From 0e2f2c44a7c2e9c2994298d059130274c5102e6a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: aviczhl2 Date: Fri, 8 Nov 2024 18:49:33 +0800 Subject: [PATCH] add 66 autorefs modified: automated-issue-ref.ipynb modified: autoref/milestone.txt modified: autoref/missing_refs.txt modified: lineage_notes.txt modified: automated-issue-ref.ipynb --- automated-issue-ref.ipynb | 191 +++++++++++++++++++++----------------- autoref/milestone.txt | 152 ++++++++++++++++++++++-------- autoref/missing_refs.txt | 144 +++++++++++++--------------- lineage_notes.txt | 132 +++++++++++++------------- 4 files changed, 348 insertions(+), 271 deletions(-) diff --git a/automated-issue-ref.ipynb b/automated-issue-ref.ipynb index 1face122..a5c1851d 100755 --- a/automated-issue-ref.ipynb +++ b/automated-issue-ref.ipynb @@ -2,7 +2,7 @@ "cells": [ { "cell_type": "code", - "execution_count": 6, + "execution_count": 1, "id": "f64573a2", "metadata": { "scrolled": true @@ -173,7 +173,14 @@ "processed 1590 milestones\n", "processed 1600 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sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 KR.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.4, S:Q218E KR.4.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.4.1, S:F456L (22928C), S:K478T, South Africa @@ -1133,7 +1133,7 @@ LB.1.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.2.2, S:T572I, C22075T, from sars-cov- LB.1.2.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.2.3, S:F175L, ORF1a:I1568F, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1730 LB.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.3, ORF1b:T1555I LB.1.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.3.1, S:445P, N:T379I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1620 -NL.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.3.1.1, S:R190S, S:C1243F +NL.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.3.1.1, S:R190S, S:C1243F, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1771 LB.1.3.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.3.2, C25413T MH.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.3.2.1, S:T572I LB.1.3.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.3.3, S:K182R, from #2723 @@ -1164,26 +1164,26 @@ LP.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.1.2, S:R190S, T18300A, USA, from s LP.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.2, S:S71Y, ORF1b:T2286I LP.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.3, S:K182E, ORF1b:R276S, Singapore LP.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.4, S:T572I, ORF8:A65V, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1607 -LP.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.5, S:K478T (rev) -LP.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.6, S:M153I, C14403T -LP.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.7, S:R190S +LP.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.5, S:K478T (rev), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1893 +LP.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.6, S:M153I, C14403T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1753 +LP.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.7, S:R190S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1729 LP.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.8, S:H445R, S:Q493E, S:F186L, ORF3a:P178L, Singapore/Philippines, from #2811 KP.1.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.4, S:R214H, C11866T, C23929T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1593 KP.1.1.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.5, S:F59S MU.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.5.1, S:T572I, ORF1a:P4339T, ORF1b:T1902I，from #2676 MU.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.5.2, ORF1a:A2785V, ORF1a:A4357V -MU.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.5.2.1, S:S680Y +MU.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.5.2.1, S:S680Y, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1777 KP.1.1.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.6, S:S31F, after ORF1b:L2213F,S:N185del,S:F186I from #2649 NE.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.6.1, S:K478T, S:F32S KP.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.2, S:T572I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 KP.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2, S:R346T on JN.1.11.1 polytomy, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 KP.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.1, S:Q1201K, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1440 KP.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.2, S:F59L, S:K1266R, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1446 -KP.2.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.2.1, S:T22N, ORF1b:K2660R +KP.2.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.2.1, S:T22N, ORF1b:K2660R, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1662 NH.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.2.1.1, S:K478T (rev), S:K97E, on ORF1a:T1794I branch NH.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.2.1.2, S:K478Q, on ORF1a:T1794I branch NH.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.2.1.3, S:A475V, ORF1a:A776S -KP.2.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.2.2, S:T572I +KP.2.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.2.2, S:T572I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1643 KP.2.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3, S:H146Q, ORF3a:K67N, S:31del, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1459 KP.2.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.1, S:A475V, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1548 KP.2.3.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.2, S:G184V @@ -1191,20 +1191,20 @@ KP.2.3.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.3, S:N185T, from sars-cov-2-varian KP.2.3.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.4, S:445P, A15759G, C27804T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1596 KP.2.3.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.5, S:K535T, A1087G, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1645 KP.2.3.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.6, S:T572I on a C28714T branch, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1582 -NM.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.4.1, S:G184V, S:S155I +NM.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.4.1, S:G184V, S:S155I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1975 KP.2.3.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.7, ORF1a:T2121A MW.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.7.1, S:Q239R, ORF1a:I785V, ORF6:L16I -KP.2.3.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.8, S:T572, without C28714T -KP.2.3.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.9, S:Q173R -NG.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.9.1, S:T22N, ORF1a:I1215M, Brazil -KP.2.3.10 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.10, S:K478T (rev), India -NK.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.10.1, S:R190S, ORF8:S67F, India -KP.2.3.11 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.11, ORF1a:R1973S, A29647G +KP.2.3.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.8, S:T572, without C28714T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1735 +KP.2.3.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.9, S:Q173R, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1742 +NG.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.9.1, S:T22N, ORF1a:I1215M, Brazil, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1742 +KP.2.3.10 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.10, S:K478T (rev), India, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1834 +NK.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.10.1, S:R190S, ORF8:S67F, India, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1771 +KP.2.3.11 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.11, ORF1a:R1973S, A29647G, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1594 KP.2.3.12 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.12, S:A1174V, Brazil, #2765 KP.2.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.4, S:T250N, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1524 KP.2.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.5, S:N185D, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1527 KP.2.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.6, S:W64R, S:F32del -KP.2.6.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.6.1, S:L441F +KP.2.6.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.6.1, S:L441F, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1757 KP.2.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.7, S:S31F, after T22795G KP.2.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.8, S:S60P, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1546 KP.2.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.9, S:T572I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 @@ -1225,16 +1225,16 @@ KP.2.22 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.22, S:S31del, ORF1a:V3718F, from sars KP.2.23 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.23, S:S31del, ORF3a:A110S, ORF8:G77S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1502 KP.2.24 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.24, S:S31del, C9286T, C14919T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1502 KP.2.25 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.25, ORF1a:P1803L, C14220T -KP.2.25.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.25.1, S:S30K, S:I934V, China -KP.2.25.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.25.2, S:F32del, S:K558N -KP.2.25.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.25.2, S:P793S -KP.2.26 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.26, S:T22N, S:S31P, S:K478T (on T25039C branch) -KP.2.27 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.27, S:T572I, C3811T, C9857T, A23080G +KP.2.25.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.25.1, S:S30K, S:I934V, China, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1699 +KP.2.25.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.25.2, S:F32del, S:K558N, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1768 +KP.2.25.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.25.2, S:P793S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1649 +KP.2.26 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.26, S:T22N, S:S31P, S:K478T (on T25039C branch), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2141 +KP.2.27 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.27, S:T572I, C3811T, C9857T, A23080G, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 KP.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3, S:Q493E, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1410 KP.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1, G15372T, A19722G KP.3.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1, ORF1a:S4286C, C12616T, S:S31del, Spain, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1563 MC.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.1, S:T572I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1638 -MC.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.1.1, S:A942S, C13297T, C14220T +MC.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.1.1, S:A942S, C13297T, C14220T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1932 MC.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.2, S:A845S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1707 MC.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.2.1, S:R237K, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1707 MC.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.3, S:G72R, Spain, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1733 @@ -1246,8 +1246,8 @@ MC.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.8, C9803T, from sars-cov-2-variants/ MC.8.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.8.1, S:T572I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1779 MC.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.9, ORF3a:K75N, ORF1b:A1219S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1788 MC.10 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.10, C16332T -MC.10.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.10.1, S:A435S, ORF9b:R47H -MC.10.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.10.2, S:I101T, S:A376D, ORF1a:K3353R +MC.10.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.10.1, S:A435S, ORF9b:R47H, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1946 +MC.10.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.10.2, S:I101T, S:A376D, ORF1a:K3353R, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2015 MC.11 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.11, C17430T MC.11.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.11.1, S:S256L, Europe, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1857 MC.12 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.12, S:G72E, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1865 @@ -1256,10 +1256,10 @@ MC.13.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.13.1, S:S254F, USA MC.14 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.14, S:T259R, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1815 MC.15 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.15, S:K182R MC.16 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.16, G2890A -MC.17 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.17, S:A575S, C5512T -MC.18 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.18, S:N185D, ORF1a:G465S, Spain/Canada -MC.19 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.19, S:R346T -MC.20 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.20, S:K182E, ORF1a:K1655N, Australia +MC.17 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.17, S:A575S, C5512T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1989 +MC.18 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.18, S:N185D, ORF1a:G465S, Spain/Canada, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2075 +MC.19 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.19, S:R346T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1809 +MC.20 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.20, S:K182E, ORF1a:K1655N, Australia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2085 KP.3.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.2, S:S151I，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1589 KP.3.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.3, S:S31F,from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1576 KP.3.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.4, ORF1b:P1675S,from #2627 @@ -1273,8 +1273,8 @@ MK.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.6.3, S:R346T, S:H445R, from sars-cov-2 KP.3.1.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.7, S:L84I, from #2709 KP.3.1.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.8, S:F59S, A9235G, Georgia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1615 MY.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.8.1, S:P174S, ORF3a:T64I, Georgia -KP.3.1.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.9, S:N148S, S:P174S -KP.3.1.10 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.10, S:N185D, ORF1a:V3917I +KP.3.1.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.9, S:N148S, S:P174S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2171 +KP.3.1.10 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.10, S:N185D, ORF1a:V3917I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1853 KP.3.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2, A2611C, C22858T KP.3.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.1, S:A263V, Australia/Singapore, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1556 KP.3.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.2, S:W258R @@ -1284,9 +1284,9 @@ LW.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.3.1.1, S:T33I, from sars-cov-2-varia LW.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.3.1.1, S:T22N KP.3.2.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.4, ORF3a:L73F KP.3.2.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.5, S:V62F, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1604 -KP.3.2.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.6, S:S31P, G11761A, G25617A, Asia -KP.3.2.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.7, S:S31-, ORF1a:I1005L -KP.3.2.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.8, S:S31-, C14790T, C21590T, C18981T +KP.3.2.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.6, S:S31P, G11761A, G25617A, Asia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1899 +KP.3.2.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.7, S:S31-, ORF1a:I1005L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2180 +KP.3.2.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.8, S:S31-, C14790T, C21590T, C18981T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2081 KP.3.2.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.9, ORF1b:K2557R KP.3.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3, N:R204P, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1531 KP.3.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3.1, S:T547K, ORF3a:F87S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1651 @@ -1300,7 +1300,7 @@ KP.3.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.4, ORF3a:L73F, C25521T, Asia KP.3.4.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.4.1, S:S31F, N:A134V, ORF1a:E1192K, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1576 KP.3.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.5, S:G213E, most with C1420T, America, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1630 KP.3.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.6, S:T22N, Canada, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1748 -KP.3.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.7, S:A435S, ORF8:E59* +KP.3.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.7, S:A435S, ORF8:E59*, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1749 KP.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4, C6070T, India KP.4.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.1, S:R346T, C19884T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 KP.4.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.1.1, S:W258R, India from #2521 @@ -1311,18 +1311,18 @@ KP.4.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.2.1, S:S31F KP.4.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.2.2, S:F59I KP.4.2.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.2.3, S:G35R, ORF1a:G519S, ORF1a:I2227V KP.4.2.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.2.4, S:S31-, S:S256L, from #2759 -KP.4.2.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.2.5, S:S60P, S:I212T +KP.4.2.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.2.5, S:S60P, S:I212T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1667 KP.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.5, S:T572I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 KP.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.6, S:R346I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1682 -JN.1.11.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.2, S:R346T, S:F59L, India -NJ.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.2.1, S:F456L, S:K478T (rev), ORF3a:K16N, India +JN.1.11.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.2, S:R346T, S:F59L, India, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 +NJ.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.2.1, S:F456L, S:K478T (rev), ORF3a:K16N, India, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2068 JN.1.12 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.12, S:F456V, ORF7a:A8T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 JN.1.13 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13, S:A1087S, after C26894T, C25680T, USA, from #2464 JN.1.13.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1, S:R346T, S:F59S, USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals/issues/1386 KS.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1, S:F456L (T22928C), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 KS.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1.1, S:T22N, Singapore/Taiwan/Canada, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1565 KS.1.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1.1.1, Orf1a:N470T (A1674C) , Orf1a:T609I (C2091T) -NC.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1.1.1.1, S:R190S, Uzbekistan +NC.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1.1.1.1, S:R190S, Uzbekistan, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1995 KS.1.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1.1.2, ORF1a:L2146F, C19716T KS.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1.2, S:T678I, Russia KS.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1.3, S:V642A, Dominican Republic, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1535 @@ -1344,26 +1344,26 @@ LF.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.2, ORF1a:K247R, ORF3a:Y184H, many with S:S LF.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.3, ORF1a:A4285V, Peru LF.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.3.1, S:445P，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1558 LF.3.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.3.1.1, S:L1143F, USA-CO, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1558 -LF.3.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.3.1.2, S:D745A, South America +LF.3.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.3.1.2, S:D745A, South America, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1558 LF.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.4, N:R385K, ORF1a:T4368I LF.4.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.4.1, S:31del, ORF1a:G519S, ORF8:Q29*, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1590 LF.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.5, S:T33A, S:N185D, C28660T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1627 LF.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.6, T3172G, T17859C, Portugal/Spain, from #2589 LF.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.7, S:T22N, S:S31P, S:K182R, S:R190S, S:K444R, ORF9b:I5T, Senegal, from #2733 LF.7.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.7.1, C6310T -LF.7.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.7.1.1, S:Q677L +LF.7.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.7.1.1, S:Q677L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2063 LF.7.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.7.1.2, S:A475V, Qatar, #2805 LF.7.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.7.2, T20799C -LF.7.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.7.2.1, S:A475V +LF.7.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.7.2.1, S:A475V, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2067 LF.7.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.7.3, C17436T -LF.7.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.7.4, S:T961M, G25494A +LF.7.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.7.4, S:T961M, G25494A, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1996 LF.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8, S:M153I, C3244T, A18432T, C27110T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1863 LF.8.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8.1, S:S31F, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1863 LF.8.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8.1, S:T22N, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1863 ND.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8.1.1.1, ORF1a:L4391F -ND.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8.1.1.1.1, S:K478T -ND.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8.1.1.2, S:K478E -ND.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8.1.1.3, S:K478I, N:S23T, US/NZ +ND.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8.1.1.1.1, S:K478T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1982 +ND.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8.1.1.2, S:K478E, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1929 +ND.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8.1.1.3, S:K478I, N:S23T, US/NZ, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2158 LF.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.9, S:S60P, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1718 LF.9.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.9.1, S:N185D, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1718 LF.10 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.10, S:K182E, C15738T, T29785C, Senegal @@ -1387,8 +1387,8 @@ LZ.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2.1, S:F456L (T22930A), N:A152T, ORF1a:I740V LZ.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2.1.1, S:P217S, S:N1125S from #2654 LZ.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2.2, S:F456L (T22928C), ORF1a:K1226E, China, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 LZ.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2.2.1, ORF10:Q29* -LZ.2.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2.2.1.1, S:K478E -LZ.2.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2.2.1.2, S:K478T (rev) +LZ.2.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2.2.1.1, S:K478E, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2092 +LZ.2.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2.2.1.2, S:K478T (rev), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1909 JN.1.18.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.3, S:F456V (T22928G), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 MA.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.3.1, S:R190S, S:31del, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1635 MA.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.3.1.1, S:E780A, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1761 @@ -1427,10 +1427,10 @@ KW.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.28.1.1.2, S:K529T, Australia JN.1.29 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.29, ORF1a:T3224A, after C2644T, Brazil JN.1.29.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.29.1, S:F456L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 MJ.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.29.1.1, S:R346T, S:S31P, ORF1a:E2070K -MJ.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.29.1.1.1, S:T22N +MJ.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.29.1.1.1, S:T22N, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2021 MJ.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.29.1.2, C8917T, Brazil -MJ.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.29.1.2.1, S:R346T, Brazil -MJ.2.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.29.1.2.1.1, S:L56V, Brazil +MJ.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.29.1.2.1, S:R346T, Brazil, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1813 +MJ.2.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.29.1.2.1.1, S:L56V, Brazil, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1813 JN.1.30 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.30, G21255T JN.1.30.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.30.1, S:R346T, after T7789C, India, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 KU.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.30.1.1, S:K182Q @@ -1469,7 +1469,7 @@ JN.1.47.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.47.2, S:T572I, S:R683Q, USA, from sars-cov JN.1.48 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48, G29134T, after T18471C, India JN.1.48.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48.1, S:S60P, S:R346T, S:F456L (T22928C), after ORF3a:A99V, on T3913A, C8092T branch from #2547 LD.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48.1.1, S:T572I from #2547 -LD.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48.1.2, S:N185D, ORF1a:E637K, ORF1b:T2099I, N:T166I +LD.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48.1.2, S:N185D, ORF1a:E637K, ORF1b:T2099I, N:T166I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1719 JN.1.48.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48.2, S:R346T, ORF1a:A427V, A3829G, India, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 JN.1.48.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48.3, S:60P, S:R346T, S:F456L, ORF3a:S60F, ORF1a:T1761I, on T3913A, C8092T branch, South Africa, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 JN.1.49 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49, ORF3a:T89I, India @@ -1478,10 +1478,10 @@ MB.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1.1, S:F456V (T22928G), S:S31F MB.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1.1.1, S:T22N, S:K182N, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1659 MB.1.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1.1.1.1, ORF1a:T224I, India MV.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1.1.1.1.1, S:K478T, India -MV.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1.1.1.1.2, S:A67V +MV.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1.1.1.1.2, S:A67V, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2039 MB.1.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1.1.1.2, T27288A NA.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1.1.1.2.1, C19200T, A20079G -NA.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1.1.1.2.1.1, S:K444R +NA.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1.1.1.2.1.1, S:K444R, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2142 MB.1.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1.1.1.3, G10465A JN.1.49.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.2, S:F456L (T22930A) JN.1.49.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.3, T18471C, China @@ -1525,14 +1525,14 @@ JN.1.64.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64.1, S:R346T from #2560 MD.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64.1.1, S:F456L (T22930A) from #2560 MD.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64.1.1.1, S:K679R from #2560 MD.1.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64.1.1.1.1, S:H445P, ORF1a:K3353R, Australia/Taiwan -MD.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64.1.1.2, S:F58Y, S:F59L, Philipines +MD.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64.1.1.2, S:F58Y, S:F59L, Philipines, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1671 MD.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64.1.2, S:F456V, ORF1a:T2800I from #2560 MD.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64.1.3, C1060T, C9319T, C28657T from #2560 MD.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64.1.3.1, S:F456L (T22928C), ORF3a:L106F, C10138T, South Africa from #2560 MD.3.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64.1.3.1.1, ORF9b:S50L (C28432T), South Africa MD.3.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64.1.3.1.2, S:I19- (S:T19I rev + S:21- if aligned against Wuhan-Hu-1), C12049T -MD.3.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64.1.3.1.3, S:K182E -MD.3.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64.1.3.1.4, S:S31F +MD.3.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64.1.3.1.3, S:K182E, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1951 +MD.3.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64.1.3.1.4, S:S31F, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1691 JN.1.65 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.65, S:T572I, after T23629C, G25647T, A5053G, Spain from #2461 JN.1.65.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.65.1, S:F456L (22928C), A10420G, C5884T, C29149T, C20483T, Spain from #2461 MF.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.65.1.1, S:R346T, T21673C, pre-22981T from #2461 @@ -2048,7 +2048,7 @@ FB.1 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.1.1 S:D253G, Singapore/Taiwan/Japan, fro FB.2 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.1.2 S:478R, USA/South Korea/Mongolia BQ.1.2.2 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.2, S:K147E, S:R346T, S:V445A, West Africa, from #1861 JH.1 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.2.1, S:K182E, S:486A, S:S494P, S:E554K, from #2068 -JH.2 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.2.2, S:A484K, S:V486A, USA/Canada/Finland, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#650, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068 +JH.2 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.2.2, S:A484K, S:V486A, USA/Canada/Finland, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#650, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068 BQ.1.2.3 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.3, E:V24L, Canada BQ.1.3 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.3, found globally, defined by S:E619Q, from #1082 BQ.1.3.1 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.3.1, C2509T, Spain @@ -4324,13 +4324,13 @@ XDV.1.3 S:T572I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1597 XDV.1.4 S:I1114T XDV.1.5 S:G184S, S:K478I, China, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1840 XDV.1.5.1 ORF1a:H1141Y, ORF1a:A1473V, ORF3a:R134H, China -NB.1 Alias of XDV.1.5.1.1, S:T22N, S:F59S, ORF1a:I2709V, ORF1a:P4197S, China +NB.1 Alias of XDV.1.5.1.1, S:T22N, S:F59S, ORF1a:I2709V, ORF1a:P4197S, China, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1840 XDV.1.6 S:K478T, S:A263T, ORF1a:V1783I, ORF1a:E1209D XDV.1.7 ORF1a:D2980N, C8950T, China -XDV.1.7.1 S:T22N, S:V62F +XDV.1.7.1 S:T22N, S:V62F, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1966 XDV.1.8 T2551C, T9892G XDV.1.9 ORF1a:T2197I -XDV.1.9.1 S:A435S +XDV.1.9.1 S:A435S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1956 XDV.1.10 ORF1a:T4175I, S:G181V, China-Hubei, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1849 XDV.1.11 T4057C XDW Recombinant lineage of JN.2 (T1030C branch), XDA (breakpoint between 23424-23603), Japan, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1471 @@ -4340,12 +4340,12 @@ XEA Recombinant lineage of JN.1.63.1 and EG.5 (breakpoint between 27057-27915), XEB Recombinant lineage of FL.15, JN.1.4+T18453C, FL.15 (breakpoints at 774-896 and 26834-27809), USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1290 XEC Recombinant lineage of KS.1.1 (JN.1.13.1.1.1) and KP.3.3 (breakpoint 21738-22599), Europe (Germany), from #2717 XEC.1 S:K182R, ORF1a:L4182F, on ORF1a:A599T branch, France/Ireland/Canada, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1869 -XEC.2 ORF1a:I1367L, lacking ORF1a:A599T -XEC.3 S:E1202Q -XEC.4 S:T572I -XEC.5 S:G72R -XEC.6 S:S680F -XEC.7 S:W152R, S:P1263Q +XEC.2 ORF1a:I1367L, lacking ORF1a:A599T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1908 +XEC.3 S:E1202Q, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2088 +XEC.4 S:T572I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2087 +XEC.5 S:G72R, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2088 +XEC.6 S:S680F, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2088 +XEC.7 S:W152R, S:P1263Q, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#2088 XED Recombinant lineage of JN.1.4 and LF.1.1.1 (breakpoint 19210-21652), from #2691 XEE Recombinant lineage of KP.2.3.7 and JN.1* (breakpoint 24873-25592), from #2721 XEF Recombinant lineage of LB.1.4 and KP.3 (breakpoint 22600-23038), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1855