diff --git a/content/english/dashboards/npc-statistics.md b/content/english/dashboards/npc-statistics.md index e298cbb3..c7146393 100644 --- a/content/english/dashboards/npc-statistics.md +++ b/content/english/dashboards/npc-statistics.md @@ -4,12 +4,13 @@ description: The national Pandemic Centre (NPC) conducted testing related to SAR banner: /dashboard_thumbs/NPC_logo.png banner_border: true menu: - dashboard_menu: - identifier: npc-statistics - name: "National Pandemic Centre (Historic)" + dashboard_menu: + identifier: npc-statistics + name: "SARS-CoV-2 tests at National Pandemic Centre" toc: false +plotly: true aliases: - - /data_types/health_data/npc-statistics/ + - /data_types/health_data/npc-statistics/ dashboards_topics: [COVID-19, Infectious diseases] --- @@ -19,131 +20,94 @@ dashboards_topics: [COVID-19, Infectious diseases] KI Press Release -The dataset visualised in the graphs on this page is available [here](https://datagraphics.dc.scilifelab.se/dataset/bbbaf64a25a1452287a8630503f07418). The numbers reported here were compiled automatically and, as such, might not correspond to -the numbers reported through other sources for different reasons. +The dataset visualised in the graphs on this page is available [on SciLifeLab's Blobserver](https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/NPC-statistics-data-set.csv). The numbers reported here were compiled automatically and, as such, might not correspond to the numbers reported through other sources for different reasons. #### Total NPC test numbers The total number of SARS-CoV-2 (COVID-19) tests conducted at the national Pandemic Centre (NPC) since the start of the pandemic, separated according to whether the results were positive, negative, or invalid/inconclusive. -Source code for the below graph is available [here](https://datagraphics.dc.scilifelab.se/graphic/ba0b27320fe74ad0aef59a26be6c37f1). - -
- Scroll the plot sideways to view all data. +
+ Rotating your phone may improve graph layout
-
-
+
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/npc_total_tests.json" height="200px">}}
+**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/npctests/npc_total_tests.py). + #### NPC test numbers The number of SARS-CoV-2 (COVID-19) tests ran daily or weekly, divided according to whether results were positive, negative, or invalid/inconclusive. -Source code is available for both the [daily](https://datagraphics.dc.scilifelab.se/graphic/ddb1119aefce47d58d0b3a49e98b4fcc) and [weekly](https://datagraphics.dc.scilifelab.se/graphic/1f2322f4301c4773878c956c578e8caf) graphs below. - -
-
-
-
- Scroll the plot sideways to view all data. -
-
-
-
+##### Daily + +
+ Rotating your phone may improve graph layout
-
-
-
-
- Scroll the plot sideways to view all data. -
-
-
-
+ +
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/npc_tests_daily.json" height="350px">}}
-#### NPC tests positive fraction +**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/npctests/npc_tests_daily.py). -The fraction of daily or weekly SARS-CoV-2 (COVID-19) tests that were positive, -as percentage of all tests conducted (excluding invalid/inconclusive). - -Source code is available for both the [daily](https://datagraphics.dc.scilifelab.se/graphic/b31c50be59c84c93986c25b052115a65) and [weekly](https://datagraphics.dc.scilifelab.se/graphic/7f27ae237b8146a498ab4014aadc35db) graphs below. - -
-
-
- Scroll the plot sideways to view all data. -
-
-
-
-

*Note that as the number of reported analyses vary, some days may have a low number of samples, affecting the statistics a lot for that day, e.g. August 24th where only seven samples were reported, all positive.

+##### Weekly + +
+ Rotating your phone may improve graph layout
-
-
-
- Scroll the plot sideways to view all data. -
-
-
-
+ +
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/npc_tests_weekly.json" height="350px">}}
-#### Cumulative NPC test numbers +**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/npctests/npc_tests_weekly.py). -The sum of all SARS-CoV-2 (COVID-19) virus tests conducted at NPC since the -start of the pandemic, as a function of date, and divided according to whether results were positive, negative, or invalid/inconclusive. +#### NPC tests positive fraction -Source code for the below graph is available [here](https://datagraphics.dc.scilifelab.se/graphic/9145856246004419983d39fcf56d9eb6). +The fraction of daily or weekly SARS-CoV-2 (COVID-19) tests that were positive, +as percentage of all tests conducted **(excluding invalid/inconclusive)**. + +##### Daily + +
+ Rotating your phone may improve graph layout +
-
- Scroll the plot sideways to view all data. +
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/npc_positiveTests_fraction_daily.json" height="350px">}}
-
-
+**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/npctests/npc_positiveTests_fraction_daily.py). + +##### Weekly + +
+ Rotating your phone may improve graph layout
-The National Pandemic Centre (NPC) was a facility for -[SARS-CoV-2 (COVID-19) testing](https://ki.se/mtc/ctmr-and-covid-19) -established within the -[Centre for Translational Microbiome Research (CTMR)](https://ki.se/en/research/centre-for-translational-microbiome-research-ctmr) -at -[Karolinska Institutet (KI)](https://ki.se/en)/[SciLifeLab](https://www.scilifelab.se/). -At the end of March 2020, the large-scale microbiome research lab was -quickly converted into a centre to assist Sweden with analysing -SARS-CoV-2 tests. This was made possible by a donation from the -[Knut and Alice Wallenberg Foundation (KAW)](https://kaw.wallenberg.org/en) and a previously established collaboration with -[MGI Tech](https://en.mgitech.cn/) in Shenzen, China. The NPC initially helped to expand the RNA-extraction capacity at Karolinska -Universitets laboratoriet. However, it quickly expanded into a facility that increased the testing capacity across all regions of Sweden. +
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/npc_positiveTests_fraction_weekly.json" height="350px">}}
+
-The final capacity of the National Pandemic Centre at KI/SciLifeLab -was approximately 10,000 tests per day. The results were typically -returned within 24 hours of the sample arriving to the lab. NPC -exclusively performed PCR-based analyses, not serological -(antibody-based) analyses. +**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/npctests/npc_positiveTests_fraction_weekly.py). - - - +#### Cumulative NPC test numbers - +The sum of all SARS-CoV-2 (COVID-19) virus tests conducted at NPC since the +start of the pandemic, as a function of date, and divided according to whether results were positive, negative, or invalid/inconclusive. - +
+ Rotating your phone may improve graph layout +
- +
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/npc_cumulative_tests.json" height="550px">}}
+
- +**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/npctests/npc_cumulative_tests.py). - +The National Pandemic Centre (NPC) was a facility for [SARS-CoV-2 (COVID-19) testing](https://ki.se/mtc/ctmr-and-covid-19) established within the [Centre for Translational Microbiome Research (CTMR)](https://ki.se/en/research/centre-for-translational-microbiome-research-ctmr) at [Karolinska Institutet (KI)](https://ki.se/en)/[SciLifeLab](https://www.scilifelab.se/). At the end of March 2020, the large-scale microbiome research lab was quickly converted into a centre to assist Sweden with analysing SARS-CoV-2 tests. This was made possible by a donation from the [Knut and Alice Wallenberg Foundation (KAW)](https://kaw.wallenberg.org/en) and a previously established collaboration with [MGI Tech](https://en.mgitech.cn/) in Shenzen, China. The NPC initially helped to expand the RNA-extraction capacity at Karolinska Universitets laboratoriet. However, it quickly expanded into a facility that increased the testing capacity across all regions of Sweden. - +The final capacity of the National Pandemic Centre at KI/SciLifeLab was approximately 10,000 tests per day. The results were typically returned within 24 hours of the sample arriving to the lab. NPC exclusively performed PCR-based analyses, not serological (antibody-based) analyses. diff --git a/content/svenska/dashboards/npc-statistics.md b/content/svenska/dashboards/npc-statistics.md index 1d55c90c..834a8a24 100644 --- a/content/svenska/dashboards/npc-statistics.md +++ b/content/svenska/dashboards/npc-statistics.md @@ -1,14 +1,15 @@ --- title: Nationellt Pandemicenter SARS-CoV-2 (covid-19)-analysstatistik aliases: - - /sv/data_types/health_data/npc-statistics/ -description: Nationellt Pandemiskt Center (NPC) genomförde testning för SARS-CoV-2 från pandemins början. Data som visas inkluderar antal positiva och negativa test samt antal test med oklart testresultat. Denna dashboard visar endast historiska data och uppdateras inte längre. + - /sv/data_types/health_data/npc-statistics/ +description: Nationellt Pandemiskt Center (NPC) genomförde testning för SARS-CoV-2 från pandemins början. Data som visas inkluderar antal positiva och negativa test samt antal test med oklart testresultat. Denna dashboard visar endast historiska data och uppdateras inte längre. banner: /dashboard_thumbs/NPC_logo.png banner_border: true +plotly: true menu: - dashboard_menu: - identifier: npc-statistics - name: "National Pandemic Centre (Historic)" + dashboard_menu: + identifier: npc-statistics + name: "SARS-CoV-2-tester vid National Pandemic Centre" ---
@@ -17,139 +18,94 @@ menu: KIs pressmeddelande
+Datauppsättningen som visualiseras i graferna på denna sida är tillgänglig [på SciLifeLab Blobserver](https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/NPC-statistics-data-set.csv). De siffror som redovisas här har sammanställts automatiskt och kan av olika anledningar inte motsvara siffror som rapporterats via andra källor. + #### Totala antalet tester vid NPC Det totala antalet SARS-CoV-2 (covid-19)-virustester analyserade vid NPC uppdelade på de med positivt, negativt eller icke-avgjort/felaktigt resultat. -
- Skrolla grafen horisontellt för att se all data. +
+ Att rotera mobiltelefonen kan förbättra grafens layout.
-
-
+
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/npc_total_tests.json" height="200px">}}
+**Källskod som används för att skapa grafen:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/npctests/npc_total_tests.py) + #### Antal tester vid NPC -Antalet SARS-CoV-2 (covid-19)-virustester analyserade för varje dag eller varje vecka -uppdelade på de med positivt, negativt eller icke-avgjort/felaktigt -resultat. +Antalet SARS-CoV-2 (covid-19)-virustester analyserade för varje dag eller varje vecka uppdelade på de med positivt, negativt eller icke-avgjort/felaktigt resultat. -
-
-
-
- Skrolla grafen horisontellt för att se all data. +##### Per dag + +
+ Att rotera mobiltelefonen kan förbättra grafens layout.
-
-
+ +
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/npc_tests_daily.json" height="350px">}}
+ +**Källskod som används för att skapa grafen:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/npctests/npc_tests_daily.py) + +##### Per vecka + +
+ Att rotera mobiltelefonen kan förbättra grafens layout.
-
-
-
-
- Skrolla grafen horisontellt för att se all data. + +
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/npc_tests_weekly.json" height="350px">}}
-
-
+ +**Källskod som används för att skapa grafen:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/npctests/npc_tests_weekly.py) + +#### Fraktion positiva tester vid NPC + +Fraktionen SARS-CoV-2 (COVID-19)-virustester för varje dag eller vecka som är positiva, i procent av alla tester **(exkluderande icke-avgjort/felaktiga)**. + +##### Per dag + +
+ Att rotera mobiltelefonen kan förbättra grafens layout.
+ +
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/npc_positiveTests_fraction_daily.json" height="350px">}}
-#### Fraktion positiva tester vid NPC +**Källskod som används för att skapa grafen:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/npctests/npc_positiveTests_fraction_daily.py) + +##### Per vecka -Fraktionen SARS-CoV-2 (COVID-19)-virustester för varje dag eller vecka som är positiva, -i procent av alla tester (exkluderande icke-avgjort/felaktiga). - -
-
-
- Skrolla grafen horisontellt för att se all data. -
-
-
-
-

*Observera att eftersom antalet rapporterade analyser varierar kan vissa dagar ha ett lågt antal prover, vilket påverkar statistiken mycket för den dagen, t.ex. 24 augusti där endast sju prover rapporterades, alla positiva.

+
+ Att rotera mobiltelefonen kan förbättra grafens layout.
-
-
-
- Skrolla grafen horisontellt för att se all data. -
-
-
-
+ +
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/npc_positiveTests_fraction_weekly.json" height="350px">}}
+**Källskod som används för att skapa grafen:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/npctests/npc_positiveTests_fraction_weekly.py) + #### Kumulativt antal tester vid NPC -Summan av alla SARS-CoV-2 (covid-19)-virustester analyserade vid NPC -sedan start. +Summan av alla SARS-CoV-2 (covid-19)-virustester analyserade vid NPC sedan start. -
- Skrolla grafen horisontellt för att se all data. +
+ Att rotera mobiltelefonen kan förbättra grafens layout.
-
-
+
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/npc_cumulative_tests.json" height="550px">}}
-Nationellt Pandemicenter (NPC) var en facilitet för -[SARS-CoV-2 (COVID-19)-tester](https://ki.se/mtc/ctmr-and-covid-19) -som byggdes upp vid -[Centre for Translational Microbiome Research (CTMR)](https://ki.se/en/research/centre-for-translational-microbiome-research-ctmr) -vid [Karolinska Institutet (KI)](https://ki.se/)/[SciLifeLab](https://www.scilifelab.se/). -Under slutet av mars 2020 byggdes det storskaliga mikrobiom-forskningslabbet -om till ett center för att bidra till testning av SARS-CoV-2 i Sverige. -Detta möjliggjordes genom en donation från -[Knut and Alice Wallenberg Foundation (KAW)](https://kaw.wallenberg.org/) -tillsammans med ett redan tidigare etablerat samarbete med -[MGI Tech](https://en.mgitech.cn/) i Shenzen, Kina. Efter att först ha -bidragit med kapacitet för RNA-extraktion åt Karolinska -Universitetslaboratoriet, expanderade NPC snabbt till att bli en -facilitet för ökad kapacitet för SARS-CoV-2-tester åt alla regioner i -Sverige. - -Kapaciteten vid Nationellt Pandemicenter vid KI/SciLifeLab nådde -till slut ungefär 10.000 tester per dag, och resultaten skickades -i de flesta fall tillbaka inom 24 timmar efter att provet inkommit -till labbet. NPC utförde endast PCR-baserad analys, inte serologisk -(antikropps-baserad) analys. - -Data som visas på den här sidan är automatiskt sammanställd och stämmer inte -nödvändigtvis överens med data som publicerats via andra kanaler -av olika anledningar. - -Datasetet som visualiseras i graferna finns tillgängligt -[här](https://datagraphics.dc.scilifelab.se/dataset/bbbaf64a25a1452287a8630503f07418). -Källkoden för graferna finns -[här](https://datagraphics.dc.scilifelab.se/graphic/ba0b27320fe74ad0aef59a26be6c37f1), -[här](https://datagraphics.dc.scilifelab.se/graphic/ddb1119aefce47d58d0b3a49e98b4fcc), -[här](https://datagraphics.dc.scilifelab.se/graphic/b31c50be59c84c93986c25b052115a65) -och [här](https://datagraphics.dc.scilifelab.se/graphic/9145856246004419983d39fcf56d9eb6). - - - - - - - - - - - - - - - - +**Källskod som används för att skapa grafen:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/npctests/npc_cumulative_tests.py) + +Nationellt Pandemicenter (NPC) var en facilitet för [SARS-CoV-2 (COVID-19)-tester](https://ki.se/mtc/ctmr-and-covid-19) som byggdes upp vid [Centre for Translational Microbiome Research (CTMR)](https://ki.se/en/research/centre-for-translational-microbiome-research-ctmr) vid [Karolinska Institutet (KI)](https://ki.se/)/[SciLifeLab](https://www.scilifelab.se/). Under slutet av mars 2020 byggdes det storskaliga mikrobiom-forskningslabbet om till ett center för att bidra till testning av SARS-CoV-2 i Sverige. Detta möjliggjordes genom en donation från [Knut and Alice Wallenberg Foundation (KAW)](https://kaw.wallenberg.org/) tillsammans med ett redan tidigare etablerat samarbete med [MGI Tech](https://en.mgitech.cn/) i Shenzen, Kina. Efter att först ha bidragit med kapacitet för RNA-extraktion åt Karolinska Universitetslaboratoriet, expanderade NPC snabbt till att bli en facilitet för ökad kapacitet för SARS-CoV-2-tester åt alla regioner i Sverige. + +Kapaciteten vid Nationellt Pandemicenter vid KI/SciLifeLab nådde till slut ungefär 10.000 tester per dag, och resultaten skickades i de flesta fall tillbaka inom 24 timmar efter att provet inkommit till labbet. NPC utförde endast PCR-baserad analys, inte serologisk (antikropps-baserad) analys.