diff --git a/lineage_notes.txt b/lineage_notes.txt index 286a9018..6c010609 100644 --- a/lineage_notes.txt +++ b/lineage_notes.txt @@ -882,6 +882,7 @@ CH.1.1.17 Alias of B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.1.1.17, M:S212G, on C21811T branch, fr CH.1.1.18 Alias of B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.1.1.18, S:K187T, related to #1747 CH.1.1.19 Alias of B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.1.1.19, C2773T, Europe CH.1.1.20 Alias of B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.1.1.20, England, T299I, R403K, D1165G, from #1736 +CH.1.1.21 Alias of B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.1.1.21, England, S:N481Y, from #1799 CH.2 Alias of B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.2, defined by S:Q183H CH.3 Alias of B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.3, defined by S:486P on ORF1b:Q2425R branch CH.3.1 Alias of B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.3.1, S:S494P, Australia/Indonesia, from #1421 diff --git a/lineages.csv b/lineages.csv index 220d459b..e07ae0bc 100644 --- a/lineages.csv +++ b/lineages.csv @@ -2255687,7 +2255687,6 @@ England/BRBR-326CA522/2023,CH.1.1 England/PHEP-YYGK7UN/2023,CH.1.1 USA/NC-CDC-LC0977069/2022,CH.1.1 Latvia/2210088203/2022,CH.1.1 -England/BRBR-3267D46D/2022,CH.1.1 England/QEUH-32695A7C/2023,CH.1.1 Japan/TKYkbm82044/2023,CH.1.1 Denmark/DCGC-623320/2022,CH.1.1 @@ -2256560,7 +2256559,6 @@ Germany/BY-RKI-I-1085880/2023,CH.1.1 Canada/ON-PHL-23-08562/2023,CH.1.1 France/IDF-IPP-04541/2023,CH.1.1 England/QEUH-32623114/2022,CH.1.1 -England/PHEC-YY8HBXB/2023,CH.1.1 England/LSPA-3269504D/2023,CH.1.1 Canada/ON-PHL-11725/2023,CH.1.1 Switzerland/VD-CHUV-GEN14515/2022,CH.1.1 @@ -2256674,7 +2256672,6 @@ Japan/TKYkbm75182/2022,CH.1.1 Denmark/DCGC-624498/2022,CH.1.1 Netherlands/UT-RIVM-123763/2022,CH.1.1 USA/NY-SUNYQB-61210500907970/2023,CH.1.1 -England/QEUH-326B867F/2023,CH.1.1 USA/IL-CDC-QDX45593766/2023,CH.1.1 England/LSPA-3263034B/2022,CH.1.1 Belgium/Jessa_11-2305-005181/2023,CH.1.1 @@ -2256857,7 +2256854,6 @@ Canada/ON-PHL-11872/2023,CH.1.1 England/BRBR-32685AF7/2023,CH.1.1 England/LSPA-32615801/2022,CH.1.1 USA/GA-CDC-QDX45960999/2023,CH.1.1 -Wales/QEUH-32688E25/2022,CH.1.1 Ireland/CW-NVRL-ecS22IRL00467297/2022,CH.1.1 Canada/ON-PHL-23-07063/2023,CH.1.1 Thailand/DMSc-15013/2022,CH.1.1 @@ -2258095,7 +2258091,6 @@ Spain/CT-HUB07357/2022,CH.1.1 USA/WI-MCRI-012699/2022,CH.1.1 USA/CA-CDPH-FS47308984/2022,CH.1.1 Canada/ON-PHL-22-60045/2022,CH.1.1 -England/QEUH-3269B0DE/2023,CH.1.1 England/PHEC-YY8ZANQ/2022,CH.1.1 Netherlands/ZH-LUMC-3597/2022,CH.1.1 Canada/ON-PHL-23-06570/2023,CH.1.1 @@ -2258488,7 +2258483,6 @@ Netherlands/GR-UMCG-MMB_7007/2022,CH.1.1 Singapore/R13MR29/2023,CH.1.1 England/BRBR-326F36A5/2023,CH.1.1 England/PLYM-326F461D/2023,CH.1.1 -England/BRBR-3267AFF6/2022,CH.1.1 England/PLYM-326C0173/2023,CH.1.1 Denmark/DCGC-639990/2023,CH.1.1 France/ARA-HCL723000150301/2023,CH.1.1 @@ -2259020,7 +2259014,6 @@ England/BRBR-326B6222/2023,CH.1.1 Japan/TKYkbm76672/2022,CH.1.1 USA/AR-CDC-LC0998434/2023,CH.1.1 Germany/BW-RKI-I-1095223/2023,CH.1.1 -England/QEUH-326C98DF/2023,CH.1.1 England/LSPA-3266D354/2022,CH.1.1 Canada/ON-PHL-11424/2023,CH.1.1 England/LSPA-3263F2E5/2022,CH.1.1 @@ -2259077,7 +2259070,6 @@ England/LSPA-326357FF/2022,CH.1.1 USA/IL-CDC-QDX45909390/2023,CH.1.1 Germany/BY-RKI-I-1111765/2023,CH.1.1 England/BRBR-326E3101/2023,CH.1.1 -England/QEUH-3268069E/2022,CH.1.1 France/IDF-APHPSU_PSL-662301028938/2023,CH.1.1 Netherlands/NH-inBiome-212355/2022,CH.1.1 Scotland/LSPA-3269AF69/2022,CH.1.1 @@ -2260250,7 +2260242,6 @@ Germany/BY-RKI-I-1098484/2023,CH.1.1 Denmark/DCGC-624075/2022,CH.1.1 England/PHEP-YYG87IR/2023,CH.1.1 Thailand/NIC_PTE_26847/2022,CH.1.1 -England/QEUH-326746F7/2022,CH.1.1 England/BRBR-326BCC88/2023,CH.1.1 Australia/NSW-ICPMR-42236/2023,CH.1.1 England/LSPA-3260D408/2022,CH.1.1 @@ -2260319,7 +2260310,6 @@ England/PHEC-YY8CRWW/2022,CH.1.1 USA/FL-TGH-4579/2022,CH.1.1 Germany/NW-RKI-I-1104141/2023,CH.1.1 England/QEUH-326866D4/2022,CH.1.1 -Scotland/QEUH-3269E958/2023,CH.1.1 Thailand/NIC_TRG_26990/2022,CH.1.1 England/BRBR-326E075D/2023,CH.1.1 USA/NC-CORVASEQ-UNC-8942/2023,CH.1.1 @@ -2362423,3 +2362413,51 @@ Mexico/TAB-INMEGEN-86-289/2022,BA.5.1.15 Brazil/CE-FIOCRUZ-92036CE/2022,BA.5.1.15 USA/NY-UB-KSL-06865/2022,BA.5.1.15 USA/MI-CDC-QDX38833434/2022,BA.5.1.15 +Netherlands/GE-RIVM-128191/2023,CH.1.1.21 +Netherlands/GE-RIVM-126555/2023,CH.1.1.21 +England/QEUH-326BB445/2023,CH.1.1.21 +England/BRBR-3267AFF6/2022,CH.1.1.21 +England/QEUH-326C7D87/2023,CH.1.1.21 +England/QEUH-326740F9/2022,CH.1.1.21 +England/QEUH-32672705/2022,CH.1.1.21 +England/BRBR-3267D46D/2022,CH.1.1.21 +England/QEUH-32687002/2023,CH.1.1.21 +England/BRBR-3267CF9A/2022,CH.1.1.21 +England/LSPA-3262F8D7/2022,CH.1.1.21 +England/QEUH-326F0EBF/2023,CH.1.1.21 +England/QEUH-326C0058/2023,CH.1.1.21 +Scotland/QEUH-3269E958/2023,CH.1.1.21 +England/QEUH-32680A92/2022,CH.1.1.21 +England/QEUH-3268069E/2022,CH.1.1.21 +England/QEUH-326C98DF/2023,CH.1.1.21 +England/QEUH-32655CAF/2022,CH.1.1.21 +England/QEUH-326B867F/2023,CH.1.1.21 +England/PHEC-YY89HN4/2023,CH.1.1.21 +Wales/QEUH-32688E25/2022,CH.1.1.21 +England/QEUH-3269B0DE/2023,CH.1.1.21 +England/BRBR-3270B894/2023,CH.1.1.21 +England/BRBR-3270B6A9/2023,CH.1.1.21 +England/BRBR-3270B72E/2023,CH.1.1.21 +Singapore/R7MR45/2023,CH.1.1.21 +England/PHEC-YY8HBXB/2023,CH.1.1.21 +England/BRBR-326FD31D/2023,CH.1.1.21 +England/PHEP-YYGKBAW/2023,CH.1.1.21 +USA/NC-CORVASEQ-UNC-9114/2023,CH.1.1.21 +USA/NC-CORVASEQ-UNC-9009/2023,CH.1.1.21 +USA/NC-CORVASEQ-UNC-9128/2023,CH.1.1.21 +England/BRBR-3270B120/2023,CH.1.1.21 +England/BRBR-3270B533/2023,CH.1.1.21 +England/BRBR-3270B4DC/2023,CH.1.1.21 +England/BRBR-3270B31B/2023,CH.1.1.21 +England/BRBR-3270B8FE/2023,CH.1.1.21 +England/BRBR-3270B102/2023,CH.1.1.21 +England/BRBR-3270B20F/2023,CH.1.1.21 +England/BRBR-3270AFDC/2023,CH.1.1.21 +England/BRBR-326E7D36/2023,CH.1.1.21 +England/QEUH-326746F7/2022,CH.1.1.21 +England/QEUH-326E9693/2023,CH.1.1.21 +USA/CA-CDPH-FS47312881/2023,CH.1.1.21 +England/PHEC-YYEPCH3/2023,CH.1.1.21 +England/PHEC-YYEPQ37/2023,CH.1.1.21 +England/PHEC-YYEQMHA/2023,CH.1.1.21 +England/PHEC-YYEPXGD/2023,CH.1.1.21