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sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1408 +XDQ.3 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1508 +XDR.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1542 +XDZ sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1356 +XEB sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1290 diff --git a/lineage_notes.txt b/lineage_notes.txt index c529f8fc..2318d5e6 100644 --- a/lineage_notes.txt +++ b/lineage_notes.txt @@ -1053,14 +1053,14 @@ JN.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1, S:L455S, ORF1a:R3821K, ORF7b:F19L, Europe JN.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1, ORF1a:F499L, C11747T, France, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#987 JN.1.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.1, S:T572I on C9142T branch, France/Sweden/Poland, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 JN.1.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.2, S:G181E, France, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1147 -JN.1.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.3, S:R346T +JN.1.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.3, S:R346T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 LT.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.3.1, S:F456V, L176F, USA/Canada JN.1.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.4, S:V1264L on C9142T branch, from #2476 JN.1.1.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5, S:R346T on C9142T branch, from #2492 KR.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.1, S:F456L (22928C), after C28498T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 -KR.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.1.1, S:F59L +KR.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.1.1, S:F59L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1545 KR.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.1.2, S:R683Q -KR.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.3, S:F456L (22930A) +KR.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.3, S:F456L (22930A), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 KR.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.4, S:Q218E KR.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.5, ORF1a:L642F, ORF1a:T2087I, Brazil JN.1.1.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.6, S:F456L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 @@ -1069,8 +1069,8 @@ KZ.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.6.1.1, S:R346T from #2548 KZ.1.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.6.1.1.1, S:T572I from #2548 JN.1.1.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.7, S:S31F, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1157 LC.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.7.1, S:R346T -JN.1.1.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.8, S:F456L (22930A), S:H445P, ORF1a:S2083I, C850T -JN.1.1.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.9, G2035A, on C9142T branch, China +JN.1.1.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.8, S:F456L (22930A), S:H445P, ORF1a:S2083I, C850T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1521 +JN.1.1.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.9, G2035A, on C9142T branch, China, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1525 JN.1.1.10 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.10, C23557T, Ukraine JN.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.2, S:M1229I, USA/Canada, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1087 JN.1.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.2.1, S:H1101Y, Ireland, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1322 @@ -1078,7 +1078,7 @@ JN.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.3, ORF8:Q18*, Netherlands JN.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4, ORF1a:T170I, Denmark/Singapore, from #2381 JN.1.4.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.1, S:E654V, Ireland, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1175 JN.1.4.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.2, S:N185D, after T18453C, USA, from #2462 -LL.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.2.1, S:F456L (T22930A), S:S680F, USA +LL.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.2.1, S:F456L (T22930A), S:S680F, USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 JN.1.4.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.3, S:T572I, USA, from #2487 KQ.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.3.1, S:R346T, USA from #2487 JN.1.4.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.4, S:R346T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 @@ -1087,11 +1087,11 @@ KV.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.5.1, S:S680F, after C28948T then A2356T KV.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.5.2, S:T572I, ORF1a:P971L, C11956T, USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 JN.1.4.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.6, S:T572I, after T18453C, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 JN.1.4.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.7, ORF3a:G18D -LE.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.7.1, S:R346T, Africa -LE.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.7.1.1, S:F456V +LE.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.7.1, S:R346T, Africa, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 +LE.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.7.1.1, S:F456V, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 LE.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.7.1.2, S:K304N LE.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.7.1.3, S:L84V, ORF7a:T120I, Kenya -LE.1.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.7.1.3.1, S:Q173K, S:F456L (T22928C), ORF7a:A66V +LE.1.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.7.1.3.1, S:Q173K, S:F456L (T22928C), ORF7a:A66V, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1612 LE.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.7.2, S:R346S, C7423T JN.1.4.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.4.8, S:S60P, T13578C, USA，from #2625 JN.1.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.5, ORF1b:V1271T, Singapore/Malaysia/Indonesia, from #2419 @@ -1101,9 +1101,9 @@ JN.1.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7, S:T572I, S:E1150D, USA/France, from sars-c JN.1.7.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.1, S:R346K, England, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1371 JN.1.7.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.2, ORF1b:C1563F, Americas JN.1.7.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.3, S:R346T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1343 -JN.1.7.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.4, S:F456L (T22928C) -JN.1.7.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.5, ORF1a:H3395Y -LK.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.5.1, S:445P, ORF1a:R1170C, USA/Canada +JN.1.7.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.4, S:F456L (T22928C), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 +JN.1.7.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.5, ORF1a:H3395Y, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1374 +LK.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.5.1, S:445P, ORF1a:R1170C, USA/Canada, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1374 LK.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.5.2, S:R346T LK.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.5.2.1, S:S455A, S:T547K, Central America JN.1.7.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.6, S:S60P, ORF1a:P1609S, Wales @@ -1119,12 +1119,12 @@ JN.1.8.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.8.4, S:G946R JN.1.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9, S:Q183H, USA/UK/Canada, from #2410 JN.1.9.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.1, S:T572I, ORF1a:A3143V, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 JN.1.9.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2, S:R346T -LB.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1, S:F456L (T22928C) +LB.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1, S:F456L (T22928C), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 LB.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.1, S:V1104L, Canada LB.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.2, ORF1b:G2068R -LB.1.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.2.1, S:R190T +LB.1.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.2.1, S:R190T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1559 LB.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.3, ORF1b:T1555I -LB.1.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.3.1, S:445P, N:T379I +LB.1.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.3.1, S:445P, N:T379I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1620 LB.1.3.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.3.2, C25413T MH.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.3.2.1, S:T572I LB.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.4, ORF1a:A1473V @@ -1143,59 +1143,59 @@ KP.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1, S:K1086R, from sars-cov-2-variants/line KP.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1, S:R346T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 KP.1.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.1, S:K182N, after ORF1b:L2213F, from #2510 MG.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.1.1, S:T572I, S:679N, ORF1a:V3091I -KP.1.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.2, S:P1162S, T2152C -KP.1.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3, C4999T, many with S:S31del +KP.1.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.2, S:P1162S, T2152C, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1541 +KP.1.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3, C4999T, many with S:S31del, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1502 LP.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.1, S:M1229I,from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1591 -LP.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.1.1, S:S255F, Dominican Republic +LP.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.1.1, S:S255F, Dominican Republic, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1633 LP.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.2, S:S71Y, ORF1b:T2286I LP.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.3, S:K182E, ORF1b:R276S, Singapore KP.1.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.4, S:R214H, C11866T, C23929T,from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1593 KP.1.1.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.5, S:F59S -KP.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.2, S:T572I +KP.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.2, S:T572I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 KP.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2, S:R346T on JN.1.11.1 polytomy, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 KP.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.1, S:Q1201K, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1440 KP.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.2, S:F59L, S:K1266R, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1446 -KP.2.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3, S:H146Q, ORF3a:K67N, S:31del -KP.2.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.1, S:A475V +KP.2.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3, S:H146Q, ORF3a:K67N, S:31del, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1459 +KP.2.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.1, S:A475V, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1548 KP.2.3.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.2, S:G184V KP.2.3.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.3, S:N185T -KP.2.3.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.4, S:445P, A15759G, C27804T -KP.2.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.4, S:T250N -KP.2.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.5, S:N185D +KP.2.3.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.4, S:445P, A15759G, C27804T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1596 +KP.2.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.4, S:T250N, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1524 +KP.2.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.5, S:N185D, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1527 KP.2.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.6, S:W64R KP.2.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.7, S:S31F, after T22795G -KP.2.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.8, S:S60P -KP.2.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.9, S:T572I -KP.2.10 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.10, S:F59S, Singapore -KP.2.11 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.11, S:F56V, ORF1a:T2093I, England -KP.2.12 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.12, S:V1176F, G25088T, Australia +KP.2.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.8, S:S60P, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1546 +KP.2.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.9, S:T572I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 +KP.2.10 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.10, S:F59S, Singapore, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1553 +KP.2.11 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.11, S:F56V, ORF1a:T2093I, England, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1520 +KP.2.12 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.12, S:V1176F, G25088T, Australia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1550 KP.2.13 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.13, S:K478E, N:P6T, C9565T, C24553T, USA/Canada -KP.2.14 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.14, S:G184V, S:S31F +KP.2.14 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.14, S:G184V, S:S31F, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1578 KP.2.15 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.15, A10861G, S:31del, USA/Canada KP.2.16 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.16, ORF8:F6S KP.2.17 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.17, S:G35R, C23758T, C7765T, T14418C, Singapore KP.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3, S:Q493E, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1410 KP.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1, G15372T, A19722G -KP.3.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1, ORF1a:S4286C, C12616T, S:S31del, Spain -MC.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.1, S:T572I +KP.3.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1, ORF1a:S4286C, C12616T, S:S31del, Spain, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1563 +MC.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.1, S:T572I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1638 KP.3.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.2, S:S151I，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1589 KP.3.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.3, S:S31F,from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1576 KP.3.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.4, ORF1b:P1675S,from #2627 MM.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.4.1, S:S680P, Europe MM.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.4.2, S:G35R, S:N185D -KP.3.1.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.5, S:N556K, ORF1a:Q998H, ORF3a:I186V, England +KP.3.1.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.5, S:N556K, ORF1a:Q998H, ORF3a:I186V, England, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1614 KP.3.1.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.6, T19305C MK.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.6.1, S:S31F, UK MK.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.6.2, S:D745G, after E:L21F KP.3.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2, A2611C, C22858T -KP.3.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.1, S:A263V, Australia/Singapore +KP.3.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.1, S:A263V, Australia/Singapore, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1556 KP.3.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.2, S:W258R KP.3.2.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.3, ORF3a:S40P, C11518T LW.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.3.1, S:K182E, England KP.3.2.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.4, ORF3a:L73F -KP.3.2.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.5, S:V62F -KP.3.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3, N:R204P -KP.3.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3.1, S:T547K, ORF3a:F87S +KP.3.2.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.5, S:V62F, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1604 +KP.3.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3, N:R204P, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1531 +KP.3.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3.1, S:T547K, ORF3a:F87S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1651 KP.3.3.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3.2, S:A435S, ORF1a:N4134T, England/Canada KP.3.3.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3.3, G9424T, Japan/Canada ML.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3.3.1, S:681H @@ -1204,42 +1204,42 @@ KP.3.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.4, ORF3a:L73F, C25521T, Asia KP.3.4.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.4.1, S:S31F, N:A134V, ORF1a:E1192K KP.3.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.5, S:G213E, most with C1420T, America KP.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4, C6070T, India -KP.4.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.1, S:R346T, C19884T +KP.4.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.1, S:R346T, C19884T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 KP.4.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.1.1, S:W258R, India from #2521 -KP.4.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.1.2, S:L441V +KP.4.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.1.2, S:L441V, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1611 KP.4.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.1.3, ORF1a:M598V, A5245G, S:31del -KP.4.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.2, S:R346T, S:K187R +KP.4.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.2, S:R346T, S:K187R, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 KP.4.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.2.1, S:S31F KP.4.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.2.2, S:F59I KP.4.2.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.2.3, S:G35R, ORF1a:G519S, ORF1a:I2227V -KP.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.5, S:T572I +KP.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.5, S:T572I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 JN.1.12 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.12, S:F456V, ORF7a:A8T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 JN.1.13 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13, S:A1087S, after C26894T, C25680T, USA, from #2464 JN.1.13.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1, S:R346T, S:F59S, USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals/issues/1386 KS.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1, S:F456L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 -KS.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1, S:T22N, Singapore/Taiwan/Canada +KS.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1, S:T22N, Singapore/Taiwan/Canada, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1565 KS.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.2, S:T678I, Russia KS.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.3, S:V642A, Dominican Republic JN.1.14 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.14, S:R346S, after C26894T, C25680T, USA JN.1.15 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.15, S:A688V -JN.1.15.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.15.1, S:F456L, ORF3a:R122S, Ecuador -LU.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.15.1.1, S:R346T, after C19269T -LU.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.15.1.2, S:R346T, after T20865C +JN.1.15.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.15.1, S:F456L, ORF3a:R122S, Ecuador, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 +LU.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.15.1.1, S:R346T, after C19269T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 +LU.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.15.1.2, S:R346T, after T20865C, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1652 JN.1.16 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16, S:F456L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 JN.1.16.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1, S:R346T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 LF.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.1, ORF1a:A1268T, ORF1a:S2103F -LF.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.1.1, S:P1263L +LF.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.1.1, S:P1263L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1448 LF.1.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.1.1.1, S:S31-, T19209C,from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1502 -LF.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.2, ORF1a:K247R, ORF3a:Y184H, many with S:S31del +LF.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.2, ORF1a:K247R, ORF3a:Y184H, many with S:S31del, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1502 LF.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.3, ORF1a:A4285V, Peru LF.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.3.1, S:445P，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1558 -LF.3.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.3.1.1, S:L1143F, USA-CO +LF.3.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.3.1.1, S:L1143F, USA-CO, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1558 LF.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.4, N:R385K, ORF1a:T4368I -LF.4.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.4.1, S:31del, ORF1a:G519S, ORF8:Q29* +LF.4.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.4.1, S:31del, ORF1a:G519S, ORF8:Q29*, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1590 LF.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.5, S:T33A, S:N185D, C28660T -JN.1.16.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.2, C4777T -LA.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.2.1, S:R346T -LA.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.2.2, S:R346I +JN.1.16.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.2, C4777T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 +LA.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.2.1, S:R346T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 +LA.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.2.2, S:R346I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 JN.1.16.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.3, S:T572I JN.1.17 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.17, S:A222V, USA JN.1.18 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18, S:R346T, directly on JN.1 polytomy, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 @@ -1251,12 +1251,12 @@ LQ.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.1.3, ORF1a:T1761I, Russia JN.1.18.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2, S:F59S, after C4331T, T22321C, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1441 LZ.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2.1, S:F456L (T22930A), N:A152T, ORF1a:I740V from #2654 LZ.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2.1.1, S:P217S, S:N1125S from #2654 -JN.1.18.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.3, S:F456V (T22928G) -MA.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.3.1, S:R190S, S:31del +JN.1.18.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.3, S:F456V (T22928G), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 +MA.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.3.1, S:R190S, S:31del, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1635 JN.1.18.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.4, S:F456L (T22930G), ORF6:I60T, T23036C, Ghana from #2567 LH.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.4.1, S:K182I from #2567 LH.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.4.2, S:I197V, S:P251H from #2567 -JN.1.18.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.5, S:F456L (T22930A) +JN.1.18.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.5, S:F456L (T22930A), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 LS.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.5.1, S:Y28H, S:L189A, S:184-188del, ORF1a:E940D JN.1.18.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.6, S:F456L (T22928C), S:F59S from #2623 LY.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.6.1, S:F65Y, S:Q183P from #2623 @@ -1268,23 +1268,23 @@ JN.1.20 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.20, S:S31F, directly on JN.1 polytomy JN.1.21 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.21, S:H1058Y, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1162 JN.1.22 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.22, ORF1a:S505F, C13019T, from #2465 JN.1.23 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.23, S:K444R, S:Y453F, ORF1a:A307V, ORF1a:P2144L, Brazil, from #2488 -JN.1.23.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.23.1, S:V1264L, S:N137K, Brazil +JN.1.23.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.23.1, S:V1264L, S:N137K, Brazil, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1552 JN.1.24 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.24, S:C1243F, USA -JN.1.24.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.24.1, S:R346T +JN.1.24.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.24.1, S:R346T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 JN.1.25 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.25, C706T, A7708T, India JN.1.25.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.25.1, S:R346T, India -LM.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.25.1.1, S:F456L +LM.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.25.1.1, S:F456L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 JN.1.26 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.26, S:R346T, after C26894T, USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 JN.1.27 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.27, S:M153I, after C26894T, C25680T, USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1403 JN.1.28 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.28, C24034T, A29700G, East Asia/Oceania JN.1.28.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.28.1, ORF1a:P1640L, C19545T, C24370T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1244 KW.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.28.1.1, S:T572I, Australia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1244 KW.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.28.1.1.1, S:F456L, ORF1b:R2009K, Australia/Japan, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1244 -KW.1.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.28.1.1.1.1, S:T95S, Australia -LG.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.28.1.1.1.1.1, S:R346T, Australia +KW.1.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.28.1.1.1.1, S:T95S, Australia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1504 +LG.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.28.1.1.1.1.1, S:R346T, Australia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1504 KW.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.28.1.1.2, S:K529T, Australia JN.1.29 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.29, ORF1a:T3224A, after C2644T, Brazil -JN.1.29.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.29.1, S:F456L +JN.1.29.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.29.1, S:F456L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 MJ.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.29.1.1.1, S:R346T, S:S31P, ORF1a:E2070K JN.1.30 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.30, G21255T JN.1.30.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.30.1, S:R346T, after T7789C, India, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 @@ -1292,7 +1292,7 @@ KU.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.30.1.1, S:K182Q KU.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.30.1.2, S:F456L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 JN.1.31 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.31, ORF3a:V13L, C19186T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1319 JN.1.32 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.32, S:T572I, directly on JN.1 polytomy -JN.1.32.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.32.1, S:Q183H +JN.1.32.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.32.1, S:Q183H, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1442 JN.1.34 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.34, S:S704L JN.1.35 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.35, S:S680Y, after T18471C, Australia/New Zealand, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1362 JN.1.36 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.36, S:Q677H, after A29086T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1326 @@ -1300,7 +1300,7 @@ JN.1.36.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.36.1, S:S680F, South Korea, from sars-cov- JN.1.37 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.37, S:S680F JN.1.38 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.38, ORF1b:R1736K, USA JN.1.39 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.39, G2782T -JN.1.39.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.39.1, S:R346T, S:F456L, C21034T, T25631C, A16011G, T6913C +JN.1.39.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.39.1, S:R346T, S:F456L, C21034T, T25631C, A16011G, T6913C, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 JN.1.39.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.39.2, S:R346T, T111C JN.1.39.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.39.3, S:A67V, T111C, C5512T, China from #2498 (originally known as JN.1.33) JN.1.40 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.40, S:S31P, Mexico, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1451 @@ -1315,17 +1315,17 @@ JN.1.44.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.44.1, S:R346T, Cameroon/France,from sars-c JN.1.45 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.45, G18756T JN.1.46 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.46, ORF1a:L3116F, T4885C JN.1.47 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.47, C8074T, C7594T -JN.1.47.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.47.1, S:S221L, USA/Mexico -JN.1.47.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.47.2, S:T572I, S:R683Q, USA +JN.1.47.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.47.1, S:S221L, USA/Mexico, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1318 +JN.1.47.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.47.2, S:T572I, S:R683Q, USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 JN.1.48 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48, G29134T, after T18471C, India JN.1.48.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48.1, S:S60P, S:R346T, S:F456L, after ORF3a:A99V, on T3913A, C8092T branch from #2547 LD.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48.1.1, S:T572I from #2547 -JN.1.48.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48.2, S:R346T, ORF1a:A427V, A3829G, India +JN.1.48.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48.2, S:R346T, ORF1a:A427V, A3829G, India, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 JN.1.48.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48.3, S:60P, S:R346T, S:F456L, ORF3a:S60F, ORF1a:T1761I, on T3913A, C8092T branch, South Africa JN.1.49 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49, ORF3a:T89I, India JN.1.49.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1, S:R346T MB.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1.1, S:F456V (T22928G), S:S31F -MB.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1.1.1, S:T22N, S:K182N +MB.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1.1.1, S:T22N, S:K182N, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1659 JN.1.49.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.2, S:F456L JN.1.50 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.50, S:H445P,S:F456L, S:A67V, S:L249F, Europe from #2587 JN.1.50.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.50.1, S:R346T from #2587 @@ -1342,8 +1342,8 @@ LN.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.53.1.1.1, S:F456L, S:478I JN.1.54 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.54, A9085G JN.1.54.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.54.1, S:F456L, S:V407I, Spain, from #2584 JN.1.55 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.55, ORF1a:K399R -JN.1.55.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.55.1, S:F456L, ORF1a:T1017I, Thailand -JN.1.55.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.55.2, S:F456L, ORF1b:P2321H, Brazil +JN.1.55.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.55.1, S:F456L, ORF1a:T1017I, Thailand, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 +JN.1.55.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.55.2, S:F456L, ORF1b:P2321H, Brazil, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 JN.1.56 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.56, Orf3a:Q213K JN.1.56.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.56.1, S:G181R, S:R346T, S:F456V, ORF1a:T1638I, Sinapore/South Korea from #2582 JN.1.57 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.57, ORF1b:A1219S, A11947G @@ -1357,7 +1357,7 @@ JN.1.58.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.58.3, S:S31F JN.1.59 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.59, ORF1a:A1204S JN.1.60 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.60, C4543T JN.1.61 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.61, S:K444R, Brazil -JN.1.62 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.62, S:F456L (22928C), S:V62F, S:R681H +JN.1.62 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.62, S:F456L (22928C), S:V62F, S:R681H, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 JN.1.63 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.63, ORF1b:K82R JN.1.63.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.63.1, ORF1a:D1513E, ORF1a:A2529S, Asia JN.1.64 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64, ORF1a:N2147S (A6705G) from #2560 @@ -1393,7 +1393,7 @@ JN.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.8, S:T299I, Sweden/Denmark JN.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.9, S:M1229I, Netherlands JN.10 Alias of B.1.1.529.2.86.1.10, S:A475V, on T3565C branch with JN.1, Spain/France, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#954 JN.11 Alias of B.1.1.529.2.86.1.11, S:V1104L, Asia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1303 -JN.11.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.11.1, S:L455S +JN.11.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.11.1, S:L455S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1303 JN.12 Alias of B.1.1.529.2.86.1.12, S:F456V, ORF1a:A498G, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1102 JN.13 Alias of B.1.1.529.2.86.1.13, A14397G JN.13.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.13.1, S:A475V, USA/Malaysia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1386 @@ -1408,7 +1408,7 @@ BA.2.86.3 Alias of B.1.1.529.2.86.3, C222T, C1960T, T12775C, South Africa JQ.1 Alias of B.1.1.529.2.86.3.1, S:T95I, Denmark/France/South Africa, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#906 JQ.2 Alias of B.1.1.529.2.86.3.2, S:R346T, G2944A, South Africa, from #2505 JQ.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.3.2.1, S:L455S, South Africa, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1373 -JQ.2.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.3.2.1.1, S:F456L, South Africa +JQ.2.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.3.2.1.1, S:F456L, South Africa, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 BA.2.86.4 Alias of B.1.1.529.2.86.4, S:A222V, ORF1a:V3892A, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1032 BA.2.86.5 Alias of B.1.1.529.2.86.5, S:I197V, C5575T, T6085C, T23278C BA.2.86.6 Alias of B.1.1.529.2.86.6, C9226T @@ -1876,7 +1876,7 @@ FB.1 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.1.1 S:D253G, Singapore/Taiwan/Japan, fro FB.2 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.1.2 S:478R, USA/South Korea/Mongolia BQ.1.2.2 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.2, S:K147E, S:R346T, S:V445A, West Africa, from #1861 JH.1 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.2.1, S:K182E, S:486A, S:S494P, S:E554K, from #2068 -JH.2 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.2.2, S:A484K, S:V486A, USA/Canada/Finland, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#650, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068 +JH.2 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.2.2, S:A484K, S:V486A, USA/Canada/Finland, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#650, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068 BQ.1.2.3 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.3, E:V24L, Canada BQ.1.3 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.3, found globally, defined by S:E619Q, from #1082 BQ.1.3.1 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.3.1, C2509T, Spain @@ -4116,28 +4116,28 @@ XDH Recombinant lineage of BN.1.2.8 and XBB.1.9.1 (or XBB.1.22) (breakpoint betw XDJ Recombinant lineage of XBB.1.16.6 and HK.3.1 (breakpoint between 14857 and 16877), France, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#997 XDK Recombinant lineage of XBB.1.16.11 (likely) and JN.1.1.1 (breakpoint between 5315 and 6182), France, from #2415 XDK.1 S:R346T, G11596A, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1407 -XDK.1.1 S:K182R, S:E213G, India -XDK.1.2 S:F456L -XDK.2 S:K679R, T4996A, C11173T, A23598G, C27297T -XDK.3 S:F456L, ORF1a:F3397L +XDK.1.1 S:K182R, S:E213G, India, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1490 +XDK.1.2 S:F456L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1407 +XDK.2 S:K679R, T4996A, C11173T, A23598G, C27297T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1385 +XDK.3 S:F456L, ORF1a:F3397L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1511 XDK.4 C25626T -XDK.4.1 S:F456L, France/Luxembourg +XDK.4.1 S:F456L, France/Luxembourg, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1467 XDK.5 S:F456L, C22388T, Spain from #2611 -XDK.6 S:F456L, S:R237K, S:Q1201K, England +XDK.6 S:F456L, S:R237K, S:Q1201K, England, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1572 XDL Recombinant lineage of EG.5.1.1 and non-EG.5 (breakpoint between 25573-29624) with S:I1114T, most with S:L455F(G22927T), China, from #2351 XDM Recombinant lineage of XDA, GW.5, XDA (breakpoints between 22107-22926 and 24047-25838), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1163 XDN Recombinant lineage of JN.1.1 and JD.1 (breakpoint between 24379 and 24989), from #2448 XDP Recombinant lineage of JN.1.4+T18453C and FL.15 (breakpoint between 26834 and 27809), from #2451 XDP.1 S:E1092D, after ORF1a:L397P, ORF1a:H388Y, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1358 -XDP.2 S:E309Q, Brazil/Canada +XDP.2 S:E309Q, Brazil/Canada, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1432 XDP.3 S:S255F, USA XDQ Recombinant lineage of BA.2.86.1 and FL.15.1.1 (breakpoint between 23605 and 24377), most with T22846C, Vietnam/Japan/South Korea, from #2481 XDQ.1 S:A475V, Japan/South Korea, from #2497 -XDQ.1.1 S:S60P, C1594T, Japan -XDQ.2 S:N487D, Vietnam -XDQ.3 S:681H, Indonesia +XDQ.1.1 S:S60P, C1594T, Japan, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1523 +XDQ.2 S:N487D, Vietnam, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1408 +XDQ.3 S:681H, Indonesia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1508 XDR Recombinant lineage of JD.1.1.1 and JN.1.1 (breakpoint between 11043 and 11726), Brazil, from #2477 -XDR.1 S:F59S, G6077T, A14031G, C26801T, Brazil/Peru +XDR.1 S:F59S, G6077T, A14031G, C26801T, Brazil/Peru, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1542 XDS Recombinant lineage of EG.5.1.3, JN.3.2.1, EG.5.1.3 (breakpoints at 8294-8392 and 26834-27506), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1267 XDT Recombinant lineage of BA.2.86.4, GK.1 (breakpoint between 23673-24378), Ireland/UK, from #2485 XDU Recombinant lineage of BA.2.86.1, XBB.1.16 (breakpoint between 11957-12729), Japan, from #2502 @@ -4145,9 +4145,9 @@ XDV Recombinant lineage of XDE, JN.1, XDE, JN.1 (breakpoints between 19327-21608 XDV.1 S:F456L (T22930A), on C11572T branch, Hong Kong XDW Recombinant lineage of JN.2 (T1030C branch), XDA (breakpoint between 23424-23603), Japan, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1471 XDY Recombinant lineage of LB.1.2.1 and KP.3.2 (breakpoint between 22131-22599), Sweden/Spain, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1559 -XDZ Recombinant lineage of JG.3 and JN.1.1.10 (breakpoint between 11043-12788), Europe/North America +XDZ Recombinant lineage of JG.3 and JN.1.1.10 (breakpoint between 11043-12788), Europe/North America, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1356 XEA Recombinant lineage of JN.1.63.1 and EG.5 (breakpoint between 27057-27915), East Asia -XEB Recombinant lineage of FL.15, JN.1.4+T18453C, FL.15 (breakpoints at 774-896 and 26834-27809), USA +XEB Recombinant lineage of FL.15, JN.1.4+T18453C, FL.15 (breakpoints at 774-896 and 26834-27809), USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1290 *A.2.1 Withdrawn: Lineage with sequences predominantly from Panama *A.8 Withdrawn: Indian lineage merged with A.9 *A.10 Withdrawn: Spanish lineage reassigned to A.5