forked from g2nb/igv-jupyter
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Dockerfile
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Dockerfile
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# Dockerfile for running igv-jupyter from a pip install
# Pull the latest known good scipy notebook image from the official Jupyter stacks
FROM jupyter/scipy-notebook:2021-08-16
MAINTAINER Thorin Tabor <[email protected]>
EXPOSE 8888
#############################################
## ROOT ##
## Install npm ##
#############################################
USER root
RUN apt-get update && apt-get install -y npm
#############################################
## $NB_USER ##
## Install python libraries ##
#############################################
USER $NB_USER
RUN conda install -c conda-forge jupyterlab=3.1
#############################################
## $NB_USER ##
## Install nbtools ##
#############################################
RUN pip install nbtools==21.9.0b1
#############################################
## $NB_USER ##
## Install nbtools igv-jupyter ##
#############################################
RUN pip install igv-jupyter && jupyter lab build
#############################################
## $NB_USER ##
## Add all example notebooks ##
#############################################
RUN mkdir /home/jovyan/examples
COPY ./examples /home/jovyan/examples
#############################################
## $NB_USER ##
## Launch lab by default ##
#############################################
ENV JUPYTER_ENABLE_LAB="true"
ENV TERM xterm