diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences.java
new file mode 100644
index 00000000000..2e8012a0970
--- /dev/null
+++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences.java
@@ -0,0 +1,238 @@
+package org.broadinstitute.hellbender.tools.reference;
+
+import org.broadinstitute.barclay.argparser.Argument;
+import org.broadinstitute.barclay.argparser.CommandLineProgramProperties;
+import org.broadinstitute.barclay.argparser.ExperimentalFeature;
+import org.broadinstitute.barclay.help.DocumentedFeature;
+import org.broadinstitute.hellbender.cmdline.StandardArgumentDefinitions;
+import org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKPath;
+import org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKTool;
+import org.broadinstitute.hellbender.engine.ReferenceDataSource;
+import org.broadinstitute.hellbender.exceptions.UserException;
+import org.broadinstitute.hellbender.utils.tsv.DataLine;
+import org.broadinstitute.hellbender.utils.tsv.TableColumnCollection;
+import org.broadinstitute.hellbender.utils.tsv.TableWriter;
+import picard.cmdline.programgroups.ReferenceProgramGroup;
+
+import java.io.IOException;
+import java.io.OutputStreamWriter;
+import java.io.Writer;
+import java.nio.file.Path;
+import java.util.*;
+
+/**
+ * Display reference comparison as a tab-delimited table and summarize reference differences.
+ *
+ * <p>This tool generates a MD5-keyed table comparing specified references and does an analysis to summarize the differences
+ * between the references provided. Comparisons are made against a "special" reference, specified with the -R
+ * argument. Subsequent references to be compared may be specified using the -references-to-compare argument.
+ * The table can be directed to a file or standard output using provided command-line arguments.
+ * A supplementary table keyed by sequence name can be displayed using the -display-sequences-by-name argument;
+ * to display only sequence names for which the references are not consistent, run with the -display-only-differing-sequences
+ * argument as well.</p>
+ *
+ * <h3>Input</h3>
+ * <p>
+ * The references and MD5 calculation mode.
+ * </p>
+ *
+ * <h3>Output</h3>
+ * <p>
+ * A TSV file or output stream displaying the MD5-keyed table comparison, and a table analysis displayed to standard output.
+ * <pre>
+ * MD5	Length	hg19mini.fasta	hg19mini_1renamed.fasta
+ * 8c0c38e352d8f3309eabe4845456f274	16000	1	chr1
+ * 5f8388fe3fb34aa38375ae6cf5e45b89	16000	2	2
+ * 94de808a3a2203dbb02434a47bd8184f	16000	3	3
+ * 7d397ee919e379328d8f52c57a54c778	16000	4	4
+ *
+ * REFERENCE PAIR: hg19mini.fasta, hg19mini_1renamed.fasta
+ * Status:
+ * 	DIFFER_IN_SEQUENCE_NAMES
+ * </pre>
+ * </p>
+ *
+ * <h3>Usage example</h3>
+ * <pre>
+ * gatk CompareReferences \
+ *   -R reference1.fasta \
+ *   -refcomp reference2.fasta
+ *   -O output.fasta \
+ *   -md5-calculation-mode USE_DICT
+ * </pre>
+ *
+ */
+
+@CommandLineProgramProperties(
+        summary = "Compare multiple references and output a tab-delimited table detailing what the differences are and a summarized analysis of each pair of references.",
+        oneLineSummary = "Display reference comparison as a tab-delimited table and summarize reference differences.",
+        programGroup = ReferenceProgramGroup.class
+)
+
+@DocumentedFeature
+@ExperimentalFeature
+public class CompareReferences extends GATKTool {
+
+    @Argument(fullName = "references-to-compare", shortName = "refcomp", doc = "Reference sequence file(s) to compare.")
+    private List<GATKPath> references;
+
+    /**
+     * Output file will be written here.
+     *
+     * Note: If no output file provided, table will print to standard output.
+     */
+    @Argument(fullName = StandardArgumentDefinitions.OUTPUT_LONG_NAME, shortName = StandardArgumentDefinitions.OUTPUT_SHORT_NAME, doc = "If provided, file to output table.", optional = true)
+    private GATKPath output;
+
+    @Argument(fullName = "md5-calculation-mode", shortName = "md5-calculation-mode", doc = "MD5CalculationMode indicating method of MD5 calculation.", optional = true)
+    private MD5CalculationMode md5CalculationMode = MD5CalculationMode.RECALCULATE_IF_MISSING;
+
+    @Argument(fullName = "display-sequences-by-name", doc = "If provided, the table by sequence name will be printed.", optional = true)
+    private boolean displaySequencesByName = false;
+
+    @Argument(fullName = "display-only-differing-sequences", doc = "If provided, only display sequence names that differ in their actual sequence.", optional = true)
+    private boolean onlyDisplayDifferingSequences = false;
+
+    public enum MD5CalculationMode {
+        // use only MD5s found in dictionary; if MD5 missing, crashes
+        USE_DICT,
+        // use any MD5s found in dictionary and recalculate any missing MD5s
+        RECALCULATE_IF_MISSING,
+        // recalculate all MD5s, regardless of presence in dictionary
+        ALWAYS_RECALCULATE;
+    }
+
+    private Map<GATKPath, ReferenceDataSource> referenceSources;
+
+    @Override
+    public boolean requiresReference() {
+        return true;
+    }
+
+    @Override
+    public void onTraversalStart() {
+        // add data source for -R reference
+        referenceSources = new LinkedHashMap<>();
+        referenceSources.put(referenceArguments.getReferenceSpecifier(), directlyAccessEngineReferenceDataSource());
+
+        // add data sources for remaining references
+        for(GATKPath path : references){
+            referenceSources.put(path, ReferenceDataSource.of(path.toPath()));
+        }
+    }
+
+    @Override
+    public void traverse(){
+        ReferenceSequenceTable table = new ReferenceSequenceTable(referenceSources, md5CalculationMode);
+        logger.info("Building reference sequence table.");
+        table.build();
+        logger.info("Finished building table.");
+
+        writeTable(table);
+
+        if(displaySequencesByName){
+            writeTableBySequenceName(table);
+        }
+
+        logger.info("Analyzing table.");
+        List<ReferencePair> referencePairs = table.analyzeTable();
+        logger.info("Finished analyzing table.");
+        System.out.println("*********************************************************");
+        for(ReferencePair pair : referencePairs){
+            System.out.println(pair);
+        }
+    }
+
+
+    /**
+     * Given a table, write table to output.
+     *
+     * Note: if no output file specified, displays to standard output.
+     *
+     * @param table
+     */
+    private void writeTable(ReferenceSequenceTable table){
+        TableColumnCollection columns = new TableColumnCollection(table.getColumnNames());
+        try(CompareReferences.CompareReferencesOutputTableWriter writer = output == null
+            ? new CompareReferences.CompareReferencesOutputTableWriter(new OutputStreamWriter(System.out), columns)
+            : new CompareReferences.CompareReferencesOutputTableWriter(output.toPath(), columns)
+        ){
+            writer.writeHeaderIfApplies();
+            for(ReferenceSequenceTable.TableRow row : table){
+                writer.writeRecord(row);
+            }
+        }
+        catch(IOException exception){
+             throw (output == null)
+             ? new UserException.CouldNotCreateOutputFile("System.out", "Failed to write output table.", exception)
+             : new UserException.CouldNotCreateOutputFile(output, "Failed to write output table.", exception);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Given a table, write table by sequence name to standard output
+     *
+     * @param table
+     */
+    public void writeTableBySequenceName(ReferenceSequenceTable table){
+        System.out.print("*********************************************************\n");
+        System.out.print("Name \tMD5 \tReference\n");
+        for(String sequenceName : table.getAllSequenceNames()){
+            Set<ReferenceSequenceTable.TableRow> rows = table.queryBySequenceName(sequenceName);
+            if(onlyDisplayDifferingSequences) {
+                if(rows.size() > 1) {
+                    displayBySequenceName(rows, sequenceName);
+                }
+            } else {
+                displayBySequenceName(rows, sequenceName);
+            }
+        }
+    }
+
+    private void displayBySequenceName(Set<ReferenceSequenceTable.TableRow> rows, String sequenceName){
+        System.out.print(sequenceName);
+        for(ReferenceSequenceTable.TableRow row : rows) {
+            ReferenceSequenceTable.TableEntry[] entries = row.getEntries();
+            System.out.print("\n\t" + row.getMd5() + "\t");
+
+            for(int i = 2; i < entries.length; i++) {
+                if(entries[i].getColumnValue().equals(sequenceName)) {
+                    System.out.print(entries[i].getColumnName() + "\t");
+                }
+            }
+        }
+        System.out.println();
+    }
+
+    @Override
+    public void closeTool() {
+        for(Map.Entry<GATKPath, ReferenceDataSource> entry : referenceSources.entrySet()){
+            if(!entry.getKey().equals(referenceArguments.getReferenceSpecifier())){
+                entry.getValue().close();
+            }
+        }
+    }
+
+    /**
+     * TableWriter to format and write the table output.
+     */
+    public static class CompareReferencesOutputTableWriter extends TableWriter<ReferenceSequenceTable.TableRow> {
+
+        public CompareReferencesOutputTableWriter(final Path table, TableColumnCollection columns) throws IOException {
+            super(table, columns);
+        }
+
+        public CompareReferencesOutputTableWriter(final Writer writer, TableColumnCollection columns) throws IOException {
+            super(writer, columns);
+        }
+
+        @Override
+        protected void composeLine(final ReferenceSequenceTable.TableRow record, final DataLine dataLine) {
+            List<String> columnNames = record.getColumnNames();
+            ReferenceSequenceTable.TableEntry[] entries = record.getEntries();
+            for(int i = 0; i < columnNames.size(); i++){
+                dataLine.set(entries[i].getColumnName(), entries[i].getColumnValue());
+            }
+        }
+    }
+}
diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/ReferencePair.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/ReferencePair.java
new file mode 100644
index 00000000000..136c4a73c27
--- /dev/null
+++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/ReferencePair.java
@@ -0,0 +1,116 @@
+package org.broadinstitute.hellbender.tools.reference;
+
+import org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKPath;
+
+import java.util.*;
+
+/**
+ * Class representing a pair of references and their differences.
+ *
+ */
+public class ReferencePair {
+
+    private final GATKPath ref1;
+
+    private final GATKPath ref2;
+
+    private final int ref1ColumnIndex;
+
+    private final int ref2ColumnIndex;
+
+    public enum Status{
+        // references match exactly (table entries identical across references)
+        EXACT_MATCH,
+        // found sequences with same MD5s but inconsistent names between the 2 references
+        DIFFER_IN_SEQUENCE_NAMES,
+        // found sequences with same names but inconsistent MD5s between the 2 references
+        DIFFER_IN_SEQUENCE,
+        // at least one sequence is present in one reference but not the other
+        DIFFER_IN_SEQUENCES_PRESENT,
+        // ref1 is a superset of ref2
+        SUPERSET,
+        // ref1 is a subset of ref2
+        SUBSET;
+    }
+
+    private EnumSet<Status> analysis;
+
+    public ReferencePair(ReferenceSequenceTable table, GATKPath reference1, GATKPath reference2){
+        ref1 = reference1;
+        ref2 = reference2;
+        ref1ColumnIndex = table.getColumnIndices().get(ReferenceSequenceTable.getReferenceColumnName(ref1));
+        ref2ColumnIndex = table.getColumnIndices().get(ReferenceSequenceTable.getReferenceColumnName(ref2));
+        // assume EXACT_MATCH until proven otherwise - if any discrepancies found, EXACT_MATCH status removed
+        analysis = EnumSet.of(Status.EXACT_MATCH);
+    }
+
+    /**
+     * Given a Status, add it to the ReferencePair's analysis
+     *
+     * @param status
+     */
+    public void addStatus(Status status) {
+        analysis.add(status);
+    }
+
+    /**
+     * Given a Status, remove it from the ReferencePair's analysis, if present
+     *
+     * @param status
+     */
+    public void removeStatus(Status status){
+        analysis.remove(status);
+    }
+
+    public int getRef1ColumnIndex() {
+        return ref1ColumnIndex;
+    }
+
+    public int getRef2ColumnIndex() {
+        return ref2ColumnIndex;
+    }
+
+    public String getRef1(){
+        return ReferenceSequenceTable.getReferenceColumnName(ref1);
+    }
+    public String getRef2(){
+        return ReferenceSequenceTable.getReferenceColumnName(ref2);
+    }
+
+    /**
+     * Displays a ReferencePair's status set
+     *
+     * @return the status set as a formatted String
+     */
+    public String statusAsString(){
+        String output = "";
+        for(Status status : analysis){
+            output += String.format("\t%s\n", status.name());
+        }
+        return output;
+    }
+
+    public EnumSet<Status> getAnalysis(){
+        return analysis;
+    }
+
+    public String toString(){
+        return String.format("REFERENCE PAIR: %s, %s\nStatus:\n%s",
+                ReferenceSequenceTable.getReferenceColumnName(ref1),
+                ReferenceSequenceTable.getReferenceColumnName(ref2),
+                statusAsString());
+    }
+
+    @Override
+    public boolean equals(Object o) {
+        if (this == o) return true;
+        if (o == null || getClass() != o.getClass()) return false;
+        ReferencePair that = (ReferencePair) o;
+        return Objects.equals(ref1, that.ref1) && Objects.equals(ref2, that.ref2);
+    }
+
+    @Override
+    public int hashCode() {
+        return Objects.hash(ref1, ref2);
+    }
+}
diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/ReferenceSequenceTable.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/ReferenceSequenceTable.java
new file mode 100644
index 00000000000..010fd4617f6
--- /dev/null
+++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/ReferenceSequenceTable.java
@@ -0,0 +1,439 @@
+package org.broadinstitute.hellbender.tools.reference;
+
+import htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionary;
+import htsjdk.samtools.SAMSequenceRecord;
+import org.apache.logging.log4j.LogManager;
+import org.apache.logging.log4j.Logger;
+import org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKPath;
+import org.broadinstitute.hellbender.engine.ReferenceDataSource;
+import org.broadinstitute.hellbender.exceptions.UserException;
+import org.broadinstitute.hellbender.utils.SimpleInterval;
+import org.broadinstitute.hellbender.utils.reference.ReferenceUtils;
+
+import java.util.*;
+
+/**
+ * Table utilized by CompareReferences tool to compare and analyze sequences found in specified references.
+ * Underlying table is keyed by MD5, with the ability to query by sequence name across references as well.
+ */
+public class ReferenceSequenceTable implements Iterable<ReferenceSequenceTable.TableRow> {
+
+    public static final Logger logger = LogManager.getLogger(ReferenceSequenceTable.class);
+    public static final String MISSING_ENTRY_DISPLAY_STRING = "---";
+    public static final String MD5_COLUMN_NAME = "MD5";
+    public static final String LENGTH_COLUMN_NAME = "Length";
+    private static final int MD5_COLUMN_INDEX = 0;
+    private static final int LENGTH_COLUMN_INDEX = 1;
+
+    private Map<String, TableRow> tableByMD5;
+    private Map<String, Set<TableRow>> tableBySequenceName;
+    private Map<GATKPath, SAMSequenceDictionary> referenceDictionaries;
+    private List<String> columnNames;
+    private CompareReferences.MD5CalculationMode md5Mode;
+    private final Map<String, Integer> columnIndices;
+    private List<GATKPath> references;
+    private boolean tableBuilt;
+
+
+    private ReferenceSequenceTable(CompareReferences.MD5CalculationMode mode, Map<GATKPath, SAMSequenceDictionary> dictionaries) {
+        referenceDictionaries = dictionaries;
+        columnNames = generateColumnNames();
+        md5Mode = mode;
+        references = new ArrayList<>(referenceDictionaries.keySet());
+        tableBuilt = false;
+
+        columnIndices = new HashMap<>();
+        for (int i = 0; i < columnNames.size(); i++) {
+            if(i == MD5_COLUMN_INDEX){
+                columnIndices.put(MD5_COLUMN_NAME, i);
+            }
+            else if(i == LENGTH_COLUMN_INDEX){
+                columnIndices.put(LENGTH_COLUMN_NAME, i);
+            }
+            else{
+                columnIndices.put(getReferenceColumnName(references.get(i-2)), i);
+            }
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Returns a ReferenceSequenceTable object.
+     *
+     * Note: table is not constructed until a call to build() is made. All methods which attempt to use
+     * the table before it has been constructed will crash.
+     *
+     * @param referenceSources map containing references and their data sources
+     * @param mode MD5 calculation mode
+     */
+    public ReferenceSequenceTable(Map<GATKPath, ReferenceDataSource> referenceSources, CompareReferences.MD5CalculationMode mode){
+        this(mode, extractDictionariesFromReferences(referenceSources));
+    }
+
+    /**
+     * Constructs a ReferenceSequenceTable from a collection of sequence dictionaries.
+     *
+     * Since the sequence dictionaries provided to this constructor may come from sources
+     * other than references (such as CRAMs, VCFs, etc.), we force MD5CalculationMode.USE_DICT
+     * mode here, since we can't necessarily go back to the original file to recalculate MD5s. The
+     * caller is responsible for making sure that all dictionaries passed in have an MD5 for all
+     * sequences, otherwise an error will occur during table build.
+     *
+     * Note: table is not constructed until a call to build() is made. All methods which attempt to use
+     * the table before it has been constructed will crash.
+     *
+     * @param referenceDictionaries
+     */
+    public ReferenceSequenceTable(Map<GATKPath, SAMSequenceDictionary> referenceDictionaries){
+        this(CompareReferences.MD5CalculationMode.USE_DICT, referenceDictionaries);
+    }
+
+    private static Map<GATKPath, SAMSequenceDictionary> extractDictionariesFromReferences(Map<GATKPath, ReferenceDataSource> referenceSources){
+        Map<GATKPath, SAMSequenceDictionary> dictionaries = new LinkedHashMap<>();
+        for (Map.Entry<GATKPath, ReferenceDataSource> entry : referenceSources.entrySet()) {
+            SAMSequenceDictionary dictionary = entry.getValue().getSequenceDictionary();
+            dictionaries.put(entry.getKey(), dictionary);
+        }
+        return dictionaries;
+    }
+
+    private List<String> generateColumnNames() {
+        List<String> columns = new ArrayList<>();
+        columns.add(MD5_COLUMN_NAME);
+        columns.add(LENGTH_COLUMN_NAME);
+        for (GATKPath path : referenceDictionaries.keySet()) {
+            columns.add(getReferenceColumnName(path));
+        }
+        return columns;
+    }
+
+    public List<String> getColumnNames() {
+        return columnNames;
+    }
+
+    /**
+     * Given a GATKPath, return the name of the file as a String.
+     *
+     * TODO: may need to add functionality to uniquify reference names
+     *
+     * @param reference The path to a reference.
+     * @return the name of the reference as a String.
+     */
+    public static String getReferenceColumnName(GATKPath reference){
+        return reference.toPath().getFileName().toString();
+    }
+
+    public Map<String, Integer> getColumnIndices() {
+        return columnIndices;
+    }
+
+    private void checkTableBuildStatus(){
+        if(!tableBuilt){
+            throw new IllegalStateException("Table has not been built yet.");
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Construct 2 tables of references: one keyed by MD5, one keyed by sequence name.
+     */
+    public void build() {
+        tableByMD5 = new LinkedHashMap<>();
+        tableBySequenceName = new LinkedHashMap<>();
+
+        for (Map.Entry<GATKPath, SAMSequenceDictionary> entry : referenceDictionaries.entrySet()) {
+            SAMSequenceDictionary dictionary = entry.getValue();
+            for (SAMSequenceRecord record : dictionary.getSequences()) {
+                String name = record.getSequenceName();
+                int length = record.getSequenceLength();
+                String md5 = getMD5ForRecord(record, entry.getKey());
+                GATKPath reference = entry.getKey();
+                TableEntry newEntry = new TableEntry(getReferenceColumnName(reference), name);
+                TableRow newRow = null;
+
+                // map each MD5 to List of TableEntry objects containing length, md5, and name
+                if (!tableByMD5.containsKey(md5)) {
+                    newRow = new TableRow(md5, length, new ArrayList<>(referenceDictionaries.keySet()));
+                    tableByMD5.put(md5, newRow);
+                }
+                tableByMD5.get(md5).add(newEntry);
+
+                if(!tableBySequenceName.containsKey(name)){
+                    Set<TableRow> rowSet = new HashSet<>();
+                    tableBySequenceName.put(name, rowSet);
+                }
+                tableBySequenceName.get(name).add(tableByMD5.get(md5));
+            }
+        }
+        tableBuilt = true;
+    }
+
+    public Set<String> getAllSequenceNames(){
+        checkTableBuildStatus();
+
+        return tableBySequenceName.keySet();
+    }
+
+    /**
+     * Given an MD5, returns its corresponding row
+     *
+     * @param md5 The MD5 as a String
+     * @return the corresponding TableRow from the tableByMD5
+     */
+    public TableRow queryByMD5(String md5){
+        checkTableBuildStatus();
+
+        return tableByMD5.get(md5);
+    }
+
+    /**
+     * Given a sequence name, returns the set of its corresponding rows or an empty set if no such rows found.
+     *
+     * @param sequenceName The sequence name as a String
+     * @return the set of TableRows that contain the sequence name
+     */
+    public Set<TableRow> queryBySequenceName(String sequenceName){
+        checkTableBuildStatus();
+
+        Set<TableRow> rows = tableBySequenceName.get(sequenceName);
+        return rows == null ? Collections.emptySet() : rows;
+    }
+
+    private String getMD5ForRecord(SAMSequenceRecord record, GATKPath referencePath) {
+        final String md5FromDict = record.getMd5();
+        final SimpleInterval referenceInterval = new SimpleInterval(record.getSequenceName(), 1, record.getSequenceLength());
+        String md5 = null;
+
+        switch (md5Mode) {
+            case USE_DICT:
+                if (md5FromDict == null || md5FromDict.isEmpty()) {
+                    throw new UserException.BadInput("Running in USE_DICT mode, but MD5 missing for sequence " + record.getSequenceName() + ". Run --md5-calculation-mode with a different mode to recalculate MD5.");
+                }
+                md5 = md5FromDict;
+                break;
+            case RECALCULATE_IF_MISSING:
+                if (md5FromDict == null || md5FromDict.isEmpty()) {
+                    logger.warn(String.format("%s in sequence dictionary for %s missing MD5. MD5 recalculated.", record.getSequenceName(), getReferenceColumnName(referencePath)));
+                    md5 = ReferenceUtils.calculateMD5(referencePath, referenceInterval);
+                }
+                else {
+                    md5 = md5FromDict;
+                }
+                break;
+            case ALWAYS_RECALCULATE:
+                md5 = ReferenceUtils.calculateMD5(referencePath, referenceInterval);
+                if(md5FromDict != null && !md5FromDict.equals(md5)){
+                    logger.warn(String.format("MD5 Mismatch for sequence %s in %s reference. Found '%s' in sequence dictionary, but calculated '%s'. Sequence dictionary may be invalid.", record.getSequenceName(), getReferenceColumnName(referencePath), md5FromDict, md5));
+                }
+                break;
+        }
+        return md5;
+    }
+
+    /**
+     * Generate ReferencePairs for pairwise comparison of all references present in the table
+     *
+     * @return the list of ReferencePairs for every pair of references
+     */
+    public List<ReferencePair> generateReferencePairs(){
+        List<ReferencePair> referencePairs = new ArrayList<>();
+        for(int i = 0; i < references.size(); i++){
+            for(int j = i + 1; j < references.size(); j++){
+                referencePairs.add(new ReferencePair(this, references.get(i), references.get(j)));
+            }
+        }
+        return referencePairs;
+    }
+
+    /**
+     * Analyze the table by doing a pairwise comparison for all table references. Generates all ReferencePairs, then
+     * analyzes each pair. First, traverses the table by MD5 and checks for any discrepancies across the column values
+     * that violate an exact match or a difference in sequence name. Then traverses by sequence name and checks
+     * each sequence name across the references to determine if the sequence name is present in both but corresponding to
+     * different sequences or missing in one, and if so, if it constitutes a superset/subset case.
+     *
+     * Each ReferencePair is analyzed as above and assigned an analysis as a set of the following statuses:
+     *      EXACT_MATCH,
+     *      DIFFER_IN_SEQUENCE_NAMES,
+     *      DIFFER_IN_SEQUENCE,
+     *      DIFFER_IN_SEQUENCES_PRESENT,
+     *      SUPERSET,
+     *      SUBSET
+     *
+     * @return list of ReferencePairs with updated status sets
+     */
+    public List<ReferencePair> analyzeTable(){
+        checkTableBuildStatus();
+
+        List<ReferencePair> refPairs = generateReferencePairs();
+
+        for(TableRow row : tableByMD5.values()) {
+            for(ReferencePair pair : refPairs) {
+                int ref1Index = pair.getRef1ColumnIndex();
+                int ref2Index = pair.getRef2ColumnIndex();
+                TableEntry[] entries = row.getEntries();
+
+                TableEntry ref1Value = entries[ref1Index];
+                TableEntry ref2Value = entries[ref2Index];
+                if (!ref1Value.getColumnValue().equals(ref2Value.getColumnValue())) {
+                    pair.removeStatus(ReferencePair.Status.EXACT_MATCH);
+                }
+                if(!ref1Value.getColumnValue().equals(ref2Value.getColumnValue()) &&
+                        !(ref1Value.isEmpty() || ref2Value.isEmpty())){
+                    pair.addStatus(ReferencePair.Status.DIFFER_IN_SEQUENCE_NAMES);
+                }
+            }
+        }
+
+        for(ReferencePair pair : refPairs){
+            boolean superset = false;
+            boolean subset = false;
+            for(String sequenceName : tableBySequenceName.keySet()){
+                int ref1Index = pair.getRef1ColumnIndex();
+                int ref2Index = pair.getRef2ColumnIndex();
+                Set<ReferenceSequenceTable.TableRow> rows = queryBySequenceName(sequenceName);
+                int sequenceNameFoundInOneRef = 0;
+
+                for(TableRow row : rows) {
+                    TableEntry[] entries = row.getEntries();
+                    TableEntry ref1Value = entries[ref1Index];
+                    TableEntry ref2Value = entries[ref2Index];
+
+                    if((ref1Value.getColumnValue().equals(sequenceName) ^ ref2Value.getColumnValue().equals(sequenceName))
+                            && (ref1Value.isEmpty() ^ ref2Value.isEmpty())){
+                        sequenceNameFoundInOneRef++;
+                    }
+                    if(ref1Value.isEmpty() ^ ref2Value.isEmpty()){
+                        if(ref1Value.isEmpty()){
+                            subset = true;
+                        }
+                        else if(ref2Value.isEmpty()){
+                            superset = true;
+                        }
+                    }
+                }
+
+                // if 2 difference sequences with same name found, mismatching sequences for that name
+                if(sequenceNameFoundInOneRef == 2){
+                    pair.addStatus(ReferencePair.Status.DIFFER_IN_SEQUENCE);
+                // if a sequence name is found only once, it is present in one reference but not the other
+                } else if(sequenceNameFoundInOneRef == 1){
+                    pair.addStatus(ReferencePair.Status.DIFFER_IN_SEQUENCES_PRESENT);
+                } else if (sequenceNameFoundInOneRef > 2){
+                    throw new UserException.BadInput(String.format("Duplicate of sequence '%s' found in %s or %s.", sequenceName, pair.getRef1(), pair.getRef2()));
+                }
+            }
+
+            // if a pair has exclusively superset or subset marked as true and no naming discrepancies found,
+            // mark it as super/sub set and remove the 'DIFFER_IN_SEQUENCES_PRESENT' tag
+            if(superset ^ subset && !pair.getAnalysis().contains(ReferencePair.Status.DIFFER_IN_SEQUENCE_NAMES)){
+                pair.removeStatus(ReferencePair.Status.DIFFER_IN_SEQUENCES_PRESENT);
+
+                if(superset && !subset){
+                    pair.addStatus(ReferencePair.Status.SUPERSET);
+                } else if(subset && !superset) {
+                    pair.addStatus(ReferencePair.Status.SUBSET);
+                }
+            }
+        }
+        return refPairs;
+    }
+
+    @Override
+    public Iterator<TableRow> iterator() {
+        checkTableBuildStatus();
+
+        return tableByMD5.values().iterator();
+    }
+
+    /**
+     * Minimal class representing a table entry within a row of the ReferenceSequenceTable.
+     * Stores the entry's value and the associated column.
+     */
+    public class TableEntry {
+
+        private final String columnName;
+        private final String columnValue;
+
+        public TableEntry(String columnName, String columnValue){
+            this.columnName = columnName;
+            this.columnValue = columnValue;
+        }
+
+        public String getColumnName() { return columnName; }
+        public String getColumnValue() { return columnValue; }
+
+        public boolean isEmpty(){
+            return columnValue.equals(MISSING_ENTRY_DISPLAY_STRING);
+        }
+
+        @Override
+        public boolean equals(Object o) {
+            if (this == o) return true;
+            if (o == null || getClass() != o.getClass()) return false;
+            TableEntry that = (TableEntry) o;
+            return columnName.equals(that.columnName) && columnValue.equals(that.columnValue);
+        }
+
+        @Override
+        public int hashCode() {
+            return Objects.hash(columnName, columnValue);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Class representing a row of the ReferenceSequenceTable. Rows are keyed by MD5 and the remaining columns
+     * contain the sequence length, followed by the sequence name across each reference.
+     */
+    public class TableRow {
+        private final String md5;
+        private final TableEntry[] entries;
+        private final int length;
+
+        public TableRow(String md5, int length, List<GATKPath> references) {
+            this.md5 = md5;
+            this.length = length;
+            entries = new TableEntry[references.size()+2];
+
+            add(new TableEntry(MD5_COLUMN_NAME, md5));
+            add(new TableEntry(LENGTH_COLUMN_NAME, Integer.toString(length)));
+
+            for(int i = LENGTH_COLUMN_INDEX + 1; i < entries.length; i++){
+                entries[i] = new TableEntry(getColumnNames().get(i), MISSING_ENTRY_DISPLAY_STRING);
+            }
+        }
+
+        public void add(TableEntry entry) {
+            int idx = columnIndices.get(entry.getColumnName());
+            entries[idx] = entry;
+        }
+
+        public String getMd5() {
+            return md5;
+        }
+
+        public TableEntry[] getEntries() {
+            return entries;
+        }
+
+        public int getLength() {
+            return length;
+        }
+
+        public List<String> getColumnNames() {
+            return columnNames;
+        }
+
+        // TableRows keyed by MD5 -- TableRows considered equal when they have matching MD5s
+        @Override
+        public boolean equals(Object o) {
+            if (this == o) return true;
+            if (o == null || getClass() != o.getClass()) return false;
+            TableRow tableRow = (TableRow) o;
+            return md5.equals(tableRow.md5);
+        }
+
+        @Override
+        public int hashCode() {
+            return Objects.hash(md5);
+        }
+    }
+}
diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/utils/reference/ReferenceUtils.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/utils/reference/ReferenceUtils.java
index d02521aed12..d6db8f49272 100644
--- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/utils/reference/ReferenceUtils.java
+++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/utils/reference/ReferenceUtils.java
@@ -2,16 +2,25 @@
 
 import htsjdk.samtools.SAMFileHeader;
 import htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionary;
+import htsjdk.samtools.SAMSequenceRecord;
 import htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec;
 import htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFile;
 import htsjdk.samtools.util.BufferedLineReader;
+import htsjdk.samtools.util.StringUtil;
 import org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKPath;
+import org.broadinstitute.hellbender.engine.ReferenceDataSource;
+import org.broadinstitute.hellbender.exceptions.GATKException;
 import org.broadinstitute.hellbender.exceptions.UserException;
+import org.broadinstitute.hellbender.utils.SimpleInterval;
 import org.broadinstitute.hellbender.utils.fasta.CachingIndexedFastaSequenceFile;
 
 import java.io.File;
 import java.io.IOException;
 import java.io.InputStream;
+import java.math.BigInteger;
+import java.security.MessageDigest;
+import java.security.NoSuchAlgorithmException;
+import java.util.Iterator;
 
 /**
  * A collection of static methods for dealing with references.
@@ -107,4 +116,40 @@ public static byte[] getRefBaseAtPosition(final ReferenceSequenceFile reference,
     public static byte[] getRefBasesAtPosition(final ReferenceSequenceFile reference, final String contig, final int start, final int length) {
         return reference.getSubsequenceAt(contig, start, start+length-1).getBases();
     }
+
+    /**
+     * Given a reference path and a sequence interval, calculates the MD5 for the given sequence.
+     *
+     * Note: MD5 calculation mimics the MD5 calculation in {@link picard.sam.CreateSequenceDictionary}: allows IUPAC bases
+     *       but uppercases all bases.
+     *
+     * @param referencePath The path to the reference.
+     * @param interval The interval of the sequence.
+     * @return the sequence's MD5 as a String.
+     */
+    public final static String calculateMD5(GATKPath referencePath, SimpleInterval interval){
+        MessageDigest md5;
+        try {
+            md5 = MessageDigest.getInstance("MD5");
+        }
+        catch(NoSuchAlgorithmException exception){
+            throw new GATKException("Incorrect MessageDigest algorithm specified in calculateMD5()", exception);
+        }
+
+        // pass in true as the second argument ReferenceDataSource.of() to prevent modification of IUPAC bases or capitalization
+        try(final ReferenceDataSource source = ReferenceDataSource.of(referencePath.toPath(), true)) {
+            Iterator<Byte> baseIterator = source.query(interval);
+            while (baseIterator.hasNext()) {
+                Byte b = baseIterator.next();
+                md5.update(StringUtil.toUpperCase(b));
+            }
+
+            String hash = new BigInteger(1, md5.digest()).toString(16);
+            if (hash.length() != 32) {
+                final String zeros = "00000000000000000000000000000000";
+                hash = zeros.substring(0, 32 - hash.length()) + hash;
+            }
+            return hash;
+        }
+    }
 }
diff --git a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferencesIntegrationTest.java b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferencesIntegrationTest.java
new file mode 100644
index 00000000000..074411b5aa5
--- /dev/null
+++ b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferencesIntegrationTest.java
@@ -0,0 +1,138 @@
+package org.broadinstitute.hellbender.tools.reference;
+
+import org.broadinstitute.hellbender.CommandLineProgramTest;
+import org.broadinstitute.hellbender.exceptions.UserException;
+import org.broadinstitute.hellbender.testutils.IntegrationTestSpec;
+import org.testng.annotations.DataProvider;
+import org.testng.annotations.Test;
+
+import java.io.File;
+import java.io.IOException;
+
+public class CompareReferencesIntegrationTest extends CommandLineProgramTest {
+
+    @Test
+    public void testCompareReferencesRenamedSequence() throws IOException{
+        final File ref1 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini.fasta");
+        final File ref2 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini_1renamed.fasta");
+        final File output = createTempFile("testCompareReferencesRenamedSequence", ".table");
+        final File expectedOutput = new File(getToolTestDataDir(), "expected.testCompareReferencesRenamedSequence.table");
+
+        final String[] args = new String[] {"-R", ref1.getAbsolutePath() , "-refcomp", ref2.getAbsolutePath(),
+                "-O", output.getAbsolutePath()};
+        runCommandLine(args);
+
+        IntegrationTestSpec.assertEqualTextFiles(output, expectedOutput);
+    }
+
+    @Test
+    public void testCompareReferencesMultipleReferences() throws IOException{
+        final File ref1 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini.fasta");
+        final File ref2 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini_1renamed.fasta");
+        final File ref3 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini_chr2snp.fasta");
+        final File output = createTempFile("testCompareReferencesMultipleReferences", ".table");
+        final File expectedOutput = new File(getToolTestDataDir(), "expected.testCompareReferencesMultipleReferences.table");
+
+        final String[] args = new String[] {"-R", ref1.getAbsolutePath() , "-refcomp", ref2.getAbsolutePath(), "-refcomp", ref3.getAbsolutePath(),
+                "-O", output.getAbsolutePath()};
+        runCommandLine(args);
+
+        IntegrationTestSpec.assertEqualTextFiles(output, expectedOutput);
+    }
+
+    @Test
+    public void testCompareReferencesMissingValue() throws IOException{
+        // SNP on chr2 causes the sequence to have a different MD5 than the hg19mini sequence of the same name
+        final File ref1 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini.fasta");
+        final File ref2 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini_chr2snp.fasta");
+        final File output = createTempFile("testCompareReferencesMissingValue", ".table");
+        final File expectedOutput = new File(getToolTestDataDir(), "expected.testCompareReferencesMissingValue.table");
+
+        final String[] args = new String[] {"-R", ref1.getAbsolutePath() , "-refcomp", ref2.getAbsolutePath(),
+                "-O", output.getAbsolutePath()};
+        runCommandLine(args);
+
+        IntegrationTestSpec.assertEqualTextFiles(output, expectedOutput);
+    }
+
+
+
+    @DataProvider(name = "md5ArgumentData")
+    public Object[][] md5ArgumentData() {
+        return new Object[][]{
+                // ref1, ref2, expected output, md5 calculation mode
+                new Object[]{ new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini.fasta"),
+                        new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini_chr2snp.fasta"),
+                        new File(getToolTestDataDir(), "expected.testCompareReferencesMissingValue.table"),
+                        "USE_DICT"
+                },
+                new Object[]{ new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini_missingmd5.fasta"),
+                        new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini_chr2snp.fasta"),
+                        new File(getToolTestDataDir(), "expected.testCompareReferencesRecalculateIfMissing.table"),
+                        "RECALCULATE_IF_MISSING"
+                },
+                new Object[]{ new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini_missingmd5.fasta"),
+                        new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini_chr2snp.fasta"),
+                        new File(getToolTestDataDir(), "expected.testCompareReferencesAlwaysRecalculateMD5.table"),
+                        "ALWAYS_RECALCULATE"
+                },
+        };
+    }
+
+    @Test(dataProvider = "md5ArgumentData")
+    public void testCompareReferencesMD5CalculationModes(File ref1, File ref2, File expected, String md5Mode) throws IOException {
+        final File output = createTempFile("testCompareReferencesMD5CalculationModes", ".table");
+        final String[] args = new String[] {"-R", ref1.getAbsolutePath() , "-refcomp", ref2.getAbsolutePath(),
+                "-O", output.getAbsolutePath(), "--md5-calculation-mode", md5Mode};
+        runCommandLine(args);
+
+        IntegrationTestSpec.assertEqualTextFiles(output, expected);
+    }
+
+    @Test(expectedExceptions = UserException.BadInput.class)
+    public void testCompareReferencesUseDictMD5MissingValue() throws IOException{
+        final File ref1 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini_missingmd5.fasta");
+        final File ref2 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini_chr2snp.fasta");
+        final File output = createTempFile("testCompareReferencesUseDictMD5", ".table");
+
+        final String[] args = new String[] {"-R", ref1.getAbsolutePath() , "-refcomp", ref2.getAbsolutePath(),
+                "-O", output.getAbsolutePath(), "--md5-calculation-mode", "USE_DICT"};
+        runCommandLine(args);
+    }
+
+    // no assertions made, testing tool runs successfully without -O argument
+    @Test
+    public void testCompareReferencesToStdOutput() throws IOException{
+        final File ref1 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini.fasta");
+        final File ref2 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini_chr2snp.fasta");
+
+        final String[] args = new String[] {"-R", ref1.getAbsolutePath() , "-refcomp", ref2.getAbsolutePath()};
+        runCommandLine(args);
+    }
+
+    // The following tests run the tool on different combinations of reference files
+    // and produce output to stdout for the sake of manually inspecting outputs.
+    // Disabled, as no actual assertions made.
+    @Test(enabled = false)
+    public void testCompareReferencesMultipleReferencesStdOut() throws IOException{
+        final File ref1 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini.fasta");
+        final File ref2 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini_1renamed.fasta");
+        final File ref3 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini_chr2snp.fasta");
+        final File ref4 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini_missingchr1.fasta");
+
+        final String[] args = new String[] {"-R", ref1.getAbsolutePath() , "-refcomp", ref2.getAbsolutePath(), "-refcomp", ref3.getAbsolutePath(),
+                "-refcomp", ref4.getAbsolutePath()};
+        runCommandLine(args);
+    }
+
+    @Test(enabled = false)
+    public void testCompareReferencesMissingSequencesStdOut() throws IOException{
+        final File ref1 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini.fasta");
+        final File ref2 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini_missingchr3.fasta");
+        final File ref3 = new File(getToolTestDataDir() + "hg19mini_missingchr1.fasta");
+
+        final String[] args = new String[] {"-R", ref1.getAbsolutePath() , "-refcomp", ref2.getAbsolutePath(), "-refcomp", ref3.getAbsolutePath()};
+        runCommandLine(args);
+    }
+
+}
diff --git a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/ReferenceSequenceTableUnitTest.java b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/ReferenceSequenceTableUnitTest.java
new file mode 100644
index 00000000000..3e6bb7c7580
--- /dev/null
+++ b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/ReferenceSequenceTableUnitTest.java
@@ -0,0 +1,229 @@
+package org.broadinstitute.hellbender.tools.reference;
+
+import org.broadinstitute.hellbender.GATKBaseTest;
+import org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKPath;
+import org.broadinstitute.hellbender.engine.ReferenceDataSource;
+import org.testng.Assert;
+import org.testng.annotations.DataProvider;
+import org.testng.annotations.Test;
+
+import java.util.*;
+
+public class ReferenceSequenceTableUnitTest extends GATKBaseTest {
+
+    private ReferenceSequenceTable tableGenerator(List<GATKPath> references, CompareReferences.MD5CalculationMode md5CalculationMode){
+        Map<GATKPath, ReferenceDataSource> referenceSources = new LinkedHashMap<>();
+        for(GATKPath path : references){
+            referenceSources.put(path, ReferenceDataSource.of(path.toPath()));
+        }
+
+        ReferenceSequenceTable table = new ReferenceSequenceTable(referenceSources, md5CalculationMode);
+        table.build();
+
+        return table;
+    }
+
+    @DataProvider(name = "testQueryByMD5Data")
+    public Object[][] testQueryByMD5Data() {
+        return new Object[][]{
+                // references, md5, length, table
+                new Object[]{ "8c0c38e352d8f3309eabe4845456f274",
+                        16000,
+                        tableGenerator(Arrays.asList(new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta")),
+                                CompareReferences.MD5CalculationMode.USE_DICT),
+                },
+                new Object[]{ "8c0c38e352d8f3309eabe4845456f274",
+                        16000,
+                        tableGenerator(Arrays.asList(new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta"),
+                                new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_1renamed.fasta")),
+                                CompareReferences.MD5CalculationMode.USE_DICT),
+                },
+        };
+    }
+
+    public boolean compareRows(ReferenceSequenceTable.TableRow row1, ReferenceSequenceTable.TableRow row2){
+        return row1.getMd5().equals(row2.getMd5()) && row1.getLength() == row2.getLength();
+    }
+
+    @Test(dataProvider = "testQueryByMD5Data")
+    public void testQueryByMD5(String md5, int length, ReferenceSequenceTable table){
+        ReferenceSequenceTable.TableRow row = table.queryByMD5(md5);
+
+        Assert.assertEquals(row.getMd5(), md5);
+        Assert.assertEquals(row.getLength(), length);
+
+    }
+
+    @DataProvider(name = "testQueryBySequenceNameData")
+    public Object[][] testQueryBySequenceNameData() {
+        return new Object[][]{
+                // sequence name, expected number of rows, table
+                new Object[]{ "2", 2,
+                        tableGenerator(Arrays.asList(new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta"),
+                        new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_chr2snp.fasta")),
+                        CompareReferences.MD5CalculationMode.USE_DICT),
+                },
+                new Object[]{ "1", 1,
+                        tableGenerator(Arrays.asList(new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta"),
+                                        new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_chr2snp.fasta")),
+                                CompareReferences.MD5CalculationMode.USE_DICT),
+                },
+                new Object[]{ "5", 0,
+                        tableGenerator(Arrays.asList(new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta"),
+                                        new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_chr2snp.fasta")),
+                                CompareReferences.MD5CalculationMode.USE_DICT),
+                },
+        };
+    }
+
+
+    @Test(dataProvider = "testQueryBySequenceNameData")
+    public void testQueryBySequenceName(String expectedSequenceName, int expectedRows, ReferenceSequenceTable table){
+        Set<ReferenceSequenceTable.TableRow> rows = table.queryBySequenceName(expectedSequenceName);
+
+        if(expectedRows == 0){
+            Assert.assertTrue(rows.isEmpty());
+        } else {
+            Assert.assertEquals(rows.size(), expectedRows);
+
+            boolean contigPresent = false;
+            for (ReferenceSequenceTable.TableRow row : rows) {
+                contigPresent = false;
+                for (ReferenceSequenceTable.TableEntry entry : row.getEntries()) {
+                    if (entry.getColumnValue().equals(expectedSequenceName)) {
+                        contigPresent = true;
+                        break;
+                    }
+                }
+                Assert.assertTrue(contigPresent, "Contig " + expectedSequenceName + " not found in all rows returned by queryBySequenceName(expectedSequenceName)");
+            }
+        }
+    }
+
+    @DataProvider(name = "testGenerateReferencePairsData")
+    public Object[][] testGenerateReferencePairsData() {
+        return new Object[][]{
+                // references, expected number of pairs
+                new Object[]{ Arrays.asList(new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta"),
+                        new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_chr2snp.fasta")),
+                        1
+                },
+                new Object[]{ Arrays.asList(new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta"),
+                        new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_chr2snp.fasta"),
+                        new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_1renamed.fasta")),
+                        3
+                },
+        };
+    }
+
+    @Test(dataProvider = "testGenerateReferencePairsData")
+    public void testGenerateReferencePairs(List<GATKPath> references, int expectedPairs){
+        ReferenceSequenceTable table = tableGenerator(references, CompareReferences.MD5CalculationMode.USE_DICT);
+        List<ReferencePair> pairs = table.generateReferencePairs();
+        Assert.assertEquals(pairs.size(), expectedPairs);
+    }
+
+    @DataProvider(name = "testAnalyzeTableTwoRefsData")
+    public Object[][] testAnalyzeTableTwoReferencesData(){
+        return new Object[][]{
+                // table, set of expected statuses
+                new Object[]{ tableGenerator(Arrays.asList(new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta"),
+                                new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_chr2snp.fasta")),
+                        CompareReferences.MD5CalculationMode.USE_DICT),
+                        new HashSet<>(Arrays.asList(ReferencePair.Status.DIFFER_IN_SEQUENCE))
+                },
+                new Object[]{ tableGenerator(Arrays.asList(new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta"),
+                                new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_1renamed.fasta")),
+                        CompareReferences.MD5CalculationMode.USE_DICT),
+                        new HashSet<>(Arrays.asList(ReferencePair.Status.DIFFER_IN_SEQUENCE_NAMES))
+                },
+                new Object[]{ tableGenerator(Arrays.asList(new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta"),
+                                new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_missingchr3.fasta")),
+                        CompareReferences.MD5CalculationMode.USE_DICT),
+                        new HashSet<>(Arrays.asList(ReferencePair.Status.SUPERSET))
+                },
+                new Object[]{ tableGenerator(Arrays.asList(new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_missingchr3.fasta"),
+                                new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta")),
+                        CompareReferences.MD5CalculationMode.USE_DICT),
+                        new HashSet<>(Arrays.asList(ReferencePair.Status.SUBSET))
+                },
+                new Object[]{ tableGenerator(Arrays.asList(new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_missingchr1.fasta"),
+                                new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_missingchr3.fasta")),
+                        CompareReferences.MD5CalculationMode.USE_DICT),
+                        new HashSet<>(Arrays.asList(ReferencePair.Status.DIFFER_IN_SEQUENCES_PRESENT))
+                },
+                new Object[]{ tableGenerator(Arrays.asList(new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta"),
+                                new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta")),
+                        CompareReferences.MD5CalculationMode.USE_DICT),
+                        new HashSet<>(Arrays.asList(ReferencePair.Status.EXACT_MATCH))
+                },
+                new Object[]{ tableGenerator(Arrays.asList(new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_chr2snp.fasta"),
+                                new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_missingchr3.fasta")),
+                        CompareReferences.MD5CalculationMode.USE_DICT),
+                        new HashSet<>(Arrays.asList(ReferencePair.Status.DIFFER_IN_SEQUENCES_PRESENT, ReferencePair.Status.DIFFER_IN_SEQUENCE))
+                },
+                new Object[]{ tableGenerator(Arrays.asList(new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_missingchr1.fasta"),
+                                new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_missingchr1_renamedchr2.fasta")),
+                        CompareReferences.MD5CalculationMode.USE_DICT),
+                        new HashSet<>(Arrays.asList(ReferencePair.Status.DIFFER_IN_SEQUENCE_NAMES))
+                },
+        };
+    }
+
+    @Test(dataProvider = "testAnalyzeTableTwoRefsData")
+    public void testAnalyzeTableTwoReferences(ReferenceSequenceTable table, Set<ReferencePair.Status> expectedStatus){
+        List<ReferencePair> refPairs = table.analyzeTable();
+        for(ReferencePair pair : refPairs){
+            Assert.assertEquals(pair.getAnalysis(), expectedStatus);
+        }
+    }
+
+    private Map<ReferencePair, Set<ReferencePair.Status>> manuallySetReferencePairStatus(){
+        ReferenceSequenceTable table = tableGenerator(Arrays.asList(new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta"),
+                        new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_1renamed.fasta"),
+                        new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_chr2snp.fasta")),
+                CompareReferences.MD5CalculationMode.USE_DICT);
+
+        ReferencePair refPair1 = new ReferencePair(table, new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta"),
+                new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_1renamed.fasta"));
+        refPair1.removeStatus(ReferencePair.Status.EXACT_MATCH);
+        refPair1.addStatus(ReferencePair.Status.DIFFER_IN_SEQUENCE_NAMES);
+
+        ReferencePair refPair2 = new ReferencePair(table, new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta"),
+                new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_chr2snp.fasta"));
+        refPair2.removeStatus(ReferencePair.Status.EXACT_MATCH);
+        refPair2.addStatus(ReferencePair.Status.DIFFER_IN_SEQUENCE);
+
+        ReferencePair refPair3 = new ReferencePair(table, new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_1renamed.fasta"),
+                new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_chr2snp.fasta"));
+        refPair3.removeStatus(ReferencePair.Status.EXACT_MATCH);
+        refPair3.addStatus(ReferencePair.Status.DIFFER_IN_SEQUENCE_NAMES);
+        refPair3.addStatus(ReferencePair.Status.DIFFER_IN_SEQUENCE);
+
+        Map<ReferencePair, Set<ReferencePair.Status>> referencePairStatuses = new HashMap<>();
+            referencePairStatuses.put(refPair1, refPair1.getAnalysis());
+            referencePairStatuses.put(refPair2, refPair2.getAnalysis());
+            referencePairStatuses.put(refPair3, refPair3.getAnalysis());
+
+        return referencePairStatuses;
+    }
+
+    @DataProvider(name = "testAnalyzeTableMultipleRefsData")
+    public Object[][] testAnalyzeTableMultipleReferencesData(){
+        return new Object[][]{
+                new Object[]{tableGenerator(Arrays.asList(new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta"),
+                                new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_1renamed.fasta"),
+                                new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_chr2snp.fasta")),
+                        CompareReferences.MD5CalculationMode.USE_DICT), manuallySetReferencePairStatus()},
+        };
+    }
+
+    @Test(dataProvider = "testAnalyzeTableMultipleRefsData")
+    public void testAnalyzeTableMultipleReferences(ReferenceSequenceTable table, Map<ReferencePair, Set<ReferencePair.Status>> expectedStatus){
+        List<ReferencePair> refPairs = table.analyzeTable();
+        for(ReferencePair pair : refPairs){ ;
+            Assert.assertEquals(pair.getAnalysis(), expectedStatus.get(pair));
+        }
+    }
+
+}
diff --git a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/utils/reference/ReferenceUtilsUnitTest.java b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/utils/reference/ReferenceUtilsUnitTest.java
index d7b38c0e7bc..9816fa70233 100644
--- a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/utils/reference/ReferenceUtilsUnitTest.java
+++ b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/utils/reference/ReferenceUtilsUnitTest.java
@@ -1,7 +1,11 @@
 package org.broadinstitute.hellbender.utils.reference;
 
 import htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionary;
+import htsjdk.samtools.SAMSequenceRecord;
+import org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKPath;
+import org.broadinstitute.hellbender.engine.ReferenceDataSource;
 import org.broadinstitute.hellbender.exceptions.UserException;
+import org.broadinstitute.hellbender.utils.SimpleInterval;
 import org.broadinstitute.hellbender.utils.gcs.BucketUtils;
 import org.broadinstitute.hellbender.GATKBaseTest;
 import org.testng.Assert;
@@ -9,6 +13,7 @@
 import org.testng.annotations.DataProvider;
 
 import java.io.*;
+import java.util.Arrays;
 
 
 public class ReferenceUtilsUnitTest extends GATKBaseTest {
@@ -91,4 +96,27 @@ public void testLoadFastaDictionaryFromGCSBucket() throws IOException {
             Assert.assertEquals(dictionary.size(), 4, "Wrong sequence dictionary size after loading");
         }
     }
+
+    @DataProvider(name = "testCalculateMD5Data")
+    public Object[][] testCalculateMD5Data() {
+        return new Object[][]{
+                // reference
+                new Object[]{ new GATKPath("src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini.fasta")},
+                new Object[]{ new GATKPath("src/test/resources/large/Homo_sapiens_assembly38.20.21.fasta")},
+                //new Object[]{ new GATKPath(hg38Reference) },
+        };
+    }
+
+    @Test(dataProvider = "testCalculateMD5Data")
+    public void testCalculateMD5(GATKPath reference){
+        try(ReferenceDataSource source = ReferenceDataSource.of(reference.toPath())) {
+            final SAMSequenceDictionary dictionary = source.getSequenceDictionary();
+            for (SAMSequenceRecord record : dictionary.getSequences()) {
+                SimpleInterval interval = new SimpleInterval(record.getSequenceName(), 1, record.getSequenceLength());
+                String md5FromDict = record.getMd5();
+                String md5Calculated = ReferenceUtils.calculateMD5(reference, interval);
+                Assert.assertEquals(md5Calculated, md5FromDict, record.getSequenceName());
+            }
+        }
+    }
 }
diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/1.dict b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/1.dict
new file mode 100644
index 00000000000..a692d7a2680
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/1.dict
@@ -0,0 +1,2 @@
+@HD	VN:1.6
+@SQ	SN:1	LN:16000	M5:8c0c38e352d8f3309eabe4845456f274	UR:file:/Users/ocohen/workingcode/gatk/tempreferences/1.fasta
diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/1.fasta b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/1.fasta
new file mode 100644
index 00000000000..ec49effa189
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/1.fasta
@@ -0,0 +1,201 @@
+>1 dna:chromosome chromosome:GRCh37:1:1:16000:1
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+TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA
+ACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCTAAC
+CCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCC
+TAACCCTAAACCCTAAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCC
+CAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCC
+TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTCGCGGTACCCTC
+AGCCGGCCCGCCCGCCCGGGTCTGACCTGAGGAGAACTGTGCTCCGCCTTCAGAGTACCACCGAAATCTGTGCAGAGGAC
+AACGCAGCTCCGCCCTCGCGGTGCTCTCCGGGTCTGTGCTGAGGAGAACGCAACTCCGCCGTTGCAAAGGCGCGCCGCGC
+CGGCGCAGGCGCAGAGAGGCGCGCCGCGCCGGCGCAGGCGCAGAGAGGCGCGCCGCGCCGGCGCAGGCGCAGAGAGGCGC
+GCCGCGCCGGCGCAGGCGCAGAGAGGCGCGCCGCGCCGGCGCAGGCGCAGAGAGGCGCGCCGCGCCGGCGCAGGCGCAGA
+CACATGCTAGCGCGTCGGGGTGGAGGCGTGGCGCAGGCGCAGAGAGGCGCGCCGCGCCGGCGCAGGCGCAGAGACACATG
+CTACCGCGTCCAGGGGTGGAGGCGTGGCGCAGGCGCAGAGAGGCGCACCGCGCCGGCGCAGGCGCAGAGACACATGCTAG
+CGCGTCCAGGGGTGGAGGCGTGGCGCAGGCGCAGAGACGCAAGCCTACGGGCGGGGGTTGGGGGGGCGTGTGTTGCAGGA
+GCAAAGTCGCACGGCGCCGGGCTGGGGCGGGGGGAGGGTGGCGCCGTGCACGCGCAGAAACTCACGTCACGGTGGCGCGG
+CGCAGAGACGGGTAGAACCTCAGTAATCCGAAAAGCCGGGATCGACCGCCCCTTGCTTGCAGCCGGGCACTACAGGACCC
+GCTTGCTCACGGTGCTGTGCCAGGGCGCCCCCTGCTGGCGACTAGGGCAACTGCAGGGCTCTCTTGCTTAGAGTGGTGGC
+CAGCGCCCCCTGCTGGCGCCGGGGCACTGCAGGGCCCTCTTGCTTACTGTATAGTGGTGGCACGCCGCCTGCTGGCAGCT
+AGGGACATTGCAGGGTCCTCTTGCTCAAGGTGTAGTGGCAGCACGCCCACCTGCTGGCAGCTGGGGACACTGCCGGGCCC
+TCTTGCTCCAACAGTACTGGCGGATTATAGGGAAACACCCGGAGCATATGCTGTTTGGTCTCAGTAGACTCCTAAATATG
+GGATTCCTGGGTTTAAAAGTAAAAAATAAATATGTTTAATTTGTGAACTGATTACCATCAGAATTGTACTGTTCTGTATC
+CCACCAGCAATGTCTAGGAATGCCTGTTTCTCCACAAAGTGTTTACTTTTGGATTTTTGCCAGTCTAACAGGTGAAGCCC
+TGGAGATTCTTATTAGTGATTTGGGCTGGGGCCTGGCCATGTGTATTTTTTTAAATTTCCACTGATGATTTTGCTGCATG
+GCCGGTGTTGAGAATGACTGCGCAAATTTGCCGGATTTCCTTTGCTGTTCCTGCATGTAGTTTAAACGAGATTGCCAGCA
+CCGGGTATCATTCACCATTTTTCTTTTCGTTAACTTGCCGTCAGCCTTTTCTTTGACCTCTTCTTTCTGTTCATGTGTAT
+TTGCTGTCTCTTAGCCCAGACTTCCCGTGTCCTTTCCACCGGGCCTTTGAGAGGTCACAGGGTCTTGATGCTGTGGTCTT
+CATCTGCAGGTGTCTGACTTCCAGCAACTGCTGGCCTGTGCCAGGGTGCAAGCTGAGCACTGGAGTGGAGTTTTCCTGTG
+GAGAGGAGCCATGCCTAGAGTGGGATGGGCCATTGTTCATCTTCTGGCCCCTGTTGTCTGCATGTAACTTAATACCACAA
+CCAGGCATAGGGGAAAGATTGGAGGAAAGATGAGTGAGAGCATCAACTTCTCTCACAACCTAGGCCAGTAAGTAGTGCTT
+GTGCTCATCTCCTTGGCTGTGATACGTGGCCGGCCCTCGCTCCAGCAGCTGGACCCCTACCTGCCGTCTGCTGCCATCGG
+AGCCCAAAGCCGGGCTGTGACTGCTCAGACCAGCCGGCTGGAGGGAGGGGCTCAGCAGGTCTGGCTTTGGCCCTGGGAGA
+GCAGGTGGAAGATCAGGCAGGCCATCGCTGCCACAGAACCCAGTGGATTGGCCTAGGTGGGATCTCTGAGCTCAACAAGC
+CCTCTCTGGGTGGTAGGTGCAGAGACGGGAGGGGCAGAGCCGCAGGCACAGCCAAGAGGGCTGAAGAAATGGTAGAACGG
+AGCAGCTGGTGATGTGTGGGCCCACCGGCCCCAGGCTCCTGTCTCCCCCCAGGTGTGTGGTGATGCCAGGCATGCCCTTC
+CCCAGCATCAGGTCTCCAGAGCTGCAGAAGACGACGGCCGACTTGGATCACACTCTTGTGAGTGTCCCCAGTGTTGCAGA
+GGTGAGAGGAGAGTAGACAGTGAGTGGGAGTGGCGTCGCCCCTAGGGCTCTACGGGGCCGGCGTCTCCTGTCTCCTGGAG
+AGGCTTCGATGCCCCTCCACACCCTCTTGATCTTCCCTGTGATGTCATCTGGAGCCCTGCTGCTTGCGGTGGCCTATAAA
+GCCTCCTAGTCTGGCTCCAAGGCCTGGCAGAGTCTTTCCCAGGGAAAGCTACAAGCAGCAAACAGTCTGCATGGGTCATC
+CCCTTCACTCCCAGCTCAGAGCCCAGGCCAGGGGCCCCCAAGAAAGGCTCTGGTGGAGAACCTGTGCATGAAGGCTGTCA
+ACCAGTCCATAGGCAAGCCTGGCTGCCTCCAGCTGGGTCGACAGACAGGGGCTGGAGAAGGGGAGAAGAGGAAAGTGAGG
+TTGCCTGCCCTGTCTCCTACCTGAGGCTGAGGAAGGAGAAGGGGATGCACTGTTGGGGAGGCAGCTGTAACTCAAAGCCT
+TAGCCTCTGTTCCCACGAAGGCAGGGCCATCAGGCACCAAAGGGATTCTGCCAGCATAGTGCTCCTGGACCAGTGATACA
+CCCGGCACCCTGTCCTGGACACGCTGTTGGCCTGGATCTGAGCCCTGGTGGAGGTCAAAGCCACCTTTGGTTCTGCCATT
+GCTGCTGTGTGGAAGTTCACTCCTGCCTTTTCCTTTCCCTAGAGCCTCCACCACCCCGAGATCACATTTCTCACTGCCTT
+TTGTCTGCCCAGTTTCACCAGAAGTAGGCCTCTTCCTGACAGGCAGCTGCACCACTGCCTGGCGCTGTGCCCTTCCTTTG
+CTCTGCCCGCTGGAGACGGTGTTTGTCATGGGCCTGGTCTGCAGGGATCCTGCTACAAAGGTGAAACCCAGGAGAGTGTG
+GAGTCCAGAGTGTTGCCAGGACCCAGGCACAGGCATTAGTGCCCGTTGGAGAAAACAGGGGAATCCCGAAGAAATGGTGG
+GTCCTGGCCATCCGTGAGATCTTCCCAGGGCAGCTCCCCTCTGTGGAATCCAATCTGTCTTCCATCCTGCGTGGCCGAGG
+GCCAGGCTTCTCACTGGGCCTCTGCAGGAGGCTGCCATTTGTCCTGCCCACCTTCTTAGAAGCGAGACGGAGCAGACCCA
+TCTGCTACTGCCCTTTCTATAATAACTAAAGTTAGCTGCCCTGGACTATTCACCCCCTAGTCTCAATTTAAGAAGATCCC
+CATGGCCACAGGGCCCCTGCCTGGGGGCTTGTCACCTCCCCCACCTTCTTCCTGAGTCATTCCTGCAGCCTTGCTCCCTA
+ACCTGCCCCACAGCCTTGCCTGGATTTCTATCTCCCTGGCTTGGTGCCAGTTCCTCCAAGTCGATGGCACCTCCCTCCCT
+CTCAACCACTTGAGCAAACTCCAAGACATCTTCTACCCCAACACCAGCAATTGTGCCAAGGGCCATTAGGCTCTCAGCAT
+GACTATTTTTAGAGACCCCGTGTCTGTCACTGAAACCTTTTTTGTGGGAGACTATTCCTCCCATCTGCAACAGCTGCCCC
+TGCTGACTGCCCTTCTCTCCTCCCTCTCATCCCAGAGAAACAGGTCAGCTGGGAGCTTCTGCCCCCACTGCCTAGGGACC
+AACAGGGGCAGGAGGCAGTCACTGACCCCGAGACGTTTGCATCCTGCACAGCTAGAGATCCTTTATTAAAAGCACACTGT
+TGGTTTCTGCTCAGTTCTTTATTGATTGGTGTGCCGTTTTCTCTGGAAGCCTCTTAAGAACACAGTGGCGCAGGCTGGGT
+GGAGCCGTCCCCCCATGGAGCACAGGCAGACAGAAGTCCCCGCCCCAGCTGTGTGGCCTCAAGCCAGCCTTCCGCTCCTT
+GAAGCTGGTCTCCACACAGTGCTGGTTCCGTCACCCCCTCCCAAGGAAGTAGGTCTGAGCAGCTTGTCCTGGCTGTGTCC
+ATGTCAGAGCAACGGCCCAAGTCTGGGTCTGGGGGGGAAGGTGTCATGGAGCCCCCTACGATTCCCAGTCGTCCTCGTCC
+TCCTCTGCCTGTGGCTGCTGCGGTGGCGGCAGAGGAGGGATGGAGTCTGACACGCGGGCAAAGGCTCCTCCGGGCCCCTC
+ACCAGCCCCAGGTCCTTTCCCAGAGATGCCTGGAGGGAAAAGGCTGAGTGAGGGTGGTTGGTGGGAAACCCTGGTTCCCC
+CAGCCCCCGGAGACTTAAATACAGGAAGAAAAAGGCAGGACAGAATTACAAGGTGCTGGCCCAGGGCGGGCAGCGGCCCT
+GCCTCCTACCCTTGCGCCTCATGACCAGCTTGTTGAAGAGATCCGACATCAAGTGCCCACCTTGGCTCGTGGCTCTCACT
+GCAACGGGAAAGCCACAGACTGGGGTGAAGAGTTCAGTCACATGCGACCGGTGACTCCCTGTCCCCACCCCCATGACACT
+CCCCAGCCCTCCAAGGCCACTGTGTTTCCCAGTTAGCTCAGAGCCTCAGTCGATCCCTGACCCAGCACCGGGCACTGATG
+AGACAGCGGCTGTTTGAGGAGCCACCTCCCAGCCACCTCGGGGCCAGGGCCAGGGTGTGCAGCACCACTGTACAATGGGG
+AAACTGGCCCAGAGAGGTGAGGCAGCTTGCCTGGGGTCACAGAGCAAGGCAAAAGCAGCGCTGGGTACAAGCTCAAAACC
+ATAGTGCCCAGGGCACTGCCGCTGCAGGCGCAGGCATCGCATCACACCAGTGTCTGCGTTCACAGCAGGCATCATCAGTA
+GCCTCCAGAGGCCTCAGGTCCAGTCTCTAAAAATATCTCAGGAGGCTGCAGTGGCTGACCATTGCCTTGGACCGCTCTTG
+GCAGTCGAAGAAGATTCTCCTGTCAGTTTGAGCTGGGTGAGCTTAGAGAGGAAAGCTCCACTATGGCTCCCAAACCAGGA
+AGGAGCCATAGCCCAGGCAGGAGGGCTGAGGACCTCTGGTGGCGGCCCAGGGCTTCCAGCATGTGCCCTAGGGGAAGCAG
+GGGCCAGCTGGCAAGAGCAGGGGGTGGGCAGAAAGCACCCGGTGGACTCAGGGCTGGAGGGGAGGAGGCGATCTTGCCCA
+AGGCCCTCCGACTGCAAGCTCCAGGGCCCGCTCACCTTGCTCCTGCTCCTTCTGCTGCTGCTTCTCCAGCTTTCGCTCCT
+TCATGCTGCGCAGCTTGGCCTTGCCGATGCCCCCAGCTTGGCGGATGGACTCTAGCAGAGTGGCCAGCCACCGGAGGGGT
+CAACCACTTCCCTGGGAGCTCCCTGGACTGGAGCCGGGAGGTGGGGAACAGGGCAAGGAGGAAAGGCTGCTCAGGCAGGG
diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/1.fasta.fai b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/1.fasta.fai
new file mode 100644
index 00000000000..95b74106b4d
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/1.fasta.fai
@@ -0,0 +1 @@
+1	16000	48	80	81
diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/1renamed.fasta b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/1renamed.fasta
new file mode 100644
index 00000000000..8d2e3b9f6e5
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/1renamed.fasta
@@ -0,0 +1,201 @@
+>chr1 dna:chromosome chromosome:GRCh37:1:1:16000:1
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new file mode 100644
index 00000000000..d4f837587c1
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index 00000000000..1969d6e9642
--- /dev/null
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diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_missingchr1_renamedchr2.dict b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_missingchr1_renamedchr2.dict
new file mode 100644
index 00000000000..49eb4a0be44
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_missingchr1_renamedchr2.dict
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diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_missingchr1_renamedchr2.fasta b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_missingchr1_renamedchr2.fasta
new file mode 100644
index 00000000000..e4f71a43623
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_missingchr1_renamedchr2.fasta
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+TGGCCCCCAGTTGTCCCAAAATGAAGCAGTGCCCCCAACGTCTGTGGAGAGGCATGCGCTGCTCCACCTTCGGGATGTCC
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+GCAGCTGGGGACACTGCCGGCCACTCTTGCTCCAAGTGTAGTGGCTGTTGGCTCCCCTGCTGGCAGCTGGGGACACTGCC
+GGGCCCTCTTGCTTGCAGTTTACTGGGGGCACGCCCCCTTCTGGCCGCTTGGGGCACTACAGGATGCTCTTGCTCACAGT
+GTAGTGGCAGCTCGCCGCCTGCTGGCAACCAGGGTACTGCAGGGTTCTCTTGCTCATGGTGTGGTGCCCGTCCACCACCT
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new file mode 100644
index 00000000000..b17172d83fa
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_missingchr3.dict
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+@SQ	SN:4	LN:16000	M5:7d397ee919e379328d8f52c57a54c778	UR:file:/Users/ocohen/workingcode/gatk/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_missingchr3.fasta
diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_missingchr3.fasta b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/reference/CompareReferences/hg19mini_missingchr3.fasta
new file mode 100644
index 00000000000..d04428d0f33
--- /dev/null
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