 FATTY-ACIDS SUPPLEMENT +FFQ: TAKE OTHER SUPPLEMENT +FFQ: TAKE OTHER SUPPLEMENT +FFQ: TAKE OTHER SUPPLEMENT +FFQ: TAKE OTHER 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tranql_endpoint: "http://tranql:8081/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" + tranql_endpoint: "http://tranql:8001/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" node_to_element_queries: enabled: false cde: diff --git a/dags/roger/config/dev-config.yaml b/dags/roger/config/dev-config.yaml new file mode 100644 index 00000000..ff94e06d --- /dev/null +++ b/dags/roger/config/dev-config.yaml @@ -0,0 +1,118 @@ +redisgraph: + username: "" + password: "" + host: redis + graph: test + port: 6379 + +logging: + level: DEBUG + format: '[%(name)s][%(filename)s][%(funcName)20s] %(levelname)s: %(message)s' + +data_root: "/Users/schreepc/Projects/helxplatform/roger/roger/test/data" +dug_data_root: dug_helpers/dug_data/topmed_data +base_data_uri: https://stars.renci.org/var/kgx_data/trapi-1.0/ +kgx: + biolink_model_version: 1.5.0 + +#https://github.com/RedisGraph/redisgraph-bulk-loader/blob/master/redisgraph_bulk_loader/bulk_insert.py#L43 +bulk_loader: + separator: 0x1E + enforce_schema: False + skip_invalid_nodes: False + skip_invalid_edges: False + quote: 0 + max_token_count: 1024 + max_buffer_size: 2048 + max_token_size: 500 + index: [] + full_text_index: [] + +annotation: + annotator: "https://api.monarchinitiative.org/api/nlp/annotate/entities?min_length=4&longest_only=false&include_abbreviation=false&include_acronym=false&include_numbers=false&content=" + normalizer: "https://nodenormalization-sri.renci.org/get_normalized_nodes?curie=" + synonym_service: "https://onto.renci.org/synonyms/" + ontology_metadata: "https://api.monarchinitiative.org/api/ontology/term/" + # The following are neo4j params that would not be used + # need to remove them from annotator constructor. + db_url: "" + username: "" + password: "" + +indexing: + variables_index: "variables_index" + concepts_index: "concepts_index" + kg_index: "kg_index" + tranql_min_score: 0.2 + excluded_identifiers: + - 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var: TOPMED.VAR:phv00000496.v1.p10 + - var: TOPMED.VAR:phv00000517.v1.p10 + - var: TOPMED.VAR:phv00000518.v1.p10 + - var: TOPMED.VAR:phv00000528.v1.p10 + - var: TOPMED.VAR:phv00000529.v1.p10 + - var: TOPMED.VAR:phv00000530.v1.p10 + - var: TOPMED.VAR:phv00000531.v1.p10 + count_connected_nodes: + name: Count Connected Nodes + query: "MATCH (a)-[e]-(b) RETURN count(a), count(b)" + query_by_type: + name: Query by Type + query: "MATCH (a:gene)-[e]-(b) WHERE 'chemical_substance' IN b.category RETURN count(distinct(a)), count(distinct(b))" + smiles_values: + name: Query Chemicals with smiles that look like arrays + query: "Match (a: chemical_substance { simple_smiles: '$var' }) RETURN a.id" + args: + - var: "[Os+6]" + - var: "[SiH2]" + - var: "[CH]" + - var: "[S-2]" + - var: "[Ti+4]" + - var: "[P-3]" + - var: "[Ca+2]" + - var: "[Au+3]" + - var: "[TeH2]" + - var: "[Pb]" + - var: "[B+]" + - var: "[AsH]" + - var: "[O-][I+2]([O-])[O-]" + - var: "[He+]" + - var: "[Mo+6]" + - var: "[N-]=[N+]=[N-]" + - var: "[Ag+]" + - var: "[Zn+2]" + - var: "[C-]#[O+]" \ No newline at end of file diff --git a/dags/roger/dev-config.yaml b/dags/roger/dev-config.yaml index 67fd6d5e..ff94e06d 100644 --- a/dags/roger/dev-config.yaml +++ b/dags/roger/dev-config.yaml @@ -54,7 +54,7 @@ indexing: "phen_to_anat": ["phenotypic_feature", "anatomical_entity"] "anat_to_disease": ["anatomical_entity", "disease"] "anat_to_pheno": ["anatomical_entity", "phenotypic_feature"] - tranql_endpoint: "http://tranql:8081/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" + tranql_endpoint: "http://tranql:8001/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" elasticsearch: host: elasticsearch diff --git a/dags/roger/roger_db.py b/dags/roger/roger_db.py index dc8124d5..8c2d9c54 100644 --- a/dags/roger/roger_db.py +++ b/dags/roger/roger_db.py @@ -1,7 +1,11 @@ import copy import redis -from redisgraph import Node, Edge, Graph +# from redisgraph import Node, Edge, Graph +# https://redis-py.readthedocs.io/en/v4.5.1/redismodules.html#redisgraph-commands +from redis.commands.graph.node import Node +from redis.commands.graph.edge import Edge + from roger.roger_util import get_logger logger = get_logger () @@ -12,7 +16,7 @@ class RedisGraph: def __init__(self, host='localhost', port=6379, graph='default', password=''): """ Construct a connection to Redis Graph. """ self.r = redis.Redis(host=host, port=port, password=password) - self.redis_graph = Graph(graph, self.r) + self.redis_graph = redis.Graph(graph, self.r) def add_node (self, identifier=None, label=None, properties=None): """ Add a node with the given label and properties. """ diff --git a/dags/utils/s3_utils.py b/dags/utils/s3_utils.py index f0f7277b..8383b9d3 100644 --- a/dags/utils/s3_utils.py +++ b/dags/utils/s3_utils.py @@ -30,6 +30,7 @@ def connect( yield bucket def get(self, remote_file_name: str, local_file_name: str): + print(remote_file_name) with self.connect() as bucket: bucket.download_file(remote_file_name, local_file_name) diff --git a/docker-compose.yaml b/docker-compose.yaml index 15e4b88f..dd07e2e0 100644 --- a/docker-compose.yaml +++ b/docker-compose.yaml @@ -71,23 +71,15 @@ x-airflow-common: condition: service_healthy services: - postgres: - image: postgres:13 - environment: - POSTGRES_USER: airflow - POSTGRES_PASSWORD: airflow - POSTGRES_DB: airflow - volumes: - - postgres-db-volume:/var/lib/postgresql/data - healthcheck: - test: ["CMD", "pg_isready", "-U", "airflow"] - interval: 5s - retries: 5 - restart: always redis: - image: redislabs/redisgraph:2.4.1 - command: "redis-server --requirepass $REDIS_PASSWORD --loadmodule /usr/lib/redis/modules/redisgraph.so" + # image: redislabs/redisgraph:2.10.9 #this works? + image: 'redis/redis-stack:6.2.4-v2' + # command: "redis-server --requirepass $REDIS_PASSWORD --loadmodule /opt/redis-stack/lib/redisgraph.so" + environment: + - REDIS_ARGS=--requirepass $REDIS_PASSWORD + volumes: + - $DATA_DIR/redis:/data # FIX RDB Error on local ports: - $REDIS_PORT:$REDIS_PORT healthcheck: @@ -97,61 +89,16 @@ services: retries: 50 restart: always - airflow-webserver: - <<: *airflow-common - command: webserver - ports: - - 8080:8080 - healthcheck: - test: ["CMD", "curl", "--fail", "http://localhost:8080/health"] - interval: 10s - timeout: 10s - retries: 5 - restart: always - - airflow-scheduler: - <<: *airflow-common - command: scheduler - restart: always - - airflow-worker: - <<: *airflow-common - command: celery worker - restart: always - - airflow-init: - <<: *airflow-common - command: version - environment: - <<: *airflow-common-env - _AIRFLOW_DB_UPGRADE: 'true' - _AIRFLOW_WWW_USER_CREATE: 'true' - _AIRFLOW_WWW_USER_USERNAME: ${_AIRFLOW_WWW_USER_USERNAME:-airflow} - _AIRFLOW_WWW_USER_PASSWORD: ${_AIRFLOW_WWW_USER_PASSWORD:-airflow} - - flower: - <<: *airflow-common - command: celery flower - ports: - - 5555:5555 - healthcheck: - test: ["CMD", "curl", "--fail", "http://localhost:5555/"] - interval: 10s - timeout: 10s - retries: 5 - restart: always - dug: - image: cschreep/dug:develop + # image: cschreep/dug:develop + image: dug-api:latest depends_on: - elasticsearch - redis - - nboost restart: always environment: ELASTIC_API_HOST: "$ELASTIC_API_HOST" ELASTIC_PASSWORD: "$ELASTIC_PASSWORD" - NBOOST_API_HOST: "$NBOOST_API_HOST" REDIS_HOST: "$REDIS_HOST" REDIS_PASSWORD: "$REDIS_PASSWORD" FLASK_ENV: "development" @@ -164,30 +111,28 @@ services: - $API_PORT:$API_PORT elasticsearch: - image: docker.elastic.co/elasticsearch/elasticsearch:7.6.1 + # image: docker.elastic.co/elasticsearch/elasticsearch:7.6.1 + image: docker.elastic.co/elasticsearch/elasticsearch:8.5.2 environment: - ELASTIC_PASSWORD=$ELASTIC_PASSWORD - discovery.type=single-node - xpack.security.enabled=true + - ingest.geoip.downloader.enabled=false volumes: - $DATA_DIR/elastic:/usr/share/elasticsearch/data ports: - '9200:9200' - '9300:9300' - nboost: - image: koursaros/nboost:0.3.9-pt - ports: - - '8000:8000' - tranql: - image: helxplatform/tranql-app:develop-0.0.56 + # image: helxplatform/tranql-app:develop-0.0.56 + image: tranql-tranql:latest ports: - - '8081:8081' + - '8001:8001' entrypoint: [ "gunicorn", "--workers=4", - "--bind=0.0.0.0:8081", + "--bind=0.0.0.0:8001", "--timeout=300", "--access-logfile=$TRANQL_ACCESS_LOG", "--error-logfile=$TRANQL_ERROR_LOG", @@ -198,6 +143,3 @@ services: - REDIS_PASSWORD=$REDIS_PASSWORD volumes: - ./tranql-schema.yaml:/tranql/tranql/conf/schema.yaml - -volumes: - postgres-db-volume: diff --git a/helm/.gitignore b/helm/.gitignore deleted file mode 100644 index 711a39c5..00000000 --- a/helm/.gitignore +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -charts/ \ No newline at end of file diff --git a/helm/.helmignore b/helm/.helmignore deleted file mode 100644 index 0e8a0eb3..00000000 --- a/helm/.helmignore +++ /dev/null @@ -1,23 +0,0 @@ -# Patterns to ignore when building packages. -# This supports shell glob matching, relative path matching, and -# negation (prefixed with !). Only one pattern per line. -.DS_Store -# Common VCS dirs -.git/ -.gitignore -.bzr/ -.bzrignore -.hg/ -.hgignore -.svn/ -# Common backup files -*.swp -*.bak -*.tmp -*.orig -*~ -# Various IDEs -.project -.idea/ -*.tmproj -.vscode/ diff --git a/helm/Chart.lock b/helm/Chart.lock deleted file mode 100644 index a7002164..00000000 --- a/helm/Chart.lock +++ /dev/null @@ -1,9 +0,0 @@ -dependencies: -- name: airflow - repository: https://airflow-helm.github.io/charts - version: 7.15.0 -- name: redis - repository: https://charts.bitnami.com/bitnami - version: 12.7.4 -digest: sha256:46d75a6fdcd58a5a57baf09a75918ec3264bfca30b7c065fb4e4f517980168df -generated: "2021-02-08T12:17:50.2207903-05:00" diff --git a/helm/Chart.yaml b/helm/Chart.yaml deleted file mode 100644 index d1556dd0..00000000 --- a/helm/Chart.yaml +++ /dev/null @@ -1,35 +0,0 @@ -apiVersion: v2 -name: roger -description: A Helm chart for Kubernetes - -# A chart can be either an 'application' or a 'library' chart. -# -# Application charts are a collection of templates that can be packaged into versioned archives -# to be deployed. -# -# Library charts provide useful utilities or functions for the chart developer. They're included as -# a dependency of application charts to inject those utilities and functions into the rendering -# pipeline. Library charts do not define any templates and therefore cannot be deployed. -type: application - -# This is the chart version. This version number should be incremented each time you make changes -# to the chart and its templates, including the app version. -# Versions are expected to follow Semantic Versioning (https://semver.org/) -version: 0.1.0 - -# This is the version number of the application being deployed. This version number should be -# incremented each time you make changes to the application. Versions are not expected to -# follow Semantic Versioning. They should reflect the version the application is using. -appVersion: 1.0.0 - -# Dependencies that roger requires -dependencies: - - name: airflow - version: "v7.15.0" - repository: "https://airflow-helm.github.io/charts" - - name: redis - version: "12.7.4" - repository: "https://charts.bitnami.com/bitnami" - - name: elasticsearch - version: "7.12.0" - repository: "https://helm.elastic.co" diff --git a/helm/Readme.md b/helm/Readme.md deleted file mode 100644 index 26979138..00000000 --- a/helm/Readme.md +++ /dev/null @@ -1,161 +0,0 @@ -Roger helm chart ----- - -### Introduction - -This chart can be used to run Roger (graph curation pipeline) interfaced with - [tranql](https://github.com/NCATS-Tangerine/tranql) used as a query engine. - - -![image](https://user-images.githubusercontent.com/45075777/107399084-54983300-6ace-11eb-929d-0d8113405cce.png) - -This chart has Airflow and Redis added as dependencies. - -### Pre-install Volumes and Secrets - -##### PVC - - -This installation requires a PVC `roger-data-pvc` to store Roger pipeline data. Here is a template -to create the PVC: -```yaml -apiVersion: v1 -kind: PersistentVolumeClaim -metadata: - name: roger-data-pvc -spec: - storageClassName: - accessModes: - - ReadWriteMany - resources: - requests: - storage: 20Gi -``` - - -### Parameters - -#### Tranql - -| Parameter | Description | Default | -| --------- | ---- | ---- | -| `tranql.image` | Docker image | `renciorg/tranql-app` -| `tranql.imageTag` | Docker image tag | `develop-test` -| `tranql.replicas` | Web server replicas | `1` -| `tranql.port` | Web server port | `8081` -| `tranql.gunicorn.workerCount` | Gunicorn worker thread counts | `4` -| `tranql.gunicorn.workerTimeout` | Gunicorn worker timeout | `300` -| `tranql.service.type` | Tranql service | `ClusterIP` - - -#### Airflow - -For more details on these defaults and additional customization, -please refer to [Airflow helm docs](https://github.com/helm/charts/tree/master/stable/airflow). - -> **Note**: We use a custom build airflow image(`renciorg/apache-airflow-1.10.14-python-3.8-git`) to support pip installs form git. - - -| Parameter | Default | -| --------- | ---- | -| `airflow.airflow.image.repository` | `renciorg/apache-airflow-1.10.14-python-3.8-git` -| `airflow.airflow.image.tag` | `latest` -| `airflow.airflow.executor` | `KubernetesExecutor` -| `airflow.airflow.fernetKey` | `7T512UXSSmBOkpWimFHIVb8jK6lfmSAvx4mO6Arehnc=` -| `airflow.airflow.config.AIRFLOW__CORE__SECURE_MODE` | `True` -| `airflow.airflow.config.AIRFLOW__API__AUTH_BACKEND` | `airflow.api.auth.backend.deny_all` -| `airflow.airflow.config.AIRFLOW__WEBSERVER__EXPOSE_CONFIG` | `False` -| `airflow.airflow.config.AIRFLOW__WEBSERVER__RBAC` | `False` -| `airflow.airflow.config.AIRFLOW__KUBERNETES__GIT_REPO` | `ssh://git@github.com/helxplatform/roger.git` -| `airflow.airflow.config.AIRFLOW__KUBERNETES__GIT_SSH_KEY_SECRET_NAME` | `airflow-secrets` -| `airflow.airflow.config.AIRFLOW__KUBERNETES__GIT_BRANCH` | `develop` -| `airflow.airflow.config.AIRFLOW__KUBERNETES__GIT_DAGS_FOLDER_MOUNT_POINT` | `/opt/airflow/dags` -| `airflow.airflow.config.AIRFLOW__KUBERNETES__GIT_SYNC_DEST` | `roger` -| `airflow.airflow.config.AIRFLOW__KUBERNETES__DAGS_VOLUME_SUBPATH` | `roger` -| `airflow.airflow.config.AIRFLOW__KUBERNETES__DELETE_WORKER_PODS` | `FALSE` -| `airflow.airflow.config.AIRFLOW__KUBERNETES__WORKER_CONTAINER_REPOSITORY` | `renciorg/roger-executor` -| `airflow.airflow.config.AIRFLOW__KUBERNETES__WORKER_CONTAINER_TAG` | `0.26` -| `airflow.airflow.config.AIRFLOW__CORE__LOAD_EXAMPLES` | `False` -| `airflow.airflow.config.GUNICORN_CMD_ARGS` | `--log-level WARNING` -| `airflow.airflow.extraPipPackages` | `['Babel==2.8.0', 'biolink-model==1.2.5', 'biolinkml==1.5.8', 'redisgraph==2.1.5', 'git+https://github.com/RedisGraph/redisgraph-bulk-loader.git', 'flatten-dict', 'git+https://github.com/stevencox/kgx.git']` -| `airflow.airflow.extraVolumeMounts` | `[{'name': 'roger-data', 'mountPath': '/dags/roger/data'}]` -| `airflow.airflow.extraVolumes` | `[{'name': 'roger-data', 'emptyDir': {}}]` -| `airflow.web.service.type` | `ClusterIP` -| `airflow.workers.replicas` | `1` -| `airflow.dags.git.url` | `ssh://git@github.com/helxplatform/roger.git` -| `airflow.dags.git.ref` | `redis-helm` -| `airflow.dags.git.secret` | `airflow-git-keys` -| `airflow.dags.git.privateKeyName` | `id_rsa` -| `airflow.dags.git.repoHost` | `github.com` -| `airflow.dags.git.repoPort` | `22` -| `airflow.dags.git.gitSync.enabled` | `True` -| `airflow.dags.git.gitSync.refreshTime` | `60` -| `airflow.dags.installRequirments` | `True` -| `airflow.postgresql.enabled` | `True` -| `airflow.redis.enabled` | `False` - - -#### Redis - -For more details on these values and additional configuration options please -refer to this [Redis helm chart](https://github.com/bitnami/charts/tree/master/bitnami/redis). - -| Parameter | Default | -| --------- | ---- | -| `redis.image.repository` | `redislabs/redisgraph` -| `redis.image.tag` | `2.2.13` -| `redis.redis.command` | `redis-server` -| `redis.clusterDomain` | `cluster-domain` -| `redis.cluster.slaveCount` | `1` -| `redis.usePassword` | `False` -| `redis.master.command` | `nil` -| `redis.master.readinessProbe.enabled` | `False` -| `redis.master.livenessProbe.enabled` | `False` -| `redis.master.extraFlags` | `['--loadmodule /usr/lib/redis/modules/redisgraph.so']` -| `redis.slave.command` | `nil` -| `redis.slave.readinessProbe.enabled` | `False` -| `redis.slave.livenessProbe.enabled` | `False` -| `redis.slave.extraFlags` | `['--loadmodule /usr/lib/redis/modules/redisgraph.so']` - - - ### Elastic Search - - Currently this installation assumes and external elastic search with password stored in - an accessible Secrets kubernetes config. - - -| Parameter | Default | -| --------- | ---- | -| `elasticSearch.host` | `elasticsearch` -| `elasticSearch.port` | `9200` -| `elasticSearch.passwordSecretName` | `nil` -| `elasticSearch.passwordSecretKey` | `nil` - - - -### Installation - -To install `my-release` to kubernetes. - -```shell script -$ helm dependency update . -$ helm install my-release . -``` - - -### Upgrading - -To upgrade `my-release` with an example change to `tranql.imageTag` value. - -```shell script -$ helm upgrade --set tranql.imageTag=0.33 my-release . -``` - - -### Uninstalling - -To remove `my-release` - -```shell script -$ helm uninstall my-release -``` \ No newline at end of file diff --git a/helm/templates/NOTES.txt b/helm/templates/NOTES.txt deleted file mode 100644 index 89422c73..00000000 --- a/helm/templates/NOTES.txt +++ /dev/null @@ -1,21 +0,0 @@ -Installed {{ .Release.Namespace }} - -To access Tranql web use the following command: - -> export TRANQL_PORT={{ .Values.tranql.port }} && kubectl -n {{ .Release.Namespace }} port-forward svc/{{ include "roger.fullname" . }}-tranql-service $TRANQL_PORT - -Browse to http://localhost:{{ .Values.tranql.port }} - - -To access Airflow web UI use the following command: - -> export AIRFLOW_UI_PORT={{ .Values.airflow.web.service.externalPort }} && kubectl -n {{ .Release.Namespace }} port-forward svc/{{ include "roger.fullname" . }}-web $AIRFLOW_UI_PORT - -Browse to http://localhost:{{ .Values.airflow.web.service.externalPort }} - -To access Redis data store use the following command - -> export REDIS_PORT={{ .Values.redis.redisPort }} && kubectl -n {{ .Release.Namespace }} port-forward svc/{{ include "roger.fullname" . }}-redis-master $REDIS_PORT - -On another terminal - > redis-cli -h 127.0.0.1 -p $REDIS_PORT {{ if .Values.redis.usePassword }} -a {{ .Values.redis.password }}{{- end }} \ No newline at end of file diff --git a/helm/templates/_helpers.tpl b/helm/templates/_helpers.tpl deleted file mode 100644 index 070e2960..00000000 --- a/helm/templates/_helpers.tpl +++ /dev/null @@ -1,51 +0,0 @@ -{{/* -Expand the name of the chart. -*/}} -{{- define "roger.name" -}} -{{- default .Chart.Name .Values.nameOverride | trunc 63 | trimSuffix "-" }} -{{- end }} - -{{/* -Create a default fully qualified app name. -We truncate at 63 chars because some Kubernetes name fields are limited to this (by the DNS naming spec). -If release name contains chart name it will be used as a full name. -*/}} -{{- define "roger.fullname" -}} -{{- if .Values.fullnameOverride }} -{{- .Values.fullnameOverride | trunc 63 | trimSuffix "-" }} -{{- else }} -{{- $name := default .Chart.Name .Values.nameOverride }} -{{- if contains $name .Release.Name }} -{{- .Release.Name | trunc 63 | trimSuffix "-" }} -{{- else }} -{{- printf "%s-%s" .Release.Name $name | trunc 63 | trimSuffix "-" }} -{{- end }} -{{- end }} -{{- end }} - -{{/* -Create chart name and version as used by the chart label. -*/}} -{{- define "roger.chart" -}} -{{- printf "%s-%s" .Chart.Name .Chart.Version | replace "+" "_" | trunc 63 | trimSuffix "-" }} -{{- end }} - -{{/* -Common labels -*/}} -{{- define "roger.labels" -}} -helm.sh/chart: {{ include "roger.chart" . }} -{{ include "roger.selectorLabels" . }} -{{- if .Chart.AppVersion }} -app.kubernetes.io/version: {{ .Chart.AppVersion | quote }} -{{- end }} -app.kubernetes.io/managed-by: {{ .Release.Service }} -{{- end }} - -{{/* -Selector labels -*/}} -{{- define "roger.selectorLabels" -}} -app.kubernetes.io/name: {{ include "roger.name" . }} -app.kubernetes.io/instance: {{ .Release.Name }} -{{- end }} \ No newline at end of file diff --git a/helm/templates/redis-secrets.yaml b/helm/templates/redis-secrets.yaml deleted file mode 100644 index f9af8b6a..00000000 --- a/helm/templates/redis-secrets.yaml +++ /dev/null @@ -1,10 +0,0 @@ -apiVersion: v1 -kind: Secret -metadata: - name: {{ .Values.redis.existingSecret }} -data: - {{- if .Release.IsInstall }} - {{ .Values.redis.existingSecretPasswordKey }}: {{ randAlphaNum 10 | b64enc | quote }} - {{ else }} - {{ .Values.redis.existingSecretPasswordKey }}: {{ index (lookup "v1" "Secret" .Release.Namespace ( .Values.redis.existingSecret )).data .Values.redis.existingSecretPasswordKey }} - {{ end }} \ No newline at end of file diff --git a/helm/templates/roger-k8-executor-generic-configmap.yaml b/helm/templates/roger-k8-executor-generic-configmap.yaml deleted file mode 100644 index 35d71435..00000000 --- a/helm/templates/roger-k8-executor-generic-configmap.yaml +++ /dev/null @@ -1,11 +0,0 @@ -apiVersion: v1 -kind: ConfigMap -metadata: - name: {{ .Values.airflow.airflow.config.AIRFLOW__KUBERNETES__ENV_FROM_CONFIGMAP_REF }} -data: - ROGERENV_REDISGRAPH_HOST: {{ .Release.Name }}-redis-master - ROGERENV_REDISGRAPH_PORT: "{{ .Values.redis.master.service.port }}" - ROGERENV_ELASTIC__SEARCH_HOST: "{{ .Values.elasticSearch.host }}" - ROGERENV_ELASTIC__SEARCH_PORT: "{{ .Values.elasticSearch.port }}" - ROGERENV_INDEXING_TRANQL__ENDPOINT: http://{{ include "roger.fullname" . }}-tranql-service:{{ .Values.tranql.port }}/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false - ROGERENV_ELASTIC__SEARCH_USERNAME: elastic diff --git a/helm/templates/tranql-config-map.yaml b/helm/templates/tranql-config-map.yaml deleted file mode 100644 index bce94a5e..00000000 --- a/helm/templates/tranql-config-map.yaml +++ /dev/null @@ -1,23 +0,0 @@ -apiVersion: v1 -kind: ConfigMap -metadata: - name: {{ include "roger.fullname" . }}-tranql-configmap - labels: - {{- include "roger.labels" . | nindent 4 }} -data: - conf.yml: | - m: z - schema.yml: | - doc: | - Schema configuration for tranql - schema: - redis: - doc: | - Roger is a knowledge graph built by aggregeting several kgx formatted knowledge graphs from several sources. - url: "redis:" - redis: true - redis_connection_params: - host: {{ .Release.Name }}-redis-master - port: 6379 - # SET USERNAME and PASSWORD - # via ROGER_USERNAME , ROGER_PASSWORD Env vars (i.e capitialize service name) diff --git a/helm/templates/tranql_deployment.yaml b/helm/templates/tranql_deployment.yaml deleted file mode 100644 index f608af0c..00000000 --- a/helm/templates/tranql_deployment.yaml +++ /dev/null @@ -1,62 +0,0 @@ -apiVersion: apps/v1 -kind: Deployment -metadata: - name: {{ include "roger.fullname" . }}-tranql-frontend - labels: - {{- include "roger.labels" . | nindent 4 }} -spec: - replicas: {{ .Values.tranql.replicas }} - selector: - matchLabels: - {{- include "roger.selectorLabels" . | nindent 6 }} - service-type: web-server - template: - metadata: - labels: - {{- include "roger.selectorLabels" . | nindent 8 }} - service-type: web-server - spec: - volumes: - - name: config-yaml - configMap: - name: {{ include "roger.fullname" . }}-tranql-configmap - defaultMode: 0777 - - name: logs - emptyDir: {} - containers: - - name: {{ include "roger.fullname" . }}-tranql-web-container - image: {{ .Values.tranql.image }}:{{ .Values.tranql.imageTag }} - command: - - "/usr/local/bin/gunicorn" - - "--workers={{ .Values.tranql.gunicorn.workerCount }}" - - "--bind=0.0.0.0:{{ .Values.tranql.port }}" - - "--timeout={{ .Values.tranql.gunicorn.workerTimeout }}" - - "--access-logfile=$(ACCESS_LOG)" - - "--error-logfile=$(ERROR_LOG)" - - "--log-level=debug" - - "tranql.api:app" - ports: - - containerPort: {{ .Values.tranql.port }} - name: http - env: - - name: APP_PORT - value: {{ .Values.tranql.webPort | quote }} - - name: ACCESS_LOG - value: "/var/nfs/tranql-frontend_access_log" - - name: ERROR_LOG - value: "/var/nfs/tranql-frontend_error_log" - - name: REDIS_PASSWORD - valueFrom: - secretKeyRef: - name: "{{ .Values.redis.existingSecret }}" - key: "{{ .Values.redis.existingSecretPasswordKey }}" - volumeMounts: - - name: logs - mountPath: /var/nfs - - name: config-yaml - subPath: conf.yml - mountPath: /tranql/tranql/conf.yml - - name: config-yaml - subPath: schema.yml - mountPath: /tranql/tranql/conf/schema.yaml - restartPolicy: Always \ No newline at end of file diff --git a/helm/templates/tranql_service.yaml b/helm/templates/tranql_service.yaml deleted file mode 100644 index be148909..00000000 --- a/helm/templates/tranql_service.yaml +++ /dev/null @@ -1,16 +0,0 @@ -apiVersion: v1 -kind: Service -metadata: - name: {{ include "roger.fullname" . }}-tranql-service - labels: - {{- include "roger.labels" . | nindent 4 }} -spec: - type: {{ .Values.tranql.service.type }} - ports: - - port: {{ .Values.tranql.port }} - targetPort: {{ .Values.tranql.port }} - protocol: TCP - name: http - selector: - {{- include "roger.selectorLabels" . | nindent 4 }} - service-type: web-server \ No newline at end of file diff --git a/helm/values.yaml b/helm/values.yaml deleted file mode 100644 index 7a8e84b0..00000000 --- a/helm/values.yaml +++ /dev/null @@ -1,192 +0,0 @@ -redis: - image: - repository: redislabs/redisgraph - tag: 2.4.1 - redis: - command: "redis-server" - clusterDomain: "blackbalsam-cluster" - cluster: - slaveCount: 1 - usePassword: true - master: - command: "" - readinessProbe: - enabled: false - livenessProbe: - enabled: false - extraFlags: - - "--loadmodule /usr/lib/redis/modules/redisgraph.so" - slave: - command: "" - readinessProbe: - enabled: false - livenessProbe: - enabled: false - extraFlags: - - "--loadmodule /usr/lib/redis/modules/redisgraph.so" - existingSecret: roger-redis-secret-config - existingSecretPasswordKey: redis-password - -elasticSearch: - # Currently uses external elastic search - host: elasticsearch-master - port: 9200 - - - -airflow: - # - # NOTE: - # - This is intended to be a `custom-values.yaml` starting point for non-production deployment (like minikube) - - # External Dependencies: - # - A PUBLIC git repo for DAGs: ssh://git@repo.example.com:my-airflow-dags.git - # - - ################################### - # Airflow - Common Configs - ################################### - airflow: - ## the airflow executor type to use - ## - image: - repository: helxplatform/airflow - tag: "develop-v0.0.11" - # executor: CeleryExecutor - executor: KubernetesExecutor - - ## the fernet key used to encrypt the connections in the database - ## - fernetKey: "7T512UXSSmBOkpWimFHIVb8jK6lfmSAvx4mO6Arehnc=" - - ## environment variables for the web/scheduler/worker Pods (for airflow configs) - ## - config: - # Security - AIRFLOW__CORE__SECURE_MODE: "True" - AIRFLOW__API__AUTH_BACKEND: "airflow.api.auth.backend.deny_all" - AIRFLOW__WEBSERVER__EXPOSE_CONFIG: "False" - AIRFLOW__WEBSERVER__RBAC: "False" - AIRFLOW__KUBERNETES__GIT_REPO: "https://git@github.com/helxplatform/roger.git" - # https://airflow.apache.org/docs/apache-airflow/1.10.12/configurations-ref.html#git-ssh-key-secret-name -# AIRFLOW__KUBERNETES__GIT_SSH_KEY_SECRET_NAME: "airflow-secrets" - # @TODO change this to master. - AIRFLOW__KUBERNETES__GIT_BRANCH: "develop" - AIRFLOW__KUBERNETES__GIT_DAGS_FOLDER_MOUNT_POINT: "/opt/airflow/dags" - AIRFLOW__KUBERNETES__GIT_SYNC_DEST: "roger" - AIRFLOW__KUBERNETES__DAGS_VOLUME_SUBPATH: "roger" - AIRFLOW__KUBERNETES__DELETE_WORKER_PODS: "FALSE" - AIRFLOW__KUBERNETES__WORKER_CONTAINER_REPOSITORY: "helxplatform/airflow" - AIRFLOW__KUBERNETES__WORKER_CONTAINER_TAG: "develop-v0.0.11" - # DAGS - AIRFLOW__CORE__LOAD_EXAMPLES: "False" - AIRFLOW__KUBERNETES__ENV_FROM_CONFIGMAP_REF: "roger-generic-config-map" - - ## Disable noisy "Handling signal: ttou" Gunicorn log messages - GUNICORN_CMD_ARGS: "--log-level WARNING" - - ################################### - # Volumes - ################################### - extraVolumeMounts: - - name: roger-data - mountPath: /dags/roger/data - - ## extra volumes for the web/scheduler/worker Pods - - extraVolumes: - - name: roger-data - emptyDir: {} - - extraEnv: - # This are going to be used to compute env for worker pods. - - name: ELASTIC_SEARCH_PASSWORD_SECRET - value: "" - - name: ELASTIC_SEARCH_PASSWORD_SECRET_KEY - value: "" - - name: REDIS_PASSWORD_SECRET - # Same as redis.existingSecret - value: roger-redis-secret-config - - name: REDIS_PASSWORD_SECRET_KEY - # same as redis.existingSecretKey - value: redis-password - - - ################################### - # Airflow - WebUI Configs - ################################### - web: - ## configs for the Service of the web Pods - ## - service: - type: ClusterIP - - ################################### - # Airflow - Worker Configs - ################################### - workers: - ## the number of workers Pods to run - ## - replicas: 0 - - ################################### - # Airflow - DAGs Configs - ################################### - dags: - ## configs for the DAG git repository & sync container - ## - git: - ## url of the git repository - url: "https://git@github.com/helxplatform/roger.git" - - ## the branch/tag/sha1 which we clone - ## - ref: develop - - ## the host name of the git repo - ## - ## NOTE: - ## - this is ONLY REQUIRED for SSH git repos - ## - ## EXAMPLE: - ## repoHost: "github.com" - ## - repoHost: "github.com" - - ## the port of the git repo - ## NOTE: - ## - this is ONLY REQUIRED for SSH git repos - ## - - ## configs for the git-sync container - gitSync: - ## enable the git-sync sidecar container - enabled: true - ## the git sync interval in seconds - refreshTime: 60 - installRequirments: true - - ################################### - # Database - PostgreSQL Chart - ################################### - postgresql: - enabled: true - - ################################### - # Database - Redis Chart - ################################### - redis: - enabled: false - - -tranql: - image: renciorg/tranql-app - imageTag: develop-test - replicas: 1 - port: 8081 - gunicorn: - workerCount: 4 - workerTimeout: 300 - service: - type: ClusterIP - diff --git a/requirements.txt b/requirements.txt index 960d87ba..6a8682a9 100644 --- a/requirements.txt +++ b/requirements.txt @@ -1,17 +1,18 @@ #argcomplete==1.12.0 -apache-airflow==2.5.0 +# apache-airflow==2.5.0 boto3==1.18.23 botocore==1.21.23 #black==21.10b0 +elasticsearch==8.5.2 flatten-dict #psycopg2-binary==2.8.6 -redisgraph==2.4.1 +# redisgraph==2.4.1 # redisgraph conflicts with Redis 4 redisgraph-bulk-loader==0.9.5 #requests<2.24.0 pytest PyYAML -git+https://github.com/helxplatform/dug@v2.9.7 -elasticsearch==7.11.0 +git+https://github.com/RTIInternational/dug@v0.0.1 +# elasticsearch==7.11.0 orjson #biolinkml==1.7.6 #linkml==1.4.2 diff --git a/roger-cli-steps.md b/roger-cli-steps.md new file mode 100644 index 00000000..8e132746 --- /dev/null +++ b/roger-cli-steps.md @@ -0,0 +1,27 @@ +# Deployment with Roger CLI + +## QUICK Local Set Up + +This is list steps to produce a local deployment of Roger. This set up does NOT use airflow and instead only uses the Roger CLI via **Makefile** commands. + +### Prerequsite Steps + +- Set up Roger dependencies by ensuring that the `.env` has all the correct information. +- Run the following docker compose commands + - `docker compose up tranql -d`: starts up tranql which is the API handlerfor redis graph in the `graph` stage + - `docker compose up redis -d`: starts up redis which will be used via redis graph for the `graph` stage + - `docker compose up dug -d`: starts up dug API to work as the API handler for elastic search in the `index` stage + - `docker compose up elasticsearch -d`: starts up elastic search for the `index` stage + +### Roger CLI Steps + +1) `python3 -m venv ~/.environments/roger` +2) `source ~/.environments/roger/bin/activate` +3) `pip install -r requirements.txt` +4) `export PYTHONPATH=$PWD/dags` +5) Change the elasticsearch and redisgraph `host` values to localhost in `dags/roger/config/config.yaml` +6) Get the S3 Bucket credentials (access_key, bucket, host, secret_key) and export them as environment variables with ROGER_S3_ in the front of the value like: `ROGER_S3_ACCESS__KEY=XXXXKEYXXXX` +7) `cd bin/` and here either run `make all` OR separate the commands into three steps: + 1) `make annotate`: executes the CLI related commands found in `bin/dug_annotate/Makefile` + 2) `make graph`: executes the CLI related commands found in `bin/roger_graph_build/Makefile` + 3) `make index`: executes the CLI related commands found in `bin/dug_index/Makefile` From 1e46a36afc40c487d289132a9ffd81e100245305 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: esurface Date: Wed, 29 Mar 2023 14:34:23 -0400 Subject: [PATCH 02/40] Update Makefile to work with python env --- Makefile | 5 +++-- 1 file changed, 3 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/Makefile b/Makefile index dc88f378..b5659853 100644 --- a/Makefile +++ b/Makefile @@ -1,8 +1,9 @@ -PYTHON = PYTHONPATH=dags /usr/bin/env python3 +PYTHON = $(shell which python3) +PYTHONPATH = dags VERSION_FILE = ./dags/_version.py VERSION = $(shell cut -d " " -f 3 ${VERSION_FILE}) DOCKER_REPO = docker.io -DOCKER_OWNER = helxplatform +DOCKER_OWNER = rti DOCKER_APP = roger DOCKER_TAG = ${VERSION} DOCKER_IMAGE = ${DOCKER_OWNER}/${DOCKER_APP}:$(DOCKER_TAG) From 7baf7efa725caac77e5501e948f545a0f4b20e3d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: esurface Date: Wed, 29 Mar 2023 14:38:29 -0400 Subject: [PATCH 03/40] Update redisgraph-bulk-loader to fix issue with loading MODULE LIST --- requirements.txt | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/requirements.txt b/requirements.txt index 6a8682a9..fbf7584d 100644 --- a/requirements.txt +++ b/requirements.txt @@ -7,7 +7,7 @@ elasticsearch==8.5.2 flatten-dict #psycopg2-binary==2.8.6 # redisgraph==2.4.1 # redisgraph conflicts with Redis 4 -redisgraph-bulk-loader==0.9.5 +redisgraph-bulk-loader==0.10.2 #requests<2.24.0 pytest PyYAML From 0f5e35ecc2fdf66c6e11e173f7d4b882919744bc Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: esurface Date: Wed, 29 Mar 2023 14:50:44 -0400 Subject: [PATCH 04/40] Revert "Update redisgraph-bulk-loader to fix issue with loading MODULE LIST" This reverts commit 7baf7efa725caac77e5501e948f545a0f4b20e3d. --- requirements.txt | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/requirements.txt b/requirements.txt index fbf7584d..6a8682a9 100644 --- a/requirements.txt +++ b/requirements.txt @@ -7,7 +7,7 @@ elasticsearch==8.5.2 flatten-dict #psycopg2-binary==2.8.6 # redisgraph==2.4.1 # redisgraph conflicts with Redis 4 -redisgraph-bulk-loader==0.10.2 +redisgraph-bulk-loader==0.9.5 #requests<2.24.0 pytest PyYAML From ee178237a51c4ebefa36c6a8e052ff95d49013bb Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Nathan Braswell Date: Fri, 31 Mar 2023 13:42:48 -0400 Subject: [PATCH 05/40] Finalized dev deployment of dug inside Catapult Merge, deployment yamls, code changes and configurations --- .env | 13 ++-- Merge-helm/dev-deployment/api-service.yaml | 6 +- Merge-helm/dev-deployment/configmap.yaml | 8 +-- .../dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml | 38 ++++++++--- .../elastic-dev-deployment.yaml | 15 +---- .../dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml | 29 +++++---- Merge-helm/dev-deployment/services.yaml | 63 +++++++++++++++++++ .../dev-deployment/tranql-configmap.yaml | 2 +- .../dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml | 2 +- dags/dug_helpers/dug_utils.py | 4 +- dags/roger/config/__init__.py | 2 +- dags/roger/config/config.yaml | 2 +- dags/roger/config/dev-config.yaml | 2 +- dags/roger/dev-config.yaml | 2 +- dags/roger/roger_db.py | 4 +- 15 files changed, 135 insertions(+), 57 deletions(-) create mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/services.yaml diff --git a/.env b/.env index 7bc31d98..a85b8f7c 100644 --- a/.env +++ b/.env @@ -9,15 +9,14 @@ DATA_DIR=./local_storage DUG_LOG_LEVEL=INFO -ELASTIC_PASSWORD=12345 -ELASTIC_API_HOST=elasticsearch -ELASTIC_USERNAME=elastic +ELASTICSEARCH_PASSWORD=12345 +ELASTICSEARCH_HOST=elasticsearch +ELASTICSEARCH_USERNAME=elastic NBOOST_API_HOST=nboost -REDIS_PASSWORD=12345 -REDIS_HOST=redis -REDIS_PORT=6379 - +REDISGRAPH_PASSWORD=12345 +REDISGRAPH_HOST=redis +REDISGRAPH_PORT=6379 TRANQL_ACCESS_LOG=access.log TRANQL_ERROR_LOG=error.log \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/api-service.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/api-service.yaml index 7ce22d9a..ab7ecdc0 100644 --- a/Merge-helm/dev-deployment/api-service.yaml +++ b/Merge-helm/dev-deployment/api-service.yaml @@ -1,9 +1,9 @@ apiVersion: v1 kind: Service metadata: - name: dug-api + name: dug-api-service labels: - app: webserver + app: dug-api spec: ports: @@ -12,5 +12,5 @@ spec: port: 5551 targetPort: 5551 selector: - app: webserver + app: dug-api type: ClusterIP \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/configmap.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/configmap.yaml index 4a3cdcb5..dbfcef59 100644 --- a/Merge-helm/dev-deployment/configmap.yaml +++ b/Merge-helm/dev-deployment/configmap.yaml @@ -38,9 +38,9 @@ data: normalizer_url: normalizer_url synonymizer_url: synonymizer_url annotator_url: annotator_url - s3_access_key: XXX_ACCESS_KEY_XXX + s3_access_key: PNhTXW_3c996CapMG_2E14_4Jh8Q8SVi539lPPAA6S4yXALHN9MCjp45PXt_j2X8Bz_8K5vTTE8T51NZS1_37__N3NZ88_3Mbh4WnMyyR_Dp863I3cmptpLRt_z3CT_8 s3_bucket: helx-data-sources s3_host: https://na-s3.renci.org - s3_secret_key: XXX_SECRET_KEY_XXX - tranql_endpoint: "http://tranql:8001/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" - node_to_queries_enabled: "true" + s3_secret_key: bCBDRtCcraPA1_6a5w5tN9_6Pu3S3gu_CB8CaAjOFAoXKp3t9ZO5c8Bq0qpCzZD_atsnzNMvA9hAdbJbVDz_7HgcmhXYOuyE__kW9kRcCnlR0HcdCcA_2xssCkZYlNLd + tranql_endpoint: "http://tranql-service/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" + node_to_queries_enabled: "true" \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml index d0274383..2db2251e 100644 --- a/Merge-helm/dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml +++ b/Merge-helm/dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml @@ -16,7 +16,7 @@ spec: containers: - name: main # image: rticatapult.azurecr.io/jupyterhub/jupyter-singleusermlimage:20221219.3 - image: rticatapult.azurecr.io/dug-api:v1 + image: rticatapult.azurecr.io/dug-api:v9 command: - gunicorn args: @@ -30,6 +30,28 @@ spec: - 'dug.api:app' ports: - containerPort: 5551 + env: + - name: ELASTIC_API_HOST + value: elasticsearch + - name: ELASTIC_PASSWORD + valueFrom: + secretKeyRef: + name: elasticsearch + key: password + - name: ELASTIC_USERNAME + valueFrom: + secretKeyRef: + name: elasticsearch + key: username + - name: REDIS_HOST + value: redis + - name: REDIS_PORT + value: "6379" + - name: REDIS_PASSWORD + valueFrom: + secretKeyRef: + name: search-redis-secret + key: password resources: limits: cpu: '2' @@ -37,13 +59,13 @@ spec: requests: cpu: 500m memory: 2Gi - securityContext: - runAsNonRoot: true - runAsUser: 1000 - allowPrivilegeEscalation: false - capabilities: - drop: - - all + # securityContext: + # runAsNonRoot: true + # runAsUser: 1000 + # allowPrivilegeEscalation: false + # capabilities: + # drop: + # - all volumeMounts: - name: resrv mountPath: /home/merge-shared-folder diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/elastic-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/elastic-dev-deployment.yaml index be241db2..db9f355b 100644 --- a/Merge-helm/dev-deployment/elastic-dev-deployment.yaml +++ b/Merge-helm/dev-deployment/elastic-dev-deployment.yaml @@ -3,10 +3,7 @@ kind: Deployment metadata: name: elasticsearch labels: - namespace: default - subdomain: default-subdomain.catapultmerge.com - subscription: default-subscription - containerRegistry: rticatapult.azurecr.io + app: elasticsearch spec: revisionHistoryLimit: 0 replicas: 1 @@ -14,19 +11,13 @@ spec: # minimumMasterNodes: 2 PROD VAL selector: matchLabels: - namespace: default - subdomain: default-subdomain.catapultmerge.com - subscription: default-subscription - containerRegistry: rticatapult.azurecr.io + app: elasticsearch strategy: type: Recreate template: metadata: labels: - namespace: default - subdomain: default-subdomain.catapultmerge.com - subscription: default-subscription - containerRegistry: rticatapult.azurecr.io + app: elasticsearch spec: initContainers: - name: busybox diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml index 37779342..c0c14917 100644 --- a/Merge-helm/dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml +++ b/Merge-helm/dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml @@ -5,24 +5,19 @@ metadata: namespace: helm-dev-rs-2 labels: name: redis - app: redisgraph - subscription: default-subscription + app: redis spec: revisionHistoryLimit: 0 replicas: 1 selector: matchLabels: - name: redis - app: redisgraph - subscription: default-subscription + app: redis strategy: type: Recreate template: metadata: labels: - name: redis - app: redisgraph - subscription: default-subscription + app: redis spec: containers: - name: redis @@ -30,15 +25,23 @@ spec: command: - redis-server args: + - '--requirepass' + - '12345' + - '--masterauth' + - '12345' - '--loadmodule' - '/opt/redis-stack/lib/redisgraph.so' - # image: "redis:latest" imagePullPolicy: IfNotPresent - env: - - name: REDIS_ARGS - value: --requirepass 12345 ports: - containerPort: 6379 + readinessProbe: + exec: + command: + - redis-cli + - ping + initialDelaySeconds: 20 + timeoutSeconds: 30 + periodSeconds: 3 # data volume where redis writes data volumeMounts: - name: redata @@ -50,7 +53,7 @@ spec: memory: 800Mi limits: cpu: 500m - memory: 2Gi + memory: 4Gi tolerations: - key: type operator: Equal diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/services.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/services.yaml new file mode 100644 index 00000000..dde4c6fd --- /dev/null +++ b/Merge-helm/dev-deployment/services.yaml @@ -0,0 +1,63 @@ +apiVersion: v1 +kind: Service +metadata: + name: dug-api-service + labels: + app: dug-api + +spec: + ports: + - name: http + port: 80 + targetPort: 5551 + selector: + app: dug-api + type: ClusterIP +--- +apiVersion: v1 +kind: Service +metadata: + name: tranql-service + labels: + app: tranql + +spec: + ports: + - name: http + port: 80 + targetPort: 8001 + selector: + app: tranql + type: ClusterIP +--- +apiVersion: v1 +kind: Service +metadata: + name: redis + labels: + app: redis +spec: + # type: LoadBalancer + ports: + - name: "6379" + port: 6379 + targetPort: 6379 + selector: + app: redis +--- +kind: Service +apiVersion: v1 +metadata: + name: elasticsearch + labels: + app: elasticsearch +spec: + selector: + app: elasticsearch + ports: + - name: "9200" + port: 9200 + targetPort: 9200 + - name: "9300" + port: 9300 + targetPort: 9300 \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-configmap.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-configmap.yaml index 68dc9980..20a6a602 100644 --- a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-configmap.yaml +++ b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-configmap.yaml @@ -18,7 +18,7 @@ data: tranql is a knowledge graph built by aggregeting several kgx formatted knowledge graphs from several sources. url: "redis:" redis: true - redis_connection_params + redis_connection_params: host: redis port: 6379 # SET USERNAME and PASSWORD diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml index bd5e4c0a..8b9fee90 100644 --- a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml +++ b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml @@ -15,7 +15,7 @@ spec: spec: containers: - name: main - image: rticatapult.azurecr.io/tranql/v2 + image: rticatapult.azurecr.io/tranql:v3 command: - gunicorn args: diff --git a/dags/dug_helpers/dug_utils.py b/dags/dug_helpers/dug_utils.py index b2ad1ac8..0b077471 100644 --- a/dags/dug_helpers/dug_utils.py +++ b/dags/dug_helpers/dug_utils.py @@ -490,10 +490,10 @@ def validate_indexed_concepts(self, elements, concepts): f" Concept id : {concept.id}, Search term: {search_term}") def clear_index(self, index_id): - exists = self.search_obj.es.indices.exists(index_id) + exists = self.search_obj.es.indices.exists(index=index_id) if exists: log.info(f"Deleting index {index_id}") - response = self.search_obj.es.indices.delete(index_id) + response = self.search_obj.es.indices.delete(index=index_id) log.info(f"Cleared Elastic : {response}") log.info("Re-initializing the indicies") self.search_obj.init_indices() diff --git a/dags/roger/config/__init__.py b/dags/roger/config/__init__.py index c3322b68..af39329e 100644 --- a/dags/roger/config/__init__.py +++ b/dags/roger/config/__init__.py @@ -117,7 +117,7 @@ class IndexingConfig(DictLike): "anat_to_disease": ["anatomical_entity", "disease"], "anat_to_pheno": ["anatomical_entity", "phenotypic_feature"], }) - tranql_endpoint: str = "http://tranql:8001/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" + tranql_endpoint: str = "http://tranql-service/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" # by default skips node to element queries node_to_element_queries: dict = field(default_factory=lambda: {}) diff --git a/dags/roger/config/config.yaml b/dags/roger/config/config.yaml index ad85a0a4..93cf4705 100644 --- a/dags/roger/config/config.yaml +++ b/dags/roger/config/config.yaml @@ -69,7 +69,7 @@ indexing: "small_molecule_to_disease": ["small_molecule", "disease"] "chemical_mixture_to_disease": ["chemical_mixture", "disease"] "phen_to_anat": ["phenotypic_feature", "anatomical_entity"] - tranql_endpoint: "http://tranql:8001/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" + tranql_endpoint: "http://tranql-service/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" node_to_element_queries: enabled: false cde: diff --git a/dags/roger/config/dev-config.yaml b/dags/roger/config/dev-config.yaml index ff94e06d..7f151be6 100644 --- a/dags/roger/config/dev-config.yaml +++ b/dags/roger/config/dev-config.yaml @@ -54,7 +54,7 @@ indexing: "phen_to_anat": ["phenotypic_feature", "anatomical_entity"] "anat_to_disease": ["anatomical_entity", "disease"] "anat_to_pheno": ["anatomical_entity", "phenotypic_feature"] - tranql_endpoint: "http://tranql:8001/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" + tranql_endpoint: "http://tranql-service/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" elasticsearch: host: elasticsearch diff --git a/dags/roger/dev-config.yaml b/dags/roger/dev-config.yaml index ff94e06d..7f151be6 100644 --- a/dags/roger/dev-config.yaml +++ b/dags/roger/dev-config.yaml @@ -54,7 +54,7 @@ indexing: "phen_to_anat": ["phenotypic_feature", "anatomical_entity"] "anat_to_disease": ["anatomical_entity", "disease"] "anat_to_pheno": ["anatomical_entity", "phenotypic_feature"] - tranql_endpoint: "http://tranql:8001/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" + tranql_endpoint: "http://tranql-service/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" elasticsearch: host: elasticsearch diff --git a/dags/roger/roger_db.py b/dags/roger/roger_db.py index 8c2d9c54..80c96845 100644 --- a/dags/roger/roger_db.py +++ b/dags/roger/roger_db.py @@ -16,7 +16,7 @@ class RedisGraph: def __init__(self, host='localhost', port=6379, graph='default', password=''): """ Construct a connection to Redis Graph. """ self.r = redis.Redis(host=host, port=port, password=password) - self.redis_graph = redis.Graph(graph, self.r) + self.redis_graph = self.r.graph(graph) def add_node (self, identifier=None, label=None, properties=None): """ Add a node with the given label and properties. """ @@ -61,7 +61,7 @@ def commit (self): def query (self, query): """ Query and return result set. """ result = self.redis_graph.query(query) - result.pretty_print() + print(result) return result def delete (self): From 135d54b5dcdc5bf751d8f72fa841edd54678e496 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Nathan Braswell Date: Mon, 17 Apr 2023 13:39:15 -0400 Subject: [PATCH 06/40] updated to reflect the Dug-Api updates to FastAPI --- Merge-Dug-Architecture.md | 36 ++++++++++ .../dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml | 8 +-- docker-compose.yaml | 65 +++++++++---------- 3 files changed, 72 insertions(+), 37 deletions(-) create mode 100644 Merge-Dug-Architecture.md diff --git a/Merge-Dug-Architecture.md b/Merge-Dug-Architecture.md new file mode 100644 index 00000000..d19bdc49 --- /dev/null +++ b/Merge-Dug-Architecture.md @@ -0,0 +1,36 @@ +# Merge Dug Architecture + +## Introduction to Dug Architecture + +Dug in the RTI Merge environment is a fork of the Helxplatform/Dug product but in an updated tech stack with adaptable architecture for new data source projects. Deployying Dug inside of Merge offers greater security and resiliency for the application. Dug is both the generic name for the product and a specific repository/application within the greater Dug environment. The architecture of Dug consists of four containers and one repository that uses CLI prompts to orchestrate the creation of the Dug data. The 5 components are described below. + +- Roger - a repository with ETL pipeline python scripts to ochestrate [Dug](https://github.com/RTIInternational/dug) modules to extract and transform data with API calls via external services and then populate the Redisgraph and Elasticsearch databases. + - The steps to perform the ETL pipeline can be found in the `./roger-cli-steps.md` + - `./bin/Makefile all` +- Dug-API - Dug is both a python script repository used by Roger to perform ETL and a Python Flask API service that interacts with Elasticsearch to serve research queiries or a front end applocation. The API is created by running docker container with a *gunicorn* server as the gateway. + - Available at port 5551 or 80:5551 as an API service inside Merge + - Image built using the `./Dockerfile` in `main` branch in the Dug-Api repository +- RedisGraph - Graph database based off of the Redis-Stack docker image with the RedisGraph module initalized via command args on build. + - Available at port 6379 with the hostname `redis` + - Docker Image redis/redis-stack:6.2.4-v2 + - *Will be converted to the Bitnami Redis Helm chart at production* +- Elasticsearch - NoSQL database where the finalized data of the Dug ETL pipeline is stored. + - Exists at port 9200 and 9300 + - Docker Image docker.elastic.co/elasticsearch/elasticsearch:8.5.2 +- Tranql - This is a graph database interpreter that exposes at Flask API for the RedisGraph database. This will most likely be replaced in the coming months. + - Available at port 8001:8001/tranql inside the local build and on port 80:8001/tranql inside merge + - Image built using the `./Dockerfile` in `develop` branch in the Dug repository + +## RENCI Dug Deployment + +The backend of Dug is all performed in the [RENCI Search Chart repo](https://github.com/helxplatform/search-chart) and can be used as an example of how they handle the production deployment of their system. + +## Launching Dug + +For a local deployment follow the steps outlined in the `./roger-cli-steps.md` these are summarized below. + +1) Stand up all four docker containers: dug, tranql, redis, and elasticsearch +2) Create and activate a virtual python environment and then run `pip install -r requirments.txt` +3) Export all needed environment variables with the following syntax `ROGER_S3_` in the front of the value such as: `ROGER_S3_ACCESS__KEY=XXXXKEYXXXX` +4) Export the working directory path `export PYTHONPATH=$PWD/dags` +5) Inside the `./bin` directory run the command `make all` diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml index 2db2251e..1d44cbe8 100644 --- a/Merge-helm/dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml +++ b/Merge-helm/dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml @@ -16,7 +16,7 @@ spec: containers: - name: main # image: rticatapult.azurecr.io/jupyterhub/jupyter-singleusermlimage:20221219.3 - image: rticatapult.azurecr.io/dug-api:v9 + image: rticatapult.azurecr.io/skinny-dug-api command: - gunicorn args: @@ -25,9 +25,9 @@ spec: - '--bind=0.0.0.0:5551' - '--timeout=10' - '--log-level=DEBUG' - - '--enable-stdio-inheritance' - - '--reload' - - 'dug.api:app' + - '-k' + - 'uvicorn.workers.UvicornWorker' + - 'dug.server:APP' ports: - containerPort: 5551 env: diff --git a/docker-compose.yaml b/docker-compose.yaml index dd07e2e0..44af3adf 100644 --- a/docker-compose.yaml +++ b/docker-compose.yaml @@ -37,38 +37,38 @@ # Feel free to modify this file to suit your needs. --- version: '3' -x-airflow-common: - &airflow-common - build: - dockerfile: Dockerfile - context: . - environment: - &airflow-common-env - AIRFLOW__CORE__EXECUTOR: CeleryExecutor - AIRFLOW__CORE__SQL_ALCHEMY_CONN: postgresql+psycopg2://airflow:airflow@postgres/airflow - AIRFLOW__CELERY__RESULT_BACKEND: db+postgresql://airflow:airflow@postgres/airflow - AIRFLOW__CELERY__BROKER_URL: redis://:$REDIS_PASSWORD@redis:$REDIS_PORT/0 - AIRFLOW__CORE__FERNET_KEY: '' - AIRFLOW__CORE__DAGS_ARE_PAUSED_AT_CREATION: 'true' - AIRFLOW__CORE__LOAD_EXAMPLES: 'false' +# x-airflow-common: +# &airflow-common +# build: +# dockerfile: Dockerfile +# context: . +# environment: +# &airflow-common-env +# AIRFLOW__CORE__EXECUTOR: CeleryExecutor +# AIRFLOW__CORE__SQL_ALCHEMY_CONN: postgresql+psycopg2://airflow:airflow@postgres/airflow +# AIRFLOW__CELERY__RESULT_BACKEND: db+postgresql://airflow:airflow@postgres/airflow +# AIRFLOW__CELERY__BROKER_URL: redis://:$REDIS_PASSWORD@redis:$REDIS_PORT/0 +# AIRFLOW__CORE__FERNET_KEY: '' +# AIRFLOW__CORE__DAGS_ARE_PAUSED_AT_CREATION: 'true' +# AIRFLOW__CORE__LOAD_EXAMPLES: 'false' - ROGER_DUG__INPUTS_DATA__SETS: topmed,bdc-dbGaP - ROGER_ELASTICSEARCH_HOST: "$ELASTIC_API_HOST" - ROGER_ELASTICSEARCH_PASSWORD: "$ELASTIC_PASSWORD" - ROGER_ELASTICSEARCH_NBOOST__HOST: "$NBOOST_API_HOST" - ROGER_REDISGRAPH_HOST: "$REDIS_HOST" - ROGER_REDISGRAPH_PASSWORD: "$REDIS_PASSWORD" - ROGER_KGX_DATASET__VERSION: "v3.0" - volumes: - - ./dags:/opt/airflow/dags - - ./logs:/opt/airflow/logs - - ./plugins:/opt/airflow/plugins - user: "${AIRFLOW_UID:-50000}:${AIRFLOW_GID:-50000}" - depends_on: - redis: - condition: service_healthy - postgres: - condition: service_healthy +# ROGER_DUG__INPUTS_DATA__SETS: topmed,bdc-dbGaP +# ROGER_ELASTICSEARCH_HOST: "$ELASTIC_API_HOST" +# ROGER_ELASTICSEARCH_PASSWORD: "$ELASTIC_PASSWORD" +# ROGER_ELASTICSEARCH_NBOOST__HOST: "$NBOOST_API_HOST" +# ROGER_REDISGRAPH_HOST: "$REDIS_HOST" +# ROGER_REDISGRAPH_PASSWORD: "$REDIS_PASSWORD" +# ROGER_KGX_DATASET__VERSION: "v3.0" +# volumes: +# - ./dags:/opt/airflow/dags +# - ./logs:/opt/airflow/logs +# - ./plugins:/opt/airflow/plugins +# user: "${AIRFLOW_UID:-50000}:${AIRFLOW_GID:-50000}" +# depends_on: +# redis: +# condition: service_healthy +# postgres: +# condition: service_healthy services: @@ -90,7 +90,6 @@ services: restart: always dug: - # image: cschreep/dug:develop image: dug-api:latest depends_on: - elasticsearch @@ -106,7 +105,7 @@ services: entrypoint: [ "gunicorn", "--workers=$API_WORKERS", "--name=dug", "--bind=0.0.0.0:$API_PORT", "--timeout=$API_TIMEOUT", - "--log-level=DEBUG", "--enable-stdio-inheritance", "--reload", "dug.api:app" ] + "--log-level=DEBUG", "-k", "uvicorn.workers.UvicornWorker", "--reload", "app.server:APP"] ports: - $API_PORT:$API_PORT From bb148a49a1a46638b8d68f1c9a20a1aace2f2b8e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Nathan Braswell Date: Fri, 5 May 2023 09:44:22 -0400 Subject: [PATCH 07/40] adding multi label redis by removing 'biolink:' on nodes, edges cannot be fixed after update so they need to be solved either by changing TranQl AND Plater or forking bulk-redisgraph to allow for colons to be added in the edges --- .env | 4 +-- Merge-helm/dev-deployment/pvc.yaml | 19 ++++++++--- .../dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml | 11 +++++-- Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml | 3 +- .../dev-deployment/tranql-configmap.yaml | 2 +- .../dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml | 8 ++--- dags/roger/core.py | 32 +++++++++++++++++-- tests/test_redis_query.cypher | 1 + 8 files changed, 63 insertions(+), 17 deletions(-) create mode 100644 tests/test_redis_query.cypher diff --git a/.env b/.env index a85b8f7c..254eecb6 100644 --- a/.env +++ b/.env @@ -15,8 +15,8 @@ ELASTICSEARCH_USERNAME=elastic NBOOST_API_HOST=nboost -REDISGRAPH_PASSWORD=12345 -REDISGRAPH_HOST=redis +REDISGRAPH_PASSWORD=weak +REDISGRAPH_HOST=merge-redis-master REDISGRAPH_PORT=6379 TRANQL_ACCESS_LOG=access.log TRANQL_ERROR_LOG=error.log \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/pvc.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/pvc.yaml index 254e2e7a..34b50bbb 100644 --- a/Merge-helm/dev-deployment/pvc.yaml +++ b/Merge-helm/dev-deployment/pvc.yaml @@ -1,14 +1,23 @@ apiVersion: v1 kind: PersistentVolumeClaim metadata: - name: search-data - # Prevents deletion on helm uninstall. - annotations: - "helm.sh/resource-policy": keep + name: es-dug-data spec: storageClassName: "default" accessModes: - - ReadWriteMany + - ReadWriteOnce + resources: + requests: + storage: 8Gi +--- +apiVersion: v1 +kind: PersistentVolumeClaim +metadata: + name: redis-dug-data +spec: + storageClassName: "default" + accessModes: + - ReadWriteOnce resources: requests: storage: 8Gi \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml index c0c14917..e044e54d 100644 --- a/Merge-helm/dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml +++ b/Merge-helm/dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml @@ -21,16 +21,23 @@ spec: spec: containers: - name: redis - image: "rticatapult.azurecr.io/redis:latest" + image: "rticatapult.azurecr.io/redisgraph:latest" command: - redis-server + # args: + # - '--requirepass' + # - '12345' + # - '--masterauth' + # - '12345' + # - '--loadmodule' + # - '/opt/redis-stack/lib/redisgraph.so' args: - '--requirepass' - '12345' - '--masterauth' - '12345' - '--loadmodule' - - '/opt/redis-stack/lib/redisgraph.so' + - '/usr/lib/redis/modules/redisgraph.so' imagePullPolicy: IfNotPresent ports: - containerPort: 6379 diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml index 77da9778..bfed5ca1 100644 --- a/Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml +++ b/Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml @@ -13,4 +13,5 @@ kind: Secret metadata: name: search-redis-secret data: - password: MTIzNDU= \ No newline at end of file + # password: MTIzNDU= #OLD + password: d2Vhaw== #NEW REDIS \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-configmap.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-configmap.yaml index 20a6a602..27459790 100644 --- a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-configmap.yaml +++ b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-configmap.yaml @@ -19,7 +19,7 @@ data: url: "redis:" redis: true redis_connection_params: - host: redis + host: merge-redis-master port: 6379 # SET USERNAME and PASSWORD # via REDIS_USERNAME , REDIS_PASSWORD Env vars (i.e capitialize service name) diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml index 8b9fee90..ee4531e2 100644 --- a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml +++ b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml @@ -15,16 +15,16 @@ spec: spec: containers: - name: main - image: rticatapult.azurecr.io/tranql:v3 + image: rticatapult.azurecr.io/tranql:v6 command: - gunicorn args: - '--workers=4' - '--name=tranql' - '--bind=0.0.0.0:8001' - - '--timeout=300' - # - '--access-logfile=/var/nfs/tranql-frontend_access_log' - # - '--error-logfile=/var/nfs/tranql-frontend_error_log' + - '--timeout=1600' + - "--access-logfile=$(ACCESS_LOG)" + - "--error-logfile=$(ERROR_LOG)" - '--log-level=debug' - 'tranql.api:app' ports: diff --git a/dags/roger/core.py b/dags/roger/core.py index 783f2944..940ba3cd 100644 --- a/dags/roger/core.py +++ b/dags/roger/core.py @@ -1315,13 +1315,15 @@ def insert (self): args = [] if len(nodes) > 0: bulk_path_root = Util.bulk_path('nodes') + os.path.sep - nodes_with_type = [ f"{ x.replace(bulk_path_root, '').split('.')[0].replace('~', ':')} {x}" + nodes_with_type = [ f"{ x.replace(bulk_path_root, '').split('.')[0].split('~')[1]} {x}" for x in nodes ] + # Node label now no longer has 'biolink:' args.extend(("-N " + " -N ".join(nodes_with_type)).split()) if len(edges) > 0: bulk_path_root = Util.bulk_path('edges') + os.path.sep - edges_with_type = [ f"{x.replace(bulk_path_root, '').strip(os.path.sep).split('.')[0].replace('~', ':')} {x}" + edges_with_type = [f"{x.replace(bulk_path_root, '').strip(os.path.sep).split('.')[0].split('~')[1]} {x}" for x in edges] + # Edge label now no longer has 'biolink:' args.extend(("-R " + " -R ".join(edges_with_type)).split()) args.extend([f"--separator={self.separator}"]) args.extend([f"--host={redisgraph['host']}"]) @@ -1333,11 +1335,37 @@ def insert (self): log.debug(f"Calling bulk_insert with extended args: {args}") try: bulk_insert (args, standalone_mode=False) + self.update_labels() self.add_indexes() except Exception as e: log.error(f"Unexpected {e.__class__.__name__}: {e}") raise + def update_labels(self): + """ + Prepend 'biolink: back onto Node labels. + This allows for multilabel redis nodes i.e. ["biolink:OrganismalEntity", "biolink:SubjectOfInvestigation"] + """ + log.debug(f"Updating Labels to be multi labels") + redis_connection = self.get_redisgraph() + all_labels = redis_connection.query( + "Match (c) return distinct labels(c)").result_set + all_labels = reduce(lambda x, y: x + y, all_labels, []) + all_labels = reduce(lambda x, y: x + y, all_labels, []) + print("reduced all_labels") + print(all_labels) + all_labels_with_ancestors = {x: self.biolink.toolkit.get_ancestors( + x, reflexive=False, formatted=True) for x in all_labels} + print(all_labels_with_ancestors) + update_labels_queries = [ + f"MATCH (c:`{label}`) REMOVE c:`{label}` SET c:" + ":".join([f"`{other_labels}`" for other_labels in all_labels_with_ancestors[label]]) for label in all_labels_with_ancestors + ] + log.info(update_labels_queries) + + for query in update_labels_queries: + redis_connection.query(query=query) + log.info(f"Update Multi Labels for {len(all_labels)} labels.") + def add_indexes(self): redis_connection = self.get_redisgraph() all_labels = redis_connection.query("Match (c) return distinct labels(c)").result_set diff --git a/tests/test_redis_query.cypher b/tests/test_redis_query.cypher new file mode 100644 index 00000000..5b16de84 --- /dev/null +++ b/tests/test_redis_query.cypher @@ -0,0 +1 @@ +GRAPH.query 'test' "MATCH (c{id:'HP:0032316'}) return c" \ No newline at end of file From b6ea2c71f84c99d6e22a56c586c12e65ce12b9d4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: braswent Date: Wed, 24 May 2023 13:24:13 -0400 Subject: [PATCH 08/40] Working multi label redis nodes w/ no biolink label --- .gitignore | 2 +- dags/roger/core.py | 39 ++++++++++----------------------------- 2 files changed, 11 insertions(+), 30 deletions(-) diff --git a/.gitignore b/.gitignore index 5825dd52..be73235b 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -1,5 +1,5 @@ # Git ignore bioler plate from https://github.com/github/gitignore/blob/master/Python.gitignore - +.secret-env # Byte-compiled / optimized / DLL files __pycache__/ diff --git a/dags/roger/core.py b/dags/roger/core.py index 940ba3cd..d893f045 100644 --- a/dags/roger/core.py +++ b/dags/roger/core.py @@ -1315,9 +1315,16 @@ def insert (self): args = [] if len(nodes) > 0: bulk_path_root = Util.bulk_path('nodes') + os.path.sep - nodes_with_type = [ f"{ x.replace(bulk_path_root, '').split('.')[0].split('~')[1]} {x}" - for x in nodes ] - # Node label now no longer has 'biolink:' + nodes_with_type = [] + for x in nodes: + """ + These lines prep nodes bulk load by: + 1) removing 'biolink:' + 2) combine labels to create a multilabel redis node i.e. "OrganismalEntity:SubjectOfInvestigation" + """ + file_name_type_part = x.replace(bulk_path_root, '').split('.')[0].split('~')[1] + all_labels = file_name_type_part + ":" + ":".join([v.lstrip("biolink:") for v in self.biolink.toolkit.get_ancestors("biolink:" + file_name_type_part, reflexive=False, formatted=True )] ) + nodes_with_type.append(f"{ all_labels} {x}") args.extend(("-N " + " -N ".join(nodes_with_type)).split()) if len(edges) > 0: bulk_path_root = Util.bulk_path('edges') + os.path.sep @@ -1335,37 +1342,11 @@ def insert (self): log.debug(f"Calling bulk_insert with extended args: {args}") try: bulk_insert (args, standalone_mode=False) - self.update_labels() self.add_indexes() except Exception as e: log.error(f"Unexpected {e.__class__.__name__}: {e}") raise - def update_labels(self): - """ - Prepend 'biolink: back onto Node labels. - This allows for multilabel redis nodes i.e. ["biolink:OrganismalEntity", "biolink:SubjectOfInvestigation"] - """ - log.debug(f"Updating Labels to be multi labels") - redis_connection = self.get_redisgraph() - all_labels = redis_connection.query( - "Match (c) return distinct labels(c)").result_set - all_labels = reduce(lambda x, y: x + y, all_labels, []) - all_labels = reduce(lambda x, y: x + y, all_labels, []) - print("reduced all_labels") - print(all_labels) - all_labels_with_ancestors = {x: self.biolink.toolkit.get_ancestors( - x, reflexive=False, formatted=True) for x in all_labels} - print(all_labels_with_ancestors) - update_labels_queries = [ - f"MATCH (c:`{label}`) REMOVE c:`{label}` SET c:" + ":".join([f"`{other_labels}`" for other_labels in all_labels_with_ancestors[label]]) for label in all_labels_with_ancestors - ] - log.info(update_labels_queries) - - for query in update_labels_queries: - redis_connection.query(query=query) - log.info(f"Update Multi Labels for {len(all_labels)} labels.") - def add_indexes(self): redis_connection = self.get_redisgraph() all_labels = redis_connection.query("Match (c) return distinct labels(c)").result_set From 5b854803a6046c05c6acfe320bd26af1e7b429cf Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: braswent Date: Thu, 25 May 2023 19:01:55 -0400 Subject: [PATCH 09/40] Latest code changes to deploy working Roger in Merge --- .../redis-stateful/redis-stack-helm.sh | 115 ------------------ .../redis-stateful/redis-statefulset.yaml | 73 ----------- .../dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml | 2 +- dags/dug_helpers/dug_utils.py | 27 ++-- 4 files changed, 21 insertions(+), 196 deletions(-) delete mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/redis-stateful/redis-stack-helm.sh delete mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/redis-stateful/redis-statefulset.yaml diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/redis-stateful/redis-stack-helm.sh b/Merge-helm/dev-deployment/redis-stateful/redis-stack-helm.sh deleted file mode 100644 index 11cb1eed..00000000 --- a/Merge-helm/dev-deployment/redis-stateful/redis-stack-helm.sh +++ /dev/null @@ -1,115 +0,0 @@ -helm upgrade -i \ - redis-stack-server redis \ - --atomic \ - --repo https://charts.bitnami.com/bitnami \ - --version 17.1.4 \ - --values - <> /opt/bitnami/redis/etc/replica.conf - echo "replica-announce-port \$REDISPORT" >> /opt/bitnami/redis/etc/replica.conf - echo "replica-announce-ip \$(get_full_hostname "\$HOSTNAME")" >> /opt/bitnami/redis/etc/replica.conf - \${CMD} \ - --port "\${REDIS_PORT}" \ - --requirepass "\${REDIS_PASSWORD}" \ - --masterauth "\${REDIS_PASSWORD}" \ - --include "/opt/bitnami/redis/etc/redis.conf" \ - --include "/opt/bitnami/redis/etc/replica.conf" \ - --loadmodule /opt/redis-stack/lib/redisgraph.so \${REDISGRAPH_ARGS} \ -EOF \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/redis-stateful/redis-statefulset.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/redis-stateful/redis-statefulset.yaml deleted file mode 100644 index 5cdec8cf..00000000 --- a/Merge-helm/dev-deployment/redis-stateful/redis-statefulset.yaml +++ /dev/null @@ -1,73 +0,0 @@ -apiVersion: apps/v1 -kind: StatefulSet -metadata: - name: redis -spec: - serviceName: redis - replicas: 3 - selector: - matchLabels: - app: redis - template: - metadata: - labels: - app: redis - spec: - initContainers: - - name: config - image: rticatapult.azurecr.io/redis:20230301.1 - command: [ "sh", "-c" ] - args: - - | - cp /tmp/redis/redis.conf /etc/redis/redis.conf - - echo "finding master..." - MASTER_FDQN=`hostname -f | sed -e 's/redis-[0-9]\./redis-0./'` - if [ "$(redis-cli -h sentinel -p 5000 ping)" != "PONG" ]; then - echo "master not found, defaulting to redis-0" - - if [ "$(hostname)" == "redis-0" ]; then - echo "this is redis-0, not updating config..." - else - echo "updating redis.conf..." - echo "slaveof $MASTER_FDQN 6379" >> /etc/redis/redis.conf - fi - else - echo "sentinel found, finding master" - MASTER="$(redis-cli -h sentinel -p 5000 sentinel get-master-addr-by-name mymaster | grep -E '(^redis-\d{1,})|([0-9]{1,3}\.[0-9]{1,3}\.[0-9]{1,3}\.[0-9]{1,3})')" - echo "master found : $MASTER, updating redis.conf" - echo "slaveof $MASTER 6379" >> /etc/redis/redis.conf - fi - volumeMounts: - - name: redis-config - mountPath: /etc/redis/ - - name: config - mountPath: /tmp/redis/ - containers: - - name: redis - image: rticatapult.azurecr.io/redis:20230301.1 - command: ["redis-server"] - args: ["/etc/redis/redis.conf"] - ports: - - containerPort: 6379 - name: redis - volumeMounts: - - name: data - mountPath: /data - - name: redis-config - mountPath: /etc/redis/ - volumes: - - name: redis-config - emptyDir: {} - - name: config - configMap: - name: redis-config - volumeClaimTemplates: - - metadata: - name: data - spec: - accessModes: [ "ReadWriteOnce" ] - storageClassName: "local-storage" - resources: - requests: - storage: 500Mi \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml index ee4531e2..eeab2853 100644 --- a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml +++ b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml @@ -15,7 +15,7 @@ spec: spec: containers: - name: main - image: rticatapult.azurecr.io/tranql:v6 + image: rticatapult.azurecr.io/tranql:v11 command: - gunicorn args: diff --git a/dags/dug_helpers/dug_utils.py b/dags/dug_helpers/dug_utils.py index 0b077471..8cb39413 100644 --- a/dags/dug_helpers/dug_utils.py +++ b/dags/dug_helpers/dug_utils.py @@ -356,10 +356,17 @@ def _search_elements(self, curie, search_term): size=2000 ) ids_dict = [] - for element_type in response: - all_elements_ids = [e['id'] for e in - reduce(lambda x, y: x + y['elements'], response[element_type], [])] - ids_dict += all_elements_ids + if 'total_items' in response: + if response['total_items'] == 0: + log.error(f"No search elements returned for variable search: {self.variables_index}.") + log.error(f"Concept id : {curie}, Search term: {search_term}") + # raise Exception(f"Validation error - Did not find {curie} for" + # f"Search term: {search_term}") + else: + for element_type in response: + all_elements_ids = [e['id'] for e in + reduce(lambda x, y: x + y['elements'], response[element_type], [])] + ids_dict += all_elements_ids return ids_dict def crawl_concepts(self, concepts, data_set_name): @@ -482,12 +489,18 @@ def validate_indexed_concepts(self, elements, concepts): searched_element_ids = self._search_elements(curie, search_term) - present = bool(len([x for x in sample_elements[curie] if x in searched_element_ids])) - if not present: - log.error(f"Did not find expected variable {element.id} in search result.") + if curie not in sample_elements: + log.error(f"Did not find Curie id {curie} in Elements.") log.error(f"Concept id : {concept.id}, Search term: {search_term}") raise Exception(f"Validation error - Did not find {element.id} for" f" Concept id : {concept.id}, Search term: {search_term}") + else: + present = bool(len([x for x in sample_elements[curie] if x in searched_element_ids])) + if not present: + log.error(f"Did not find expected variable {element.id} in search result.") + log.error(f"Concept id : {concept.id}, Search term: {search_term}") + raise Exception(f"Validation error - Did not find {element.id} for" + f" Concept id : {concept.id}, Search term: {search_term}") def clear_index(self, index_id): exists = self.search_obj.es.indices.exists(index=index_id) From 0083b6039fdab8610b0c9c5c7a4883da605a4381 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: braswent Date: Fri, 9 Jun 2023 09:43:35 -0400 Subject: [PATCH 10/40] biolink data move to '.' separator --- dags/roger/core.py | 6 +++--- tests/test_redis_query.cypher | 6 +++++- 2 files changed, 8 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/dags/roger/core.py b/dags/roger/core.py index d893f045..ce4398e8 100644 --- a/dags/roger/core.py +++ b/dags/roger/core.py @@ -1322,13 +1322,13 @@ def insert (self): 1) removing 'biolink:' 2) combine labels to create a multilabel redis node i.e. "OrganismalEntity:SubjectOfInvestigation" """ - file_name_type_part = x.replace(bulk_path_root, '').split('.')[0].split('~')[1] - all_labels = file_name_type_part + ":" + ":".join([v.lstrip("biolink:") for v in self.biolink.toolkit.get_ancestors("biolink:" + file_name_type_part, reflexive=False, formatted=True )] ) + file_name_type_part = x.replace(bulk_path_root, '').split('.')[0].replace('~', '.') + all_labels = file_name_type_part + ":" + ":".join([v.replace("biolink:", "biolink.") for v in self.biolink.toolkit.get_ancestors("biolink:" + file_name_type_part, reflexive=False, formatted=True )] ) nodes_with_type.append(f"{ all_labels} {x}") args.extend(("-N " + " -N ".join(nodes_with_type)).split()) if len(edges) > 0: bulk_path_root = Util.bulk_path('edges') + os.path.sep - edges_with_type = [f"{x.replace(bulk_path_root, '').strip(os.path.sep).split('.')[0].split('~')[1]} {x}" + edges_with_type = [f"{x.replace(bulk_path_root, '').strip(os.path.sep).split('.')[0].replace('~', '.')} {x}" for x in edges] # Edge label now no longer has 'biolink:' args.extend(("-R " + " -R ".join(edges_with_type)).split()) diff --git a/tests/test_redis_query.cypher b/tests/test_redis_query.cypher index 5b16de84..509df1fa 100644 --- a/tests/test_redis_query.cypher +++ b/tests/test_redis_query.cypher @@ -1 +1,5 @@ -GRAPH.query 'test' "MATCH (c{id:'HP:0032316'}) return c" \ No newline at end of file +MATCH (c{id:'HP:0032316'}) return c + +MATCH (disease:`Disease` {`id`: 'MONDO:0004979'}) WITH disease MATCH (disease)-[e1_disease_phenotypic_feature]-(phenotypic_feature:`PhenotypicFeature` {}) +WITH disease AS disease, phenotypic_feature AS phenotypic_feature, collect(e1_disease_phenotypic_feature) AS e1_disease_phenotypic_feature +RETURN disease,phenotypic_feature,e1_disease_phenotypic_feature,labels(disease) AS type__disease,labels(phenotypic_feature) AS type__phenotypic_feature,[edge in e1_disease_phenotypic_feature | type(edge)] AS type__e1_disease_phenotypic_feature,[edge in e1_disease_phenotypic_feature | [startNode(edge).id, endNode(edge).id]] AS id_pairs__e1_disease_phenotypic_feature \ No newline at end of file From c7b3a71ac337651747ce10b668e3cecfe2bbd7f9 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: braswent Date: Tue, 20 Jun 2023 12:02:03 -0400 Subject: [PATCH 11/40] updates to include new dug fixes, upgraded redis-bulk-loader and made changes to for biolink variables to specify it's domain with a 'biolink.' --- Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml | 2 +- .../dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml | 2 +- dags/dug_helpers/dug_utils.py | 23 ++++++++++++++++++- dags/roger/core.py | 18 ++++++++------- requirements.txt | 4 ++-- 5 files changed, 36 insertions(+), 13 deletions(-) diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml index bfed5ca1..d4d209db 100644 --- a/Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml +++ b/Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml @@ -14,4 +14,4 @@ metadata: name: search-redis-secret data: # password: MTIzNDU= #OLD - password: d2Vhaw== #NEW REDIS \ No newline at end of file + password: cGFzc3dvcmQ0Q2F0YXB1bHQ= #NEW REDIS \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml index eeab2853..709f62ab 100644 --- a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml +++ b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml @@ -15,7 +15,7 @@ spec: spec: containers: - name: main - image: rticatapult.azurecr.io/tranql:v11 + image: catapultmerge.azurecr.io/tranql:v11 command: - gunicorn args: diff --git a/dags/dug_helpers/dug_utils.py b/dags/dug_helpers/dug_utils.py index 8cb39413..1ab50308 100644 --- a/dags/dug_helpers/dug_utils.py +++ b/dags/dug_helpers/dug_utils.py @@ -108,7 +108,25 @@ def annotate_files(self, parser_name, parsable_files): # @TODO propose for Dug to make this a crawler class init parameter(??) crawler.crawlspace = elements_file_path log.debug(f"Crawler annotator: {crawler.annotator}") - crawler.annotate_elements() + try: + crawler.annotate_elements() + except: + # breakpoint() + log.error(f"ERROR: crawler.annotate_elements failed") + # if fatal_condition(): + # log.error(f"FATAL ERROR: crawler.annotate_elements fatal {e}") + # raise + # else: + # if len(elements) == len(crawler.elements) and len(crawler.concepts) > 0: + # log.debug(f"DEBUG: Crawler has data: elements count {len(crawler.elements)}") + # log.debug(f"DEBUG: Crawler has data: concepts count {len(crawler.concepts)}") + # # We should continue + # pass + # else: + # log.debug(f"DEBUG: Crawler is missing data: elements count {len(crawler.elements)}") + # log.debug(f"DEBUG: Crawler is missing data: concepts count {len(crawler.concepts)}") + # # Need to handle missing data! We should delete the directory then continue + # pass # Extract out the concepts gotten out of annotation # Extract out the elements @@ -397,6 +415,7 @@ def crawl_concepts(self, concepts, data_set_name): total = len(concepts) for concept_id, concept in concepts.items(): counter += 1 + # breakpoint() crawler.expand_concept(concept) concept.set_search_terms() concept.set_optional_terms() @@ -492,6 +511,8 @@ def validate_indexed_concepts(self, elements, concepts): if curie not in sample_elements: log.error(f"Did not find Curie id {curie} in Elements.") log.error(f"Concept id : {concept.id}, Search term: {search_term}") + log.error(f"Validation error - Did not find {element.id} for" + f" Concept id : {concept.id}, Search term: {search_term}") raise Exception(f"Validation error - Did not find {element.id} for" f" Concept id : {concept.id}, Search term: {search_term}") else: diff --git a/dags/roger/core.py b/dags/roger/core.py index ce4398e8..39f2d054 100644 --- a/dags/roger/core.py +++ b/dags/roger/core.py @@ -1319,23 +1319,25 @@ def insert (self): for x in nodes: """ These lines prep nodes bulk load by: - 1) removing 'biolink:' - 2) combine labels to create a multilabel redis node i.e. "OrganismalEntity:SubjectOfInvestigation" + 1) appending to labels 'biolink.' + 2) combine labels to create a multilabel redis node i.e. "biolink.OrganismalEntity:biolink.SubjectOfInvestigation" """ - file_name_type_part = x.replace(bulk_path_root, '').split('.')[0].replace('~', '.') - all_labels = file_name_type_part + ":" + ":".join([v.replace("biolink:", "biolink.") for v in self.biolink.toolkit.get_ancestors("biolink:" + file_name_type_part, reflexive=False, formatted=True )] ) + file_name_type_part = x.replace(bulk_path_root, '').split('.')[0].split('~')[1] + all_labels = file_name_type_part + ":" + ":".join([v.lstrip("biolink:") for v in self.biolink.toolkit.get_ancestors("biolink:" + file_name_type_part, reflexive=False, formatted=True )] ) nodes_with_type.append(f"{ all_labels} {x}") args.extend(("-N " + " -N ".join(nodes_with_type)).split()) if len(edges) > 0: bulk_path_root = Util.bulk_path('edges') + os.path.sep - edges_with_type = [f"{x.replace(bulk_path_root, '').strip(os.path.sep).split('.')[0].replace('~', '.')} {x}" + edges_with_type = [f"{x.replace(bulk_path_root, '').strip(os.path.sep).split('.')[0].split('~')[1]} {x}" for x in edges] # Edge label now no longer has 'biolink:' args.extend(("-R " + " -R ".join(edges_with_type)).split()) + """ + Ugraded redis-bulkloader now requires that the redis url contain the password, host and port + """ args.extend([f"--separator={self.separator}"]) - args.extend([f"--host={redisgraph['host']}"]) - args.extend([f"--port={redisgraph['port']}"]) - args.extend([f"--password={redisgraph['password']}"]) + print(f"--redis-url=redis://{redisgraph['host']}:{redisgraph['port']}") + args.extend([f"--redis-url=redis://:{redisgraph['password']}@{redisgraph['host']}:{redisgraph['port']}"]) args.extend(['--enforce-schema']) args.extend([f"{redisgraph['graph']}"]) """ standalone_mode=False tells click not to sys.exit() """ diff --git a/requirements.txt b/requirements.txt index 6a8682a9..91597c25 100644 --- a/requirements.txt +++ b/requirements.txt @@ -7,11 +7,11 @@ elasticsearch==8.5.2 flatten-dict #psycopg2-binary==2.8.6 # redisgraph==2.4.1 # redisgraph conflicts with Redis 4 -redisgraph-bulk-loader==0.9.5 +redisgraph-bulk-loader==0.12.3 #requests<2.24.0 pytest PyYAML -git+https://github.com/RTIInternational/dug@v0.0.1 +git+https://github.com/RTIInternational/dug@v0.0.3 # elasticsearch==7.11.0 orjson #biolinkml==1.7.6 From 50f5b238da62fff34d7e458f585e0ef08d5c581b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: braswent Date: Wed, 21 Jun 2023 14:59:26 -0400 Subject: [PATCH 12/40] adding test roger code --- .../dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml | 2 +- dags/dug_helpers/dug_utils.py | 18 --- dags/roger/config/dev-config.yaml | 2 +- dags/test_metadata.yaml | 124 ++++++++++++++++++ 4 files changed, 126 insertions(+), 20 deletions(-) create mode 100644 dags/test_metadata.yaml diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml index 709f62ab..a7a67efc 100644 --- a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml +++ b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml @@ -15,7 +15,7 @@ spec: spec: containers: - name: main - image: catapultmerge.azurecr.io/tranql:v11 + image: rticatapult.azurecr.io/tranql:v14 command: - gunicorn args: diff --git a/dags/dug_helpers/dug_utils.py b/dags/dug_helpers/dug_utils.py index 1ab50308..0a601725 100644 --- a/dags/dug_helpers/dug_utils.py +++ b/dags/dug_helpers/dug_utils.py @@ -111,22 +111,7 @@ def annotate_files(self, parser_name, parsable_files): try: crawler.annotate_elements() except: - # breakpoint() log.error(f"ERROR: crawler.annotate_elements failed") - # if fatal_condition(): - # log.error(f"FATAL ERROR: crawler.annotate_elements fatal {e}") - # raise - # else: - # if len(elements) == len(crawler.elements) and len(crawler.concepts) > 0: - # log.debug(f"DEBUG: Crawler has data: elements count {len(crawler.elements)}") - # log.debug(f"DEBUG: Crawler has data: concepts count {len(crawler.concepts)}") - # # We should continue - # pass - # else: - # log.debug(f"DEBUG: Crawler is missing data: elements count {len(crawler.elements)}") - # log.debug(f"DEBUG: Crawler is missing data: concepts count {len(crawler.concepts)}") - # # Need to handle missing data! We should delete the directory then continue - # pass # Extract out the concepts gotten out of annotation # Extract out the elements @@ -415,7 +400,6 @@ def crawl_concepts(self, concepts, data_set_name): total = len(concepts) for concept_id, concept in concepts.items(): counter += 1 - # breakpoint() crawler.expand_concept(concept) concept.set_search_terms() concept.set_optional_terms() @@ -511,8 +495,6 @@ def validate_indexed_concepts(self, elements, concepts): if curie not in sample_elements: log.error(f"Did not find Curie id {curie} in Elements.") log.error(f"Concept id : {concept.id}, Search term: {search_term}") - log.error(f"Validation error - Did not find {element.id} for" - f" Concept id : {concept.id}, Search term: {search_term}") raise Exception(f"Validation error - Did not find {element.id} for" f" Concept id : {concept.id}, Search term: {search_term}") else: diff --git a/dags/roger/config/dev-config.yaml b/dags/roger/config/dev-config.yaml index 7f151be6..fe9f39dd 100644 --- a/dags/roger/config/dev-config.yaml +++ b/dags/roger/config/dev-config.yaml @@ -13,7 +13,7 @@ data_root: "/Users/schreepc/Projects/helxplatform/roger/roger/test/data" dug_data_root: dug_helpers/dug_data/topmed_data base_data_uri: https://stars.renci.org/var/kgx_data/trapi-1.0/ kgx: - biolink_model_version: 1.5.0 + biolink_model_version: test #https://github.com/RedisGraph/redisgraph-bulk-loader/blob/master/redisgraph_bulk_loader/bulk_insert.py#L43 bulk_loader: diff --git a/dags/test_metadata.yaml b/dags/test_metadata.yaml new file mode 100644 index 00000000..54d508c4 --- /dev/null +++ b/dags/test_metadata.yaml @@ -0,0 +1,124 @@ +# This is a file that lists the data to be used for testing purposes +# It contains a reduced set of the metadata.yaml file +kgx: + versions: + - files: + - biolink-v1.0.json + - ctd-v1.0.json + - gtopdb-v1.0.json + - hetio-v1.0.json + - hgnc-v1.0.json + - hmdb-v1.0.json + - kegg-v1.0.json + - mychem-v1.0.json + - ontological-hierarchy-v1.0.json + - panther-v1.0.json + - foodb-v1.0.json + - pharos-v1.0.json + - intact-v1.0.json + - human-goa-v1.0.json + - uberongraph-v1.0.json + - viral-proteome-v1.0.json + version: v1.0 + name: baseline-graph + format: json + - files: + - biolink-v2.0.json + - ctd-v2.0.json + - gtopdb-v2.0.json + - hetio-v2.0.json + - hgnc-v2.0.json + - hmdb-v2.0.json + - kegg-v2.0.json + - mychem-v2.0.json + - ontological-hierarchy-v2.0.json + - panther-v2.0.json + - foodb-v2.0.json + - pharos-v2.0.json + - intact-v2.0.json + - human-goa-v2.0.json + - uberongraph-v2.0.json + - viral-proteome-v2.0.json + version: v2.0 + name: baseline-graph + format: json + - files: + - heal/sparc/curation-export-processed.json + version: v2.0 + name: sparc-kgx + format: json + - files: + - Biolink_edges_v3.0.jsonl + - Biolink_nodes_v3.0.jsonl + - CTD_edges_v3.0.jsonl + - CTD_nodes_v3.0.jsonl + - DrugCentral_edges_v3.0.jsonl + - DrugCentral_nodes_v3.0.jsonl + - GtoPdb_edges_v3.0.jsonl + - GtoPdb_nodes_v3.0.jsonl + - Hetio_edges_v3.0.jsonl + - Hetio_nodes_v3.0.jsonl + - HGNC_edges_v3.0.jsonl + - HGNC_nodes_v3.0.jsonl + - HMDB_edges_v3.0.jsonl + - HMDB_nodes_v3.0.jsonl + - HumanGOA_edges_v3.0.jsonl + - HumanGOA_nodes_v3.0.jsonl + - IntAct_edges_v3.0.jsonl + - IntAct_nodes_v3.0.jsonl + - OntologicalHierarchy_edges_v3.0.jsonl + - OntologicalHierarchy_nodes_v3.0.jsonl + - PANTHER_edges_v3.0.jsonl + - PANTHER_nodes_v3.0.jsonl + - PHAROS_edges_v3.0.jsonl + - PHAROS_nodes_v3.0.jsonl + - UberGraph_edges_v3.0.jsonl + - UberGraph_nodes_v3.0.jsonl + version: v3.0 + name: baseline-graph + format: jsonl + - version: test + files: + - hgnc_nodes.jsonl + - hgnc_edges.jsonl + name: test + - version: v3.0 + name: cde-graph + format: jsonl + files: + - cde/annotated_edges_v3.0.jsonl + - cde/annotated_nodes_v3.0.jsonl +dug_inputs: + versions: + - name: bdc + version: v1.0 + files: + s3: + - "bdc/v1.0/bdc_dbgap_data_dicts.tar.gz" + stars: + - "bdc_dbgap_data_dicts.tar.gz" + format: dbGaP + - name: nida + version: v1.0 + files: + s3: + - "nida/v1.0/nida-12studies.tar.gz" + stars: + - "nida-12studies.tar.gz" + format: nida + - name: sparc + version: v1.0 + files: + s3: + - "sparc/v1.0/sparc-dbgap-xml-formatted.tar.gz" + stars: + - "sparc-dbgap-xml-formatted.tar.gz" + format: sparc + - name: anvil + version: v1.0 + files: + s3: + - "bdc/v1.0/anvil_dbgap_data_dicts.tar.gz" + stars: + - "anvil_dbgap_data_dicts.tar.gz" + format: anvil \ No newline at end of file From 444fd16a86323a83a27234461182ed24fe6043cb Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: braswent Date: Wed, 9 Aug 2023 10:20:15 -0400 Subject: [PATCH 13/40] removed helm deployments --- .gitignore | 2 + Merge-Dug-Architecture.md | 36 --- Merge-helm/deploy-ready-steps.md | 42 --- Merge-helm/dev-deployment/api-service.yaml | 16 - Merge-helm/dev-deployment/configmap.yaml | 46 --- .../dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml | 93 ------ .../elastic-dev-deployment.yaml | 96 ------ Merge-helm/dev-deployment/pvc.yaml | 23 -- .../dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml | 78 ----- Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml | 17 -- Merge-helm/dev-deployment/services.yaml | 63 ---- .../dev-deployment/tranql-configmap.yaml | 25 -- .../dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml | 98 ------ Merge-helm/prod-deployment/Chart.yaml | 22 -- .../prod-deployment/helx-prod-search.yaml | 125 -------- .../prod-deployment/templates/_helpers.tpl | 283 ------------------ .../templates/api-deployment.yaml | 38 --- .../templates/api-service.yaml | 20 -- .../prod-deployment/templates/configmap.yaml | 50 ---- Merge-helm/prod-deployment/templates/pvc.yaml | 36 --- .../prod-deployment/templates/secrets.yaml | 39 --- Merge-helm/prod-deployment/values.yaml | 194 ------------ 22 files changed, 2 insertions(+), 1440 deletions(-) delete mode 100644 Merge-Dug-Architecture.md delete mode 100644 Merge-helm/deploy-ready-steps.md delete mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/api-service.yaml delete mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/configmap.yaml delete mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml delete mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/elastic-dev-deployment.yaml delete mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/pvc.yaml delete mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml delete mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml delete mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/services.yaml delete mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/tranql-configmap.yaml delete mode 100644 Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml delete mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/Chart.yaml delete mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/helx-prod-search.yaml delete mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/templates/_helpers.tpl delete mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/templates/api-deployment.yaml delete mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/templates/api-service.yaml delete mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/templates/configmap.yaml delete mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/templates/pvc.yaml delete mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/templates/secrets.yaml delete mode 100644 Merge-helm/prod-deployment/values.yaml diff --git a/.gitignore b/.gitignore index be73235b..fa5c8ebb 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -1,5 +1,7 @@ # Git ignore bioler plate from https://github.com/github/gitignore/blob/master/Python.gitignore .secret-env +Merge-helm/ +Merge-Dug-Architecture.md # Byte-compiled / optimized / DLL files __pycache__/ diff --git a/Merge-Dug-Architecture.md b/Merge-Dug-Architecture.md deleted file mode 100644 index d19bdc49..00000000 --- a/Merge-Dug-Architecture.md +++ /dev/null @@ -1,36 +0,0 @@ -# Merge Dug Architecture - -## Introduction to Dug Architecture - -Dug in the RTI Merge environment is a fork of the Helxplatform/Dug product but in an updated tech stack with adaptable architecture for new data source projects. Deployying Dug inside of Merge offers greater security and resiliency for the application. Dug is both the generic name for the product and a specific repository/application within the greater Dug environment. The architecture of Dug consists of four containers and one repository that uses CLI prompts to orchestrate the creation of the Dug data. The 5 components are described below. - -- Roger - a repository with ETL pipeline python scripts to ochestrate [Dug](https://github.com/RTIInternational/dug) modules to extract and transform data with API calls via external services and then populate the Redisgraph and Elasticsearch databases. - - The steps to perform the ETL pipeline can be found in the `./roger-cli-steps.md` - - `./bin/Makefile all` -- Dug-API - Dug is both a python script repository used by Roger to perform ETL and a Python Flask API service that interacts with Elasticsearch to serve research queiries or a front end applocation. The API is created by running docker container with a *gunicorn* server as the gateway. - - Available at port 5551 or 80:5551 as an API service inside Merge - - Image built using the `./Dockerfile` in `main` branch in the Dug-Api repository -- RedisGraph - Graph database based off of the Redis-Stack docker image with the RedisGraph module initalized via command args on build. - - Available at port 6379 with the hostname `redis` - - Docker Image redis/redis-stack:6.2.4-v2 - - *Will be converted to the Bitnami Redis Helm chart at production* -- Elasticsearch - NoSQL database where the finalized data of the Dug ETL pipeline is stored. - - Exists at port 9200 and 9300 - - Docker Image docker.elastic.co/elasticsearch/elasticsearch:8.5.2 -- Tranql - This is a graph database interpreter that exposes at Flask API for the RedisGraph database. This will most likely be replaced in the coming months. - - Available at port 8001:8001/tranql inside the local build and on port 80:8001/tranql inside merge - - Image built using the `./Dockerfile` in `develop` branch in the Dug repository - -## RENCI Dug Deployment - -The backend of Dug is all performed in the [RENCI Search Chart repo](https://github.com/helxplatform/search-chart) and can be used as an example of how they handle the production deployment of their system. - -## Launching Dug - -For a local deployment follow the steps outlined in the `./roger-cli-steps.md` these are summarized below. - -1) Stand up all four docker containers: dug, tranql, redis, and elasticsearch -2) Create and activate a virtual python environment and then run `pip install -r requirments.txt` -3) Export all needed environment variables with the following syntax `ROGER_S3_` in the front of the value such as: `ROGER_S3_ACCESS__KEY=XXXXKEYXXXX` -4) Export the working directory path `export PYTHONPATH=$PWD/dags` -5) Inside the `./bin` directory run the command `make all` diff --git a/Merge-helm/deploy-ready-steps.md b/Merge-helm/deploy-ready-steps.md deleted file mode 100644 index 49764a50..00000000 --- a/Merge-helm/deploy-ready-steps.md +++ /dev/null @@ -1,42 +0,0 @@ -# Dug Backend Deployment Guide - -## Dependencies - -### ElasticSearch - -### Redis Stack -- Redis Graph - -### Redis Stack -- Redis - -### Tranql - -#### Values - -existingRedis: Allows Tranql to use the a redis outside its own container. -``` yaml -existingRedis: - host: "" - port: 6379 - secret: search-redis-secret - secretPasswordKey: password -``` - -### Dug - API - -## Orchestration Requirements - -### Environment Variables - -#### Roger - -Roger needs several env variables that are created by Helm Templates reading config.yaml. The ENVs that are required are: - -- ROGER_S3_ACCESS__KEY: string -- RENCI S3 bucket access key -- ROGER_S3_BUCKET: string -- RENCI S3 bucket bucket name -- ROGER_S3_HOST: string -- RENCI S3 bucket host name -- ROGER_S3_SECRET__KEY: string -- RENCI S3 bucket secret key -- ROGER_DUG__INPUTS_DATA__SETS: string list: set to "bdc,nida,sparc,topmed,sprint,bacpac" -- ROGER_KGX_DATA__SETS: string list -- set to "baseline-graph,cde-graph" -- ROGER_INDEXING_NODE__TO__ELEMENT__QUERIES_ENABLED: boolean value -- set to true - -There are other environment variables that can override the values given in `dags/roger/config/config.yaml` diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/api-service.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/api-service.yaml deleted file mode 100644 index ab7ecdc0..00000000 --- a/Merge-helm/dev-deployment/api-service.yaml +++ /dev/null @@ -1,16 +0,0 @@ -apiVersion: v1 -kind: Service -metadata: - name: dug-api-service - labels: - app: dug-api - -spec: - ports: - - name: api-port - protocol: TCP - port: 5551 - targetPort: 5551 - selector: - app: dug-api - type: ClusterIP \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/configmap.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/configmap.yaml deleted file mode 100644 index dbfcef59..00000000 --- a/Merge-helm/dev-deployment/configmap.yaml +++ /dev/null @@ -1,46 +0,0 @@ -apiVersion: v1 -kind: ConfigMap -metadata: - name: search-elastic-config - labels: - release: "0" - chart: dug - app: dug -data: - host: "elasticsearch-master" ---- -apiVersion: v1 -kind: ConfigMap -metadata: - name: search-redis-config - labels: - release: v0 - chart: dug - app: dug -data: - host: redis - port: "6379" - graph: "test" ---- -apiVersion: v1 -kind: ConfigMap -metadata: - name: search-data-config - labels: - release: v0 - chart: dug - app: dug -data: - data_directory: "/opt/airflow/share/data" - data_source: s3 - input_sets: bdc,nida,sparc,topmed,sprint,bacpac - kgx_data_sets: baseline-graph,cde-graph - normalizer_url: normalizer_url - synonymizer_url: synonymizer_url - annotator_url: annotator_url - s3_access_key: PNhTXW_3c996CapMG_2E14_4Jh8Q8SVi539lPPAA6S4yXALHN9MCjp45PXt_j2X8Bz_8K5vTTE8T51NZS1_37__N3NZ88_3Mbh4WnMyyR_Dp863I3cmptpLRt_z3CT_8 - s3_bucket: helx-data-sources - s3_host: https://na-s3.renci.org - s3_secret_key: bCBDRtCcraPA1_6a5w5tN9_6Pu3S3gu_CB8CaAjOFAoXKp3t9ZO5c8Bq0qpCzZD_atsnzNMvA9hAdbJbVDz_7HgcmhXYOuyE__kW9kRcCnlR0HcdCcA_2xssCkZYlNLd - tranql_endpoint: "http://tranql-service/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" - node_to_queries_enabled: "true" \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml deleted file mode 100644 index 1d44cbe8..00000000 --- a/Merge-helm/dev-deployment/dug-dev-deployment.yaml +++ /dev/null @@ -1,93 +0,0 @@ -apiVersion: apps/v1 -kind: Deployment -metadata: - name: dug-api-deployment - labels: - app: dug-api -spec: - selector: - matchLabels: - app: dug-api - template: - metadata: - labels: - app: dug-api - spec: - containers: - - name: main - # image: rticatapult.azurecr.io/jupyterhub/jupyter-singleusermlimage:20221219.3 - image: rticatapult.azurecr.io/skinny-dug-api - command: - - gunicorn - args: - - '--workers=4' - - '--name=dug' - - '--bind=0.0.0.0:5551' - - '--timeout=10' - - '--log-level=DEBUG' - - '-k' - - 'uvicorn.workers.UvicornWorker' - - 'dug.server:APP' - ports: - - containerPort: 5551 - env: - - name: ELASTIC_API_HOST - value: elasticsearch - - name: ELASTIC_PASSWORD - valueFrom: - secretKeyRef: - name: elasticsearch - key: password - - name: ELASTIC_USERNAME - valueFrom: - secretKeyRef: - name: elasticsearch - key: username - - name: REDIS_HOST - value: redis - - name: REDIS_PORT - value: "6379" - - name: REDIS_PASSWORD - valueFrom: - secretKeyRef: - name: search-redis-secret - key: password - resources: - limits: - cpu: '2' - memory: 16Gi - requests: - cpu: 500m - memory: 2Gi - # securityContext: - # runAsNonRoot: true - # runAsUser: 1000 - # allowPrivilegeEscalation: false - # capabilities: - # drop: - # - all - volumeMounts: - - name: resrv - mountPath: /home/merge-shared-folder - subPath: merge-shared-folder - tolerations: - - key: "type" - operator: "Equal" - value: "resrv" - effect: "NoSchedule" - affinity: - nodeAffinity: - requiredDuringSchedulingIgnoredDuringExecution: - nodeSelectorTerms: - - matchExpressions: - - key: kubernetes.azure.com/mode - operator: NotIn - values: - - system - restartPolicy: Always - volumes: - - name: resrv - persistentVolumeClaim: - claimName: merge-shared-folder - imagePullSecrets: - - name: regcred \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/elastic-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/elastic-dev-deployment.yaml deleted file mode 100644 index db9f355b..00000000 --- a/Merge-helm/dev-deployment/elastic-dev-deployment.yaml +++ /dev/null @@ -1,96 +0,0 @@ -apiVersion: apps/v1 -kind: Deployment -metadata: - name: elasticsearch - labels: - app: elasticsearch -spec: - revisionHistoryLimit: 0 - replicas: 1 - # replicas: 3 PROD VAL - # minimumMasterNodes: 2 PROD VAL - selector: - matchLabels: - app: elasticsearch - strategy: - type: Recreate - template: - metadata: - labels: - app: elasticsearch - spec: - initContainers: - - name: busybox - image: "rticatapult.azurecr.io/merge/busybox:latest" - command: ['sh', '-c', "chown -R 1000:1000 /usr/share/elasticsearch/data"] - volumeMounts: - - name: elsvolume - subPath: esdata - mountPath: /usr/share/elasticsearch/data - containers: - - name: elasticsearch - image: rticatapult.azurecr.io/coder-assist/coder-assist-elasticsearch:20221130.3 - env: - - name: ES_JAVA_OPTS - value: -Xms512m -Xmx512m - - name: cluster.name - value: docker-cluster - - name: http.host - value: 0.0.0.0 - - name: network.host - value: 0.0.0.0 - - name: transport.host - value: 127.0.0.1 - - name: xpack.security.enabled - value: "false" - - name: ingest.geoip.downloader.enabled - value: "false" - - name: ELASTIC_PASSWORD - valueFrom: - secretKeyRef: - name: elasticsearch - key: password - - name: ELASTIC_USERNAME - valueFrom: - secretKeyRef: - name: elasticsearch - key: username - - name: LOG4J_FORMAT_MSG_NO_LOOKUPS - value: "true" - ports: - - containerPort: 9200 - - containerPort: 9300 - # lifecycle: - # postStart: - # exec: - # command: ["/bin/sh", "-c", "chown -R 1000:1000 /usr/share/elasticsearch/data && chmod -R 777 /docker/volumes/elasticsearch/data"] - resources: - requests: - cpu: 128m - memory: 800Mi - limits: - cpu: 500m - memory: 2Gi - volumeMounts: - - mountPath: /usr/share/elasticsearch/data - subPath: esdata - name: elsvolume - securityContext: - runAsNonRoot: true - runAsUser: 1000 - allowPrivilegeEscalation: false - capabilities: - drop: - - all - tolerations: - - key: type - operator: Equal - value: resrv - effect: NoSchedule - restartPolicy: Always - volumes: - - name: elsvolume - persistentVolumeClaim: - claimName: elasticsearch-master-elasticsearch-master-0 - imagePullSecrets: - - name: regcred diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/pvc.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/pvc.yaml deleted file mode 100644 index 34b50bbb..00000000 --- a/Merge-helm/dev-deployment/pvc.yaml +++ /dev/null @@ -1,23 +0,0 @@ -apiVersion: v1 -kind: PersistentVolumeClaim -metadata: - name: es-dug-data -spec: - storageClassName: "default" - accessModes: - - ReadWriteOnce - resources: - requests: - storage: 8Gi ---- -apiVersion: v1 -kind: PersistentVolumeClaim -metadata: - name: redis-dug-data -spec: - storageClassName: "default" - accessModes: - - ReadWriteOnce - resources: - requests: - storage: 8Gi \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml deleted file mode 100644 index e044e54d..00000000 --- a/Merge-helm/dev-deployment/redis-dev-deployment.yaml +++ /dev/null @@ -1,78 +0,0 @@ -apiVersion: apps/v1 -kind: Deployment -metadata: - name: redis - namespace: helm-dev-rs-2 - labels: - name: redis - app: redis -spec: - revisionHistoryLimit: 0 - replicas: 1 - selector: - matchLabels: - app: redis - strategy: - type: Recreate - template: - metadata: - labels: - app: redis - spec: - containers: - - name: redis - image: "rticatapult.azurecr.io/redisgraph:latest" - command: - - redis-server - # args: - # - '--requirepass' - # - '12345' - # - '--masterauth' - # - '12345' - # - '--loadmodule' - # - '/opt/redis-stack/lib/redisgraph.so' - args: - - '--requirepass' - - '12345' - - '--masterauth' - - '12345' - - '--loadmodule' - - '/usr/lib/redis/modules/redisgraph.so' - imagePullPolicy: IfNotPresent - ports: - - containerPort: 6379 - readinessProbe: - exec: - command: - - redis-cli - - ping - initialDelaySeconds: 20 - timeoutSeconds: 30 - periodSeconds: 3 - # data volume where redis writes data - volumeMounts: - - name: redata - mountPath: /data - readOnly: false - resources: - requests: - cpu: 128m - memory: 800Mi - limits: - cpu: 500m - memory: 4Gi - tolerations: - - key: type - operator: Equal - value: resrv - effect: NoSchedule - restartPolicy: Always - volumes: - - name: redata - persistentVolumeClaim: - claimName: data-superset-postgresql-0 - - name: resrv - persistentVolumeClaim: - claimName: merge-shared-folder - imagePullSecrets: - - name: regcred \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml deleted file mode 100644 index d4d209db..00000000 --- a/Merge-helm/dev-deployment/secrets.yaml +++ /dev/null @@ -1,17 +0,0 @@ -apiVersion: v1 -kind: Secret -metadata: - name: elasticsearch -stringData: - username: elastic -data: - username: ZWxhc3RpYw== - password: MTIzNDU= ---- -apiVersion: v1 -kind: Secret -metadata: - name: search-redis-secret -data: - # password: MTIzNDU= #OLD - password: cGFzc3dvcmQ0Q2F0YXB1bHQ= #NEW REDIS \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/services.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/services.yaml deleted file mode 100644 index dde4c6fd..00000000 --- a/Merge-helm/dev-deployment/services.yaml +++ /dev/null @@ -1,63 +0,0 @@ -apiVersion: v1 -kind: Service -metadata: - name: dug-api-service - labels: - app: dug-api - -spec: - ports: - - name: http - port: 80 - targetPort: 5551 - selector: - app: dug-api - type: ClusterIP ---- -apiVersion: v1 -kind: Service -metadata: - name: tranql-service - labels: - app: tranql - -spec: - ports: - - name: http - port: 80 - targetPort: 8001 - selector: - app: tranql - type: ClusterIP ---- -apiVersion: v1 -kind: Service -metadata: - name: redis - labels: - app: redis -spec: - # type: LoadBalancer - ports: - - name: "6379" - port: 6379 - targetPort: 6379 - selector: - app: redis ---- -kind: Service -apiVersion: v1 -metadata: - name: elasticsearch - labels: - app: elasticsearch -spec: - selector: - app: elasticsearch - ports: - - name: "9200" - port: 9200 - targetPort: 9200 - - name: "9300" - port: 9300 - targetPort: 9300 \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-configmap.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-configmap.yaml deleted file mode 100644 index 27459790..00000000 --- a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-configmap.yaml +++ /dev/null @@ -1,25 +0,0 @@ -apiVersion: v1 -kind: ConfigMap -metadata: - name: tranql-configmap - labels: - release: v1 - chart: tranql - app: tranql -data: - conf.yml: | - m: z - schema.yml: | - doc: | - Schema configuration for tranql - schema: - redis: - doc: | - tranql is a knowledge graph built by aggregeting several kgx formatted knowledge graphs from several sources. - url: "redis:" - redis: true - redis_connection_params: - host: merge-redis-master - port: 6379 - # SET USERNAME and PASSWORD - # via REDIS_USERNAME , REDIS_PASSWORD Env vars (i.e capitialize service name) diff --git a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml b/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml deleted file mode 100644 index a7a67efc..00000000 --- a/Merge-helm/dev-deployment/tranql-dev-deployment.yaml +++ /dev/null @@ -1,98 +0,0 @@ -apiVersion: apps/v1 -kind: Deployment -metadata: - name: tranql-deployment - labels: - app: tranql -spec: - selector: - matchLabels: - app: tranql - template: - metadata: - labels: - app: tranql - spec: - containers: - - name: main - image: rticatapult.azurecr.io/tranql:v14 - command: - - gunicorn - args: - - '--workers=4' - - '--name=tranql' - - '--bind=0.0.0.0:8001' - - '--timeout=1600' - - "--access-logfile=$(ACCESS_LOG)" - - "--error-logfile=$(ERROR_LOG)" - - '--log-level=debug' - - 'tranql.api:app' - ports: - - containerPort: 8001 - env: - - name: APP_PORT - value: "8001" - - name: ACCESS_LOG - value: "/var/nfs/tranql-frontend_access_log" - - name: ERROR_LOG - value: "/var/nfs/tranql-frontend_error_log" - - name: REDIS_QUERY_TIMEOUT - value: "10000" - - name: REDIS_PASSWORD - valueFrom: - secretKeyRef: - name: search-redis-secret - key: password - volumeMounts: - - name: logs - mountPath: /var/nfs - - name: config-yaml - subPath: conf.yml - mountPath: /home/tranql/tranql/src/tranql/conf.yml - - name: config-yaml - subPath: schema.yml - mountPath: /home/tranql/tranql/src/tranql/conf/schema.yaml - - name: resrv - mountPath: /home/merge-shared-folder - subPath: merge-shared-folder - resources: - limits: - cpu: '2' - memory: 16Gi - requests: - cpu: 500m - memory: 2Gi - # securityContext: - # runAsNonRoot: true - # runAsUser: 1000 - # allowPrivilegeEscalation: false - # capabilities: - # drop: - # - all - tolerations: - - key: "type" - operator: "Equal" - value: "resrv" - effect: "NoSchedule" - affinity: - nodeAffinity: - requiredDuringSchedulingIgnoredDuringExecution: - nodeSelectorTerms: - - matchExpressions: - - key: kubernetes.azure.com/mode - operator: NotIn - values: - - system - restartPolicy: Always - volumes: - - name: resrv - persistentVolumeClaim: - claimName: merge-shared-folder - - name: config-yaml - configMap: - name: tranql-configmap - defaultMode: 0777 - - name: logs - emptyDir: {} - imagePullSecrets: - - name: regcred \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/Chart.yaml b/Merge-helm/prod-deployment/Chart.yaml deleted file mode 100644 index 975fd3c8..00000000 --- a/Merge-helm/prod-deployment/Chart.yaml +++ /dev/null @@ -1,22 +0,0 @@ -apiVersion: v2 -appVersion: 2.9.0 -dependencies: -- condition: elasticsearch.enabled - name: elasticsearch - version: 8.5.1 -- condition: redis.enabled - name: redis - version: 17.1.2 -- condition: tranql.enabled - name: tranql - repository: '@helx-charts' - version: 0.4.2 -- condition: redis-insight.enabled - name: redis-insight - repository: '@helx-charts' - version: 0.1.0 -description: A Helm chart for Helx Search components. This chart installs Dug, TranQL - , Airflow and Redis. -name: search -type: application -version: 2.0.0 diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/helx-prod-search.yaml b/Merge-helm/prod-deployment/helx-prod-search.yaml deleted file mode 100644 index a5ac68c7..00000000 --- a/Merge-helm/prod-deployment/helx-prod-search.yaml +++ /dev/null @@ -1,125 +0,0 @@ -USER-SUPPLIED VALUES: -airflow: - airflow: - config: - AIRFLOW__CLI__ENDPOINT_URL: https://yk-heal.renci.org/airflow - AIRFLOW__WEBSERVER__BASE_URL: https://yk-heal.renci.org/airflow - kubernetesPodTemplate: - resources: - limits: - cpu: 2 - memory: 4G - requests: - cpu: 2 - memory: 4G - users: - - email: kebedey@renci.org - firstName: yaphet - lastName: kebede - password: password123 - role: Admin - username: admin - dags: - gitSync: - branch: develop - externalRedis: - host: search-redis-master - ingress: - web: - path: /airflow - web: - service: - annotations: - getambassador.io/config: | - --- - apiVersion: ambassador/v1 - kind: Mapping - name: airflow-ui-amb - prefix: /airflow - service: search-web:8080 - rewrite: /airflow/ - -api: - service: - annotations: - getambassador.io/config: | - --- - apiVersion: ambassador/v1 - kind: Mapping - name: search-api - prefix: /search-api - # prefix: /search/search-api - service: search-api:5551 - rewrite: / - # rewrite: /search-api - cors: - origins: "*" - methods: POST, OPTIONS - headers: - - Content-Type -config: - annotation: - annotator_url: https://api.monarchinitiative.org/api/nlp/annotate/entities?min_length=4&longest_only=false&include_abbreviation=false&include_acronym=false&include_numbers=false&content= - normalizer_url: http://nn-web-prod-node-normalization-web-service-root.translator.svc.cluster.local:8080/get_normalized_nodes?conflate=false&curie= - synonymizer_url: http://onto-lookup-ontology-tools.translator.svc.cluster.local/synonyms/ - data_source: s3 - input_sets: bdc,nida,sparc,topmed,anvil - kgx_data_sets: baseline-graph,cde-graph - node_to_queries_enabled: true - s3: - access_key: PNhTXW_3c996CapMG_2E14_4Jh8Q8SVi539lPPAA6S4yXALHN9MCjp45PXt_j2X8Bz_8K5vTTE8T51NZS1_37__N3NZ88_3Mbh4WnMyyR_Dp863I3cmptpLRt_z3CT_8 - bucket: helx-data-sources - host: https://na-s3.renci.org - secret_key: bCBDRtCcraPA1_6a5w5tN9_6Pu3S3gu_CB8CaAjOFAoXKp3t9ZO5c8Bq0qpCzZD_atsnzNMvA9hAdbJbVDz_7HgcmhXYOuyE__kW9kRcCnlR0HcdCcA_2xssCkZYlNLd -elasticsearch: - resources: - limits: - cpu: 1 - memory: 2G - requests: - cpu: 1 - memory: 2G - sysctlInitContainer: - enabled: false -persistence: - pvcSize: 32G -redis: - master: - persistence: - size: 16G - resources: - limits: - cpu: 2 - memory: 15Gi - requests: - cpu: 2 - memory: 12Gi - replica: - persistence: - size: 16G - resources: - limits: - cpu: 2 - memory: 15Gi - requests: - cpu: 2 - memory: 12Gi -tranql: - annotations: - getambassador.io/config: |- - apiVersion: ambassador/v1 - kind: Mapping - name: tranql-amb - prefix: /tranql - # prefix: /search/tranql - rewrite: /tranql - # rewrite: /search/tranql - service: search-tranql:8081 - cors: - origins: "*" - methods: POST, OPTIONS - headers: - - Content-Type - timeout_ms: 10000 - existingRedis: - host: search-redis-replicas \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/templates/_helpers.tpl b/Merge-helm/prod-deployment/templates/_helpers.tpl deleted file mode 100644 index 16366ee8..00000000 --- a/Merge-helm/prod-deployment/templates/_helpers.tpl +++ /dev/null @@ -1,283 +0,0 @@ -{{/* -Expand the name of the chart. -*/}} -{{- define "search.name" -}} -{{- default .Chart.Name .Values.nameOverride | trunc 63 | trimSuffix "-" }} -{{- end }} - -{{/* -Create a default fully qualified app name. -We truncate at 63 chars because some Kubernetes name fields are limited to this (by the DNS naming spec). -If release name contains chart name it will be used as a full name. -*/}} -{{- define "search.fullname" -}} -{{- if .Values.fullnameOverride }} -{{- .Values.fullnameOverride | trunc 63 | trimSuffix "-" }} -{{- else }} -{{- $name := default .Chart.Name .Values.nameOverride }} -{{- if contains $name .Release.Name }} -{{- .Release.Name | trunc 63 | trimSuffix "-" }} -{{- else }} -{{- printf "%s-%s" .Release.Name $name | trunc 63 | trimSuffix "-" }} -{{- end }} -{{- end }} -{{- end }} - -{{/* -Create chart name and version as used by the chart label. -*/}} -{{- define "search.chart" -}} -{{- printf "%s-%s" .Chart.Name .Chart.Version | replace "+" "_" | trunc 63 | trimSuffix "-" }} -{{- end }} - -{{/* -Common labels -*/}} -{{- define "search.labels" -}} -helm.sh/chart: {{ include "search.chart" . }} -{{ include "search.selectorLabels" . }} -{{- if .Chart.AppVersion }} -app.kubernetes.io/version: {{ .Chart.AppVersion | quote }} -{{- end }} -app.kubernetes.io/managed-by: {{ .Release.Service }} -{{- end }} - -{{/* -Selector labels -*/}} -{{- define "search.selectorLabels" -}} -app.kubernetes.io/name: {{ include "search.name" . }} -app.kubernetes.io/instance: {{ .Release.Name }} -{{- end }} - -{{/* -Create a default fully qualified app name. -We truncate at 63 chars because some Kubernetes name fields are limited to this (by the DNS naming spec). -*/}} -{{- define "search.elasticsearch.fullname" -}} -{{- $name := default "elasticsearch" .Values.elasticsearch.nameOverride -}} -{{- printf "%s-%s" .Release.Name $name | trunc 63 | trimSuffix "-" -}} -{{- end -}} - -{{- define "search.elasticsearch.uname" -}} -{{- if empty .Values.elasticsearch.fullnameOverride -}} -{{- if empty .Values.elasticsearch.nameOverride -}} -{{ .Values.elasticsearch.clusterName }}-{{ .Values.elasticsearch.nodeGroup }} -{{- else -}} -{{ .Values.elasticsearch.nameOverride }}-{{ .Values.elasticsearch.nodeGroup }} -{{- end -}} -{{- else -}} -{{ .Values.elasticsearch.fullnameOverride }} -{{- end -}} -{{- end -}} - -{{- define "search.elasticsearch.masterService" -}} -{{- if empty .Values.elasticsearch.masterService -}} -{{- if empty .Values.elasticsearch.fullnameOverride -}} -{{- if empty .Values.elasticsearch.nameOverride -}} -{{ .Values.elasticsearch.clusterName }}-master -{{- else -}} -{{ .Values.elasticsearch.nameOverride }}-master -{{- end -}} -{{- else -}} -{{ .Values.elasticsearch.fullnameOverride }} -{{- end -}} -{{- else -}} -{{ .Values.elasticsearch.masterService }} -{{- end -}} -{{- end -}} - -{{/* -Get the elasticsearch password secret. -*/}} -{{- define "search.elasticsearch.secretName" -}} -{{- if .Values.elasticsearch.existingSecret -}} -{{- printf "%s" .Values.elasticsearch.existingSecret -}} -{{- else -}} -{{- printf "%s" (include "search.elasticsearch.fullname" .) -}} -{{- end -}} -{{- end -}} - - -{{/* -Get the username key to be retrieved from elasticsearch secret. -*/}} -{{- define "search.elasticsearch.secretUsernameKey" -}} -{{- if and .Values.elasticsearch.existingSecret .Values.elasticsearch.existingSecretUsernameKey -}} -{{- printf "%s" .Values.elasticsearch.existingSecretUsernameKey -}} -{{- else -}} -{{- printf "elasticsearch-username" -}} -{{- end -}} -{{- end -}} - -{{/* -Get the password key to be retrieved from elasticsearch secret. -*/}} -{{- define "search.elasticsearch.secretPasswordKey" -}} -{{- if and .Values.elasticsearch.existingSecret .Values.elasticsearch.existingSecretPasswordKey -}} -{{- printf "%s" .Values.elasticsearch.existingSecretPasswordKey -}} -{{- else -}} -{{- printf "elasticsearch-password" -}} -{{- end -}} -{{- end -}} - -{{/* -Expand the name of the chart. -*/}} -{{- define "search.api.name" -}} -{{- default "api" .Values.api.nameOverride | trunc 63 | trimSuffix "-" }} -{{- end }} - -{{/* -Create a default fully qualified app name for web. -We truncate at 63 chars because some Kubernetes name fields are limited to this (by the DNS naming spec). -If release name contains chart name it will be used as a full name. -*/}} -{{- define "search.api.web.fullname" -}} -{{- if .Values.api.fullnameOverride }} -{{- .Values.api.fullnameOverride | trunc 63 | trimSuffix "-" }} -{{- else }} -{{- $name := default "api" .Values.api.nameOverride }} -{{- printf "%s-%s" .Release.Name $name | trunc 63 | trimSuffix "-" }} -{{- end }} -{{- end }} - -{{/* -Create chart name and version as used by the chart label. -*/}} -{{- define "search.api.chart" -}} -{{- printf "%s-%s" .Chart.Name .Chart.Version | replace "+" "_" | trunc 63 | trimSuffix "-" }} -{{- end }} - -{{/* -Environment vars for API pods -*/}} -{{- define "search.api.web.deploymentEnv" -}} -{{- if .Values.elasticsearch.enabled -}} -- name: ELASTIC_API_HOST - value: {{ include "search.api.elasticsearch.uname" . }} -{{- end }} -{{- if .Values.redis.enabled }} -- name: REDIS_HOST - value: {{ include "search.redis.fullname" . }}-master -- name: REDIS_PORT - value: {{ .Values.redis.redisPort | quote }} -{{- if .Values.redis.usePassword }} -- name: REDIS_PASSWORD - {{- if .Values.redis.password }} - value: {{ .Values.redis.password }} - {{- else }} - valueFrom: - secretKeyRef: - name: {{ include "search.redis.secretName" . }} - key: {{ include "search.redis.secretPasswordKey" . }} - {{- end }} - {{- end }} - {{- end }} - {{- if .Values.api.deployment.extraEnv }} - {{- toYaml .Values.api.deployment.extraEnv | nindent 10 }} - {{- end }} -{{- end -}} - -{{/* -Common labels -*/}} -{{- define "search.api.labels" -}} -helm.sh/chart: {{ include "search.api.chart" . }} -{{ include "search.api.selectorLabels" . }} -{{- if .Chart.AppVersion }} -app.kubernetes.io/version: {{ .Chart.AppVersion | quote }} -{{- end }} -app.kubernetes.io/managed-by: {{ .Release.Service }} -{{- end }} - -{{/* -Selector labels -*/}} -{{- define "search.api.selectorLabels" -}} -app.kubernetes.io/name: {{ include "search.api.name" . }} -app.kubernetes.io/instance: {{ .Release.Name }} -{{- end }} - - -{{/* -Create a default fully qualified app name. -We truncate at 63 chars because some Kubernetes name fields are limited to this (by the DNS naming spec). -*/}} -{{- define "search.api.elasticsearch.fullname" -}} -{{- $name := default "elasticsearch" .Values.elasticsearch.nameOverride -}} -{{- printf "%s-%s" .Release.Name $name | trunc 63 | trimSuffix "-" -}} -{{- end -}} - -{{/* -This is the name of the services that get created, e.g. elasticsearch-master -*/}} -{{- define "search.api.elasticsearch.uname" -}} -{{- if empty .Values.elasticsearch.fullnameOverride -}} -{{- if empty .Values.elasticsearch.nameOverride -}} -{{ .Values.elasticsearch.clusterName }}-{{ .Values.elasticsearch.nodeGroup }} -{{- else -}} -{{ .Values.elasticsearch.nameOverride }}-{{ .Values.elasticsearch.nodeGroup }} -{{- end -}} -{{- else -}} -{{ .Values.elasticsearch.fullnameOverride }} -{{- end -}} -{{- end -}} - -{{/* -Create a default fully qualified app name. -We truncate at 63 chars because some Kubernetes name fields are limited to this (by the DNS naming spec). -If release name contains chart name it will be used as a full name. -*/}} -{{- define "search.redis.fullname" -}} -{{- if .Values.redis.fullnameOverride -}} -{{- .Values.redis.fullnameOverride | trunc 63 | trimSuffix "-" -}} -{{- else -}} -{{- $name := default "redis" .Values.redis.nameOverride -}} -{{- if contains $name .Release.Name -}} -{{- .Release.Name | trunc 63 | trimSuffix "-" -}} -{{- else -}} -{{- printf "%s-%s" .Release.Name $name | trunc 63 | trimSuffix "-" -}} -{{- end -}} -{{- end -}} -{{- end -}} - -{{/* -Get the redis password secret. -*/}} -{{- define "search.redis.secretName" -}} -{{- if .Values.redis.existingSecret -}} -{{- printf "%s" .Values.redis.existingSecret -}} -{{- else -}} -{{- printf "%s" .Values.secrets.redis.name -}} -{{- end -}} -{{- end -}} - -{{/* -Get the password key to be retrieved from Redis(TM) secret. -*/}} -{{- define "search.redis.secretPasswordKey" -}} -{{- if and .Values.redis.existingSecret .Values.redis.existingSecretPasswordKey -}} -{{- printf "%s" .Values.redis.existingSecretPasswordKey -}} -{{- else -}} -{{- printf "%s" .Values.secrets.redis.passwordKey -}} -{{- end -}} -{{- end -}} - -{{/* -Create a default fully qualified app name for web. -We truncate at 63 chars because some Kubernetes name fields are limited to this (by the DNS naming spec). -If release name contains chart name it will be used as a full name. -*/}} -{{- define "search.tranql.fullname" -}} -{{- if .Values.tranql.fullnameOverride }} -{{- .Values.tranql.fullnameOverride | trunc 63 | trimSuffix "-" }} -{{- else }} -{{- $name := default "tranql" .Values.tranql.nameOverride }} -{{- if contains $name .Release.Name }} -{{- printf "%s" .Release.Name | trunc 63 | trimSuffix "-" }} -{{- else }} -{{- printf "%s-%s" .Release.Name $name | trunc 63 | trimSuffix "-" }} -{{- end }} -{{- end }} -{{- end }} diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/templates/api-deployment.yaml b/Merge-helm/prod-deployment/templates/api-deployment.yaml deleted file mode 100644 index 04967ec2..00000000 --- a/Merge-helm/prod-deployment/templates/api-deployment.yaml +++ /dev/null @@ -1,38 +0,0 @@ -apiVersion: apps/v1 -kind: Deployment -metadata: - name: {{ include "search.api.web.fullname" . }} - labels: - app: {{ .Values.api.appName}} -spec: - replicas: 1 - selector: - matchLabels: - app: {{ .Values.api.appName}} - template: - metadata: - labels: - app: {{ .Values.api.appName}} - spec: - imagePullSecrets: - {{- toYaml .Values.api.deployment.imagePullSecrets | nindent 8 }} - containers: - - image: {{ .Values.api.image.repository }}:{{ .Values.api.image.tag | default .Chart.AppVersion }} - imagePullPolicy: {{ .Values.api.image.pullPolicy }} - name: {{ include "search.api.web.fullname" . }}-container - env: {{ include "search.api.web.deploymentEnv" . | nindent 10 }} - ports: - - containerPort: {{ .Values.api.deployment.apiPort }} - command: [ - "gunicorn", - "--workers={{ .Values.api.deployment.apiWorkers | default 4 }}", - "--name=helx-search", - "--bind=0.0.0.0:{{ .Values.api.deployment.apiPort }}", - "--timeout={{ .Values.api.deployment.apiTimeout }}", - "--log-level={{ .Values.api.deployment.logLevel | default "INFO"}}", - "--enable-stdio-inheritance", - "--reload", - "dug.api:app" - ] - resources: - {{- toYaml .Values.api.deployment.resources | nindent 10 }} \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/templates/api-service.yaml b/Merge-helm/prod-deployment/templates/api-service.yaml deleted file mode 100644 index ba46152d..00000000 --- a/Merge-helm/prod-deployment/templates/api-service.yaml +++ /dev/null @@ -1,20 +0,0 @@ -apiVersion: v1 -kind: Service -metadata: - name: {{ include "search.api.web.fullname" . }} - {{- if .Values.api.service.annotations }} - annotations: - {{- toYaml .Values.api.service.annotations | nindent 4}} - {{- end }} - labels: - app: {{ .Values.api.appName }} - {{- include "search.api.labels" . | nindent 4 }} -spec: - ports: - - name: api-port - protocol: TCP - port: {{ .Values.api.service.apiPort }} - targetPort: {{ .Values.api.deployment.apiPort }} - selector: - app: {{ .Values.api.appName }} - type: {{ .Values.api.service.type }} \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/templates/configmap.yaml b/Merge-helm/prod-deployment/templates/configmap.yaml deleted file mode 100644 index cfdc06cf..00000000 --- a/Merge-helm/prod-deployment/templates/configmap.yaml +++ /dev/null @@ -1,50 +0,0 @@ -apiVersion: v1 -kind: ConfigMap -metadata: - name: search-elastic-config - labels: - release: {{ .Release.Name | quote }} - chart: "{{ .Chart.Name }}" - app: "{{ template "search.fullname" . }}" -data: - host: "{{ template "search.elasticsearch.masterService" . }}" ---- -apiVersion: v1 -kind: ConfigMap -metadata: - name: search-redis-config - labels: - release: {{ .Release.Name | quote }} - chart: "{{ .Chart.Name }}" - app: "{{ template "search.fullname" . }}" -data: - host: "{{ template "search.redis.fullname" . }}-master" - port: "6379" - graph: "test" ---- -apiVersion: v1 -kind: ConfigMap -metadata: - name: search-data-config - labels: - release: {{ .Release.Name | quote }} - chart: "{{ .Chart.Name }}" - app: "{{ template "search.fullname" . }}" -data: - data_directory: "/opt/airflow/share/data" - data_source: {{ .Values.config.data_source }} - input_sets: {{ .Values.config.input_sets }} - kgx_data_sets: {{ .Values.config.kgx_data_sets }} - normalizer_url: {{ .Values.config.annotation.normalizer_url | quote }} - synonymizer_url: {{ .Values.config.annotation.synonymizer_url | quote }} - annotator_url: {{ .Values.config.annotation.annotator_url | quote }} - s3_access_key: {{ .Values.config.s3.access_key }} - s3_bucket: {{ .Values.config.s3.bucket }} - s3_host: {{ .Values.config.s3.host }} - s3_secret_key: {{ .Values.config.s3.secret_key }} - {{- if .Values.tranql.enabled }} - tranql_endpoint: "http://{{ template "search.tranql.fullname" . }}:{{ .Values.tranql.port }}{{ .Values.tranql.webPrefix }}/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" - {{- else }} - tranql_endpoint: "{{.Values.tranql.externalTranql }}" - {{- end }} - node_to_queries_enabled: "{{ .Values.config.node_to_queries_enabled }}" diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/templates/pvc.yaml b/Merge-helm/prod-deployment/templates/pvc.yaml deleted file mode 100644 index 8b61c839..00000000 --- a/Merge-helm/prod-deployment/templates/pvc.yaml +++ /dev/null @@ -1,36 +0,0 @@ -{{- if not (lookup "v1" "PersistentVolumeClaim" .Release.Namespace ( "search-data" )) }} -apiVersion: v1 -kind: PersistentVolumeClaim -metadata: - name: search-data - # Prevents deletion on helm uninstall. - annotations: - "helm.sh/resource-policy": keep -spec: - storageClassName: {{ .Values.persistence.storageClass }} - accessModes: - - ReadWriteMany - resources: - requests: - storage: {{ .Values.persistence.pvcSize }} -{{ end }} ---- -{{- if not (lookup "v1" "PersistentVolumeClaim" .Release.Namespace ( .Values.redis.persistence.existingClaim )) }} -apiVersion: v1 -kind: PersistentVolumeClaim -metadata: - name: {{ .Values.redis.persistence.existingClaim }} - annotations: - # makes sure that pvc is created before job. - "helm.sh/hook": pre-install,pre-upgrade - # makes sure that pvc is created before job. - "helm.sh/hook-weight": "-6" - "helm.sh/resource-policy": keep -spec: - storageClassName: {{ .Values.persistence.storageClass }} - resources: - requests: - storage: 10Gi - accessModes: - - ReadWriteMany -{{ end }} \ No newline at end of file diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/templates/secrets.yaml b/Merge-helm/prod-deployment/templates/secrets.yaml deleted file mode 100644 index 767c44b8..00000000 --- a/Merge-helm/prod-deployment/templates/secrets.yaml +++ /dev/null @@ -1,39 +0,0 @@ -{{- if .Values.elasticsearch.enabled }} -apiVersion: v1 -kind: Secret -metadata: - name: {{ .Values.secrets.elastic.name }} -{{- if or .Release.IsInstall ( not (lookup "v1" "Secret" .Release.Namespace ( .Values.secrets.elastic.name ))) }} -stringData: - username: {{ .Values.secrets.elastic.user }} -data: - {{ .Values.secrets.elastic.userKey }}: {{ "elastic" | b64enc | quote }} - {{ .Values.secrets.elastic.passwordKey }}: {{ randAlphaNum 10 | b64enc | quote }} -{{- else }} -data: - {{ .Values.secrets.elastic.userKey }}: {{ index (lookup "v1" "Secret" .Release.Namespace ( .Values.secrets.elastic.name )).data .Values.secrets.elastic.userKey }} - {{ .Values.secrets.elastic.passwordKey }}: {{ index (lookup "v1" "Secret" .Release.Namespace ( .Values.secrets.elastic.name )).data .Values.secrets.elastic.passwordKey }} -{{- end }} -{{- end }} ---- -apiVersion: v1 -kind: Secret -metadata: - name: {{ .Values.secrets.redis.name }} -data: - {{- if or .Release.IsInstall ( not (lookup "v1" "Secret" .Release.Namespace ( .Values.secrets.redis.name ))) }} - {{ .Values.secrets.redis.passwordKey }}: {{ randAlphaNum 10 | b64enc | quote }} - {{ else }} - {{ .Values.secrets.redis.passwordKey }}: {{ index (lookup "v1" "Secret" .Release.Namespace ( .Values.secrets.redis.name )).data .Values.secrets.redis.passwordKey }} - {{ end }} ---- -apiVersion: v1 -kind: Secret -metadata: - name: {{ .Values.airflow.airflow.configSecretsName }} -data: - {{- if or .Release.IsInstall (not ( lookup "v1" "Secret" .Release.Namespace ( .Values.airflow.airflow.configSecretsName ) )) }} - fernet-key: {{ randAlphaNum 32 | b64enc | b64enc | quote }} - {{ else }} - fernet-key: {{ index (lookup "v1" "Secret" .Release.Namespace ( .Values.airflow.airflow.configSecretsName )).data "fernet-key" }} - {{ end }} diff --git a/Merge-helm/prod-deployment/values.yaml b/Merge-helm/prod-deployment/values.yaml deleted file mode 100644 index 10b5d500..00000000 --- a/Merge-helm/prod-deployment/values.yaml +++ /dev/null @@ -1,194 +0,0 @@ -api: - image: - repository: RTIInternational/dug - tag: "" - pullPolicy: IfNotPresent - appName: webserver - debug: false - deployment: - apiPort: 5551 - apiWorkers: 4 - apiTimeout: 10 - extraEnv: [] - logLevel: INFO - imagePullSecrets: [] - resources: - limits: - cpu: 2 - memory: 2G - requests: - cpu: 2 - memory: 2G - service: - name: search-api - type: ClusterIP - annotations: {} - apiPort: "5551" -config: - annotation: - normalizer_url: http://nn-web-prod-node-normalization-web-service-root.translator.svc.cluster.local:8080/get_normalized_nodes?conflate=false&curie= - annotator_url: https://api.monarchinitiative.org/api/nlp/annotate/entities?min_length=4&longest_only=false&include_abbreviation=false&include_acronym=false&include_numbers=false&content= - synonymizer_url: https://onto.renci.org/synonyms/ - input_sets: "bdc-dbGaP,topmed" - data_source: "stars" - kgx_data_sets: "baseline-graph,cde-graph" - node_to_queries_enabled: "false" - s3: - host: "" - bucket: "" - access_key: "" - secret_key: "" -elasticsearch: - # default, maybe we ought to increase this as size increases - # esJavaOpts: "-Xmx1g -Xms1g" - enabled: true - esJavaOpts: "-Xmx1g -Xms1g -Dlog4j2.disable.jmx=true -Dlog4j2.formatMsgNoLookups=true" - extraEnvs: - - name: ELASTIC_PASSWORD - valueFrom: - secretKeyRef: - name: search-elastic-secret - key: password - - name: ELASTIC_USERNAME - valueFrom: - secretKeyRef: - name: search-elastic-secret - key: username - - name: LOG4J_FORMAT_MSG_NO_LOOKUPS - value: "true" - imageTag: "7.16.3" - replicas: 1 - resources: - limits: - cpu: 1 - memory: 2G - requests: - cpu: 1 - memory: 2G - sysctlInitContainer: - enabled: false -nboost: - enabled: false -persistence: - storageClass: "" - pvcSize: 32Gi -redis: - auth: - existingSecret: search-redis-secret - existingSecretPasswordKey: password - clusterDomain: cluster.local - enabled: true - image: - repository: redis/redis-stack - tag: '6.2.4-v2' - persistence: - existingClaim: "redis-data" - usePassword: true - master: - persistence: - size: 24G - resources: - limits: - cpu: 2 - memory: 32Gi - requests: - cpu: 1 - memory: 12Gi - command: "" - readinessProbe: - enabled: true - # to make it available ASAP - periodSeconds: 1 - # spans 25 mins (150 * 10 secs) - failureThreshold: 1 - livenessProbe: - # Liveliness probes can be off, since - # With big cache data to load or sync , redis is alive but - # responds with LOADING message. to avoid cyclic restarts - # keeping this off - enabled: false - extraFlags: - - "--loadmodule" - - "/opt/redis-stack/lib/redisgraph.so" - - "THREAD_COUNT" - - "8" - - "OMP_THREAD_COUNT" - - "16" - - "--appendonly" - - "no" - replica: - autoscaling: - enabled: true - minReplicas: 1 - maxReplicas: 2 - targetCPU: 100 - persistence: - size: 24G - resources: - limits: - cpu: 2 - memory: 32Gi - requests: - cpu: 1 - memory: 12Gi - extraFlags: - - "--loadmodule" - - "/opt/redis-stack/lib/redisgraph.so" - - "THREAD_COUNT" - - "8" - - "OMP_THREAD_COUNT" - - "16" - readinessProbe: - enabled: true - # to make it available ASAP - periodSeconds: 1 - # Having a lower count will make sure that routing to a replica that - # is not ready yet to not be routed to. - failureThreshold: 1 - # make sure its really ready - successThreshold: 5 - livenessProbe: - enabled: false -secrets: - elastic: - name: search-elastic-secret - user: elastic - userKey: username - passwordKey: password - redis: - name: search-redis-secret - passwordKey: password -tranql: - enabled: true - clusterDomain: cluster.local - image: - repository: tranql-tranql - tag: 'latest' - existingRedis: - host: "" - port: 6379 - secret: search-redis-secret - secretPasswordKey: password - webPrefix: "/tranql" # TODO this and the one below should be combined - extraEnv: - - name: WEB_PATH_PREFIX - value: "/tranql" - gunicorn: - # -- single worker for now to avoid recomputing of schema per worker - workerCount: 1 - workerTimeout: 1600 - resources: - limits: - cpu: 2 - memory: 2G - requests: - cpu: 500m - memory: 2G - redis: - enabled: false - -redis-insight: - # -- Enable/Disable Redis UI - enabled: false - # -- Url should be same as public ingress url - rootUrl: "" From 28fb94b3d6e1af2d98eb2fe50ae368611b0c7340 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Fri, 29 Sep 2023 15:40:28 -0400 Subject: [PATCH 14/40] change docker owner --- Makefile | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/Makefile b/Makefile index b5659853..ef227aa4 100644 --- a/Makefile +++ b/Makefile @@ -3,7 +3,7 @@ PYTHONPATH = dags VERSION_FILE = ./dags/_version.py VERSION = $(shell cut -d " " -f 3 ${VERSION_FILE}) DOCKER_REPO = docker.io -DOCKER_OWNER = rti +DOCKER_OWNER = helxplatform DOCKER_APP = roger DOCKER_TAG = ${VERSION} DOCKER_IMAGE = ${DOCKER_OWNER}/${DOCKER_APP}:$(DOCKER_TAG) From 142e874eacb8aa1a8f76fb1ec10cf53bf3f44342 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Fri, 29 Sep 2023 15:42:26 -0400 Subject: [PATCH 15/40] remove core.py --- dags/roger/core.py | 1582 -------------------------------------------- 1 file changed, 1582 deletions(-) delete mode 100644 dags/roger/core.py diff --git a/dags/roger/core.py b/dags/roger/core.py deleted file mode 100644 index 39f2d054..00000000 --- a/dags/roger/core.py +++ /dev/null @@ -1,1582 +0,0 @@ -import argparse -import glob -import os -import orjson as json -import ntpath -import pathlib -import queue -import redis -import requests -import shutil -import sys -import threading -import time -import yaml -import pickle -from bmt import Toolkit -from collections import defaultdict -from enum import Enum -from io import StringIO -from itertools import zip_longest -from functools import reduce -from kgx.utils.kgx_utils import prepare_data_dict as kgx_merge_dict -from roger import ROGER_DATA_DIR -from roger.config import get_default_config as get_config -from roger.roger_util import get_logger -from roger.components.data_conversion_utils import TypeConversionUtil -from redisgraph_bulk_loader.bulk_insert import bulk_insert -from roger.roger_db import RedisGraph -from string import Template -from urllib.request import urlretrieve - -log = get_logger () -config = get_config () - -class SchemaType(Enum): - """ High level semantic metatdata concepts. - Categories are classes in an ontological model like Biolink. - Predicates are links between nodes. """ - CATEGORY = "category" - PREDICATE = "predicate" - -class FileFormat(Enum): - """ File formats this module knows about. """ - JSON = "json" - YAML = "yaml" - -# @TODO move this to shared file between dug , roger etc... -class Util: - - @staticmethod - def current_time_in_millis(): - """ - Get current time in milliseconds. - - Returns - ------- - int - Time in milliseconds - - """ - return int(round(time.time() * 1000)) - - """ A just do it approach to getting data. """ - @staticmethod - def read_file(path): - """ Read a file. - :param path: Path to a file. - """ - text = None - with open(path, "r", encoding='utf-8') as stream: - text = stream.read () - return text - - @staticmethod - def read_url(url): - """ Read data from a URL. - :param url: The URL to read. """ - return requests.get (url).text - - @staticmethod - def read_data(path): - """ Read data from a URL or File. HTTP(S) is the only supported protocol. - :param path: A URL or file path. """ - text = None - if Util.is_web(path): - text = Util.read_url (path) - else: - text = Util.read_file (path) - return text - - @staticmethod - def read_object(path, key=None): - """ Read on object from a path. - :param path: A URL or file path. Supports YAML and JSON depending on extension. - :param key: A configuration key. This is prepended to the path if present. - :raises ValueError: If the key is not in the configuration. """ - if key is not None: - prefix = config[key] - path = f"{prefix}/{path}" if Util.is_web(prefix) \ - else os.path.join (prefix, path) - obj = None - if path.endswith (".yaml") or path.endswith (".yml"): - obj = yaml.safe_load (Util.read_data (path)) - elif path.endswith (".json"): - obj = json.loads (Util.read_data (path)) - elif path.endswith(".pickle"): - with open(file=path, mode="rb") as stream: - obj = pickle.load(stream) - elif path.endswith(".jsonl"): - obj = Util.read_data(path) - return obj - - @staticmethod - def is_web (uri): - """ The URI is a web URI (starts with http or https). - :param uri: A URI """ - return uri.startswith("http://") or uri.startswith ("https://") - - @staticmethod - def write_object (obj, path, key=None): - """ Write an object to a path. YAML and JSON supported based on extension. - :param obj: The object to write. - :param path: The path to write to. - :param key: The configuration key to prepend to the path. - """ - """ Prepend a prefix from the configuration file if a key is given. """ - if key is not None: - prefix = config[key] - path = f"{prefix}/{path}" if Util.is_web(prefix) \ - else os.path.join (prefix, path) - """ Ensure the directory to be written to exists. """ - dirname = os.path.dirname (path) - if not os.path.exists (dirname): - os.makedirs (dirname, exist_ok=True) - """ Write the file in the specified format. """ - if path.endswith (".yaml") or path.endswith (".yml"): - with open(path, 'w') as outfile: - yaml.dump (obj, outfile) - elif path.endswith (".json"): - with open (path, "w", encoding='utf-8') as stream: - stream.write(str(json.dumps (obj).decode('utf-8'))) - elif path.endswith(".pickle"): - with open (path, "wb") as stream: - pickle.dump(obj, file=stream) - elif path.endswith(".jsonl"): - with open (path, "w", encoding="utf-8") as stream: - stream.write(obj) - else: - """ Raise an exception if invalid. """ - raise ValueError (f"Unrecognized extension: {path}") - - @staticmethod - def kgx_path (name): - """ Form a KGX object path. - :path name: Name of the KGX object. """ - return str(ROGER_DATA_DIR / "kgx" / name) - - @staticmethod - def kgx_objects (format="json"): - """ A list of KGX objects. """ - kgx_pattern = Util.kgx_path(f"**.{format}") - return sorted(glob.glob (kgx_pattern)) - - @staticmethod - def merge_path (name): - """ Form a merged KGX object path. - :path name: Name of the merged KGX object. """ - return str(ROGER_DATA_DIR / 'merge' / name) - - @staticmethod - def merged_objects (): - """ A list of merged KGX objects. """ - merged_pattern = Util.merge_path("**.json") - return sorted(glob.glob (merged_pattern)) - - @staticmethod - def schema_path (name): - """ Path to a schema object. - :param name: Name of the object to get a path for. """ - return str(ROGER_DATA_DIR / 'schema' / name) - - @staticmethod - def bulk_path (name): - """ Path to a bulk load object. - :param name: Name of the object. """ - return str(ROGER_DATA_DIR / 'bulk' / name) - - @staticmethod - def metrics_path (name): - """ - Path to write metrics to - :param name: - :return: - """ - return str(ROGER_DATA_DIR / "metrics" / name) - - @staticmethod - def dug_kgx_path(name): - return str(ROGER_DATA_DIR / "dug" / "kgx" / name) - - @staticmethod - def dug_annotation_path(name): - return str(ROGER_DATA_DIR / "dug" / "annotations" / name) - - @staticmethod - def dug_expanded_concepts_path(name): - return str(ROGER_DATA_DIR / 'dug' / 'expanded_concepts' / name) - - @staticmethod - def dug_expanded_concept_objects(): - file_pattern = Util.dug_expanded_concepts_path(os.path.join('*','expanded_concepts.pickle')) - return sorted(glob.glob(file_pattern)) - - @staticmethod - def dug_extracted_elements_objects(): - file_pattern = Util.dug_expanded_concepts_path(os.path.join('*', 'extracted_graph_elements.pickle')) - return sorted(glob.glob(file_pattern)) - - @staticmethod - def dug_crawl_path(name): - return str(ROGER_DATA_DIR / 'dug' / 'crawl' / name) - - @staticmethod - def dug_kgx_objects(): - """ A list of dug KGX objects. """ - dug_kgx_pattern = Util.dug_kgx_path("**.json") - return sorted(glob.glob(dug_kgx_pattern)) - - @staticmethod - def dug_concepts_objects(): - """ A list of dug annotation Objects. """ - concepts_file_path = Util.dug_annotation_path(os.path.join('*','concepts.pickle')) - return sorted(glob.glob(concepts_file_path)) - - @staticmethod - def dug_elements_objects(): - """ A list of dug annotation Objects. """ - concepts_file_path = Util.dug_annotation_path(os.path.join('*', 'elements.pickle')) - return sorted(glob.glob(concepts_file_path)) - - @staticmethod - def dug_input_files_path(name) -> pathlib.Path: - path = ROGER_DATA_DIR / "dug" / "input_files" / name - if not path.exists(): - log.info(f"Input file path: {path} does not exist, creating") - path.mkdir(parents=True, exist_ok=True) - else: - log.info(f"Input file path: {path} already exists") - return path - - @staticmethod - def mkdir(path, is_dir=False): - directory = os.path.dirname(path) if not is_dir else path - if not os.path.exists(directory): - os.makedirs(directory) - - @staticmethod - def remove(path): - if os.path.exists(path): - if os.path.isdir(path): - shutil.rmtree(path) - else: - os.remove(path) - - @staticmethod - def clear_dir(path): - Util.remove(path) - Util.mkdir(path, is_dir=True) - - @staticmethod - def dug_topmed_path(name): - """ Topmed source files""" - return Util.dug_input_files_path('topmed') / name - - @staticmethod - def dug_topmed_objects(): - topmed_file_pattern = str(Util.dug_topmed_path("topmed_*.csv")) - return sorted(glob.glob(topmed_file_pattern)) - - @staticmethod - def dug_nida_path(name): - """ NIDA source files""" - return Util.dug_input_files_path('nida') / name - - @staticmethod - def dug_sparc_path(name): - """ NIDA source files""" - return Util.dug_input_files_path('sparc') / name - - @staticmethod - def dug_anvil_path(): - """Anvil source files""" - return Util.dug_input_files_path('anvil') - - @staticmethod - def dug_sprint_path(): - """Anvil source files""" - return Util.dug_input_files_path('sprint') - - @staticmethod - def dug_bacpac_path(): - """Anvil source files""" - return Util.dug_input_files_path('bacpac') - - @staticmethod - def dug_crdc_path(): - """Anvil source files""" - return Util.dug_input_files_path('crdc') - - @staticmethod - def dug_kfdrc_path(): - """Anvil source files""" - return Util.dug_input_files_path('kfdrc') - - @staticmethod - def dug_nida_objects(): - nida_file_pattern = str(Util.dug_nida_path("NIDA-*.xml")) - return sorted(glob.glob(nida_file_pattern)) - - @staticmethod - def dug_sparc_objects(): - file_pattern = str(Util.dug_sparc_path("scicrunch/*.xml")) - return sorted(glob.glob(file_pattern)) - - @staticmethod - def dug_anvil_objects(): - file_path = Util.dug_anvil_path() - files = Util.get_files_recursive( - lambda file_name: not file_name.startswith('GapExchange_') and file_name.endswith('.xml'), file_path) - return sorted([str(f) for f in files]) - - @staticmethod - def dug_sprint_objects(): - file_path = Util.dug_sprint_path() - files = Util.get_files_recursive( - lambda file_name: file_name.endswith('.xml'), file_path) - return sorted([str(f) for f in files]) - - @staticmethod - def dug_bacpac_objects(): - file_path = Util.dug_bacpac_path() - files = Util.get_files_recursive( - lambda file_name: file_name.endswith('.xml'), file_path) - return sorted([str(f) for f in files]) - - @staticmethod - def dug_crdc_objects(): - file_path = Util.dug_crdc_path() - files = Util.get_files_recursive( - lambda file_name: not file_name.startswith('GapExchange_') and file_name.endswith('.xml'), file_path) - return sorted([str(f) for f in files]) - - @staticmethod - def dug_kfdrc_objects(): - file_path = Util.dug_kfdrc_path() - files = Util.get_files_recursive( - lambda file_name: not file_name.startswith('GapExchange_') and file_name.endswith('.xml'), file_path) - return sorted([str(f) for f in files]) - - - @staticmethod - def dug_dd_xml_path(): - """ Topmed source files""" - return Util.dug_input_files_path('db_gap') - - @staticmethod - def get_files_recursive(file_name_filter, current_dir): - file_paths = [] - for child in current_dir.iterdir(): - if child.is_dir(): - file_paths += Util.get_files_recursive(file_name_filter, child) - continue - if not file_name_filter(child.name): - continue - else: - file_paths += [child] - return file_paths - - @staticmethod - def dug_dd_xml_objects(): - file_path = Util.dug_dd_xml_path() - files = Util.get_files_recursive(lambda file_name: not file_name.startswith('._') and file_name.endswith('.xml'), file_path) - return sorted([str(f) for f in files]) - - @staticmethod - def copy_file_to_dir(file_location, dir_name): - return shutil.copy(file_location, dir_name) - - @staticmethod - def read_schema (schema_type: SchemaType): - """ Read a schema object. - :param schema_type: Schema type of the object to read. """ - path = Util.schema_path (f"{schema_type.value}-schema.json") - return Util.read_object (path) - - @staticmethod - def get_uri (path, key): - """ Build a URI. - :param path: The path of an object. - :param key: The key of a configuration value to prepend to the object. """ - # Incase config has http://..../ or http://... remove / and add back to - # avoid double http://...// - root_url = config[key].rstrip('/') - return f"{root_url}/{path}" - - @staticmethod - def get_relative_path (path): - return os.path.join (os.path.dirname (__file__), path) - - @staticmethod - def read_relative_object (path): - return Util.read_object (Util.get_relative_path(path)) - - @staticmethod - def trunc(text, limit): - return ('..' + text[-limit-2:]) if len(text) > limit else text - - @staticmethod - def is_up_to_date (source, targets): - target_time_list = [ os.stat (f).st_mtime for f in targets if os.path.exists(f) ] - if len(target_time_list) == 0: - log.debug (f"no targets found") - return False - source = [ os.stat (f).st_mtime for f in source if os.path.exists (f) ] - if len(source) == 0: - log.debug ("no source found. up to date") - return True - return max(source) < min(target_time_list) - - @staticmethod - def json_line_iter(jsonl_file_path): - f = open(file=jsonl_file_path, mode='r', encoding='utf-8') - for line in f: - yield json.loads(line) - f.close() - - @staticmethod - def downloadfile(thread_num, inputq, doneq): - url = "" - t0 = 0 - pct = 0 - - def downloadprogress(blocknumber, readsize, totalfilesize): - nonlocal thread_num - nonlocal url, t0, pct - blocks_expected = int(totalfilesize/readsize) + (1 if totalfilesize%readsize != 0 else 0) - t1 = int(Util.current_time_in_millis()/1000) - elapsed_delta = t1 - t0 - pct = int(100 * blocknumber / blocks_expected) - if elapsed_delta >= 30: # every n seconds - log.info(f"thread-{thread_num} {pct}% of size:{totalfilesize} ({blocknumber}/{blocks_expected}) url:{url}") - t0 = t1 - - num_files_processed = 0 - while inputq.empty() is False: - t0 = int(Util.current_time_in_millis()/1000) - url, dst = inputq.get() - num_files_processed += 1 - log.info(f"thread-{thread_num} downloading {url}") - try: - path, httpMessage = urlretrieve(url, dst, reporthook=downloadprogress) - if pct < 100: - httpMessageKeys = httpMessage.keys() - log.info(f"thread-{thread_num} urlretrieve path:'{path}' http-keys:{httpMessageKeys} httpMessage:'{httpMessage.as_string()}") - except Exception as e: - log.error(f"thread-{thread_num} downloadfile excepton: {e}") - continue - log.info(f"thread-{thread_num} downloaded {dst}") - doneq.put((thread_num,num_files_processed)) - log.info(f"thread-{thread_num} done!") - return - -class KGXModel: - """ Abstractions for transforming Knowledge Graph Exchange formatted data. """ - def __init__(self, biolink=None, config=None): - if not config: - config = get_config() - self.config = config - self.biolink_version = self.config.kgx.biolink_model_version - self.merge_db_id = self.config.kgx.merge_db_id - self.merge_db_name = f'db{self.merge_db_id}' - log.debug(f"Trying to get biolink version : {self.biolink_version}") - if biolink == None: - self.biolink = BiolinkModel(self.biolink_version) - else: - self.biolink = biolink - self.redis_conn = redis.Redis( - host=self.config.redisgraph.host, - port=self.config.redisgraph.port, - password=self.config.redisgraph.password, - db=self.merge_db_id) - self.enable_metrics = self.config.get('enable_metrics', False) - - def get_kgx_json_format(self, files: list, dataset_version: str): - """ - Gets Json formatted kgx files. These files have a the following structure: - {"nodes": [{"id":"..."},...], "edges": [{"id":...},...}] } - - Parameters - ---------- - files : list of file names - dataset_version : dataset version from dataset meta-data information - - Returns None - ------- - - """ - file_tuple_q = queue.Queue() - thread_done_q = queue.Queue() - for nfile, file_name in enumerate(files): - # file_url or skip - file_name = dataset_version + "/" + file_name - file_url = Util.get_uri(file_name, "kgx_base_data_uri") - subgraph_basename = os.path.basename(file_name) - subgraph_path = Util.kgx_path(subgraph_basename) - if os.path.exists(subgraph_path): - log.info(f"cached kgx: {subgraph_path}") - continue - log.debug ("#{}/{} to get: {}".format(nfile+1, len(files), file_url)) - # folder - dirname = os.path.dirname (subgraph_path) - if not os.path.exists (dirname): - os.makedirs (dirname, exist_ok=True) - # add to queue - file_tuple_q.put((file_url,subgraph_path)) - - # start threads for each file download - threads = [] - for thread_num in range(len(files)): # len(files) - th = threading.Thread(target=Util.downloadfile, args=(thread_num, file_tuple_q, thread_done_q)) - th.start() - threads.append(th) - - # wait for each thread to complete - for nwait in range(len(threads)): - thread_num, num_files_processed = thread_done_q.get() - th = threads[thread_num] - th.join() - log.info(f"#{nwait+1}/{len(threads)} joined: thread-{thread_num} processed: {num_files_processed} file(s)") - - all_kgx_files = [] - for nfile, file_name in enumerate(files): - start = Util.current_time_in_millis() - file_name = dataset_version + "/" + file_name - file_url = Util.get_uri(file_name, "kgx_base_data_uri") - subgraph_basename = os.path.basename(file_name) - subgraph_path = Util.kgx_path(subgraph_basename) - all_kgx_files.append(subgraph_path) - if os.path.exists(subgraph_path): - log.info(f"cached kgx: {subgraph_path}") - continue - log.info ("#{}/{} read: {}".format(nfile+1, len(files), file_url)) - subgraph = Util.read_object(file_url) - Util.write_object(subgraph, subgraph_path) - total_time = Util.current_time_in_millis() - start - edges = len(subgraph['edges']) - nodes = len(subgraph['nodes']) - log.info("#{}/{} edges:{:>7} nodes: {:>7} time:{:>8} wrote: {}".format( - nfile+1, len(files), edges, nodes, total_time/1000, subgraph_path)) - return all_kgx_files - - def get_kgx_jsonl_format(self, files, dataset_version): - """ - gets pairs of jsonl formatted kgx files. Files is expected to have - all the pairs. I.e if kgx_1_nodes.jsonl exists its expected that kgx_1_edges.jsonl - exists in the same path. - File names should have strings *nodes*.jsonl and *edges*.jsonl. - Parameters - ---------- - files - dataset_version - - Returns - ------- - - """ - # make a paired list - paired_up = [] - log.info(f"getting {files}") - for file_name in files: - if "nodes" in file_name: - paired_up.append([file_name, file_name.replace('nodes', 'edges')]) - error = False - # validate that all pairs exist - if len(files) / 2 != len(paired_up): - log.error("Error paired up kgx jsonl files don't match list of files specified in metadata.yaml") - error = True - for pairs in paired_up: - if pairs[0] not in files: - log.error(f"{pairs[0]} not in original list of files from metadata.yaml") - error = True - if pairs[1] not in files: - error = True - log.error(f"{pairs[1]} not in original list of files from metadata.yaml") - if error: - raise Exception("Metadata.yaml has inconsistent jsonl files") - - file_tuple_q = queue.Queue() - thread_done_q = queue.Queue() - for npairs, pairs in enumerate(paired_up): - for npair, p in enumerate(pairs): - file_name = dataset_version + "/" + p - file_url = Util.get_uri(file_name, "kgx_base_data_uri") - subgraph_basename = os.path.basename(file_name) - subgraph_path = Util.kgx_path(subgraph_basename) - if os.path.exists(subgraph_path): - log.info(f"skip cached kgx: {subgraph_path}") - continue - log.info ("#{}.{}/{} read: {}".format(npairs+1, npair+1, len(paired_up), file_url)) - # folder - dirname = os.path.dirname (subgraph_path) - if not os.path.exists (dirname): - os.makedirs (dirname, exist_ok=True) - # add to queue - file_tuple_q.put((file_url,subgraph_path)) - - # start threads for each file download - threads = [] - for thread_num in range(file_tuple_q.qsize()): - th = threading.Thread(target=Util.downloadfile, args=(thread_num, file_tuple_q, thread_done_q)) - th.start() - threads.append(th) - - # wait for each thread to complete - for nwait in range(len(threads)): - thread_num, num_files_processed = thread_done_q.get() - th = threads[thread_num] - th.join() - log.info(f"#{nwait+1}/{len(threads)} joined: thread-{thread_num} processed: {num_files_processed} file(s)") - - all_kgx_files = [] - for pairs in paired_up: - nodes = 0 - edges = 0 - start = Util.current_time_in_millis() - for p in pairs: - file_name = dataset_version + "/" + p - file_url = Util.get_uri(file_name, "kgx_base_data_uri") - subgraph_basename = os.path.basename(file_name) - subgraph_path = Util.kgx_path(subgraph_basename) - all_kgx_files.append(subgraph_path) - if os.path.exists(subgraph_path): - log.info(f"cached kgx: {subgraph_path}") - continue - data = Util.read_object(file_url) - Util.write_object(data, subgraph_path) - if "edges" in p: - edges = len(data.split('\n')) - else: - nodes = len(data.split('\n')) - total_time = Util.current_time_in_millis() - start - log.info("wrote {:>45}: edges:{:>7} nodes: {:>7} time:{:>8}".format( - Util.trunc(subgraph_path, 45), edges, nodes, total_time)) - return all_kgx_files - - def get (self, dataset_version = "v1.0"): - """ Read metadata for KGX files and downloads them locally. - :param dataset_version: Data version to operate on. - """ - metadata = Util.read_relative_object ("../metadata.yaml") - data_set_list = self.config.kgx.data_sets - kgx_files_remote = [] - for item in metadata['kgx']['versions']: - if item['version'] == dataset_version and item['name'] in data_set_list: - log.info(f"Getting KGX dataset {item['name']} , version {item['version']}") - if item['format'] == 'json': - kgx_files_remote += self.get_kgx_json_format(item['files'], item['version']) - elif item['format'] == 'jsonl': - kgx_files_remote += self.get_kgx_jsonl_format(item['files'], item['version']) - else: - raise ValueError(f"Unrecognized format in metadata.yaml: {item['format']}, valid formats are `json` " - f"and `jsonl`.") - # Fetchs kgx generated from Dug Annotation workflow. - new_files = self.fetch_dug_kgx() + kgx_files_remote - all_files_in_dir = Util.kgx_objects(format="json") + Util.kgx_objects(format="jsonl") - files_to_remove = [x for x in all_files_in_dir if x not in new_files] - if len(files_to_remove): - log.info(f"Found some old files to remove from kgx dir : {files_to_remove}") - for file in files_to_remove: - Util.remove(file) - log.info(f"removed {file}") - log.info("Done.") - - - - def fetch_dug_kgx(self): - """ - Copies files from dug output dir to roger kgx dir. - :return: - """ - dug_kgx_files = Util.dug_kgx_objects() - all_kgx_files = [] - log.info(f"Copying dug KGX files to {Util.kgx_path('')}. Found {len(dug_kgx_files)} kgx files to copy.") - for file in dug_kgx_files: - file_name = ntpath.basename(file) - dest = Util.kgx_path(file_name) - all_kgx_files.append(dest) - Util.write_object({}, dest) - log.info(f"Copying from {file} to {dest}.") - Util.copy_file_to_dir(file, dest) - log.info("Done copying dug KGX files.") - return all_kgx_files - - def create_nodes_schema(self): - """ - Extracts schema for nodes based on biolink leaf types - :return: - """ - - category_schemas = defaultdict(lambda: None) - category_error_nodes = set() - merged_nodes_file = Util.merge_path("nodes.jsonl") - log.info(f"Processing : {merged_nodes_file}") - for node in Util.json_line_iter(merged_nodes_file): - if not node['category']: - category_error_nodes.add(node['id']) - node['category'] = [BiolinkModel.root_type] - node_type = self.biolink.get_leaf_class(node['category']) - category_schemas[node_type] = category_schemas.get(node_type, {}) - for k in node.keys(): - current_type = type(node[k]).__name__ - if k not in category_schemas[node_type]: - category_schemas[node_type][k] = current_type - else: - previous_type = category_schemas[node_type][k] - category_schemas[node_type][k] = TypeConversionUtil.compare_types(previous_type, current_type) - if len(category_error_nodes): - log.warn(f"some nodes didn't have category assigned. KGX file has errors." - f"Nodes {len(category_error_nodes)}." - f"Showing first 10: {list(category_error_nodes)[:10]}." - f"These will be treated as {BiolinkModel.root_type}.") - """ Write node schemas. """ - self.write_schema(category_schemas, SchemaType.CATEGORY) - - def create_edges_schema(self): - """ - Create unified schema for all edges in an edges jsonl file. - :return: - """ - predicate_schemas = defaultdict(lambda: None) - merged_edges_file = Util.merge_path("edges.jsonl") - """ Infer predicate schemas. """ - for edge in Util.json_line_iter(merged_edges_file): - predicate = edge['predicate'] - predicate_schemas[predicate] = predicate_schemas.get(predicate, {}) - for k in edge.keys(): - current_type = type(edge[k]).__name__ - if k not in predicate_schemas[predicate]: - predicate_schemas[predicate][k] = current_type - else: - previous_type = predicate_schemas[predicate][k] - predicate_schemas[predicate][k] = TypeConversionUtil.compare_types(previous_type, current_type) - self.write_schema(predicate_schemas, SchemaType.PREDICATE) - - def create_schema (self): - """ - Determine the schema of each type of object. We have to do this to make it possible - to write tabular data. Need to know all possible columns in advance and correct missing - fields. - """ - if self.schema_up_to_date(): - log.info (f"schema is up to date.") - return - - self.create_nodes_schema() - self.create_edges_schema() - - def schema_up_to_date (self): - return Util.is_up_to_date ( - source=Util.kgx_objects (), - targets=[ - Util.schema_path (f"{SchemaType.PREDICATE.value}-schema.json"), - Util.schema_path (f"{SchemaType.PREDICATE.value}-schema.json") - ]) - - def write_schema (self, schema, schema_type: SchemaType): - """ Output the schema file. - :param schema: Schema to get keys from. - :param schema_type: Type of schema to write. """ - file_name = Util.schema_path (f"{schema_type.value}-schema.json") - log.info (f"writing schema: {file_name}") - dictionary = { k : v for k, v in schema.items () } - Util.write_object (dictionary, file_name) - - def read_items_from_redis(self, ids): - chunk_size = 10_000 # batch for pipeline - pipeline = self.redis_conn.pipeline() - response = {} - chunked_ids = [ids[start: start + chunk_size] for start in range(0, len(ids), chunk_size)] - for ids in chunked_ids: - for i in ids: - pipeline.get(i) - result = pipeline.execute() - for i, res in zip(ids, result): - if res: - response.update({i: json.loads(res)}) - return response - - def write_items_to_redis(self, items): - chunk_size = 10_000 # batch for redis beyond this cap it might not be optimal, according to redis docs - pipeline = self.redis_conn.pipeline() - all_keys = list(items.keys()) - chunked_keys = [all_keys[start: start + chunk_size] for start in range(0, len(all_keys), chunk_size)] - for keys in chunked_keys: - for key in keys: - pipeline.set(key, json.dumps(items[key])) - pipeline.execute() - log.debug(f"Wrote {len(all_keys)} to redis") - - def batch_keys(self, batch_size, keys_pattern="*"): - - keyspace = self.redis_conn.info('keyspace') - if self.merge_db_name not in keyspace: - log.info(f"found 0 keys.") - return [] - else: - keyspace = keyspace[self.merge_db_name]['keys'] - log.info(f"found {keyspace} total keys.") - args = [self.redis_conn.scan_iter(keys_pattern, batch_size)] * (keyspace + batch_size // batch_size) - current_keys = reduce(lambda x, y: x + [i for i in y if i], zip_longest(*args), []) - log.info(f"found {len(current_keys)} matches.") - return current_keys - - def delete_keys(self, items): - # deletes keys - chunk_size = 10_000 - pipeline = self.redis_conn.pipeline() - all_keys = items - log.info(f"grabbed {len(all_keys)}. Starting deletion in chunks of {chunk_size}") - chunked_keys = [all_keys[start: start + chunk_size] for start in range(0, len(all_keys), chunk_size)] - for keys in chunked_keys: - for key in keys: - pipeline.delete(key) - pipeline.execute() - - def delete_all_keys(self): - all_keys = self.batch_keys(10_000) - self.delete_keys(all_keys) - log.info(f"deleted keys.") - - def write_redis_back_to_jsonl(self, file_name, redis_key_pattern): - Util.mkdir(file_name) - with open(file_name, 'w', encoding='utf-8') as f: - start = time.time() - log.debug(f"Key pattern: {redis_key_pattern}") - # this needs to be a scan too - keys = self.batch_keys(batch_size=10_000, keys_pattern=redis_key_pattern) - log.info(f"Grabbing {redis_key_pattern} from redis took {time.time() - start}") - chunk_size = 500_000 - chunked_keys = [keys[start: start + chunk_size] for start in range(0, len(keys), chunk_size) ] - for chunk in chunked_keys: - log.debug("Reading back from redis") - items = self.read_items_from_redis(chunk) - log.debug(f"found {len(items)} from redis") - self.delete_keys(chunk) - # transform them into lines - items = [json.dumps(items[x]).decode('utf-8') + '\n' for x in items] - f.writelines(items) - log.info(f"wrote : {len(items)} to file {file_name}") - - def kgx_merge_dict(self, dict_1, dict_2): - # collect values that are same first - merged = {} - # if properties match up with value treat as one - # get dict_1 intersection dict_2 , - merged = {x: dict_1[x] for x in dict_1 if dict_1.get(x) == dict_2.get(x)} - # get dict_1 disjoint dict 2 - unique_dict_1_props = {x: dict_1[x] for x in dict_1 if x not in merged.keys()} - # get dict_2 disjoint dict 1 - unique_dict_2_props = {x: dict_2[x] for x in dict_2 if x not in merged.keys()} - merged.update(kgx_merge_dict(unique_dict_1_props, unique_dict_2_props)) - for keys in merged: - attribute = merged[keys] - # When mergeing array's for bulk loading - # we have to make sure that items in lists - # don't contain single-quotes. - # Single quotes in array items break parsing of arrays on bulk loading - # downstream. - if isinstance(attribute, list): - new_attribute = [] - for value in attribute: - if isinstance(value, str): - value = value.replace("'", '`') - new_attribute.append(value) - attribute = new_attribute - merged[keys] = attribute - return merged - - def sort_node_types(self, node_dict): - categories = node_dict.get('category') - if not categories: - return node_dict - leaf_type = self.biolink.get_leaf_class(categories) - # brings leaf class in the top - categories = [leaf_type] + [x for x in categories if x != leaf_type] - node_dict['category'] = categories - return node_dict - - def merge_node_and_edges (self, nodes, edges, current_metric , data_set_name ): - read_time = current_metric['read_kgx_file_time'] - total_time = current_metric['total_processing_time'] - # prefix keys for fetching back and writing to file. - nodes = {f"node-{node['id']}": self.sort_node_types(node) for node in nodes} - edges = {f"edge-{edge['subject']}-{edge['object']}-{edge['predicate']}": edge for edge in - edges} - read_from_redis_time = time.time() - # read nodes and edges scoped to current file - nodes_in_redis = self.read_items_from_redis(list(nodes.keys())) - edges_in_redis = self.read_items_from_redis(list(edges.keys())) - read_from_redis_time = time.time() - read_from_redis_time - current_metric['read_redis_time'] = read_from_redis_time - merge_time = time.time() - log.info(f"Found matching {len(nodes_in_redis)} nodes {len(edges_in_redis)} edges from redis...") - for node_id in nodes_in_redis: - nodes[node_id] = self.kgx_merge_dict(nodes[node_id], nodes_in_redis[node_id]) - for edge_id in edges_in_redis: - edges[edge_id] = self.kgx_merge_dict(edges[edge_id], edges_in_redis[edge_id]) - # add predicate labels to edges; - for edge_id in edges: - edges[edge_id]['predicate_label'] = self.biolink.get_label(edges[edge_id]['predicate']) - edges[edge_id]['id'] = edges[edge_id].get('id', edge_id.replace('edge-', '')) - merge_time = time.time() - merge_time - current_metric['merge_time'] = merge_time - write_to_redis_time = time.time() - self.write_items_to_redis(nodes) - self.write_items_to_redis(edges) - write_to_redis_time = time.time() - write_to_redis_time - current_metric['write_to_redis_time'] = write_to_redis_time - log.debug( - "path {:>45} read_file:{:>5} read_nodes_from_redis:{:>7} merge_time:{:>3} write_nodes_to_redis: {" - ":>3}".format( - Util.trunc(data_set_name, 45), read_time, read_from_redis_time, merge_time, write_to_redis_time)) - total_file_processing_time = time.time() - total_time - current_metric['total_processing_time'] = total_file_processing_time - current_metric['total_nodes_in_kgx_file'] = len(nodes) - current_metric['total_edges_in_kgx_file'] = len(edges) - current_metric['nodes_found_in_redis'] = len(nodes_in_redis) - current_metric['edges_found_in_redis'] = len(edges_in_redis) - log.info(f"processing {data_set_name} took {total_file_processing_time}") - return current_metric - - def merge (self): - """ Merge nodes. Would be good to have something less computationally intensive. """ - data_set_version = self.config.get('kgx', {}).get('dataset_version') - metrics = {} - start = time.time() - json_format_files = Util.kgx_objects("json") - jsonl_format_files = set([ - x.replace(f'nodes_{data_set_version}.jsonl', '').replace(f'edges_{data_set_version}.jsonl', '') for x in Util.kgx_objects("jsonl") - ]) - - log.info("Deleting any redis merge keys from previous run....") - self.delete_all_keys() - - for file in json_format_files: - current_metric = {} - total_time = read_time = time.time() - current_kgx_data = Util.read_object(file) - read_time = time.time() - read_time - current_metric['read_kgx_file_time'] = read_time - current_metric['total_processing_time'] = total_time - self.merge_node_and_edges(nodes=current_kgx_data['nodes'], - edges=current_kgx_data['edges'], - current_metric=current_metric, - data_set_name=file) - - for file in jsonl_format_files: - current_metric = {} - total_time = read_time = time.time() - edges = Util.json_line_iter(Util.kgx_path(file + f'edges_{data_set_version}.jsonl')) - nodes = Util.json_line_iter(Util.kgx_path(file + f'nodes_{data_set_version}.jsonl')) - read_time = time.time() - read_time - current_metric['read_kgx_file_time'] = read_time - current_metric['total_processing_time'] = total_time - self.merge_node_and_edges(nodes=nodes, - edges=edges, - current_metric=current_metric, - data_set_name=file) - - log.info(f"total time for dumping to redis : {time.time() - start}") - - # now we have all nodes and edges merged in redis we scan the whole redis back to disk - write_merge_metric = {} - t = time.time() - log.info("getting all nodes") - start_nodes_jsonl = time.time() - nodes_file_path = Util.merge_path("nodes.jsonl") - self.write_redis_back_to_jsonl(nodes_file_path, "node-*") - log.info(f"writing nodes to took : {time.time() - start_nodes_jsonl}") - write_merge_metric['nodes_writing_time'] = time.time() - start_nodes_jsonl - start_edge_jsonl = time.time() - log.info("getting all edges") - edge_output_file_path = Util.merge_path("edges.jsonl") - self.write_redis_back_to_jsonl(edge_output_file_path, "edge-*") - write_merge_metric['edges_writing_time'] = time.time() - start_edge_jsonl - log.info(f"writing edges took: {time.time() - start_edge_jsonl}") - write_merge_metric['total_time'] = time.time() - t - metrics['write_jsonl'] = write_merge_metric - metrics['total_time'] = time.time() - start - log.info(f"total took: {time.time() - start}") - if self.enable_metrics: - path = Util.metrics_path('merge_metrics.yaml') - Util.write_object(metrics, path) - - -class BiolinkModel: - root_type = 'biolink:NamedThing' - - def __init__(self, bl_version='v3.1.2'): - self.bl_url = f'https://raw.githubusercontent.com/biolink/biolink-model/{bl_version}/biolink-model.yaml' - self.toolkit = Toolkit(self.bl_url) - - def find_biolink_leaves(self, biolink_concepts): - """ - Given a list of biolink concepts, returns the leaves removing any parent concepts. - :param biolink_concepts: list of biolink concepts - :return: leave concepts. - """ - ancestry_set = set() - all_mixins_in_tree = set() - all_concepts = set(biolink_concepts) - # Keep track of things like "MacromolecularMachine" in current datasets - # @TODO remove this and make nodes as errors - unknown_elements = set() - for x in all_concepts: - current_element = self.toolkit.get_element(x) - mixins = set() - if current_element: - if 'mixins' in current_element and len(current_element['mixins']): - for m in current_element['mixins']: - mixins.add(self.toolkit.get_element(m).class_uri) - else: - unknown_elements.add(x) - ancestors = set(self.toolkit.get_ancestors(x, reflexive=False, formatted=True)) - ancestry_set = ancestry_set.union(ancestors) - all_mixins_in_tree = all_mixins_in_tree.union(mixins) - leaf_set = all_concepts - ancestry_set - all_mixins_in_tree - unknown_elements - return leaf_set - - def get_leaf_class (self, names): - """ Return the leaf classes in the provided list of names. """ - leaves = list(self.find_biolink_leaves(names)) - return leaves[0] - - def get_label(self, class_name): - element = self.toolkit.get_element(class_name) - if element: - name = element.name - return name - return class_name.replace("biolink:", "").replace("_", " ") - - -class BulkLoad: - """ Tools for creating a Redisgraph bulk load dataset. """ - def __init__(self, biolink, config=None): - self.biolink = biolink - if not config: - config = get_config() - self.config = config - separator = self.config.get('bulk_loader',{}).get('separator', '|') - self.separator = chr(separator) if isinstance(separator, int) else separator - - def tables_up_to_date (self): - return Util.is_up_to_date ( - source=[ - Util.schema_path (f"{SchemaType.PREDICATE.value}-schema.json"), - Util.schema_path (f"{SchemaType.PREDICATE.value}-schema.json") - ] + Util.merged_objects (), - targets=glob.glob (Util.bulk_path ("nodes/**.csv")) + \ - glob.glob (Util.bulk_path ("edges/**.csv"))) - - def create_nodes_csv_file(self): - if self.tables_up_to_date (): - log.info ("up to date.") - return - # clear out previous data - bulk_path = Util.bulk_path("nodes") - if os.path.exists(bulk_path): - shutil.rmtree(bulk_path) - categories_schema = Util.read_schema (SchemaType.CATEGORY) - state = defaultdict(lambda: None) - log.info(f"processing nodes") - """ Write node data for bulk load. """ - - categories = defaultdict(lambda: []) - category_error_nodes = set() - merged_nodes_file = Util.merge_path("nodes.jsonl") - counter = 1 - for node in Util.json_line_iter(merged_nodes_file): - if not node['category']: - category_error_nodes.add(node['id']) - node['category'] = [BiolinkModel.root_type] - index = self.biolink.get_leaf_class(node['category']) - categories[index].append(node) - if len(category_error_nodes): - log.error(f"some nodes didn't have category assigned. KGX file has errors." - f"Nodes {len(category_error_nodes)}. They will be typed {BiolinkModel.root_type}" - f"Showing first 10: {list(category_error_nodes)[:10]}.") - # flush every 100K - if counter % 100_000 == 0: - self.write_bulk(Util.bulk_path("nodes"), categories, categories_schema, - state=state, is_relation=False) - # reset variables. - category_error_nodes = set() - categories = defaultdict(lambda: []) - counter += 1 - # write back if any thing left. - if len(categories): - self.write_bulk(Util.bulk_path("nodes"), categories, categories_schema, - state=state, is_relation=False) - - def create_edges_csv_file(self): - """ Write predicate data for bulk load. """ - if self.tables_up_to_date (): - log.info ("up to date.") - return - # Clear out previous data - bulk_path = Util.bulk_path("edges") - if os.path.exists(bulk_path): - shutil.rmtree(bulk_path) - predicates_schema = Util.read_schema(SchemaType.PREDICATE) - predicates = defaultdict(lambda: []) - edges_file = Util.merge_path('edges.jsonl') - counter = 1 - state = {} - for edge in Util.json_line_iter(edges_file): - predicates[edge['predicate']].append(edge) - # write out every 100K , to avoid large predicate dict. - if counter % 100_000 == 0: - self.write_bulk(Util.bulk_path("edges"), predicates, predicates_schema, state=state, is_relation=True) - predicates = defaultdict(lambda : []) - counter += 1 - # if there are some items left (if loop ended before counter reached the specified value) - if len(predicates): - self.write_bulk(Util.bulk_path("edges"), predicates, predicates_schema, state=state, is_relation=True) - - @staticmethod - def create_redis_schema_header(attributes: dict, is_relation=False): - """ - Creates col headers for csv to be used by redis bulk loader by assigning redis types - :param attributes: dictionary of data labels with values as python type strings - :param separator: CSV separator - :return: list of attributes where each item is attributeLabel:redisGraphDataType - """ - redis_type_conversion_map = { - 'str': 'STRING', - 'float': 'FLOAT', # Do we need to handle double - 'int': 'INT', - 'bool': 'BOOL', - 'list': 'ARRAY' - } - col_headers = [] - format_for_redis = lambda label, typ: f'{label}:{typ}' - for attribute, attribute_type in attributes.items(): - col_headers.append(format_for_redis(attribute, redis_type_conversion_map[attribute_type])) - # Note this two fields are only important to bulk loader - # they will not be members of the graph - # https://github.com/RedisGraph/redisgraph-bulk-loader/tree/master#input-schemas - if is_relation: - col_headers.append('internal_start_id:START_ID') - col_headers.append('internal_end_id:END_ID') - # replace id:STRING with id:ID - col_headers.append('id:ID') - col_headers = list(filter(lambda x: x != 'id:STRING', col_headers)) - return col_headers - - @staticmethod - def group_items_by_attributes_set(objects: list, processed_object_ids: set): - """ - Groups items into a dictionary where the keys are sets of attributes set for all - items accessed in that key. - Eg. { set(id,name,category): [{id:'xx0',name:'bbb', 'category':['type']}.... - {id:'xx1', name:'bb2', category: ['type1']}] } - :param objects: list of nodes or edges - :param processed_object_ids: ids of object to skip since they are processed. - :return: dictionary grouping based on set attributes - """ - clustered_by_set_values = {} - improper_keys = set() - value_set_test = lambda x: True if (x is not None and x != [] and x != '') else False - for obj in objects: - # redis bulk loader needs columns not to include ':' - # till backticks are implemented we should avoid these. - key_filter = lambda k: ':' not in k - keys_with_values = frozenset([k for k in obj.keys() if value_set_test(obj[k]) and key_filter(k)]) - for key in [k for k in obj.keys() if obj[k] and not key_filter(k)]: - improper_keys.add(key) - # group by attributes that have values. # Why? - # Redis bulk loader has one issue - # imagine we have {'name': 'x'} , {'name': 'y', 'is_metabolite': true} - # we have a common schema name:STRING,is_metabolite:BOOL - # values `x, ` and `y,true` but x not having value for is_metabolite is not handled - # well, redis bulk loader says we should give it default if we were to enforce schema - # but due to the nature of the data assigning defaults is very not an option. - # hence grouping data into several csv's might be the right way (?) - if obj['id'] not in processed_object_ids: - clustered_by_set_values[keys_with_values] = clustered_by_set_values.get(keys_with_values, []) - clustered_by_set_values[keys_with_values].append(obj) - return clustered_by_set_values, improper_keys - - def write_bulk(self, bulk_path, obj_map, schema, state={}, is_relation=False): - """ Write a bulk load group of objects. - :param bulk_path: Path to the bulk loader object to write. - :param obj_map: A map of biolink type to list of objects. - :param schema: The schema (nodes or predicates) containing identifiers. - :param state: Track state of already written objects to avoid duplicates. - """ - - os.makedirs (bulk_path, exist_ok=True) - processed_objects_id = state.get('processed_id', set()) - called_x_times = state.get('called_times', 0) - called_x_times += 1 - for key, objects in obj_map.items (): - if len(objects) == 0: - continue - all_keys = schema[key] - """ Make all objects conform to the schema. """ - clustered_by_set_values, improper_redis_keys = self.group_items_by_attributes_set(objects, - processed_objects_id) - - if len(improper_redis_keys): - log.warning(f"The following keys were skipped since they include conflicting `:`" - f" that would cause errors while bulk loading to redis." - f"{improper_redis_keys}") - for index, set_attributes in enumerate(clustered_by_set_values.keys()): - items = clustered_by_set_values[set_attributes] - # When parted files are saved let the file names be collected here - state['file_paths'] = state.get('file_paths', {}) - state['file_paths'][key] = state['file_paths'].get(key, {}) - out_file = state['file_paths'][key][set_attributes] = state['file_paths']\ - .get(key, {})\ - .get(set_attributes, '') - # When calling write bulk , lets say we have processed some - # chemicals from file 1 and we start processing file 2 - # if we are using just index then we might (rather will) end up adding - # records to the wrong file so we need this to be unique as possible - # by adding called_x_times , if we already found out-file from state obj - # we are sure that the schemas match. - - # biolink: is not valid name so we need to remove : - file_key = key.replace(':', '~') - - out_file = f"{bulk_path}/{file_key}.csv-{index}-{called_x_times}" if not out_file else out_file - state['file_paths'][key][set_attributes] = out_file # store back file name - new_file = not os.path.exists(out_file) - keys_for_header = {x: all_keys[x] for x in all_keys if x in set_attributes} - redis_schema_header = self.create_redis_schema_header(keys_for_header, is_relation) - with open(out_file, "a", encoding='utf-8') as stream: - if new_file: - state['file_paths'][key][set_attributes] = out_file - log.info(f" --creating {out_file}") - stream.write(self.separator.join(redis_schema_header)) - stream.write("\n") - else: - log.info(f" --appending to {out_file}") - """ Write fields, skipping duplicate objects. """ - for obj in items: - oid = str(obj['id']) - if oid in processed_objects_id: - continue - processed_objects_id.add(oid) - """ Add ID / START_ID / END_ID depending""" - internal_id_fields = { - 'internal_id': obj['id'] - } - if is_relation: - internal_id_fields.update({ - 'internal_start_id': obj['subject'], - 'internal_end_id': obj['object'] - }) - obj.update(internal_id_fields) - values = [] - # uses redis schema header to preserve order when writing lines out. - for column_name in redis_schema_header: - # last key is the type - obj_key = ':'.join(column_name.split(':')[:-1]) - value = obj[obj_key] - - if obj_key not in internal_id_fields: - current_type = type(value).__name__ - expected_type = all_keys[obj_key] - # cast it if it doesn't match type in schema keys i.e all_keys - value = TypeConversionUtil.cast(obj[obj_key], all_keys[obj_key]) \ - if expected_type != current_type else value - # escape quotes . - values.append(str(value).replace("\"", "\\\"")) - s = self.separator.join(values) - stream.write(s) - stream.write("\n") - state['processed_id'] = processed_objects_id - state['called_times'] = called_x_times - - def insert (self): - - redisgraph = { - 'host': os.getenv('REDIS_HOST'), - 'port': os.getenv('REDIS_PORT', 6379), - 'password': os.getenv('REDIS_PASSWORD'), - 'graph': os.getenv('REDIS_GRAPH'), - } - redisgraph = self.config.redisgraph - nodes = sorted(glob.glob (Util.bulk_path ("nodes/**.csv*"))) - edges = sorted(glob.glob (Util.bulk_path ("edges/**.csv*"))) - graph = redisgraph['graph'] - log.info(f"bulk loading \n nodes: {nodes} \n edges: {edges}") - - try: - log.info (f"deleting graph {graph} in preparation for bulk load.") - db = self.get_redisgraph() - db.redis_graph.delete () - except redis.exceptions.ResponseError: - log.info("no graph to delete") - - log.info (f"bulk loading graph: {graph}") - args = [] - if len(nodes) > 0: - bulk_path_root = Util.bulk_path('nodes') + os.path.sep - nodes_with_type = [] - for x in nodes: - """ - These lines prep nodes bulk load by: - 1) appending to labels 'biolink.' - 2) combine labels to create a multilabel redis node i.e. "biolink.OrganismalEntity:biolink.SubjectOfInvestigation" - """ - file_name_type_part = x.replace(bulk_path_root, '').split('.')[0].split('~')[1] - all_labels = file_name_type_part + ":" + ":".join([v.lstrip("biolink:") for v in self.biolink.toolkit.get_ancestors("biolink:" + file_name_type_part, reflexive=False, formatted=True )] ) - nodes_with_type.append(f"{ all_labels} {x}") - args.extend(("-N " + " -N ".join(nodes_with_type)).split()) - if len(edges) > 0: - bulk_path_root = Util.bulk_path('edges') + os.path.sep - edges_with_type = [f"{x.replace(bulk_path_root, '').strip(os.path.sep).split('.')[0].split('~')[1]} {x}" - for x in edges] - # Edge label now no longer has 'biolink:' - args.extend(("-R " + " -R ".join(edges_with_type)).split()) - """ - Ugraded redis-bulkloader now requires that the redis url contain the password, host and port - """ - args.extend([f"--separator={self.separator}"]) - print(f"--redis-url=redis://{redisgraph['host']}:{redisgraph['port']}") - args.extend([f"--redis-url=redis://:{redisgraph['password']}@{redisgraph['host']}:{redisgraph['port']}"]) - args.extend(['--enforce-schema']) - args.extend([f"{redisgraph['graph']}"]) - """ standalone_mode=False tells click not to sys.exit() """ - log.debug(f"Calling bulk_insert with extended args: {args}") - try: - bulk_insert (args, standalone_mode=False) - self.add_indexes() - except Exception as e: - log.error(f"Unexpected {e.__class__.__name__}: {e}") - raise - - def add_indexes(self): - redis_connection = self.get_redisgraph() - all_labels = redis_connection.query("Match (c) return distinct labels(c)").result_set - all_labels = reduce(lambda x, y: x + y, all_labels, []) - id_index_queries = [ - f'CREATE INDEX on :`{label}`(id)' for label in all_labels - ] - name_index_queries = "CALL db.labels() YIELD label CALL db.idx.fulltext.createNodeIndex(label, 'name', 'synonyms')" - - for query in id_index_queries: - redis_connection.query(query=query) - redis_connection.query(query=name_index_queries) - log.info(f"Indexes created for {len(all_labels)} labels.") - - def get_redisgraph(self): - return RedisGraph( - host=self.config.redisgraph.host, - port=self.config.redisgraph.port, - password=self.config.redisgraph.password, - graph=self.config.redisgraph.graph, - ) - - def validate(self): - - db = self.get_redisgraph() - validation_queries = config.get('validation', {}).get('queries', []) - for key, query in validation_queries.items (): - text = query['query'] - name = query['name'] - args = query.get('args', [{}]) - for arg in args: - start = Util.current_time_in_millis () - instance = Template (text).safe_substitute (arg) - db.query (instance) - duration = Util.current_time_in_millis () - start - log.info (f"Query {key}:{name} ran in {duration}ms: {instance}") - - def wait_for_tranql(self): - retry_secs = 3 - tranql_endpoint = self.config.indexing.tranql_endpoint - log.info(f"Contacting {tranql_endpoint}") - graph_name = self.config["redisgraph"]["graph"] - test_query = "SELECT disease-> phenotypic_feature " \ - f"FROM 'redis:{graph_name}'" \ - f"WHERE disease='MONDO:0004979'" - is_done_loading = False - try: - while not is_done_loading: - response = requests.post(tranql_endpoint, data=test_query) - response_code = response.status_code - response = response.json() - is_done_loading = "message" in response and response_code == 200 - if is_done_loading: - break - else: - log.info(f"Tranql responsed with response: {response}") - log.info(f"Retrying in {retry_secs} secs...") - time.sleep(retry_secs) - except ConnectionError as e: - # convert exception to be more readable. - raise ConnectionError(f"Attempting to contact {tranql_endpoint} failed due to connection error. " - f"Please check status of Tranql server.") - - -class Roger: - """ Consolidate Roger functionality for a cleaner interface. """ - - def __init__(self, to_string=False, config=None): - """ Initialize. - :param to_string: Log messages to a string, available as self.log_stream.getvalue() - after execution completes. - """ - import logging - self.has_string_handler = to_string - if not config: - config = get_config() - self.config = config - if to_string: - """ Add a stream handler to enable to_string. """ - self.log_stream = StringIO() - self.string_handler = logging.StreamHandler (self.log_stream) - log.addHandler (self.string_handler) - self.biolink = BiolinkModel (config.kgx.biolink_model_version) - self.kgx = KGXModel (self.biolink, config=config) - self.bulk = BulkLoad (self.biolink, config=config) - - def __enter__(self): - """ Implement Python's Context Manager interface. """ - return self - - def __exit__(self, exception_type, exception_value, traceback): - """ Implement Python's Context Manager interface. We use this finalizer - to detach the stream handler appended in the constructor. - :param exception_type: Type of exception, if one occurred. - :param exception_value: The exception, if one occurred. - :param traceback: The stack trace explaining the exception. - """ - if exception_type or exception_value or traceback: - log.error (msg="Error:", exc_info=(exception_type, exception_value, traceback)) - if self.has_string_handler: - log.removeHandler (self.string_handler) - -class RogerUtil: - """ An interface abstracting Roger's inner workings to make it easier to - incorporate into external tools like workflow engines. """ - @staticmethod - def get_kgx (to_string=False, config=None): - output = None - log.debug("Getting KGX method called.") - with Roger (to_string, config=config) as roger: - dataset_version=config.get('kgx', {}).get('dataset_version') - roger.kgx.get (dataset_version=dataset_version) - output = roger.log_stream.getvalue () if to_string else None - return output - - @staticmethod - def create_schema (to_string=False, config=None): - o1 = RogerUtil.create_nodes_schema(to_string=to_string, config=config) - o2 = RogerUtil.create_edges_schema(to_string=to_string, config=config) - output = (o1 + o2 ) if to_string else None - return output - - @staticmethod - def create_edges_schema(to_string=False, config=None): - output = None - with Roger(to_string, config=config) as roger: - roger.kgx.create_edges_schema() - output = roger.log_stream.getvalue() if to_string else None - return output - - @staticmethod - def create_nodes_schema(to_string=False, config=None): - output = None - with Roger(to_string, config=config) as roger: - roger.kgx.create_nodes_schema() - output = roger.log_stream.getvalue() if to_string else None - return output - - @staticmethod - def merge_nodes (to_string=False, config=None): - output = None - with Roger (to_string, config=config) as roger: - roger.kgx.merge () - output = roger.log_stream.getvalue () if to_string else None - return output - - @staticmethod - def create_bulk_load (to_string=False, config=None): - o1 = RogerUtil.create_bulk_nodes(to_string=to_string, config=config) - o2 = RogerUtil.create_bulk_edges(to_string=to_string, config=config) - output = (o1 + o2) if to_string else None - return output - - @staticmethod - def create_bulk_nodes(to_string=False, config=None): - output = None - with Roger(to_string, config=config) as roger: - roger.bulk.create_nodes_csv_file() - output = roger.log_stream.getvalue() if to_string else None - return output - - @staticmethod - def create_bulk_edges(to_string=False, config=None): - output = None - with Roger(to_string, config=config) as roger: - roger.bulk.create_edges_csv_file() - output = roger.log_stream.getvalue() if to_string else None - return output - - @staticmethod - def bulk_load (to_string=False, config=None): - output = None - with Roger (to_string, config=config) as roger: - roger.bulk.insert () - output = roger.log_stream.getvalue () if to_string else None - return output - - @staticmethod - def validate (to_string=False, config=None): - output = None - with Roger (to_string, config=config) as roger: - roger.bulk.validate () - output = roger.log_stream.getvalue () if to_string else None - return output - - @staticmethod - def check_tranql(to_string=False, config=None): - output = None - with Roger(to_string, config=config) as roger: - roger.bulk.wait_for_tranql() - output = roger.log_stream.getvalue() if to_string else None - return output - -if __name__ == "__main__": - """ Roger CLI. """ - parser = argparse.ArgumentParser(description='Roger') - parser.add_argument('-v', '--dataset-version', help="Dataset version.", default="v1.0") - parser.add_argument('-d', '--data-root', help="Root of data hierarchy", default=None) - parser.add_argument('-g', '--get-kgx', help="Get KGX objects", action='store_true') - parser.add_argument('-l', '--load-kgx', help="Load via KGX", action='store_true') - parser.add_argument('-s', '--create-schema', help="Infer schema", action='store_true') - parser.add_argument('-m', '--merge-kgx', help="Merge KGX nodes", action='store_true') - parser.add_argument('-b', '--create-bulk', help="Create bulk load", action='store_true') - parser.add_argument('-i', '--insert', help="Do the bulk insert", action='store_true') - parser.add_argument('-a', '--validate', help="Validate the insert", action='store_true') - args = parser.parse_args () - - biolink = BiolinkModel () - kgx = KGXModel (biolink) - bulk = BulkLoad (biolink) - if args.data_root is not None: - config = get_config() - data_root = args.data_root - config.update({'data_root': data_root}) - log.info (f"data root:{data_root}") - if args.get_kgx: - kgx.get (dataset_version=args.dataset_version) - if args.load_kgx: - kgx.load () - if args.merge_kgx: - kgx.merge () - if args.create_schema: - kgx.create_schema () - if args.create_bulk: - bulk.create () - if args.insert: - bulk.insert () - if args.validate: - bulk.validate () - - sys.exit (0) From 3b4ed65d5a2374142f44c3e1c98d967e277a7c86 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Fri, 29 Sep 2023 15:44:11 -0400 Subject: [PATCH 16/40] remove dup dev config --- dags/roger/dev-config.yaml | 118 ------------------------------------- 1 file changed, 118 deletions(-) delete mode 100644 dags/roger/dev-config.yaml diff --git a/dags/roger/dev-config.yaml b/dags/roger/dev-config.yaml deleted file mode 100644 index 7f151be6..00000000 --- a/dags/roger/dev-config.yaml +++ /dev/null @@ -1,118 +0,0 @@ -redisgraph: - username: "" - password: "" - host: redis - graph: test - port: 6379 - -logging: - level: DEBUG - format: '[%(name)s][%(filename)s][%(funcName)20s] %(levelname)s: %(message)s' - -data_root: "/Users/schreepc/Projects/helxplatform/roger/roger/test/data" -dug_data_root: dug_helpers/dug_data/topmed_data -base_data_uri: https://stars.renci.org/var/kgx_data/trapi-1.0/ -kgx: - biolink_model_version: 1.5.0 - -#https://github.com/RedisGraph/redisgraph-bulk-loader/blob/master/redisgraph_bulk_loader/bulk_insert.py#L43 -bulk_loader: - separator: 0x1E - enforce_schema: False - skip_invalid_nodes: False - skip_invalid_edges: False - quote: 0 - max_token_count: 1024 - max_buffer_size: 2048 - max_token_size: 500 - index: [] - full_text_index: [] - -annotation: - annotator: "https://api.monarchinitiative.org/api/nlp/annotate/entities?min_length=4&longest_only=false&include_abbreviation=false&include_acronym=false&include_numbers=false&content=" - normalizer: "https://nodenormalization-sri.renci.org/get_normalized_nodes?curie=" - synonym_service: "https://onto.renci.org/synonyms/" - ontology_metadata: "https://api.monarchinitiative.org/api/ontology/term/" - # The following are neo4j params that would not be used - # need to remove them from annotator constructor. - db_url: "" - username: "" - password: "" - -indexing: - variables_index: "variables_index" - concepts_index: "concepts_index" - kg_index: "kg_index" - tranql_min_score: 0.2 - excluded_identifiers: - - "CHEBI:17336" - queries: - "disease": ["disease", "phenotypic_feature"] - "pheno": ["phenotypic_feature", "disease"] - "anat": ["disease", "anatomical_entity"] - "chem_to_disease": ["chemical_substance", "disease"] - "phen_to_anat": ["phenotypic_feature", "anatomical_entity"] - "anat_to_disease": ["anatomical_entity", "disease"] - "anat_to_pheno": ["anatomical_entity", "phenotypic_feature"] - tranql_endpoint: "http://tranql-service/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" - -elasticsearch: - host: elasticsearch - username: elastic - # temporary - password: "13431" - nboost_host: "" - - - -validation: - queries: - count_nodes: - name: "Count Nodes" - query: "MATCH (a) RETURN COUNT(a)" - count_edges: - name: "Count Edges" - query: "MATCH (a)-[e]-(b) RETURN COUNT(e)" - connectivity: - name: TOPMED Connectivity - query: "MATCH (a { id : '$var' })--(b) RETURN a.category, b.id" - args: - - var: TOPMED.TAG:8 - - var: TOPMED.VAR:phv00000484.v1.p10 - - var: TOPMED.VAR:phv00000487.v1.p10 - - var: TOPMED.VAR:phv00000496.v1.p10 - - var: TOPMED.VAR:phv00000517.v1.p10 - - var: TOPMED.VAR:phv00000518.v1.p10 - - var: TOPMED.VAR:phv00000528.v1.p10 - - var: TOPMED.VAR:phv00000529.v1.p10 - - var: TOPMED.VAR:phv00000530.v1.p10 - - var: TOPMED.VAR:phv00000531.v1.p10 - count_connected_nodes: - name: Count Connected Nodes - query: "MATCH (a)-[e]-(b) RETURN count(a), count(b)" - query_by_type: - name: Query by Type - query: "MATCH (a:gene)-[e]-(b) WHERE 'chemical_substance' IN b.category RETURN count(distinct(a)), count(distinct(b))" - smiles_values: - name: Query Chemicals with smiles that look like arrays - query: "Match (a: chemical_substance { simple_smiles: '$var' }) RETURN a.id" - args: - - var: "[Os+6]" - - var: "[SiH2]" - - var: "[CH]" - - var: "[S-2]" - - var: "[Ti+4]" - - var: "[P-3]" - - var: "[Ca+2]" - - var: "[Au+3]" - - var: "[TeH2]" - - var: "[Pb]" - - var: "[B+]" - - var: "[AsH]" - - var: "[O-][I+2]([O-])[O-]" - - var: "[He+]" - - var: "[Mo+6]" - - var: "[N-]=[N+]=[N-]" - - var: "[Ag+]" - - var: "[Zn+2]" - - var: "[C-]#[O+]" \ No newline at end of file From d6a779a9e8c6229511a3b607e318f5c969609da4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Fri, 29 Sep 2023 15:45:31 -0400 Subject: [PATCH 17/40] redis graph is not directly used removing cruft --- dags/roger/core/redis_graph.py | 104 --------------------------------- 1 file changed, 104 deletions(-) delete mode 100644 dags/roger/core/redis_graph.py diff --git a/dags/roger/core/redis_graph.py b/dags/roger/core/redis_graph.py deleted file mode 100644 index c2935cfb..00000000 --- a/dags/roger/core/redis_graph.py +++ /dev/null @@ -1,104 +0,0 @@ -"Graph abstraction layer over redisgraph python module" - -import copy - -import redis -# from redisgraph import Node, Edge, Graph -# https://redis-py.readthedocs.io/en/v4.5.1/redismodules.html#redisgraph-commands -from redis.commands.graph.node import Node -from redis.commands.graph.edge import Edge - -from roger.logger import get_logger - -logger = get_logger () - - -class RedisGraph: - """ Graph abstraction over RedisGraph - - A thin wrapper but provides us some options. - """ - - def __init__(self, host='localhost', port=6379, graph='default', - password=''): - """ Construct a connection to Redis Graph. """ - self.r = redis.Redis(host=host, port=port, password=password) - self.redis_graph = self.r.graph(graph) - - def add_node (self, identifier=None, label=None, properties=None): - """ Add a node with the given label and properties. """ - logger.debug ( - f"--adding node id:{identifier} label:{label} prop:{properties}") - if identifier and properties: - properties['id'] = identifier - node = Node(node_id=identifier, alias=identifier, - label=label, properties=properties) - self.redis_graph.add_node(node) - return node - - def get_edge (self, start, end, predicate=None): - "Get an edge from the graph with the specified start and end ids" - result = None - for edge in self.redis_graph.edges: - if edge.src_node.id == start and edge.dest_node.id == end: - result = edge - break - return result - - def add_edge (self, start, predicate, end, properties={}): - "Add edge with given predicate and properties btw start and end nodes" - logger.debug ( - f"--adding edge start:{start} pred:{predicate} " - f"end:{end} prop:{properties}") - if isinstance(start, str) and isinstance(end, str): - start = Node(node_id = start, label='thing') - end = Node(node_id = end, label='thing') - self.redis_graph.add_node (start) - self.redis_graph.add_node (end) - edge = Edge(start, predicate, end, properties) - self.redis_graph.add_edge (edge) - return edge - - def has_node (self, identifier): - "Does the graph have a node with this ID" - return identifier in self.redis_graph.nodes - - def get_node (self, identifier, properties=None): - "Retrieve the node with the given id" - return self.redis_graph.nodes[identifier] - - def commit (self): - """ Commit modifications to the graph. """ - self.redis_graph.commit() - - def query (self, query): - """ Query and return result set. """ - result = self.redis_graph.query(query) - print(result) - return result - - def delete (self): - """ Delete the named graph. """ - self.redis_graph.delete() - -def test (): - rg = RedisGraph () - p = { 'a' : 4, - 'b' : 'c', - 'x' : 0 } - last = None - for x in range(0, 10000): - p['x'] = x + 1 - node = rg.add_node ( - label='yeah', - properties=copy.deepcopy (p)) - if last is not None: - rg.add_edge (node, 'link', last) - last = node - rg.commit () - rg.query ("MATCH (obj:yeah)-[:link]->(j:yeah) RETURN obj.a, obj.b, obj.x") - rg.query ("MATCH (a) RETURN a") - rg.delete () - -# rg.query ("""MATCH (a { id : 'chemical_substance' }) RETURN a""") -#test () From 1df8ed5ee21633bb5dbfefae7366e021ce7a5ba2 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Fri, 29 Sep 2023 15:46:57 -0400 Subject: [PATCH 18/40] remove print statement --- dags/utils/s3_utils.py | 1 - 1 file changed, 1 deletion(-) diff --git a/dags/utils/s3_utils.py b/dags/utils/s3_utils.py index 8383b9d3..f0f7277b 100644 --- a/dags/utils/s3_utils.py +++ b/dags/utils/s3_utils.py @@ -30,7 +30,6 @@ def connect( yield bucket def get(self, remote_file_name: str, local_file_name: str): - print(remote_file_name) with self.connect() as bucket: bucket.download_file(remote_file_name, local_file_name) From e608fa19d2a1f031310801231c83a5f0ee2e3333 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Fri, 29 Sep 2023 15:47:47 -0400 Subject: [PATCH 19/40] remove logging files --- bin/dug_annotate/anno_fails.txt | 7008 -- bin/dug_annotate/norm_fails.txt | 101827 ----------------------------- 2 files changed, 108835 deletions(-) delete mode 100644 bin/dug_annotate/anno_fails.txt delete mode 100644 bin/dug_annotate/norm_fails.txt diff --git a/bin/dug_annotate/anno_fails.txt b/bin/dug_annotate/anno_fails.txt deleted file mode 100644 index 70ea5eb1..00000000 --- a/bin/dug_annotate/anno_fails.txt +++ /dev/null @@ -1,7008 +0,0 @@ -race of participant -age at baseline -baseline bmi -baseline bmiz -home exposure to smoke prior to trial enrollment -in utero smoke: mother smoked when pregnant with participant -baseline fev1 -baseline fvc -baseline total ige -baseline log10 ige -one or more skintest positive at baseline -race of participant -race of participant -home exposure to smoke prior to trial enrollment -in utero smoke. mother smoked when pregnant with participant. -one or more skintest positive at baseline -baseline bmiz -baseline fev1 -baseline fvc -baseline log10 ige -baseline bmi -baseline total ige -race of participant -bmi at follow-up -bmiz at follow-up -change in pre-fev1 between baseline and follow-up. calculation is 100*(follow-up prefev - baseline prefev)/baseline prefev -fev1 at follow-up -fvc at follow-up -post-fev1 at follow-up -post-fvc at follow-up -maximum fev1 (following 4, 6, or 8 puffs of albuterol) at follow-up -total ige at follow-up -log10 ige at follow-up -one or more skintest positive at follow-up -race of participant -baseline bmi (kg/m^2) -baseline bmiz -home exposure to smoke prior to trial enrollment -in utero smoke. mother smoked when pregnant with participant. -baseline fev1 -baseline fvc -baseline total ige (ng/ml) -baseline log10 ige -one or more skintest positive at baseline -race of participant -bmi at follow-up (kg/m^2) -bmiz at follow-up -change in pre-fev1 between baseline and follow-up. calculation is 100*(follow-up prefev - baseline prefev)/baseline prefev -fev1 at follow-up -fvc at follow-up -maximum fev1 (following 4, 6, or 8 puffs of albuterol) at follow-up -total ige (ng/ml) at follow-up -log10 ige at follow-up -one or more skintest positive at follow-up -deidentified sample id -deidentified mother id -deidentified father id -sample id -sample use -go sub-study (lunggo) -study cohort (sarp) -race of participant -age of participant at baseline -current smoker at baseline -de-identified sample id -subjid -sample id -sample use -race of participant -lone af or not -sample id -age at enrollment (censored at 85 yrs of age) -sex of participant -de-identified sample id -age at enrollment (censored at 85 yrs of age) -sex of participant -de-identified sample id -'coriell' for hapmap samples, blank otherwise -sample id -study id -sample use -id for dbgap -age -7-level re-classification of hispanic/latino background -bmi (kg/m2) -cigarette pack years -cigarette use (1-never,2=former,3=current) -qtc calculated (ecga12) -major7b; complete (third degree) a-v block (ecga273) -major9; pacemaker (ecga277) -adjusted years smoked -fev1_fvc (%) -% blasts (laba19) -% hematocrit (laba4) -differential parameter (dtyp) comments (laba98) -antianginals -antiarrhythmics -antihypertensives -antiplatelets -chemotherapy -contraceptives -lhrh/gnrh only -metformins -oral/inhalantable glucocorticorsteroids -pulmonary medication -currently pregnant (mhea33) -where mother born (piea11) -where maternal grandmother born (piea12) -where maternal grandfather born (piea13) -where father born (piea14) -where paternal grandmother born (piea15) -where paternal grandfather born (piea16) -bachelor's (piea21d) -master's (piea21e) -professional (piea21f) -doctorate (piea21g) -country/territory born (piea4) -fvc (ml) (prba25) -fev1 (ml) (prba29) -primary sampling unit id -apnea/hypopnea index (3% desat) (slpa54) -mean spo2 (slpa92) -valid spirometry studies (pre) -years lived in us -hip girth (cm) (anta10b) -born in mainland us (50 states + dc) -hdl-cholesterol (mg/dl) (laba68) -ldl-cholesterol (mg/dl) (laba69) -2-level immigrant generation -airflow limitation (pre fev1/fvc<70 only) -low hdl or fibares nicoacid med use -ferritin (ug/l) (laba103) -wheezing/whistling in past 12 months (rsea13) -wake up from cough/short breath (rsea18) -fat (%) (anta5) -day last ate/drank anything (bioa7) -de-identified sample id -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -sample id -sex of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -de-identified sample id -sample id -sample use -de-identified sample id -race of participant -pregnant -sample id -sample use -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -sample id -sex of participant -age at baseline study -de-identified sample id -sex -twin id -individual has unidentified second degree relationship with at least one other pedigree that is not represented in pedigree information given. -sample id -de-identified sample id -father id -mother id -sex -unannotated_deg2 -sample id -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -topmed_phase -sex -sample id -race of participant -bmi -sample id -sample id -de-identified sample id -sample id -sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -lvef by echo (closet to enrollment) -data sharing consent -sex -sample_id -sample use -age at recruitment -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -age at af diagnosis -race of participant -ecg - pr interval -ecg - qrs interval -ecg - qt interval -sample id -de-identified sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -lvef by echo (closest to enrollment) -sex -sample id -de-identified sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -apo a1 -apo b -crp(denka) -hba1c -lp(a) -exercise -principal component 1 -principal component 2 -principal component 3 -principal component 4 -principal component 5 -principal component 6 -principal component 7 -principal component 8 -principal component 9 -principal component 10 -sample id -sample id -sex -sample id -sex of participant -phadiatop measurements in pau/l -steroid/prednisone pills (current use according to health questionnaire) -relief from steroid/prednisone pills -cromolyn inhalers (current use according to health questionnaire) -relief from cromolyn inhalers -fev1/fvc (pre-bronchodilator) -answer to "are you smoking now?" -answer to "at what age did you stop smoking?" -answer to "did your mother smoke when you were a baby?" -answer to "did your father smoke when you were a baby?" -de-identified sample id -sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -de-identified sample id -sex -de-identified sample id -md5sum of file -de-identified sample id -sample id -final interpretation -age at form completion -pacemaker -pacemaker indication -pacemaker other -pacemaker age -implantable cardioverter defibrillator indication -abnormality -cnv identified -catheterization -age reported -specify -age reported -race -race wht -race blk -race asn -race haw -race oth -country -age -education -education uk -education other -race -race wht -race blk -race asn -race haw -race oth -country -consanguinity -age at form completion -latest exam age -other ear abnormality -tracheal web -other pulmonary abnormality -other hepatic abnormality -hirschsprung's -ureteral abnormalities -other vertebral abnormality -dandy walker -other dermatological abnormality -endocrinologic abnormalities -other hematologic abnormality -alagille -cardiofacial cutaneous -charge -ehlers danlos -ellis van creveld -goldenhar -holt oram -jacobsen -kabuki -marfan -noonan -turner -vater -vacterl -williams -immunologic abnormalities -diagnosis -race -race wht -race blk -race asn -race haw -race oth -country -age -education -education uk -education other -num chrom -sex chrom -sex -sample id -race of participant -age -annual fev1 change between pfts -annual fvc change between pfts -certainty of diagnosis -non-thoracic_involvement -eye involvement -neuro involvement -sample id -de-identified sample id -de-identified sample id -sex -sample id -study identified sex -de-identified sample id -sex -sample id -age at baseline exam -race of participant -de-identified sample id -sex -twin id for monozygotic twins -sample id -de-identified sample id -age -race of participant -current smoking -cigarettes per day -days per week smoke -years since stopped smoking cigarettes -hematocrit -platecrit -prp: reversible aggregation for adp 2 um -prp: reversible aggregation for adp 10 um -interleukin 6 -sample id -de-identified sample id -sample id -sample use -age in years -sex -race -episodes cough/phlegm 3 plus weeks per year -years with more or equal to 1 cough/phlegm episode per year -how many years wheezing/whistling -degree of gas/chem. fumes exposure -now smoke cigarettes (as of 1 month ago) -age stopped smoking cigarettes -smoked any cigarettes in past 24 hours -was mother a cigarette smoker -was father a cigarette smoker -age stopped smoking pipe regularly -do/did you inhale pipe smoke -age stopped smoking cigars -age stopped smoking cigarillos -cigarillos smoked per week overall -cigarillos smoked per week now -do/did you inhale cigarillos smoke -anyone else smoke regularly in home -anyone else smoke regularly in childhood home -last year of school completed -assessor -age in years -sex -race -baseline impedance in ohms -change in impedance in ohms -age in years -sex -race -numeric result -original result unit -baseline value (within binam) -change from baseline (within binam) -log result -log baseline (within binam) -change from baseline log values (w/i binam) -result (bql included) -baseline value (bql included)(w/i binam) -change from baseline (bql included)(w/i binam) -log result (bql included) -log baseline (bql included)(w/i binam) -change from baseline log (bql incl)(w/i binam) -baseline value (across binam) -change from baseline (across binam) -log baseline (across binam) -change from baseline log values (across binam) -baseline value (bql incl)(across binam) -change from baseline (bql incl)(across binam) -log baseline (bql incl)(across binam) -change baseline log (bql incl)(across binam) -age in years -sex -race -original result -original numeric result -original result unit -baseline value -change from baseline -log result -log baseline -change from baseline log values -result (bql included) -baseline value (bql included) -change from baseline (bql included) -log result (bql included) -log baseline (bql included) -log change (bql included) -lower limit of detection -age in years -sex -race -bode index -current cv tx: beta-blocker -current cv tx: glitazone -post-dose fev1 -fev1 reversibility -post-dose fev6 -pre-dose fev1/fvc -post-dose fvc -inspiratory capacity -post-dose ic -impedance (ohms) -mean of r25 and r35 -prognostic index -specific conductance -borg sob assessment - pre -age in years -sex -race -sex -revised who category -nutritionally depleted-steiner -schols category -nutritionally depleted-wouters -who category -age in years -sex -race -age in years -sex -race -assessor -age in years -sex -race -hoff, percentile -age in years -sex -race -age in years -sex -race -felt i was as good as other people -i felt depressed -everything i did was an effort -i felt fearful -i was happy -i talked less than usual -i felt lonely -people were unfriendly -i had crying spells -i felt sad -i felt that people dislike me -evaluation interval -assessor -depressive symptoms category -age in years -sex -race -bode index -current cv tx: beta-blocker -current cv tx: glitazone -post-dose fev1 -fev1 reversibility -post-dose fev6 -pre-dose fev1/fvc -post-dose fvc -inspiratory capacity -post-dose ic -impedance (ohms) -mean of r25 and r35 -prognostic index -specific conductance -borg sob assessment - pre -borg sob assessment code - pre -impedance at freq. of 5hz (kpa/l/sec) -age in years -sex -race -age in years -sex -race -age in years -sex -race -year category -days of observation -age in years -sex -race -i feel listless -evaluation interval -assessor -age in years -sex -race -biological relative -age in years -sex -race -intercept -age in years -sex -race -bode index -fev1 post-bronchodilator (l) -prognostic index -baseline bode index -change in bode index -baseline prognostic index -change in prognostic index -age in years -sex -race -original numeric result -original unit -flag -original numeric result - baseline -original numeric result - change from baseline -age in years -sex -race -age in years -sex -race -modified ats questions -evaluation interval -assessor -age in years -sex -race -ph result -age in years -sex -race -btr grade -mean of r25 and r35 -baseline mean of r25 and r35 -change in mean of r25 and r35 -age in years -race -sex -otsptm4 (cytospin) saved? -age in years -sex -race -post-dose fev1 (l) -percent reversibility fev1 (%) -post-dose fev6 (l) -inspiratory capacity (l) -post-dose ic (l) -post-dose fvc (l) -pre-dose fev/fvc (%) -post-dose fev/fvc (%) -pre-dose fef 25-75% (l) -post-dose fef 25-75% (l) -btr grade -btr post-dose grade -baseline post-dose fef 25-75% (l) -change in post-dose fef 25-75% (l) -baseline pre-dose fef 25-75% (l) -change in pre-dose fef 25-75% (l) -baseline fev1 (l) -change in fev1 (l) -baseline post-dose fev1 (l) -change in post-dose fev1 (l) -baseline fev6 (l) -change in fev6 (l) -baseline post-dose fev6 (l) -change in post-dose fev6 (l) -baseline pre-dose fev/fvc (%) -change in pre-dose fev/fvc (%) -baseline post-dose fvc (l) -change in post-dose fvc (l) -baseline post-dose fev/fvc (%) -change in post-dose fev/fvc (%) -baseline inspiratory capacity (l) -change in inspiratory capacity (l) -baseline post-dose ic (l) -change in post-dose ic (l) -baseline post-dose svc (l) -change in post-dose svc (l) -age in years -sex -race -specific conductance (1/raw) -inspiratory capacity (l) -baseline inspiratory capacity (l) -change in inspiratory capacity (l) -baseline specific conductance (1/raw) -change in specific conductance (1/raw) -age in years -sex -race -actual study day -evaluation interval -age in years -sex -race -age in years -sex -race -pre-test saturation by pulse oximetry -post-test saturation by pulse oximetry -age in years -sex -race -likelihood of success -age in years -age in years -sex -race -age in years -sex -race -any concomitant medications taken? -any asthma/copd exacerbations 12 months? -any asthma/copd exacerbations? -respiratory medications in past 6 hours? -age in years -sex -race -result (bql included) -result (bql included) unit -5th percentile -95th percentile -exceed 95th percentile? -age in years -sex -race -pi 10 -baseline pi 10 -change in pi 10 -age in years -sex -race -fracvol (-950hu) -baseline fracvol (-950hu) -change in fracvol (-950hu) -lowest 15 percentile -baseline lowest 15 percentile -change in lowest 15 percentile -age in years -sex -race -age in years -sex -race -bmi < 21? -de-identified sample id -sex -sample id -lab id -sex -hypergen racial category -hip girth -1st sitting systolic -1st sitting diastolic -1st sitting pulse -2nd sitting systolic -2nd sitting diastolic -2nd sitting pulse -3rd sitting systolic -3rd sitting diastolic -3rd sitting pulse -4th sitting systolic -4th sitting diastolic -4th sitting pulse -5th sitting systolic -5th sitting diastolic -5th sitting pulse -6th sitting systolic -6th sitting diastolic -6th sitting pulse -1st sitting map -2nd sitting map -3rd sitting map -4th sitting map -5th sitting map -6th sitting map -mve/mva -smoke cigarettes now? -age quit smoking -how many cigarettes/day do you smoke? -bypass/angioplasty/balloon/stent -age of bypass/angioplasty/balloon/stent -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -sex -sample id -sex -smoke cigarettes -de-identified sample id -sample id -sample id -sample id -id -hispanic or latino -race - american indian/ alaska native -race - asian -race - other -race - native hawaiian or other pacific islander -de-identified sample id -sex -qc notes -sample id -unique sample id -age -sex -race -de-identified sample id -mesa share participant id -nwdid collaborator sample id -collaborator sample id -sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -lvef by echo (closest to enrollment) -sample id -sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -lvef by echo (closest to enrollment) -sample id -sample id -age at enrollment into sarp -your racial/ethnic background: demographic -nih ethnic category: demographic -any ics use -other cs use: oral or injected -take high-dose ics: screening questionnaire -baseline predrug fev1/fvc -maximum fev1 reversal: spirometry + maxbd -sample id -sample id -medical institution -race of participant -sample id -sample id -self-reported race=white or european american -self-reported race=black or african american -self-reported race=native american -self-reported race=asian or asian american -self-reported race=native alaskan -self-reported race=pacific islander/native hawaiian -self-reported race=indian subcontinent or pakistani -sample id -sample id -de-identified sample id -sample id -sample id -sample id -age at registration -african american -african (both parents born in africa) -caribbean -not otherwise specified -asian -native hawaiian or pacific islander -american indian or alaska native -other -smoking, maximum packs/day -smoking, year stopped -procedure, splenectomy -procedure, cholecystectomy -procedure, hip replacement -tr jet vel (m/s) -ldh -mchc -rbc -bun in si units -hematocrit in si units -hba -hbs -hbc -hbf -sample id -unique sample id -age of patient when sample was collected -race of participant -de-identified sample id -sample id -race of participant -sample id -sample id -race of participant -sample id -sample id -age at enrollment -race of participant -sample id -sample id -race of participant -sample id -sample id -race of participant -sample id -sample id -race of participant -does participant smoke any cigerettes in last month? -sample id -sample id -race of participant -does participant smoke any cigerettes in last month? -sample id -sample id -race of participant -does participant smoke any cigerettes in last month? -sample id -sample id -sex of participant -case or control -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -race of participant -sample id -sample id -sample id -sample id -sex -age -sample id -sample id -sample id -sample id -sample id -sample id -race category of participant -sample id -sample id -sample id -analyte from sample -scanner manufacturer -ct reconstruction kernel -ct not acceptable reason -ct not acceptable specify -other/comments -radiologist diagnosis a primary -specify: icd-9 -specify: icd-9 -specify: icd-9 -specify: icd-9 -age at baseline -race -asian -american indian or alaskan native -native hawaiian or other pacific islander -primary ltrc clinical diagnosis #1 -primary ltrc clinical diagnosis #1 - icd9 code -primary ltrc clinical diagnosis #2 -primary ltrc clinical diagnosis #2 - icd9 code -ltrc clinical diagnosis days since baseline exam at enrollment -cbc not done -wbc result -wbc not done -hgb result -hgb not done -hct result -hct not done -plateles result -chemistry not done -alpha-1 antitrypsin result -alpha-1 antitrypsin not done -lab measurement days since baseline exam at enrollment -cbc collected days since baseline exam at enrollment -differential days since baseline exam at enrollment -chemistry collected days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -interferon in past 30 days -amiodarone years since stopped -amiodarone months since stopped -nitrofurantoin years since stopped -nitrofurantoin months since stopped -chemotherapy years since stopped -chemo stop months since stopped -other medications in past 30 days -other, past 30 days specify -ketaconazole in past 30 days -measurement days since baseline exam at enrollment -scanner manufacturer -ct reconstruction kernel -exposure -kv -ma -former cigarette smoker -current cigarette smoker -years smoked cigarettes -cigarette pack/years -measurement days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -best fev1 -5 min completed -3 min completed -maximum completed -5 min f1o2 -5 min equip deadspace -5 min spo2 -3 min spo2 -maximum spo2 -5 min ve -3 min ve -maximum ve -5 min vt -3 min vt -maximum vt -5 min vo2 -3 min vo2 -maximum vo2 -5 min vco2 -3 min vco2 -maximum vco2 -5 min respiratory -3 min respiratory -maximum respiratory -5 min sys bp -3 min sys bp -maximum sys bp -5 min di bp -3 min di bp -maximum di bp -5 min borg -3 min borg -maximum borg -maximum load -5 min pao2 -3 min pao2 -maximum pao2 -5 min paco2 -3 min paco2 -maximum paco2 -5 min ph -3 min ph -maximum ph -5 min feco2 -3 min feco2 -maximum feco2 -cadence dropped below 40 -other -specify -other -specify -measurement days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -aircraft/aero job -aircraft/aero years -aircraft/aero months -aircraft/aero u/k -auto/truck repair job -auto/truck repair years -auto/truck repair months -auto/truck repare u/k -auto manufacturing job -auto manufacturing years -auto manufacturing months -auto manufacturing u/k -carpentry/woodwork job -carpentry/woodwork years -carpentry/woodwork months -carpentry/woodwork u/k -electrical/electronic job -electrical/electronic yrs -electrical/electronic mon -electrical/electronic u/k -wage laborer job -wage laborer years -wage laborer months -wage laborer u/k -sawmill job -sawmill years -sawmill months -sawmill u/k -pulpmill job -pulpmill years -pulpmill months -pulpmill u/k -hairdress/cosmetic job -hairdress/cosmetic years -hairdress/cosmetic months -hairdress/cosmetic u/k -mining job -mining years -mining months -mining u/k -dental job -dental years -dental months -dental u/k -plastic manufacture job -plastic manufacture years -plastic manufacture month -plastic manufacture u/k -resins polyurethane job -resins polyurethane years -resin polyurethane month -resins polyurethane u/k -pottery/ceramic job -pottery/ceramic years -potter/ceramic months -pottery/ceramic u/k -quarry job -quarry years -quarry months -quarry u/k -sandblasting job -sandblasting years -sandblasting months -sandblasting u/k -stone cut/polish job -stone cut/polish years -stone cut/polish job month -stone cut/polish u/k -veterinarian job -veterinarian years -veterinarian months -veterinarian u/k -welding job -welding years -welding months -welding u/k -rubber factory job -rubber factory years -rubber factory months -rubber factory u/k -pet store job -pet store years -pet store months -pet store u/k -measurement days since baseline exam at enrollment -in general, would you say your health is -measurement days since baseline exam at enrollment -not done -not done -units -o2 saturation at termination -not done -not done -specify -measurement days since baseline exam at enrollment -i become exhausted easily -i panic or get afraid when i cannot catch my breath -i feel that i am not in control of my lung/respiratory problem -i do not expect my lung/respiratory problem to get any better -exercise is not safe for me -everything seems too much of an effort -lung/respiratory medication -my lung/respiratory medication does not help me very much -i get embarrassed using my lung/respiratory medication in public -i cannot go out for entertainment or recreation -i cannot go out of house to do grocery shopping -measurement days since baseline exam at enrollment -days elapsed relative to measure_date on subject_demographics -most days or nights? -how old were you when you had your first attack? -sample id -racial category of participant -avascular necrosis/osteonecrosis_hip -avascular necrosis/osteonecrosis_shoulder -painful erections -splenectomy surgery -sample id -sample id -sample id -sample id -race of participant -bmi -sample id -sample id -race of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -race of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -race of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -race of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -race of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -sample id -Participant age at enrollment or age at which data or biosamples were collected -Adjusted LDL (mg/dl) -Ldl (mg/dL) -LDL -LDL-cholesterol (mg/dL) (LABA69) -BL1LDL -LDL -UNADJUSTED CALCULATED LDL (mg/dl) -Adjusted LDL (mg/dl) -UNADJUSTED CALCULATED LDL (mg/dl) -Adjusted LDL (mg/dl) -CALCULATED LDL (mg/dl) -Adjusted LDL (mg/dl) -Ldl - original value -HDL (mg/dl) -Hdl (mg/dL) -HDL CHOLESTROL -HDL-cholesterol (mg/dL) (LABA68) -BL1HDL -HDL CHOLESTROL (mg/dl) -HDL CHOLESTROL (mg/dl) -HDL (mg/dl) -HDL (mg/dl) -HDL (mg/dl) -Hdl - original value -BL1NTRIG -BL1CHOL -CHOL44 ADJUSTED FOR DRIFT (mg/dl) -1st systolic bp -2nd systolic bp -Mean systolic - two readings -AVE ZERO MUD SYSTOL (mm Hg) -13: Systolic (first BP) -16: Systolic (second BP) -9a: Sphygmomanometer (SBP) -10a: Sphygmomanometer (SBP) -11a: Sphygmomanometer (SBP) -12a: Sphygmomanometer (SBP) -13a: Sphygmomanometer (SBP) -14a: Sphygmomanometer (mean accepted SBP) -RZ1 SBP -FIRST CORRECTED SBP (A02R1S - A02RZ1S) -RZ2 SBP -SECOND CORRECTED SBP (A02R2S - A02RZ2S) -RZ3 SBP -THIRD CORRECTED SBP (A02R3S - A02RZ3S) -RZ1 SBP. Q 12 -FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 -RZ2 SBP. Q 15 -SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 -RZ3 SBP. Q 18 -THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 -SECOND & THIRD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_D). Q 20 -RZ1 SBP. Q 12 -FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 -RZ2 SBP. Q 15 -SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 -RZ3 SBP. Q 18 -THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 -2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_D). Q 20 -RZ1 SBP. Q 12 -FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 -RZ2 SBP. Q 15 -SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 -RZ3 SBP. Q 18 -THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 -2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_D). Q 20 -RZ1 SBP. Q 12 -FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 -RZ2 SBP. Q 15 -SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 -RZ3 SBP. Q 18 -THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 -2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_S). Q 20 -RZ1 SBP. Q 12 -FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 -RZ2 SBP. Q 15 -SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 -RZ3 SBP. Q 18 -THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 -2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_S). Q 20 -Systolic BP -SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -AVE SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -AVE ZERO MUDDLER SYSTOLIC BP (mm Hg) -AVE ZERO MUDDLER SYSTOLIC BP (mm Hg) -SUPINE SBP -BP-SYSTOLIC - NURSE -SYSTOLIC-RESTING, SIT -Palpated Systolic BP -5: Doppler systolic BP (mm Hg) -7: First brachial Doppler BP (mm Hg) -12: Second brachial BP (mm Hg) -Mean Systolic BP -BP: 10 PM - Systolic 1 -BP: 10 PM - Systolic 2 -BP: 10 PM - Systolic 3 -BP: 7 AM - Systolic 1 -BP: 7 AM - Systolic 2 -BP: 7 AM - Systolic 3 -BP: 10 AM - Systolic 1 -BP: 10 AM - Systolic 2 -BP: 10 AM - Systolic 3 -BP: 10 PM Systolic -BP: 7 AM Systolic -BP: 10 AM Systolic -PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #4 -PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #3 -PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #2 -PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #1 -1st diastolic bp -2nd diastolic bp -Mean diastolic - two readings -AVE ZERO MUD DIASTOL-adj (mm Hg) -14: Diastolic (first BP) -17: Diastolic (second BP) -9b: Sphygmomanometer (DBP) -10b: Sphygmomanometer (DBP) -11b: Sphygmomanometer (DBP) -12b: Sphygmomanometer (DBP) -13b: Sphygmomanometer (DBP) -14b: Sphygmomanometer (mean accepted DBP) -DIASTOLIC-RESTING, SIT -BP-DIASTOLIC- NURSE -race of participant -age at baseline -baseline bmi -baseline bmiz -home exposure to smoke prior to trial enrollment -in utero smoke: mother smoked when pregnant with participant -baseline fev1 -baseline fvc -baseline total ige -baseline log10 ige -one or more skintest positive at baseline -race of participant -race of participant -home exposure to smoke prior to trial enrollment -in utero smoke. mother smoked when pregnant with participant. -one or more skintest positive at baseline -baseline bmiz -baseline fev1 -baseline fvc -baseline log10 ige -baseline bmi -baseline total ige -race of participant -bmi at follow-up -bmiz at follow-up -change in pre-fev1 between baseline and follow-up. calculation is 100*(follow-up prefev - baseline prefev)/baseline prefev -fev1 at follow-up -fvc at follow-up -post-fev1 at follow-up -post-fvc at follow-up -maximum fev1 (following 4, 6, or 8 puffs of albuterol) at follow-up -total ige at follow-up -log10 ige at follow-up -one or more skintest positive at follow-up -race of participant -baseline bmi (kg/m^2) -baseline bmiz -home exposure to smoke prior to trial enrollment -in utero smoke. mother smoked when pregnant with participant. -baseline fev1 -baseline fvc -baseline total ige (ng/ml) -baseline log10 ige -one or more skintest positive at baseline -race of participant -bmi at follow-up (kg/m^2) -bmiz at follow-up -change in pre-fev1 between baseline and follow-up. calculation is 100*(follow-up prefev - baseline prefev)/baseline prefev -fev1 at follow-up -fvc at follow-up -maximum fev1 (following 4, 6, or 8 puffs of albuterol) at follow-up -total ige (ng/ml) at follow-up -log10 ige at follow-up -one or more skintest positive at follow-up -deidentified sample id -deidentified mother id -deidentified father id -sample id -sample use -go sub-study (lunggo) -study cohort (sarp) -race of participant -age of participant at baseline -current smoker at baseline -de-identified sample id -subjid -sample id -sample use -race of participant -lone af or not -sample id -age at enrollment (censored at 85 yrs of age) -sex of participant -de-identified sample id -age at enrollment (censored at 85 yrs of age) -sex of participant -de-identified sample id -'coriell' for hapmap samples, blank otherwise -sample id -study id -sample use -id for dbgap -age -7-level re-classification of hispanic/latino background -bmi (kg/m2) -cigarette pack years -cigarette use (1-never,2=former,3=current) -qtc calculated (ecga12) -major7b; complete (third degree) a-v block (ecga273) -major9; pacemaker (ecga277) -adjusted years smoked -fev1_fvc (%) -% blasts (laba19) -% hematocrit (laba4) -differential parameter (dtyp) comments (laba98) -antianginals -antiarrhythmics -antihypertensives -antiplatelets -chemotherapy -contraceptives -lhrh/gnrh only -metformins -oral/inhalantable glucocorticorsteroids -pulmonary medication -currently pregnant (mhea33) -where mother born (piea11) -where maternal grandmother born (piea12) -where maternal grandfather born (piea13) -where father born (piea14) -where paternal grandmother born (piea15) -where paternal grandfather born (piea16) -bachelor's (piea21d) -master's (piea21e) -professional (piea21f) -doctorate (piea21g) -country/territory born (piea4) -fvc (ml) (prba25) -fev1 (ml) (prba29) -primary sampling unit id -apnea/hypopnea index (3% desat) (slpa54) -mean spo2 (slpa92) -valid spirometry studies (pre) -years lived in us -hip girth (cm) (anta10b) -born in mainland us (50 states + dc) -hdl-cholesterol (mg/dl) (laba68) -ldl-cholesterol (mg/dl) (laba69) -2-level immigrant generation -airflow limitation (pre fev1/fvc<70 only) -low hdl or fibares nicoacid med use -ferritin (ug/l) (laba103) -wheezing/whistling in past 12 months (rsea13) -wake up from cough/short breath (rsea18) -fat (%) (anta5) -day last ate/drank anything (bioa7) -de-identified sample id -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -sample id -sex of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -de-identified sample id -sample id -sample use -de-identified sample id -race of participant -pregnant -sample id -sample use -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -sample id -sex of participant -age at baseline study -de-identified sample id -sex -twin id -individual has unidentified second degree relationship with at least one other pedigree that is not represented in pedigree information given. -sample id -de-identified sample id -father id -mother id -sex -unannotated_deg2 -sample id -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -topmed_phase -sex -sample id -race of participant -bmi -sample id -sample id -de-identified sample id -sample id -sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -lvef by echo (closet to enrollment) -data sharing consent -sex -sample_id -sample use -age at recruitment -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -age at af diagnosis -race of participant -ecg - pr interval -ecg - qrs interval -ecg - qt interval -sample id -de-identified sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -lvef by echo (closest to enrollment) -sex -sample id -de-identified sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -apo a1 -apo b -crp(denka) -hba1c -lp(a) -exercise -principal component 1 -principal component 2 -principal component 3 -principal component 4 -principal component 5 -principal component 6 -principal component 7 -principal component 8 -principal component 9 -principal component 10 -sample id -sample id -sex -sample id -sex of participant -phadiatop measurements in pau/l -steroid/prednisone pills (current use according to health questionnaire) -relief from steroid/prednisone pills -cromolyn inhalers (current use according to health questionnaire) -relief from cromolyn inhalers -fev1/fvc (pre-bronchodilator) -answer to "are you smoking now?" -answer to "at what age did you stop smoking?" -answer to "did your mother smoke when you were a baby?" -answer to "did your father smoke when you were a baby?" -de-identified sample id -sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -de-identified sample id -sex -de-identified sample id -md5sum of file -de-identified sample id -sample id -final interpretation -age at form completion -pacemaker -pacemaker indication -pacemaker other -pacemaker age -implantable cardioverter defibrillator indication -abnormality -cnv identified -catheterization -age reported -specify -age reported -race -race wht -race blk -race asn -race haw -race oth -country -age -education -education uk -education other -race -race wht -race blk -race asn -race haw -race oth -country -consanguinity -age at form completion -latest exam age -other ear abnormality -tracheal web -other pulmonary abnormality -other hepatic abnormality -hirschsprung's -ureteral abnormalities -other vertebral abnormality -dandy walker -other dermatological abnormality -endocrinologic abnormalities -other hematologic abnormality -alagille -cardiofacial cutaneous -charge -ehlers danlos -ellis van creveld -goldenhar -holt oram -jacobsen -kabuki -marfan -noonan -turner -vater -vacterl -williams -immunologic abnormalities -diagnosis -race -race wht -race blk -race asn -race haw -race oth -country -age -education -education uk -education other -num chrom -sex chrom -sex -sample id -race of participant -age -annual fev1 change between pfts -annual fvc change between pfts -certainty of diagnosis -non-thoracic_involvement -eye involvement -neuro involvement -sample id -de-identified sample id -de-identified sample id -sex -sample id -study identified sex -de-identified sample id -sex -sample id -age at baseline exam -race of participant -de-identified sample id -sex -twin id for monozygotic twins -sample id -de-identified sample id -age -race of participant -current smoking -cigarettes per day -days per week smoke -years since stopped smoking cigarettes -hematocrit -platecrit -prp: reversible aggregation for adp 2 um -prp: reversible aggregation for adp 10 um -interleukin 6 -sample id -de-identified sample id -sample id -sample use -age in years -sex -race -episodes cough/phlegm 3 plus weeks per year -years with more or equal to 1 cough/phlegm episode per year -how many years wheezing/whistling -degree of gas/chem. fumes exposure -now smoke cigarettes (as of 1 month ago) -age stopped smoking cigarettes -smoked any cigarettes in past 24 hours -was mother a cigarette smoker -was father a cigarette smoker -age stopped smoking pipe regularly -do/did you inhale pipe smoke -age stopped smoking cigars -age stopped smoking cigarillos -cigarillos smoked per week overall -cigarillos smoked per week now -do/did you inhale cigarillos smoke -anyone else smoke regularly in home -anyone else smoke regularly in childhood home -last year of school completed -assessor -age in years -sex -race -baseline impedance in ohms -change in impedance in ohms -age in years -sex -race -numeric result -original result unit -baseline value (within binam) -change from baseline (within binam) -log result -log baseline (within binam) -change from baseline log values (w/i binam) -result (bql included) -baseline value (bql included)(w/i binam) -change from baseline (bql included)(w/i binam) -log result (bql included) -log baseline (bql included)(w/i binam) -change from baseline log (bql incl)(w/i binam) -baseline value (across binam) -change from baseline (across binam) -log baseline (across binam) -change from baseline log values (across binam) -baseline value (bql incl)(across binam) -change from baseline (bql incl)(across binam) -log baseline (bql incl)(across binam) -change baseline log (bql incl)(across binam) -age in years -sex -race -original result -original numeric result -original result unit -baseline value -change from baseline -log result -log baseline -change from baseline log values -result (bql included) -baseline value (bql included) -change from baseline (bql included) -log result (bql included) -log baseline (bql included) -log change (bql included) -lower limit of detection -age in years -sex -race -bode index -current cv tx: beta-blocker -current cv tx: glitazone -post-dose fev1 -fev1 reversibility -post-dose fev6 -pre-dose fev1/fvc -post-dose fvc -inspiratory capacity -post-dose ic -impedance (ohms) -mean of r25 and r35 -prognostic index -specific conductance -borg sob assessment - pre -age in years -sex -race -sex -revised who category -nutritionally depleted-steiner -schols category -nutritionally depleted-wouters -who category -age in years -sex -race -age in years -sex -race -assessor -age in years -sex -race -hoff, percentile -age in years -sex -race -age in years -sex -race -felt i was as good as other people -i felt depressed -everything i did was an effort -i felt fearful -i was happy -i talked less than usual -i felt lonely -people were unfriendly -i had crying spells -i felt sad -i felt that people dislike me -evaluation interval -assessor -depressive symptoms category -age in years -sex -race -bode index -current cv tx: beta-blocker -current cv tx: glitazone -post-dose fev1 -fev1 reversibility -post-dose fev6 -pre-dose fev1/fvc -post-dose fvc -inspiratory capacity -post-dose ic -impedance (ohms) -mean of r25 and r35 -prognostic index -specific conductance -borg sob assessment - pre -borg sob assessment code - pre -impedance at freq. of 5hz (kpa/l/sec) -age in years -sex -race -age in years -sex -race -age in years -sex -race -year category -days of observation -age in years -sex -race -i feel listless -evaluation interval -assessor -age in years -sex -race -biological relative -age in years -sex -race -intercept -age in years -sex -race -bode index -fev1 post-bronchodilator (l) -prognostic index -baseline bode index -change in bode index -baseline prognostic index -change in prognostic index -age in years -sex -race -original numeric result -original unit -flag -original numeric result - baseline -original numeric result - change from baseline -age in years -sex -race -age in years -sex -race -modified ats questions -evaluation interval -assessor -age in years -sex -race -ph result -age in years -sex -race -btr grade -mean of r25 and r35 -baseline mean of r25 and r35 -change in mean of r25 and r35 -age in years -race -sex -otsptm4 (cytospin) saved? -age in years -sex -race -post-dose fev1 (l) -percent reversibility fev1 (%) -post-dose fev6 (l) -inspiratory capacity (l) -post-dose ic (l) -post-dose fvc (l) -pre-dose fev/fvc (%) -post-dose fev/fvc (%) -pre-dose fef 25-75% (l) -post-dose fef 25-75% (l) -btr grade -btr post-dose grade -baseline post-dose fef 25-75% (l) -change in post-dose fef 25-75% (l) -baseline pre-dose fef 25-75% (l) -change in pre-dose fef 25-75% (l) -baseline fev1 (l) -change in fev1 (l) -baseline post-dose fev1 (l) -change in post-dose fev1 (l) -baseline fev6 (l) -change in fev6 (l) -baseline post-dose fev6 (l) -change in post-dose fev6 (l) -baseline pre-dose fev/fvc (%) -change in pre-dose fev/fvc (%) -baseline post-dose fvc (l) -change in post-dose fvc (l) -baseline post-dose fev/fvc (%) -change in post-dose fev/fvc (%) -baseline inspiratory capacity (l) -change in inspiratory capacity (l) -baseline post-dose ic (l) -change in post-dose ic (l) -baseline post-dose svc (l) -change in post-dose svc (l) -age in years -sex -race -specific conductance (1/raw) -inspiratory capacity (l) -baseline inspiratory capacity (l) -change in inspiratory capacity (l) -baseline specific conductance (1/raw) -change in specific conductance (1/raw) -age in years -sex -race -actual study day -evaluation interval -age in years -sex -race -age in years -sex -race -pre-test saturation by pulse oximetry -post-test saturation by pulse oximetry -age in years -sex -race -likelihood of success -age in years -age in years -sex -race -age in years -sex -race -any concomitant medications taken? -any asthma/copd exacerbations 12 months? -any asthma/copd exacerbations? -respiratory medications in past 6 hours? -age in years -sex -race -result (bql included) -result (bql included) unit -5th percentile -95th percentile -exceed 95th percentile? -age in years -sex -race -pi 10 -baseline pi 10 -change in pi 10 -age in years -sex -race -fracvol (-950hu) -baseline fracvol (-950hu) -change in fracvol (-950hu) -lowest 15 percentile -baseline lowest 15 percentile -change in lowest 15 percentile -age in years -sex -race -age in years -sex -race -bmi < 21? -de-identified sample id -sex -sample id -lab id -sex -hypergen racial category -hip girth -1st sitting systolic -1st sitting diastolic -1st sitting pulse -2nd sitting systolic -2nd sitting diastolic -2nd sitting pulse -3rd sitting systolic -3rd sitting diastolic -3rd sitting pulse -4th sitting systolic -4th sitting diastolic -4th sitting pulse -5th sitting systolic -5th sitting diastolic -5th sitting pulse -6th sitting systolic -6th sitting diastolic -6th sitting pulse -1st sitting map -2nd sitting map -3rd sitting map -4th sitting map -5th sitting map -6th sitting map -mve/mva -smoke cigarettes now? -age quit smoking -how many cigarettes/day do you smoke? -bypass/angioplasty/balloon/stent -age of bypass/angioplasty/balloon/stent -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -sex -sample id -sex -smoke cigarettes -de-identified sample id -sample id -sample id -sample id -id -hispanic or latino -race - american indian/ alaska native -race - asian -race - other -race - native hawaiian or other pacific islander -de-identified sample id -sex -qc notes -sample id -unique sample id -age -sex -race -de-identified sample id -mesa share participant id -nwdid collaborator sample id -collaborator sample id -sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -lvef by echo (closest to enrollment) -sample id -sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -lvef by echo (closest to enrollment) -sample id -sample id -age at enrollment into sarp -your racial/ethnic background: demographic -nih ethnic category: demographic -any ics use -other cs use: oral or injected -take high-dose ics: screening questionnaire -baseline predrug fev1/fvc -maximum fev1 reversal: spirometry + maxbd -sample id -sample id -medical institution -race of participant -sample id -sample id -self-reported race=white or european american -self-reported race=black or african american -self-reported race=native american -self-reported race=asian or asian american -self-reported race=native alaskan -self-reported race=pacific islander/native hawaiian -self-reported race=indian subcontinent or pakistani -sample id -sample id -de-identified sample id -sample id -sample id -sample id -age at registration -african american -african (both parents born in africa) -caribbean -not otherwise specified -asian -native hawaiian or pacific islander -american indian or alaska native -other -smoking, maximum packs/day -smoking, year stopped -procedure, splenectomy -procedure, cholecystectomy -procedure, hip replacement -tr jet vel (m/s) -ldh -mchc -rbc -bun in si units -hematocrit in si units -hba -hbs -hbc -hbf -sample id -unique sample id -age of patient when sample was collected -race of participant -de-identified sample id -sample id -race of participant -sample id -sample id -race of participant -sample id -sample id -age at enrollment -race of participant -sample id -sample id -race of participant -sample id -sample id -race of participant -sample id -sample id -race of participant -does participant smoke any cigerettes in last month? -sample id -sample id -race of participant -does participant smoke any cigerettes in last month? -sample id -sample id -race of participant -does participant smoke any cigerettes in last month? -sample id -sample id -sex of participant -case or control -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -race of participant -sample id -sample id -sample id -sample id -sex -age -sample id -sample id -sample id -sample id -sample id -sample id -race category of participant -sample id -sample id -sample id -analyte from sample -scanner manufacturer -ct reconstruction kernel -ct not acceptable reason -ct not acceptable specify -other/comments -radiologist diagnosis a primary -specify: icd-9 -specify: icd-9 -specify: icd-9 -specify: icd-9 -age at baseline -race -asian -american indian or alaskan native -native hawaiian or other pacific islander -primary ltrc clinical diagnosis #1 -primary ltrc clinical diagnosis #1 - icd9 code -primary ltrc clinical diagnosis #2 -primary ltrc clinical diagnosis #2 - icd9 code -ltrc clinical diagnosis days since baseline exam at enrollment -cbc not done -wbc result -wbc not done -hgb result -hgb not done -hct result -hct not done -plateles result -chemistry not done -alpha-1 antitrypsin result -alpha-1 antitrypsin not done -lab measurement days since baseline exam at enrollment -cbc collected days since baseline exam at enrollment -differential days since baseline exam at enrollment -chemistry collected days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -interferon in past 30 days -amiodarone years since stopped -amiodarone months since stopped -nitrofurantoin years since stopped -nitrofurantoin months since stopped -chemotherapy years since stopped -chemo stop months since stopped -other medications in past 30 days -other, past 30 days specify -ketaconazole in past 30 days -measurement days since baseline exam at enrollment -scanner manufacturer -ct reconstruction kernel -exposure -kv -ma -former cigarette smoker -current cigarette smoker -years smoked cigarettes -cigarette pack/years -measurement days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -best fev1 -5 min completed -3 min completed -maximum completed -5 min f1o2 -5 min equip deadspace -5 min spo2 -3 min spo2 -maximum spo2 -5 min ve -3 min ve -maximum ve -5 min vt -3 min vt -maximum vt -5 min vo2 -3 min vo2 -maximum vo2 -5 min vco2 -3 min vco2 -maximum vco2 -5 min respiratory -3 min respiratory -maximum respiratory -5 min sys bp -3 min sys bp -maximum sys bp -5 min di bp -3 min di bp -maximum di bp -5 min borg -3 min borg -maximum borg -maximum load -5 min pao2 -3 min pao2 -maximum pao2 -5 min paco2 -3 min paco2 -maximum paco2 -5 min ph -3 min ph -maximum ph -5 min feco2 -3 min feco2 -maximum feco2 -cadence dropped below 40 -other -specify -other -specify -measurement days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -aircraft/aero job -aircraft/aero years -aircraft/aero months -aircraft/aero u/k -auto/truck repair job -auto/truck repair years -auto/truck repair months -auto/truck repare u/k -auto manufacturing job -auto manufacturing years -auto manufacturing months -auto manufacturing u/k -carpentry/woodwork job -carpentry/woodwork years -carpentry/woodwork months -carpentry/woodwork u/k -electrical/electronic job -electrical/electronic yrs -electrical/electronic mon -electrical/electronic u/k -wage laborer job -wage laborer years -wage laborer months -wage laborer u/k -sawmill job -sawmill years -sawmill months -sawmill u/k -pulpmill job -pulpmill years -pulpmill months -pulpmill u/k -hairdress/cosmetic job -hairdress/cosmetic years -hairdress/cosmetic months -hairdress/cosmetic u/k -mining job -mining years -mining months -mining u/k -dental job -dental years -dental months -dental u/k -plastic manufacture job -plastic manufacture years -plastic manufacture month -plastic manufacture u/k -resins polyurethane job -resins polyurethane years -resin polyurethane month -resins polyurethane u/k -pottery/ceramic job -pottery/ceramic years -potter/ceramic months -pottery/ceramic u/k -quarry job -quarry years -quarry months -quarry u/k -sandblasting job -sandblasting years -sandblasting months -sandblasting u/k -stone cut/polish job -stone cut/polish years -stone cut/polish job month -stone cut/polish u/k -veterinarian job -veterinarian years -veterinarian months -veterinarian u/k -welding job -welding years -welding months -welding u/k -rubber factory job -rubber factory years -rubber factory months -rubber factory u/k -pet store job -pet store years -pet store months -pet store u/k -measurement days since baseline exam at enrollment -in general, would you say your health is -measurement days since baseline exam at enrollment -not done -not done -units -o2 saturation at termination -not done -not done -specify -measurement days since baseline exam at enrollment -i become exhausted easily -i panic or get afraid when i cannot catch my breath -i feel that i am not in control of my lung/respiratory problem -i do not expect my lung/respiratory problem to get any better -exercise is not safe for me -everything seems too much of an effort -lung/respiratory medication -my lung/respiratory medication does not help me very much -i get embarrassed using my lung/respiratory medication in public -i cannot go out for entertainment or recreation -i cannot go out of house to do grocery shopping -measurement days since baseline exam at enrollment -days elapsed relative to measure_date on subject_demographics -most days or nights? -how old were you when you had your first attack? -sample id -racial category of participant -avascular necrosis/osteonecrosis_hip -avascular necrosis/osteonecrosis_shoulder -painful erections -splenectomy surgery -sample id -sample id -sample id -sample id -race of participant -bmi -sample id -sample id -race of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -race of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -race of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -race of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -race of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -sample id -Participant age at enrollment or age at which data or biosamples were collected -Adjusted LDL (mg/dl) -Ldl (mg/dL) -LDL -LDL-cholesterol (mg/dL) (LABA69) -BL1LDL -LDL -UNADJUSTED CALCULATED LDL (mg/dl) -Adjusted LDL (mg/dl) -UNADJUSTED CALCULATED LDL (mg/dl) -Adjusted LDL (mg/dl) -CALCULATED LDL (mg/dl) -Adjusted LDL (mg/dl) -Ldl - original value -HDL (mg/dl) -Hdl (mg/dL) -HDL CHOLESTROL -HDL-cholesterol (mg/dL) (LABA68) -BL1HDL -HDL CHOLESTROL (mg/dl) -HDL CHOLESTROL (mg/dl) -HDL (mg/dl) -HDL (mg/dl) -HDL (mg/dl) -Hdl - original value -BL1NTRIG -BL1CHOL -CHOL44 ADJUSTED FOR DRIFT (mg/dl) -1st systolic bp -2nd systolic bp -Mean systolic - two readings -AVE ZERO MUD SYSTOL (mm Hg) -13: Systolic (first BP) -16: Systolic (second BP) -9a: Sphygmomanometer (SBP) -10a: Sphygmomanometer (SBP) -11a: Sphygmomanometer (SBP) -12a: Sphygmomanometer (SBP) -13a: Sphygmomanometer (SBP) -14a: Sphygmomanometer (mean accepted SBP) -RZ1 SBP -FIRST CORRECTED SBP (A02R1S - A02RZ1S) -RZ2 SBP -SECOND CORRECTED SBP (A02R2S - A02RZ2S) -RZ3 SBP -THIRD CORRECTED SBP (A02R3S - A02RZ3S) -RZ1 SBP. Q 12 -FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 -RZ2 SBP. Q 15 -SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 -RZ3 SBP. Q 18 -THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 -SECOND & THIRD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_D). Q 20 -RZ1 SBP. Q 12 -FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 -RZ2 SBP. Q 15 -SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 -RZ3 SBP. Q 18 -THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 -2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_D). Q 20 -RZ1 SBP. Q 12 -FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 -RZ2 SBP. Q 15 -SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 -RZ3 SBP. Q 18 -THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 -2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_D). Q 20 -RZ1 SBP. Q 12 -FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 -RZ2 SBP. Q 15 -SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 -RZ3 SBP. Q 18 -THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 -2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_S). Q 20 -RZ1 SBP. Q 12 -FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 -RZ2 SBP. Q 15 -SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 -RZ3 SBP. Q 18 -THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 -2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_S). Q 20 -Systolic BP -SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -AVE SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -AVE ZERO MUDDLER SYSTOLIC BP (mm Hg) -AVE ZERO MUDDLER SYSTOLIC BP (mm Hg) -SUPINE SBP -BP-SYSTOLIC - NURSE -SYSTOLIC-RESTING, SIT -Palpated Systolic BP -5: Doppler systolic BP (mm Hg) -7: First brachial Doppler BP (mm Hg) -12: Second brachial BP (mm Hg) -Mean Systolic BP -BP: 10 PM - Systolic 1 -BP: 10 PM - Systolic 2 -BP: 10 PM - Systolic 3 -BP: 7 AM - Systolic 1 -BP: 7 AM - Systolic 2 -BP: 7 AM - Systolic 3 -BP: 10 AM - Systolic 1 -BP: 10 AM - Systolic 2 -BP: 10 AM - Systolic 3 -BP: 10 PM Systolic -BP: 7 AM Systolic -BP: 10 AM Systolic -PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #4 -PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #3 -PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #2 -PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #1 -1st diastolic bp -2nd diastolic bp -Mean diastolic - two readings -AVE ZERO MUD DIASTOL-adj (mm Hg) -14: Diastolic (first BP) -17: Diastolic (second BP) -9b: Sphygmomanometer (DBP) -10b: Sphygmomanometer (DBP) -11b: Sphygmomanometer (DBP) -12b: Sphygmomanometer (DBP) -13b: Sphygmomanometer (DBP) -14b: Sphygmomanometer (mean accepted DBP) -DIASTOLIC-RESTING, SIT -BP-DIASTOLIC- NURSE -SUPINE DBP -RZ1 DBP -FIRST CORRECTED DBP (A02R1D - A02RZ1D) -RZ2 DBP -SECOND CORRECTED DBP (A02R2D - A02RZ2D) -RZ3 DBP -THIRD CORRECTED DBP (A02R3D - A02RZ3D) -MEAN OF 2ND AND 3RD DBPS -RZ1 DBP. Q 12 -FIRST CORRECTED DBP (R1_D - RZ1_D). Q 13 -RZ2 DBP. Q 15 -SECOND CORRECTED DBP (R2_D - RZ2_D). Q 16 -RZ3 DBP. Q 18 -THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 -SECOND & THIRD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 -RZ1 DBP. Q 12 -FIRST CORRECTED DBP (R1_D - RZ1_D). Q 13 -RZ2 DBP. Q 15 -SECOND CORRECTED DBP (R2_D - RZ2_D). Q 16 -RZ3 DBP. Q 18 -THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 -2ND AND 3RD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 -RZ1 DBP. Q 12 -RZ2 DBP. Q 15 -RZ3 DBP. Q 18 -2ND AND 3RD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 -RZ1 DBP. Q 12 -FIRST CORRECTED DBP (R1_D - RZ1_D). Q 13 -RZ2 DBP. Q 15 -SECOND CORRECTED DBP (R2_D - RZ2_D). Q 16 -RZ3 DBP. Q 18 -THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 -2ND AND 3RD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 -RZ1 DBP. Q 12 -FIRST CORRECTED DBP (R1_D - RZ1_D). Q 13 -RZ2 DBP. Q15 -SECOND CORRECTED DBP (R2_D - RZ2_D). Q 16 -RZ3 DBP. Q 18 -THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 -2ND AND 3RD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 -DIASTOLIC BP (mm Hg) -DIASTOLIC BP (mm Hg) -DIASTOLIC BP (mm Hg) -AVE DIASTOLIC BP (mm Hg) -DIASTOLIC BP (mm Hg) -DIASTOLIC BP (mm Hg) -DIASTOLIC BP (mm Hg) -DIASTOLIC BP (mm Hg) -AVE ZERO MEDDLER DIASTOLIC BP (mm Hg) -AVE ZERO MUDDLER DIASTOLIC BP (mm Hg) -Diastolic BP -DIASTOLIC-RESTING, SIT -Mean Diastolic BP -BP: 10 PM - Diastolic 1 -BP: 10 PM - Diastolic 2 -BP: 10 PM - Diastolic 3 -BP: 7 AM - Diastolic 1 -BP: 7 AM - Diastolic 2 -BP: 7 AM - Diastolic 3 -BP: 10 AM - Diastolic 1 -BP: 10 AM - Diastolic 2 -BP: 10 AM - Diastolic 3 -BP: 10 PM Diastolic -BP: 7 AM Diastolic -BP: 10 AM Diastolic -PRE-INSTRUCTION BASELINE DBP #4 -PRE-INSTRUCTION BASELINE DBP #3 -PRE-INSTRUCTION BASELINE DBP #2 -PRE-INSTRUCTION BASELINE DBP #1 -THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 -PT'S HGT, CM. Q 1 -HT, IN INCHES -PT'S WGT, LBS. Q 2 -MEAN( B20WST1, B20WST2 ) -MEAN (D20WST1, D20WST2) (CM) -MEAN (E20WST1, E20WST2) (CM) -HIP GIRTH -HIP GIRTH (INCHES WITH 2 DECIMALS) -HIP GIRTH (INCHES WITH 2 DECIMALS) -HIP GIRTH (INCHES, TO NEXT LOWER 1/4 INCH) -HIP GIRTH (INCHES, TO NEXT LOWER 1/4 INCH) -HIP GIRTH (INCHES WITH 2 DECIMALS) -HIP GIRTH (INCHES, TO NEXT LOWER 1/4 INCH) -HIP GIRTH (INCHES, TO NEXT LOWER 1/4 INCH) -REGIONAL ANTHROPOMETRY - HIP GIRTH (INCHES) (TO NEXT LOWER 1/4 INCH) -Hip measurement in centimeters -Anthropometry: Hip girth -Hip girth, Exam 2 -Hip girth, Exam 4 -Hip girth, Exam 5 -Hip girth, Exam 6 -Hip girth, Exam 7 -Hip girth, Exam 9 -[Body size]. Hip girth (nearest cm). Q4b [Anthropometry Form, ANTAB, exam 2] -MEAS. 1: HIP GIRTH, CM. Q 4 -MEAS. 2: HIP GIRTH, CM. Q 4 -MEAN HIP GIRTH, CM -MEAN( B20HIPS1, B20HIPS2 ) -HIP GIRTH (CM), Q 4c -HIP GIRTH 1 (CM). Q 4b -HIP GIRTH 2 (CM). Q 4b -MEAN (D20HIPS1, D20HIPS2) (CM) -HIP GIRTH 1 (CM). Q 4b -HIP GIRTH 2 (CM). Q 4b -MEAN (E20HIPS1, E20HIPS2) (CM) -HIP (cm) -Hip measurement in centimeters -Hip girth (cm) (ANTA10B) -Age for INISC07 -Age for INHEM07 -Age for INCHM07 -Year of SDX completion [Stroke Final Diagnosis Form, SDX] -Stroke(self-reported) -AGE FIRST DIAGNOSED WITH STROKE/TIA. Q 19 -AGE DIAGNOSED-STROKE/TIA. Q 21 -AGE DIAGNOSED-STROKE/TIA. Q 22 -STK MODIFIED BL STAT -CDI - Stroke/TIA -Age for INDPP07 -Age for INDP07 -Age -Days since exam 1 [Cohort, Exam 2] -Days since exam 1 [Cohort, Exam 3] -Days since exam 1 [Cohort, Exam 4] -EXAM 1 AGE, TELEPHONE INTERVIEW -AGE VERIFY -AGE -AGE -AGE AT EXAM 2 -AGE AT EXAM3 -AGE AT EXAM 4 -AGE -AGE AT EXAM 5 -AGE AT SPIROMETRY -AGE -AGE -AGE AT EXAM 5 -AGE AT EXAM 5 MRI -AGE AT STRESS EXAM -AGE AT SPIROMETRY -AGE AT SPIROMETRY -Q3) HOW OLD ARE YOU? -Age = StdyDtqa - DOB -Age(yrs) at home induction interview -Participant's age of eligibility at H -CALCULATED AGE AT EXAM 1 -Age at DNA draw -AGE AT EXAM 1 (VERIFIED AT EXAM 2) -C12AGE -CALCULATED AGE AT EXAM 1 -CALCULATED AGE AT EXAM 3 -HIP: AGE AT EXAM -Age at baseline study -CALCULATED AGE AT EXAM 4 -CALCULATED AGE AT EXAM 1 -AGE -AGE -AGE - SPIROMETER -AGE - FORM 53 -CALCULATED AGE AT EXAM 5 -CALCULATED AGE AT EXAM 1 -CALCULATED AGE AT EXAM 6 -CALCULATED AGE AT EXAM 1 -Age of participant -Age at enrollment -Age at screening -Age when completed Form 43 -Days from rand to last mammogram -Days from rand to last pap smear -Days from randomization to pelvic exam -Days from randomization to ultrasound -Days from randomization to CBE -CBC Days since randomization/enrollment -Baseline ECG days since randomization -Follow-up ECG days since randomization -F143 Days since enrollment -F144 Days since enrollment -F145 Days since enrollment -F146 Days since enrollment -F147 Days since enrollment -F148 Days since enrollment -F149 Days since enrollment -F20 Days since randomization/enrollment -F2 Days since randomization -F30 Days since randomization/enrollment -F31 Days since randomization/enrollment -F32 Days since randomization/enrollment -F34 Days since randomization/enrollment -F35 Days since randomization -F37 Days since randomization/enrollment -F38 Days since randomization/enrollment -F39 Days since randomization/enrollment -F40 Days since randomization/enrollment -F41 Days since randomization/enrollment -F42 Days since enrollment -F43 Days since randomization/enrollment -F48 Days since enrollment -F80 Days since randomization/enrollment -F81 Days since randomization -F82 Days since randomization -F83 Days since randomization -F84 Days since randomization -F90 Days since randomization -F92 Days since randomization -Days since CT randomization to CaD randomization -F134 Days since randomization or enrollment -F60 Days since randomization/enrollment -ECG Days since randomization -F85 Days from randomization -Days from randomization to mammogram -F60 Days since randomization/enrollment -F150 Days since randomization -F153 Days since randomization or enrollment -F153 Days since randomization or enrollment -Days since randomization or enrollment -F44 Days since randomization/enrollment -Days enrollment to last WHI Form 33/33D -Days enrollment to last WHI form 33/33D -F151 Days since randomization or enrollment -F33 Days since randomization/enrollment -F45 Days since randomization/enrollment -Days enrollment to end of followup -Days enrollment to last form 33/33D -Days enrollment to last form 33/33D -Draw Days since randomization/enrollment -F155 Days since randomization or enrollment -F156 Days since randomization or enrollment -F157 Days since randomization or enrollment -F301 Days since randomization or enrollment -Exam days since randomization -F60 Days since randomization/enrollment -Days enrollment to end of followup -F135 Days from enrollment to Form 135 completion -Age = StdyDtqa - DOB -Age (age = formdate - DOB) -Age at Exam 1 -Age at Exam 10 -Age at Exam 11 -Age at Exam 12 -Age at Exam 13 -Age at Exam 14 -Age at Exam 15 -Age at Exam 16 -Age at Exam 17 -Age at Exam 18 -Age at Exam 19 -Age at NP battery (years) -Age at Exam 1 -Age at Exam 1 -Age at Exam 2 -Age at Exam 21 -Age at Exam 22 -Age at Exam 23 -Age at Exam 24 -Age at Exam 25 -Age at Exam 26 -Age at Exam 27 -Age at Exam 28 -Age at Exam 29 -Age at Exam 20 -Age at Exam 2 -Age at Exam 2 -Age at Exam 3 -Age at Exam 4 -Age at Exam 5 -Age at Exam 6 -Age at Exam 7 -Age at Exam 8 -Age at Exam 9 -Age at Exam 30 -Age at Exam 31 -Age at Exam 32 -Age at Exam 3 -Age at Exam 4 -Age at Exam 5 -Age at Exam 6 -Age at Exam 7 -Age at Exam 8 -Age at Exam 9 -AGE AT X-RAY -SELF-REPORTED AGE AT BASELINE -CALCULATED AGE AT BASELINE -CALCULATED AGE AT BASELINE -AGE AT YEAR 11 -SELF-REPORTED AGE AT BASELINE -Sex (from FTRA22) [Cohort, Exam 2] -Sex (uncorrected from FTRA22) [Cohort, Exam 1] -Sex (From FTRA22) [Cohort, Exam 4] -EXAM 1 SEX, TELEPHONE INTERVIEW -SEX (VERIFIED AT EXAM 2) -SEX (VERIFIED AT EXAM 2) -SEX (VERIFIED AT EXAM 2) -SEX (VERIFIED AT EXAM 2) -PATIENT DATA: SEX -SEX (VERIFIED AT EXAM 2) -SEX - FORM 53 -SEX (VERIFIED AT PPTS LAST EXAM) -SEX (VERIFIED AT PPTS LAST EXAM) -SEX OF PARTICIPANT -Participant sex -Sex of participant -Sex of participant -C12SEX -Sex of participant -SEX - SPIROMETER -Sex -Race (from FTRA23) [Cohort, Exam 2] -Race (from FTRA23) [Cohort, Exam 1] -Race (from FTRA23) [Cohort, Exam 4] -Race -EXAM 1 RACE, TELEPHONE INTERVIEW -RACE VERIFY -RACE (VERIFIED AY EXAM 2) -RACE (VERIFIED AT EXAM 2) -RACE CODE -RACE (VERIFIED AY EXAM 2) -RACE (VERIFIED AY EXAM 2) -RACE (VERIFIED AT PPTS LAST EXAM) -RACE (VERIFIED AT PPTS LAST EXAM) -RACE -RACE -RACE -RACE -SPANISH/HISPANIC/LATINO -OTHER HISPANIC -OTHER HISPANIC -OTHER HISPANIC -MEXICAN, CHICANO, MEXICAN-AMERICAN -MEXICAN, CHICANO, MEXICAN-AMERICAN -MEXICAN, CHICANO, MEXICAN-AMERICAN -DOMINICAN -DOMINICAN -DOMINICAN -PUERTO RICAN -PUERTO RICAN -PUERTO RICAN -CUBAN -CUBAN -CUBAN -RACE -RACE -RACE -RACE -HISPANIC ORIGIN -HISPANIC ORIGIN -SPECIFY OTHER RACE -SPECIFY OTHER RACE -Race -Sociodemographic questions-Self administered: Which of following best describes your race (check ALL that apply): Asian -Sociodemographic questions-Self administered: Which of following best describes your race (check ALL that apply): Native Hawaiian or other Pacific Islander -Sociodemographic questions-Self administered: Which of following best describes your race (check ALL that apply): American Indian or Alaska native -WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU - RACE ASIAN -WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU - RACE NATIVE HAWAIIAN OR OTHER PACIFIC ISLANDER -WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU - RACE AMERICAN INDIAN OR ALASKA NATIVE -WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): SPANISH/HISPANIC/LATINO -WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): ASIAN -WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): NATIVE HAWAIIAN OR OTHER PACIFIC ISLANDER -WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): AMERICAN INDIAN OR ALASKA NATIVE -WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): OTHER -Which of following best describe you? (check all that apply): Spanish/Hispanic/Latino -Which of following best describe you? (check all that apply): Asian -Which of following best describe you? (check all that apply): Native Hawaiian or other Pacific Islander -Which of following best describe you? (check all that apply): American Indian or Alaska native -Which of following best describe you? (check all that apply): Other -Are you Spanish/Hispanic/Latino -American Indian or Alaskan Native -Asian Indian -Chinese -Filipino -Japanese -Korean -Vietnamese -Other Asian -Native Hawaiian -Guamanian or Chamorro -Samoan -Other Pacific Islander -Some other race -Race - Native American (0=no,1=yes) -Race - Asian (0=no,1=yes) -Race - Hawaiian or Pacific Islander (0=no,1=yes) -Race - Caucasian (0=no,1=yes) -7-level re-classification of Hispanic/Latino background -PATIENT DATA: ETHNIC -Race of participant -Race -Hispanic or Latino -Race - american indian/alaska native -Race - asian -Race - other -Race - native hawaiian or other pacific islander -MAXINT FROM BASELINE REREADS (mm) -ORIGINAL BASELINE MAXCOM -ORIGINAL BASELINE MAXINT -BL REREAD MAXCOM -BL REREAD MAXINT -YEAR 5 MAXCOM -YEAR 5 MAXINT -LT ICA MEAN CIMT (mm) AVG -LT ICA MEAN CIMT (mm) V1 -LT ICA MEAN CIMT (mm) V2 -LT ICA MEAN CIMT (mm) V3 -LT ICA MAX CIMT (mm) AVG -LT ICA MAX CIMT (mm) V1 -LT ICA MAX CIMT (mm) V2 -LT ICA MAX CIMT (mm) V3 -RT ICA MEAN CIMT (mm) AVG -RT ICA MEAN CIMT (mm) V1 -RT ICA MEAN CIMT (mm) V2 -RT ICA MEAN CIMT (mm) V3 -RT ICA MAX CIMT (mm) AVG -RT ICA MAX CIMT (mm) V1 -RT ICA MAX CIMT (mm) V2 -RT ICA MAX CIMT (mm) V3 -LT ICA MEAN CIMT (mm) AVG -LT ICA MEAN CIMT (mm) V1 -LT ICA MEAN CIMT (mm) V2 -LT ICA MEAN CIMT (mm) V3 -LT ICA MAX CIMT (mm) AVG -LT ICA MAX CIMT (mm) V1 -LT ICA MAX CIMT (mm) V2 -LT ICA MAX CIMT (mm) V3 -RT ICA MEAN CIMT (mm) AVG -RT ICA MEAN CIMT (mm) V1 -RT ICA MEAN CIMT (mm) V2 -RT ICA MEAN CIMT (mm) V3 -RT ICA MAX CIMT (mm) AVG -RT ICA MAX CIMT (mm) V1 -RT ICA MAX CIMT (mm) V2 -RT ICA MAX CIMT (mm) V3 -AGE OF FIRST MI DX -ECG MI by 2007 -Age for SMI07 -ECG - MI - INFERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCTION--ANTERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCTION--INFERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCT-ANTERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCT-INFERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCT-ANTERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCT-INFERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCT-ANTERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCT-INFERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCT-ANTERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCT-INFERIOR -31: What did doctor say it was? -17: What did doctor say it was? -INCIDENT MI -FATAL OR NONFATAL MI -MI MODIFIED BL STAT -MI MODIFIED BL STAT -MI AT BL (SELF-REPORT) -AGE DIAGNOSED-HEART ATTACK. Q 8 -AGE DIAGNOSED-HEART ATTACK. Q 3 -Prior MI -MD said pt had coronary angioplasty? -MD said pt had coronary angioplasty? -Cardiovascular procedure codes -INCIDENT ANGIOPLASTY -Has had coronary angioplasty -[Second transfer]. Holter monitoring. Pacemaker (temporary, wires). Coronary stent. Q29p1 [Hospital Abstraction Form] -race of participant -age at baseline -baseline bmi -baseline bmiz -home exposure to smoke prior to trial enrollment -in utero smoke: mother smoked when pregnant with participant -baseline fev1 -baseline fvc -baseline total ige -baseline log10 ige -one or more skintest positive at baseline -race of participant -race of participant -home exposure to smoke prior to trial enrollment -in utero smoke. mother smoked when pregnant with participant. -one or more skintest positive at baseline -baseline bmiz -baseline fev1 -baseline fvc -baseline log10 ige -baseline bmi -baseline total ige -race of participant -bmi at follow-up -bmiz at follow-up -change in pre-fev1 between baseline and follow-up. calculation is 100*(follow-up prefev - baseline prefev)/baseline prefev -fev1 at follow-up -fvc at follow-up -post-fev1 at follow-up -post-fvc at follow-up -maximum fev1 (following 4, 6, or 8 puffs of albuterol) at follow-up -total ige at follow-up -log10 ige at follow-up -one or more skintest positive at follow-up -race of participant -baseline bmi (kg/m^2) -baseline bmiz -home exposure to smoke prior to trial enrollment -in utero smoke. mother smoked when pregnant with participant. -baseline fev1 -baseline fvc -baseline total ige (ng/ml) -baseline log10 ige -one or more skintest positive at baseline -race of participant -bmi at follow-up (kg/m^2) -bmiz at follow-up -change in pre-fev1 between baseline and follow-up. calculation is 100*(follow-up prefev - baseline prefev)/baseline prefev -fev1 at follow-up -fvc at follow-up -maximum fev1 (following 4, 6, or 8 puffs of albuterol) at follow-up -total ige (ng/ml) at follow-up -log10 ige at follow-up -one or more skintest positive at follow-up -deidentified sample id -deidentified mother id -deidentified father id -sample id -sample use -go sub-study (lunggo) -study cohort (sarp) -race of participant -age of participant at baseline -current smoker at baseline -de-identified sample id -subjid -sample id -sample use -race of participant -lone af or not -sample id -age at enrollment (censored at 85 yrs of age) -sex of participant -de-identified sample id -age at enrollment (censored at 85 yrs of age) -sex of participant -de-identified sample id -'coriell' for hapmap samples, blank otherwise -sample id -study id -sample use -id for dbgap -age -7-level re-classification of hispanic/latino background -bmi (kg/m2) -cigarette pack years -cigarette use (1-never,2=former,3=current) -qtc calculated (ecga12) -major7b; complete (third degree) a-v block (ecga273) -major9; pacemaker (ecga277) -adjusted years smoked -fev1_fvc (%) -% blasts (laba19) -% hematocrit (laba4) -differential parameter (dtyp) comments (laba98) -antianginals -antiarrhythmics -antihypertensives -antiplatelets -chemotherapy -contraceptives -lhrh/gnrh only -metformins -oral/inhalantable glucocorticorsteroids -pulmonary medication -currently pregnant (mhea33) -where mother born (piea11) -where maternal grandmother born (piea12) -where maternal grandfather born (piea13) -where father born (piea14) -where paternal grandmother born (piea15) -where paternal grandfather born (piea16) -bachelor's (piea21d) -master's (piea21e) -professional (piea21f) -doctorate (piea21g) -country/territory born (piea4) -fvc (ml) (prba25) -fev1 (ml) (prba29) -primary sampling unit id -apnea/hypopnea index (3% desat) (slpa54) -mean spo2 (slpa92) -valid spirometry studies (pre) -years lived in us -hip girth (cm) (anta10b) -born in mainland us (50 states + dc) -hdl-cholesterol (mg/dl) (laba68) -ldl-cholesterol (mg/dl) (laba69) -2-level immigrant generation -airflow limitation (pre fev1/fvc<70 only) -low hdl or fibares nicoacid med use -ferritin (ug/l) (laba103) -wheezing/whistling in past 12 months (rsea13) -wake up from cough/short breath (rsea18) -fat (%) (anta5) -day last ate/drank anything (bioa7) -de-identified sample id -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -sample id -sex of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -de-identified sample id -sample id -sample use -de-identified sample id -race of participant -pregnant -sample id -sample use -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -sample id -sex of participant -age at baseline study -de-identified sample id -sex -twin id -individual has unidentified second degree relationship with at least one other pedigree that is not represented in pedigree information given. -sample id -de-identified sample id -father id -mother id -sex -unannotated_deg2 -sample id -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -topmed_phase -sex -sample id -race of participant -bmi -sample id -sample id -de-identified sample id -sample id -sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -lvef by echo (closet to enrollment) -data sharing consent -sex -sample_id -sample use -age at recruitment -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -age at af diagnosis -race of participant -ecg - pr interval -ecg - qrs interval -ecg - qt interval -sample id -de-identified sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -lvef by echo (closest to enrollment) -sex -sample id -de-identified sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -apo a1 -apo b -crp(denka) -hba1c -lp(a) -exercise -principal component 1 -principal component 2 -principal component 3 -principal component 4 -principal component 5 -principal component 6 -principal component 7 -principal component 8 -principal component 9 -principal component 10 -sample id -sample id -sex -sample id -sex of participant -phadiatop measurements in pau/l -steroid/prednisone pills (current use according to health questionnaire) -relief from steroid/prednisone pills -cromolyn inhalers (current use according to health questionnaire) -relief from cromolyn inhalers -fev1/fvc (pre-bronchodilator) -answer to "are you smoking now?" -answer to "at what age did you stop smoking?" -answer to "did your mother smoke when you were a baby?" -answer to "did your father smoke when you were a baby?" -de-identified sample id -sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -de-identified sample id -sex -de-identified sample id -md5sum of file -de-identified sample id -sample id -final interpretation -age at form completion -pacemaker -pacemaker indication -pacemaker other -pacemaker age -implantable cardioverter defibrillator indication -abnormality -cnv identified -catheterization -age reported -specify -age reported -race -race wht -race blk -race asn -race haw -race oth -country -age -education -education uk -education other -race -race wht -race blk -race asn -race haw -race oth -country -consanguinity -age at form completion -latest exam age -other ear abnormality -tracheal web -other pulmonary abnormality -other hepatic abnormality -hirschsprung's -ureteral abnormalities -other vertebral abnormality -dandy walker -other dermatological abnormality -endocrinologic abnormalities -other hematologic abnormality -alagille -cardiofacial cutaneous -charge -ehlers danlos -ellis van creveld -goldenhar -holt oram -jacobsen -kabuki -marfan -noonan -turner -vater -vacterl -williams -immunologic abnormalities -diagnosis -race -race wht -race blk -race asn -race haw -race oth -country -age -education -education uk -education other -num chrom -sex chrom -sex -sample id -race of participant -age -annual fev1 change between pfts -annual fvc change between pfts -certainty of diagnosis -non-thoracic_involvement -eye involvement -neuro involvement -sample id -de-identified sample id -de-identified sample id -sex -sample id -study identified sex -de-identified sample id -sex -sample id -age at baseline exam -race of participant -de-identified sample id -sex -twin id for monozygotic twins -sample id -de-identified sample id -age -race of participant -current smoking -cigarettes per day -days per week smoke -years since stopped smoking cigarettes -hematocrit -platecrit -prp: reversible aggregation for adp 2 um -prp: reversible aggregation for adp 10 um -interleukin 6 -sample id -de-identified sample id -sample id -sample use -age in years -sex -race -episodes cough/phlegm 3 plus weeks per year -years with more or equal to 1 cough/phlegm episode per year -how many years wheezing/whistling -degree of gas/chem. fumes exposure -now smoke cigarettes (as of 1 month ago) -age stopped smoking cigarettes -smoked any cigarettes in past 24 hours -was mother a cigarette smoker -was father a cigarette smoker -age stopped smoking pipe regularly -do/did you inhale pipe smoke -age stopped smoking cigars -age stopped smoking cigarillos -cigarillos smoked per week overall -cigarillos smoked per week now -do/did you inhale cigarillos smoke -anyone else smoke regularly in home -anyone else smoke regularly in childhood home -last year of school completed -assessor -age in years -sex -race -baseline impedance in ohms -change in impedance in ohms -age in years -sex -race -numeric result -original result unit -baseline value (within binam) -change from baseline (within binam) -log result -log baseline (within binam) -change from baseline log values (w/i binam) -result (bql included) -baseline value (bql included)(w/i binam) -change from baseline (bql included)(w/i binam) -log result (bql included) -log baseline (bql included)(w/i binam) -change from baseline log (bql incl)(w/i binam) -baseline value (across binam) -change from baseline (across binam) -log baseline (across binam) -change from baseline log values (across binam) -baseline value (bql incl)(across binam) -change from baseline (bql incl)(across binam) -log baseline (bql incl)(across binam) -change baseline log (bql incl)(across binam) -age in years -sex -race -original result -original numeric result -original result unit -baseline value -change from baseline -log result -log baseline -change from baseline log values -result (bql included) -baseline value (bql included) -change from baseline (bql included) -log result (bql included) -log baseline (bql included) -log change (bql included) -lower limit of detection -age in years -sex -race -bode index -current cv tx: beta-blocker -current cv tx: glitazone -post-dose fev1 -fev1 reversibility -post-dose fev6 -pre-dose fev1/fvc -post-dose fvc -inspiratory capacity -post-dose ic -impedance (ohms) -mean of r25 and r35 -prognostic index -specific conductance -borg sob assessment - pre -age in years -sex -race -sex -revised who category -nutritionally depleted-steiner -schols category -nutritionally depleted-wouters -who category -age in years -sex -race -age in years -sex -race -assessor -age in years -sex -race -hoff, percentile -age in years -sex -race -age in years -sex -race -felt i was as good as other people -i felt depressed -everything i did was an effort -i felt fearful -i was happy -i talked less than usual -i felt lonely -people were unfriendly -i had crying spells -i felt sad -i felt that people dislike me -evaluation interval -assessor -depressive symptoms category -age in years -sex -race -bode index -current cv tx: beta-blocker -current cv tx: glitazone -post-dose fev1 -fev1 reversibility -post-dose fev6 -pre-dose fev1/fvc -post-dose fvc -inspiratory capacity -post-dose ic -impedance (ohms) -mean of r25 and r35 -prognostic index -specific conductance -borg sob assessment - pre -borg sob assessment code - pre -impedance at freq. of 5hz (kpa/l/sec) -age in years -sex -race -age in years -sex -race -age in years -sex -race -year category -days of observation -age in years -sex -race -i feel listless -evaluation interval -assessor -age in years -sex -race -biological relative -age in years -sex -race -intercept -age in years -sex -race -bode index -fev1 post-bronchodilator (l) -prognostic index -baseline bode index -change in bode index -baseline prognostic index -change in prognostic index -age in years -sex -race -original numeric result -original unit -flag -original numeric result - baseline -original numeric result - change from baseline -age in years -sex -race -age in years -sex -race -modified ats questions -evaluation interval -assessor -age in years -sex -race -ph result -age in years -sex -race -btr grade -mean of r25 and r35 -baseline mean of r25 and r35 -change in mean of r25 and r35 -age in years -race -sex -otsptm4 (cytospin) saved? -age in years -sex -race -post-dose fev1 (l) -percent reversibility fev1 (%) -post-dose fev6 (l) -inspiratory capacity (l) -post-dose ic (l) -post-dose fvc (l) -pre-dose fev/fvc (%) -post-dose fev/fvc (%) -pre-dose fef 25-75% (l) -post-dose fef 25-75% (l) -btr grade -btr post-dose grade -baseline post-dose fef 25-75% (l) -change in post-dose fef 25-75% (l) -baseline pre-dose fef 25-75% (l) -change in pre-dose fef 25-75% (l) -baseline fev1 (l) -change in fev1 (l) -baseline post-dose fev1 (l) -change in post-dose fev1 (l) -baseline fev6 (l) -change in fev6 (l) -baseline post-dose fev6 (l) -change in post-dose fev6 (l) -baseline pre-dose fev/fvc (%) -change in pre-dose fev/fvc (%) -baseline post-dose fvc (l) -change in post-dose fvc (l) -baseline post-dose fev/fvc (%) -change in post-dose fev/fvc (%) -baseline inspiratory capacity (l) -change in inspiratory capacity (l) -baseline post-dose ic (l) -change in post-dose ic (l) -baseline post-dose svc (l) -change in post-dose svc (l) -age in years -sex -race -specific conductance (1/raw) -inspiratory capacity (l) -baseline inspiratory capacity (l) -change in inspiratory capacity (l) -baseline specific conductance (1/raw) -change in specific conductance (1/raw) -age in years -sex -race -actual study day -evaluation interval -age in years -sex -race -age in years -sex -race -pre-test saturation by pulse oximetry -post-test saturation by pulse oximetry -age in years -sex -race -likelihood of success -age in years -age in years -sex -race -age in years -sex -race -any concomitant medications taken? -any asthma/copd exacerbations 12 months? -any asthma/copd exacerbations? -respiratory medications in past 6 hours? -age in years -sex -race -result (bql included) -result (bql included) unit -5th percentile -95th percentile -exceed 95th percentile? -age in years -sex -race -pi 10 -baseline pi 10 -change in pi 10 -age in years -sex -race -fracvol (-950hu) -baseline fracvol (-950hu) -change in fracvol (-950hu) -lowest 15 percentile -baseline lowest 15 percentile -change in lowest 15 percentile -age in years -sex -race -age in years -sex -race -bmi < 21? -de-identified sample id -sex -sample id -lab id -sex -hypergen racial category -hip girth -1st sitting systolic -1st sitting diastolic -1st sitting pulse -2nd sitting systolic -2nd sitting diastolic -2nd sitting pulse -3rd sitting systolic -3rd sitting diastolic -3rd sitting pulse -4th sitting systolic -4th sitting diastolic -4th sitting pulse -5th sitting systolic -5th sitting diastolic -5th sitting pulse -6th sitting systolic -6th sitting diastolic -6th sitting pulse -1st sitting map -2nd sitting map -3rd sitting map -4th sitting map -5th sitting map -6th sitting map -mve/mva -smoke cigarettes now? -age quit smoking -how many cigarettes/day do you smoke? -bypass/angioplasty/balloon/stent -age of bypass/angioplasty/balloon/stent -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -sample id -de-identified sample id -sex -sample id -sex -smoke cigarettes -de-identified sample id -sample id -sample id -sample id -id -hispanic or latino -race - american indian/ alaska native -race - asian -race - other -race - native hawaiian or other pacific islander -de-identified sample id -sex -qc notes -sample id -unique sample id -age -sex -race -de-identified sample id -mesa share participant id -nwdid collaborator sample id -collaborator sample id -sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -lvef by echo (closest to enrollment) -sample id -sample id -age at enrollment -age at af diagnosis -race of participant -lvef by echo (closest to enrollment) -sample id -sample id -age at enrollment into sarp -your racial/ethnic background: demographic -nih ethnic category: demographic -any ics use -other cs use: oral or injected -take high-dose ics: screening questionnaire -baseline predrug fev1/fvc -maximum fev1 reversal: spirometry + maxbd -sample id -sample id -medical institution -race of participant -sample id -sample id -self-reported race=white or european american -self-reported race=black or african american -self-reported race=native american -self-reported race=asian or asian american -self-reported race=native alaskan -self-reported race=pacific islander/native hawaiian -self-reported race=indian subcontinent or pakistani -sample id -sample id -de-identified sample id -sample id -sample id -sample id -age at registration -african american -african (both parents born in africa) -caribbean -not otherwise specified -asian -native hawaiian or pacific islander -american indian or alaska native -other -smoking, maximum packs/day -smoking, year stopped -procedure, splenectomy -procedure, cholecystectomy -procedure, hip replacement -tr jet vel (m/s) -ldh -mchc -rbc -bun in si units -hematocrit in si units -hba -hbs -hbc -hbf -sample id -unique sample id -age of patient when sample was collected -race of participant -de-identified sample id -sample id -race of participant -sample id -sample id -race of participant -sample id -sample id -age at enrollment -race of participant -sample id -sample id -race of participant -sample id -sample id -race of participant -sample id -sample id -race of participant -does participant smoke any cigerettes in last month? -sample id -sample id -race of participant -does participant smoke any cigerettes in last month? -sample id -sample id -race of participant -does participant smoke any cigerettes in last month? -sample id -sample id -sex of participant -case or control -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -race of participant -sample id -sample id -sample id -sample id -sex -age -sample id -sample id -sample id -sample id -sample id -sample id -race category of participant -sample id -sample id -sample id -analyte from sample -scanner manufacturer -ct reconstruction kernel -ct not acceptable reason -ct not acceptable specify -other/comments -radiologist diagnosis a primary -specify: icd-9 -specify: icd-9 -specify: icd-9 -specify: icd-9 -age at baseline -race -asian -american indian or alaskan native -native hawaiian or other pacific islander -primary ltrc clinical diagnosis #1 -primary ltrc clinical diagnosis #1 - icd9 code -primary ltrc clinical diagnosis #2 -primary ltrc clinical diagnosis #2 - icd9 code -ltrc clinical diagnosis days since baseline exam at enrollment -cbc not done -wbc result -wbc not done -hgb result -hgb not done -hct result -hct not done -plateles result -chemistry not done -alpha-1 antitrypsin result -alpha-1 antitrypsin not done -lab measurement days since baseline exam at enrollment -cbc collected days since baseline exam at enrollment -differential days since baseline exam at enrollment -chemistry collected days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -interferon in past 30 days -amiodarone years since stopped -amiodarone months since stopped -nitrofurantoin years since stopped -nitrofurantoin months since stopped -chemotherapy years since stopped -chemo stop months since stopped -other medications in past 30 days -other, past 30 days specify -ketaconazole in past 30 days -measurement days since baseline exam at enrollment -scanner manufacturer -ct reconstruction kernel -exposure -kv -ma -former cigarette smoker -current cigarette smoker -years smoked cigarettes -cigarette pack/years -measurement days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -best fev1 -5 min completed -3 min completed -maximum completed -5 min f1o2 -5 min equip deadspace -5 min spo2 -3 min spo2 -maximum spo2 -5 min ve -3 min ve -maximum ve -5 min vt -3 min vt -maximum vt -5 min vo2 -3 min vo2 -maximum vo2 -5 min vco2 -3 min vco2 -maximum vco2 -5 min respiratory -3 min respiratory -maximum respiratory -5 min sys bp -3 min sys bp -maximum sys bp -5 min di bp -3 min di bp -maximum di bp -5 min borg -3 min borg -maximum borg -maximum load -5 min pao2 -3 min pao2 -maximum pao2 -5 min paco2 -3 min paco2 -maximum paco2 -5 min ph -3 min ph -maximum ph -5 min feco2 -3 min feco2 -maximum feco2 -cadence dropped below 40 -other -specify -other -specify -measurement days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -measurement days since baseline exam at enrollment -aircraft/aero job -aircraft/aero years -aircraft/aero months -aircraft/aero u/k -auto/truck repair job -auto/truck repair years -auto/truck repair months -auto/truck repare u/k -auto manufacturing job -auto manufacturing years -auto manufacturing months -auto manufacturing u/k -carpentry/woodwork job -carpentry/woodwork years -carpentry/woodwork months -carpentry/woodwork u/k -electrical/electronic job -electrical/electronic yrs -electrical/electronic mon -electrical/electronic u/k -wage laborer job -wage laborer years -wage laborer months -wage laborer u/k -sawmill job -sawmill years -sawmill months -sawmill u/k -pulpmill job -pulpmill years -pulpmill months -pulpmill u/k -hairdress/cosmetic job -hairdress/cosmetic years -hairdress/cosmetic months -hairdress/cosmetic u/k -mining job -mining years -mining months -mining u/k -dental job -dental years -dental months -dental u/k -plastic manufacture job -plastic manufacture years -plastic manufacture month -plastic manufacture u/k -resins polyurethane job -resins polyurethane years -resin polyurethane month -resins polyurethane u/k -pottery/ceramic job -pottery/ceramic years -potter/ceramic months -pottery/ceramic u/k -quarry job -quarry years -quarry months -quarry u/k -sandblasting job -sandblasting years -sandblasting months -sandblasting u/k -stone cut/polish job -stone cut/polish years -stone cut/polish job month -stone cut/polish u/k -veterinarian job -veterinarian years -veterinarian months -veterinarian u/k -welding job -welding years -welding months -welding u/k -rubber factory job -rubber factory years -rubber factory months -rubber factory u/k -pet store job -pet store years -pet store months -pet store u/k -measurement days since baseline exam at enrollment -in general, would you say your health is -measurement days since baseline exam at enrollment -not done -not done -units -o2 saturation at termination -not done -not done -specify -measurement days since baseline exam at enrollment -i become exhausted easily -i panic or get afraid when i cannot catch my breath -i feel that i am not in control of my lung/respiratory problem -i do not expect my lung/respiratory problem to get any better -exercise is not safe for me -everything seems too much of an effort -lung/respiratory medication -my lung/respiratory medication does not help me very much -i get embarrassed using my lung/respiratory medication in public -i cannot go out for entertainment or recreation -i cannot go out of house to do grocery shopping -measurement days since baseline exam at enrollment -days elapsed relative to measure_date on subject_demographics -most days or nights? -how old were you when you had your first attack? -sample id -racial category of participant -avascular necrosis/osteonecrosis_hip -avascular necrosis/osteonecrosis_shoulder -painful erections -splenectomy surgery -sample id -sample id -sample id -sample id -race of participant -bmi -sample id -sample id -race of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -race of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -race of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -race of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -race of participant -does participant currently smoke at least 1 cig per day? -sample id -sample id -sample id -Participant age at enrollment or age at which data or biosamples were collected -Adjusted LDL (mg/dl) -Ldl (mg/dL) -LDL -LDL-cholesterol (mg/dL) (LABA69) -BL1LDL -LDL -UNADJUSTED CALCULATED LDL (mg/dl) -Adjusted LDL (mg/dl) -UNADJUSTED CALCULATED LDL (mg/dl) -Adjusted LDL (mg/dl) -CALCULATED LDL (mg/dl) -Adjusted LDL (mg/dl) -Ldl - original value -HDL (mg/dl) -Hdl (mg/dL) -HDL CHOLESTROL -HDL-cholesterol (mg/dL) (LABA68) -BL1HDL -HDL CHOLESTROL (mg/dl) -HDL CHOLESTROL (mg/dl) -HDL (mg/dl) -HDL (mg/dl) -HDL (mg/dl) -Hdl - original value -BL1NTRIG -BL1CHOL -CHOL44 ADJUSTED FOR DRIFT (mg/dl) -1st systolic bp -2nd systolic bp -Mean systolic - two readings -AVE ZERO MUD SYSTOL (mm Hg) -13: Systolic (first BP) -16: Systolic (second BP) -9a: Sphygmomanometer (SBP) -10a: Sphygmomanometer (SBP) -11a: Sphygmomanometer (SBP) -12a: Sphygmomanometer (SBP) -13a: Sphygmomanometer (SBP) -14a: Sphygmomanometer (mean accepted SBP) -RZ1 SBP -FIRST CORRECTED SBP (A02R1S - A02RZ1S) -RZ2 SBP -SECOND CORRECTED SBP (A02R2S - A02RZ2S) -RZ3 SBP -THIRD CORRECTED SBP (A02R3S - A02RZ3S) -RZ1 SBP. Q 12 -FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 -RZ2 SBP. Q 15 -SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 -RZ3 SBP. Q 18 -THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 -SECOND & THIRD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_D). Q 20 -RZ1 SBP. Q 12 -FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 -RZ2 SBP. Q 15 -SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 -RZ3 SBP. Q 18 -THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 -2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_D). Q 20 -RZ1 SBP. Q 12 -FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 -RZ2 SBP. Q 15 -SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 -RZ3 SBP. Q 18 -THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 -2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_D). Q 20 -RZ1 SBP. Q 12 -FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 -RZ2 SBP. Q 15 -SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 -RZ3 SBP. Q 18 -THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 -2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_S). Q 20 -RZ1 SBP. Q 12 -FIRST CORRECTED SBP (R1_S - RZ1_S). Q 13 -RZ2 SBP. Q 15 -SECOND CORRECTED SBP (R2_S - RZ2_S). Q 16 -RZ3 SBP. Q 18 -THIRD CORRECTED SBP (R3_S - RZ3_S). Q 19 -2ND AND 3RD SYS (R2_RZ2_S + R3_RZ3_S). Q 20 -Systolic BP -SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -AVE SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -SYSTOLIC BP (mm Hg) -AVE ZERO MUDDLER SYSTOLIC BP (mm Hg) -AVE ZERO MUDDLER SYSTOLIC BP (mm Hg) -SUPINE SBP -BP-SYSTOLIC - NURSE -SYSTOLIC-RESTING, SIT -Palpated Systolic BP -5: Doppler systolic BP (mm Hg) -7: First brachial Doppler BP (mm Hg) -12: Second brachial BP (mm Hg) -Mean Systolic BP -BP: 10 PM - Systolic 1 -BP: 10 PM - Systolic 2 -BP: 10 PM - Systolic 3 -BP: 7 AM - Systolic 1 -BP: 7 AM - Systolic 2 -BP: 7 AM - Systolic 3 -BP: 10 AM - Systolic 1 -BP: 10 AM - Systolic 2 -BP: 10 AM - Systolic 3 -BP: 10 PM Systolic -BP: 7 AM Systolic -BP: 10 AM Systolic -PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #4 -PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #3 -PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #2 -PRE-INSTRUCTION BASELINE SBP #1 -1st diastolic bp -2nd diastolic bp -Mean diastolic - two readings -AVE ZERO MUD DIASTOL-adj (mm Hg) -14: Diastolic (first BP) -17: Diastolic (second BP) -9b: Sphygmomanometer (DBP) -10b: Sphygmomanometer (DBP) -11b: Sphygmomanometer (DBP) -12b: Sphygmomanometer (DBP) -13b: Sphygmomanometer (DBP) -14b: Sphygmomanometer (mean accepted DBP) -DIASTOLIC-RESTING, SIT -BP-DIASTOLIC- NURSE -SUPINE DBP -RZ1 DBP -FIRST CORRECTED DBP (A02R1D - A02RZ1D) -RZ2 DBP -SECOND CORRECTED DBP (A02R2D - A02RZ2D) -RZ3 DBP -THIRD CORRECTED DBP (A02R3D - A02RZ3D) -MEAN OF 2ND AND 3RD DBPS -RZ1 DBP. Q 12 -FIRST CORRECTED DBP (R1_D - RZ1_D). Q 13 -RZ2 DBP. Q 15 -SECOND CORRECTED DBP (R2_D - RZ2_D). Q 16 -RZ3 DBP. Q 18 -THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 -SECOND & THIRD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 -RZ1 DBP. Q 12 -FIRST CORRECTED DBP (R1_D - RZ1_D). Q 13 -RZ2 DBP. Q 15 -SECOND CORRECTED DBP (R2_D - RZ2_D). Q 16 -RZ3 DBP. Q 18 -THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 -2ND AND 3RD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 -RZ1 DBP. Q 12 -RZ2 DBP. Q 15 -RZ3 DBP. Q 18 -2ND AND 3RD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 -RZ1 DBP. Q 12 -FIRST CORRECTED DBP (R1_D - RZ1_D). Q 13 -RZ2 DBP. Q 15 -SECOND CORRECTED DBP (R2_D - RZ2_D). Q 16 -RZ3 DBP. Q 18 -THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 -2ND AND 3RD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 -RZ1 DBP. Q 12 -FIRST CORRECTED DBP (R1_D - RZ1_D). Q 13 -RZ2 DBP. Q15 -SECOND CORRECTED DBP (R2_D - RZ2_D). Q 16 -RZ3 DBP. Q 18 -THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 -2ND AND 3RD DIAS (R2_RZ2_D + R3_RZ3_D). Q 20 -DIASTOLIC BP (mm Hg) -DIASTOLIC BP (mm Hg) -DIASTOLIC BP (mm Hg) -AVE DIASTOLIC BP (mm Hg) -DIASTOLIC BP (mm Hg) -DIASTOLIC BP (mm Hg) -DIASTOLIC BP (mm Hg) -DIASTOLIC BP (mm Hg) -AVE ZERO MEDDLER DIASTOLIC BP (mm Hg) -AVE ZERO MUDDLER DIASTOLIC BP (mm Hg) -Diastolic BP -DIASTOLIC-RESTING, SIT -Mean Diastolic BP -BP: 10 PM - Diastolic 1 -BP: 10 PM - Diastolic 2 -BP: 10 PM - Diastolic 3 -BP: 7 AM - Diastolic 1 -BP: 7 AM - Diastolic 2 -BP: 7 AM - Diastolic 3 -BP: 10 AM - Diastolic 1 -BP: 10 AM - Diastolic 2 -BP: 10 AM - Diastolic 3 -BP: 10 PM Diastolic -BP: 7 AM Diastolic -BP: 10 AM Diastolic -PRE-INSTRUCTION BASELINE DBP #4 -PRE-INSTRUCTION BASELINE DBP #3 -PRE-INSTRUCTION BASELINE DBP #2 -PRE-INSTRUCTION BASELINE DBP #1 -THIRD CORRECTED DBP (R3_D - RZ3_D). Q 19 -PT'S HGT, CM. Q 1 -HT, IN INCHES -PT'S WGT, LBS. Q 2 -MEAN( B20WST1, B20WST2 ) -MEAN (D20WST1, D20WST2) (CM) -MEAN (E20WST1, E20WST2) (CM) -HIP GIRTH -HIP GIRTH (INCHES WITH 2 DECIMALS) -HIP GIRTH (INCHES WITH 2 DECIMALS) -HIP GIRTH (INCHES, TO NEXT LOWER 1/4 INCH) -HIP GIRTH (INCHES, TO NEXT LOWER 1/4 INCH) -HIP GIRTH (INCHES WITH 2 DECIMALS) -HIP GIRTH (INCHES, TO NEXT LOWER 1/4 INCH) -HIP GIRTH (INCHES, TO NEXT LOWER 1/4 INCH) -REGIONAL ANTHROPOMETRY - HIP GIRTH (INCHES) (TO NEXT LOWER 1/4 INCH) -Hip measurement in centimeters -Anthropometry: Hip girth -Hip girth, Exam 2 -Hip girth, Exam 4 -Hip girth, Exam 5 -Hip girth, Exam 6 -Hip girth, Exam 7 -Hip girth, Exam 9 -[Body size]. Hip girth (nearest cm). Q4b [Anthropometry Form, ANTAB, exam 2] -MEAS. 1: HIP GIRTH, CM. Q 4 -MEAS. 2: HIP GIRTH, CM. Q 4 -MEAN HIP GIRTH, CM -MEAN( B20HIPS1, B20HIPS2 ) -HIP GIRTH (CM), Q 4c -HIP GIRTH 1 (CM). Q 4b -HIP GIRTH 2 (CM). Q 4b -MEAN (D20HIPS1, D20HIPS2) (CM) -HIP GIRTH 1 (CM). Q 4b -HIP GIRTH 2 (CM). Q 4b -MEAN (E20HIPS1, E20HIPS2) (CM) -HIP (cm) -Hip measurement in centimeters -Hip girth (cm) (ANTA10B) -Age for INISC07 -Age for INHEM07 -Age for INCHM07 -Year of SDX completion [Stroke Final Diagnosis Form, SDX] -Stroke(self-reported) -AGE FIRST DIAGNOSED WITH STROKE/TIA. Q 19 -AGE DIAGNOSED-STROKE/TIA. Q 21 -AGE DIAGNOSED-STROKE/TIA. Q 22 -STK MODIFIED BL STAT -CDI - Stroke/TIA -Age for INDPP07 -Age for INDP07 -Age -Days since exam 1 [Cohort, Exam 2] -Days since exam 1 [Cohort, Exam 3] -Days since exam 1 [Cohort, Exam 4] -EXAM 1 AGE, TELEPHONE INTERVIEW -AGE VERIFY -AGE -AGE -AGE AT EXAM 2 -AGE AT EXAM3 -AGE AT EXAM 4 -AGE -AGE AT EXAM 5 -AGE AT SPIROMETRY -AGE -AGE -AGE AT EXAM 5 -AGE AT EXAM 5 MRI -AGE AT STRESS EXAM -AGE AT SPIROMETRY -AGE AT SPIROMETRY -Q3) HOW OLD ARE YOU? -Age = StdyDtqa - DOB -Age(yrs) at home induction interview -Participant's age of eligibility at H -CALCULATED AGE AT EXAM 1 -Age at DNA draw -AGE AT EXAM 1 (VERIFIED AT EXAM 2) -C12AGE -CALCULATED AGE AT EXAM 1 -CALCULATED AGE AT EXAM 3 -HIP: AGE AT EXAM -Age at baseline study -CALCULATED AGE AT EXAM 4 -CALCULATED AGE AT EXAM 1 -AGE -AGE -AGE - SPIROMETER -AGE - FORM 53 -CALCULATED AGE AT EXAM 5 -CALCULATED AGE AT EXAM 1 -CALCULATED AGE AT EXAM 6 -CALCULATED AGE AT EXAM 1 -Age of participant -Age at enrollment -Age at screening -Age when completed Form 43 -Days from rand to last mammogram -Days from rand to last pap smear -Days from randomization to pelvic exam -Days from randomization to ultrasound -Days from randomization to CBE -CBC Days since randomization/enrollment -Baseline ECG days since randomization -Follow-up ECG days since randomization -F143 Days since enrollment -F144 Days since enrollment -F145 Days since enrollment -F146 Days since enrollment -F147 Days since enrollment -F148 Days since enrollment -F149 Days since enrollment -F20 Days since randomization/enrollment -F2 Days since randomization -F30 Days since randomization/enrollment -F31 Days since randomization/enrollment -F32 Days since randomization/enrollment -F34 Days since randomization/enrollment -F35 Days since randomization -F37 Days since randomization/enrollment -F38 Days since randomization/enrollment -F39 Days since randomization/enrollment -F40 Days since randomization/enrollment -F41 Days since randomization/enrollment -F42 Days since enrollment -F43 Days since randomization/enrollment -F48 Days since enrollment -F80 Days since randomization/enrollment -F81 Days since randomization -F82 Days since randomization -F83 Days since randomization -F84 Days since randomization -F90 Days since randomization -F92 Days since randomization -Days since CT randomization to CaD randomization -F134 Days since randomization or enrollment -F60 Days since randomization/enrollment -ECG Days since randomization -F85 Days from randomization -Days from randomization to mammogram -F60 Days since randomization/enrollment -F150 Days since randomization -F153 Days since randomization or enrollment -F153 Days since randomization or enrollment -Days since randomization or enrollment -F44 Days since randomization/enrollment -Days enrollment to last WHI Form 33/33D -Days enrollment to last WHI form 33/33D -F151 Days since randomization or enrollment -F33 Days since randomization/enrollment -F45 Days since randomization/enrollment -Days enrollment to end of followup -Days enrollment to last form 33/33D -Days enrollment to last form 33/33D -Draw Days since randomization/enrollment -F155 Days since randomization or enrollment -F156 Days since randomization or enrollment -F157 Days since randomization or enrollment -F301 Days since randomization or enrollment -Exam days since randomization -F60 Days since randomization/enrollment -Days enrollment to end of followup -F135 Days from enrollment to Form 135 completion -Age = StdyDtqa - DOB -Age (age = formdate - DOB) -Age at Exam 1 -Age at Exam 10 -Age at Exam 11 -Age at Exam 12 -Age at Exam 13 -Age at Exam 14 -Age at Exam 15 -Age at Exam 16 -Age at Exam 17 -Age at Exam 18 -Age at Exam 19 -Age at NP battery (years) -Age at Exam 1 -Age at Exam 1 -Age at Exam 2 -Age at Exam 21 -Age at Exam 22 -Age at Exam 23 -Age at Exam 24 -Age at Exam 25 -Age at Exam 26 -Age at Exam 27 -Age at Exam 28 -Age at Exam 29 -Age at Exam 20 -Age at Exam 2 -Age at Exam 2 -Age at Exam 3 -Age at Exam 4 -Age at Exam 5 -Age at Exam 6 -Age at Exam 7 -Age at Exam 8 -Age at Exam 9 -Age at Exam 30 -Age at Exam 31 -Age at Exam 32 -Age at Exam 3 -Age at Exam 4 -Age at Exam 5 -Age at Exam 6 -Age at Exam 7 -Age at Exam 8 -Age at Exam 9 -AGE AT X-RAY -SELF-REPORTED AGE AT BASELINE -CALCULATED AGE AT BASELINE -CALCULATED AGE AT BASELINE -AGE AT YEAR 11 -SELF-REPORTED AGE AT BASELINE -Sex (from FTRA22) [Cohort, Exam 2] -Sex (uncorrected from FTRA22) [Cohort, Exam 1] -Sex (From FTRA22) [Cohort, Exam 4] -EXAM 1 SEX, TELEPHONE INTERVIEW -SEX (VERIFIED AT EXAM 2) -SEX (VERIFIED AT EXAM 2) -SEX (VERIFIED AT EXAM 2) -SEX (VERIFIED AT EXAM 2) -PATIENT DATA: SEX -SEX (VERIFIED AT EXAM 2) -SEX - FORM 53 -SEX (VERIFIED AT PPTS LAST EXAM) -SEX (VERIFIED AT PPTS LAST EXAM) -SEX OF PARTICIPANT -Participant sex -Sex of participant -Sex of participant -C12SEX -Sex of participant -SEX - SPIROMETER -Sex -Race (from FTRA23) [Cohort, Exam 2] -Race (from FTRA23) [Cohort, Exam 1] -Race (from FTRA23) [Cohort, Exam 4] -Race -EXAM 1 RACE, TELEPHONE INTERVIEW -RACE VERIFY -RACE (VERIFIED AY EXAM 2) -RACE (VERIFIED AT EXAM 2) -RACE CODE -RACE (VERIFIED AY EXAM 2) -RACE (VERIFIED AY EXAM 2) -RACE (VERIFIED AT PPTS LAST EXAM) -RACE (VERIFIED AT PPTS LAST EXAM) -RACE -RACE -RACE -RACE -SPANISH/HISPANIC/LATINO -OTHER HISPANIC -OTHER HISPANIC -OTHER HISPANIC -MEXICAN, CHICANO, MEXICAN-AMERICAN -MEXICAN, CHICANO, MEXICAN-AMERICAN -MEXICAN, CHICANO, MEXICAN-AMERICAN -DOMINICAN -DOMINICAN -DOMINICAN -PUERTO RICAN -PUERTO RICAN -PUERTO RICAN -CUBAN -CUBAN -CUBAN -RACE -RACE -RACE -RACE -HISPANIC ORIGIN -HISPANIC ORIGIN -SPECIFY OTHER RACE -SPECIFY OTHER RACE -Race -Sociodemographic questions-Self administered: Which of following best describes your race (check ALL that apply): Asian -Sociodemographic questions-Self administered: Which of following best describes your race (check ALL that apply): Native Hawaiian or other Pacific Islander -Sociodemographic questions-Self administered: Which of following best describes your race (check ALL that apply): American Indian or Alaska native -WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU - RACE ASIAN -WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU - RACE NATIVE HAWAIIAN OR OTHER PACIFIC ISLANDER -WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU - RACE AMERICAN INDIAN OR ALASKA NATIVE -WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): SPANISH/HISPANIC/LATINO -WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): ASIAN -WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): NATIVE HAWAIIAN OR OTHER PACIFIC ISLANDER -WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): AMERICAN INDIAN OR ALASKA NATIVE -WHICH OF THE FOLLOWING BEST DESCRIBES YOU? (CHECK ALL THAT APPLY): OTHER -Which of following best describe you? (check all that apply): Spanish/Hispanic/Latino -Which of following best describe you? (check all that apply): Asian -Which of following best describe you? (check all that apply): Native Hawaiian or other Pacific Islander -Which of following best describe you? (check all that apply): American Indian or Alaska native -Which of following best describe you? (check all that apply): Other -Are you Spanish/Hispanic/Latino -American Indian or Alaskan Native -Asian Indian -Chinese -Filipino -Japanese -Korean -Vietnamese -Other Asian -Native Hawaiian -Guamanian or Chamorro -Samoan -Other Pacific Islander -Some other race -Race - Native American (0=no,1=yes) -Race - Asian (0=no,1=yes) -Race - Hawaiian or Pacific Islander (0=no,1=yes) -Race - Caucasian (0=no,1=yes) -7-level re-classification of Hispanic/Latino background -PATIENT DATA: ETHNIC -Race of participant -Race -Hispanic or Latino -Race - american indian/alaska native -Race - asian -Race - other -Race - native hawaiian or other pacific islander -MAXINT FROM BASELINE REREADS (mm) -ORIGINAL BASELINE MAXCOM -ORIGINAL BASELINE MAXINT -BL REREAD MAXCOM -BL REREAD MAXINT -YEAR 5 MAXCOM -YEAR 5 MAXINT -LT ICA MEAN CIMT (mm) AVG -LT ICA MEAN CIMT (mm) V1 -LT ICA MEAN CIMT (mm) V2 -LT ICA MEAN CIMT (mm) V3 -LT ICA MAX CIMT (mm) AVG -LT ICA MAX CIMT (mm) V1 -LT ICA MAX CIMT (mm) V2 -LT ICA MAX CIMT (mm) V3 -RT ICA MEAN CIMT (mm) AVG -RT ICA MEAN CIMT (mm) V1 -RT ICA MEAN CIMT (mm) V2 -RT ICA MEAN CIMT (mm) V3 -RT ICA MAX CIMT (mm) AVG -RT ICA MAX CIMT (mm) V1 -RT ICA MAX CIMT (mm) V2 -RT ICA MAX CIMT (mm) V3 -LT ICA MEAN CIMT (mm) AVG -LT ICA MEAN CIMT (mm) V1 -LT ICA MEAN CIMT (mm) V2 -LT ICA MEAN CIMT (mm) V3 -LT ICA MAX CIMT (mm) AVG -LT ICA MAX CIMT (mm) V1 -LT ICA MAX CIMT (mm) V2 -LT ICA MAX CIMT (mm) V3 -RT ICA MEAN CIMT (mm) AVG -RT ICA MEAN CIMT (mm) V1 -RT ICA MEAN CIMT (mm) V2 -RT ICA MEAN CIMT (mm) V3 -RT ICA MAX CIMT (mm) AVG -RT ICA MAX CIMT (mm) V1 -RT ICA MAX CIMT (mm) V2 -RT ICA MAX CIMT (mm) V3 -AGE OF FIRST MI DX -ECG MI by 2007 -Age for SMI07 -ECG - MI - INFERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCTION--ANTERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCTION--INFERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCT-ANTERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCT-INFERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCT-ANTERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCT-INFERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCT-ANTERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCT-INFERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCT-ANTERIOR -ECG: MYOCARDIAL INFARCT-INFERIOR -31: What did doctor say it was? -17: What did doctor say it was? -INCIDENT MI -FATAL OR NONFATAL MI -MI MODIFIED BL STAT -MI MODIFIED BL STAT -MI AT BL (SELF-REPORT) -AGE DIAGNOSED-HEART ATTACK. Q 8 -AGE DIAGNOSED-HEART ATTACK. Q 3 -Prior MI -MD said pt had coronary angioplasty? -MD said pt had coronary angioplasty? -Cardiovascular procedure codes -INCIDENT ANGIOPLASTY -Has had coronary angioplasty -[Second transfer]. Holter monitoring. Pacemaker (temporary, wires). Coronary stent. Q29p1 [Hospital Abstraction Form] -CORONARY BYPASS GRAFT (CBG) -13a. Coronary bypass -13a. Coronary bypass -13a. Coronary bypass -13a. Coronary bypass -CORONARY BYPASS Q13A -CORONARY BYPASS Q13A -CORONARY BYPASS Q13A -CORONARY BYPASS Q13A -CORONARY BYPASS SURGERY -CORONARY BYPASS SURGERY - INTERIM -CARDIOVASCULAR PROCEDURES (IN THE INTERIM ONLY, NOT LIFETIME) CORONARY BYPASS SURGERY (IF YES, FILL IN FR346) -CORONARY BYPASS SURGERY -CORONARY BYPASS SURGERY -CORONARY BYPASS SURGERY -CORONARY BYPASS SURGERY -CORONARY BYPASS SURGERY SEE NOTE BELOW -Cardiovascular procedure codes -CORONARY BYPASS SURGERY -INCIDENT BYPASS SURGERY -CORONARY BYPASS SURGERY AT BL -CABG -CABG -CABG -CABG -F136 CABG -X RAY: CHF -1ST EXAMINER BELIEVES CHF -INCIDENT CHF -CHF MODIFIED BL STAT -CHF MODIFIED BL STAT -CHF AT BL (SELF-REPORT) -CHF -CHF -CHF -CHF -CHF fatal -CHF fatal -F136 Diastolic HF -F136 Systolic HF -F136 CHFPVD -HTN -DOCTOR - HIGH BP Q7C -DOCTOR - HIGH BP Q7C -DOCTOR - HIGH BP Q7C -DOCTOR - HIGH BP Q7C -JNC 6 BP classification -JNC 7 BP classification -AGE WHEN TOLD HAD HBP. Q 1.01B -AGE WHEN TOLD HAD HBP. Q 1.01B -AGE HIGH BP DIAGNOSED. Q 1 -AGE WHEN TOLD HAD HBP. Q 1 -AGE FIRST TOLD HIGH BP - MON 96 -AGE DIAGNOSED-HBP. Q 1 -AGE DIAGNOSED-HBP. Q 1 -Glu44 adjusted for drift -Glu44 adjusted for drift -GLU44 ADJUSTED FOR DRIFT (mg/dl) -Glucose_fast - original value -Glucose_ogtt - original value -Insulin_fast - original value -Insulin_ogtt - original value -HBA1C % -Age of diagnosis -6a: Had doctor said you had Sugar/diabetes? -AGE DIAGNOSED-DIABETES. Q 4 -AGE DIAGNOSED-DIABETES. Q 4 -Atrial fibrillation/flutter; by visual flag [ECG data, exam 1] -Atrial fibrillation/flutter; by visual flag [ECG data, exam 2] -Atrial fibrillation/flutter; by visual flag [ECG data, exam 3] -Atrial fibrillation/flutter; by visual flag [ECG data, exam 4] -ATRIAL FIB BY ECG -ATRIAL FIB BY ECG -ATRIAL FIB BY ECG -ATRIAL FIB BY ECG -ATRIAL FIB BY ECG -ATRIAL FIB BY ECG -ATRIAL FIB BY ECG -ATRIAL FIB BY ECG -ATRIAL FIB BY ECG -ATRIAL FIB BY ECG -ATRIAL FIB BY ECG -ATRIAL FIB BY ECG -A-fib/flutter -A-fib/flutter -ECG: RHYTHM--PREDOMINANT -ECG: Rhythm--predominant -Electrocardiograph-Part I: Rhythm--predominant -Electrocardiograph: Rhythm--predominant -Prior AF -QRS interval [ECG Machine Coding (ECGC), exam 2] -QRS interval [ECG Machine Coding (ECGD04), exam 3] -QRS interval [ECG Machine Coding (ECGE04), exam 4] -QRS interval [Cohort, Exam 2] -QRS interval [ECG Machine Coding, exam 1] -QRS INTERVAL (msec) -QRS INTERVAL (MSEC) -QRS INTERVAL (MSEC) -QRS INTERVAL (MSEC) -QRS INTERVAL -QRS INTERVAL -QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) -ECG: QRS INTERVAL -ECG: QRS INTERVAL -ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: QRS INTERVAL -ECG: QRS INTERVAL -ECG: QRS INTERVAL -ECG: QRS INTERVAL -ECG: QRS INTERVAL -ECG: QRS INTERVAL -ECG: QRS INTERVAL -ECG: QRS INTERVAL -ECG: QRS INTERVAL -ECG: QRS INTERVAL -ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG - QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG - QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG - QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) -ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) -ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) -ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) -ECG: QRS interval -ECG: QRS INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: ORS INTERVAL -QRSduration -QRS INTERVAL, MSEC -QRS INTERVAL, MSEC -QRS INTERVAL, MSEC -QRS INTERVAL, MSEC -QRS INTERVAL, MSEC -QRS INTERVAL, MSEC -QRS INTERVAL, MSEC -QRS INTERVAL, MSEC -QRS INTERVAL, MSEC -QRS INTERVAL, MSEC -QRS INTERVAL, MSEC -QRS INTERVAL, MSEC -QT INTERVAL (MSEC) -QT INTERVAL (msec) -QT INTERVAL (MSEC) -QT INTERVAL (MSEC) -QT INTERVAL -QT INTERVAL -Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) -ECG: QT INTERVAL -ECG: QT INTERVAL -ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: QT INTERVAL -ECG: QT INTERVAL -ECG: QT INTERVAL -ECG: QT INTERVAL -ECG: Q-T INTERVAL -ECG: QT INTERVAL -ECG: QT INTERVAL -ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG - Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG - Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) -ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) -ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) -ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) -ECG: Q-T interval -ECG: Q-T INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -Q-T INTERVAL, MSEC -Q-T INTERVAL, MSEC -Q-T INTERVAL, MSEC -Q-T INTERVAL, MSEC -Q-T INTERVAL, MSEC -Q-T INTERVAL, MSEC -Q-T INTERVAL, MSEC -Q-T INTERVAL, MSEC -Q-T INTERVAL, MSEC -Q-T INTERVAL, MSEC -Q-T INTERVAL, MSEC -Q-T INTERVAL, MSEC -ECG: QT (ms) -ECG: QTc (ms) -QTc calculated (ECGA12) -PR INTERVAL (msec) -PR INTERVAL (MSEC) -PR Interval -PR INTERVAL (MSEC) -PR INTERVAL (MSEC) -P-R INTERVAL -P-R INTERVAL -P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) -ECG: P-R INTERVAL -ECG: P-R INTERVAL -ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: P-R INTERVAL -ECG: P-R INTERVAL -ECG: P-R INTERVAL -ECG: P-R INTERVAL -ECG: P-R INTERVAL -ECG: P-R INTERVAL -ECG: P-R INTERVAL -ECG: P-R INTERVAL -ECG: P-R INTERVAL -ECG: P-R INTERVAL -ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG - P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF SECOND) -ECG - P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) -ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) -ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) -ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) -ECG: P-R interval -ECG: P-R INTERVAL (HUNDREDTHS OF A SECOND) -P-R INTERVAL, MSEC -P-R INTERVAL, MSEC -P-R INTERVAL, MSEC -P-R INTERVAL, MSEC -P-R INTERVAL, MSEC -P-R INTERVAL, MSEC -P-R INTERVAL, MSEC -P-R INTERVAL, MSEC -P-R INTERVAL, MSEC -P-R INTERVAL, MSEC -P-R INTERVAL, MSEC -PR Interval (msec) -ECG: PR Interval (ms) -Cornell voltage in UV (S In V3+r In AVL) [Cohort, Exam 2] -Cornell voltage in mm [Cohort, Exam 2] -Absolute value of ECGRA198 plus ECGRA170 Cornell voltage in Uv (S In V3+r In Avl) [Cohort, Exam 1] -Cornell voltage in nm [Cohort, Exam 1] -Cornell voltage in UV (S in V3+r in AVL) [Cohort, Exam 3] -Cornell voltage in mm [Cohort, Exam 3] -Cornell voltage in mm [Cohort, Exam 4] -LVH -ECG - LVH -ECG: LVH -HRVCVOLT - cornell voltage criteria -LVH by Minnesota Code -Pacemaker [ECG data, exam 4] -Artificial pacemaker; by Visual flag [ECG data, exam 4] -Electronic pacemaker, by visual flag [ECG data, exam 4] -Ventricular or dual-chamber pacemaker, by visual flag [ECG data, exam 4] -Pacemaker [ECG data, exam 3] -Artificial pacemaker; by Visual flag [ECG data, exam 3] -Electronic pacemaker, by visual flag [ECG data, exam 3] -Ventricular or dual-chamber pacemaker, by visual flag [ECG data, exam 3] -Pacemaker [ECG data, exam 2] -Artificial pacemaker; by Visual flag [ECG data, exam 2] -Electronic pacemaker, by visual flag [ECG data, exam 2] -Ventricular or dual-chamber pacemaker, by visual flag [ECG data, exam 2] -Pacemaker [ECG data, exam 1] -Artificial pacemaker; by Visual flag [ECG data, exam 1] -Electronic pacemaker, by visual flag [ECG data, exam 1] -Ventricular or dual-chamber pacemaker, by visual flag [ECG data, exam 1] -[Second transfer]. Holter monitoring. Pacemaker (temporary, wires). Coronary stent. Q29p1 [Hospital Abstraction Form] -PACEMAKER -MAJOR ABNORMALITY 9 PER MINNESOTA CODE: PACEMAKER -PACEMAKER IMPLANT -VENTRICULAR OR DUAL-CHAMBER PACEMAKER, BY VISUAL FLAG -ELECTRONIC PACEMAKER, BY VISUAL FLAG -PACEMAKER -CONFIRMED: PACEMAKER -ELECTRONIC PACEMAKER, BY VISUAL FLAG -VENTRICULAR OR DUAL-CHAMBER PACEMAKER, BY VISUAL FLAG -PACEMAKER -A PACEMAKER IMPLANT -A PACEMAKER IMPLANT -A PACEMAKER IMPLANT -Cardiovascular procedure codes -ECG: RHYTHM--PREDOMINANT -ECG: Rhythm--predominant -ECG: PACEMAKER -PACEMAKER -ECG: PACEMAKER -PACEMAKER -ECG: PACEMAKER -PACEMAKER -Electrocardiograph: Rhythm--predominant -Electrocardiograph-Part I: Rhythm--predominant -Hematocrit % -Hematocrit % (MAV). Q1 [Hematology Form, exam 1] -Hematocrit % (MAV). Q1 [Hematology Form, exam 2] -Hematocrit. Q5 [Hematology Lab, exam 3] -Hematocrit. Q5 [Hematology Lab, exam 4] -HEMATOCRIT FROM CBC DIFFERENTIAL, % -HEMATOCRIT (%) -H.C.T. -HEMATOCRIT -HCT -HEMATOCRIT -Hematologic - Hct -HEMATOCRIT (PERCENT) -HEMATOCRIT (%) -HEMATOCRIT (%) -HEMATOCRIT (%) -HEMATOCRIT (%) -HEMATOCRIT (%) -Hematocrit (%) -F136 Hematocrit, % -% Hematocrit (LABA4) -H.G.B. -HGB -Hematologic - Hgb -RBC -WBC -Hematologic - WBC -Factor VII value [Hemostasis Lab, exam 1] -Factor VII value [Hemostasis Lab, exam 3] -FACTOR VII (%) -FACTOR VII (%) -FACTOR VII (%) -FACTOR VII (%) -FACTOR VII (%) -FACTOR VII (%) -FACTOR VII (%) -FACTOR VII (%) -Factor VIII C value [Hemostasis Lab, exam 1] -CALIBRATED FACTOR VIII (%) -FACTOR VIII (%) -FACTOR VIII % -FACTOR VIII (%) -FACTOR VIII (%) -FACTOR VIII (%) -Days from baseline to VT or censoring (through dec01) -F33 Outpatient DVT or PE -Days enrollment to F33 Outpatient DVT or PE -PULMONARY EMOBOLUS -Prior VT -Y7 CRP (BNII Method) in uG per ML -RERUN CRP (uG/ml - BNII METHOD) -CRP (mg/L) -Crp am (ug/mL) -Crp am - original value -Log (Crp am) -Crp pm (ug/mL) -Crp pm - original value -Log (crp pm) -Log CRP am -Log CRP pm -IL6 PG/ML -IL6 (PG/ML) -IL6 (pg/mL) -IL6 RESULTS (PG/ML) -New cohort cre44 adjusted for drift (mg/--incomplete) -Cre44 adjusted for drift -CRE44 ADJUSTED FOR DRIFT (mg/dl) -CYSTATIN-C (mg/L) AT EXAM 5 -FVC, TRIAL 1 -MAXIMUM FVC -MAXIMUM FVC (5 TRIALS) -MAXIMUM FVC (8 TRIALS) -FVC, TRIAL 4 -FVC, TRIAL 3 -FVC, TRIAL 2 -FVC, TRIAL 5 -FVC, TRIAL 6 -MAXIMUM FVC -MAXIMUM FVC -FVC (mL) (PRBA25) -FVC (L) -FVC (L) -FVC -FEV1, TRIAL 1 -FEV1, TRIAL 2 -FEV1, TRIAL 3 -FEV1, TRIAL 4 -FEV1, TRIAL 5 -FEV1, TRIAL 6 -MAXIMUM FEV1 -MAXIMUM FEV1 -MAXIMUM FEV1 -MAXIMUM FEV1 (5 TRIALS) -FEV1 (mL) (PRBA29) -MAXIMUM FEV1 (8 TRIALS) -FEV1 (L) -FEV1 (L) -FEV1 (L) -14: Was it confirmed by a doctor? -10b: Age when told this -AGE DIAGNOSED-ASTHMA. Q 14 -AGE DIAGNOSED-ASTHMA. Q 14 -WAS IT CONFIRMED BY A DOCTOR -AT WHAT AGE DID IT STOP -WAS IT CONFIRMED BY A DOCTOR -CDI-ASTHMA -CDI-ASTHMA -RESPIRATORY SYMPTOMS & CHF COMPLAINTS: ASTHMA-SEASONAL -RESPIRATORY SYMPTOMS & CHF COMPLAINTS: TROUBLE WITH WHEEZING-ASTHMA -AGE DIAGNOSED-EMPHYSEMA. Q 20 -AGE DIAGNOSED-EMPHYSEMA. Q 19 -CDI-EMPHYSEMA -CDI-EMPHYSEMA -Apnea/hypopnea index (3% desat) (SLPA54) -Cigarette Pack Years -Cigarette use (1-Never,2=Former,3=Current) -Cigarette years of smoking [Cohort, Exam 1] -Current cigarette smoker [Cohort, Exam 1] -Former cigarette smoker [Cohort, Exam 1] -Current cigarette smoker [Cohort, Exam 4] -Former cigarette smoker [Cohort, Exam 4] -Do you now smoke cigarettes? Q30 [Home Interview, exam 1] -Age stopped smoking cigarettes Q31 [Home Interview, exam 1] -How many years did you not smoke cigarettes? Q34 [Home Interview, exam 1] -Do you now smoke cigarettes? -If yes to [SMKNOW15]: How many cigarettes do you smoke per day now? -[Other items]. Do you now smoke cigarettes? [Annual Follow-up Questionnaire Form, AFUG] -If no to [SMKNOW15]: month stopped smoking? -If no to [SMKNOW15]: year stopped smoking? -Data on smoking collected when? -SMOKED AT LEAST 100 CIGARETTES IN LIFETIME -CIGARETTES: AGE QUIT SMOKING -SMOKE IN PAST 2 HRS -SMOKE CIGARETTES -SMOKE IN PAST 2 HRS -SMOKED AT LEAST 100 CIGARETTES IN LIFETIME -CIGARETTES: AGE QUIT SMOKING -SMOKED CIGARETTES: LAST 30 DAYS -SMOKED 100+ CIGARETTES IN LIFETIME -SMOKED CIGARETTES IN THE LAST 30 DAYS -AGE QUIT SMOKING CIGARETTES -SMOKE IN PAST 2 HRS -SMOKE CIGARETTES -SMOKED CIGARETTES: LAST 30 DAYS -SMOKE_STAT -SMOKED CIGARETTES: LAST 30 DAYS -Current smoker [Cohort, Exam 3] -Former smoker [Cohort, Exam 3] -30. Do you now smoke cigarettes? -30. Do you now smoke cigarettes? -30. Do you now smoke cigarettes? -30. Do you now smoke cigarettes? -50. Do you now smoke cigarettes? -SMOKE CIGARRETES Q30 -SMOKE CIGARRETES Q30 -SMOKE CIGARRETES Q30 -SMOKE CIGARRETES Q30 -1: Smoked at least 400 cigarettes -2: Age when first smoke cigarettes -3: Do you now smoke cigarettes -4a: Since you last smoked (months) -4b: Since you last smoked (years) -5: Cigarettes you smoke per day -7: How soon do you smoke? -9: Difficult to refrain from smoking -10: Smoke when ill? -12: Years off cigarettes? -13: How deeply do you inhale? -IF EX-SMOKER, WHEN QUIT -PT TRIED TO STOP SMOKING W/I PAST 2 YRS -CURRENT SMOKER? -LIFETIME CIGARETTE COMSUMPTION > 99 -Smoke >= 1 cigarette/day (C) -Smoke >= 1 cigarette/week (C) -Smoke >= 1 cigarette/week for a month (C) -CIGARETTES, # SMOKED/DAY. Q 2.05 -NEW SMOKER: STILL SMOKES? Q 2.04A -STILL SMOKES CIGARETTES REGULARLY? Q 2.01 -CURR BRAND: MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.06 -CURR BRAND: REGULAR/KING SIZE/LONG. Q 2.06 -CURR BRAND: SOFT/HARD PACK. Q 2.06 -CURR BRAND: FILTERED/UNFILTERED. Q 2.06 -OLD BRAND 2: MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.07 -OLD BRAND 2: REGULAR/KING SIZE/LONG. Q 2.07 -OLD BRAND 2: SOFT/HARD PACK. Q 2.07 -OLD BRAND 2: FILTERED/UNFILTERED. Q 2.07 -OLD BRAND 1: MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.07 -OLD BRAND 1: REGULAR/KING SIZE/LONG. Q 2.07 -OLD BRAND 1: SOFT/HARD PACK. Q 2.07 -OLD BRAND 1: FILTERED/UNFILTERED. Q 2.07 -OLD BRAND 4: MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.07 -OLD BRAND 4: REGULAR/KING SIZE/LONG. Q 2.07 -OLD BRAND 4: SOFT/HARD PACK. Q 2.07 -OLD BRAND 4: FILTERED/UNFILTERED. Q 2.07 -OLD BRAND 3: MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.07 -OLD BRAND 3: REGULAR/KING SIZE/LONG. Q 2.07 -OLD BRAND 3: SOFT/HARD PACK. Q 2.07 -OLD BRAND 3: FILTERED/UNFILTERED. Q 2.07 -EXPECTS TO SMOKE IN 5 YRS? Q 2.10 -TRIED TO STOP SMOKING, PAST 2 YRS? Q 2.09 -1985 FTC TAR OF CURRENT BRAND -HOW OFTEN SMOKE INHALED? Q 2.08 -Smoking: Years smoked -# CIGS/DAY - MON 12 -SMOKES, DOESN'T REMEMBER, DOESN'T SMOKE. Q 1 -MENTHOLATED/NONMENTHOLATED -REGULAR/KING-SIZE/LONG -SOFT/HARD PACK -FILTERED/UNFILTERED -Adjusted years smoked -BEGINNER, STILL SMOKES? Q 2.04a -HOW MANY YRS SMOKED REGULARLY? Q 2.03 -STILL SMOKE? Q 2.01 -DO YOU EXPECT TO SMOKE IN 5 YRS? Q 2.10 -HOW OFTEN SMOKE INHALED? Q 2.08 -CIGARETTES, # SMOKED/DAY. Q 2.05 -HRS/WK EXP TO SMK IN HOME. Q 9 -HAS SMOKED CIGARETTES. Q 2 -SMOKE >= 10 CIG. A DAY FOR >= 1 MONTH. Q 12 -# OF CIGS/DAY - MON 48 -# OF CIGS/DAY - MON 36 -SMOKES, DOESN'T REMEMBER, DOESN'T SMOKE. Q 1 -BEGINNER, STILL SMOKES? Q Q 2.04a -HOW MANY YRS SMOKED REGULARLY? Q 2.03 -STILL SMOKE? Q 2.01 -PORTION OF CIGARETTE THAT IS UNSMOKED. Q 2.08 -MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.06e -REGULAR/KING-SIZE/LONG. Q 2.06d -SOFT/HARD PACK. Q 2.06c -FILTERED/UNFILTERED. Q 2.06b -CIGARETTES, # SMOKED/DAY. Q 2.05 -QUIT ATTEMPT: OTHER. Q 2.12 -QUIT ATTEMPT: SOUGHT PROFESSIONAL HELP. Q 2.12 -LONGEST ATTEMPT TO QUIT. Q 2.11 -HOW MANY ATTEMPTS TO QUIT >= 48 HRS. Q 2.10 -TRIED TO QUIT IN LAST 3 YEARS. Q 2.10 -REASON QUIT -EXPENSE OF HABIT. Q 2.13f -REASON QUIT -TIRED OF HABIT. Q 2.13e -REASON QUIT -FAMILY/FRIENDS SUGGESTED. Q 2.13d -REASON QUIT -HEALTH CONCERN. Q 2.13b -REASON QUIT -MD RECOMMENDED. Q 2.13a -HAS SMOKED CIGARETTES. Q 2 -SMOKED SINCE LAST CUFF INFLATION? -# OF CIGS/DAY - MON 72 -SMOKES, DOESN'T REMEMBER, DOESN'T SMOKE. Q 1 -HAS SMOKED CIGARETTES. Q 2 -SOFT/HARD PACK. Q 2.04c -FILTERED/UNFILTERED. Q 2.04b -CIGARETTES, # SMOKED/DAY. Q 2.03 -BEGINNER, STILL SMOKES? Q 2.02a -STILL SMOKE? Q 1.01 -HOW MANY ATTEMPTS TO QUIT >= 48 HRS. Q 2.05 -TRIED TO QUIT IN LAST 2 YEARS. Q 2.05 -MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.04e -REGULAR/KING-SIZE/LONG. Q 2.04d -# OF CIGS/DAY - MON 96 -SMOKED IN PAST 24 HOURS? Q 1 -STILL SMOKE? Q 2.01 -HOW MANY ATTEMPTS TO QUIT >= 48 HRS. Q 206 -TRIED TO QUIT IN PAST 3 YRS. Q 2.06 -MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.05e -REGULAR/KING-SIZE/LONG. Q 2.05d -SOFT/HARD PACK. Q 2.05c -FILTERED/UNFILTERED. Q 2.05b -SMOKE EVERY DAY. Q 2.04 -CIGARETTES, # SMOKED/DAY. Q 2.03 -BEGINNER, STILL SMOKES? Q 2.02a -HAS SMOKED CIGARETTES. Q 2 -AWARE OF CESSATION PGMS IN COMMUNITY. Q 2.08 -SMOKED IN PAST 24 HRS? -SMOKED IN PAST 24 HOURS? Q 1 -FILTERED/UNFILTERED. Q 2.05 -SMOKE EVERY DAY. Q 2.04 -BEGINNER, STILL SMOKES? Q 2.02a -CIGARETTES, # SMOKED/DAY. Q 2.03 -STILL SMOKE? Q 2.01 -ON SMOKE DAYS, HOW MANY CIGARETTES. Q 2.04b -SMOKED ON HOW MANY DAYS IN PAST 30. Q 2.04a -HOW MANY ATTEMPTS TO QUIT >= 48 HRS -TRIED TO QUIT IN PAST 5 YRS. Q 2.06 -MENTHOLATED/NONMENTHOLATED. Q 2.05c -REGULAR/KING-SIZE/LONG. Q 2.05b -HAS SMOKED CIGARETTES. Q 2 -DID YOU SMOKE CIGARETTES -Pack-years @year 15 -Pack-years @year 10 -Pack-years @year 7 -Pack-years @year 5 -Pack-years @year 2 -Pack-years @year 0 -Current Smoker -Past Smoker -Age Quit Smoking -Age quit smoking regularly -Quit smoking because of health problems -Pack years of smoking -Pack years of smoking (categorical) -Smoke cigarettes now -Smoke cigarettes now -Smoke cigarettes now -Smoke cigarettes now -Smoke cigarettes now -Smoke cigarettes now -Smoke cigarettes now -How many cigarettes/day -Cigarettes per day -Cigarettes per day -How many cigarette per day -How many cigarette per day -Cigarettes per day -Smoke or smoked, cigarettes/day -How many cigarettes per day -Smoke, cigs/day -Cigarettes per day -Years a regular smoker -Smoke cigarettes now -SMOKED IN LIFETIME -SMOKED CIGARETTES LAST 30 DAYS -SMOKED IN LIFETIME -SMOKED CIGARETTES LAST 30 DAYS -PACK YEARS SMOKED -PACK YEARS SMOKED -PACK YEARS SMOKED -HOW MANY DID YOU SMOKE PER DAY ON AVER (99=UNKNOWN) -HOW MANY DID YOU SMOKE PER DAY ON AVER. -SMOKED MORE THAN 100 CIGARETTES -QUIT SMOKING IN LAST YEAR -Do you now smoke cigarettes? -HOW OLD WERE WHEN YOU STOPPED SMOKING (99=UNKNOWN) -HOW OLD WERE WHEN YOU STOPPED SMOKING -SMOKES CIGARETTES -IF STOPPED, AGE STOPPED -SMOKING NOW -SMOKING LAST YEAR(NOT SMOKING NOW) -NO. OF CIGARETTES PER DAY -INHALES CIGARETTES -MAX NO. CIGARETTES PER DAY -STOP SMOKING CIGARETTE LAST YEAR OR LONGER -NO. YEARS STOPPED SMOKING CIGARETTE -SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR -INHALED CIGARETTES -FILTER CIGARETTE -HOURS SINCE LAST CIGARETTE -If yes to [SMKNOW15]: How many cigarettes do you smoke per day now? -BRAND OF CIGARETTE XXXXXXXX (FIRST EIGHT LETTERS OF CIGARETTE BRAND) -SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN PAST YEAR -HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE PER DAY -SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR -CIGARETTES - DO YOU INHALE? -CIGARETTE BRAND XXXXXXXX (FIRST EIGHT LETTERS OF CIGARETTE BRAND) -CIGARETTE-STRENGTH -CIGARETTE-TYPE -CIGARETTE-FILTER -CIGARETTE-LENGTH -HOURS SINCE LAST CIGARETTE -SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR -HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE A DAY -CIGARETTE BRAND XXXXXXXX (FIRST 8 LETTERS OF BRAND) -HOW MANY HOURS SINCE LAST CIGARETTE -IF YES (TO EF08), HOW MANY HOURS SINCE YOUR LAST CIGARETTE? -SMOKE CIGARETTES REGULARLY IN PAST YEAR -HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE PER DAY -BRAND OF CIGARETTE -SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR -HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE PER DAY? -CIGARETTE BRAND XXXXXXXX FIRST EIGHT LETTERS OF CIGARETTE BRAND -SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR -CIGARETTES - DO YOU INHALE? -CIGARETTE-STRENGTH -CIGARETTE-TYPE -CIGARETTE-FILTER -CIGARETTE-LENGTH -HOURS SINCE LAST CIGARETTE -SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR? -CIGARETTES - HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE PER DAY? -CIGARETTES - DO YOU INHALE? -CIGARETTE-STRENGTH -CIGARETTE-TYPE -CIGARETTE-FILTER -CIGARETTE-LENGTH -HOURS SINCE LAST CIGARETTE -CIGARETTE BRAND XXXXXXXX FIRST EIGHT LETTERS OF CIGARETTE BRAND -SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR -CIGARETTES - DO YOU INHALE? -CIGARETTE BRAND XXXXXXXX FIRST EIGHT LETTERS OF CIGARETTE BRAND -CIGARETTE-STRENGTH -CIGARETTE-TYPE -CIGARETTE-FILTER -CIGARETTE-LENGTH -HOURS SINCE LAST CIGARETTE -SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR? -IF YES (TO FQ194), HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE A DAY? -SMOKING: SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN THE LAST YEAR? -SMOKING: HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE A DAY? -SMOKING: SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN THE LAST YEAR? -SMOKING: HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE A DAY? -SMOKING: SMOKED CIGARETTES REGULARLY SINCE YOUR LAST EXAM? -SMOKING: HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE A DAY? -SMOKED CIGARETTES REGULARLY IN LAST YEAR -HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE A DAY -CIGARETTE BRAND XXXXXXXX (FIRST 8 LETTERS OF BRAND) -HOW MANY HOURS SINCE LAST CIGARETTE? -Medical History-Smoking: Do you now smoke cigarettes (as of 1 month ago)? -Medical History-Smoking: How many cigarettes do you smoke per day now? -RESPIRATORY: DO YOU NOW SMOKE CIGARETTES (I.E. WITHIN THE LAST WEEK)? -RESPIRATORY: HOW MANY CIGARETTES DO/DID YOU SMOKE A DAY? -DO YOU NOW SMOKE CIGARETTES (AS OF 1 MONTH AGO)? -HOW MANY CIGARETTES DO YOU SMOKE PER DAY NOW? -NOW SMOKE CIGARETTES (WITHIN THE LAST WEEK) -If no to [SMKNOW15]: month stopped smoking? -IF YES (TO TM05), HOW MANY HOURS SINCE YOUR LAST CIGARETTE? -Do you now smoke cigarettes? -If no to [SMKNOW15]: year stopped smoking? -Are you currently still smoking? -If sh323=0, how many years ago did you STOP smoking? -CURRENT SMOKING-REG LAST 2 YRS -DOES PATIENT INHALE -DOES PATIENT INHALE -INHALES -DOES PATIENT INHALE -DO YOU INHALE -DO YOU INHALE? -RESPIRATORY: IF YOU NO LONGER SMOKE, WHEN DID YOU QUIT? -IF NO LONGER SMOKE, WHEN QUIT -REASON FOR STOPPING -SMOKED AT LEAST 1 YEAR -CASE-COHORT DESIGNATION -RANDOM COHORT AND CASES NOT IN COHORT -Framingham participant IDTYPE -Idtype -COHORT -Cohort -COHORT -Cohort -COHORT -COHORT -COHORT -COHORT -COHORT -COHORT -COHORT -COHORT -COHORT -COHORT -COHORT -CT Participant -OS Participant -HRT Participant -DM Participant -CAD Participant -HRT Arm -DM Arm -CaD Arm -Rand to BMD -EXAM MEASURED (9-11, 21-23) -EXAM 3-4 (PREDOMINANTLY EXAM 3, N=10 FOR EXAM 4) -Year sample taken -Year CAC was measured -Index Year -FST01TM -FST01HR -CHS CLINIC -CLINIC -CLINIC -COUNTY -A01LCEN -Self-reported anti-diabetic medication -Use supplements (y/n) -LFFQ: use of supplements indicated -0/1 supplement user -SFFQ: use of supplements indicated -LFFQ: use of supplements indicated -0/1 supplement user -SFFQ: use of supplements indicated -Msrahfscode -Medconc -Msragpicode -Msratccode -Msratcname -TAKING ASPRIN REGULARLY Q17 -TAKING ASPRIN REGULARLY Q17 -TAKING ASPRIN REGULARLY Q17 -TAKING ASPRIN REGULARLY Q17 -Ahfscode -Medconc -Gpicode -Tcname -Tccode -Antihypertensive medication -Medication accountability -20. Code 1 -22. Code 2 -22. Code 2 -20. Code 1 -20. Code 1 -20. Code 1 -[Medication records]. Medication code No. Q4ab [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Medication Code No. Q4bb [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Medication code No. Q4cb [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Medication code No. Q4db [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Medication code No. Q4eb [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Medication code No. Q4fb [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Medication code No. Q4gb [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Medication code No. Q4hb [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Medication code No. Q4ib [Medication Survey Form, exam 1] -Medication code No. Q4jb [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Medication code No. Q4kb [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Medication code No. Q4lb [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Medication code No. Q4mb [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Medication code No. Q4nb [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Medication code No. Q4ob [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Medication code No. Q4pb [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Medication code No. Q4qb [Medication Survey Form, exam 1] -18d: Code1 -24e: Code 2 -30e: Code 3 -36e: Code 4 -MSRA4D -MSRA4A -MSRA4B -MSRA4C -MSRA5A -MSRA5B -MSRA5C -MSRA5D -MSRA6D -MSRA6A -MSRA6B -MSRA6C -MSRA7C -MSRA7D -MSRA8C -MSRA8D -MSRA9D -MSRA10A -MSRA10C -MSRA10D -MSRA11C -MSRA11D -MSRA12A -MSRA12C -MSRA12D -MSRA13A -MSRA13C -MSRA13D -MSRA7A -MSRA7B -MSRA8A -MSRA8B -MSRA9A -MSRA9B -MSRA9C -MSRA10B -MSRA11A -MSRA11B -MSRA12B -MSRA13B -MSRA14A -MSRA14C -MSRA14D -MSRA15A -MSRA15C -MSRA15D -MSRA16A -MSRA16C -MSRA16D -MSRA17A -MSRA17C -MSRA17D -MSRA18A -MSRA18B -MSRA18C -MSRA18D -MSRA19A -MSRA19B -MSRA19C -MSRA19D -MSRA14B -MSRA15B -MSRA16B -MSRA17B -MSRA20A -MSRA20B -MSRA20C -MSRA20D -MSRA21A -MSRA21B -MSRA21C -MSRA21D -MSRA22A -MSRA22B -MSRA22C -MSRA22D -MSRA23A -MSRA23C -MSRA23D -MSRA23B -MSRA24A -MSRA24B -MSRA24C -MSRA24D -MSRA25A -MSRA25B -MSRA25C -MSRA25D -MSRA26A -MSRA26B -MSRA26C -MSRA26D -31b: Medication was inconvenient to take -31c: Medication wouldn't do any good-did not take -31h: Trying to do without taking medications -31i: No money to purchase medication -31k: Other reasons for not taking a medication -31l: Specify why not taking medication -34b: How may days a week, taking medication? -34d: Purpose for taking this medication? -35c: If 'Other', specify -42b: How many days for past 2 wks took remedies? -42c: What purpose took home remedies? -43a: Any other home remedies? -43c: What other symptoms? -Still take tranquilizers (A) -Still take progesterone/hormones etc (A) -Took medications on day of study (AC) -Took stimulants on day of study (AC) -TAKING MED NOW? -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 -73 Tranquilizers in last yr (L) -73 Tranquilizers in last 3 days (L) -73 Stimulants in last yr (L) -73 Stimulants in last 3 days (L) -74 Days per week ibuprofen taken -74 How many multi-vitamins do you take per week? -PreSleep: Stimulants today? -PreSleep: Decongestant today? -PreSleep: Other medication(s) today? -PreSleep: Specify other medication(s) today -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 3 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 3 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 3 -TAKING BCP MED NOW? -B09BCTUS -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 -TAKING HBP MED NOW? -Antianginals -Antiarrhythmics -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4. Q 4.03A -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4. Q 4.03A -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4. Q 4.03A -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4. Q 4.03A -Antihypertensives -REASON MEDICATION TAKEN -Antiplatelets -TAKING MED NOW? Q 4.03A -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4. Q 4.01A -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4. Q 4.01A -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4. Q 4.01A -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4. Q 4.01A -TAKING OTHER MED NOW? -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 -B09RESO -APPLIED MED? Q 4 -[Medication records]. Take medication A in past 24 hrs? Q4ad [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Take medication B in past 24 hrs? Q4bd [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Take medication C in past 24 hrs? Q4cd [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Take medication D in past 24 hrs? Q4dd [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Take medication E in past 24 hrs? Q4ed [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Take medication F in past 24 hrs? Q4fd [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Take medication G in past 24 hrs? Q4gd [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Take medication H in past 24 hrs? Q4hd [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Take medication I in past 24 hrs? Q4id [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Take medication J in past 24 hrs? Q4jd [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Take medication K in past 24 hrs? Q4kd [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Take medication L in past 24 hrs? Q4ld [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Take medication M in past 24 hrs? Q4md [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Take medication N in past 24 hrs? Q4nd [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Take medication O in past 24 hrs? Q4od [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Take medication P in past 24 hrs? Q4pd [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Take medication Q in past 24 hrs? Q4qd [Medication Survey Form, exam 1] -[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q4C [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q4D [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q5C [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q5D [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q6C [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q6D [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q7C [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q7D [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q8C [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q8D [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q9C [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q9D [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q10C [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q10D [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q11C [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q11D [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q12C [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q12D [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q13C [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q13D [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q14C [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q14D [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q15C [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q15D [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q16C [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q16D [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q17C [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q17D [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q18C [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q18D [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q19C [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q19D [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Was this medication prescribed for you, over-the-counter, or shared? Q20C [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q20D [Medication Survey Form, exam 2] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q4d [Medication Survey Form, exam 3] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q5d [Medication Survey Form, exam 3] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q6d [Medication Survey Form, exam 3] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q7d [Medication Survey Form, exam 3] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q8d [Medication Survey Form, exam 3] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q9d [Medication Survey Form, exam 3] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q10d [Medication Survey Form, exam 3] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q11d [Medication Survey Form, exam 3] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q12d [Medication Survey Form, exam 3] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q13d [Medication Survey Form, exam 3] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q14d [Medication Survey Form, exam 3] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q15d [Medication Survey Form, exam 3] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q16d [Medication Survey Form, exam 3] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q17d [Medication Survey Form, exam 3] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q18d [Medication Survey Form, exam 3] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q19d [Medication Survey Form, exam 3] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q20d [Medication Survey Form, exam 3] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q4d [Medication Survey Form, exam 4] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q5d [Medication Survey Form, exam 4] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q6d [Medication Survey Form, exam 4] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q7d [Medication Survey Form, exam 4] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q8d [Medication Survey Form, exam 4] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q9d [Medication Survey Form, exam 4] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q10d [Medication Survey Form, exam 4] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q11d [Medication Survey Form, exam 4] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q12d [Medication Survey Form, exam 4] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q13d [Medication Survey Form, exam 4] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q14d [Medication Survey Form, exam 4] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q15d [Medication Survey Form, exam 4] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q16d [Medication Survey Form, exam 4] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q17d [Medication Survey Form, exam 4] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q18d [Medication Survey Form, exam 4] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q19d [Medication Survey Form, exam 4] -[Medication records]. Did you take this medication in past 24 hours? Q20d [Medication Survey Form, exam 4] -[Interview]. For what purpose are you taking this medication? Q29d [Medication Survey Form, exam 4] -CURRENTLY USING BCP. Q 16 -CURRENTLY TAKING OTHER PRSCR MEDICATION. Q 13 -CURRENTLY TAKING HBP MEDICATION. Q 10 -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 3 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 3 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 3 -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 -Q10A: MEDICATION 1 -Q10F: MEDICATION 6 -Q10E: MEDICATION 5 -Q10D: MEDICATION 4 -Q10C: MEDICATION 3 -Q10B: MEDICATION 2 -CURRENTLY TAKING BC PILLS? Q 42 -Chemotherapy -Contraceptives -LHRH/GnRH only -Metformins -Oral/inhalantable glucocorticorsteroids -Pulmonary medication -Low HDL or fibares nicoacid med use -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4. Q 24a -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4. Q 24a -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4. Q 24a -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4. Q 24a -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 3 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 3 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 3 -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4. Q 23a -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4. Q 23a -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4. Q 23a -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4. Q 23a -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4. Q 22a -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4. Q 22a -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4. Q 22a -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4. Q 22a -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4. Q 43a -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4. Q 43a -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4. Q 43a -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4. Q 43a -REASON FOR TAKING MEDICATION -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4. Q 25 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4. Q 25 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4. Q 25 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4. Q 25 -MISS TAKING PILLS FOR ANY REASON? -MISS TAKING PILLS WHEN FEELING BETTER? -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 -PAST USER: MOS SINCE LAST EPISODE OF USE -LONGEST CONT INTERVAL OF OC USE (MONTHS) -TOTAL # OF MONTHS OF OC USE -REASON FOR TAKING OTHER PRESCRIPTION MED. Q 27b -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 -FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (STRESS-TAB). Q 4 -FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (ONE-A-DAY). Q 4 -FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (THERAP). Q4 -FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (BETA-CAROT). Q 4 -FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (NIACIN). Q 4 -TAKEN NIACIN? Q 4 -FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (ANTIOX). Q 4 -FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (COD LV OIL). Q 4 -FREQ (DAY/WK/MO) TAKEN (BREWER"S YEAST). Q 4 -TAKEN BREWER"S YEAST? Q 4 -FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (OTHER VIT). Q 4 -HOW OFTEN DIETARY PRODUCTS. Q 17 -TAKE MEDS-COMMENT -MED FOR INFERTILITY,POLYCYSTIC OVARIAN. Q 39b -MED FOR IRREGUL PERIODS,POLYCYSTIC OVAR. Q 39b -MONTHS OF BCP ALTOGETHER. Q 41c -YEARS OF BCP ALTOGETHER. Q 41c -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 -MONTH STOPPED TAKING BCP -YEAR STOPPED TAKING BCP -FOLLOW-UP FOR WHICH ITEM ON FORM 8. Q 1 -REASON FOR THIS MEDICATION. Q 3 -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4 -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4 -TAKEN NIACIN? Q 2 -FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (THERAP). Q 2 -FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (STRESS-TAB). Q 2 -FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (ONE-A-DAY). Q 2 -TAKEN BREWER"S YEAST? Q 2 -FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (BETA-CAROT). Q 2 -FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (NIACIN). Q 2 -FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (ANTIOX). Q 2 -FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (OTHER VIT). Q 2 -FREQ (DAY/WEEK/MONTH) TAKEN (COD LV OIL). Q 2 -FREQ (DAY/WK/MO) TAKEN (BREWER"S YEAST). Q 2 -TEXT-OTH NON-PRESCRIP Rx, LAST 12 MOS. Q 25 -TEXT-OTH REAS FOR BC, PAST 12 MOS. Q 16 -TOOK NO NONPRESCRIP Rx, LAST 12 MOS. Q 25 -MEDICINALLY TOOK OTH TREAT, LST 12 MOS. Q 25 -MEDICINALLY TOOK VIT B, LAST 12 MOS. Q 25 -MEDICINALLY TOOK STJOHNS WRT, LST 12MOS. Q 25 -MEDICINALLY TOOK BLK COHSH, LAST 12 MOS. Q 25 -MEDICINALLY TOOK PHYTOEST, LAST 12 MOS. Q 25 -MEDICINALLY TOOK PROGESTER, LAST 12 MOS. Q 25 -MEDICINALLY TOOK WILD YAMS, LAST 12 MOS. Q 25 -DID NOT USE BC, PAST 12 MONTHS. Q16 -MISS TAKING PILLS WHEN FEELING BETTER? -MISS TAKING PILLS FOR ANY REASON? -TAKING MED NOW? Q 4.04A -MED CLASSIFICATION CODE 4 OF 4. Q 4.04A -MED CLASSIFICATION CODE 3 OF 4. Q 4.04A -MED CLASSIFICATION CODE 2 OF 4. Q 4.04A -MED CLASSIFICATION CODE 1 OF 4. Q 4.04A -F44 Oral daily use of a glucocorticosteroid -F153 Taking this medication -F153 How often taking this medication -Supplemental Chromium, mcg -Supplemental Niacin, mg -Any Combination Pill -Olestra/past year -Estratest use -Age stopped DES -SERMs - Raloxifene (Evista) -SERMs - Tamoxifen (Nolvadex ) -SERMS - Other -Natural/wild yam or prog cream -Natural/wild yam pills -Natural/Progest suppositories -Natural/DHEA pills -Natural/Phytoestrogen pills -Natural/Phytoestrogen creams -Natural/Other -Combined estr/progest pills -Combined estr/testost pills -Progest pills days per month -Progest pill dose per day -Natural/wild yam or prog cream -Natural/wild yam pills -Natural/Progest suppositories -Natural/DHEA pills -Natural/Phytoestrogen pills -Natural/Phytoestrogen creams -Natural/Other -Combined estr/progest pills -Combined estr/testost pills -Progest pill dose per day -Progest pills days per month -Natural/wild yam cream -Natural/Wild yam pills -Natural/Progesterone cream -Natural/Progest suppositories -Natural/DHEA pills -Natural/Phytoest pills/powder -Natural/Phytoestrogen creams -Natural/Other -Use non-estrogen prescription -Non-estrogen rx/Evista (Raloxifene) -Non-estrogen rx/Nolvadex (Tamoxifen) -Non-estrogen rx/Other -Which estr/progest combination -Combined estr/testost pills -Progest pills days per month -Progesterone/Progestin cream -Natural/wild yam cream -Natural/Wild yam pills -Natural/Progesterone cream -Natural/Progest suppositories -Natural/DHEA pills -Natural/Phytoest pills/powder -Natural/Phytoestrogen creams -Natural/Other -Use non-estrogen prescription? -Evista (Raloxifene) -Nolvadex (Tamoxifen) -Other/ non-estrogen -Don't know/non-estrogen -Which estr/progest combination -Combined estr/testost pills -Progest pills days per month -Progesterone/Progestin cream -Natural/wild yam cream -Natural/wild yam pills -Natural/Progesterone cream -Natural/Progest suppositories -Natural/DHEA pills -Natural/Phytoest pills/powder -Natural/Other -Risedronate (Actonel) -Pamidronate (Aredia) -Use non-estrogen prescription -Non-estrogen rx/Evista (Raloxifene) -Non-estrogen rx/Nolvadex (Tamoxifen) -Non-estrogen rx/Other -Which estr/progest combination -Combined estr/testost pills -Progest pills days per month -Progesterone/Progestin cream -Provera/Cycrin/Amen past year -Provera/Cycrin/Amen dose past year -HRT Arm -DM Arm -CaD Arm -Flu shot in past 12 months -F136 IV Inotropes -If OCP use, form -If use SERMs: Current use? -If yes to G3A068: Specify OTC menopausal symptom preparation -ECG: TAKING DIGITALIS -ECG: TAKING DIGITALIS -NITROGLYCERINE -ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC.) -METHYLDOPA (ALDOMET) -WYTENSIN -GANGLIONIC BLOCKERS -OTHER ANTI-HYPERTENSIVES -ORAL HYPOGLYCEMICS -ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS, ETC. (LIBRIUM, VALIUM, ETC.) -ANTI-DEPRESSANTS -# OF MULTIVITAMINS PER WEEK -DAYS/MONTH TAKING PREMARIN -ANY CARDIOVASCULAR MEDICATIONS? -DAYS PER MONTH TAKING PREMARIN -METHYLDOPA (ALDOMET) -ALPHA-2 BLOCKERS (PRAZOSIN, TERAZOSIN) -OTHER ANTI-HYPERTENSIVES -ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC.) -ANITCOAGULANTS (COUMADIN, WARFARIN, ETC.) -INSULIN/TOTAL UNITS PER DAY -ORAL HYPOGLYCEMICS -ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS ETC. (LIBRIUM, VALIUM, ETC.) -ANTI-DEPRESSANTS -EYEDROPS -MEDICATIONS - OTHERS -NITROGLYCERINE -(TAKING) ANY CARDIOVASCULAR MEDICATIONS BELOW? -MEDICATION USE: NITROGLYCERINE -MEDICATION USE: METHYLDOPA (ALDOMET) -MEDICATION USE: ALPHA-2 BLOCKERS (PRAZOSIN, TERAZOSIN) -MEDICATION USE: OTHER ANTI-HYPERTENSIVES -MEDICATION USE: ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC.) -(TAKING) ANY OF THE "NON-CARDIOVASCULAR MEDICATIONS" BELOW? -MEDICATION USE: ORAL HYPOGLYCEMICS -MEDICATION USE: ANTI-ANXIETY,SEDATIVE/HYPNOTICS ETC. (LIBRIUM, VALIUM, ETC.) -MEDICATION USE: ANTI-DEPRESSANTS -MEDICATION USE: EYEDROPS -MEDICATION USE: NON-CARDIOVASCULAR MEDICATION - OTHER -ANY CARDIOVASCULAR MEDICATIONS BELOW TAKEN IN INTERIM? -MEDICATION USE: NITROGLYCERINE -MEDICATION USE: METHYLDOPA (ALDOMET) -MEDICATION USE: OTHER ANTI-HYPERTENSIVES -MEDICATION USE: ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC.) -MEDICATION USE: ANITCOAGULANTS (COUMADIN, WARFARIN, ETC.) -ANY OF THE NON-CARDIOVASCULAR MEDICATIONS BELOW TAKEN IN INTERIM? -MEDICATION USE: ANTIGOUT--(COLCHICINE) -MEDICATION USE: INSULIN/TOTAL UNITS PER DAY -MEDICATION USE: ORAL HYPOGLYCEMICS -MEDICATION USE: ANTI-ANXIETY,SEDATIVE/HYPNOTICS ETC. (LIBRIUM, VALIUM ETC.) -MEDICATION USE: ANTI-DEPRESSANTS -MEDICATION USE: EYEDROPS -MEDICATION USE - NITROGLYCERINE -MEDICATION USE - METHYLDOPA (ALDOMET) -MEDICATION USE - OTHER ANTI-HYPERTENSIVES -MEDICATION USE - ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE) -MEDICATION USE - ANTICOAGUALANTS (COUMADIN, WARFARIN) -MEDICATION USE - ORAL HYPOGLYCEMICS -MEDICATION USE - ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS (LIBRIUM, VALIUM, ETC) -MEDICATION USE - ANTI-DEPRESSANTS -MEDICATION USE - EYEDROPS -MEDICATIONS USE - OTHER -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS - NITROGLYCERINE -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS - K-SPARING DIURECTICS (ALDACTONE, TRIAMTERENE) -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS - ALPHA-2 BLOCKERS (PRAZOSIN, TERAZOSIN, DOXAZOSIN) -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS - OTHER ANTI-HYPERTENSIVES (SPECIFY) -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS - ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC.) -OTHER MEDICATIONS - ORAL HYPOGLYCEMICS (SPECIFY BRAND) -OTHER MEDICATIONS - ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS ETC. (LIBRIUM, VALIUM ETC) -OTHER MEDICATIONS - ANTI-DEPRESSANTS -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: NITROGLYCERINE -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: METHYLDOPA (ALDOMET) -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ALPHA-2 BLOCKERS (PRAZOSIN, TERAZOSIN, DOXAZOSIN) -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: OTHER ANTI-HYPERTENSIVES -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC.) -NONCARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ORAL HYPOGLYCEMICS -ORAL HYPOGLYCEMICS: GLIPIZIDE -ORAL HYPOGLYCEMICS: CHLORPROPAMIDE -ORAL HYPOGLYCEMICS: REPAGLINIDE -ORAL HYPOGLYCEMICS: GLIMEPRIRIDE -ORAL HYPOGLYCEMICS: OTHER -NONCARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS (LIBRIUM, VALIUM, ETC.) -NONCARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ANTI-DEPRESSANTS -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: NITROGLYCERINE -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: METHYLDOPA (ALDOMET) -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ALPHA-2 BLOCKERS (PRAZOSIN, TERAZOSIN, DOXAZOSIN) -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: OTHER ANTI-HYPERTENSIVES -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC.) -NONCARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ORAL HYPOGLYCEMICS -ORAL HYPOGLYCEMICS: GLIPIZIDE -ORAL HYPOGLYCEMICS: REPAGLINIDE -ORAL HYPOGLYCEMICS: GLIMEPRIRIDE -HYPOGLYCEMICS: CHLORPROPAMIDE -ORAL HYPOGLYCEMICS: OTHER -NONCARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS (LIBRIUM, VALIUM, ETC.) -NONCARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ANTI-DEPRESSANTS -ANTI-THYROID -ANTI-COAGULANTS -TRANQUILIZERS -ORAL CONTRACEPTIVE -PREMARIN -OTHER (SPECIFY) -PROPRANOLOL -ALDOMET -DIURETICS-HYPERTENSION -DIURETICS-OTHER -ANTI-COAGULANTS -TRANQUILIZERS -NO. OF PILLS TAKEN PER MONTH -METHYLDOPA (ALDOMET) -WYTENSIN -GANGLIONIC BLOCKERS -ANTIGOUT -ORAL HYPOGLYCEMICS -NON-STEROIDAL ANTI-INFLAMMATORY (MOTRIN, IBUPROFEN ETC.) -ANTI-ACID MEDICATIONS -ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS ETC. (LIBRIUM, VALIUM ETC.) -ANTI-DEPRESSANTS -EYEDROPS -OTHERS (SPECIFY BELOW) -ANY CARDIOVASCULAR MEDICATIONS? -NITROGLYCERINE -ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC.) -METHYLDOPA (ALDOMET) -WYTENSIN -GANGLIONIC BLOCKERS -OTHER ANTI-HYPERTENSIVES -ORAL HYPOGLYCEMICS -ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS, ETC (LIBRIUM, VALIUM, ETC.) -ANTI-DEPRESSANTS -ORAL CONTRACEPTIVES IN INTERIM -DAYS PER MONTH TAKING PREMARIN -NITROGLYCERINE -METHYLDOPA -ALPHA-2 BLOCKERS -OTHER ANTI-HYPERTENSIVES -ANTIARRHYTHMICS -ANTIPLATELET -ANITCOAGULANTS -INSULIN/TOTAL UNITS PER DAY -ORAL HYPOGLYCEMICS -ANALGESIC-NARCOTICS -ANALGESIC-NON-NARCOTICS -ANTIULCER -ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS, ETC -ANTI-DEPRESSANTS -EYEDROPS -MEDICATIONS - OTHERS -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS : NITROGLYCERINE -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: THIAZIDE/K-SPARING DIURECTICS (DYAZIDE, MAXIDE, ETC) -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: METHYLDOPA (ALDOMET) -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ALPHA-2 BLOCKERS (PRAZOSIN, TERAZOSIN, DOXAZOSIN) -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: OTHER ANTI-HYPERTENSIVES -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ANTIPLATELET (ANTURANE, PERSANTINE, ETC) -HOW MANY UNITS OF INSULIN/DAY -MEDICATIONS: ORAL HYPOGLYCEMICS -MEDICATIONS: ANTI-ANXIETY, SEDATIVE/HYPNOTICS (LIBRIUM, VALIUM) -MEDICATIONS: ANTI-DEPRESSANTS -MEDICATIONS: EYEDROPS -MEDICATIONS: OTHER -ORAL CONTRACEPTIVES IN INTERIM -RELIEF BY NITROGLYCERINE IN LESS THAN 15 MIN -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: NITROGLYCERINE -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: METHYLDOPA (ALDOMET) -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ALPHA-2 BLOCKERS (PRAZOSIN, TERAZOSIN, DOXAZOSIN) -CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: OTHER ANTI-HYPERTENSIVES -NON-CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ORAL HYPOGLYCEMICS -ORAL HYPOGLYCEMICS: TRIGLITAZONE -ORAL HYPOGLYCEMICS: GLIPIZIDE -ORAL HYPOGLYCEMICS: CHLORPROPAMIDE -ORAL HYPOGLYCEMICS: OTHER (SPECIFY) -NON-CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: ANTI-DEPRESSANTS -NON-CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: EYEDROPS -NON-CARDIOVASCULAR MEDICATIONS: OTHERS -ORAL CONTRACEPTIVES IN INTERIM -RESPIRATORY: IF YES TO G679, BY WHAT ROUTE - ORAL (CHECK ALL THAT APPLY) -CURRENT SERMS USE? -DO YOU USE ANY OF THESE MEDICATIONS - ALBUTEROL, PROVENTIL, VENTOLIN, COMBIVENT, MAXAIR, VOLMAX, XOPENEX, BRONKOOMETER, PIRBUTEROL, LEVALBUTEROL, OR METAPROTERENOL? -HOW MANY HOURS AGO DID YOU LAST USE THE MEDICATION, EITHER BY INHALER OR NEBULIZER? -DO YOU TAKE ANY OF THE FOLLOWING INHALERS? SEREVENT, ADVAIR, FORADIL, SALMETEROL, OR FORMOTEROL -HOW MANY HOURS AGO DID YOU LAST USE THE MEDICATION? -IF OCP USE, FORM -IF USE SERMS: CURRENT USE? -IF YES TO G3A068: SPECIFY PREPARATION -FFQ: TAKE BREWER'S YEAST SUPPLEMENT -FFQ: TAKE BREWER'S YEAST SUPPLEMENT -FFQ: TAKE BREWER'S YEAST SUPPLEMENT -FFQ: TAKE BREWER'S YEAST SUPPLEMENT -FFQ: TAKE BREWER'S YEAST SUPPLEMENT -FFQ: TAKE BREWER'S YEAST SUPPLEMENT -FFQ: TAKE BREWER'S YEAST SUPPLEMENT -FFQ: TAKE BREWER'S YEAST SUPPLEMENT -FFQ: VIT B6 SUPPLEMENT DOSE PER DAY -FFQ: VIT B6 SUPPLEMENT DOSE PER DAY -FFQ: TAKE OMEGA-3 FATTY-ACIDS SUPPLEMENT -FFQ: TAKE OMEGA-3 FATTY-ACIDS SUPPLEMENT -FFQ: TAKE OMEGA-3 FATTY-ACIDS SUPPLEMENT -FFQ: TAKE OMEGA-3 FATTY-ACIDS SUPPLEMENT -FFQ: TAKE OMEGA-3 FATTY-ACIDS SUPPLEMENT -FFQ: TAKE OMEGA-3 FATTY-ACIDS SUPPLEMENT -FFQ: TAKE OMEGA-3 FATTY-ACIDS SUPPLEMENT -FFQ: TAKE OMEGA-3 FATTY-ACIDS SUPPLEMENT -FFQ: TAKE OTHER SUPPLEMENT -FFQ: TAKE OTHER SUPPLEMENT -FFQ: TAKE OTHER SUPPLEMENT -FFQ: TAKE OTHER SUPPLEMENT -FFQ: TAKE OTHER SUPPLEMENT -FFQ: TAKE OTHER SUPPLEMENT -FFQ: TAKE OTHER SUPPLEMENT -FFQ: TAKE OTHER SUPPLEMENT -FFQ: TAKE VIT B-COMPLEX SUPPLEMENT -FFQ: TAKE VIT B-COMPLEX SUPPLEMENT -FFQ: VIT A SUPPLEMENT DOSE PER DAY -FFQ: VIT A SUPPLEMENT DOSE PER DAY -FFQ: TAKE VIT B6 SUPPLEMENT -FFQ: TAKE VIT B6 SUPPLEMENT -FFQ: VIT C SUPPLEMENT DOSE PER DAY -FFQ: VIT C SUPPLEMENT DOSE PER DAY -FFQ: VIT E SUPPLEMENT DOSE PER DAY -FFQ: VIT E SUPPLEMENT DOSE PER DAY -FFQ: TAKE VIT A SUPPLEMENT -FFQ: TAKE VIT C SUPPLEMENT -FFQ: TAKE VIT D SUPPLEMENT -FFQ: TAKE VIT E SUPPLEMENT -FFQ: TAKE VIT A SUPPLEMENT -FFQ: TAKE VIT C SUPPLEMENT -FFQ: TAKE VIT D SUPPLEMENT -FFQ: TAKE VIT E SUPPLEMENT -FFQ: Take B-complex supplement -FFQ: Take chromium supplement -FFQ: Take lecithin supplement -FFQ: Take Metamucil/Citrucel supplement -FFQ: Take niacin supplement -FFQ: Take other supplement -Amlodipine -Anti-psychotic -Bile-acid sequestrants -Anti-psychotic medications -Bile-acid sequestrants -All immediate-release CCB -All slow-release CCB -Digitalis -Any calcium-channel blocker = CCIR or CCBSR or CCBT -Immediate-release CCBS = NFIR or DIHIR or VERIR or DLTIR -Slow-release CCBS = NIFSR or DIHSR or VERSR or DLTSR or AMLOD -T-type calcium-channel blocker -Digitalis preparations -Immediate-release diltiazem -Slow-release diltiazem -Fibrates -H2 blockers -Any antihypertensive medication -Any lipid-lowering medication -MD prescribed nitro in last year? -Oral hypogycemics -Premarin -Over-the-counter h2-blockers -Probucol -First generation sulfonylureas -Second generation sulfonylureas -Thiazolidinediones -Uricosurics -Discharge antithrombotics -Cardioversion medications, if CARVER=2 or 4 -Discharge medication - ACEI -Discharge medication - Coumadin -Discharge medication - Digitalis -Medication taken as needed -Medication taken as needed -Medication taken as needed -CHECK if over counter medication -Medication taken as needed -Medication over counter -Medication taken as needed? -Medication route -Medication route -ANY VASO DILATOR -TAKE ANY MEDICATIONS -CODLIVER OIL/OTHER FISH-OIL SUPPLEMENTS -Total Medications -Amlodipine -Anti-psychotic medications -Bile-acid sequestrants -Any calcium-channel blocker = CCIR or CC -Immediate-release CCBs = NIFIR or DIHIR -Slow-release CCBs = NIFSR or DIHSR or VE -T-type calcium-channel blocker -Digitalis preparations -Immediate-release diltiazem -Slow-release diltiazem -Fibrates -H-2 Blockers -('60) Over-the-counter H-2 blockers' -Probucol -First generation sulfonylureas -Second generation sulfonylureas -Tricyclic anti-depressants -Tri-cyclic anti-depressants plus anti-ps -Thiazolidinediones -Uricosurics -Any lipid-lowering medication -ANY VASO DILATOR -CODLIVER OIL/OTHER FISH-OIL SUPPLEMENTS -TAKE ANY MEDICATIONS -Amlodipine -Anti-psychotic medications -Bile-acid sequestrants -Any calcium-channel blocker = CCIR or CC -Immediate-release CCBs = NIFIR or DIHIR -Slow-release CCBs = NIFSR or DIHSR or VE -T-type calcium-channel blocker -Digitalis preparations -Immediate-release dihyropyridines other -Immediate-release diltiazem -Slow-release diltiazem -Fibrates -H-2 Blockers -('60) Over-the-counter H-2 blockers -Probucol -First generation sulfonylureas -Second generation sulfonylureas -Tricyclic anti-depressants -Tri-cyclic anti-depressants plus anti-ps -Thiazolidinediones -Uricosurics -Any lipid-lowering medication -SPECIFY MEDICATION 1 -SPECIFY MEDICATION 2 -SPECIFY MEDICATION 3 -ANY VASO DILATOR -TAKE ANY MEDICATIONS -CODLIVER OIL/OTHER FISH-OIL SUPPLEMENTS -Total Medications -Amlodipine -Anti-psychotic medications -Bile-acid sequestrants -Any calcium-channel blocker = CCIR or CC -Immediate-release CCBs = NIFIR or DIHIR -Slow-release CCBs = NIFSR or DIHSR or VE -T-type calcium-channel blocker -Digitalis preparations -Slow-release diltiazem -Immediate-release diltiazem -Immediate-release dihyropyridines other -Fibrates -H-2 Blockers -('60) Over-the-counter H-2 blockers' -Probucol -First generation sulfonylureas -Second generation sulfonylureas -Tricyclic anti-depressants -Tricyclic anti-depressants plus anti-ps -Thiazolidinediones -Uricosurics -Any lipid-lowering medication -CODLIVER OIL/OTHER FISH-OIL SUPPLEMENTS -Total Medications -Amlodipine -Anti-psychotic medications -Bile-acid sequestrants -Any calcium-channel blocker = CCIR or CC -Immediate-release CCBs = NIFIR or DIHIR -Slow-release CCBs = NIFSR or DIHSR or VE -T-type calcium-channel blocker -Digitalis preparations -Immediate-release dihyropyridines other -Immediate-release diltiazem -Slow-release diltiazem -H-2 Blockers -('60) Over-the-counter H-2 blockers' -Probucol -First generation sulfonylureas -Second generation sulfonylureas -Tricyclic anti-depressants -Tri-cyclic anti-depressants plus anti-ps -Thiazolidinediones -Uricosurics -Any lipid-lowering medication -RESPIRATORY: IF YES TO G679, BY WHAT ROUTE - INJECTED (CHECK ALL THAT APPLY) -RESPIRATORY: IF YES TO G679, BY WHAT ROUTE - INHALED (CHECK ALL THAT APPLY) -ANY VASO DILATOR -CODLIVER OIL/OTHER FISH-OIL SUPPLEMENTS -DAYS TOOK A MULTIVITAMIN -Amlodipine -Anti-psychotic medications -Bile-acid sequestrants -Any calcium-channel blocker = CCIR or CC -Immediate-release CCBs = NIFIR or DIHIR -Slow-release CCBs = NIFSR or DIHSR or VE -T-type calcium-channel blocker -Digitalis preparations -Immediate-release dihyropyridines other -Immediate-release diltiazem -Slow-release diltiazem -Fibrates -H-2 Blockers -('60) Over-the-counter H-2 blockers -Probucol -First generation sulfonylureas -Second generation sulfonylureas -Tricyclic anti-depressants -Tri-cyclic anti-depressants plus anti-ps -Thiazolidinediones -Uricosurics -Any lipid-lowering medication -TAKE ANY MEDICATIONS -ANY VASO DILATOR -Amlodipine -Anti-psychotic medications -Bile-acid sequestrants -Any calcium-channel blocker = CCIR or CC -Immediate-release CCBs = NIFIR or DIHIR -Slow-release CCBs = NIFSR or DIHSR or VE -T-type calcium-channel blocker -Digitalis preparations -Immediate-release dihyropyridines other -Immediate-release diltiazem -Fibrates -H-2 Blockers -('60) Over-the-counter H-2 blockers -Probucol -First generation sulfonylureas -Second generation sulfonylureas -Tricyclic anti-depressants -Tri-cyclic anti-depressants plus anti-ps -Thiazolidinediones -Uricosurics -Any lipid-lowering medication -ANY VASO DILATOR -CODLIVER OIL/OTHER FISH-OIL SUPPLEMENTS -Total Medications -Amlodipine -Anti-psychotic medications -Bile-acid sequestrants -Any calcium-channel blocker = CCIR or CC -Immediate-release CCBs = NIFIR or DIHIR -Slow-release CCBs = NIFSR or DIHSR or VE -T-type calcium-channel blocker -Digitalis preparations -Immediate-release dihyropyridines other -Immediate-release diltiazem -Slow-release diltiazem -Fibrates -H-2 Blockers -('60) Over-the-counter H-2 blockers' -Probucol -First generation sulfonylureas -Second generation sulfonylureas -Tricyclic anti-depressants -Tri-cyclic anti-depressants plus anti-ps -Thiazolidinediones -Uricosurics -Any lipid-lowering medication -ANY VASO DILATOR -Total Medications -Amlodipine -Anti-psychotic medications -Bile-acid sequestrants -Any calcium-channel blocker = CCIR or CC -Digitalis preparations -Immediate-release dihyropyridines other -Immediate-release diltiazem -Slow-release diltiazem -Fibrates -H-2 Blockers -('60) Over-the-counter H-2 blockers' -Probucol -First generation sulfonylureas -Second generation sulfonylureas -Tricyclic anti-depressants -Tri-cyclic anti-depressants plus anti-ps -Thiazolidinediones -Uricosurics -Any lipid-lowering medication -ANY VASO DILATOR -Total Medications -Amlodipine -Anti-psychotic medications -Bile-acid sequestrants -Any calcium-channel blocker = CCIR or CC -Immediate-release CCBs = NIFIR or DIHIR -Slow-release CCBs = NIFSR or DIHSR or VE -T-type calcium-channel blocker -Digitalis preparations -Immediate-release dihyropyridines other -Immediate-release diltiazem -Slow-release diltiazem -Fibrates -H-2 Blockers -('60) Over-the-counter H-2 blockers' -Probucol -First generation sulfonylureas -Second generation sulfonylureas -Tricyclic anti-depressants -Tri-cyclic anti-depressants plus anti-ps -Thiazolidinediones -Uricosurics -Any lipid-lowering medication -ANY VASO DILATOR -Total Medications -Amlodipine -Anti-psychotic medications -Bile-acid sequestrants -Any calcium-channel blocker = CCIR or CC -Immediate-release CCBs = NIFIR or DIHIR -Slow-release CCBs = NIFSR or DIHSR or VE -T-type calcium-channel blocker -Digitalis preparations -Immediate-release dihyropyridines other -Immediate-release diltiazem -Slow-release diltiazem -Fibrates -H-2 Blockers -('60) Over-the-counter H-2 blockers' -Probucol -First generation sulfonylureas -Second generation sulfonylureas -Tricyclic anti-depressants -Tri-cyclic anti-depressants plus anti-ps -Thiazolidinediones -Uricosurics -Any lipid-lowering medication -ANY VASO DILATOR -TAKE ANY MEDICATIONS -Amlodipine -Anti-psychotic medications -Bile-acid sequestrants -Any calcium-channel blocker = CCIR or CC -Immediate-release CCBs = NIFIR or DIHIR -Slow-release CCBs = NIFSR or DIHSR or VE -T-type calcium-channel blocker -Digitalis preparations -Immediate-release dihyropyridines other -Immediate-release diltiazem -Slow-release diltiazem -Fibrates -H-2 Blockers -('60) Over-the-counter H-2 blockers -Probucol -First generation sulfonylureas -Second generation sulfonylureas -Tricyclic anti-depressants -Tri-cyclic anti-depressants plus anti-ps -Thiazolidinediones -Uricosurics -Any lipid-lowering medication -ANY VASO DILATOR -TAKE ANY MEDICATIONS -Amlodipine -Anti-psychotic medications -Bile-acid sequestrants -Any calcium-channel blocker = CCIR or CC -Immediate-release CCBs = NIFIR or DIHIR -Slow-release CCBs = NIFSR or DIHSR or VE -T-type calcium-channel blocker -Digitalis preparations -Immediate-release dihyropyridines other -Immediate-release diltiazem -Slow-release diltiazem -Fibrates -H-2 Blockers -('60) Over-the-counter H-2 blockers -Probucol -First generation sulfonylureas -Second generation sulfonylureas -Tricyclic anti-depressants -Tri-cyclic anti-depressants plus anti-ps -Thiazolidinediones -Uricosurics -Any lipid-lowering medication -Oral hypoglycemics -Anti-psychotic -Premarin -All immediate-release CCB -All slow-release CCB -Bile-acid sequestrants -Digitalis -Amlodipine -Anti-psychotic medications -Bile-acid sequestrants -Any calcium-channel blocker = ccir or ccbsr or ccbt -Immediate-release ccbs = nifir or dihir or verir or dltir -Slow-release ccbs = nifsr or dihsr or versr or dltsr or amlod -T-type calcium-channel blocker -Digitalis preparations -Immediate-release diltiazem -Slow-release diltiazem -Fibrates -H-2 blockers -Over-the-counter H-2 blockers -Probucol -First generation sulfonylureas -Second generation sulfonylureas -Tricylic Anti-depressants -Tri-cyclic Anti-depressants plus Anti-psychotics combinations -Thiazolidinediones -Uricosurics -Any lipid-lowering medication -Any Anti-hypertensive medication -AMLODIPINE -AMLODIPINE -AMLODIPINE -AMLODIPINE -AMLODIPINE -AMLODIPINE -AMLODIPINE -AMLODIPINE -ANTI-PSYCHOTIC MEDICATIONS -ANTI-PSYCHOTIC MEDICATIONS -ANTI-PSYCHOTIC MEDICATIONS -ANTI-PSYCHOTIC MEDICATIONS -ANTI-PSYCHOTIC MEDICATIONS -ANTI-PSYCHOTIC MEDICATIONS -ANTI-PSYCHOTIC MEDICATIONS -ANTI-PSYCHOTIC MEDICATIONS -BILE-ACID SEQUESTRANTS -BILE-ACID SEQUESTRANTS -BILE-ACID SEQUESTRANTS -BILE-ACID SEQUESTRANTS -BILE-ACID SEQUESTRANTS -BILE-ACID SEQUESTRANTS -BILE-ACID SEQUESTRANTS -BILE-ACID SEQUESTRANTS -ANY CALCIUM-CHANNEL BLOCKER = CCIR OR CCBSR OR CCBT -IMMEDIATE-RELEASE CCBS = NIFIR OR DIHIR OR VERIR OR DLTIR -SLOW-RELEASE CCBS = NIFSR OR DIHSR OR VERSR OR DLTSR OR AMLOD -T-TYPE CALCIUM-CHANNEL BLOCKER -ANY CALCIUM-CHANNEL BLOCKER = CCIR OR CCBSR OR CCBT -IMMEDIATE-RELEASE CCBS = NIFIR OR DIHIR OR VERIR OR DLTIR -SLOW-RELEASE CCBS = NIFSR OR DIHSR OR VERSR OR DLTSR OR AMLOD -T-TYPE CALCIUM-CHANNEL BLOCKER -ANY CALCIUM-CHANNEL BLOCKER = CCIR OR CCBSR OR CCBT -IMMEDIATE-RELEASE CCBS = NIFIR OR DIHIR OR VERIR OR DLTIR -SLOW-RELEASE CCBS = NIFSR OR DIHSR OR VERSR OR DLTSR OR AMLOD -T-TYPE CALCIUM-CHANNEL BLOCKER -ANY CALCIUM-CHANNEL BLOCKER = CCIR OR CCBSR OR CCBT -IMMEDIATE-RELEASE CCBS = NIFIR OR DIHIR OR VERIR OR DLTIR -SLOW-RELEASE CCBS = NIFSR OR DIHSR OR VERSR OR DLTSR OR AMLOD -T-TYPE CALCIUM-CHANNEL BLOCKER -ANY CALCIUM-CHANNEL BLOCKER = CCIR OR CCBSR OR CCBT -IMMEDIATE-RELEASE CCBS = NIFIR OR DIHIR OR VERIR OR DLTIR -SLOW-RELEASE CCBS = NIFSR OR DIHSR OR VERSR OR DLTSR OR AMLOD -T-TYPE CALCIUM-CHANNEL BLOCKER -ANY CALCIUM-CHANNEL BLOCKER = CCIR OR CCBSR OR CCBT -IMMEDIATE-RELEASE CCBS = NIFIR OR DIHIR OR VERIR OR DLTIR -SLOW-RELEASE CCBS = NIFSR OR DIHSR OR VERSR OR DLTSR OR AMLOD -T-TYPE CALCIUM-CHANNEL BLOCKER -ANY CALCIUM-CHANNEL BLOCKER = CCIR OR CCBSR OR CCBT -IMMEDIATE-RELEASE CCBS = NIFIR OR DIHIR OR VERIR OR DLTIR -SLOW-RELEASE CCBS = NIFSR OR DIHSR OR VERSR OR DLTSR OR AMLOD -T-TYPE CALCIUM-CHANNEL BLOCKER -ANY CALCIUM-CHANNEL BLOCKER = CCIR OR CCBSR OR CCBT -IMMEDIATE-RELEASE 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-RO:0002507 -RO:0002508 -NCBITaxon:family -PCO:0000020 -dc:subject -dc:subject -dc:subject -dc:subject -dc:subject -SIO:001014 -SO:0000905 -foaf:status -dc:subject -SO:0000905 -foaf:status -MP:0001399 -NBO:0000030 -SO:0000905 -foaf:status -SO:0000905 -foaf:status -PATO:0000502 -WBPhenotype:0000848 -SO:0000905 -foaf:status -SO:0001685 -dc:type -foaf:name -PATO:0002268 -SO:0000001 -dc:subject -dc:subject -ZFA:0000005 -ZFA:0005812 -OBO:OGMS_0000031 -MP:0003024 -dc:subject -dc:subject -dc:subject -dc:subject -dc:subject -BFO:0000029 -SO:0000839 -SO:0000409 -SO:0000408 -GO:0005561 -XCO:0000232 -SO:0000348 -dc:type -dc:type -SO:0000905 -foaf:status -dc:subject -SO:0000905 -foaf:status -dc:subject -dc:subject -SO:0000905 -foaf:status -dc:subject -MP:0006109 -MP:0008543 -dc:subject -PATO:0000119 -dc:subject -PATO:0000128 -BFO:0000029 -SO:0000839 -SO:0000409 -SO:0000408 -dc:type -SO:0000905 -foaf:status -foaf:name -PATO:0002268 -SO:0000001 -foaf:Project -foaf:fundedBy -http://purl.org/dc/elements/1.1/source -dc:source -PATO:0000083 -foaf:Project -foaf:fundedBy -SO:0000001 -PATO:0000574 -WBPhenotype:0000324 -PATO:0000569 -foaf:name -PATO:0001555 -PATO:0000070 From d2cee55b03feacc16955146e3427c6ec9e583ac8 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Fri, 29 Sep 2023 16:29:18 -0400 Subject: [PATCH 20/40] update requriemtns --- requirements.txt | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/requirements.txt b/requirements.txt index 9a5944a6..ec99acb7 100644 --- a/requirements.txt +++ b/requirements.txt @@ -6,7 +6,7 @@ flatten-dict redisgraph-bulk-loader==0.12.3 pytest PyYAML -git+https://github.com/helxplatform/dug@2.11.2 +git+https://github.com/helxplatform/dug@rti-merge orjson kg-utils==0.0.6 bmt==1.1.0 From 89ba673b17e897be3b9f2013251790d41c9113fe Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Fri, 29 Sep 2023 16:36:22 -0400 Subject: [PATCH 21/40] update requriemtns --- requirements.txt | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/requirements.txt b/requirements.txt index ec99acb7..b9c85774 100644 --- a/requirements.txt +++ b/requirements.txt @@ -6,7 +6,7 @@ flatten-dict redisgraph-bulk-loader==0.12.3 pytest PyYAML -git+https://github.com/helxplatform/dug@rti-merge +git+https://github.com/helxplatform/dug@dug-merge orjson kg-utils==0.0.6 bmt==1.1.0 From 82161c36a0ff8f981cc6a8cc67f3b576a6ebdf80 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Mon, 2 Oct 2023 12:25:22 -0400 Subject: [PATCH 22/40] add redis graph.py --- dags/roger/core/redis_graph.py | 91 ++++++++++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 91 insertions(+) create mode 100644 dags/roger/core/redis_graph.py diff --git a/dags/roger/core/redis_graph.py b/dags/roger/core/redis_graph.py new file mode 100644 index 00000000..ab90c03d --- /dev/null +++ b/dags/roger/core/redis_graph.py @@ -0,0 +1,91 @@ +import copy + +import redis +# from redisgraph import Node, Edge, Graph +# https://redis-py.readthedocs.io/en/v4.5.1/redismodules.html#redisgraph-commands +from redis.commands.graph.node import Node +from redis.commands.graph.edge import Edge + +from roger.roger_util import get_logger + +logger = get_logger () + +class RedisGraph: + """ Graph abstraction over RedisGraph. A thin wrapper but provides us some options. """ + + def __init__(self, host='localhost', port=6379, graph='default', password=''): + """ Construct a connection to Redis Graph. """ + self.r = redis.Redis(host=host, port=port, password=password) + self.redis_graph = self.r.graph(graph) + + def add_node (self, identifier=None, label=None, properties=None): + """ Add a node with the given label and properties. """ + logger.debug (f"--adding node id:{identifier} label:{label} prop:{properties}") + if identifier and properties: + properties['id'] = identifier + node = Node(node_id=identifier, alias=identifier, label=label, properties=properties) + self.redis_graph.add_node(node) + return node + + def get_edge (self, start, end, predicate=None): + """ Get an edge from the graph with the specified start and end identifiers. """ + result = None + for edge in self.redis_graph.edges: + if edge.src_node.id == start and edge.dest_node.id == end: + result = edge + break + return result + + def add_edge (self, start, predicate, end, properties={}): + """ Add an edge with the given predicate and properties between start and end nodes. """ + logger.debug (f"--adding edge start:{start} pred:{predicate} end:{end} prop:{properties}") + if isinstance(start, str) and isinstance(end, str): + start = Node(node_id = start, label='thing') + end = Node(node_id = end, label='thing') + self.redis_graph.add_node (start) + self.redis_graph.add_node (end) + edge = Edge(start, predicate, end, properties) + self.redis_graph.add_edge (edge) + return edge + + def has_node (self, identifier): + return identifier in self.redis_graph.nodes + + def get_node (self, identifier, properties=None): + return self.redis_graph.nodes[identifier] + + def commit (self): + """ Commit modifications to the graph. """ + self.redis_graph.commit() + + def query (self, query): + """ Query and return result set. """ + result = self.redis_graph.query(query) + print(result) + return result + + def delete (self): + """ Delete the named graph. """ + self.redis_graph.delete() + +def test (): + rg = RedisGraph () + p = { 'a' : 4, + 'b' : 'c', + 'x' : 0 } + last = None + for x in range(0, 10000): + p['x'] = x + 1 + node = rg.add_node ( + label='yeah', + properties=copy.deepcopy (p)) + if last is not None: + rg.add_edge (node, 'link', last) + last = node + rg.commit () + rg.query ("""MATCH (obj:yeah)-[:link]->(j:yeah) RETURN obj.a, obj.b, obj.x""") + rg.query ("""MATCH (a) RETURN a""") + rg.delete () + +# rg.query ("""MATCH (a { id : 'chemical_substance' }) RETURN a""") +#test () \ No newline at end of file From 8ef6b498bd39ae3e1542a0853556e56f7d694b25 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Mon, 2 Oct 2023 12:32:53 -0400 Subject: [PATCH 23/40] fix import error for logger --- dags/roger/core/redis_graph.py | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/dags/roger/core/redis_graph.py b/dags/roger/core/redis_graph.py index ab90c03d..ca65ddce 100644 --- a/dags/roger/core/redis_graph.py +++ b/dags/roger/core/redis_graph.py @@ -6,7 +6,7 @@ from redis.commands.graph.node import Node from redis.commands.graph.edge import Edge -from roger.roger_util import get_logger +from roger.logger import get_logger logger = get_logger () From d03acb0cdbe3b64828aaf6cc4149d611865e4a07 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Mon, 2 Oct 2023 15:07:25 -0400 Subject: [PATCH 24/40] adding es scheme and ca_path config --- dags/roger/config/__init__.py | 4 ++++ dags/roger/config/config.yaml | 2 ++ 2 files changed, 6 insertions(+) diff --git a/dags/roger/config/__init__.py b/dags/roger/config/__init__.py index 7a7deeb6..86448fa6 100644 --- a/dags/roger/config/__init__.py +++ b/dags/roger/config/__init__.py @@ -144,6 +144,8 @@ class ElasticsearchConfig(DictLike): username: str = "elastic" password: str = "" nboost_host: str = "" + scheme: str = "http" + ca_path: str = "" @@ -174,6 +176,8 @@ def to_dug_conf(self) -> DugConfig: elastic_host=self.elasticsearch.host, elastic_password=self.elasticsearch.password, elastic_username=self.elasticsearch.username, + elastic_scheme=self.elasticsearch.scheme, + elastic_ca_path=self.elasticsearch.ca_path, redis_host=self.redisgraph.host, redis_password=self.redisgraph.password, redis_port=self.redisgraph.port, diff --git a/dags/roger/config/config.yaml b/dags/roger/config/config.yaml index e299a3c8..fd9c26dd 100644 --- a/dags/roger/config/config.yaml +++ b/dags/roger/config/config.yaml @@ -92,6 +92,8 @@ elasticsearch: username: elastic password: "" nboost_host: "" + schema: "http" + ca_path: "" validation: queries: From 16e3d3abf71eff81600b85fdd3194bbaad8ce13d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Mon, 2 Oct 2023 15:18:08 -0400 Subject: [PATCH 25/40] adding es scheme and ca_path config --- dags/roger/config/config.yaml | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/dags/roger/config/config.yaml b/dags/roger/config/config.yaml index fd9c26dd..da63e20f 100644 --- a/dags/roger/config/config.yaml +++ b/dags/roger/config/config.yaml @@ -92,7 +92,7 @@ elasticsearch: username: elastic password: "" nboost_host: "" - schema: "http" + scheme: "http" ca_path: "" validation: From 0beba39b860fd7706e29e684380723dcab308dca Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Tue, 3 Oct 2023 08:11:50 -0400 Subject: [PATCH 26/40] adding debug code --- dags/dug_helpers/dug_utils.py | 2 ++ 1 file changed, 2 insertions(+) diff --git a/dags/dug_helpers/dug_utils.py b/dags/dug_helpers/dug_utils.py index b3d2d06f..141d55d3 100644 --- a/dags/dug_helpers/dug_utils.py +++ b/dags/dug_helpers/dug_utils.py @@ -32,6 +32,8 @@ class Dug: def __init__(self, config: RogerConfig, to_string=True): + import time + time.sleep(600) self.config = config self.bl_toolkit = BiolinkModel() dug_conf = config.to_dug_conf() From 5725045f40abd64b5388967d08c3272c1c99f2fa Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Tue, 3 Oct 2023 08:44:32 -0400 Subject: [PATCH 27/40] removing debug --- dags/dug_helpers/dug_utils.py | 2 -- 1 file changed, 2 deletions(-) diff --git a/dags/dug_helpers/dug_utils.py b/dags/dug_helpers/dug_utils.py index 141d55d3..b3d2d06f 100644 --- a/dags/dug_helpers/dug_utils.py +++ b/dags/dug_helpers/dug_utils.py @@ -32,8 +32,6 @@ class Dug: def __init__(self, config: RogerConfig, to_string=True): - import time - time.sleep(600) self.config = config self.bl_toolkit = BiolinkModel() dug_conf = config.to_dug_conf() From ae8b0fdae64e6c46e8e3e5030298bd30dee1ef3e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Tue, 3 Oct 2023 11:15:30 -0400 Subject: [PATCH 28/40] adding nodes args --- dags/roger/core/bulkload.py | 1 + 1 file changed, 1 insertion(+) diff --git a/dags/roger/core/bulkload.py b/dags/roger/core/bulkload.py index 9381e0d1..2c87745d 100644 --- a/dags/roger/core/bulkload.py +++ b/dags/roger/core/bulkload.py @@ -351,6 +351,7 @@ def insert (self): file_name_type_part = x.replace(bulk_path_root, '').split('.')[0].split('~')[1] all_labels = file_name_type_part + ":" + ":".join([v.lstrip("biolink:") for v in self.biolink.toolkit.get_ancestors("biolink:" + file_name_type_part, reflexive=False, formatted=True )] ) nodes_with_type.append(f"{ all_labels} {x}") + args.extend(("-N " + " -N ".join(nodes_with_type)).split()) if len(edges) > 0: bulk_path_root = storage.bulk_path('edges') + os.path.sep edges_with_type = [f"{x.replace(bulk_path_root, '').strip(os.path.sep).split('.')[0].split('~')[1]} {x}" From a9e422f8a72c7b42ea7c71b05b14ff6402df844c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Tue, 3 Oct 2023 13:10:19 -0400 Subject: [PATCH 29/40] adding biolink. --- dags/roger/core/bulkload.py | 4 ++-- 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/dags/roger/core/bulkload.py b/dags/roger/core/bulkload.py index 2c87745d..8fd3e966 100644 --- a/dags/roger/core/bulkload.py +++ b/dags/roger/core/bulkload.py @@ -349,8 +349,8 @@ def insert (self): 2) combine labels to create a multilabel redis node i.e. "biolink.OrganismalEntity:biolink.SubjectOfInvestigation" """ file_name_type_part = x.replace(bulk_path_root, '').split('.')[0].split('~')[1] - all_labels = file_name_type_part + ":" + ":".join([v.lstrip("biolink:") for v in self.biolink.toolkit.get_ancestors("biolink:" + file_name_type_part, reflexive=False, formatted=True )] ) - nodes_with_type.append(f"{ all_labels} {x}") + all_labels = "biolink." + file_name_type_part + ":" + ":".join([f'biolink.{v.lstrip("biolink:")}' for v in self.biolink.toolkit.get_ancestors("biolink:" + file_name_type_part, reflexive=False, formatted=True )] ) + nodes_with_type.append(f"{all_labels} {x}") args.extend(("-N " + " -N ".join(nodes_with_type)).split()) if len(edges) > 0: bulk_path_root = storage.bulk_path('edges') + os.path.sep From 5c37b913cbda8af56231f3f8858a7ceca92955eb Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Tue, 3 Oct 2023 13:39:42 -0400 Subject: [PATCH 30/40] adding biolink. --- dags/roger/core/bulkload.py | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/dags/roger/core/bulkload.py b/dags/roger/core/bulkload.py index 8fd3e966..1eca92db 100644 --- a/dags/roger/core/bulkload.py +++ b/dags/roger/core/bulkload.py @@ -354,7 +354,7 @@ def insert (self): args.extend(("-N " + " -N ".join(nodes_with_type)).split()) if len(edges) > 0: bulk_path_root = storage.bulk_path('edges') + os.path.sep - edges_with_type = [f"{x.replace(bulk_path_root, '').strip(os.path.sep).split('.')[0].split('~')[1]} {x}" + edges_with_type = [f"biolink.{x.replace(bulk_path_root, '').strip(os.path.sep).split('.')[0].split('~')[1]} {x}" for x in edges] # Edge label now no longer has 'biolink:' args.extend(("-R " + " -R ".join(edges_with_type)).split()) From 3c1f88aff65965e4f8f3256ef5d215d7b6c1b867 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG <45075777+YaphetKG@users.noreply.github.com> Date: Wed, 25 Oct 2023 12:00:26 -0400 Subject: [PATCH 31/40] Update requirements.txt --- requirements.txt | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/requirements.txt b/requirements.txt index b9c85774..54918df6 100644 --- a/requirements.txt +++ b/requirements.txt @@ -6,7 +6,7 @@ flatten-dict redisgraph-bulk-loader==0.12.3 pytest PyYAML -git+https://github.com/helxplatform/dug@dug-merge +git+https://github.com/helxplatform/dug@2.12.0 orjson kg-utils==0.0.6 bmt==1.1.0 From 209cd8c9924ec81342d65ac8b8b95176955e8aa9 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Nathaniel Braswell Date: Wed, 25 Oct 2023 13:46:32 -0400 Subject: [PATCH 32/40] Update .gitignore --- .gitignore | 5 +---- 1 file changed, 1 insertion(+), 4 deletions(-) diff --git a/.gitignore b/.gitignore index fa5c8ebb..8ca8ea91 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -1,7 +1,4 @@ # Git ignore bioler plate from https://github.com/github/gitignore/blob/master/Python.gitignore -.secret-env -Merge-helm/ -Merge-Dug-Architecture.md # Byte-compiled / optimized / DLL files __pycache__/ @@ -152,4 +149,4 @@ cython_debug/ dags/roger/data local_storage logs -tests/integration/data/bulk/ \ No newline at end of file +tests/integration/data/bulk/ From 80f80fe155c9ccfa5e38a3782263263631334cdb Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Nathaniel Braswell Date: Wed, 25 Oct 2023 13:59:36 -0400 Subject: [PATCH 33/40] Update dug_utils.py Handle Error when curie not found in validate --- dags/dug_helpers/dug_utils.py | 14 +++++++------- 1 file changed, 7 insertions(+), 7 deletions(-) diff --git a/dags/dug_helpers/dug_utils.py b/dags/dug_helpers/dug_utils.py index b3d2d06f..e55fdb34 100644 --- a/dags/dug_helpers/dug_utils.py +++ b/dags/dug_helpers/dug_utils.py @@ -385,13 +385,13 @@ def _search_elements(self, curie, search_term): if response['total_items'] == 0: log.error(f"No search elements returned for variable search: {self.variables_index}.") log.error(f"Concept id : {curie}, Search term: {search_term}") - # raise Exception(f"Validation error - Did not find {curie} for" - # f"Search term: {search_term}") - else: - for element_type in response: - all_elements_ids = [e['id'] for e in - reduce(lambda x, y: x + y['elements'], response[element_type], [])] - ids_dict += all_elements_ids + raise Exception(f"Validation error - Did not find {curie} for" + f"Search term: {search_term}") + else: + for element_type in response: + all_elements_ids = [e['id'] for e in + reduce(lambda x, y: x + y['elements'], response[element_type], [])] + ids_dict += all_elements_ids return ids_dict def crawl_concepts(self, concepts, data_set_name): From 50f58c7835416eede0b2182afcf1a5ebd77d0655 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Nathaniel Braswell Date: Wed, 25 Oct 2023 14:06:50 -0400 Subject: [PATCH 34/40] Update __init__.py --- dags/roger/config/__init__.py | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/dags/roger/config/__init__.py b/dags/roger/config/__init__.py index 86448fa6..403b25b1 100644 --- a/dags/roger/config/__init__.py +++ b/dags/roger/config/__init__.py @@ -116,7 +116,7 @@ class IndexingConfig(DictLike): "anat_to_disease": ["anatomical_entity", "disease"], "anat_to_pheno": ["anatomical_entity", "phenotypic_feature"], }) - tranql_endpoint: str = "http://tranql-service/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" + tranql_endpoint: str = "http://tranql:8081/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" # by default skips node to element queries node_to_element_queries: dict = field(default_factory=lambda: {}) element_mapping: str = "" From e167e21e75a75a811a3052799db294d19cf64482 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Nathaniel Braswell Date: Wed, 25 Oct 2023 14:07:36 -0400 Subject: [PATCH 35/40] Update config.yaml --- dags/roger/config/config.yaml | 4 ++-- 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/dags/roger/config/config.yaml b/dags/roger/config/config.yaml index da63e20f..ae370235 100644 --- a/dags/roger/config/config.yaml +++ b/dags/roger/config/config.yaml @@ -72,7 +72,7 @@ indexing: "small_molecule_to_disease": ["small_molecule", "disease"] "chemical_mixture_to_disease": ["chemical_mixture", "disease"] "phen_to_anat": ["phenotypic_feature", "anatomical_entity"] - tranql_endpoint: "http://tranql-service/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" + tranql_endpoint: "http://tranql:8081/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" node_to_element_queries: enabled: false cde: @@ -156,4 +156,4 @@ lakefs_config: enabled: false access_key_id: "" secret_access_key: "" - host: "" \ No newline at end of file + host: "" From a4af0225863b302fc1de555bbf292fe1a8c67483 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Nathaniel Braswell Date: Wed, 25 Oct 2023 14:08:14 -0400 Subject: [PATCH 36/40] Update dev-config.yaml --- dags/roger/config/dev-config.yaml | 4 ++-- 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/dags/roger/config/dev-config.yaml b/dags/roger/config/dev-config.yaml index fe9f39dd..91fc0af3 100644 --- a/dags/roger/config/dev-config.yaml +++ b/dags/roger/config/dev-config.yaml @@ -54,7 +54,7 @@ indexing: "phen_to_anat": ["phenotypic_feature", "anatomical_entity"] "anat_to_disease": ["anatomical_entity", "disease"] "anat_to_pheno": ["anatomical_entity", "phenotypic_feature"] - tranql_endpoint: "http://tranql-service/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" + tranql_endpoint: "http://tranql:8081/tranql/query?dynamic_id_resolution=true&asynchronous=false" elasticsearch: host: elasticsearch @@ -115,4 +115,4 @@ validation: - var: "[N-]=[N+]=[N-]" - var: "[Ag+]" - var: "[Zn+2]" - - var: "[C-]#[O+]" \ No newline at end of file + - var: "[C-]#[O+]" From a8c6b431edf6d1732365c5e7b63ce24238083a58 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Nathaniel Braswell Date: Wed, 25 Oct 2023 14:17:07 -0400 Subject: [PATCH 37/40] Update docker-compose.yaml --- docker-compose.yaml | 70 ++++++++++++++++++++++----------------------- 1 file changed, 34 insertions(+), 36 deletions(-) diff --git a/docker-compose.yaml b/docker-compose.yaml index 44af3adf..1bcd85a8 100644 --- a/docker-compose.yaml +++ b/docker-compose.yaml @@ -37,45 +37,45 @@ # Feel free to modify this file to suit your needs. --- version: '3' -# x-airflow-common: -# &airflow-common -# build: -# dockerfile: Dockerfile -# context: . -# environment: -# &airflow-common-env -# AIRFLOW__CORE__EXECUTOR: CeleryExecutor -# AIRFLOW__CORE__SQL_ALCHEMY_CONN: postgresql+psycopg2://airflow:airflow@postgres/airflow -# AIRFLOW__CELERY__RESULT_BACKEND: db+postgresql://airflow:airflow@postgres/airflow -# AIRFLOW__CELERY__BROKER_URL: redis://:$REDIS_PASSWORD@redis:$REDIS_PORT/0 -# AIRFLOW__CORE__FERNET_KEY: '' -# AIRFLOW__CORE__DAGS_ARE_PAUSED_AT_CREATION: 'true' -# AIRFLOW__CORE__LOAD_EXAMPLES: 'false' +x-airflow-common: + &airflow-common + build: + dockerfile: Dockerfile + context: . + environment: + &airflow-common-env + AIRFLOW__CORE__EXECUTOR: CeleryExecutor + AIRFLOW__CORE__SQL_ALCHEMY_CONN: postgresql+psycopg2://airflow:airflow@postgres/airflow + AIRFLOW__CELERY__RESULT_BACKEND: db+postgresql://airflow:airflow@postgres/airflow + AIRFLOW__CELERY__BROKER_URL: redis://:$REDIS_PASSWORD@redis:$REDIS_PORT/0 + AIRFLOW__CORE__FERNET_KEY: '' + AIRFLOW__CORE__DAGS_ARE_PAUSED_AT_CREATION: 'true' + AIRFLOW__CORE__LOAD_EXAMPLES: 'false' -# ROGER_DUG__INPUTS_DATA__SETS: topmed,bdc-dbGaP -# ROGER_ELASTICSEARCH_HOST: "$ELASTIC_API_HOST" -# ROGER_ELASTICSEARCH_PASSWORD: "$ELASTIC_PASSWORD" -# ROGER_ELASTICSEARCH_NBOOST__HOST: "$NBOOST_API_HOST" -# ROGER_REDISGRAPH_HOST: "$REDIS_HOST" -# ROGER_REDISGRAPH_PASSWORD: "$REDIS_PASSWORD" -# ROGER_KGX_DATASET__VERSION: "v3.0" -# volumes: -# - ./dags:/opt/airflow/dags -# - ./logs:/opt/airflow/logs -# - ./plugins:/opt/airflow/plugins -# user: "${AIRFLOW_UID:-50000}:${AIRFLOW_GID:-50000}" -# depends_on: -# redis: -# condition: service_healthy -# postgres: -# condition: service_healthy + ROGER_DUG__INPUTS_DATA__SETS: topmed,bdc-dbGaP + ROGER_ELASTICSEARCH_HOST: "$ELASTIC_API_HOST" + ROGER_ELASTICSEARCH_PASSWORD: "$ELASTIC_PASSWORD" + ROGER_ELASTICSEARCH_NBOOST__HOST: "$NBOOST_API_HOST" + ROGER_REDISGRAPH_HOST: "$REDIS_HOST" + ROGER_REDISGRAPH_PASSWORD: "$REDIS_PASSWORD" + ROGER_KGX_DATASET__VERSION: "v3.0" + volumes: + - ./dags:/opt/airflow/dags + - ./logs:/opt/airflow/logs + - ./plugins:/opt/airflow/plugins + user: "${AIRFLOW_UID:-50000}:${AIRFLOW_GID:-50000}" + depends_on: + redis: + condition: service_healthy + postgres: + condition: service_healthy services: redis: - # image: redislabs/redisgraph:2.10.9 #this works? + # image: redislabs/redisgraph:2.10.9 #Alternative Image image: 'redis/redis-stack:6.2.4-v2' - # command: "redis-server --requirepass $REDIS_PASSWORD --loadmodule /opt/redis-stack/lib/redisgraph.so" + command: "redis-server --requirepass $REDIS_PASSWORD --loadmodule /opt/redis-stack/lib/redisgraph.so" environment: - REDIS_ARGS=--requirepass $REDIS_PASSWORD volumes: @@ -110,7 +110,6 @@ services: - $API_PORT:$API_PORT elasticsearch: - # image: docker.elastic.co/elasticsearch/elasticsearch:7.6.1 image: docker.elastic.co/elasticsearch/elasticsearch:8.5.2 environment: - ELASTIC_PASSWORD=$ELASTIC_PASSWORD @@ -124,8 +123,7 @@ services: - '9300:9300' tranql: - # image: helxplatform/tranql-app:develop-0.0.56 - image: tranql-tranql:latest + image: helxplatform/tranql-app:develop-0.0.56 ports: - '8001:8001' entrypoint: [ From 9a23d4725f0b0adb40a9685cbb8969c9d367ffb9 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: braswent Date: Wed, 25 Oct 2023 14:24:08 -0400 Subject: [PATCH 38/40] fixed docker-compose --- docker-compose.yaml | 59 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++- 1 file changed, 58 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/docker-compose.yaml b/docker-compose.yaml index 1bcd85a8..218fc74b 100644 --- a/docker-compose.yaml +++ b/docker-compose.yaml @@ -71,6 +71,63 @@ x-airflow-common: condition: service_healthy services: + postgres: + image: postgres:13 + environment: + POSTGRES_USER: airflow + POSTGRES_PASSWORD: airflow + POSTGRES_DB: airflow + volumes: + - postgres-db-volume:/var/lib/postgresql/data + healthcheck: + test: ["CMD", "pg_isready", "-U", "airflow"] + interval: 5s + retries: 5 + restart: always + + airflow-webserver: + <<: *airflow-common + command: webserver + ports: + - 8080:8080 + healthcheck: + test: ["CMD", "curl", "--fail", "http://localhost:8080/health"] + interval: 10s + timeout: 10s + retries: 5 + restart: always + + airflow-scheduler: + <<: *airflow-common + command: scheduler + restart: always + + airflow-worker: + <<: *airflow-common + command: celery worker + restart: always + + airflow-init: + <<: *airflow-common + command: version + environment: + <<: *airflow-common-env + _AIRFLOW_DB_UPGRADE: 'true' + _AIRFLOW_WWW_USER_CREATE: 'true' + _AIRFLOW_WWW_USER_USERNAME: ${_AIRFLOW_WWW_USER_USERNAME:-airflow} + _AIRFLOW_WWW_USER_PASSWORD: ${_AIRFLOW_WWW_USER_PASSWORD:-airflow} + + flower: + <<: *airflow-common + command: celery flower + ports: + - 5555:5555 + healthcheck: + test: ["CMD", "curl", "--fail", "http://localhost:5555/"] + interval: 10s + timeout: 10s + retries: 5 + restart: always redis: # image: redislabs/redisgraph:2.10.9 #Alternative Image @@ -90,7 +147,7 @@ services: restart: always dug: - image: dug-api:latest + image: containers.renci.org/helxplatform/dug:latest depends_on: - elasticsearch - redis From a66fb637cbb80dfbd4f4470db5f2d7172d0c6307 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: braswent Date: Wed, 25 Oct 2023 14:26:15 -0400 Subject: [PATCH 39/40] adding back postgres volume to docker compose --- docker-compose.yaml | 2 ++ 1 file changed, 2 insertions(+) diff --git a/docker-compose.yaml b/docker-compose.yaml index 218fc74b..e8d4884f 100644 --- a/docker-compose.yaml +++ b/docker-compose.yaml @@ -197,3 +197,5 @@ services: - REDIS_PASSWORD=$REDIS_PASSWORD volumes: - ./tranql-schema.yaml:/tranql/tranql/conf/schema.yaml +volumes: + postgres-db-volume: \ No newline at end of file From cb1454ea9fb79176cf96e7a4b047faf84c094f3b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: YaphetKG Date: Tue, 31 Oct 2023 09:00:33 -0400 Subject: [PATCH 40/40] env correction , docker compose updates --- .env | 15 ++++++++------- docker-compose.yaml | 14 ++++++++++---- 2 files changed, 18 insertions(+), 11 deletions(-) diff --git a/.env b/.env index 254eecb6..9e2ba0e3 100644 --- a/.env +++ b/.env @@ -9,14 +9,15 @@ DATA_DIR=./local_storage DUG_LOG_LEVEL=INFO -ELASTICSEARCH_PASSWORD=12345 -ELASTICSEARCH_HOST=elasticsearch -ELASTICSEARCH_USERNAME=elastic +ELASTIC_PASSWORD=12345 +ELASTIC_API_HOST=elasticsearch +ELASTIC_USERNAME=elastic NBOOST_API_HOST=nboost -REDISGRAPH_PASSWORD=weak -REDISGRAPH_HOST=merge-redis-master -REDISGRAPH_PORT=6379 +REDIS_PASSWORD=weak +REDIS_HOST=merge-redis-master +REDIS_PORT=6379 TRANQL_ACCESS_LOG=access.log -TRANQL_ERROR_LOG=error.log \ No newline at end of file +TRANQL_ERROR_LOG=error.log +ROGER_DUG__INPUTS_DATA__SETS=topmed:v1.0 \ No newline at end of file diff --git a/docker-compose.yaml b/docker-compose.yaml index e8d4884f..7c698ed6 100644 --- a/docker-compose.yaml +++ b/docker-compose.yaml @@ -52,18 +52,20 @@ x-airflow-common: AIRFLOW__CORE__DAGS_ARE_PAUSED_AT_CREATION: 'true' AIRFLOW__CORE__LOAD_EXAMPLES: 'false' - ROGER_DUG__INPUTS_DATA__SETS: topmed,bdc-dbGaP + ROGER_DUG__INPUTS_DATA__SETS: "$ROGER_DUG__INPUTS_DATA__SETS" ROGER_ELASTICSEARCH_HOST: "$ELASTIC_API_HOST" ROGER_ELASTICSEARCH_PASSWORD: "$ELASTIC_PASSWORD" ROGER_ELASTICSEARCH_NBOOST__HOST: "$NBOOST_API_HOST" ROGER_REDISGRAPH_HOST: "$REDIS_HOST" ROGER_REDISGRAPH_PASSWORD: "$REDIS_PASSWORD" ROGER_KGX_DATASET__VERSION: "v3.0" + ROGER_DATA_DIR: "/opt/airflow/share/data" volumes: - ./dags:/opt/airflow/dags - ./logs:/opt/airflow/logs - ./plugins:/opt/airflow/plugins - user: "${AIRFLOW_UID:-50000}:${AIRFLOW_GID:-50000}" + - ./data:/opt/airflow/share/data + user: root depends_on: redis: condition: service_healthy @@ -79,6 +81,8 @@ services: POSTGRES_DB: airflow volumes: - postgres-db-volume:/var/lib/postgresql/data + - ${DATA_DIR}/elastic:/elastic + - ${DATA_DIR}/redis:/redis healthcheck: test: ["CMD", "pg_isready", "-U", "airflow"] interval: 5s @@ -131,6 +135,7 @@ services: redis: # image: redislabs/redisgraph:2.10.9 #Alternative Image + user: root image: 'redis/redis-stack:6.2.4-v2' command: "redis-server --requirepass $REDIS_PASSWORD --loadmodule /opt/redis-stack/lib/redisgraph.so" environment: @@ -162,11 +167,12 @@ services: entrypoint: [ "gunicorn", "--workers=$API_WORKERS", "--name=dug", "--bind=0.0.0.0:$API_PORT", "--timeout=$API_TIMEOUT", - "--log-level=DEBUG", "-k", "uvicorn.workers.UvicornWorker", "--reload", "app.server:APP"] + "--log-level=DEBUG", "-k", "uvicorn.workers.UvicornWorker", "--reload", "dug.server:APP"] ports: - $API_PORT:$API_PORT elasticsearch: + user: root image: docker.elastic.co/elasticsearch/elasticsearch:8.5.2 environment: - ELASTIC_PASSWORD=$ELASTIC_PASSWORD @@ -180,7 +186,7 @@ services: - '9300:9300' tranql: - image: helxplatform/tranql-app:develop-0.0.56 + image: containers.renci.org/helxplatform/tranql:rti-merge ports: - '8001:8001' entrypoint: [