diff --git a/lineage_notes.txt b/lineage_notes.txt index 1b16209d..0afe55cc 100644 --- a/lineage_notes.txt +++ b/lineage_notes.txt @@ -1052,6 +1052,7 @@ BA.2.86.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1, ORF1a:K1973R, mostly with C12815T, mainly E JN.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1, S:L455S, ORF1a:R3821K, ORF7b:F19L, Europe JN.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1, ORF1a:F499L, C11747T, France, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#987 JN.1.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.1, S:T572I after C9142T, France/Sweden/Poland, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 +JN.1.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.2, S:G181E, France JN.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.2, S:M1229I, USA/Canada, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1087 JN.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.3, ORF8:Q18*, Netherlands JN.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4, ORF1a:T170I, Denmark/Singapore, from #2381 diff --git a/lineages.csv b/lineages.csv index 3ac45d79..2dab4d1c 100644 --- a/lineages.csv +++ b/lineages.csv @@ -2497021,7 +2497021,6 @@ France/GES-IPP26238/2023,JN.1.1 Switzerland/BS-UHB-USB_2023_10_23_992f8483/2023,JN.1.1 Switzerland/BS-UHB-USB_20_78f7c19e/2023,JN.1.1 Switzerland/ZH-UZH-IMV-3ba6bef8/2023,JN.1.1 -Switzerland/TI-EOC-42_28450806/2023,JN.1.1 Switzerland/ZH-UZH-IMV-3ba6be68/2023,JN.1.1 Switzerland/TI-EOC-42_28453456/2023,JN.1.1 Switzerland/ZH-UZH-IMV-3ba6bf10/2023,JN.1.1 @@ -2497374,8 +2497373,6 @@ France/CVL-ChuTo-9800121320/2023,JN.1.1 France/CVL-ChuTo-9800121318/2023,JN.1.1 Belgium/UGent-1755/2023,JN.1.1 France/GES-IPP26808/2023,JN.1.1 -France/IDF-IPP26725/2023,JN.1.1 -France/GES-IPP26237/2023,JN.1.1 Netherlands/NB-PAMM-K14-0731/2023,JN.1.1 NewZealand/ZA5606/2023,JN.1.1 Italy/VEN-ULSS8-2413841_VI/2023,JN.1.1 @@ -2516665,3 +2516662,48 @@ Canada/ON-PHL-23-48348/2023,JN.2.5 Canada/ON-PHL-23-48851/2023,JN.2.5 Canada/ON-KHS-09601-v1/2023,JN.2.5 Canada/ON-PHL-23-48532/2023,JN.2.5 +France/HDF-IPP27532/2023,JN.1.1.2 +Belgium/UMONS-1102187301/2023,JN.1.1.2 +France/GES-IPP29939/2023,JN.1.1.2 +Israel/SMC-7116196/2023,JN.1.1.2 +Senegal/25576938/2023,JN.1.1.2 +Slovenia/IMI-V0-20823/2023,JN.1.1.2 +Netherlands/ZH-RIVM-135853/2023,JN.1.1.2 +USA/FL-USAFSAM-S21986/2023,JN.1.1.2 +Switzerland/BE-IFIK-231204_os_23/2023,JN.1.1.2 +France/GES-IPP30401/2023,JN.1.1.2 +France/GES-IPP30419/2023,JN.1.1.2 +France/ARA-HCL023188504001/2023,JN.1.1.2 +France/IDF-IPP29240/2023,JN.1.1.2 +France/IDF-IPP28804/2023,JN.1.1.2 +Belgium/UCL_23H-327G0053/2023,JN.1.1.2 +France/GES-IPP26237/2023,JN.1.1.2 +Denmark/DCGC-666487/2023,JN.1.1.2 +Denmark/DCGC-666639/2023,JN.1.1.2 +France/GES-IPP31408/2023,JN.1.1.2 +France/GES-IPP31388/2023,JN.1.1.2 +France/ARA-HCL723001773401/2023,JN.1.1.2 +USA/NY-PRL-231219_82F05/2023,JN.1.1.2 +Netherlands/NH-AUMC-001846/2023,JN.1.1.2 +Switzerland/BE-IFIK-231204_os_04/2023,JN.1.1.2 +Belgium/UZB_5482023121211/2023,JN.1.1.2 +Belgium/UZB_5482023120510/2023,JN.1.1.2 +Switzerland/TI-EOC-42_28450806/2023,JN.1.1.2 +Switzerland/ZH-UZH-IMV-3ba6c131/2023,JN.1.1.2 +France/IDF-IPP29254/2023,JN.1.1.2 +France/IDF-IPP28252/2023,JN.1.1.2 +France/BRE-IPP30380/2023,JN.1.1.2 +France/IDF-IPP26725/2023,JN.1.1.2 +France/IDF-IPP30294/2023,JN.1.1.2 +France/GES-IPP28451/2023,JN.1.1.2 +Belgium/AZDelta-2347-16128/2023,JN.1.1.2 +France/GES-IPP28306/2023,JN.1.1.2 +France/ARA-HCL023194081201/2023,JN.1.1.2 +France/IDF-IPP28960/2023,JN.1.1.2 +France/IDF-IPP27668/2023,JN.1.1.2 +France/IDF-IPP27672/2023,JN.1.1.2 +France/GES-IPP30390/2023,JN.1.1.2 +France/GES-IPP31378/2023,JN.1.1.2 +England/CLIMB-CM7Y8RP6/2023,JN.1.1.2 +England/WSI-331549D8/2023,JN.1.1.2 +England/CLIMB-CM7YJIXD/2023,JN.1.1.2