EG.5.1.1 with S:L455F on C22687T branch (336 seqs, 17 countries)

[NkRMnZr]

Taken from Branch 42 of Multitask sars-cov-2-variants/lineage-proposals#537

Defining Mutations: EG.5.1.1 > C22687T > G22927T(S:L455F)
Query: C6541T, C22687T, G22927T, -T2145C, -A16482C, -C21191T
Earliest seq: 2023-08-14 (EPI_ISL_18279039, Singapore, travel history: China)
Latest seq: 2023-09-01 (EPI_ISL_18278560, Alberta, Canada)
Sampled Countries: China (21: GS/4; HB/3; XJ/3; AH/2; SC/2; SX/2; FJ/1; HK/1; QH/1; SH/1; YN/1), Australia (12: NSW/5; SA/4; QLD/1; TA/1; VIC/1), South Korea (8), Canada (6: AB), USA (3: AZ/1; ex. Australia/2), Singapore (2: Local/1; ex. China/1), Japan (1)

Genomes:

EPI_ISL_18146046, EPI_ISL_18213336, EPI_ISL_18217223, EPI_ISL_18278558, EPI_ISL_18278560, EPI_ISL_18279039, EPI_ISL_18289881, EPI_ISL_18293677, EPI_ISL_18293698, EPI_ISL_18311984, EPI_ISL_18312274, EPI_ISL_18312380, EPI_ISL_18313209, EPI_ISL_18327623, EPI_ISL_18327666, EPI_ISL_18346251, EPI_ISL_18346325, EPI_ISL_18347707, EPI_ISL_18350428, EPI_ISL_18360224, EPI_ISL_18361336, EPI_ISL_18361999, EPI_ISL_18365676, EPI_ISL_18365684, EPI_ISL_18365890, EPI_ISL_18366374, EPI_ISL_18382081, EPI_ISL_18382589, EPI_ISL_18382710, EPI_ISL_18384562, EPI_ISL_18388967, EPI_ISL_18389014, EPI_ISL_18389016, EPI_ISL_18390872, EPI_ISL_18396110, EPI_ISL_18401894, EPI_ISL_18401903, EPI_ISL_18401983, EPI_ISL_18404054, EPI_ISL_18408752, EPI_ISL_18411422, EPI_ISL_18411665, EPI_ISL_18411717, EPI_ISL_18411753, EPI_ISL_18425089, EPI_ISL_18427884, EPI_ISL_18435235, EPI_ISL_18438336, EPI_ISL_18438338, EPI_ISL_18438347, EPI_ISL_18439100, EPI_ISL_18447517, EPI_ISL_18447771

UShER:
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/subtreeAuspice1_genome_27ac0_cb920.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_3487678

[NkRMnZr]

Tracking updates

11-05, 13 seqs from Australia, China, Denmark, South Korea EPI_ISL_18449804, EPI_ISL_18453643, EPI_ISL_18453648, EPI_ISL_18453651, EPI_ISL_18457467, EPI_ISL_18457471-18457472, EPI_ISL_18457477, EPI_ISL_18460645, EPI_ISL_18460741, EPI_ISL_18460931, EPI_ISL_18464669

11-18, 49 seqs from Australia, Canada, China, Germany, S. Korea, New Zealand, Spain, Switzerland and USA

https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/subtreeAuspice1_genome_18c52_a33fb0.json?f_userOrOld=uploaded%20sample&label=id:node_3494564

EPI_ISL_18472051, EPI_ISL_18472850, EPI_ISL_18478138, EPI_ISL_18485378, EPI_ISL_18485995-18485996, EPI_ISL_18488277-18488278, EPI_ISL_18488429, EPI_ISL_18488707, EPI_ISL_18488956, EPI_ISL_18488967, EPI_ISL_18489127, EPI_ISL_18489133, EPI_ISL_18492211, EPI_ISL_18492876, EPI_ISL_18495412, EPI_ISL_18495461, EPI_ISL_18495498, EPI_ISL_18495808, EPI_ISL_18495826, EPI_ISL_18495828-18495829, EPI_ISL_18496301, EPI_ISL_18501733, EPI_ISL_18501754, EPI_ISL_18501770, EPI_ISL_18501782, EPI_ISL_18502001, EPI_ISL_18502004, EPI_ISL_18503728, EPI_ISL_18503766, EPI_ISL_18505641, EPI_ISL_18505646, EPI_ISL_18505652, EPI_ISL_18505822, EPI_ISL_18506882, EPI_ISL_18508531, EPI_ISL_18511098, EPI_ISL_18511143, EPI_ISL_18511221, EPI_ISL_18511321, EPI_ISL_18511325, EPI_ISL_18512305, EPI_ISL_18513315, EPI_ISL_18513441, EPI_ISL_18513532, EPI_ISL_18513961, EPI_ISL_18519483

11-25, 29 seqs from Australia, Canada, China, Finland, S. Korea and USA

EPI_ISL_18520812, EPI_ISL_18523212, EPI_ISL_18523221, EPI_ISL_18524580, EPI_ISL_18524598, EPI_ISL_18524601, EPI_ISL_18524667, EPI_ISL_18526588, EPI_ISL_18527207, EPI_ISL_18527223, EPI_ISL_18532482, EPI_ISL_18535613, EPI_ISL_18536610, EPI_ISL_18536625, EPI_ISL_18538684, EPI_ISL_18539109, EPI_ISL_18539141, EPI_ISL_18539211, EPI_ISL_18539234, EPI_ISL_18539466, EPI_ISL_18539502, EPI_ISL_18539621, EPI_ISL_18539654, EPI_ISL_18539697, EPI_ISL_18539719, EPI_ISL_18539784, EPI_ISL_18539831, EPI_ISL_18539840, EPI_ISL_18541499

12-02, 33 seqs from Australia, Austria, Canada, S. Korea, New Zealand, Singapore, Thailand, and USA

EPI_ISL_18543971, EPI_ISL_18544844, EPI_ISL_18548682, EPI_ISL_18549226, EPI_ISL_18550967, EPI_ISL_18551383, EPI_ISL_18553225, EPI_ISL_18555044, EPI_ISL_18556560, EPI_ISL_18558938, EPI_ISL_18560042, EPI_ISL_18561627, EPI_ISL_18562314, EPI_ISL_18562674-18562675, EPI_ISL_18564503, EPI_ISL_18564556, EPI_ISL_18564663, EPI_ISL_18564735, EPI_ISL_18564791, EPI_ISL_18564798, EPI_ISL_18564857, EPI_ISL_18564906, EPI_ISL_18564916, EPI_ISL_18565050, EPI_ISL_18565072, EPI_ISL_18565124, EPI_ISL_18565167, EPI_ISL_18566413, EPI_ISL_18566544, EPI_ISL_18566726, EPI_ISL_18567951, EPI_ISL_18567957

12-06, 18 seqs from Australia, Canada, China, Japan and USA

EPI_ISL_18576468, EPI_ISL_18580430, EPI_ISL_18580562-18580563, EPI_ISL_18580578, EPI_ISL_18580619, EPI_ISL_18580621, EPI_ISL_18580634, EPI_ISL_18582053, EPI_ISL_18582058, EPI_ISL_18582858, EPI_ISL_18583937, EPI_ISL_18584287, EPI_ISL_18584303, EPI_ISL_18584623, EPI_ISL_18584649, EPI_ISL_18584656, EPI_ISL_18589872

12-14, 33 seqs from Australia, Canada, China, France, S. Korea and USA

EPI_ISL_18597118, EPI_ISL_18597172, EPI_ISL_18597214, EPI_ISL_18597339, EPI_ISL_18597402, EPI_ISL_18597517, EPI_ISL_18597563, EPI_ISL_18597581, EPI_ISL_18597629, EPI_ISL_18597705, EPI_ISL_18597741, EPI_ISL_18608332-18608333, EPI_ISL_18608556, EPI_ISL_18608633, EPI_ISL_18610315, EPI_ISL_18610321, EPI_ISL_18610410, EPI_ISL_18610968, EPI_ISL_18611059, EPI_ISL_18613652, EPI_ISL_18613702, EPI_ISL_18613708, EPI_ISL_18613713-18613714, EPI_ISL_18615570, EPI_ISL_18622257, EPI_ISL_18623043, EPI_ISL_18623067, EPI_ISL_18633169, EPI_ISL_18633178, EPI_ISL_18633279, EPI_ISL_18633404

24-01-13, 112 seqs from Australia, Canada, China, Italy, Japan, S. Korea, New Zealand and USA

EPI_ISL_18634269, EPI_ISL_18636779, EPI_ISL_18639366, EPI_ISL_18639392-18639393, EPI_ISL_18639563, EPI_ISL_18639672, EPI_ISL_18639698, EPI_ISL_18639724, EPI_ISL_18639730, EPI_ISL_18639879, EPI_ISL_18639931, EPI_ISL_18643251, EPI_ISL_18643254, EPI_ISL_18643256, EPI_ISL_18643261-18643262, EPI_ISL_18643283, EPI_ISL_18643297, EPI_ISL_18643299, EPI_ISL_18643391, EPI_ISL_18644688, EPI_ISL_18645065-18645066, EPI_ISL_18645344, EPI_ISL_18645809, EPI_ISL_18645964-18645966, EPI_ISL_18651519-18651520, EPI_ISL_18651523, EPI_ISL_18651527, EPI_ISL_18651534, EPI_ISL_18651555, EPI_ISL_18651618, EPI_ISL_18651629, EPI_ISL_18651699, EPI_ISL_18654567, EPI_ISL_18667137, EPI_ISL_18667145, EPI_ISL_18667293, EPI_ISL_18670893, EPI_ISL_18671030, EPI_ISL_18673213, EPI_ISL_18686677, EPI_ISL_18686699-18686700, EPI_ISL_18686733, EPI_ISL_18686738, EPI_ISL_18686989, EPI_ISL_18687022, EPI_ISL_18687028, EPI_ISL_18687068, EPI_ISL_18687316, EPI_ISL_18687344, EPI_ISL_18687352, EPI_ISL_18687383, EPI_ISL_18687483, EPI_ISL_18694938, EPI_ISL_18694946, EPI_ISL_18695907, EPI_ISL_18696837, EPI_ISL_18696858, EPI_ISL_18699450, EPI_ISL_18705823, EPI_ISL_18705825, EPI_ISL_18707581, EPI_ISL_18711521, EPI_ISL_18711699, EPI_ISL_18711703, EPI_ISL_18711705, EPI_ISL_18711718, EPI_ISL_18711996, EPI_ISL_18711998, EPI_ISL_18712031, EPI_ISL_18720575, EPI_ISL_18720582-18720584, EPI_ISL_18720593, EPI_ISL_18720604, EPI_ISL_18720606, EPI_ISL_18720614, EPI_ISL_18720621, EPI_ISL_18720637, EPI_ISL_18721773, EPI_ISL_18725436, EPI_ISL_18725439, EPI_ISL_18732968, EPI_ISL_18733037, EPI_ISL_18733122, EPI_ISL_18733153, EPI_ISL_18733213, EPI_ISL_18733565, EPI_ISL_18733626, EPI_ISL_18733699, EPI_ISL_18733706, EPI_ISL_18742246, EPI_ISL_18751350, EPI_ISL_18751374, EPI_ISL_18751384, EPI_ISL_18751458, EPI_ISL_18751508, EPI_ISL_18751512, EPI_ISL_18751525, EPI_ISL_18751548, EPI_ISL_18751956, EPI_ISL_18752005, EPI_ISL_18752092, EPI_ISL_18752134, EPI_ISL_18752171

[FedeGueli]

123 as today it landed in two australian states NSW and QLD

[xz-keg]

313 now

[corneliusroemer]

Up to date tree, not sure it's worth designating even more EG.5.1.1 + 455F, there are already loads of them
https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/subtreeAuspice1_genome_f436_c39f70.json

[DailyCovidCases]

Please close this issue