From 57cd4eca9ec34e2861f392a59f9943a9dd524dca Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: InfrPopGen Date: Tue, 31 Jan 2023 17:05:37 +0000 Subject: [PATCH] Added new lineage DJ.1.1.1 from #1407 with 329 new sequence designations, and 0 updated --- lineage_notes.txt | 1 + lineages.csv | 329 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 2 files changed, 330 insertions(+) diff --git a/lineage_notes.txt b/lineage_notes.txt index b8385fb5..41fcea19 100644 --- a/lineage_notes.txt +++ b/lineage_notes.txt @@ -990,6 +990,7 @@ BA.5.1.24 Alias of B.1.1.529.5.1.24, mainly found in Finland, defined by ORF1b:V BA.5.1.25 Alias of B.1.1.529.5.1.25, mainly found in Mexico and Peru, defined by ORF7b:H42Y, from pango-designation issue #1135 DJ.1 Alias of B.1.1.529.5.1.25.1, found mainly in Peru, from pango-designation issue #1245 DJ.1.1 Alias of B.1.1.529.5.1.25.1.1, found in Peru, from pango-designation issue #1245 +DJ.1.1.1 Alias of B.1.1.529.5.1.25.1.1.1 found mainly in Peru and USA, from pango-designation issue #1407 DJ.1.2 Alias of B.1.1.529.5.1.25.1.2, found mainly in Peru, from pango-designation issue #1379 DJ.1.3 Alias of B.1.1.529.5.1.25.1.3 found mainly in Peru, Colombia and USA, from pango-designation issue #1409 BA.5.1.26 Alias of B.1.1.529.5.1.26, mainly found in Czechia, defined by S:R346T diff --git a/lineages.csv b/lineages.csv index 3f9b1f86..7c65ce68 100644 --- a/lineages.csv +++ b/lineages.csv @@ -2142352,3 +2142352,332 @@ Indonesia/KB-FKUNTAN-0471/2022,XBB.1.11.1 Singapore/R3MR29/2023,XBB.1.11.1 Brunei/7122199982/2022,XBB.1.11.1 Malaysia/MKAK_CL_23_1090/2023,XBB.1.11.1 +Peru/LOR-INS-31925/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-35493/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-32310/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-34233/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33107/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33807/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-32613/2022,DJ.1.1.1 +Peru/UCA-INS-35599/2022,DJ.1.1.1 +Peru/JUN-INS-36600/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-34792/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31816/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33811/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-34368/2022,DJ.1.1.1 +USA/IN-CDC-STM-AQ8ENJ65M/2022,DJ.1.1.1 +USA/OH-CDC-QDX44273867/2022,DJ.1.1.1 +Peru/JUN-INS-33756/2022,DJ.1.1.1 +Peru/CAL-INS-34430/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-34154/2022,DJ.1.1.1 +USA/CA-CDC-LC0965891/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ANC-INS-37626/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-34232/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-34341/2022,DJ.1.1.1 +Peru/SAM-INS-34399/2022,DJ.1.1.1 +Peru/UCA-INS-33761/2022,DJ.1.1.1 +Peru/AYA-INS-37599/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-34416/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-32990/2022,DJ.1.1.1 +USA/CA-CDPH-FS48101672/2022,DJ.1.1.1 +Peru/MDD-INS-34780/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-34364/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33437/2022,DJ.1.1.1 +Chile/RM-133816/2022,DJ.1.1.1 +USA/CA-CDPH-FS48079371/2022,DJ.1.1.1 +Portugal/PT44225/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-37151/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31822/2022,DJ.1.1.1 +Peru/APU-INS-37597/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-32306/2022,DJ.1.1.1 +Chile/VS-21/2023,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-34798/2022,DJ.1.1.1 +Peru/AYA-INS-34297/2022,DJ.1.1.1 +Peru/JUN-INS-36612/2022,DJ.1.1.1 +England/PHEP-YYGN1EW/2022,DJ.1.1.1 +Peru/AYA-INS-38049/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-32447/2022,DJ.1.1.1 +Peru/UCA-INS-36962/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-32455/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31808/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33766/2022,DJ.1.1.1 +USA/CA-CDPH-FS48079387/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33795/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33131/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-35854/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TAC-INS-34754/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33782/2022,DJ.1.1.1 +USA/DC-CDC-LC0955255/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ICA-INS-35506/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33130/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-32267/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-32316/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31824/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-32241/2022,DJ.1.1.1 +Germany/BY-RKI-I-1067442/2022,DJ.1.1.1 +Peru/PIU-INS-32924/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33470/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-00008AACSE/2022,DJ.1.1.1 +Peru/JUN-INS-33755/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33078/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-35853/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ANC-INS-36434/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-32381/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33825/2022,DJ.1.1.1 +USA/NJ-PHEL-V22051295/2022,DJ.1.1.1 +Peru/UCA-INS-35598/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-32258/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-32317/2022,DJ.1.1.1 +France/IDF-LBZCentre-ZA2212050105/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-37130/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-37133/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-34153/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33893/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-32315/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33824/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-37167/2022,DJ.1.1.1 +Peru/HUV-INS-35606/2022,DJ.1.1.1 +Peru/JUN-INS-36623/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33473/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33809/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-35856/2022,DJ.1.1.1 +USA/NY-CDC-QDX44243151/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-37684/2022,DJ.1.1.1 +Peru/JUN-INS-35401/2022,DJ.1.1.1 +Peru/JUN-INS-36606/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33387/2022,DJ.1.1.1 +Peru/AYA-INS-34786/2022,DJ.1.1.1 +Peru/CUS-INS-35365/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33844/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33084/2022,DJ.1.1.1 +USA/VA-CDC-LC0954987/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33114/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33115/2022,DJ.1.1.1 +USA/NC-CDC-LC0929691/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33826/2022,DJ.1.1.1 +Spain/IB-HUSE-07300/2022,DJ.1.1.1 +Chile/VS-134997/2022,DJ.1.1.1 +USA/OH-CDC-QDX43991517/2022,DJ.1.1.1 +Peru/JUN-INS-35385/2022,DJ.1.1.1 +Peru/JUN-INS-35383/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-32274/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31739/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-32393/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-32276/2022,DJ.1.1.1 +Portugal/PT44217/2022,DJ.1.1.1 +Peru/CAL-INS-35499/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TAC-INS-38051/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ANC-INS-36314/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33817/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-37158/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33103/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33127/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31789/2022,DJ.1.1.1 +Belgium/UZB_548202212132/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-35428/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31742/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-34433/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31751/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31807/2022,DJ.1.1.1 +Peru/CAL-INS-33126/2022,DJ.1.1.1 +USA/NJ-PHEL-V22053870/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-34388/2022,DJ.1.1.1 +Peru/JUN-INS-34118/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-34149/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-34419/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31923/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31815/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33784/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-34481/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-37129/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-34366/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-35607/2022,DJ.1.1.1 +Peru/CAL-INS-34431/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-32371/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-37219/2022,DJ.1.1.1 +USA/OH-CDC-QDX44772941/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33393/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TAC-INS-36317/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ANC-INS-34771/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33079/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-37134/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33129/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31771/2022,DJ.1.1.1 +USA/NV-NSPHL-22-S000698-01/2022,DJ.1.1.1 +Peru/HUV-INS-36539/2022,DJ.1.1.1 +Peru/CUS-INS-36400/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-32248/2022,DJ.1.1.1 +Chile/LI-133787/2022,DJ.1.1.1 +Netherlands/NH-AUMC-034301/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-35967/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ICA-INS-36323/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-34812/2022,DJ.1.1.1 +Peru/AYA-INS-34787/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31817/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-32249/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33812/2022,DJ.1.1.1 +Chile/AP-137340/2022,DJ.1.1.1 +Peru/UCA-INS-36327/2022,DJ.1.1.1 +USA/CA-LACPHL-AF17975/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33802/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-32275/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ANC-INS-36897/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-36334/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-35608/2022,DJ.1.1.1 +USA/CA-LACPHL-AF17335/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31782/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-32308/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31940/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-37128/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33104/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-UPCH-3643/2022,DJ.1.1.1 +Peru/CUS-INS-35341/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ANC-INS-36329/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ANC-INS-34161/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-32322/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31770/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TAC-INS-34781/2022,DJ.1.1.1 +USA/OH-CDC-QDX44273847/2022,DJ.1.1.1 +Peru/JUN-INS-33764/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-37156/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-34740/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ICA-INS-35878/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ICA-INS-35876/2022,DJ.1.1.1 +Belgium/UGent-7847/2022,DJ.1.1.1 +Peru/JUN-INS-36571/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31746/2022,DJ.1.1.1 +Peru/AYA-INS-34761/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-34739/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-35443/2022,DJ.1.1.1 +Peru/HUV-INS-35605/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33083/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-35615/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-36903/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-34819/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-37600/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33820/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-34237/2022,DJ.1.1.1 +Peru/PUN-INS-34377/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31794/2022,DJ.1.1.1 +USA/CA-CDC-STM-FEBPYE88A/2022,DJ.1.1.1 +USA/OH-CDC-QDX44273846/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33095/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31769/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-34380/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-37601/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31790/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33769/2022,DJ.1.1.1 +Peru/AYA-INS-37598/2022,DJ.1.1.1 +Peru/PIU-INS-32873/2022,DJ.1.1.1 +Peru/AYA-INS-37591/2022,DJ.1.1.1 +USA/IN-CDC-STM-JYZFJQ66A/2022,DJ.1.1.1 +Peru/UCA-INS-36954/2022,DJ.1.1.1 +Peru/HUV-INS-35595/2022,DJ.1.1.1 +Peru/UCA-INS-35597/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-34152/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-32323/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ANC-INS-36892/2022,DJ.1.1.1 +Peru/AYA-INS-34793/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ANC-INS-34773/2022,DJ.1.1.1 +Australia/QLD0x0129D1/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-32270/2022,DJ.1.1.1 +USA/IN-CDC-STM-769NSZSYP/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ANC-INS-37208/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33080/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-32305/2022,DJ.1.1.1 +Peru/CAL-INS-36336/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31806/2022,DJ.1.1.1 +Chile/AP-138464/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TAC-INS-34756/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ANC-INS-37201/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ANC-INS-36889/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-34396/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33821/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-37152/2022,DJ.1.1.1 +Peru/HUV-INS-35596/2022,DJ.1.1.1 +Bonaire/BQ-RIVM-119343/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-37602/2022,DJ.1.1.1 +USA/MD-CDC-QDX43330179/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-32319/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-37126/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TAC-INS-36331/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31792/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31787/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31744/2022,DJ.1.1.1 +Peru/JUN-INS-35394/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33400/2022,DJ.1.1.1 +Peru/SAM-INS-35601/2022,DJ.1.1.1 +Peru/JUN-INS-35379/2022,DJ.1.1.1 +Belgium/UGent-7846/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33790/2022,DJ.1.1.1 +USA/CA-CDC-LC0956815/2022,DJ.1.1.1 +Peru/PIU-INS-32878/2022,DJ.1.1.1 +Peru/SAM-INS-35602/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-35610/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33106/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-32259/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-32468/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ANC-INS-37659/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TAC-INS-38041/2022,DJ.1.1.1 +Peru/JUN-INS-33754/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33441/2022,DJ.1.1.1 +Peru/PUN-INS-34378/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-35855/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LAL-INS-34283/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33815/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33343/2022,DJ.1.1.1 +Peru/ANC-INS-34223/2022,DJ.1.1.1 +Chile/NB-137327/2022,DJ.1.1.1 +Peru/AYA-INS-38050/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-34417/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-00003AAHYP/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-32313/2022,DJ.1.1.1 +Belgium/Briant-12300438901/2023,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-34411/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33823/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-34239/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TAC-INS-37585/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33394/2022,DJ.1.1.1 +Peru/MOQ-INS-37645/2022,DJ.1.1.1 +Chile/RM-133814/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31797/2022,DJ.1.1.1 +Peru/AYA-INS-34299/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-34365/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TAC-INS-36900/2022,DJ.1.1.1 +Peru/PIU-INS-37131/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31820/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-32480/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-34802/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31766/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LAM-INS-38044/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-32309/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33776/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-00001AAERY/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-37694/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-32609/2022,DJ.1.1.1 +USA/IN-CDC-STM-8RAS2G82N/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31765/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-34808/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-37007/2022,DJ.1.1.1 +Peru/AYA-INS-37590/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-36902/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-33792/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31804/2022,DJ.1.1.1 +Peru/JUN-INS-35382/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-37157/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-34811/2022,DJ.1.1.1 +England/PHEC-YY8A5E7/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TAC-INS-34751/2022,DJ.1.1.1 +Peru/JUN-INS-35388/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31761/2022,DJ.1.1.1 +Peru/AYA-INS-34395/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-32509/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-34204/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31799/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LIM-INS-32352/2022,DJ.1.1.1 +Peru/TUM-INS-37138/2022,DJ.1.1.1 +Belgium/Briant-12219698401/2022,DJ.1.1.1 +Peru/AYA-INS-37089/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31814/2022,DJ.1.1.1 +USA/OR-OSPHL07784/2022,DJ.1.1.1 +Peru/LOR-INS-31757/2022,DJ.1.1.1