diff --git a/lineage_notes.txt b/lineage_notes.txt index bca294bd..db610cde 100644 --- a/lineage_notes.txt +++ b/lineage_notes.txt @@ -1140,6 +1140,7 @@ JN.1.42 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.42, C5581A, South America JN.1.43 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.43, A25237G JN.1.43.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.43.1, C19488T, C29218T, Brazil JN.1.44 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.44, ORF6:P57L +JN.1.45 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.45, G18756T JN.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.2, ORF1a:Y621C, Europe/North America, from #2284 JN.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.2.1, S:S31F, Sweden/Australia JN.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.2.2, S:T572I, N:G25C, ORF1a:L3644F, Netherlands, from #2433 diff --git a/lineages.csv b/lineages.csv index f127b61c..bbc026eb 100644 --- a/lineages.csv +++ b/lineages.csv @@ -2535883,3 +2535883,614 @@ Singapore/R3MQ126/2024,JN.14 Singapore/R94MR134/2023,JN.14 Hubei/HCDC-YC3720/2024,JN.14 CHN/HB-Yichang-3720/2024,JN.14 +Denmark/DCGC-670352/2024,JN.1.45 +Spain/GU-GUT-82884221/2023,JN.1.45 +Spain/CL-COV45724/2024,JN.1.45 +Spain/CL-COV46049/2024,JN.1.45 +Germany/BY-MVP-000023580/2023,JN.1.45 +USA/MD-CDC-LC1089602/2024,JN.1.45 +Spain/CL-COV46103/2024,JN.1.45 +Spain/VC-CVA_ALIC-122667/2023,JN.1.45 +France/PAC-HCL-724000081201/2024,JN.1.45 +Germany/BY-LGL-6148392/2024,JN.1.45 +Croatia/HZJZ_7058/2024,JN.1.45 +Fujian/FCDC-ZZ568/2024,JN.1.45 +Fujian/FCDC-ND0574/2024,JN.1.45 +Canada/ON-KHS-00440-v1/2024,JN.1.45 +Japan/PG-594778/2024,JN.1.45 +Russia/SPE-RII-MH166536S/2024,JN.1.45 +France/BFC-IPP01888/2024,JN.1.45 +Poland/Kce-128/2024,JN.1.45 +France/ARA-HCL023172136501/2023,JN.1.45 +Ireland/D-SVUH-FAX55928-029/2023,JN.1.45 +Japan/PG-584598/2023,JN.1.45 +Italy/VEN-AOUIVR-7341900501_VR/2023,JN.1.45 +France/ARA-RELAB-HCL723001657101/2023,JN.1.45 +Switzerland/GE-HUG-43276226/2023,JN.1.45 +Austria/AGES-1100352/2024,JN.1.45 +USA/MA-CDC-QDX90322867/2023,JN.1.45 +Spain/TO-HUT-72081664/2023,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX90730252/2023,JN.1.45 +France/HDF-IPP32348/2023,JN.1.45 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+Canada/ON-PHL-202401109/2023,JN.1.45 +Canada/ON-PHL-202402175/2024,JN.1.45 +Canada/AB-ABPHL-113663/2024,JN.1.45 +USA/2398648/2024,JN.1.45 +USA/VA-VTVAS3-GSC45220/2024,JN.1.45 +USA/CA-HLX-STM-C2BDX7WMY/2024,JN.1.45 +USA/PA-DHSS-B1289905/2024,JN.1.45 +France/GES-IPP04460/2024,JN.1.45 +Canada/ON-PHL-23-44555/2023,JN.1.45 +SouthKorea/KDCA286991/2024,JN.1.45 +Canada/ON-PHL-23-46070/2023,JN.1.45 +Canada/ON-PHL-23-48281/2023,JN.1.45 +USA/WA-CDC-LC1077915/2023,JN.1.45 +Canada/ON-PHL-23-50300/2023,JN.1.45 +Canada/ON-PHL-202400723/2024,JN.1.45 +Mexico/OAX_IBT_IMSS_12813/2024,JN.1.45 +Canada/ON-PHL-202401801/2024,JN.1.45 +Canada/ON-PHL-202401192/2024,JN.1.45 +Canada/ON-PHL-202402176/2024,JN.1.45 +Canada/ON-PHL-202401708/2024,JN.1.45 +Canada/ON-PHL-202401706/2024,JN.1.45 +Canada/ON-PHL-202401709/2024,JN.1.45 +Canada/AB-ABPHL-113725/2024,JN.1.45 +USA/AZ-CDC-QDX90528158/2023,JN.1.45 +USA/MI-CDC-QDX92232111/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX91594139/2024,JN.1.45 +Canada/AB-ABPHL-114441/2024,JN.1.45 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+Canada/AB-ABPHL-114896/2024,JN.1.45 +Canada/AB-ABPHL-114900/2024,JN.1.45 +Canada/AB-ABPHL-114898/2024,JN.1.45 +Canada/AB-ABPHL-114625/2024,JN.1.45 +Canada/AB-ABPHL-114607/2024,JN.1.45 +Canada/AB-ABPHL-115586/2024,JN.1.45 +Canada/AB-ABPHL-115240/2024,JN.1.45 +Canada/AB-ABPHL-114897/2024,JN.1.45 +Spain/CU-83283/2023,JN.1.45 +USA/TX-HMH-M-138451/2024,JN.1.45 +USA/NJ-CDC-QDX92028306/2024,JN.1.45 +USA/NJ-CDC-QDX92343900/2024,JN.1.45 +England/CLIMB-CM7YKD5F/2024,JN.1.45 +PuertoRico/PR-CVL-022148/2024,JN.1.45 +USA/NV-SNPHL-792638/2023,JN.1.45 +USA/GA-GPHL-0073/2024,JN.1.45 +USA/CA-HLX-STM-BHW6DKEXY/2024,JN.1.45 +USA/TX-HMH-M-139618/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX93349462/2024,JN.1.45 +USA/CA-CDPH-500132582/2024,JN.1.45 +USA/DE-DHSS-B1289916/2024,JN.1.45 +USA/VT_24-001924-WGS-02/2024,JN.1.45 +PuertoRico/S-6430/2024,JN.1.45 +PuertoRico/S-6434/2024,JN.1.45 +USA/CA-SEARCH-138959/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX92231420/2024,JN.1.45 +USA/NY-NYULH-17605/2023,JN.1.45 +USA/NY-CDC-LC1079874/2023,JN.1.45 +USA/NY-PRL-240109_82F05/2023,JN.1.45 +USA/NJ-CDC-QDX90793629/2023,JN.1.45 +USA/NY-CDC-LC1083099/2023,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX90793689/2023,JN.1.45 +USA/NY-PRL-240117_82E08/2024,JN.1.45 +USA/NY-PRL-240213_83C10/2024,JN.1.45 +England/CLIMB-CM7YEDMF/2024,JN.1.45 +USA/NY-PRL-240130_81B11/2024,JN.1.45 +USA/NJ-CDC-QDX91594717/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX91770407/2024,JN.1.45 +USA/NJ-CDC-LC1093392/2024,JN.1.45 +USA/NY-PRL-240206_83H02/2024,JN.1.45 +USA/CT-Yale-25493/2024,JN.1.45 +USA/NY-URMC-O1S1M970-1/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX91125493/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX90793367/2023,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX90793711/2023,JN.1.45 +USA/NY-CDC-LC1081435/2023,JN.1.45 +USA/NY-CDC-LC1081230/2023,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX90678001/2023,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX90677809/2023,JN.1.45 +USA/RI-RISHL2400135/2023,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX90528235/2023,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX90479528/2023,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX90793598/2023,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX90528322/2023,JN.1.45 +USA/NY-PRL-231221_81D11/2023,JN.1.45 +USA/NJ-CDC-QDX90479415/2023,JN.1.45 +USA/NY-PRL-231212_82D10/2023,JN.1.45 +USA/NY-PRL-231219_81G01/2023,JN.1.45 +USA/NY-Wadsworth-23070434-01/2023,JN.1.45 +USA/NY-NYULH-17414/2023,JN.1.45 +USA/NY-NYULH-17558/2023,JN.1.45 +USA/NY-PRL-240103_84G07/2023,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX90677594/2023,JN.1.45 +USA/NJ-CDC-LC1095156/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-LC1091111/2024,JN.1.45 +USA/MD-CDC-QDX91770558/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX91770445/2024,JN.1.45 +USA/NY-PRL-240124_83B02/2024,JN.1.45 +USA/VT-24-000485-WGS-02/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-LC1087468/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX90840197/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX91594057/2024,JN.1.45 +USA/NJ-CDC-QDX91594713/2024,JN.1.45 +USA/MI-UM-10055606483/2024,JN.1.45 +USA/NY-PRL-240103_83G01/2023,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX91017648/2024,JN.1.45 +USA/TX-HMH-M-137394/2024,JN.1.45 +USA/TX-HMH-M-137419/2024,JN.1.45 +USA/CT-CDC-LC1086740/2024,JN.1.45 +USA/VA-CDC-LC1084001/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX91072362/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX90730117/2023,JN.1.45 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+USA/RISHL24COV00448/2024,JN.1.45 +USA/RI-SHL2400448/2024,JN.1.45 +USA/TX-KVI400546/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX91247511/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX90793492/2023,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX90793607/2023,JN.1.45 +Germany/NW-RKI-I-1142947/2024,JN.1.45 +England/CLIMB-CM7Y8T6U/2024,JN.1.45 +USA/PA-CDC-QDX92663663/2024,JN.1.45 +USA/CO-CDPHE-41699965/2024,JN.1.45 +USA/LA-EVTL21366/2024,JN.1.45 +USA/LA-EVTL20917/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX91770357/2024,JN.1.45 +France/ARA-HCL024003690202/2024,JN.1.45 +USA/CA-SLOPH-C2246/2024,JN.1.45 +USA/ND-NDDH-25672/2024,JN.1.45 +USA/ND-NDDH-25734/2024,JN.1.45 +USA/CO-CDPHE-41709445/2024,JN.1.45 +USA/NC-1085-10513/2024,JN.1.45 +USA/RISHL24COV00701/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX92231509/2024,JN.1.45 +USA/CA-HLX-STM-UTJT9R5HY/2024,JN.1.45 +USA/NJ-CDC-LC1093473/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-LC1088254/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-QDX90793556/2023,JN.1.45 +USA/NY-Wadsworth-24012661-01/2024,JN.1.45 +USA/NY-CDC-LC1098460/2024,JN.1.45 +USA/NY-PRL-240312_81B11/2024,JN.1.45 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