diff --git a/lineage_notes.txt b/lineage_notes.txt index f90657bd..6645a230 100644 --- a/lineage_notes.txt +++ b/lineage_notes.txt @@ -1044,6 +1044,7 @@ BA.2.86.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1, ORF1a:K1973R, mostly with C12815T, mainly E JN.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1, S:L455S, ORF1a:R3821K, ORF7b:F19L, Europe JN.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.2, ORF1a:Y621C, Europe/North Americaļ¼Œfrom #2284 JN.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.3, ORF1a:T2087I, Europe, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#892 +JN.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.3.1, S:L922F, ORf7a:T28I, Spain JN.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.4, S:A475V, lacking C12815T of most BA.2.86.1, Belgium/Netherlands/Denmark JN.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.5, N:T135I JN.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.6, S:V193L @@ -2879,6 +2880,7 @@ XBB.1.5.75 C3695T, Peru/France XBB.1.5.76 ORF1a:T3696A, Chile XBB.1.5.77 T18732C, Colombia/USA HR.1 Alias of XBB.1.5.77.1, S:478R, N:I292V, Costa Rica/USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#323 +HR.1.1 Alias of XBB.1.5.77.1.1, S:K304N, Costa Rica, from #2372 XBB.1.5.78 ORF1a:N460D, Mexico XBB.1.5.79 N:Q260L, Mexico/USA XBB.1.5.80 A16812G, C21812T, USA/Romania diff --git a/lineages.csv b/lineages.csv index 44fe2d86..9b571c97 100644 --- a/lineages.csv +++ b/lineages.csv @@ -2467656,14 +2467656,6 @@ Spain/PV-HUB-56052526/2023,JN.3 Spain/PV-HUB-52340246/2023,JN.3 Spain/PV-HUB-50504185/2023,JN.3 Spain/PV-HUB-50500265/2023,JN.3 -Germany/BE-RKI-I-1138036/2023,JN.3 -Spain/PV-HUB-50496308/2023,JN.3 -Spain/PV-HUB-56050503/2023,JN.3 -Finland/THL-07532/2023,JN.3 -Spain/PV-HUB-56057777/2023,JN.3 -Spain/PV-HUD-70050013/2023,JN.3 -Sweden/W-49529080LX/2023,JN.3 -Sweden/W-49534764LF/2023,JN.3 USA/NY-CDC-QDX85641413/2023,JN.3 USA/NY-CDC-QDX84783137/2023,JN.3 USA/NY-CDC-LC1055462/2023,JN.3 @@ -2482112,3 +2482104,319 @@ Netherlands/NB-RIVM-132669/2023,JN.9 Wales/CLIMB-CM7Y8JJQ/2023,JN.9 Wales/CLIMB-CM7YGSAA/2023,JN.9 Wales/CLIMB-CM7YEBSY/2023,JN.9 +Spain/PV-HUD-79871762/2023,JN.3.1 +Spain/PV-HUD-70050013/2023,JN.3.1 +Spain/PV-HUB-50496308/2023,JN.3.1 +Germany/BE-RKI-I-1138036/2023,JN.3.1 +Spain/PV-HUB-56050503/2023,JN.3.1 +Finland/THL-07532/2023,JN.3.1 +Croatia/HZJZ_5597/2023,JN.3.1 +Spain/AS-HUCA-58095/2023,JN.3.1 +France/NAQ-HCL-723001265401/2023,JN.3.1 +Spain/PV-HUB-56057777/2023,JN.3.1 +France/OCC-HCL723001411301/2023,JN.3.1 +France/OCC-CHU-TLS-2328313961/2023,JN.3.1 +Spain/PV-HUB-56062504/2023,JN.3.1 +Spain/PV-HUB-58862995/2023,JN.3.1 +Spain/PV-HUB-56055953/2023,JN.3.1 +Spain/AS-HUCA-64578/2023,JN.3.1 +Spain/AS-HUCA-59516/2023,JN.3.1 +Spain/AS-HUCA-61303/2023,JN.3.1 +Spain/AS-HUCA-59066/2023,JN.3.1 +Spain/AS-HUCA-60945/2023,JN.3.1 +Spain/AS-HUCA-60471/2023,JN.3.1 +Sweden/W-49529080LX/2023,JN.3.1 +Sweden/23-260339/2023,JN.3.1 +Sweden/M-SUS0021724/2023,JN.3.1 +Sweden/M-SUS0021788/2023,JN.3.1 +Sweden/M-SUS0021775/2023,JN.3.1 +Sweden/W-49534764LF/2023,JN.3.1 +Scotland/CLIMB-CM7YJQBQ/2023,JN.3.1 +USA/CA-LACPHL-AY03264/2023,HR.1.1 +USA/DE-DHSS-B1261790/2023,HR.1.1 +USA/WA-CDC-UW23091740445/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11859-805930/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11859-805930/2023,HR.1.1 +USA/IL-CDC-LC1051297/2023,HR.1.1 +USA/TX-HMH-M-131880/2023,HR.1.1 +USA/CT-CDC-QDX83504027/2023,HR.1.1 +USA/WA-CDC-LC1065042/2023,HR.1.1 +USA/WA-CDC-LC1061175/2023,HR.1.1 +USA/CA-HLX-STM-JAWHDYUAP/2023,HR.1.1 +Denmark/DCGC-661150/2023,HR.1.1 +USA/UT-UPHL-230905778652/2023,HR.1.1 +USA/UT-UPHL-230926715969/2023,HR.1.1 +USA/UT-UPHL-231013297346/2023,HR.1.1 +USA/UT-CDC-2-7324968/2023,HR.1.1 +USA/UT-UPHL-231003144884/2023,HR.1.1 +USA/UT-UPHL-231003878253/2023,HR.1.1 +USA/UT-UPHL-230920225262/2023,HR.1.1 +USA/UT-UPHL-231003520237/2023,HR.1.1 +USA/IL-C23WGS3080/2023,HR.1.1 +USA/HI-H2325770/2023,HR.1.1 +USA/HI-H2325462/2023,HR.1.1 +USA/HI-H2325773/2023,HR.1.1 +USA/HI-H2325463/2023,HR.1.1 +USA/HI-H2325806/2023,HR.1.1 +USA/NY-URMC-N7S1J628-1/2023,HR.1.1 +USA/NY-URMC-N6S1J022-1/2023,HR.1.1 +USA/TX-UHS-UTHSA8346-P0/2023,HR.1.1 +USA/KY-CDC-LC1059674/2023,HR.1.1 +USA/LA-EVTL19733/2023,HR.1.1 +USA/LA-EVTL20067/2023,HR.1.1 +USA/LA-EVTL19914/2023,HR.1.1 +USA/LA-EVTL19824/2023,HR.1.1 +USA/LA-EVTL19823/2023,HR.1.1 +USA/NMDOH-2023036218/2023,HR.1.1 +USA/TX-HMH-M-130463/2023,HR.1.1 +Australia/WA14885/2023,HR.1.1 +USA/TX-HMH-M-129859/2023,HR.1.1 +USA/CA-CDPH-500121010/2023,HR.1.1 +USA/CA-HLX-STM-RM89R2HPT/2023,HR.1.1 +Australia/WA14991/2023,HR.1.1 +USA/TX-HMH-M-130114/2023,HR.1.1 +Australia/WA14921/2023,HR.1.1 +Australia/WA14844/2023,HR.1.1 +Australia/WA14836/2023,HR.1.1 +Mexico/CMX-INMEGEN-114-20/2023,HR.1.1 +USA/CA-HLX-STM-ADUSZ2AJE/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-09I-MM00025R/2023,HR.1.1 +Puerto_Rico/PR-CVL-019467/2023,HR.1.1 +Puerto_Rico/PR-CVL-019770/2023,HR.1.1 +USA/PR-CVL-019467/2023,HR.1.1 +USA/PR-CVL-019770/2023,HR.1.1 +Canada/QC-L00633119001/2023,HR.1.1 +PuertoRico/PR-CVL-019467/2023,HR.1.1 +Canada/QC-L00644125001/2023,HR.1.1 +Canada/QC-L00640210001/2023,HR.1.1 +Canada/QC-L00640677001/2023,HR.1.1 +Canada/QC-L00640645001/2023,HR.1.1 +Canada/QC-L00638138001/2023,HR.1.1 +Canada/QC-L00665559001/2023,HR.1.1 +Canada/QC-L00665557001/2023,HR.1.1 +Canada/AB-ABPHL-103640/2023,HR.1.1 +Canada/AB-ABPHL-106424/2023,HR.1.1 +Canada/AB-ABPHL-105464/2023,HR.1.1 +Canada/AB-ABPHL-105289/2023,HR.1.1 +Canada/AB-ABPHL-105185/2023,HR.1.1 +Canada/QC-L00650449001/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-02I-MM00010R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-27H-MM00022R/2023,HR.1.1 +Montenegro/CO-01116_MNE000_206888/2023,HR.1.1 +USA/IL-RIPHL_122001_G/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-15H-MM00015R/2023,HR.1.1 +Slovenia/18160/2023,HR.1.1 +Slovenia/18303/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-15I-MM00029R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-10J-MM00032R/2023,HR.1.1 +Canada/MB-CPL-645841/2023,HR.1.1 +Canada/MB-CPL-653433/2023,HR.1.1 +Canada/MB-CPL-645842/2023,HR.1.1 +Canada/NS-NSH-652089/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-20I-MM00027R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-20I-MM00008R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-19I-MM00038R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-19I-MM00037R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-17I-MM00021R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-16I-MM00023R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-21I-MM00036R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-17I-MM00024R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-19I-MM00036R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-04I-MM00005U/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-22I-MM00033R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-29I-MM00017R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-28I-MM00030U/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-26I-MM00031R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-24I-MM00017R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-23I-MM00015R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-25I-MM00039R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-22I-MM00034R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-20I-MM00026R/2023,HR.1.1 +Canada/NS-NSH-655389/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-03J-MM00046R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-24I-MM00016R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-22I-MM00032R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-20I-MM00028R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-20I-MM00024R/2023,HR.1.1 +Canada/NB-CHUDGLD-06I-MM00022R/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11953-807677/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11953-807677/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11984-809932/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11984-809932/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11847-804841/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11847-804841/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11959-808120/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11959-808120/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11862-806036/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11862-806036/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11892-806702/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11892-806702/2023,HR.1.1 +USA/CA-HLX-STM-QXKXXHUXP/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-12022-810882/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-12022-810882/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11936-807606/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11936-807606/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11909-807260/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11909-807260/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11942-807281/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11942-807281/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11915-807266/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11915-807266/2023,HR.1.1 +England/CLIMB-CM7Y8WZU/2023,HR.1.1 +Scotland/CLIMB-CM7YJ1WF/2023,HR.1.1 +Scotland/CLIMB-CM7YGDP9/2023,HR.1.1 +USA/FL-CDC-VSX-A357402/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11989-809944/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11989-809944/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11987-809942/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11987-809942/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11986-809941/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11986-809941/2023,HR.1.1 +USA/NC-1085-9737/2023,HR.1.1 +USA/FL-CDC-LC1057888/2023,HR.1.1 +USA/NC-CDC-LC1052903/2023,HR.1.1 +USA/NC-1085-10254-z/2023,HR.1.1 +USA/PR-CVL-019964/2023,HR.1.1 +Puerto_Rico/PR-CVL-019964/2023,HR.1.1 +Puerto_Rico/PR-PRPHL-MB0735/2023,HR.1.1 +PuertoRico/PR-PRPHL-MB0735/2023,HR.1.1 +USA/NC-1085-10130-z/2023,HR.1.1 +USA/NC-1085-10131/2023,HR.1.1 +USA/NC-CDC-LC1059136/2023,HR.1.1 +USA/NC-1085-10071/2023,HR.1.1 +Spain/EX-BA_18596352/2023,HR.1.1 +Spain/AN-PMC-37998/2023,HR.1.1 +Spain/AN-PMC-37378/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11888-806530/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11888-806530/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11972-808241/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11972-808241/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11982-808845/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11982-808845/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-12033-811477/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-12033-811477/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-12027-811138/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-12027-811138/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11991-810267/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11991-810267/2023,HR.1.1 +Costa_Rica/INC-11994-808849/2023,HR.1.1 +CostaRica/INC-11994-808849/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-27633/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-28633/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-28627/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-27754/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-27630/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-27578-v2/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-28639/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-30805/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-28823/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-28357/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-27736/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-28856/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-30264/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-31758/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-31752/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-31832/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-31757/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-31746/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-31755/2023,HR.1.1 +Canada/ON-KHS-06372-v1/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-32594/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-32204/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-32786/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-32574/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-32210/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-32589/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-33874/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-33699/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-34322/2023,HR.1.1 +Canada/AB-ABPHL-106580/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-30603/2023,HR.1.1 +Canada/AB-ABPHL-106325/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-37858/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36345/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36316/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-34844/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35739/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35669/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-34852/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35440/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35819/2023,HR.1.1 +USA/NY-URMC-N7S1K226-1/2023,HR.1.1 +USA/NY-URMC-N7S1K227-1/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-33815/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-33842/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-34138/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-34571/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-34084/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-33731/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-34977/2023,HR.1.1 +Australia/QLD0x013AC4/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-32203/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-34024/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-34812/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36010/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35070/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-33969/2023,HR.1.1 +Canada/BC-BCCDC-661289/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-38027/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-37508/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-30890/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-32789/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-32578/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-31756/2023,HR.1.1 +Canada/ON-KHS-06545-v1/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-34380/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-32113/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-38762/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35724/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35546/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35568/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35560/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35780/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35562/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35564/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35555/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35558/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35561/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35779/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36160/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36170/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36950/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36197/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35554/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36698-v2/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35778/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36955/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36953/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36161/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-38127/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-37866/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36952/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36042/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35520/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35714/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35898/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36048/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-34865/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36038/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35901/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35720/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35457/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36039/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-34869/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36035/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35711/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36295/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36301/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36300/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35127/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36920/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36921/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36647/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35292/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36931/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-36296/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-35897/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-38471/2023,HR.1.1 +Canada/ON-PHL-23-38664/2023,HR.1.1