From d734b84fe1405676518a8eac05a51977b20657e6 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Cornelius Roemer Date: Fri, 14 Jun 2024 18:46:43 +0200 Subject: [PATCH] Designate JN.1.1.10 (C23557T, Ukraine) and XDZ (Recombinant of JG.3 and JN.1.1.10 (breakpoint between 11043-12788), Europe/North America) --- lineage_notes.txt | 2 + lineages.csv | 154 ++++++++++++++++++++++++++++++- pango_designation/alias_key.json | 3 +- 3 files changed, 153 insertions(+), 6 deletions(-) diff --git a/lineage_notes.txt b/lineage_notes.txt index fbd1896a..01e7edb5 100644 --- a/lineage_notes.txt +++ b/lineage_notes.txt @@ -1071,6 +1071,7 @@ JN.1.1.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.7, S:S31F, from sars-cov-2-variants/linea LC.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.7.1, S:R346T JN.1.1.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.8, S:F456L (22930A), S:H445P, ORF1a:S2083I, C850T JN.1.1.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.9, G2035A, on C9142T branch, China +JN.1.1.10 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.10, C23557T, Ukraine JN.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.2, S:M1229I, USA/Canada, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1087 JN.1.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.2.1, S:H1101Y, Ireland, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1322 JN.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.3, ORF8:Q18*, Netherlands @@ -4064,6 +4065,7 @@ XDV Recombinant lineage of XDE, JN.1, XDE, JN.1 (breakpoints between 19327-21608 XDV.1 S:F456L (T22930A), on C11572T branch, Hong Kong XDW Recombinant lineage of JN.2 (T1030C branch), XDA (breakpoint between 23424-23603), Japan, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1471 XDY Recombinant lineage of LB.1.2.1 and KP.3.2 (breakpoint between 22131-22599), Sweden/Spain, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1559 +XDZ Recombinant lineage of JG.3 and JN.1.1.10 (breakpoint between 11043-12788), Europe/North America *A.2.1 Withdrawn: Lineage with sequences predominantly from Panama *A.8 Withdrawn: Indian lineage merged with A.9 *A.10 Withdrawn: Spanish lineage reassigned to A.5 diff --git a/lineages.csv b/lineages.csv index e2c185f1..55adcdd2 100644 --- a/lineages.csv +++ b/lineages.csv @@ -2494935,9 +2494935,6 @@ France/IDF-IPP26928/2023,JN.1.1 Luxembourg/LNS7066265/2023,JN.1.1 France/ARA-HCL123039241501/2023,JN.1.1 France/ARA-HCL023169885501/2023,JN.1.1 -France/PDL-IPP26480/2023,JN.1.1 -USA/CA-HLX-STM-PAMFMB3BN/2023,JN.1.1 -France/OCC-HCL-723001274101/2023,JN.1.1 France/PAC-HCL723001424901/2023,JN.1.1 France/PAC-HCL723001425001/2023,JN.1.1 France/GES-IPP26967/2023,JN.1.1 @@ -2541638,7 +2541635,6 @@ England/CLIMB-CM7YMBON/2024,JN.1 England/CLIMB-CM7YRZAA/2024,JN.1 Malaysia/IMR_RM546/2023,JN.1 USA/CA-KP000887/2024,JN.1 -Slovakia/RNA/2024,JN.1 USA/NY-CDC-QDX91408034/2024,JN.1 Spain/CL-COV45383/2023,JN.1 USA/NY-CDC-QDX91705502/2024,JN.1 @@ -2552871,7 +2552867,6 @@ Australia/SA1271572/2024,JN.1.55 Australia/QLD0x01416C/2024,JN.1.55 Netherlands/GR-RIVM-137710/2024,JN.1.55 Netherlands/GR-RIVM-136148/2023,JN.1.55 -Slovakia/RNA/2023,JN.1.55 Slovakia/uvzsr-BA_26_00010438/2023,JN.1.55 Netherlands/LI-RIVM-137461/2024,JN.1.55 Northern_Ireland/CLIMB-CM7YKSHG/2024,JN.1.55 @@ -2558293,3 +2558288,152 @@ South_Africa/NICD-N57822/2024,BA.2.86.7 SouthAfrica/NICD-N57822/2024,BA.2.86.7 South_Africa/NICD-N57790/2024,BA.2.86.7 SouthAfrica/NICD-N57790/2024,BA.2.86.7 +PuertoRico/PR-CVL-024469/2024,XDZ +USA/TX-UHS-UTHSA10908-P0/2024,XDZ +USA/WI-WSLH-2303081/2023,XDZ +France/IDF-IPP00233/2024,XDZ +USA/WI-WSLH-2400668/2024,XDZ +USA/WI-WSLH-2400352/2024,XDZ +France/HDF-IPP00004/2024,XDZ +France/HDF-IPP00157/2024,XDZ +France/ARA-HCL024003356401/2024,JN.1.1.10 +Denmark/DCGC-666271/2023,JN.1.1.10 +Ukraine/85294/2024,JN.1.1.10 +Poland/Kce-1354/2023,JN.1.1.10 +France/ARA-CHUGA-4019983442/2024,JN.1.1.10 +France/IDF-IPP28097/2023,JN.1.1.10 +Canada/NB-CHUDGLD-25A-MM00069R/2024,JN.1.1.10 +USA/NE-NM_L373109137/2024,JN.1.1.10 +Canada/QC-L00698763001/2024,JN.1.1.10 +Canada/NB-CHUDGLD-23A-MM00071R/2024,JN.1.1.10 +USA/NE-NM_L373140570/2024,JN.1.1.10 +France/BRE-IPP00489/2024,JN.1.1.10 +France/IDF-IPP00681/2024,JN.1.1.10 +France/GES-IPP29129/2023,JN.1.1.10 +USA/NY-CDC-QDX90528499/2023,JN.1.1.10 +France/BFC-IPP30754/2023,JN.1.1.10 +France/ARA-HCL723001774201/2023,JN.1.1.10 +Denmark/DCGC-665767/2023,JN.1.1.10 +USA/RI-RISHL-E07100V/2023,JN.1.1.10 +France/NOR-IPP30130/2023,JN.1.1.10 +Ukraine/83441/2023,JN.1.1.10 +France/PAC-HCL723001597401/2023,JN.1.1.10 +France/GES-IPP27978/2023,JN.1.1.10 +Denmark/DCGC-665383/2023,JN.1.1.10 +France/GES-IPP29089/2023,JN.1.1.10 +Belgium/CHUNamur14824609/2023,JN.1.1.10 +Denmark/DCGC-666131/2023,JN.1.1.10 +Denmark/DCGC-666860/2023,JN.1.1.10 +USA/MN-MDH-38929/2023,JN.1.1.10 +France/HDF-IPP30798/2023,JN.1.1.10 +Denmark/DCGC-668743/2023,JN.1.1.10 +France/IDF-APHPSU_PSL-662311087410/2023,JN.1.1.10 +USA/NY-CDC-QDX90678182/2023,JN.1.1.10 +France/OCC-CHU-TLS-00813120/2024,JN.1.1.10 +Luxembourg/LNS6585328/2024,JN.1.1.10 +France/OCC-CHU-TLS-2401013419/2024,JN.1.1.10 +USA/TN-SPHL-21638/2023,JN.1.1.10 +France/IDF-IPP01341/2024,JN.1.1.10 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