From 33bafc50f3ea31327e72e3947be726370f483f7d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: tedsharpe Date: Thu, 1 Sep 2016 17:13:48 -0400 Subject: [PATCH] kill intervals with too few interesting kmers, add cigar to local assembly FASTQ. --- .../spark/sv/FindBreakpointEvidenceSpark.java | 153 ++-- .../tools/spark/sv/SVFastqUtils.java | 2 +- .../FindBreakpointEvidenceSparkUnitTest.java | 12 +- .../SVBreakpointsTest.assembly.0 | 560 ++++++------ .../SVBreakpointsTest.assembly.1 | 848 ------------------ 5 files changed, 388 insertions(+), 1187 deletions(-) delete mode 100644 src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/FindBreakpointEvidenceSpark/SVBreakpointsTest.assembly.1 diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/FindBreakpointEvidenceSpark.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/FindBreakpointEvidenceSpark.java index 3c1e67cd8db..2fac3a3f327 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/FindBreakpointEvidenceSpark.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/FindBreakpointEvidenceSpark.java @@ -15,7 +15,6 @@ import org.broadinstitute.hellbender.cmdline.Argument; import org.broadinstitute.hellbender.cmdline.CommandLineProgramProperties; import org.broadinstitute.hellbender.cmdline.StandardArgumentDefinitions; -import org.broadinstitute.hellbender.cmdline.programgroups.SparkProgramGroup; import org.broadinstitute.hellbender.cmdline.programgroups.StructuralVariationSparkProgramGroup; import org.broadinstitute.hellbender.engine.spark.GATKSparkTool; import org.broadinstitute.hellbender.exceptions.GATKException; @@ -40,24 +39,9 @@ public final class FindBreakpointEvidenceSpark extends GATKSparkTool { private static final long serialVersionUID = 1L; //--------- parameters ---------- - @VisibleForTesting static final Params defaultParams = - new Params( - SVConstants.KMER_SIZE, // kmer size - SVConstants.MIN_ENTROPY, // minimum kmer entropy - 20, // minimum map quality for evidential reads - 45, // minimum match length - 1000, // maximum coverage on breakpoint interval - 15, // minimum number of evidentiary reads in called cluster - 3, // maximum number of intervals a localizing kmer can appear in - 3, // KmerCleaner min kmer count - 125, // KmerCleaner max kmer count - 600000, // KmerCleaner guess for number of unique error-free kmers per partition - 500, // maximum template names for an assembly kmer - 250000, // guess for unique, error-free, scrubbed kmers per assembly partition - 7, // guess for ratio of total reads in assembly to evidentiary reads in interval - 100000000, // maximum FASTQ size - 0 // exclusion interval extra padding - ); + + // no-arg constructor for Params object establishes default values + @VisibleForTesting static final Params defaultParams = new Params(); @Argument(doc = "Kmer size.", fullName = "kSize") private int kSize = defaultParams.kSize; @@ -82,6 +66,9 @@ public final class FindBreakpointEvidenceSpark extends GATKSparkTool { fullName = "minEvidenceCount") private int minEvidenceCount = defaultParams.minEvidenceCount; + @Argument(doc = "Minimum number of localizing kmers in a valid interval.", fullName="minKmersPerInterval") + private int minKmersPerInterval = defaultParams.minKmersPerInterval; + @Argument(doc = "KmerCleaner maximum number of intervals for a localizing kmer.", fullName = "cleanerMaxIntervals") private int cleanerMaxIntervals = defaultParams.cleanerMaxIntervals; @@ -175,9 +162,10 @@ protected void runTool( final JavaSparkContext ctx ) { new Locations(metadataFile, evidenceDir, intervalFile, qNamesMappedFile, kmerFile, qNamesAssemblyFile, exclusionIntervalsFile); final Params params = - new Params(kSize, minEntropy, minEvidenceMapQ, minEvidenceMatchLength, maxIntervalCoverage, minEvidenceCount, - cleanerMaxIntervals, cleanerMinKmerCount, cleanerMaxKmerCount, cleanerKmersPerPartitionGuess, - maxQNamesPerKmer, assemblyKmerMapSize, assemblyToMappedSizeRatioGuess, maxFASTQSize, exclusionIntervalPadding); + new Params(kSize, minEntropy, minEvidenceMapQ, minEvidenceMatchLength, maxIntervalCoverage, + minEvidenceCount, minKmersPerInterval, cleanerMaxIntervals, cleanerMinKmerCount, + cleanerMaxKmerCount, cleanerKmersPerPartitionGuess, maxQNamesPerKmer, assemblyKmerMapSize, + assemblyToMappedSizeRatioGuess, maxFASTQSize, exclusionIntervalPadding); final PipelineOptions pipelineOptions = getAuthenticatedGCSOptions(); final JavaRDD unfilteredReads = getUnfilteredReads(); @@ -193,16 +181,21 @@ protected void runTool( final JavaSparkContext ctx ) { final HopscotchUniqueMultiMap qNamesMultiMap = intervalsAndQNameMap._2; // supplement the template names with other reads that share kmers - if ( !intervalOnlyAssembly ) - addAssemblyQNames(params, ctx, kmersToIgnoreFile, qNamesMultiMap, allPrimaryLines, locations, pipelineOptions); + final Map intervalDispositions; + if ( intervalOnlyAssembly ) { + intervalDispositions = new HashMap<>(); + } else { + intervalDispositions = addAssemblyQNames(params, ctx, kmersToIgnoreFile, qNamesMultiMap, intervals.size(), + allPrimaryLines, locations, pipelineOptions); + } // write a FASTQ file for each interval final String outDir = outputDir; final int maxFastqSize = maxFASTQSize; final boolean includeMapLoc = includeMappingLocation; - final List> intervalDispositions = + intervalDispositions.putAll( generateFastqs(ctx, qNamesMultiMap, allPrimaryLines, intervals.size(), includeMapLoc, - intervalAndFastqBytes -> writeFastq(intervalAndFastqBytes, outDir, maxFastqSize)); + intervalAndFastqBytes -> writeFastq(intervalAndFastqBytes, outDir, maxFastqSize))); // record the intervals if ( locations.intervalFile != null ) { @@ -217,24 +210,16 @@ private static void writeIntervalFile( final String intervalFile, final PipelineOptions pipelineOptions, final SAMFileHeader header, final List intervals, - final List> intervalDispositions ) { - final int nIntervals = intervals.size(); - final String[] dispositions = new String[nIntervals]; - for ( final Tuple2 tuple : intervalDispositions ) { - final int intervalId = tuple._1(); - if ( intervalId < 0 || intervalId >= nIntervals ) { - throw new GATKException("Unexpected intervalId among dispositions: "+intervalId); - } - dispositions[tuple._1()] = tuple._2(); - } + final Map intervalDispositions ) { try (final OutputStreamWriter writer = new OutputStreamWriter(new BufferedOutputStream( BucketUtils.createFile(intervalFile, pipelineOptions)))) { final List contigs = header.getSequenceDictionary().getSequences(); + final int nIntervals = intervals.size(); for ( int intervalId = 0; intervalId != nIntervals; ++intervalId ) { final SVInterval interval = intervals.get(intervalId); final String seqName = contigs.get(interval.getContig()).getSequenceName(); - String disposition = dispositions[intervalId]; + String disposition = intervalDispositions.get(intervalId); if ( disposition == null ) disposition = "unknown"; writer.write(intervalId + "\t" + seqName + ":" + interval.getStart() + "-" + interval.getEnd() + "\t" + @@ -321,12 +306,15 @@ private static void writeMetadata( final ReadMetadata readMetadata, * Kmerize each read mapped into a breakpoint interval, * get the template names of all reads sharing these kmers (regardless of where or if they're mapped), * and add these template names to the set of names for each interval. + * Intervals having too many reads are killed. + * The return is a description (as intervalId and explanatory String) of the intervals that were killed. */ - private void addAssemblyQNames( + private Map addAssemblyQNames( final Params params, final JavaSparkContext ctx, final String kmersToIgnoreFile, final HopscotchUniqueMultiMap qNamesMultiMap, + final int nIntervals, final JavaRDD allPrimaryLines, final Locations locations, final PipelineOptions pipelineOptions ) @@ -334,12 +322,14 @@ private void addAssemblyQNames( final JavaRDD goodPrimaryLines = allPrimaryLines.filter(read -> !read.isDuplicate() && !read.failsVendorQualityCheck()); + final Tuple2, HopscotchUniqueMultiMap> kmerIntervalsAndDispositions = + getKmerAndIntervalsSet(params, ctx, kmersToIgnoreFile, qNamesMultiMap, nIntervals, + goodPrimaryLines, locations, pipelineOptions); qNamesMultiMap.addAll( getAssemblyQNames( params, ctx, - getKmerAndIntervalsSet(params, ctx, kmersToIgnoreFile, qNamesMultiMap, - goodPrimaryLines, locations, pipelineOptions), + kmerIntervalsAndDispositions._2(), goodPrimaryLines)); if ( locations.qNamesAssemblyFile != null ) { @@ -347,18 +337,23 @@ private void addAssemblyQNames( } log("Discovered "+qNamesMultiMap.size()+" unique template names for assembly."); + return kmerIntervalsAndDispositions._1(); } /** * Kmerize reads having template names in a given set, - * filter out kmers that appear too often in this read set or in the genome to be helpful in localizing reads, - * and return the set of kmers that appear in each interval. + * filter out low complexity kmers and kmers that appear too often in the genome to be helpful in localizing reads, + * kill intervals that have too few surviving kmers. + * The return is a Tuple2 in which + * _1 describes the intervals that have been killed for having too few kmers (as a map from intervalId onto an explanatory string), + * and _2 describes the good kmers that we want to use in local assemblies (as a multimap from kmer onto intervalId). */ - private HopscotchUniqueMultiMap getKmerAndIntervalsSet( + private Tuple2, HopscotchUniqueMultiMap> getKmerAndIntervalsSet( final Params params, final JavaSparkContext ctx, final String kmersToIgnoreFile, final HopscotchUniqueMultiMap qNamesMultiMap, + final int nIntervals, final JavaRDD goodPrimaryLines, final Locations locations, final PipelineOptions pipelineOptions ) @@ -366,19 +361,20 @@ private HopscotchUniqueMultiMap getKmerAndInte final Set kmerKillSet = SVUtils.readKmersFile(params.kSize, kmersToIgnoreFile, pipelineOptions); log("Ignoring " + kmerKillSet.size() + " genomically common kmers."); + final Tuple2, List> kmerIntervalsAndDispositions = + getKmerIntervals(params, ctx, qNamesMultiMap, nIntervals, kmerKillSet, goodPrimaryLines, locations, pipelineOptions); final HopscotchUniqueMultiMap kmerMultiMap = - new HopscotchUniqueMultiMap<>( - getKmerIntervals(params, ctx, qNamesMultiMap, kmerKillSet, goodPrimaryLines, locations, pipelineOptions)); + new HopscotchUniqueMultiMap<>(kmerIntervalsAndDispositions._2()); log("Discovered " + kmerMultiMap.size() + " kmers."); - return kmerMultiMap; + return new Tuple2<>(kmerIntervalsAndDispositions._1(), kmerMultiMap); } /** * Transform all the reads for a supplied set of template names in each inverval into FASTQ records * for each interval, and do something with the list of FASTQ records for each interval (like write it to a file). */ - @VisibleForTesting static List> generateFastqs(final JavaSparkContext ctx, + @VisibleForTesting static Map generateFastqs(final JavaSparkContext ctx, final HopscotchUniqueMultiMap qNamesMultiMap, final JavaRDD reads, final int nIntervals, @@ -388,7 +384,7 @@ private HopscotchUniqueMultiMap getKmerAndInte ctx.broadcast(qNamesMultiMap); final int nPartitions = reads.partitions().size(); - final List> intervalDispositions = + final Map intervalDispositions = reads .mapPartitionsToPair(readItr -> new ReadsForQNamesFinder(broadcastQNamesMultiMap.value(), nIntervals, @@ -398,7 +394,9 @@ private HopscotchUniqueMultiMap getKmerAndInte FindBreakpointEvidenceSpark::combineLists, new HashPartitioner(nPartitions), false, null) .map(fastqHandler) - .collect(); + .collect() + .stream() + .collect(Collectors.toMap(Tuple2::_1, Tuple2::_2)); broadcastQNamesMultiMap.destroy(); @@ -462,10 +460,11 @@ private static List combineLists( final List list1, final List getKmerIntervals( + @VisibleForTesting static Tuple2, List> getKmerIntervals( final Params params, final JavaSparkContext ctx, final HopscotchUniqueMultiMap qNamesMultiMap, + final int nIntervals, final Set kmerKillSet, final JavaRDD reads, final Locations locations, @@ -496,11 +495,33 @@ private static List combineLists( final List list1, final List intervalsToKill = new HashSet<>(); + final Map intervalDispositions = new HashMap<>(); + for ( int idx = 0; idx != nIntervals; ++idx ) { + if ( intervalKmerCounts[idx] < params.minKmersPerInterval ) { + intervalsToKill.add(idx); + intervalDispositions.put(idx, "FASTQ not written -- too few kmers"); + } + } + + final Iterator itr = qNamesMultiMap.iterator(); + while ( itr.hasNext() ) { + if ( intervalsToKill.contains(itr.next().getIntervalId()) ) itr.remove(); + } + + final List filteredKmerIntervals = kmerIntervals.stream() + .filter(kmerAndInterval -> !intervalsToKill.contains(kmerAndInterval.getIntervalId())) + .collect(SVUtils.arrayListCollector(kmerIntervals.size())); + // record the kmers with their interval IDs if ( locations.kmerFile != null ) { try (final OutputStreamWriter writer = new OutputStreamWriter(new BufferedOutputStream( BucketUtils.createFile(locations.kmerFile, pipelineOptions)))) { - for (final KmerAndInterval kmerAndInterval : kmerIntervals) { + for (final KmerAndInterval kmerAndInterval : filteredKmerIntervals) { writer.write(kmerAndInterval.toString(kSize) + " " + kmerAndInterval.getIntervalId() + "\n"); } } catch (final IOException ioe) { @@ -508,7 +529,7 @@ private static List combineLists( final List list1, final List(intervalDispositions, filteredKmerIntervals); } private List removeIntervalsNearGapsAndLog( final List intervals, @@ -727,6 +748,7 @@ public Locations( final String metadataFile, final String evidenceDir, final Str public final int minEvidenceMatchLength; public final int maxIntervalCoverage; public final int minEvidenceCount; + public final int minKmersPerInterval; public final int cleanerMaxIntervals; public final int cleanerMinKmerCount; public final int cleanerMaxKmerCount; @@ -737,18 +759,38 @@ public Locations( final String metadataFile, final String evidenceDir, final Str public final int maxFASTQSize; public final int exclusionIntervalPadding; + public Params() { + kSize = SVConstants.KMER_SIZE; // kmer size + minEntropy = SVConstants.MIN_ENTROPY; // minimum kmer entropy + minEvidenceMapQ = 20; // minimum map quality for evidential reads + minEvidenceMatchLength = 45; // minimum match length + maxIntervalCoverage = 1000; // maximum coverage on breakpoint interval + minEvidenceCount = 15; // minimum number of evidentiary reads in called cluster + minKmersPerInterval = 20; // minimum number of good kmers in a valid interval + cleanerMaxIntervals = 3; // KmerCleaner maximum number of intervals a localizing kmer can appear in + cleanerMinKmerCount = 3; // KmerCleaner min kmer count + cleanerMaxKmerCount = 125; // KmerCleaner max kmer count + cleanerKmersPerPartitionGuess = 600000; // KmerCleaner guess for number of unique error-free kmers per partition + maxQNamesPerKmer = 500; // maximum template names for an assembly kmer + assemblyKmerMapSize = 250000; // guess for unique, error-free, scrubbed kmers per assembly partition + assemblyToMappedSizeRatioGuess = 7; // guess for ratio of total reads in assembly to evidentiary reads in interval + maxFASTQSize = 10000000; // maximum FASTQ size + exclusionIntervalPadding = 0; // exclusion interval extra padding + } + public Params( final int kSize, final double minEntropy, final int minEvidenceMapQ, final int minEvidenceMatchLength, final int maxIntervalCoverage, final int minEvidenceCount, - final int cleanerMaxIntervals, final int cleanerMinKmerCount, + final int minKmersPerInterval, final int cleanerMaxIntervals, final int cleanerMinKmerCount, final int cleanerMaxKmerCount, final int cleanerKmersPerPartitionGuess, - final int maxQNamesPerKmer, final int asemblyKmerMapSize, final int assemblyToMappedSizeRatioGuess, final int maxFASTQSize, - final int exclusionIntervalPadding ) { + final int maxQNamesPerKmer, final int asemblyKmerMapSize, final int assemblyToMappedSizeRatioGuess, + final int maxFASTQSize, final int exclusionIntervalPadding ) { this.kSize = kSize; this.minEntropy = minEntropy; this.minEvidenceMapQ = minEvidenceMapQ; this.minEvidenceMatchLength = minEvidenceMatchLength; this.maxIntervalCoverage = maxIntervalCoverage; this.minEvidenceCount = minEvidenceCount; + this.minKmersPerInterval = minKmersPerInterval; this.cleanerMaxIntervals = cleanerMaxIntervals; this.cleanerMinKmerCount = cleanerMinKmerCount; this.cleanerMaxKmerCount = cleanerMaxKmerCount; @@ -1243,7 +1285,6 @@ private static final class ReadsForQNamesFinder { private final int nReadsPerInterval; private final boolean includeMappingLocation; - @SuppressWarnings("unchecked") ReadsForQNamesFinder( final HopscotchUniqueMultiMap qNamesMultiMap, final int nIntervals, final boolean includeMappingLocation ) { this.qNamesMultiMap = qNamesMultiMap; diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/SVFastqUtils.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/SVFastqUtils.java index 5fad7035a48..9f8a1353520 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/SVFastqUtils.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/SVFastqUtils.java @@ -22,7 +22,7 @@ public static byte[] readToFastqRecord( final GATKRead read, final boolean inclu String mapLoc = ""; if ( includeMappingLocation ) { if ( read.isUnmapped() ) mapLoc = " mapping=unmapped"; - else mapLoc = " mapping=" + read.getContig() + ":" + read.getStart(); + else mapLoc = " mapping=" + read.getContig() + ":" + read.getStart() + ";" + read.getCigar().toString(); } final String rec = "@" + read.getName() + nameSuffix + mapLoc + "\n" + diff --git a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/FindBreakpointEvidenceSparkUnitTest.java b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/FindBreakpointEvidenceSparkUnitTest.java index 83d3a919860..cb2a9520503 100644 --- a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/FindBreakpointEvidenceSparkUnitTest.java +++ b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/FindBreakpointEvidenceSparkUnitTest.java @@ -71,13 +71,20 @@ public void getKmerIntervalsTest() { final HopscotchUniqueMultiMap qNameMultiMap = new HopscotchUniqueMultiMap<>(expectedAssemblyQNames.size()); + + // an empty qname map should produce a "too few kmers" disposition for the interval + Map dispositions = + FindBreakpointEvidenceSpark.getKmerIntervals(params, ctx, qNameMultiMap, 1, Collections.emptySet(), reads, locations, null)._1(); + Assert.assertEquals(dispositions.size(), 1); + Assert.assertTrue(dispositions.get(0).contains("too few")); + expectedQNames.stream() .map(qName -> new FindBreakpointEvidenceSpark.QNameAndInterval(qName, 0)) .forEach(qNameMultiMap::add); final HopscotchUniqueMultiMap actualKmerAndIntervalSet = new HopscotchUniqueMultiMap<>( - FindBreakpointEvidenceSpark.getKmerIntervals(params, ctx, qNameMultiMap, new HopscotchSet<>(0), - reads, locations, null)); + FindBreakpointEvidenceSpark.getKmerIntervals(params, ctx, qNameMultiMap, 1, new HopscotchSet<>(0), + reads, locations, null)._2()); final Set expectedKmers = SVUtils.readKmersFile(params.kSize, kmersFile, null); Assert.assertEquals(expectedKmers.size(), actualKmerAndIntervalSet.size()); for ( final FindBreakpointEvidenceSpark.KmerAndInterval kmerAndInterval : actualKmerAndIntervalSet ) { @@ -124,6 +131,7 @@ private static Tuple2 compareFastqs( System.arraycopy(fastq, 0, concatenatedFastqs, idx, fastq.length); idx += fastq.length; } + String expectedFile = fastqFile+intervalAndFastqBytes._1(); final ByteArrayInputStream actualStream = new ByteArrayInputStream(concatenatedFastqs); try( InputStream expectedStream = new BufferedInputStream(new FileInputStream(expectedFile)) ) { diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/FindBreakpointEvidenceSpark/SVBreakpointsTest.assembly.0 b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/FindBreakpointEvidenceSpark/SVBreakpointsTest.assembly.0 index 3f888962bfd..31d5d39b5f3 100644 --- a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/FindBreakpointEvidenceSpark/SVBreakpointsTest.assembly.0 +++ b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/FindBreakpointEvidenceSpark/SVBreakpointsTest.assembly.0 @@ -1,1120 +1,1120 @@ -@H03FTALXX141016:4:1103:22254:17641/1 mapping=2:33140992 +@H03FTALXX141016:4:1103:22254:17641/1 mapping=2:33140992;151M TCCCTCCTTCCTTCTTTCCTTCTTCTCTCCTTTCTCCTTCTTTCCTTTCCTCCTTCCTCCCTCCCTTCCTCCTTCCCTCCTGCTCTACTTCCTTCCCTCTCTCTCTCTTTCCTTTCCTTCTTTCCCTCCTTCCTTCTTTCCTTCTTTCCTT + >;<=>@@@?@@@@@@@????>??>?>?>????>?>???>??>=>>>>=>>=>>>=>>=>>>=>>>>=>>=>>>=>>>=>>>>>======<===<===<=<=<=<=<===<====<===<===<===<===<===<===<===<=>?>?>>> -@H03FTALXX141016:4:1103:22254:17641/2 mapping=2:33140740 +@H03FTALXX141016:4:1103:22254:17641/2 mapping=2:33140740;151M TCATCATCTACTTTGCTGCACAGTTAGAAATCAGAATCCATTCTCCTCGCTCCAGAAGATGGAATTTGAGTATTTGGTAGTTTGTACTTTTTGTCACCTGTTAACATTTCACCATCTTCTTGGACCTTCACCTCCTTCTTCATCTTCTCTT + <;<=>><<==<=========<======<==<<==<=<<==<><=<;?<8==<=>=<==<<===>=>>><>>>=>>>>>>>>>>>>>=>>>>>>>=>=>@?????>?>@@??>.???@>);@@?==.-89@7-AA?8@@@@>?8>< -@H03FTALXX141016:4:1103:30749:44838/1 mapping=2:33141143 +@H03FTALXX141016:4:1103:30749:44838/1 mapping=2:33141143;29S108M14S ATCTTTCATCTTTTGTTCTCTCCTCCTTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCCCTTCCCTCCTTCCTTCCTTCCCTCCCTTCCTTCCTTCCTTCTTTCCTTCCTCCCTCCCTCCCTCCCCCTTCCCTCCCTCCCTTCCTTCCTTCTTTTTTACTTC + ?:<>:@>A?@AA@=?@@?>?>??>??@>???>???>???>??>=>>>>>>=>>>=>>>=>>>=>>>=>>>=>>>>=>>>=>>>====<===<===<==<===<===<===<======<===<===<====<===<=========>?>?2=> -@H03FTALXX141016:4:1103:30749:44838/2 mapping=2:33140865 +@H03FTALXX141016:4:1103:30749:44838/2 mapping=2:33140865;92M59S CTTCACTTACTTCTTCATCTTCTCTTCCTTATCCTCTTCCTTCTTCTTCCCTTCTTTAATCTTTCATCTTTTGTTCTCTCCTCCTTACCTCCTCCCTTCCCATCCCCCTTCCACCCTTCTTTCTTTCTCCTCTTCTTTTCTTTCTTCTTTT + <=<)8?=<==;<<;=><=?>>>*=*6<+86;;;7?################################################################## -@H03FTALXX141016:4:1108:21503:10292/1 mapping=2:33140685 +@H03FTALXX141016:4:1108:21503:10292/1 mapping=2:33140685;151M TATACCTAGATTTTTCCTTGTTCTCTAACTTACTGTAGGCTCCAGTTTTCCCTTTTCATCATCTACTTTGCTGCACAGTTAGAAATCAGAATCCATTCTCCTCGCTCCAGAAGATGGAATTTGAGTATTTGGTAGTTTGTACTTTTTGTCA + >==?=?>==<<==:=<======<=<===<===<========<=======<======<=<8=<<==<=>>>>>>>>=>>>>>>=>>==>>=>==>>=>=>=;>=6<>>>>>>??>>@@>?>???>??@>???A??@@@@@@??B@A@?7;<@ -@H03FTALXX141016:4:1108:21503:10292/2 mapping=2:33140950 +@H03FTALXX141016:4:1108:21503:10292/2 mapping=2:33140950;151M TCCCTCCCTCCCTCCTTCCTTCCCTCCCTCTCCTTCTTACCTTCCCTCCTTCCTTCTTTCCTTCTTCTCTCCTTTCTCCTTCTTTCCTTTCCTCCTTCCTCCCTCCCTTCCTCCTTCCCTCCTGCTCTACTTCCTTCCCTCTCTCTCTCTT + 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