Skip to content

Latest commit

 

History

History
119 lines (67 loc) · 3.73 KB

readme.md

File metadata and controls

119 lines (67 loc) · 3.73 KB
Raw

Sessió 12. Biopython. Capítol 9, lectura de fitxers de l'NCBI Entrez des de la API i alineament de seqüències (2023-02-10)

Els codis que vam seguir ahir:

Entrez Intro PY

Resum funcions:

EInfo (9.2 EInfo + writing to disk) Mètode tipus GET. Conté informació d'ORGANISMES =ORGN

ESearch (9.3 ESearch) és un mètode tipus (GET)

Entrez retorna XML.

Amb la funció read d'Entrez es parseja l'XML i retorna un diccionari {}.

Aquest conté llista d'Accession Numbers (idList) en comptes de retornar les cadenes dirèctament.

9.4 EPost and 9.6 EFetch

EPost és un mètode tipus (POST)

Ens permet pujar a l'NCBI la nstta idList (Accession Numbers)

Es important que la llista sigui de menys de 200 id; per no estressar serveis NCBI.

Ens retorna un Id de Sessió.

EFetch recull les dades usant l' idSessió.

Baixar els fitxers fasta demanats anteriorment a l'EPost.

Els codis que seguirem avui:

Entrez Functions folder

Tenim diversos exemples de:

  • EInfo
  • ESearch
  • EFetch

A l'EFetch hi ha uns fitxers d'Utils que llegeixen directament els fitxers del disc.

L'utils de l'Efetch 3 és el més complet i interessant per a fer pràctiques. Per exemple; només fa la petició a NCBI si no existeix el fitxer XML al disc.

I per a què ens serveix el codi ? Alineament de seqüències.

La genòmica ha pogut aplicar-se gràcies al projecte del Gènoma Humà (2001), als repositoris accessibles mundialment com l'NCBI i les dades obertes de llocs com la WHO i a les tècniques d'alineament de seqüències.

L'alineament serveix per a trobar similitud (distància) entre dues seqüències.

A biologia s'han vist els alineaments per parelles de seq. = PAIRWISE

Exemple seqA. GAT Exemple seqB. GATA

Normalment la longitud és diferent (habitual) i necessitem algoritmes avançats.

Si fos igual seria més fàcil (comparem lletra a lletra).

  • Global Alignement. Needleman-Wunsch

    • Va bé per a cadenes de longitud similar (no igual).
    • No forcem a que els extrens coincideixin.
    • El global intenta alinear les dues seqüències de extrem a extrem.
    • Exemple: GATAGATA alineat GATA--TA

  • Local Alignement. Smith - Waterman

    • És una adaptació de l'algoritme de Needleman.
    • És ideal quan només disposem un tros petit de seqüència.
    • Exemple GATATA alineat GATA-A-- (la T no) s'utilitza quant les diferencies de longitud son grans
    • L'utilitza la policía científica.

Com funcionen els algorismes per dins ?

Com traiem l'score (la puntuació) de la diferència de les 2 seqüències ?

Recomanació: Millor alineament de proteïnes que de nucleòtids (A,C...).

Sempre que poguem, fem alineació de proteïnes.

Perquè tenen més lletres, i llavors les diferències són molt més marcades.

També tenen menys cost computacional.

Alineament de més de dos parelles de seqüències. BLAST.

També podem fer alineament de moltes parelles de seqüències (clustal):

Exemple seqA. GAT Exemple seqB. GATA Exemple seqC. ATGC

Un cop tenim aquesta taula podem crear arbres filogenètics per a comparar espècies. És una pena que no hem arribat a temps per abordar la creació d'aquests arbres.

Matriu BLOSUM62.

[Blosum62-dayhoff-ordering.svg]

Sempre usar aquesta matriu per a l'alineament de proteines.

Codi de tots els alineaments:

El codi font a pairwise.py conté la impementació de tots els algorismes d'alineament de seqüències que necessitareu per a la pràctica.

També explica com funcionen per dins.

Referències:

https://bioinf.comav.upv.es/courses/intro_bioinf/alineamientos.html