time ./src/slivarpkg/ddc data/rgp.15.X.bcf data/rgp.ped
--chrom "chr15"
--exclude /data/human/LCR-hs38.bed.gz
--info-fixed "VQSLOD > 0"
--info QD
--info '^+ClippingRankSum'
--info '^+ReadPosRankSum'
--info '^+MQRankSum'
--info '^+BaseQRankSum'
--info '^FS'
--info '^ExcessHet'
--info DP
--info '^SOR'
--info VQSLOD
--info QUAL
--fmt-fixed-het 'AB>=0.2'
--fmt-fixed-het 'GQ>=20'
--fmt-fixed-hom-ref 'GQ>=20'
--fmt-fixed-hom-ref 'AB < 0.015' \
exit
DONE
time ./src/slivarpkg/ddc ceph/ceph.small.bcf ceph/ceph-subset.ped
--chrom "15"
--exclude /data/human/LCR-hs37d5.bed.gz
--info QD
--info '^+ClippingRankSum'
--info '^+ReadPosRankSum'
--info '^+MQRankSum'
--info '^+BaseQRankSum'
--info '^FS'
--info '^ExcessHet'
--info DP
--info '^SOR'
--info VQSLOD
--info QUAL
--fmt-fixed-het 'AB>=0.2'
--fmt-fixed-het 'GQ>=20'
--fmt-fixed-hom-ref 'GQ>=20'
--fmt-fixed-hom-ref 'AB < 0.015' \